Table X: Optimized PCR ingredients
The PCR reaction will be prepared in a total volume of 25 µL with 2 µL DNA template. Primers are designed for metformin-related transporter
genes.
PCR Ingredients Set A (µL) Set B (µL) Set C (µL) Final conc.
dH■O 2.8 2.3 1.8 -
PCR Buffer (5X) 5.0 5.0 5.0 1X
MgCl■ (25 mM) 1.5 2.0 2.5 1.5 / 2.0 / 2.5 mM
dNTPs (10 mM) 0.5 0.5 0.5 0.20 mM
Taq polymerase (5U/µL) 0.2 0.2 0.2 1.0 U
Primer mix 13.0 13.0 13.0 -
DNA template 2.0 2.0 2.0 -
TOTAL 25.0 25.0 25.0 -
Primer mix (Wild-type, 13 µL)
Primer (WT) Volume (µL) Final conc.
dH■O 5.0 -
FW_OCT1_rs622342_WT 0.5 0.10 µM
RV_OCT1_rs622342_WT 0.5 0.10 µM
FW_OCT2_rs316019_WT 0.5 0.10 µM
RV_OCT2_rs316019_WT 0.5 0.10 µM
FW_OCT3_rs2076828_WT 0.5 0.10 µM
RV_OCT3_rs2076828_WT 0.5 0.10 µM
FW_MATE1_rs2289669_WT 0.5 0.10 µM
RV_MATE1_rs2289669_WT 0.5 0.10 µM
FW_MATE2K_rs12943590_WT 0.5 0.10 µM
RV_MATE2K_rs12943590_WT 0.5 0.10 µM
FW_GLUT2_rs8192675_WT 0.5 0.10 µM
RV_GLUT2_rs8192675_WT 0.5 0.10 µM
FW_PMAT_rs3889348_WT 0.5 0.10 µM
RV_PMAT_rs3889348_WT 0.5 0.10 µM
FW_ATM_rs11212617_WT 0.5 0.10 µM
RV_ATM_rs11212617_WT 0.5 0.10 µM
TOTAL 13.0 -
Primer mix (Variant-type, 13 µL)
Primer (VAR) Volume (µL) Final conc.
dH■O 5.0 -
FW_OCT1_rs622342_VAR 0.5 0.10 µM
RV_OCT1_rs622342_VAR 0.5 0.10 µM
FW_OCT2_rs316019_VAR 0.5 0.10 µM
RV_OCT2_rs316019_VAR 0.5 0.10 µM
FW_OCT3_rs2076828_VAR 0.5 0.10 µM
RV_OCT3_rs2076828_VAR 0.5 0.10 µM
FW_MATE1_rs2289669_VAR 0.5 0.10 µM
RV_MATE1_rs2289669_VAR 0.5 0.10 µM
FW_MATE2K_rs12943590_VAR 0.5 0.10 µM
RV_MATE2K_rs12943590_VAR 0.5 0.10 µM
FW_GLUT2_rs8192675_VAR 0.5 0.10 µM
RV_GLUT2_rs8192675_VAR 0.5 0.10 µM
FW_PMAT_rs3889348_VAR 0.5 0.10 µM
RV_PMAT_rs3889348_VAR 0.5 0.10 µM
FW_ATM_rs11212617_VAR 0.5 0.10 µM
RV_ATM_rs11212617_VAR 0.5 0.10 µM
TOTAL 13.0 -