Introduc)on

 to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  
Introduc)on  to  Linux  and  Unix    
and  the  command  line  
10th  August  2016    
@AmelGhouila,  PhD    
LABORATORY  OF  TRANSMISSION,  CONTROL    
AND  IMMUNOBIOLOGY  OF  INFECTIONS  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Learning  Objec)ves  

①   Introduc+on  to  UNIX  and  Linux  

②   The  UNIX  files  structure  
③   Crea+ng  directories  and  naviga+ng  through  
the  file  structure  
④   Some  useful  shortcuts  and  Links  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Learning  Outcomes  

①   Understand  the  Unix  file  structure    

②   Learn  how  to  create  and  access  files  and    
directories  and  navigate  through  them  
③   Understand  full  and  rela+ve  file  paths,  when  
and  how  to  use  them  
④   Useful  shortcuts  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Part  1  

Introduc)on  to  
UNIX  and  Linux  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 What  is  UNIX?  

•  UNIX   is   an   Opera+on   System   (OS)   ini+ally  

developed  in  the  1960.  
•  There   are   many   different   versions   of   UNIX,  
that  share  common  similari+es.    
•  The  most  popular  varie+es  of  UNIX  are  Solaris,  
Linux  and  MacOS.    
•  UNIX   systems   have   a   graphical   user   interface  
(GUI)  making  easier  the  environment.  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Why  Linux  

•  Linux  is  free  and  the  most  popular  distribu+ons  

are  Ubuntu,  Fedora/Red  Hat,  Mandriva,  etc.    
•  Very  stable  system  
•  Fast  developing  OS  (many  developers)  
•  Most  secure  OS  
•  Best  mul+-­‐user  and  mul+  tasking  OS  
   Very  popular  as  servers  OS  
•  The  world’s  fastest  super  computers  run  Linux  
  Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Linux  distribu)ons  

•  Different  Linux  distribu+ons  are  available  

h\p://[Link]/  
•  Ubuntu  distro  is    easy  and  convenient  to  use  
for  beginners  
•  A  simple  guide  to  install  Ubuntu  in  your  
machine:  
h\p://[Link]/download/desktop/
install-­‐ubuntu-­‐desktop  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Linux  VS  Unix  

•  Linux  is  the  open  source  clone  of  UNIX  

•  Because  Linux  is  freely  available  it  has  a  cost  
advantage  against  UNIX  
•  All  command  lines  work  the  same  on  both  
 

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 The  core  
opera)ng  system  

Accessible  via  
the  Terminal  

Programs  and  
soXwares  

Adapted  from:  [Link]  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 The  terminal  

Even   though   the   shell   is   a  

User  name  
command   line   interface,   the  
Shell  prompt  
Machine  name   mouse  is  s+ll  handy  (scroll,  copy,  
paste,  etc.)  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
[Link]  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Set  your  Webminal  account  

1.  Open  [Link]  

 
2.  Go  to  register    to  create  an  account      
3.  Make  sure  you  note  your  user  name  and  
password,  you  will  need  these  info  to  be  able  to  
work  online  for  the  whole  module  
4.  Note  that    both  username  and  password  is  case-­‐
sensi+ve  
5.  Ac+vate  your  account  using  the  link  you  receive  
via  email  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Part  2  

The  UNIX  files  structure  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 UNIX  files  structure  
 
  Root  directory  of  the  
User  home   en+re  file  system  
directories  
home   dev   bin   etc   Configura+on  files  
 
Device   Essen+al  user  
files   commands  binaries  
Crick   Watson   Sanger  

Desktop   Documents   IBT2016   Wastson’s  files  

Genomics   Linux  

Session  1   Session  2  
Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 UNIX  files  structure  (2)  

home  

Watson  

Desktop   Documents   IBT2016  

Genomics   Linux   Directories  

Session  1   Session  2  

file1   file2   Ordinary  files  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Home  directory  and  working  directory  

•  When   you   first   log   in   on   a   UNIX   system,   the   working  

directory  is  your  home  directory.    

•  While  working  you  will  be  associated  to  one  directory  

called  the  working  directory  or  the  current  directory  
 
•  An   abbrevia+on   of   the   working   directory   is   displayed  
as  part  of  the  prompt  on  your  terminal  

•  The   command   pwd   gives   the   absolute   path   of   the  

working  directory  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 What  is  a  path  or  a  pathname?  

•  A   path   locates   a   given   file   in   the   system  

hierarchy  
•  An   absolute   path   in   the   file   system   hierarchy  
for  a  given  file  or  folder  describes  the  parents  
all  the  way  up  to  the  root  
•  A   rela+ve   path   describes   the   path   to   the   file  
star+ng  from  the  current  working  directory  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Absoulte  path?  
/  

home  

Watson   The  full  path  to  file1  is:  

 /home/Watson/IBT2016/Linux/Session1/file1    

Desktop   Documents   IBT2016  

Genomics   Linux  

Session  1   Session  2  

file1   file2  
Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Absoulte  path?  
/   /  

home   /home  

Watson   /home/Watson  

Desktop   Documents   IBT2016   /home/Watson/IBT2016  

Genomics   Linux   /home/Watson/IBT2016/Linux  

/home/Watson/IBT2016/Linux/Session1   Session  1   Session  2  

/home/Watson/IBT2016/Linux/Session1/file1  
file1   file2  
Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Refer  to  the  parent  and  current  
directories    

Every  directory  has  

two  special  sub-­‐ IBT2016  

director:    
Genomics   Linux  
.   ..  
u .   (dot):   the   current  
Session  1   Session  2  
directory  
u . .   (dot-­‐dot):   the  
parent  directory  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Rela)ve  path?  
/  

home  

Current  working  
Watson  
directory  

Desktop   Documents   IBT2016   .   refers  to  the  current  

directory  

Genomics   Linux   ./Linux  

./Linux/Session1   Session  1   Session  2  

file1   .
file2   /Linux/Session1/file1  
Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 First  test  of  the  terminal  

•  Open  the  Terminal  on  the  webminal  website  

•  Login  to  your  account  
•  The  shell  prompt  will  appear  

Ok,  let’s  try  some  typing  !  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Part  3  

Crea)ng  directories  and  naviga)ng  

through  the  file  structure  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Commands  for  manipula)ng  directories  

Command   Acronym  &  Output  

mkdir   MaKe  DIRectory  
Creates  a  new  directory  
rmdir   ReMove  DIRectory  
Removes  a  directory  
pwd   Print  Working  Directory  
Displays  the  absolute  path  of  the  current  working  directory  
cd   Change  Directory  
Allows  moving  from  one  directory  to  another  
ls   LiS/ng  
Lists  a  directory  content  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 pwd  command    

•  pwd:  print  working  directory  

•  Displays  the  absolute  path  of  your  current  
loca+on  in  the  file  system  
•  Try  pwd  on  your  terminal  
•  You  should  see:  /home/YourUsername  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 ls  command  

•  ls  :  lists  the  content  of    the  current  directory  

by  default  
•  Command  structure  ls  [OPTION]  [dirname]  
•  Some  useful  op+ons:    
•  -­‐l:  shows  sizes,  modified  date  and  +me,  file  or  folder  
name  and  owner  of  file  and  permissions  
•  -­‐  a:  List  all  files  including  hidden  file  star+ng  with  ‘.’  
•  -­‐lh:  shows  sizes  in  easier  readable  format  
•  -­‐R:  recursively  lists  sub-­‐directories  
•  -­‐lS:  sor+ng  by  file  sizes  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
ls  -­‐l  example  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Create  a  directory  

•  mkdir:  makes  a  directory  

•  Command  structure:  mkdir  dirname  [path]  

•  mkdir  dirname:  would  create  a  directory  with  the  

specified  dirname  
•  The  new  created  directory  will  be  created  in  your  
current  working  directory  
•  If  you  want  to  create  it  elsewhere,  you  have  to  
specify  the  path:  mkdir  dirname  path  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 What  you  should  know  about  file  names  
in  Linux  
•  No   real   dis+nc+on   between   the   names   of  
ordinary  files  and  the  names  of  directory  files.  
•  No   two   files   in   the   same   directory   can   have   the  
same  name.    
•  Files   in   different   directories   can   have   the   same  
name.  
•  Linux   is   case-­‐sensi+ve:   Sanger,   sanger   and  
SANGER  are  different  and  would  represent  three  
dis+nct  files.  
•  In   most   cases,   file   extensions   are   op+onal  
(.txt,  .exe,  etc…)  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Move  in  the  files  system  

•  cd:  change  the  working  directory    

•  Command  structure:  cd  <path>  

•  The  path  name  of  the  directory  you  want  to  

move  to  should  be  specified  
•  You  can  specify  either  the  absolute  path  or  
the  rela+ve  path  
   
Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Move  in  the  files  system:  example  
/   •  Move  to  Watson  directory    
   
1.  cd  /home/Watson  
home  
2.  cd    ../..  
3.  cd  ..  +  cd  ..  
Watson  
•  Move  to  Genomics  directory    
Current  working  
IBT2016   directory   1.  cd  /home/Watson/IBT2016/Genomics  
2.  cd    ../Genomics  
3.  cd  ..  +  cd  Genomics  
Genomics   Linux  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Remove  a  directory  

•  rmdir:  removes  a  directory  

•  Command  structure:  rmdir  dirname  [path]  
•  It  would  remove  the  dirname  directory  
•  The  directory  should  be  in  your  current  working  
directory  
•  If  you  want  to  remove  it  from  elsewhere,  you  
have  to  specify  the  path:  rmdir  dirname  path  
•  rmdir  works  if  there  is  no  contents  in  the  
directory    

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Remove  a  directory  

•  rmdir  works  if  there  is  no  contents  in  the  

directory    
•  If  the  directory  contains  files  or  sub-­‐
directories,  an  error  message  will  appear:  
“Directory  not  empty”  
•  There  is  an  op+on  that  will  recursively  remove  
a  directory  and  its  contents:  
 -­‐r  (which  stands  for  recursive)  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 How  to  get  help  for  a  command  from  the  
terminal?  

•  man  commandname  displays  manual  pages  

for  that  specific  command  
•  commandname  –h  or    commandname  –help  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Part  4  

Some  useful  shortcuts  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Commands  basic  structure  

 command  [–op+ons]    [arguments]  

Example:  
   ls  –lh  /home/Watson/IBT2016  
   pwd  
   mkdir  Test1  
 

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Useful  shortcuts  

•  cd  ~  takes  you  to  your  home  directory  

•  cd:  cd  alone  (nothing  following)  will  change  
 
your  loca+on  from  the  working  directory  to  
your  home  directory  
 

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Linux,  some  useful  CLI  key  combina)ons  

•  Ctrl+A:  remove  the  cursor  to  the  beginning  of  the  

command  line  
•  Ctrl+C:  end  a  running  program  and  return  to  the  
prompt  
•  Ctrl+D:  logout  from  the  current  shell  session:  
equivalent  to  exit  
•  Tab:  autocomplete  a  file  name  
•  Tab  Tab:  displays  command  comple+on  
possibli+es  
•  Ctrl+L:  clear  the  terminal  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Part  5  

Prac)ce:  try  the  different  commands  

via  your  terminal  

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Create  these  directories  under  your  
home  
yourhome  

IBT2016  

Genomics   Linux  

Session1   Session2  

Introduc+on  tIntroduc)on  
o  Bioinforma+cs  
to  BW orkshop  -­‐  Module  
ioinforma)cs   course:  Name  
IBT_2016  
Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila  
 Thanks    

•  Dr  Sumir  Panji  (UCT)  

•  Dr  Fatma  Guerfali  (IPT)  
 

Introduc)on  to  Bioinforma)cs  course:  IBT_2016  

Linux  –  Session  1  –  Amel  Ghouila