Scribd
Încărcați
7 vizualizări24 pagini

Biostruct 03

Documentul prezintă o serie de tehnici utilizate în bioinformatica structurală, inclusiv citometria de flux, secvențierea proteinelor și acizilor nucleici, microarrays și reacția în lanț a polimerazei. Sunt descrise principiile, structura echipamentelor și aplicațiile acestor tehnici.

Încărcat de

Elena Cataraga
Drepturi de autor
© All Rights Reserved
Respectăm cu strictețe drepturile privind conținutul. Dacă suspectați că acesta este conținutul dumneavoastră, reclamați-l aici.
Formate disponibile
Descărcați ca PPT, PDF, TXT sau citiți online pe Scribd
7 vizualizări24 pagini

Biostruct 03

Documentul prezintă o serie de tehnici utilizate în bioinformatica structurală, inclusiv citometria de flux, secvențierea proteinelor și acizilor nucleici, microarrays și reacția în lanț a polimerazei. Sunt descrise principiile, structura echipamentelor și aplicațiile acestor tehnici.

Încărcat de

Elena Cataraga
Drepturi de autor
© All Rights Reserved
Respectăm cu strictețe drepturile privind conținutul. Dacă suspectați că acesta este conținutul dumneavoastră, reclamați-l aici.
Formate disponibile
Descărcați ca PPT, PDF, TXT sau citiți online pe Scribd

UNIVERSITATEA

POLITEHNICA
TIMIŞOARA

STUDII MASTER
EB

1
[Link]/
dim/[Link]

2
BIOINFORMATICA
STRUCTURALA - II
Prof Dr George I Mihalaş
UMF Victor Babeş

3
CURSUL 3

4
Planul cursului
1. Citometria de flux
– Principiul metodei
– Structura echipamentelor
– Interpretarea rezultatelor
2. Tehnici de secvențiere
– Secvențierea proteinelor
– Secvențierea acizilor nucleici
3. Alte tehnici
– Microarrays
– PCR

5
1. Citometria de flux
Flow citometry

6
1. Fundamentare teoretică
• Principiul Coulter – modificarea impedanței la trecerea unei particule
printr-un orificiu îngust, într-o soluție [f(V, ...)]

• Imunofluorescnța
– activare pe anticorpi

By Reimar Spohr - Own work, CC BY-SA 3.0,


[Link] 7
curid=16938198
2. Potențialul celular
- determinare – microelectrozi
(~1 μm): ~ -60 - -90 mV (- int.)
- explicație: canale membranare
pentru ioni (Na+, K+, Cl-):
int ext Tendinta
Na+ 5 140 ΔE: ei ΔC: ei  ei
K+ 150 10 ΔE: ei ΔC: ie  ~ 0
Cl- 5 100 ΔE: ie ΔC: ei  ~ 0

- dar: PNa << PK ~ PCl 


pompa Na+ K+,
cu consum ATP

8
3. Structura unui flow-citometru
• Sursa fluxului – fascicul lichid
• Sistem de măsurare (impedanță)
• Sisteme optice
• Detectoare

9
• Sistemele optice - lămpi, lasere
• Ar, redHeNe, greenHeNe, HeCd, leds
• Detectoare lumina difuzată, CAD

10
4. Aplicații (diagnostic)
- numărare de celule
- sortare celulară
- detecție biomarkeri
- inginerie proteică

11
2. Tehnici de secvențiere

12
2.1. Secvențierea proteinelor
1. Structura proteinelor
2. Determinarea compoziției în aminoacizi (aa)
• Hidroliza (”digestie”, proteaze)
• Separare – tehnici cromatografice (partiție între faze)
• Analiza cantitativă (markeri: culoare, fluorescență)
3. Analiza aa N-terminal
4. Analiza aa C-terminal
5. Degradarea Edman
• Fragmentare în lanțuri sub 50 aa
6. Spectrometrie de masă
7. Predicție din secv. ADN

13
2.2. Secvențierea acizilor nucleici
1. Structura acizilor nucleici
2. Secvențierea Sanger (”chain-termination”)

16
2. Secvențierea Sanger (cont.)
- marcare radioactivă sau fluorescentă
- separare: cromatografie / electroforeză capilară
3. Metode avansate și secvențiere de novo
- secvențierea ”shotgun”
- metode HTP (”High-ThroughPut)
3. Alte metode

19
3.1. Microarrays

1. Definiție: colecție de probe [Link] (10-12 moli) pt. a măsura


”expresia” unor molecule
2. Tipuri: ADN/ARN, proteine, gene
3. Microarrays ADN

20
4. Microarrays proteine

21
3.2. PCR - Polymerase Chain Reaction
Definiție: amplificarea unei porțiuni ADN înafara celulei

22
23
PAUZA

24

S-ar putea să vă placă și