8

Functional Group Chemistry and Biochemistry

M a r c W . Ha r ro l d

I. FUNCTIONAL GROUP CHEMISTRY

A. I n t ro d u c t io n . D ru g mo l ec ul e s ca n b e vi e we d a s a co ll ec t i on o f fu nc t ion a l g r ou ps
(i . e ., gro u p s o f at om s p re s en t wi t hi n t h e d r u g t hat c o n f er sp e c i fi c ch e m i ca l a nd
ph ys i c a l pro p e r t i e s [ F ig u r e 8 -1 ] ) . F un c ti o na l g r o up s d e te r mi ne su ch ch a rac t e ri st i c s
as i o ni za t i o n , so l ub i l i t y i n a qu e ou s a n d li pi d e n vi ro n m e nt s (a ka po l a r i t y) , r e a ct i vi t y,
c hem ic al s t ab i li t y, a n d i n vi vo m e t a bo li c s ta b il i t y . A d d i t i on a ll y, t he se f u nc t io n al
gr o up s a r e ca p a b l e o f fo r m i n g sp e c i fi c b o n d s ( p ri m a r i l y n on co va l e n t ) wi t h t hei r
re c ep t o r s a n d a re t h u s e xt r e m e l y im p ort ant in d rug ac t i vi t y a n d p o t e nc y.
1. F u n ct i on al g ro u ps t h at i mp a r t h yd ro p h i l i ci t y a re l i k el y t o i n c r ea se th e d r u g 's
wat e r s ol u b i l i t y, wh i l e f u n c ti on a l g r ou ps t ha t i m pa rt l ip o p h i l ic i t y ( hy dr o p h o bi ci t y)
ar e l ik e l y to i n c re as e t h e d r u g 's te n de nc y t o c r o ss ce ll ul a r m em b ra ne s th ro u g h
pa ss i ve d if f us io n . S e e Ch a pt e r 12 V II I B 1 f or a fu rt h er d i sc u s si o n o f wa t e r a nd li pi d
s ol u b i l it y.
a. A ci di c a nd ba si c f u n c ti o na l g r o up s al l o w f or d r u g i o n i za t i o n an d , i n m o s t c a s e s ,
i m pa r t en ha nc ed wa t e r so l ub i li t y t o t h e m o l ec ul e . O n e no t a b l e e xc e p t i o n to t hi s i s
s een i n am p h o t e r ic d r ug s ( i. e ., t ho se c o m pou n ds po ss es si n g b o t h a ci d i c a n d b as i c
f u nc t io n a l g ro up s ). A s e xe m pl i fi e d b y am p i ci l l i n i n F i gu r e 8 - 2 , am p ho t er ic
c om p ou nds c a n f o rm zw i t t er i o n s, or i n te r n a l s al t s . S i nc e th e zwi t t e ri o n fo r m o f
am pi ci ll i n h as a n e t o ve ra l l c ha r g e o f ze r o , i t h a s d i ff i c u lt y d is so l vi ng i n aq u e o u s
en vi r on m e n ts s uc h as t he g as t ro i nt es t in a l ( G I ) t rac t .
b . N e ut r a l f un ct i on al g ro u p s ( i . e. , t h o s e t ha t ar e i n c ap a b l e of i o n i z a t io n ) ca n
en h an ce ei t he r w a t er o r li p i d so lu b i l i t y d e pe n di ng on t h e i r a bi l i t y t o f o rm hyd ro g e n
b o n d s w i t h w a ter . H yd ro ge n b o n di n g i s t h e pr i ma r y m e c h a n i sm f o r in c r ea s i n g t h e
wat e r s ol u b i l i t y o f n on el e c t ro l yt es (i . e . , c om pou nd s th a t d o n o t po ss es s ac i di c ,
ba si c, o r q ua t e rn a r y amm o ni um fu nc t i on al g roup s ) .
2. F u n ct i on al g ro u p re act i vi t y a f f e c t s d r u g s h el f l i f e , sta b i li t y, a n d sto r ag e . Th er e
ar e a n um ber of fu nc t i on a l gr o up s t h a t wi l l de gr ad e , p r im a ri l y t h r o ug h a i r o xi d a t i o n
an d h yd r ol y s is , u n de r no r m a l e n vi ro n me n t a l c o n d i ti o n s . Tw o exam p l es o f t hi s
l a t te r c o n c e rn a re s e en wi t h a sp i r in a n d n i tr o g l yc e ri n . B o t h co mp o un ds a r e su b je ct
t o r api d h yd ro l ysi s i f e xp o s e d to m o is t en vi r on men t s .
3. F u n ct i on al g ro u ps a lso a f f e ct i n vi vo s t a b i l i t y a nd t he d ur a ti o n o f d r ug a c ti on .
Th e s us ce p ti b i l i t y o f a give n d r ug to m e t a b o l ic b io t r a ns f o r ma t i o n de pe nd s i n pa r t
up o n t h e f u nc t io n a l g ro up s th a t a re p re se n t ( s ee C h a p te r 17 I I, I I I ) .
a. D r ug s t h at co n ta i n a la r g e n um be r o r p e rc en t a g e o f h yd ro p h i li c f u nc ti on a l g r ou ps
ar e o f t e n el im in a te d f rom t he b o d y un ch a n ged or w i t h mi n i m al m et ab ol ism .
b . D r ug s t h at co n ta i n a la r g e n um be r o r p e rc en t a g e o f li p op hi l ic fu nc t io n al g ro u p s
of t en r e qu i r e e xt e n s i ve m e ta b ol i s m.
 Figure 8-1. Ibuprofen, a nonsteroidal anti-
inflammatory agent, is comprised of an ionizable,
hydrophilic carboxylic acid and three
hydrophobic functional groups: an isobutyl alkyl
chain, an ethyl alkyl group, and an aromatic ring.

P.159

Figure 8-2. Ampicillin is an amphoteric

compound. It contains an acidic carboxylic acid
and a basic amine and exists in vivo as a
zwitterion. The proton from the carboxylic acid
binds to the basic amine, producing a molecule
with an overall net charge equal to zero.

B . Ac i d i c f u n c t io n a l g ro u p s
1. T yp e s . S h o wn i n F i gu r e 8 -3 a re e xa m pl es o f t he s i x m o st c om m on a c i d i c
f u nc t io n a l g ro up s . I n g ene r a l, ca r bo xyl i c a ci ds ten d to be mo r e a ci di c t h an a n y o f
t h e o t her fi ve f u nc t i on al g r o up s . T h e te t r a zol e ri n g pr o vi d es th e b es t c h a rg e
de l o c al i z at i on si nc e r e s o na n c e a l l o ws t he ch arg e t o be equ al l y s h a re d a m o n g a l l
f i ve a to m s i n t h e r i n g .
2. C o m m o n at t r ib u t es
a. A ci di c f u n c t i o na l g r ou p s i m p a r t h yd ro p h i l i c it y t o a d ru g m ol ec u le d u e to t h e i r
po t en t i a l f o r i on i za ti o n .
b . A ci di c f u nc t i o na l g r ou p s c an f o rm i o n ic , i o n - di p o l e, a n d h yd r o g e n b o n d s wi t h
re c ep t o r s , e nz ym e s , t r an s p ort p ro t e i n s , a n d o th e r m ac rom ol ec u l es .
c . Ac i di c f u n ct i on a l gro u p s c an f o rm s a l ts w h e n c o m b i n e d w i t h b a s e s .
d . C a r b ox yl i c a c i d s a r e of t en es t e r if i e d f o r t he p u r p os e s o f p r o dr ug f o rm a ti on (s ee
C h a p te r 1 7 , s ec t io n V I for a d di t i o na l i nf o r ma t i on ). Th e y c an a l s o u n d e rg o a c i d - o r
en zy m e ca t a l y ze d de c a rb o x yl a t i o n r eac t i o n s .
e. Me t a b o l i s m . A ci di c fu n c t i o na l g r ou ps ca n u n de r go co n j u g a t i o n wi t h g l u c u ro ni c
ac i d , g l y ci n e, a n d g l ut am i n e .

Figure 8-3. Examples of drugs that contain an

acidic functional group as part of their chemical
structure.

P.160

C . B a s ic f u n c t io n al g r o u p s
1. T yp e s
a. Al i p h a ti c an d a l i c yc l i c a mi n e s a re th e m os t co mm o n b as ic f u nc t io n al g r o up s . A s
s ho wn i n F i g u re 8 -4, t h es e a m i n es c a n b e p r i mar y, s e c o n d a r y, o r t e rt i a r y,
de p en di n g o n t h e nu mb e r o f s ub s ti t ue n ts a t t ac he d t o t h e n it r o g e n.
b . A ro m a t i c a mi n es , s uc h a s t h at se en i n p ro ca in a mi d e ( Fi g u re 8-4 ) , ar e m uc h l e s s
ba si c a nd fo r al l i nt en t s a n d p u rp os e s c an b e c ons i de re d n e ut r a l.
c . Aro m a t ic , h e t e ro c yc l i c n i t ro g en s va r y in th e i r b a s ic i t y, b ut i n g en e ra l a r e m u c h
l e ss b a s i c t ha n a li p ha t i c a n d a li c ycl ic am in e s ( F i gur e 8 - 5 ) .
d . A d d i ti o nal b a s ic fu n c t i on a l g ro u p s i nc l u d e i m i n e s , h yd r a z i n es , a mi d i n es , a n d
g u a n id i n e s (F i g ur e 8 - 6 ). I mi n es te n d t o b e l e s s ba s ic t h an al i ph a ti c and a l i c yc l ic
am in es , wh er ea s g ua n id i n e s t en d to b e m u c h m o re b a s ic . T h e b a s ic it y of th e ot h e r
t wo f u n ct i on a l g ro u p s l i e s so me wh e r e i n b e t we e n .
2. C o m m o n at t r ib u t es
a. B a s i c fu nc t i o n a l g r o ups im par t h yd ro p h i l i c i t y t o a d r u g mo l ec ul e d ue t o t h ei r
po t en t i a l f o r i on i za ti o n a nd th e i r a b i l i t y t o f o rm hy dr o g en bo n ds .
b . B a s i c fu nc t i o n a l g ro ups ca n f o rm i on i c , i on - d i p o l e , a n d h yd r o g e n b o n d s wi t h
re c ep t o r s , e nz ym e s , t r an s p ort p ro t e i n s , a n d o th e r m ac rom ol ec u l es .
c . B a s i c f u nc ti o na l g r o u p s ca n f o rm sa l t s w h e n c o m b i n e d w i th ac i d s .
d . M e t a bo l is m . Co mm on m e ta b o l i c p a th wa ys f o r p r i m ar y am i n es a re o x i d a t i v e
d e a mi n a ti o n , ace t yl a t i o n , a nd N - o x i d at i o n . C om m o n p at h wa ys f o r s ec on d a r y a n d
t e rt ia r y a m i ne s a r e ace tyl a t i o n ( s ec o nd a r y am i n e s on l y) , o x id a t i v e N -d ea l k yl a t i o n ,
an d N -o x id a t io n . A ro mat i c a m i ne s c an be ac e t yl a t e d , wh i l e a r o m a ti c h et e ro c yc l i c
ni t ro g ens c an un der g o N - o x i d a t i on o r N - de a lk yl a t i o n . Im i ne , h yd r a zi n e , a m id i n e,
an d g u an id i ne g ro up s c a n u nd e rg o s im il a r re ac t ion s as t h os e l i s te d fo r p r i m a r y,
s ec ond a r y, an d t er t i a r y am i n e s. A ddi ti ona l l y, am i n e s ca n be gl u cu ro n i dat e d ,
su l f a te d , a nd me t h yl a t e d b y p h a se I I c o n j u g a tio n r ea c t i o n s .
D . Ad d i ti o n al h yd r o p h i l i c fu n c t i on a l g r o u p s
1. S i m i l a r t o a m i n es , h yd ro x yl g ro u p s (o r a lc o h o l s ) m a y b e c l a ss i fi e d as p r im a r y,
se c o n d a r y, o r t e r t i a r y, de p e n d i n g o n t he nu m be r o f s u b s ti t ue n ts a t t ac hed t o t h ei r
re s pe ct i ve c a rb o ns . A g o od e xa m p l e o f th is i s s e en wi t h t he g l uc oc o r ti co i d
f l u dr o co r ti so n e ( F ig u re 8 - 7 ) .
a. H yd r o xyl g r o up s c an f or m i o n - d i p o le an d h yd ro g e n b o n d s wi t h re ce p to r s ,
en zy m e s, t rans p o rt p ro t e i n s, an d o t he r m a c rom o le c ul es .

Figure 8-4. Examples of drugs that contain a

primary, secondary, tertiary, or aromatic amine as
part of their chemical structure. Whenever an
amine is part of a nonaromatic ring (e.g.,
ticlopidine), it is referred to as an alicyclic amine.
Whenever an amine amino is part of a side chain
or is attached to a nonaromatic ring, it is referred
to as an aliphatic or alkyl amine. Whenever an
amine is directly attached to an aromatic ring
(e.g., procainamide), it is referred to as an
aromatic amine.

P.161

Figure 8-5. Examples of drugs that contain

aromatic, heterocyclic nitrogens as part of their
chemical structure.

b . H yd r o xyl g r o u ps e n h a n c e w a te r so l u bi l i t y d ue t o t h ei r a b il i t y t o fo r m h yd r o ge n
bo n ds wi t h wa t e r.
c . H yd r o xyl g r oup s a r e o f t e n es te r i f ie d in o r d e r to p r od u c e p r odr u gs . S e e C h a p t e r
17 V I f o r a dd i t i o na l i n fo rm a ti o n o n pr od r ug s .
d . M e t a bo l is m . P r i m a r y h yd r o xyl g r ou ps a re i n it i a l l y ox i d iz ed t o a l de h yd e s an d
t h e n t o ca r b o x yl i c a c i d s . S e c o n d a ry h yd r oxyl g r o u ps a re ox i d iz ed t o k et o n e s,
whi l e t e rt i a r y h yd r o xyl g ro u p s are no t u s u a l l y oxi d i ze d . H yd r o xyl g r o u ps m a y al so
un d er g o p h a se I I g l u cu r o n i d e o r su l f at e c o n ju g at i o n .

Figure 8-6. Examples of drugs that contain a

basic imine, hydrazine, amidine, or guanidine
functional group as part of their chemical
structure.

P.162

Figure 8-7. Examples of drugs that contain a

hydroxyl group, phenol, catechol, or quaternary
ammonium functional group as part of their
chemical structure. Fludrocortisone contains a
primary, secondary, and tertiary hydroxyl group.
This designation is similar to that used for amines
and depends on the number of substituents
attached to the respective carbons. As illustrated
with levodopa, a catechol is simply two phenol
groups that are to one another.

2. P h e n o ls , a s e xe m p l if i e d b y e s t ra di o l ( F i g u re 8- 7 ) , ar e h yd r oxyl g r o u ps t h a t a r e
di r ec tl y a t ta ch e d t o a n a r o m at i c r i n g .
a. D u e t o r es o na nc e s tab i l i za t i o n o f th e a r o m a ti c r i ng, ph e no l s c a n b e i o ni ze d in
ba si c e n vi ro n m e nt s; ho w e ve r , m o st ph e n o ls ar e pr i m a r i l y u n i o n i z ed at
ph ys i o l og ic al p H a nd a s s u c h s ho u l d be t re a te d as n eu t ra l, non i o n i za b le f un ct i on al
gr o up s .
b . S i m i l a r t o a l c o ho l s , p h e n o l s p ri ma r i l y f orm i on - d i p o l e a n d h yd r o g e n b o n d s.
Th e y c a n a l s o en h an ce w a te r s o l u b i l i t y a n d b e e s t e r i fi e d t o f o rm p r o d rug s (s e e
C h a p te r 1 7 V I ).
c . D r ug m ol e cu le s c on t ai n i ng p h e no l s o r ca te c h ol s (s e e l e vo d op a i n F i gu r e 8 -7 )
ar e s us c e pt i b le t o ai r o x i d a t i on a nd t o ox i d a t i o n o n c o n t a c t w i t h f er r ic io n s .
d . M e t a bo l is m . P h en o ls u n d e r g o su lf a t io n , g l u cu ro n i d at i o n , a r om ati c
h yd ro x yl a t i o n , an d -m e t h yl a t i o n .
3. Q u a te r n a r y a m m o n i um s al t s , as e xe m p l i fi e d b y i p r at r op i u m b r om i d e (F i gur e 8 -
7) , are ne i th e r a ci di c n o r b as ic b u t c o nt a in a p e rm a n en t p o s i ti ve ch a rg e.
a. Th e se s a l t s e n h an ce w a te r s o l u b i l i t y; h o we v e r , du e t o th e p e rm an e nc e o f th e
po si t i v e ch a rge , c om po un d s co n t a i n i n g t hi s f unc t i o n a l g r o up of t e n ha ve di f f i c u l t y
p a s si n g th r o u g h l ip i d m e m b ra n e s.
b . S i m i l a r t o a m i n es , q ua t e r n a r y am m o n iu m sa l t s ca n p ar t i ci pa t e i n i o n ic a nd i on -
d i p o le b o n d s .
c . Q u a t e rna r y amm oni um s al t s a re ge n e ra ll y n o t m et a b ol i ze d; h o we ve r , N -
d e a lk yl a t i o n co u ld o cc ur i n s om e c as es .
E . F u n c t i o n a l g r o u p s w i t h i n ter m e d i a te p o l a r i ty
1. K e to n es a re le ss pr e va l en t th a n al c o h o ls an d p h e no ls i n th e s t ru c tu r e s o f dr u g
m o le cu l es . O n e e xa m p l e i s s e en i n t h e o ra l h yp o g l y c em ic a g en t , a ce t oh exa m i de ,
s ho wn i n F i g u re 8 -8.
a. K e t o ne s a r e p r im a r i l y l i pi d s ol ub l e ; h o we ve r , th e y a re ab l e t o f o rm h yd ro g en
b o n d s wi t h al co h ol s a nd c e rt a i n a m i nes . T he y c a n a ls o f o rm io n - d i p o le bo n d s .
P.163

Figure 8-8. Examples of drugs that contain a

ketone, ester, amide, lactone, or lactam as part of
their chemical structure.

b . M e t a bo l is m . K e to n e s a r e ve r y s t ab l e . T h ei r p r im a r y r o u t e o f m e t a bo l i sm i s
re d u c ti o n to an a lc o ho l.
2. C o m p o u n d s c on t ai ni ng e s te r s , a mi d e s a nd t he i r re sp ec t i v e c ycl ic f o rm s ,
l a c t o n e s, a nd la c t am s ca n be s e en in F i g u re 8 - 8 .
a. Th e se f u nc t io n a l gr o up s a r e c a p a bl e o f f o rm i n g h yd ro g en b o n d s wi t h r e c e p t or s ,
en zy m e s, t rans p o rt p ro t e i n s, o th e r m a c rom o l ec ul e s , an d wa t e r . Si m i l a r to k e to ne s ,
es t e rs a n d la c to ne s c a n f u nc t io n a s h yd ro g en - b o n d ac ce p t o r s, wh i l e am i d e s a nd
l a ct a m s c an fu n c t i o n a s e i t he r h yd ro g e n - b o n d do n o r s o r acc e p t o r s .
b . M e t a bo l is m . E n zym a ti c h yd ro l ys i s i s t he pri ma r y ro u te of me t a b ol i s m fo r t h e se
f u nc t io n a l g ro up s . E st e rs a n d l ac to ne s a r e hy dr o l yz e d t o al co h ol s a n d c a rb o xyl i c
ac i d s, wh i l e am i de s a n d l a c t am s a r e h yd r ol y ze d to a m i ne s a nd c ar bo xyl i c ac id s.
E s t e rs a n d l ac to n es ar e m o r e su sc e p t i b l e t o h yd ro l y s is t h an a re am id e s an d
l a ct a m s . A d di ti o na l l y, s o m e l ac t am s m a y u nd e r go N - d e al k yl a t i o n p ri o r t o o r i n pl a ce
of h yd rol yt i c c l ea va ge .
F . L ip o p h i l i c fu n c t i on a l g r o u p s
1. Al k yl g r o u p s a re sa tu r at e d h yd r o c a r b o n c ha i n s , l i nk s , an d r i ng s tha t ca n va r y
i n s i ze fr om si n g l e -c a rb o n m e th yl a nd me t h yl e n e g ro up s t o l a rg e c h a i ns . S i m il a r t o
t h e d es i g n a ti o ns p r e vi ou s l y gi ve n fo r a mi n es , t h e d es i g n a ti o n al i c yc l i c r ef er s t o
al k yl g rou ps t h a t a r e p art o f a no n ar om a ti c ri n g , w hi l e t he de si g na t i o n al ip h a t ic
re f e rs to t h o se th a t a r e pa r t of a s id e c ha i n or t h at f u nc ti on t o c on nec t , o r b r i dg e ,
ot h e r f u nc t i on a l g ro u ps . E xa m p l es o f a lk yl g r o up s a re il l u s t ra t ed in Fi g ure 8 - 9.
a. A l k yl g r o up s ca n pa r ti c i pa t e i n va n d e r W aa l s i n t e r ac t i o n s (i . e ., in du ce d di po l e -
i n d u c ed di p o l e b on ds ) an d h yd ro p h o b i c b o n d i ng .
b . M e t a bo l is m . O xi d a ti on i s t h e m a jo r ro u te o f me t a b o li sm . Al k yl si d e c ha i n s a r e
us ua l l y o xi d i ze d a t ei t he r t h e te r mi n a l ( ω ) o r p e n u l t i m a t e ( ω- 1 ) c a rbo n a t om s .
2. Al k e n e s , a ls o k no wn a s ol e f in s , a re u n s at u rat ed ana l o g s of al k yl g r ou p s (s ee
F i g ur e 8 - 9 ) .
a. Th e bi nd i ng a bi l i t y of al ke n e s i s si m i l a r t o t ha t of s a tu r a te d a lk yl g ro up s .
P.164

Figure 8-9. Examples of drugs that contain alkyl

groups and alkenes as part of their chemical
structure. For the sake of clarity, only certain
functional groups have been highlighted.

b . M e t a bo l is m . A l k e ne s ar e s om e wh a t m o re r ea ct i ve t h a n a l k yl gr o u ps a nd a r e
s ubj e c t to m e ta b ol i c h yd ra t i o n , e p o x i d a t i on , p e ro x i d a t i o n, a nd red u ct i o n .
3. Mo s t a r o m a ti c h yd r o ca r b o n s a r e an al o gs o f e i t he r be n z e ne o r n a p h th a l en e
(s e e F i gu re 8 -1 0 f o r e xa m p le s ). W h e n a t t ac he d t o a dr u g m o l e c u l e , b en ze n e i s
re f e r re d t o a s a p h e n yl g r o u p .
a. S i m i l a r t o a l k yl g ro up s a n d a lk en es , a rom a ti c hyd r oc a rb o n s c an p a r t i c ip a t e i n va n
d e r W aa l s i n te ra c ti o ns a n d h yd ro p h o b i c b o n di n g . A d d i ti o n a l l y , a ro ma t i c r in g s c a n
pa r ti ci p a te i n ch a r ge - t r an s f e r in t e r ac t i on s . E l e c t r on - ri ch a ro ma t i c ri n gs (i . e ., t h os e
wi t h e l ec t ro n- do na t i ng g ro u p s ) c a n f o rm d i p o l e- l ike i nt e r ac ti o ns wi t h e l e c tro n - po o r
ar o m a t ic ri ng s (i . e. , t h ose wi t h e l e c t ron - wi t h d ra w i ng g ro u p s ) .
b . M e t a bo l is m . O xi d a ti on i s t h e pr i m a r y r ou t e o f m e ta b ol i s m f o r a rom a t ic
hy dr o ca r bo ns , wi t h h yd r o x yl a t i o n , ep o x i d a t io n , a nd d i o l f o r ma t i o n co mp r i s i ng t he
t h re e m o s t c o m m on pa t h wa y s .
4. E t h e r f un ct i o n a l g ro up s c on t ai n a n o xyg e n a to m bo u n d o n b o th s i de s b y e i th e r
al k yl o r a ro m a ti c ca r b o ns . T he y ca n b e p res en t a s e i t he r a t e rm in a l f unc t io n a l
gr o up , s u c h a s t h e m e tho x y g ro u p o f n a pr oxe n , o r a s pa r t o f a ce n t ra l
c hai n /b ac kb o n e, s uc h a s t h a t se en i n g e m f i b ro zi l ( F i gu r e 8 -1 0 ) .
a. Th e c o nt r i b ut i o n o f e th e r s t o d ru g bi n di ng is mi n i m al ; ho w ev e r, t h e se fu n ct i o nal
gr o up s c a n pa r t i c ip a te i n d i p o l e - in d u ce d d i p ol e i n t e r a c t i o n s and c an s er ve a s
h yd ro g en - b o n d a c ce p t or s .
b . M e t a bo l is m . Me t h yl a n d e t h yl et he r s c an un der g o -d e a lk yl a t i o n , wh i l e t ho se
l a r ge r do no t g e ne r a l l y u n d e rgo m e ta b o l i sm . W hil e e th ers u s e d as o rg an i c s ol ve n t s
(e . g . , d i e th yl e th e r) c an fo r m p e r o xi d e s an d m a y ex p lo d e , t hi s p ro p e rt y i s ge n e ra ll y
no t p r e s e nt in d ru g m o l e c u le s.
5. Al k yl a n d ar o ma t i c h a l i d es ar e el ec t r o n -w i th d r aw i n g f u nc ti o n a l g r oup s . Th e y
ar e o f t e n us ed t o “ lo ck ” a dr ug m o le cu l e in a d esi r ed c on f o r m a t io n a n d / o r t o
de c re as e a r om a t i c o xi d a t i o n o f t h e dru g . F l uo r i n e i s t h e sm al l es t h al o ge n , wi t h i ts
s i ze ve r y s im il a r to th a t o f hy d ro g e n . Ch l o ri ne is t h e s ec o n d s ma l le st , fo ll o we d by
br o m i ne an d i o d i ne , r es pe c t i ve l y. S ee F i g u r e 8 - 1 0 f or sp e c i fi c e xa m p l e s .
P.165

Figure 8-10. Examples of drugs that contain an

aromatic hydrocarbon, ether, and/or alkyl or
aromatic halide as part of their chemical structure.
For the sake of clarity, only certain functional
groups have been highlighted.

a. W it h t h e exc e p ti o n o f f l u or i n e , wh i ch c a n se r ve a s a h yd roge n - b o nd ac ce p t o r,
ha l i d es d o no t d i rec t l y pa r t i c ip a t e i n t he b i n d i ng o f d ru gs to t he i r r ec e pt o rs o r o t he r
m a c r om o l e cu le s .
b . M e t a bo l is m . A r om a t i c h a l i de s a r e n o t n or ma l l y m e ta bo l i z ed. Al k yl h al i de s c a n
un d er g o o x id a t i v e d e h a lo g e n a t i o n t o f o rm a l d e h yd e s .

II. BIOCHEMISTRY
A. I n t ro d u c t io n . B i oc he m is t r y is th e s t ud y o f c h em ic al p ri n c i p l es t h a t sup po r t li f e
pr o ce ss es . I t i n fl u en ce s d r u g m et a b ol i sm , t h e ra p e u t ic e f f ec ti ve n ess , and
bi o tr a ns f or ma t i o n. Bi oc h em ic al l y s i gn i f i ca n t m o l ec u le s i nc lu d e a m i no a c ids ,
c ar bo h yd ra t es , l i p i ds , p yr i m i d i n es , p u r in es , a n d bi op o l ym er s —p r o te in s a nd
en zy m e s, w hi ch a re bu i l t f r om am i n o ac i d s; po l ysa cc ha ri d es , wh i c h ar e b ui l t f r om
c ar bo h yd ra t es ; a n d n uc l ei c a c i d s , wh i c h a r e bui l t f rom p yr im id i ne s a nd pur i n e s .
B . Am i n o a ci d s a re t h e m o no me r i c un i ts o f pr o tei n s a n d en zym e s a n d hav e t h e
f o l lo wi n g g en e r al f o rm ul a:

1. W it h t h e exc e p ti o n o f g l yc in e , na t u r al l y o cc ur ri n g am i n o ac i d s a re L , α -a m in o
ac i d s. P r ot e in s a r e m a de u p o f th e 2 0 d i ff e r en t am i no a c i d s, wh i c h d if f e r in t he si de
c hai n ( R ) a tt ac h ed t o
P.166

t h e α-c a r b o n . T h e 20 di f f er e n t s i d e ch a in s va ry i n s i ze , s h a p e , c ha r g e, h ydr o g e n -
bo n di ng ca pa ci t y, an d c h e m ic al r e ac t i vi t y. A p ro t ei n c a n be hy dr ol yze d in t o i ts
c om p on ent α -a m i no a c i ds b y a c i d s, ba se s , o r e n zy m e s .
a. Am i n o ac id s wi t h ac i d i c s id e c h a i n s i n c l u de as p a rt i c ac i d an d g l ut am i c a ci d .
b . A m i n o ac id s wi t h b a s ic s i d e ch a i n s i nc l u de a rg i ni n e, l y si ne , a n d h is t am i n e.
c . Am in o ac i d s wi t h p o l a r , n o n io n i c s i d e c h ai n s i nc l ud e g l yci n e, s e ri n e , c ys t e i n e ,
t h re o n i ne , t yr o si n e , as par a g in e , an d gl u ta mi ne.
d . A m i n o ac id s wi t h n o np o l a r, h yd r o p h o b i c s i d e c ha i n s in cl u de al a ni ne , va l in e ,
l e u c in e , i so le u ci ne , ph enyl a l an i n e , m e th io n i ne , p ro l in e , a nd t ry pt o pha n .
2. Am i n o ac id s h av e a zw i t te r i o n s t ru ct u r e , wh i c h a cc o u n ts fo r t h e i r h i gh me l t i n g
po i n t an d l o w w at er s o l ub i l i t y. Am i n o ac i d s i n so l u t i o n ha ve th e fo l l o wi ng g e n er a l
f o rm u l a :

3. I o n i z at i on of a m i n o a c i ds t o th e zwi t t e ri o n f o rm o r o th e r f o r m s d ep e n ds o n p H
(F i gu r e 8 - 1 1) .
C . C a r b o h yd r a t es . Th e se a r e p ol yh yd r o xy a l d e hyd es o r ke t on es . T h r ee m a jo r
c l a ss e s o f ca r boh yd r a te s e xi s t .
1. Mo n os a c c h a ri d es ( sim p le s u ga r s ), s uc h as g lu c os e o r fr uc t os e , co n s is t of a
s i n g le po l y hy dr o xy a l d eh yd e o r k e to ne un i t .
a. Al d e h yd i c m o n os ac ch a r i d e s a r e r e du ci n g su g ar s .
b . Mo n o s acc h a ri de s c a n be l i nk ed t og e th e r b y g l yc o s id i c b o n ds , wh ic h a re
hy dr o l yze d b y a ci ds bu t n o t b y b a s e s .
2. O l i g o s ac c ha r i d e s , s u c h a s s uc r o s e, ma l t os e , a n d l a c t os e, co ns is t o f sh or t
c hai n s of m o n os ac c h ari d e s j o i n ed co va l en t l y.
a. S u c ro s e ca n no t b e a bs o r b e d b y t he in t es t i n e un t i l i t is co n v e r t ed b y su c r as e i n to
i t s c om po ne nt s , g l uc os e an d f ruc t os e .
b . M a l t o s e i s hy dr ol yze d b y m a l t as e i nt o t wo m o le c ul es o f gl u c o s e .
c . La c t os e ( o r m i l k s ug a r ) c an no t b e ab so r b e d by t h e i nt es ti n e u nt i l i t i s c o n ve rt e d
by l a c t as e i n to it s c om pon e n ts , g al ac t os e a n d g luc o s e.
3. P o l ys a cc h a ri de s , s uch as ce l l ul o se an d gl yc o g e n , co ns is t o f lo n g cha i ns of
m o no sa cc ha r i de s.
D . P yr i m i d i n e s a n d p u rin e s . Th e s e a re ba s e s t ha t , wh e n b o nd e d wi t h ri bo s e, f or m
nu cl e os id es , w h i c h wh e n s ub se q uen t l y b on d e d to p h o s ph o ri c a ci d f orm
nu cl e ot id e s— t he st r uc t u ra l bu il d i n g b lo ck s o f n uc le i c a c i d s .
1. P yr i m i d i n e b a s e s i ncl u de :
a. C yt o s i n e ( C ) , f ou n d in d e o xyr i b o nu cl ei c a ci d (D N A ) an d r i bo nu cl e ic a c id ( R N A )
b . U ra c i l ( U ) , f ou n d i n R N A o n l y
c . Th ym i n e ( T) , f o un d i n D N A o nl y

Figure 8-11. Amino acid ionization in solution.

The carboxyl and amino groups are either in
ionized or unionized form depending on the pH of
the solution.

P.167

2. P u ri n e b a s e s i nc l ud e :
a. Ad e n i n e ( A ) , f ou n d i n D N A a n d R N A
b . G u a ni n e ( G) , fo u n d in D N A a n d R N A
3. P yr i m i di ne s a n d p uri ne s e xh i b i t ta u t o m e ri sm ( a f o rm o f s t e re oi so m e ri s m ) a n d
c an e xi s t in e i t he r ke t o (l a ct am ) o r en o l (l a c t i m ) f o rm s .
E . B i o p o l ym e rs
1. P r o te i n s a re po l ym ers o f am i no a c id s t ha t a r e l i nk ed t o g et h er b y pe p t id e b o n d s
(i . e ., li nk s b e t we e n ca r bo n yl c a r b o n s an d a mi n o ni t ro g en s [ F i gu re 8 -1 2 ] ). P r o t e i n s
ha ve f o u r s t ru c tu r al l e ve ls .
a. P r i ma r y s t r u c tu r e r e fer s to t he s e qu e nc e o f a m i n o a ci ds an d l oc a ti o n o f d is u l f i de
bo n ds i n t h e p r o t e in .
b . S e c o n d a r y s t r u c tu r e re f e rs to t he s p at i al arr a ng e me n t of s eq ue n ce d a m i n o a ci ds
(f o r e xam pl e , α- c on f o rm a t i o n [h e l i ca l c oi l ] o r β -co nf o rm at i o n [ p l ea t e d s h ee t ] ) .
c . Te r t i a r y s t r u c t u re re f e r s to t he t h r e e- d i m en si on a l s t ru ct u r e o f a s i ng l e p r ot e i n .
d . Q u a te rn a r y s t r u c t u re r e f e rs to t he ar r a ng em e nt o f i nd i vi du al su bu n i t ch a i ns in t o
c om p le x m o l e c u l es .
2. E n z ym e s a re p r ot e i n s c a p a bl e o f a c t i ng as c a ta l ys ts f o r b i ol o gi c r e ac ti o n s. T h ey
m a y be si mp l e o r c om p l e x a n d m a y r e q u i r e c of a cto r s or c oe n zy m e s f or bi ol o g i c
ac t i vi t y.
a. A n e n zym e e n ha nc e s t h e rat e o f a s p ec i f ic ch em ic al r eac t i o n b y l o we r i ng t he
ac t i v a t i o n en e r g y o f t h e r e a c t i on . I t d o es n o t c ha n g e t he r ea ct i on ' s e qui li b ri u m
po i n t , a n d i t is no t u s e d u p o r pe r m a n en t l y c h an ge d b y th e r e a c t i on .
b . A c o fa c t o r m a y be a n i n o r g a n i c c o m p o n e n t (u s ua l l y a m e ta l i o n ) o r a
n o n p r o te i n o rg an i c m o le c u l e. A c o f ac t o r m a y be b i o lo g ic a l l y in ac t i v e wi t h o ut an
ap o en zym e (t h e p r ot e in p o r ti o n o f a c om p l ex e n zym e ) . A c of ac t o r f i rm l y bo un d t o
t h e a p o e n zym e i s ca l l e d a p r o s t h e t ic g ro u p . A n o r g a n ic co f ac to r th a t i s no t fi r ml y
bo u nd bu t i s ac t i vel y i n vo l ve d d u ri n g ca t al ys i s is c al l ed a co en z ym e .
c . A c om pl e t e , c a ta l yt ic a l l y a c t i ve e n zym e s yst em i s r e fe r r ed t o a s a h o l o en z ym e .
d . E n zym es fa l l i n t o s i x m a j o r c l a ss es .
(1 ) O x i d o re d u c t as e s ( e. g . , d e h yd ro gen as es , oxi d a se s, p e r o xi da se s ) ar e i m po r t an t
i n th e o xi da t i ve m e ta bol is m o f dr u gs .
(2 ) T r an s f e ra s e s c a ta l yz e t h e t r a n s fe r of g ro u ps, s uc h a s p hos p ha t e a nd am i n o
gr o up s .
(3 ) H yd r o l a s e s ( e .g . , p ro t e ol yt ic en zy m e s, am yl as es , e st e r as es ) h yd rol yze t h e i r
s ubs t ra t e s .
(4 ) L ya s e s ( e . g. , de ca r b o xyl a s e s , d ea m in as es ) c at al yze t he r e mo va l o f f un c ti ona l
gr o up s b y m e a ns o t h er th a n h yd r o l ys i s .
(5 ) L ig a s es (e . g . , D N A l i g a se , wh i c h bi nd s n uc leo t i des t og e th e r d uri n g D N A
s yn t h e si s ) c at al yze t he c ou p l i n g of t w o mo l ec ul e s.
(6 ) I so m e ra s e s c a ta l yz e va r i o u s i so me r i z at i o n s , s uc h as t h e ch a n g e fr o m D t o L
f o rm s o r t he c h an ge f r om ci si so m e r s t o t r an si som e rs .
3. P o l ys a cc h a ri de s (a lso ca l le d g l yc a ns ) are l o n g - c h ai n po l ym e r s o f c arbo h yd r a te s
an d m a y b e l i ne ar or b ra n c he d . T h e y a r e c l a s s if i e d as h om o po l ysa cc ha r i d es o r
he t e ro p o l ys ac c h ar i de s .
a. H o m o p o l ys a cc h a ri de s ( e. g . , s t ar ch , g l yc og en , c e l lu l o s e ) c on t a i n o nl y o ne t yp e
of mo no m er i c un i t.
(1 ) S t a rc h (a r e s e rv e f oo d m a te r i al of p l a nt s ) is c om p o s e d o f t wo g lu co se
po l yme r s —a m y lo se (l i n ea r a n d wa t e r s o l u bl e ) a n d am y l o pe ct i n ( h i gh l y b ra n ch e d a nd
wat e r i ns o lu b l e) . I t y ie l d s m a in l y m al to se ( a g l uc o s e d is a c ch a ri d e) a ft er enz ym a t i c
hy dr o l ysi s wi t h s a l i v ar y o r pan cr e a ti c am y l a s e ; on l y g lu co se af t er c o m pl et e
hy dr o l ysi s b y st r o ng ac ids .
 Figure 8-12. Peptide bond formation occurs as a
result of the condensation of the carboxyl group
of one amino acid with the amino group of
another. Water is eliminated during this process.

P.168

(2 ) G l yc o g en , l i k e a m yl o p ec t i n , i s a h i g hl y b r an ch e d, co mp a ct c h ai n o f D- g l uc os e .
Th e m a i n s t or a g e po l ysa c c ha r i d e o f a n im a l c e l l s, i t i s f o un d m o s tl y i n l i ve r an d
m u s cl e a nd c a n be h y d ro l yze d b y sa l i va r y o r p a n cr e a ti c a m yl a s e in t o m al to s e a nd
D - gl u c o s e .
(3 ) C e l l u l os e (a wa t e r -i n s o lu bl e s t r uc tu r a l po l ys ac ch a r id e f o u n d i n p l a n t ce l l wa ll s )
i s a l i n ea r , u n br a nc he d c ha i n o f D - g lu co se . It c a nn ot b e d i g e st e d b y h um an s
be ca us e t he h um an in t est i n al t ra ct se c re t es n o e nzy m e c ap a bl e o f h y d r o l yzi n g i t .
b . H e te r o p o l ys a c ch a r i de s ( e. g ., he p a ri n , h ya l u ro n i c ac id ) c ont a i n t wo o r m o re
t yp e s o f m o nom e r ic un i ts .
(1 ) H e p a r i n (a n ac i d m uc o po l ysa cc h a r i d e ) c o ns i s t s o f s ul f at e d e ri va t i v es o f D -
gl u c u ro n a t e , D -g lu co s a m i n e a nd L -i d u ro na t e . I t ca n be i s ol a te d f r om l un g t i ss u e an d
i s u se d m ed ic a ll y t o p r e ve n t b l oo d c lo t f orm a ti on.
(2 ) H ya l u r o n i c a c id , a co m po n e n t o f b a ct e ri a l cel l wa l ls as we l l a s o f t h e vi t r e o u s
hu m o r an d s yn o via l f l u i d , c on si s t s o f a l te r nat in g u n i ts o f -ac et yl - D - gl uc o s a m i ne
an d -a ce t yl -m u r a m i c a ci d .
4. N u cl ei c ac i d s a re li ne a r p o l y me r s o f nuc l e o tid e s —p yr i m i di ne and pu r i n e ba se s
l i n k e d t o ri b o se or d e o xy r i b o s e s ug a rs (n u cl eo si de s ) a n d b o u n d t o p ho sp ha t e
gr o up s . T h e b a ck b o n e o f t h e n u c le i c a c i d co ns is ts o f a lt e rn a ti ng p ho sp h ate a nd
pe n to se u n i ts wi t h a pu r in e o r p yr im id i n e ba s e at ta c h ed t o e ac h.
a. N u c le i c ac i ds a r e c lo se l y as so ci a t e d wi t h ce ll ul a r c at i o ns an d s u c h b as ic
pr o t e i ns as h i s to n es a nd p r o ta m i ne s .
b . Th e t w o ma i n t yp e s o f n uc l ei c ac i ds a r e D N A an d R N A. R N A e xi s t s i n th r e e
f o rm s .
(1 ) R i bo s om a l R N A ( r RN A ) f u n c ti o n s as a f ra m e wo r k t o bi nd bo t h m es s e ng e r a nd
t r a ns f e r R N A . I t i s c om pri s ed o f nu m e r o us s ub u n i t s wi t h t he 4 0 S a nd 60 S b e in g th e
m o s t w el l k no w n.
(2 ) M e s s en g e r R N A (m RN A ) s e r ves a s t h e t em pla t e f or p ro t ei n s yn t he s i s a n d
s pec i f i es a po l yp e p t id e ' s a m i n o ac i d s eq ue nc e .
(3 ) T r an s f e r R N A ( t R N A) c a rr i es ac ti v at ed am in o a ci ds t o t he r i bo s o m es , wh e r e t h e
am in o a ci ds a re in co r p o ra t e d i nt o t he gr o wi n g p ol yp e p t i d e c ha i n .
c . In bo t h D N A a nd R N A , t h e s u cc es si ve n uc le o ti d e s ar e j oi ne d b y p h os p h o d i es t e r
b o n d s b et we e n th e 5 ′- h yd r o xy g r o u p of o n e n uc l e o t i de ' s p e nt os e an d t he 3′ - h yd r o xy
gr o up o f t he ne xt n u c le ot i d e 's pe n to se .
d . D N A di f fe r s f r o m R N A i n t ha t i t l ac k s a h yd ro x yl g ro u p a t t h e p e n t ose 's C 2 '
po si t io n , an d i t co n ta i n s T r a t h er t h an U .
e. D N A s t r u c t ur e c on si s t s o f t w o α- h e li ca l D N A s t r a n d s c o il ed aro u nd th e s a m e a xi s
t o f or m a do u b l e h el i x. T h e s t r an ds are an t i p a ra l le l — t he 5 ′, 3 ′-i n te r nu cl e ot i d e
ph os p ho d i e s t e r l in ks run i n o p p os i t e d i rec t i on s.
(1 ) H yd r o g e n b o n d i n g b et we en sp ec i fi c b as e p air s A - T a nd C - G h o l ds t he t wo D N A
s t r an ds t og et h er. Th e s t ra nd s a re c om p le m e n ta r y ( t h e b as e s e qu e nc e o f on e s t r an d
de t e rm in es t h e b a s e s eq u e nc e o f t h e ot he r ) .
(2 ) Th e h yd ro p h o b i c ba s e s a r e o n t h e i ns i d e of t h e h e li x; t h e h yd r o ph i l i c
de o xyr i b o s e- p ho sp h a t e b a ck b o n e is on t he out s id e .

III. BIOCHEMICAL METABOLISM

A. O ve r v i e w . B i oc he m ica l m e t a b o l is m is t he re vie w of p a th wa ys t h at le a d t o th e
s yn t h e si s o r br e ak do wn o f c o m p ou n ds im por t an t t o t h e l i f e o f a n o r gan i sm .
1. C o n t ro l o f m et ab o l i sm . Me t a b ol i s m i s co nt rol l e d b y s ub s t r at e c o nc en tr a t io n,
en zy m e s ( co n s t i t u ti ve o r i n du ce d ) , a ll os t e r ic ( re gu l a to r y) e n zym e s , h o r mo n e s, an d
c om p a rt m en ta t i o n .
2. C a ta b o li s m is t he s um o f d eg r ad a ti o n r ea c ti on s th a t u s u al l y r el ea se e n e r g y fo r
us ef u l wo r k ( e. g . , me ch a n i c a l , os m o t ic , b i os yn t h et i c ).
3. An a b o l is m i s t h e su m o f bi os yn t he t i c (b ui l d-u p) r e ac t i o ns th a t c on su me e n e rg y t o
f o rm n e w b i oc hem ic a l co m po u n ds (m e t a bo li t es ) .
4. Am p h i b o l i c p a thw a ys a re t h o se t h a t m ay b e u s ed fo r bo t h c a t a bo li c as w el l a s
an a bo li c p u rp os es . K reb s c yc l e b re a ks d o w n m et a b ol i te s p ri m ar i l y t o re le a se 9 0 %
of t he to t al ene rg y o f a n o rg an i s m . I t a l s o d r aw s o f f m e ta bol it e s t o f o rm co m po u n d s
s uc h a s a mi n o a c i ds (e . g . , as p a r t ic , g l ut am ic , al an i ne ) . H em og l o bi n ha s i t s h e me
m o ie t y f o r me d f ro m su cci n yl c o en zy m e A (s u cc i n yl C o A ) a n d g l yci n e f o l l o we d b y a
c om p le x s e t o f r ea c ti ons .
P.169

B . B i o e ne r g eti c s
1. S u bs t r a te le ve l p ho s p h o r yl a t i o n en t ai ls t h e fo r m at i on o f on e u n it of ad en os i n e
t r i ph o sp h at e ( A T P ) p e r u n i t of m e t a b o l it e t ra n s f orm ed ( e .g . , s ucc i ny l C o A t o
s uc ci n a t e , p h os ph oe n ol p yr u va t e t o p yr u va te ) . T h e s e re ac t i o ns d o n o t n eed o xyg e n .
2. O x i da t i v e p h o s p h o r yl at i o n e nt ai ls t he fo r ma t io n of on e - an d -a - h a l f o r two - a nd -a -
ha l f u ni ts o f A T P pe r u ni t o f m et a bo li t e t r a n s fo r me d b y o xi d o r e d uc ta se e nzym e s
(e . g . , d e h yd rog e na se s ); t h es e en zy m e s us e f l a vi n A di n uc le o ti de ( F A D ) fo r m e d f ro m
+
t h e vi ta m i n r i bo f la vi n, o r n ic o ti n a m i de A d in uc l e ot i d e ( N A D ) f ro m t h e vi t a m i n
ni co t in am id e a s c of a c t o rs . T h e re ac t io ns a re c o u p l e d t o t he el ec t r on t rans p o rt
s ys t e m , a nd t he en erg y re l ea s e d i s us ed t o fo r m A T P i n t he m i t oc ho nd r i a.
C . C a r b o h yd r a t e m e t a b o l i sm
1. C a ta b o li s m. Th i s p roc e s s re le as es st o r ed e ne r g y f r om c a rb o h yd r at es .
a. G l yc o g e n o l ys i s i s t he b r e a kd o wn o f g l yco ge n i n to g l uc os e p h os p h a t e i n th e l i ve r
an d sk e l e t a l m u sc l e. I t i s c on t r ol l ed b y t h e h o rm on es g lu ca g on a nd ep i n ep h r i ne .
b . G l yco l ys i s i s t he br ea k do wn o f s uga r p h o s p ha t e s ( e . g . , gl u co se, fr u cto s e ,
gl yc e ro l ) i n t o p yr u va t e (a e r o bi c a ll y) o r l a c t a t e (an a e ro b ic a l l y) .
2. An a b o l is m . Th i s p r oce ss co ns um es e n e r g y to b u il d up c o m pl e x m ol e c u l e s f r om
s im pl e r m ol e cu le s .
a. G l yc o g e n e s i s i s t he fo r m a t i o n of g l yc og e n i n th e li ve r an d m usc l es fr om g l u c o s e
c ons um ed in t he di et ; i t s s y n t hes i s i s co n t ro ll e d b y t h e pa nc r e at ic ho rm o ne i n s u l i n.
b . G l u c o n e o g e n e s is is th e fo r ma t i o n o f g l u c o s e f r om n o nc a rb ohy dr a te s ou r c es ,
s uc h a s l ac t at e, a la n in e , p y r uv at e , a n d K re b s c yc l e m e ta b ol i te s; f a t t y ac i d s ca nn o t
f o rm g l uc os e.
D . K r e b s c yc l e . Th i s p ath wa y i s al s o k n o wn a s t he ci t ri c a ci d c yc l e, s e r ve s bo t h
br e ak do wn a n d s yn th e ti c p u r po s es , an d o cc u rs in t h e m i t oc h on dri a l c o m pa r t me n t.
1. C a ta b o li s m. Th i s p ath wa y c o n ve r ts p y ru vat e ( gl yc ol y s is ) , ac e t y l Co A ( f a t t y ac i d
de g ra d at i on ) , a n d am i n o a ci ds t o ca r b on d i o xi d e a n d wa t e r wi t h a r e le as e o f en e rg y.
Th e c yc l e is s t ri c tl y oxyg e n- de p e n d en t (a ero b i c ) . M at u r e r e d b l oo d c el ls l ac k
m i t o ch o nd r i a; he nc e, t he r e is n o K r eb s c ycl e a ct i vi t y.
2. An a b o l is m . Th i s p a t h wa y f o r m s a mi n o ac i ds su c h as a s p ar t a te a n d g l ut a ma t e
f r o m c y cl e i nt e rm e di a te s; a ls o , t h e po r p h yr i n ri n g o f he m e (e . g ., hem o g lob i n ,
m yo g lo b i n, c yt o c h ro m e s ) i s f o rm e d f ro m a c yc l e in t e rm e di a te .
3. An a p l e r ot i c re a ct i o ns . B e c a u se m et a bol i te s a r e u s e d t o ma ke am in o a c i ds o r
he m e ( e. g ., su c c in yl C oA ) , t he me t a b ol i te m us t b e r ep l a ce d b y i n te r m e dia t es f ro m
ot h e r s ou rc es (e. g . , gl u ta m at e fr om t h e b re a k d ow n o f p r o t e in f o r m s α - ket o g lu t a ra t e) .
4. E le c t r o n t r a ns p o r t . Th e e l ec t r on t ra ns p or t s yst e m a cc ep ts el ec t r on s an d
hy dr o ge n f ro m t he o xi d a ti o n o f K re b s c y c le m e t abo l i te s a nd c o up l e s t h e en e r g y
re l ea s e d t o s yn t he si z e AT P i n t he m i t oc ho nd r i a.
E . L i p i d me t a b o l is m
1. C a ta b o li s m. T r ig l yc e ri d e s (t r ia c yl g l yce r o l s ) st o r e d i n f a t ce ll s ( a di p o cyt es ) are
hy dr o l yze d b y h o rm o n e -s e n s it i ve l i p a se s i nt o th re e fa t t y ac i d s a nd g l yc e ro l .
a. F a t t y a c i d s a r e b r o k e n d o wn b y be t a o xi d a t io n t o ac et yl C o A ( t wo c a rbo n un i ts ) ,
whi c h e n t e r t he K reb s c yc l e t o c o m pl e te th e o xi d a t i on t o ca r bon di o xi d e an d wa t e r
wi t h r e l ea se of co ns id e ra b le en e r gy . T o o r ap i d b r e a kd o w n o f f a tt y a ci d s l e ad s to
k et o n e b o d i es (k et o g e ne s i s ) as i n d i ab e te s m el l i tu s .
b . G l yce r o l e nt ers g l yc o l ys is a nd i s o xi d i ze d to py ru va t e an d , via t h e K reb s c yc l e ,
t o ca r bon d i o xi d e a n d wa t e r .
c . S te ro i d s ma y b e c on ver t e d t o o th e r c om p o u nd s su ch a s b i le a c id s, v i t am i n D , or
s t e ro i da l h o rm on e s ( e. g. , c or t i s one , e st r o ge ns , an d rog e n s ) ; t he y a re n o t b r o k e n
do wn c om pl e te l y.
2. An a b o l is m . B i o s yn t h e s i s f o rm s f at t y a c i d s , s t e ro i d s , a nd o t h er t e rp ene - r e l a t ed
m e ta b ol i te s.
a. F a t t y a c i d s a r e f o rm e d i n t h e c yto p la sm , a nd u n sa t u ra t i on oc c u rs i n t he
m i t o ch o nd r i a
P.170
or e n d o p l asm ic r et i cu l um . H um an s c an n o t m ak e l i no l e ic a c i d ; th us , i t i s i m p o rt a nt
t h a t i t b e i n c l ud ed i n th e d i et ( ess e nt i al f at t y ac id ) .
b . T e rp e n e c om p o u n d s a r e de r i ved f ro m ac et yl C o A vi a m e va l o na t e a nd i n c l ud e :
(1 ) C h o l e s t er o l an d ot h er s t e r o i d s
(2 ) F at - so l u b le vi ta mi n s ( i . e. , A , D, E , K)
(3 ) B i l e a ci ds
c . S p h i n g o l i pi d s co n ta in sp h i n g e n in e f orm e d f r o m pal m i to yl C o A a n d se ri n e .
S p h in g en i ne fo r ms a ce ra m i d e ba c kb o ne wh e n j oi n ed t o f a tt y a ci ds . T h e ad di ti on of
s uga r s, si al ic a c i d , or cho l i n e p h os ph a te f orm s c o m po u nd s su ch a s c e r ebr o s i d e s ,
ga n gl i o si d e s , or s ph i ng o m ye l in fo u n d in n e r ve t i ss u es a nd m em br a ne s .
d . P h o s p ha t i d yl c o m p ou n d s , su ch as p h o s p ha t id yl ch o li ne ( l e ci t hi n ) , p h o s ph a t i dy l
s er i n e , o r e t h a n o l am i n e , a r e al so i m p o r ta n t pa r ts o f me m b r an es .
F . N i t ro g e n m eta b o li s m. N i t ro g en m e t abo l is m i nv o l ve s a m i n o a ci d m et a b o l i s m a nd
nu cl e i c a ci d m et abo l ism ( s e e C h a p t e r 9 f o r a di scu s s i o n of t h e nu cl e i c a ci d r ol e i n
c el l ac ti vi t y) .
1. C a ta b o li s m
a. Am i n o a c i ds . Th e a m i n o g r o u p i s rem o ve d b y a t r an sa m i n a s e e n zym e. T h e
c ar bo n sk el e t on is b r o k e n d o wn t o ac et yl C o A (ke t o g en i c a mi n o ac i d s ) o r t o c i t ri c
ac i d c yc l e in t e rm e d i at es ( g l yc o g en i c am in o a ci d s) a n d o xi d i ze d t o c a rbo n d i oxi d e
an d wa t e r f or ene r g y. Gl yc o g en ic am in o a ci d s f orm g l uc o s e a s n e e d ed vi a
gl u c o ne og e ne si s; so me am in o a ci ds a re bo t h ke to g e n i c a n d gl yc og e n i c (e. g . ,
t yr o s in e ) .
b . P u r i n e s a r e s al va ge d ( 9 0 %) , a n d t h e r em ai n ing 1 0 % a re de g r ad ed i n a s eq uen ce
t h a t i nc l u de s xa n t hi n e oxi da s e f o r m i n g u ri c a ci d i n hum a n s .
c . P yri m i d i n es a re c a tab o l i ze d t o β- a l ani n e , a mm o ni a , a n d c a r bo n di o xi d e .
2. An a b o l is m
a. Am i n o a c i ds ar e fo r me d f ro m t he ci t ri c ac i d c yc l e i n t e rm e d i a te s ( se e I I I D 2 ) ;
ot h e rs m us t b e ea te n d a i l y i n d i et a r y p ro t ei ns . T he l a t t e r a r e ca l le d e ss en ti a l a m i no
ac i d s ( p h e n yla l an i ne , vali n e, t r yp to p h a n [ P V T] ; t hr eo ni ne , is o l euc i n e , m et h i o n i ne
[ TI M] ; h i st i di ne , a r g in i n e i n i nf a n t s , l ys in e , l eu c i ne [ H A LL ] ) .
b . P u r i n e s a r e f o rm ed by c o m p le x re a c t i o ns us ing c a r b am oy l p h os ph at e , a s par t at e,
gl u ta mi ne , gl yc i n e , ca r bo n di o xi d e , a n d f o rm yl t et r ah yd ro f o l at e.
c . P yri m i d i n es a re fo r me d f ro m a sp a rt a te an d ca r b am o yl pho s ph a te in a m u l t i s t ep
pr o ce ss .
G. N i t r o g en ex c r e ti o n . E xc e s s ni t r og en mu st be e l i m i n a t ed b ec a u s e i t i s t oxi c .
H u m a n s p r im a ri l y e xc r e te u r e a bu t a ls o exc r e t e ur i c a ci d .
1. U re a s yn t h e s i s . Th e K re b s -H e n s e le i t p a t hw a y i s u se d t o fo r m u r ea p r i nc i p a ll y
i n th e l i ve r . T h e a m m o nia i s r e m o ved f rom a m i no a ci ds b y am i n o a ci d t r an s f er as es
(t r an s a m in a se s) t ha t u se p yr i d o xa l ph os p ha t e ( vi ta m in B 6 ) as a c oe n zym e.
Gl u t a m in e i s f o rm ed f rom gl u ta m a t e ( a n i nt e rm ed i a te ) an d am m on i a ; g l u ta m in e a n d
c ar bo n d i oxi d e f o rm c a rb am o yl p ho sp h a t e , w hi c h e n t e rs t h e u r ea c yc l e a nd a f t e r
s ev er al s t ep s f o rm s u r ea .
2. U ri c a ci d s yn t h e s i s . A l t h ou gh m o st pu r i n e s a r e sa l va g e d , h um an s e xc r e t e t h e
re m ai ni n g p u ri n e s as u ric ac i d .
P.171

STUDY QUESTIONS
D i re c t i o n s: E a ch of t he nu m b e red i t em s o r i nc om p le t e s t at e m en t s in t hi s se ct i o n is
f o l lo we d b y an s w e r s o r b y c o m pl e t io n s o f t h e st a te m en t . Se l e c t t h e o n e l e t t e r e d
an s we r o r c om p l et i on tha t i s be s t i n e ac h c as e.
1. W hi c h o f th e fo l l ow in g f u n c t i o n a l g r o u p s ca n r e a c t w i th h yd ro c h l o r i c a c i d t o
fo r m a s a lt ?
(A ) T er t i a r y a m i n e s
(B ) C a r bo xyl i c a ci ds
(C ) A m id es
(D ) E t h er s
(E ) S ec o nd a r y a l co h ol s
V i e w A n s we r 2. T h e c o m p o u n d s h ow n c o n ta i n s al l o f
th e f o l l o w i ng f u n c t i o n a l g ro u p s E X C E P T :

(A ) a ph e no l
(B ) a s u b s ti t u t e d p hen yl r i n g
(C ) a n es t e r
(D ) a n al i c y cl i c ni t r og en
(E ) a k e to n e
V i e w A n s we r 3. W h i c h o f th e f o l l ow i n g f u n c t i o n a l
g r o u p s i s m o st s us ce p ti b l e to h yd ro l ys i s ?
(A ) R — C O — R
(B ) R — C O O R
(C ) R — O— R
(D ) R — N H —C H 3
(E ) R — C O O H
 V i e w A n s we r 4. M o n o m e r u n i t s o f p ro t e in s a r e kno w n
as
(A ) m on os a c ch a ri d es
(B ) p r os th e ti c g r o u p s
(C ) a m i n o a c i ds
(D ) p u ri n es
(E ) n uc le os i de s
V i e w A n s we r 5. W h i c h o f th e f o l l ow i n g f o r mu l as
re p re se n ts th e zw i t te r io n f o r m o f a n a m i n o ac i d ?

V i e w A n s we r 6. G lu c o s e is a ca r b o h yd r a t e t h a t
ca n no t b e h yd r o l yz e d i n t o a s i mp l e r s u b s t an ce . I t i s b e s t d es c r i b e d as
(A ) a s u g a r
(B ) a m on o sa cc ha r i d e
(C ) a di sa cc h a r id e
(D ) a pol ysa cc h a r i de
(E ) a n o li go s ac c ha ri de
V i e w A n s we r 7. Al l o f t h e fo l l o w i ng ca rb o h yd r at e s
ar e c o n s id e red t o b e po l ys a c ch a r i de s E X C E PT
(A ) h ep a ri n
(B ) s ta r ch
(C ) g l yco g e n
(D ) m al t o s e
(E ) c el l u l os e
V i e w A n s we r 8. W h i c h o f th e f o l l ow i n g c om p o u n d s
ar e c o n s id e red t h e b u i ld i n g b l o ck s o f nu c le i c a c i d s ?
(A ) N u cl e o t i d es
(B ) N u cl e o si d es
(C ) Mo n o s a c ch a r id es
(D ) P u r in es
(E ) A m i n o ac i ds
V i e w A n s we r P . 17 2

9. W hi c h o f th e fo l l ow in g t e rm s be s t d es cr i b es a c o fac t o r th a t i s fi rm l y b o u n d
to a n a p o e n z ym e ?
(A ) H o lo e n zym e
(B ) P r o s t he t i c g r o up
(C ) C o e n zy me
(D ) Tr a n s fe r a s e
(E ) H e t er o p ol ysa cc h ar i de
V i e w A n s we r 10 . En zym e s t h a t u n c o u p l e p ep t i d e
l i n k a g e s a re b e s t cl a ss i f i e d a s
(A ) h yd r o l a s e s
(B ) l i g a s e s
(C ) o xi d o r e du c t a se s
(D ) t r a ns fe r as es
(E ) is o m e r a s e s
V i e w A n s we r 11 . T h e s ug ar t h a t i s in h e r e n t i n t h e
n u c le i c a c id s R N A a n d D N A i s
(A ) g lu co se
(B ) s uc ro s e
(C ) r i bo se
(D ) d i g i to xos e
(E ) m al to s e
V i e w A n s we r Di r ec ti o n s : E a c h i te m b el o w c o nt a in s
t h re e s ug ge st e d a ns we r s o f wh i ch on e o r m o r e is c o r re ct . C h o o s e t h e a nswe r .
12 . W h i ch o f t h e f o l l ow in g f u n c t i o n a l g r o u p s c a n f o rm a h yd r o g e n b o n d ?
I . An a r o m at i c am in e
I I . A t e r t i a r y h yd r o x yl
I I I . A n a r o m a t ic h yd r o c a r b o n
A i f I o n l y i s c o r re ct
B i f II I o n l y i s c o r r ec t
C i f I a n d I I a r e c or re c t
D i f II a n d I II a re c o rre c t
E i f I, I I , an d I I I a r e c o rre c t
V i e w A n s we r 13 . W hi ch o f t h e f ol l ow i n g f un c t i o n al
g r o u p s c om m on l y u n d e r g o e s c o nj u g ati o n w i t h g l u cu r o n ic a c i d ?
I . A c a r b o x yl i c a c i d
II. A primary amine
III. A phenol
A i f I o n l y i s c o r re ct
B i f II I o n l y i s c o r r ec t
C i f I a n d I I a r e c or re c t
D i f II a n d I II a re c o rre c t
E i f I, I I , an d I I I a r e c o rre c t
V i e w A n s we r Qu e s ti o n s 14 - 1 6
Th e f o l l o wi n g q u es ti o ns r e f e r t o t h e d r ug m o l e cu le sh ow n bel o w.

14 . Th e fu n c ti o na l g ro up s t h a t en h a n c e t h i s c om p o u n d ' s ab il i t y t o cr o s s ce l l
m e m b ra n es i n cl ud e :
I . t h e p h e n yl ri n g s
I I . t h e ce n t r a l a lk yl c h a i n
I I I . th e s e c o n d a r y a n d t er t i a r y h yd r o x yl s
A i f I o n l y i s c o r re c t
B i f I I I o nl y i s c o r r ec t
C i f I a n d I I a re c o rr e c t
D i f I I a n d I I I a re c o r rect
E i f I , I I , a nd I I I a re c o r re c t
15 . Ba s ed u po n t he f u n c t i o n a l g ro u p s p r es en t, t h i s d r u g w o u l d b e e x p e c t e d t o
b e ab l e to f o rm :
I . va n de r W a a l s i n te rac t i o n s
II. ionic bonds
I I I . h yd ro g en b o n d s
A i f I o n l y i s c o r re c t
B i f I I I o nl y i s c o r r ec t
C i f I a n d I I a re c o rr e c t
D i f I I a n d I I I a re c o r rect
E i f I , I I , a nd I I I a re c o r re c t
16 . Po s si b l e m e t a b o l i c p a t hw a ys f o r t h i s d ru g i n c l u d e :
I . r e du c t io n o f t h e c arb o x yl i c a ci d
I I . h yd ro l yt i c c l e a va g e
I I I . a r o ma t i c o x i d a t io n
A i f I o n l y i s c o r re c t
B i f I I I o nl y i s c o r r ec t
C i f I a n d I I a re c o rr e c t
D i f I I a n d I I I a re c o r rect
E i f I , I I , a nd I I I a re c o r re c t
V i e w A n s we r
P. 1 73

ANSWERS AND EXPLANATIONS

1. T h e an sw e r is A I C 2 c
S u b st a nc es th a t r e ac t wi t h a c i d s t o f o rm sa l ts m us t b e ba s e s . O n l y o r g an ic
c om p ou n ds th a t co n ta i n t h e n i t ro g en -c o nt a in i n g a m in e gr ou p a r e b as es . W h i le
am id es c on t ai n ni t r o g e n , t h e a dj ac e nt ca r bo n yl g ro u p d ec r e a s es t h e bas ic i t y;
t h e r e f o re , t h e y a re e s sen t i al l y ne u tr a l.
2. T h e an sw e r is C F i gur e s 8 -4 , 8-7 , 8 -8 , 8 -10
A s sh o wn i n F i g u re 8 -8 , e s te r s h a ve a c a r bo n yl at o m d i re ct l y bo n de d t o a n oxyg e n
at om . T h is s t r uc t u r a l f ea t u re i s n ot p re se n t i n t hi s co mp o un d . H o we ve r , t h e
c om p ou nd d oe s ha ve t h ree s u bs t i t u te d p h e n yl ri n g s , t wo p h en o l s , a te r t i a ry a l i c yc l i c
ni t ro g en, a ke t o n e , a nd a n et h e r.
3. T h e an sw e r is B I E 2 b
H yd r ol ys i s i s a do u b l e dec om po si t io n re ac t io n i n wh i c h wa t e r i s o n e of t he
re a ct a n t s . E st e rs , p a r ti c ul a rl y s i m pl e e st e rs , c omm onl y u nd erg o h yd r o l ys is . C e rt a in
t yp e s o f e t he r s s u c h a s g l yc os i d e s al so un d e rg o h yd ro l ysi s , b u t th e y u s ua l l y r eq u i re
s t r on g l y a lk al i n e co nd i t i on s o r a c a t al ys t s u c h a s a n en zym e . K e t o ne s , a mi n es , o r
c ar bo xy l i c ac i ds d o n o t un d e rg o h yd r o l ys i s .
4. T h e an sw e r is C I I B 1 , II E 1
P r o t e i n s a re l a rg e m o l ecu l es wi t h m ol ec ul a r we i gh t s r a ng i ng f ro m 5 0 0 0 t o m o re th a n
1 mi l li o n da l to n s . A l l p r o t e i ns a r e c om po se d o f ch a in s o f a m i n o ac i ds a n d c an b e
hy dr o l yze d t o yi e l d a m i xt u r e o f th e i r r e s p e ct i ve a m i no ac i d s. T h e r e a re 20 α - a m in o
ac i d s, wh i c h a re co mm on l y f o un d i n p r ot e in s. A ll t h e na t u r a l l y o c c ur r i n g a m i n o ac i d s
i n pr o t e i n s ar e L - e na nt i o m ers , wi t h t h e e xc e p t io n o f gl yc i n e . A l l ha ve a t l e a s t o ne
am in o g r ou p a n d o ne ca rbo xy l g r o u p . T he am in o a c i d s a re l in ke d t og e t he r t hr ou g h
t h e a m i n o g r o u p o f o n e a m in o a ci d an d t he c ar bo xy l gr o u p o f an o th e r a mi n o a ci d
wi t h t h e s pl i t t i n g ou t o f a wa t e r m o l ec ul e to f o r m an am id e l in ka g e , wh i c h i n a
pr o t e i n i s r e f er r ed to as a p e pt id e . Mo n os ac c h a ri d e s a r e si m p l e , no n h yd ro l yz ab l e
s uga r s. P u ri n e s a n d p yr i m i di ne s a r e o r g an i c b ase s , wh i l e a pro s t h e t i c g ro u p i s a
c of a c to r th a t i s f i r ml y b o u n d t o a n a poe n zym e .
5. T h e an sw e r is D I A 1 a, I I B 2 , 3 , I I E 1 , F i gu r e s 8 -2 , 8 -1 1 , 8 -1 2
A zwi t t e r i o n i s a s i n gl e sp e ci es c o n ta in i ng b o t h ne ga ti ve an d p o s i ti ve ch ar g e s. I t
s om e ti me s i s r e fe r r e d to a s a n i n te r nal s a lt . Am in o a c i ds h a ve an am in o g r o u p a nd a
c ar bo xy l g r o u p i n t h e s am e m ol ec u le . T h e a m i no g r o up , wh ic h i s b as i c , at t r ac t s t he
pr o t o n f ro m t he ca r b o xyl g r oup an d b e c om es po si t i ve l y c h a r g e d , wh i le th e c a rb o xyl
gr o up b e co m e s ne ga t i vely c h arg e d wh e n i t d o n at es i t s p ro t o n t o t h e am ino g r ou p .
A m i no ac id s e xi s t as zwi t t e r io n s at ne a r n e u t r a l pH s uc h a s o cc u rs w i t hi n a ce l l o r i n
t h e b l oo d s t r ea m.
6. T h e an sw e r is B I I C 1
W hi le g l u c o s e i s a s ug ar, i t i s m o r e s pe ci f i c al l y a s im pl e s ug a r t h at c a n no t b e
hy dr o l yze d i n to m o r e sim p le s u ga r s —t h us , i t i s c l a s s i fi e d a s a m o n o s a cc h a ri de .
S u g ars m a y b e s i m pl e , su c h as gl u co se , o r c o m p le x, s uc h a s su c ro se , a n d a r e
c l a ss i fi e d a s di sa cc h ar i d e s o r ol i go sa cc ha r id e s , re s p ec t i ve l y. P ol ysa cc h a ri d es
c ons i s t o f l o n g c h ai ns of m on o s a cc ha r id es su ch a s c el l ul os e a nd g l yc o gen .
7. T h e an sw e r is D I I C 2 b , 3 , E 3 a , b
P o l ys acc ha ri d es a r e l o ng - c ha in p o l ym e r s o f s ug a r s . A s t h e p r ef i x “ p o l y” i n d ic a te s,
t h e r e a re m a n y s u ga r un i t s i n t he m o le c ul e . Ma l t o s e is c o m p os e d o f t w o m o le cu l es
of gl uc os e a n d is cl as s i f i ed as a di sa cc h a r i de o r a n ol ig o s a cc ha r id e .
8. T h e an sw e r is A I I D, E 4
N u c le ic a c id s a r e l in e a r p o l ym e r s o f n uc l e o ti d es t h at c on si st o f t h re e d i f fe r e n t
m o le cu l es t h a t a re co va l en t l y l i nk ed to f or m o ne u n i t: (1 ) a n o rg a n i c bas e of ei th e r a
pu r i n e or a py r im i di ne ; (2 ) a 5 - ca r b o n s ug a r (e . g ., p en t os e ); a nd (3 ) a pho s p ho r ic
ac i d g ro u p. A n uc l eo s i de c on si s ts o f t he o r g a n ic b a se an d t h e p en t o s e . A
m o no sa cc ha r i de is a sim p l e n o n h yd r ol yz a b l e ca rb o h yd ra t e, wh i c h m a y b e
c ons i d e re d a bu i ld i ng bl o ck o f p o l ys ac ch a ri d es . P u r i n e s a r e h et e r o c ycl i c b a se s.
A d e ni n e a nd g ua ni ne a re t he t wo p u ri n e s fo u nd in de oxyr i b o nu cl e ic ac id (D N A ) a n d
ri b on uc l e i c ac i d ( R N A ). A m i n o ac i ds a r e t he bu il di n g bl oc ks o f p ro t e i n .
P.174

9. T h e an sw e r is B I I E 2 b , c d
C o m p l e x, o r co n j u ga t ed , e n zym es c o n ta in a n o n p r o t e i n gr o u p c a l l e d a c o fa c t or ,
whi c h i s re q ui r e d f or b i o l og i c a c ti vi t y . In m a n y c a s es , th e c o fa ct or i s q ui t e f i rm l y
bo u nd to t h e p r o te i n. In o t h e rs , t he bi n d i n g oc cu rs onl y d u r i n g t he re a c t i on t ha t th e
en zy m e c a ta l yze s . C o f ac t o r s t h a t a re fi r ml y b o u n d t o t h e p rot e i n a r e k no wn a s
pr o st h e t i c g ro u p s , wh e r e a s th o s e t h at a re a c t i ve l y bo u nd to t he p ro t ei n on l y d u ri ng
c at a l ysi s a r e r e fe r r e d t o a s c oe n zym e s .
A h o lo e n zym e is a co mp l et e, c a t a l y ti ca l l y a c t i ve en zym e s yst e m . A t r ans f er as e is an
en zy m e th a t c a t al yze s th e t r an sf e r o f gr o up s f r o m o n e s u b st a nc e t o a no t her , s u ch
as c a te ch o l- -m et h yl t r a n s fe r as e ( C O MT ) . A h e t e r op ol ys a c ch a ri d e is a
po l ysa cc ha r i d e th a t c o nt ai ns t wo o r m or e d i f f e r e nt m on om e ri c u ni t s, s uc h a s
he p ar i n .
10 . Th e a n sw e r i s A I I E 2 d
A p e p t i de l i nk ag e i s a n a m i de fu n c t io n al g ro up f orm e d f r om th e l os s o f a mo l ec ul e o f
wat e r f r om t wo am i no ac i d s. U nc o up l i n g t hi s l i n ka g e i s t h e r ev ers e o f t h is r e ac t io n ,
a h y d r o l ys is re ac t io n . A h yd r o la se i s an e n zym e th a t c a ta l y ze s h yd r ol ys i s r e a ct i on s.
Mo r e s p e c i f i c t e rm s f o r an e n zym e t ha t c a t a l yze s t h e h y d r o l ys is o f p ro t e i n s a re
am id as e o r pe p ti da s e. A l i ga se ca t a l yze s th e c oup l i ng o f t wo m o l e cu l e s . A n
oxi d o r e d u c t as e ca t al yze s o xi d a ti o n r e ac ti o ns . A tr a ns f e ra s e ca t a l yze s th e t r a ns fe r
of g rou ps f r om on e s u b s ta n ce to an o th e r . A n i so m e r a s e ca t al yz es th e
i n t er c on ve r si on o f o ne i so m e r t o an o t he r .
11 . Th e a n sw e r i s C I I E 4
N u c le ic a c id s a r e b i op ol ym e r s c on si st i n g of lo n g c h ai ns of nu cl eo t i d e s . Nu c l e o ti de s
c ont a i n a p en t os e m on osa cc h a ri de as one of th ei r t h ree c ons t i t u en ts . R N A c on t ai ns ,
as th e n a m e s ug g e s ts , th e m o n o sa cc h a r i d e ri b ose , wh e r e as D N A c on t a i n s
de o xyr i b o s e. T h e o n l y d if f e ren ce be t w ee n t h es e t wo s u g a rs i s t h e a bs en ce o f
oxyg en i n th e 2 p o s it io n o f t he ri b os e r i ng . G l uc os e, a ls o k no wn a s de xt r o s e, i s a
he xo s e . D ig i t o xo s e is a d e o xy he xo s e pr es e n t i n t h e d i g i t al is gl yc o s id e s . S u c r os e
an d m al t o s e a r e d i s a cc ha r i de s .
12 . Th e a n sw e r i s C ( I , II ) I C 2 b , D 1 a , F 3 a
H yd r og e n b on ds a re a sp e ci a l i ze d t y p e of d i po l e b o n d in wh i c h a h yd r oge n at om
s er v es as a b ri d ge b e t we e n t wo e l ec t ro n eg a ti ve a t om s . H yd r o ge n -bo nd d o n o rs
i n cl u d e h yd r o xyl g r o u p s , p he n o l s , a m i ne s, a n d am i de s. H yd r og e n -b o n d ac ce p to r s
i n cl u d e h yd r o xyl g r o u p s , p he n o l s , u ni o n i z ed ni tr og e n at oms , k e to n es , a n d e t h e r s.
H yd r oc a rb o ns , r e g a r dl ess i f t hey a r e al i ph a ti c , a l i c yc li c , o r a r o m a t i c, are no t
c apa b l e of fo r mi n g h yd r o ge n b o nd s.
13 . Th e a n sw e r i s E ( I , II , a nd II I ) I B 2 e, C 2 d , D 2 d
Gl u c u r o ni d e co n ju ga t io n i s th e m o s t c om m o n p ha s e II m e ta b ol i c pa t h wa y f or t wo
re a so ns : (1 ) T h e b o d y ha s a r e a d il y a va il ab l e sup p l y of g l u c u r o n ic a c id , an d (2 )
t h e r e a re a l a rg e nu m b e r o f fu n c t i o n al g r o up s t h a t c an rea ct wi t h th is c omp o u nd .
I n cl u de d a mo n g t h e se f u n c t i o na l g r o u ps a re ca r boxyl i c a ci ds , p ri m a r y, s ec o nd a r y
an d t e r t i a r y a m i n e s , a n d p h e no l s .
14 - 16 . T h e an sw e rs a r e: 1 4 - C ( I , II ) I A 1, D 1 b, F 1, 3 15 - E ( I, I I , an d I I I ) I B 2
b, C 2 b , D 1 a , F 1 a , 3 a 16 - B ( I I I ) I B 2 e, E 2 b , F 3 b
Li p o p hi li c f u n c ti ona l g r oup s i nc r e a se a d r ug 's a bi l it y t o c r os s ce l l m e mb ra n es . T h e
t h re e a ro m a t ic ph e n yl r ing s , a s we l l a s th e a li p h at i c b u t yl c ha in c on n e ct i ng t h e
c ent ra l p he ny l r i ng to t he n it r o ge n o f t he pi p e radi ne r i n g , a r e a l l li p op h i l ic ( i . e . ,
hy dr o ph o bi c ) a n d c o nt r i bu t e to th e d r ug 's p a ss age t hro u gh c e ll m em b r an e s . T h e
hy dr o xy l g r o u ps , a s we l l a s t h e a ci di c c a rb o xyl i c a c id a n d t h e b as ic al i c ycl i c a m i ne ,
ar e a l l h yd r op h il ic a n d e n h a n c e t he o ve ra ll wa t e r s ol u b i li t y o f t he co mp o un d .
Th e p h en yl r i n gs , a s we l l a s t h e ce nt ral a lk yl c h ai n a nd t he m e th yl g ro up s , a r e
c apa b l e of fo r mi n g va n d e r W aa ls i n t e ra ct i o n s w i t h ar om a t ic an d a l ip ha t ic
hy dr o ca r bo n re g io ns on r e c ep t o r m o l e c u l e s . Th e c a r b oxyl i c ac i d a nd th e b a s i c
ni t ro g en are c apa b l e of fo r m i n g b o th io n i c a nd hyd r oge n b o nd s , wh i l e t h e h yd r o xyl
gr o up s a r e a ls o c a pab l e o f f or m i n g h yd r og en b ond s .
Of t h e m e t a bo l i c p a th wa ys l i s t e d , a r om a ti c o xi dat i o n is t he on l y pl au si b le c h o ic e.
Th e t wo u n su bs t i t u te d ph e n yl ri ngs a r e ve r y s usc e pt i bl e t o hy dr o xy l a t i on,
ep o xi d a t i o n , a nd / o r di o l fo r m at i on . Ca r b o xyl i c a ci d s a r e n o t n o rm al l y r ed u c e d, bu t
ra t h e r co nj u ga t ed w i t h ei t h er g l uc ur o n i c a ci d, gl yc i ne o r g lu t am in e . E st e rs, a m i d e s
an d t h e i r c yc l i c d e ri va t i ve s , l ac t on es an d l a c t am s, a re t h e p ri m ar y f un c ti on a l g r o u p s
t h a t u nde r g o h yd ro l ys i s. N o n e o f th es e f u nc ti o na l g ro up s a r e p re se n t i n t he
c om p ou nd sh o w n.