ANÁLISE DA ESTRUTURA
MORFOLÓGICA DE PARTÍCULAS
EM MICROSCOPIAS NO IMAGEJ
Prof. José Gedael Fagundes Júnior
1° Semestre 2015
TUTORIAL IMAGEJ
DOWNLOAD E HELP
Pode se fazer o download do programa acessando o
site abaixo. O ImageJ tem versões disponíveis para 32 e 64
bits.
[Link]
Dicas e instruções da utilização do programa também
estão disponíveis no site.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 2
TUTORIAL IMAGEJ
IMAGEJ
O ImageJ é um software que faz análises e
processamentos de imagens tais como:
Calcular a área de uma imagem ou seleção;
Medir distâncias e ângulos;
Manipulação das propriedades da imagem (brilho,
contraste, cores, etc);
Edição de imagens, etc.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 3
TUTORIAL IMAGEJ
ABRINDO UMA IMAGEM
1. Na barra de comandos clique em Files/Open:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 4
TUTORIAL IMAGEJ
ABRINDO UMA IMAGEM
2. Escolha o diretório onde a imagem se encontra.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 5
TUTORIAL IMAGEJ
ABRINDO UMA IMAGEM
3. A imagem será exibida em uma nova janela:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 6
TUTORIAL IMAGEJ
ABRINDO UMA IMAGEM
Ao abrir o imageJ, o
programa assume a
calibração padrão em
pixels:
Tamanho da imagem :
1024 x 768 pixels
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 7
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
Para calibrar o ImageJ
é necessário que a
imagem tenha uma
escala de referência ou
algum detalhe onde se
conheça as dimensões
reais:
Escala de
Referência
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 8
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
1. Após exibir a imagem, na barra de comandos clique no
ícone de zoom :
Botão direito do mouse: reduz o zoom;
Botão esquerdo do mouse: aumenta o zoom.
Ajuste o zoom de maneira que a escala de referência ocupe
toda a janela.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 9
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 10
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
2. Agora selecione o comando Straight Line e desenhe
uma linha sobre a escala de referência:
Ao traçar a linha
pressione SHIFT.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 11
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
3. Clique em Analyse/Set Scale:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 12
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
4. Uma janela Set Scale é exibida:
Distance in pixels: é o comprimento
da escala de referência em pixels;
Knowm distance: comprimento da
escala de referência na unidade
adotada (μm);
Unit of length: unidade adotada:
milímetros (mm), micrometros
(um),etc.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 13
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
5. Complete os campos da Set Scale e clique em OK:
Knowm distance: 30
Unit of length: um (referente a µm)
Atenção: Caso tenha outras imagens com
a mesma escala de referência, marque a
opção GLOBAL, assim as próximas
imagens já estarão calibradas.
AO FECHAR O PROGRAMA AS
CALIBRAÇÕES SÃO PERDIDAS!!!
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 14
TUTORIAL IMAGEJ
CALIBRANDO O IMAGEJ
6. Após ser feito a calibração, a parte superior da imagem
exibe as dimensões reais:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 15
TUTORIAL IMAGEJ
APLICANDO THRESHOLD
1. Agora abra a imagem com o mesmo tamanho, porém
sem a escala de referência: File/Open/.......
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 16
TUTORIAL IMAGEJ
APLICANDO THRESHOLD
2. Clique em Image/Adjust/Threshold (Shift+Ctrl+T):
Os tons escuros da imagem ficarão na cor vermelha.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 17
TUTORIAL IMAGEJ
APLICANDO THRESHOLD
3. Se necessário ajuste o Threshold e então clique em
Apply e feche a janela.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 18
TUTORIAL IMAGEJ
APLICANDO THRESHOLD
4. A imagem assumirá tons pretos e brancos:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 19
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
Após ter ajustado a imagem em tons de preto e branco,
pode-se partir para a análise das partículas:
1. Na barra de comandos do ImageJ clique em
Analyze/Analyze Particles;
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 20
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
2. A janela Analyze Particles é será exibida:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 21
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
Comandos da Janela Analyze Particles
Size: Partículas com tamanhos iguais ou inferiores ao valor
estipulado neste campo serão ignoradas;
Circularity: Indica o quanto próximo de uma circunferência
a particula está. Varia entre 0 e 1. Quanto mais próximo de
1 a circularidade se encontra mais arredondada é a
partícula:
A
C 4 2
P
• A = área da partícula;
• P = perímetro da particula;
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 22
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
Comandos da Janela Analyze Particles:
Show: comando que apresenta uma série de opções em
que o ImageJ irá exibir a imagem após a análise:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 23
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
Comandos da Janela Analyze Particles:
Display Results: As medições de cada partícula serão
exibidas no Results Table.
Clear Results: Medições feitas anteriormente exibidas no
Results Table serão apagadas;
Summarize: Os parâmetros de exibição selecionados em
Set Measurements (Analyse/Set Measurements) serão
exibidos em uma planilha adicional;
Exclude on Edges: As partículas em contato com os
contornos da imagem ou seleção serão excluídas;
Include Holes: Vazios existentes no interior das partículas
serão incluídos.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 24
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
3. Preencha a Janela Analyze Particles no seguinte modo:
Size: digite 5 µm;
Show: Selecione a opção Outline;
Marque as opções Display Results e Summarize e clique
em OK.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 25
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
4. Três novas janelas serão exibidas:
Drawing: Imagem conforme a opção definida no campo
Show da janela Analyze Particles;
Results Table: Planilha com as medidas das partículas;
Summary: Planilha com os valores médios;
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 26
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
4.1. Drawing:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 27
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
4.1. Results Table:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 28
TUTORIAL IMAGEJ
ANÁLISES DE PARTICULAS
4.1. Summary Table:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 29
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
Observe na imagem utilizada como exemplo, as partículas
que estão em contato, o ImageJ considerou como sendo
uma única partícula, a seguir os passos para fazer a
segmentação das áreas a ser medidas.
Imagem Original Threshold Show: Outlines
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 30
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
1. Se necessário repita os procedimentos de calibração do
ImageJ e aplique o Threshold na imagem (Slides 1 ao 20 ).
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 31
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
2. Na Barra de comandos do ImageJ clique em
Process/Binary/Watershed.
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 32
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
3. As partículas serão desmembrada conforme imagem
abaixo:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 33
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
4. Na barra de comandos do ImageJ clique em
Analyze/Analyze Particles;
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 34
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
4. Selecione os parâmetros na Janela Analyze Particles e
clique OK:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 35
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
5. As janelas Table Results, Summary e Drawing serão
exibidas:
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 36
TUTORIAL IMAGEJ
SEGMENTANDO AS PARTÍCULAS
Imagem Original Threshold Show: Outlines
Partículas não
segmentadas
segmentadas
Partículas
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 37
TUTORIAL IMAGEJ
Para maiores informações:
1. HEALTH, N. I. O. M. Research Services Branch. ImageJ.
Disponivel em: <[Link]
Acesso em: 29 Janeiro 2015.
2. ImageJ User Guide;
08:55 Prof. José Gedael Fagundes Júnior 38