I Procarioti e I Virus
I Procarioti e I Virus
Questa lezione intende offrire l’opportunità di conoscere le caratteristiche delle cellule procarioti.
• Habitat
• Funzioni
• Interazioni con eucarioti
• classificazioni
• DNA, citoplasma, ribosomi, membrana cellulare, periplasma, parete cellulare,
• Riproduzione batterica
• coniugazione, trasformazione, trasduzione e sporulazione
• Batteri Gram+, Gram- e atipici
• Kleinsmith L.J. And Kish V.M. Principi di biologia cellulare e molecolare. Casa editrice ambrosiana
• Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. Biologia molecolare della cellula. Zanichelli
ORGANIZZAZIONE DEL MONDO BIOLOGICO
I sistemi biologici presentano un’alta complessità e possono essere di varie tipologie.
Per meglio descrivere i sistemi biologici, si fa uso di classificazioni, spesso facenti riferimento al grado di
complessità.
CLASSIFICAZIONE DEL
MONDO BIOLOGICO
La tassonomia è la pratica di identificare diversi
organismi, classificarli in categorie e nominarli. Tutti
gli organismi, sia vivi che estinti, sono classificati in
gruppi distinti con altri organismi simili e hanno un
nome scientifico.
Domain: Eukaryota
Kingdom: Animalia
Phylum: Chordata
Class: Mammalia
Order: Primates
Family: Hominidae
Genus: Homo
Species: Homo sapiens
Dimensioni degli organismi
Gli elementi basilari della cellula
• Citoplasma: una sostanza simile a un gel costituita da acqua e molecole necessarie per la crescita cellulare
• Membrana plasmatica: contiene il citoplasma e viene anche detta membrana cellulare o citoplasmatica
• Ribosomi, ovvero organelli necessari per la sintesi proteica (traduzione) e quindi per mantenere funzionale
la macchina cellulare
Le cellule degli
organismi viventi:
batteri e archee
Laura Iop
Professore associato in Scienze Mediche Applicate
Dipartimento di Scienze Cardio-Toraco-Vascolari e Sanità Pubblica
Università di Padova
I procarioti
I procarioti sono microorganismi, ovvero forme di vita che possiamo vedere solo al microscopio.
Sono organismi unicellulari appartenenti al dominio delle Archeae e dei batteri, le prime forme di vita ad
essere comparse sulla Terra.
Condividono con gli organismi eucarioti le proprietà generali della cellula, ma si distinguono da essi per le
funzioni eseguite.
Generalmente, le cellule eucarioti sono di più grandi dimensioni rispetto a quelle procarioti e hanno quindi
necessità di compartimentalizzare i processi chimici effettuati attraverso organelli rivestiti di membrana.
Essi sono stati studiati per secoli, ma è a partire dal 1966 che si è avuta una maggiore comprensione di questi
organismi grazie all’individuazione di particolari ceppi resistenti ad alte fonti di calore (acqua bollente) da parte
di Thomas Brock.
Molti procarioti possono vivere in condizioni ambientali estreme (vulcani, fondali oceanici, etc.)
I procarioti sintetizzano proteine (funzione spesso sfruttata da medici e ingegneri industriali per produzione di
massa) e hanno altre capacità, fra cui quella di digerire scarti e trasformarli in energia elettrica oppure, in
quanto in simbiosi con l’organismo umano, proteggerlo da microorganismi patogeni.
Habitat dei procarioti
I procarioti sono ubiquitari e resistenti a vari tipi di condizioni ambientali (estreme temperatura, pressione,
forza, etc.). Sono perciò estremamente resilienti e adattabili.
Sono presenti nel corpo umano in un rapporto di superficie occupata stimato tra 1:1 e 1:10 da studi dell’Istituto
Superiore di Sanità.
I procarioti del suolo metabolizzano sostanze provenienti dalle piante e li trasformano in humus che aumenta la
fertilità del suolo stesso.
Sono anche flessibili dal punto di vista metabolico, modificando il tipo di metabolismo a seconda delle
condizioni all’intorno (cianobatteri possono recuperare energia sia dal metabolismo lipidico, producendo acidi
grassi, che dal metabolismo generante biocarburante, in quanto producono acidi grassi ed esteri della cera).
Altri batteri traggono energia dal metabolismo dei carboidrati oppure da reazioni chimiche, come le riduzioni di
solfati in solfuri.
Habitat dei procarioti
Molti organismi eucarioti necessitano di carbonio organico per crescere ma non sono in grado direttamente di
usare fonti inorganiche di carbonio. I procarioti hanno invece questa capacità di conversione di queste fonti, fra
cui anche CO2, in carbonio organico (poi utilizzato dagli animali), secondo un processo denominato fissazione
del carbonio.
Gli eucarioti dipendono dai procarioti anche per la fissazione dell’azoto, operando una conversione dell’azoto
atmosferico in ammoniaca, usata da molte piante per produrre biomolecole necessarie alla loro sopravvivenza.
I batteri del genere Rhizobium sono batteri che fissano l'azoto; vivono nelle radici delle piante di leguminose
come trifoglio, erba medica e piselli. L'ammoniaca prodotta da Rhizobium aiuta queste piante a sopravvivere
consentendo loro di creare blocchi di acidi nucleici. A loro volta, queste piante possono essere mangiate dagli
animali - sostenendo la loro crescita e sopravvivenza - oppure possono morire, nel qual caso i prodotti della
fissazione dell'azoto arricchiranno il suolo e saranno utilizzati da altre piante.
Funzioni dei procarioti
Un'altra funzione dei procarioti è la pulizia dell'ambiente. In ambienti artificiali, si è scoperto che alcuni batteri
sono in grado di degradare le sostanze chimiche tossiche che inquinano l'acqua e il suolo.
I batteri possono anche espletare funzioni che si rivelano tossiche o pericolose per l’uomo, come i batteri
patogeni causa di malattie e infezioni oppure quelli che contaminano il cibo causandone il deterioramento o
malattie alimentari.
Si stima che meno dell'1% dei procarioti (tutti batteri) siano patogeni umani.
Oltre ad avere un impatto diretto sulla salute umana, i procarioti influenzano l'uomo in molti modi indiretti.
Secondo un’ipotesi ambientalista, i procarioti sono attori chiave nei processi di cambiamento climatico,
producendo enormi quantità di anidride carbonica e metano a partire dal carbonio liberato dal suolo ghiacciato
(permafrost) e quindi contribuendo ad aumentare i livelli di gas serra.
Simbiosi fra organismi
I microrganismi procariotici possono associarsi a piante e animali, in relazioni spesso uniche tra organismi.
Ad esempio, i batteri che vivono sulle radici o sulle foglie di una pianta ottengono sostanze nutritive dalla pianta
e, in cambio, producono sostanze che proteggono la pianta dagli agenti patogeni.
Le popolazioni possono avere interazioni cooperative, a beneficio delle popolazioni, o interazioni competitive,
in cui una popolazione compete con un'altra per le risorse, come definito dallo studio di queste interazioni
nell’ecologia microbica.
Amensalismo Danneggiata Non influenzata Una popolazione causa La Lucilia Sericata produce una
proteina che distrugge lo
danno all’altra, ma senza Staphylococcus aureus, un batterio
vantaggio che si trova comunemente sulla
superficie della pelle umana
molti procarioti
Simbiosi fra procarioti ed eucarioti: il microbiota umano
Il microbiota umano è:
- Residente, nella componente di microrganismi di molte varietà di specie che vivono costantemente nei
nostri corpi
- transitorio, nella componente di microrganismi che si trovano solo temporaneamente nel corpo umano,
possono includere microrganismi patogeni
Entrambi sono influenzati da igiene e dieta e possono essere molto variabili da sito a sito, nello stesso individuo
in funzione del tempo e da individuo a individuo.
Ad esempio batteri predominanti nella bocca, come Fusobacterium, non sono più riscontrabili nello stomaco.
Simbiosi fra procarioti ed eucarioti: il microbiota umano
Il progetto Human Microbiome è stato lanciato dal National Institutes of Health (NIH) nel 2008.
Uno degli obiettivi principali del progetto è quello di creare un ampio repository delle sequenze geniche dei
principali microbi trovati nell'uomo, aiutando biologi e clinici a comprendere le dinamiche del microbioma
umano e la relazione tra microbiota umano e malattie.
Una rete di laboratori che lavorano insieme ha raccolto i dati dai tamponi di diverse aree della pelle,
dell'intestino e della bocca di centinaia di individui.
È stato scoperto inaspettatamente che tutti noi abbiamo alcuni patogeni microbici gravi nel nostro microbiota.
Simbiosi fra procarioti ed eucarioti: il microbiota umano
Una bocca umana sana contiene un certo numero di specie del genere Streptococcus, fra cui le patogene
pyogenes e pneumoniae.
Più recentemente, con il miglioramento della tecnologia, le sequenze nucleotidiche nei geni sono diventate un
criterio importante per la classificazione microbica.
Nel 1923, il microbiologo americano David Hendricks Bergey (1860-1937) pubblicò A Manual in Determinative
Bacteriology, in cui fece una sintesi sulle informazioni sui tipi di batteri conosciuti in quel momento. Egli incluse
anche le loro proprietà morfologiche, fisiologiche e biochimiche.
Dopo vari aggiornamenti con gli ultimi batteri scoperti, il suo manuale in 5 volumi contiene un gran numero di
specie aggiuntive, insieme a descrizioni aggiornate della tassonomia e delle proprietà biologiche di tutti i taxa
procariotici denominati.
Questa pubblicazione incorpora inoltre i nomi approvati dei batteri determinati dal List of Prokaryotic Names
with Standing in Nomenclature (LPSN).
Il DNA nei procarioti
L’informazione genetica in un procariote non è compartimentalizzata e ben protetta nel nucleo, come negli
eucarioti.
E’ invece presente generalmente sotto forma filamentosa singola e circolare in una regione scura all’esame
microscopico detta nucleoide.
Il DNA dei procarioti è un vero cromosoma secondo una classificazione strutturale e funzionale, ma per le sue
peculiari caratteristiche viene detto cromosoma batterico o cromonema.
Il DNA nel cromosoma non è impacchettato e protetto da proteine istoniche come avviene negli eucarioti. Si
presenta invece legato blandamente ad alcune proteine, da cui può essere facilmente liberato.
Il DNA nei procarioti
Il cromosoma batterico non è completamente libero nella cellula procariote, ma può essere legato alla
membrana batterica in zone precise.
Molto spesso i cromonemi batterici possono essere presenti in numero di due in quanto replicazione e
divisione cellulare non avvengono allo stesso ritmo.
Il DNA plasmidico dei procarioti
In una cellula procariote, è possibile trovare anche altre molecole di DNA sotto forma circolare: queste sono
molto piccole in dimensioni e vengono definite plasmidi.
I plasmidi possono replicarsi in modo autonomo ed esercitano un condizionamento sul fenotipo della cellula
batterica.
I plasmidi piccoli hanno una sequenza di poche chilobasi (kb) e possono essere presenti in più copie,
diversamente dai grandi plasmidi (> 1000 kb, 1 copia).
I plasmidi si trasmettono da cellula madre a cellula figlia ma anche fra cellule diverse attraverso due possibili
modalità: autotrasmissibili dopo contatto cellula-cellula e non autotrasmissibili, che dipendono da altri plasmidi
per la trasmissione.
Il DNA nei procarioti: replicazione
La replicazione del DNA è un processo complesso in cui un anello di elicasi separa i due fili intrecciati e
codificati della molecola di DNA, permettendo a ciascuno di riprodurre con precisione la sua metà mancante.
Il cromosoma batterico prende contatto con zone precise della membrana per iniziare la replicazione.
Il citoplasma nei procarioti
I procarioti mancano di organelli tipicamente osservati nella cellula eucariote e presentano un’organizzazione
citoplasmatica molto semplice:
• Acqua
• Macromolecole organiche, che conferiscono maggiore turgore alla cellula (maggiore pressione osmotica)
• polimeri
• Inclusioni, ovvero granulazioni citoplasmatiche che funzionano da riserve per la cellula procariote
(glicogeno, acido butirrico, polisaccaridi, polifosfati)
I granuli ricchi di fosfato sono metacromatici ovvero si colorano: essendone particolarmente ricchi
i Corynebacteria diphteriae, l’aspetto metacromatico viene usato per identificare il batterio.
I ribosomi nei procarioti
La sintesi proteica viene garantita dai ribosomi, globuli costituiti da una subunità piccola (30s) alloggiata in una
più grande (50s):
• costituiti da RNA e proteine (40%): subunità piccola (21 proteine e 1 RNA, 16s) e subunità grande (34
proteine e 2 RNA, 5s e 23s)
La membrana cellulare nei procarioti
I procarioti presentano una membrana cellulare simile in struttura a quella eucariotica, ma con funzioni diverse
ed è costituita da:
• Lipidi (40%), no steroli, ma fosfolipidi (es. fosfatidilserina, fosfatildinositolo), acidi grassi ramificati e derivati
dal ciclopropano (no polinsaturi), glicerolo esterificato con aminoacidi (lisina, glicina, arginina, etc)
• Proteine (60%), strutturali e periferiche, fra cui le porine, canali per la diffusione passiva di sostanze
fondamentali di tipo idrofilo.
Funzioni:
• Protezione del contenuto cellulare
• Rende possibile il trasporto attraverso processi passivi (leggi osmosi), attivi (gradiente osmotico) e mediati
da carriers
• Rende possibile la replicazione DNA
• Promuove il rilascio di enzimi implicati nella resistenza antibiotica
• Importante durante la sporulazione per la formazione del setto asimmetrico
Il periplasma procariote
La membrana cellulare interna è separata dagli strati più esterni mediante il periplasma.
Lo spazio periplasmatico è costituito da proteine con il compito di mantenere alcune funzioni del procariote.
La parete cellulare nei procarioti
Essa è costituita nel batterio da peptidoglicani, ovvero grandi complessi polimerici costituiti d proteine e
zuccheri.
Due carboidrati azotati costituiscono i peptidoglicani: N-acetilglucosamina (NAG) e acido N-acetilmuramico (NAM).
NAG, ammide composta da acido acetico e NAM, etere a base di acido lattico e N-
glucosamina acetilglucosamina
La parete cellulare nei procarioti
NAG NAM
CH3 CH3
Nella parete batterica, NAM si trova localizzato fra due molecole di NAG, garantendo, nell’alternanza, solidità della
parete e quindi protezione del contenuto cellulare interno al procariote rispetto all’ambiente esterno.
La parete cellulare nei procarioti
Gram-positivo Gram-negativo
La parete cellulare nei procarioti: il pattern di colorazione
- Fase 2: si aggiunge una soluzione iodata per 1 minuto (le cellule sono ancora viola)
- Fase 3: si decolora in alcool per 1-2 minuti: solo le cellule con un importante strato di peptidoglicano (80-90
um) rimarranno viola-blu e saranno dette Gram-positive (Gram+). Diversamente, le cellule con ridotto
spessore di peptidoglicano (10-20 um) diventeranno incolori.
- Fase 4: si colora con Fucsina o safranina per 1-2 minuti. Le cellule Gram+ rimarranno viola, mentre quelle
precedentemente incolori acquisteranno una colorazione dal rosa al rosso e e saranno dette Gram-negative
(Gram-).
La parete cellulare nei procarioti: Gram+ e Gram-
Capsula e biofilm
Molti batteri, indipendentemente dal tipo Gram, possono avere una capsula (colorabile con china), ovvero un
involucro viscoso amorfo costituito da polisaccaridi di diversa tipologia e che ha le seguenti funzioni:
• azione antifagocitaria
• favorisce l’adesione.
Molti batteri sono in grado di produrre biofilm, ovvero matrici complesse di polisaccaridi per creare un ambiente
protetto dove possono vivere e interagire fra di loro. In questo tipo di ambiente, i batteri sono difficilmente
raggiungibili dagli antibiotici con rilevanza clinica nel caso di:
- Mucosa cardiaca (endocarditi)
- Mucosa respiratoria (Pseudomonas e fibrosi cistica)
- Fasci connettivali (fascite necrotizzante)
- superfici di materiali inerti dei dispositivi medici (cateteri, protesi, etc.)
Molti batteri presentano in superficie delle appendici di varia natura, come i flagelli e i pili, che sono strutture
proteiche a forma di filamento formate da monomeri autoassemblanti a strutture cilindriche più complesse.
Motilità e altre funzioni del procariote
I flagelli sono strutture filamentose molto fini (120 Armstrong = 12 nanometri), costituiti
di flagellina e difficilmente visibili al microscopio ottico: permettono alla cellula
procariote, per lo più batteri di forma cilindrica (bacilli e vibrioni), di muoversi in modo
rotatorio (propulsione) dipendente dal numero di essi (mono-, lofo-, anfi- e peritrichia).
Derivano energia dal potenziale di membrana che si crea nella cellula per il passaggio di
ioni.
La sporulazione viene effettuata da specifiche specie batteriche, come Bacillus e Clostridium, rendendo possibile la
formazione di cellule che possono resistere nell’ambiente esterno allo stato di quiescenza.
Si verifica sotto spinta della scarsa disponibilità di acqua e nutrienti, quindi è un processo di differenziamento
cellulare in una cellula batterica che altrimenti avrebbe continuato l’accrescimento vegetativo.
Diversamente dalla cellula vegetativa, è disidratata, resistente ad alte temperatura e condizioni avverse.
Rispondendo a stimoli ambientali avvia il processo di germinazione per ritornare alla vita vegetativa.
RECAP 1
MUTUALISMO
RECAP 1
1. Da cosa è costituita la parete cellulare dei batteri? Peptidoglicano
Citoplasma, 1 o più cromosomi,
2. Quali sono gli elementi basilari di tutte le cellule procarioti ed eucarioti? membrana plasmatica e ribosomi
3. Che cos’è il microbiota? Tutte le specie batteriche che vivono nel corpo umano
4. Cosa sono le porine? Proteine integrali di membrana che agiscono da canali per il passaggio passivo di
sostanze idrofiliche attraverso la membrana cellulare
5. Cosa accomuna coniugazione, trasformazione e trasduzione? Ricombinazione genica
Potenziale di membrana generato dal trasporto di
6. Da cosa viene ricavata l’energia per il movimento flagellare?
ioni attraverso la membrana cellulare
I batteri Gram+
I batteri Gram-
I gammaproteobatteri
Il genere Haemophilus contiene due agenti patogeni umani, H. influenzae e H. ducreyi. Nonostante il suo nome,
H. influenzae non causa influenza (malattia virale), ma infezioni del tratto respiratorio superiore e inferiore, tra
cui sinusite, bronchite, otiti e polmonite. H. ducreyi provoca la malattia sessualmente trasmissibile cancroide.
L'ordine Vibrionales include il patogeno umano Vibrio cholerae, batterio acquatico a forma di virgola che
prospera in ambienti altamente alcalini, come lagune poco profonde e porti marittimi.
La tossina prodotta da V. cholerae provoca l'ipersecrezione di elettroliti e acqua nell'intestino crasso, portando a
importante diarrea e disidratazione.
V. vulnificus provoca cellulite grave e potenzialmente letale (infezione della pelle e dei tessuti più profondi) e
infezioni trasmesse dal sangue.
Un altro rappresentante di Vibrionales, Aliivibrio fischeri, intrattiene una relazione simbiotica con i calamari. Il
calamaro fornisce nutrienti ai batteri per crescere e i batteri producono bioluminescenza che protegge il
calamaro dai predatori
I gammaproteobatteri
Il genere Haemophilus contiene due agenti patogeni umani, H. influenzae e H. ducreyi. Nonostante il suo nome,
H. influenzae non causa influenza (malattia virale), ma infezioni del tratto respiratorio superiore e inferiore, tra
cui sinusite, bronchite, otiti e polmonite. H. ducreyi provoca la malattia sessualmente trasmissibile cancroide.
L'ordine Vibrionales include il patogeno umano Vibrio cholerae, batterio acquatico a forma di virgola che
prospera in ambienti altamente alcalini, come lagune poco profonde e porti marittimi.
La tossina prodotta da V. cholerae provoca l'ipersecrezione di elettroliti e acqua nell'intestino crasso, portando a
importante diarrea e disidratazione.
V. vulnificus provoca cellulite grave e potenzialmente letale (infezione della pelle e dei tessuti più profondi) e
infezioni trasmesse dal sangue.
Un altro rappresentante di Vibrionales, Aliivibrio fischeri, intrattiene una relazione simbiotica con i calamari. Il
calamaro fornisce nutrienti ai batteri per crescere e i batteri producono bioluminescenza che protegge il
calamaro dai predatori
I gammaproteobatteri
La Legionella pneumophila, l'agente patogeno responsabile della malattia dei legionari, è un batterio acquatico
che tende ad abitare pozze di acqua calda, come quelle che si trovano nei serbatoi delle unità di
condizionamento dell'aria in grandi edifici.
Questi batteri prendono il nome dal primo focolaio noto di malattia dei legionari, che si è verificato in un hotel
che ospitava una convention dell'associazione dei veterani della legione americana a Filadelfia nel 1976.
I gammaproteobatteri – Escherichia coli e Salmonella
E. Coli è uno dei batteri coliformi più studiati dopo essere stato scoperto nel 1886 da Theodor Escherich (1857-
1911).
Altri ceppi producono la tossina potenzialmente mortale Shiga, che perfora le membrane cellulari nell'intestino
crasso, causando diarrea sanguinolenta e peritonite.
Il genere Salmonella, appartenente al gruppo non coliforme delle Enterobacteriaceae, non è stato ancora
completamente categorizzato.
La classificazione attuale si basa sui modelli di reattività degli antisieri animali contro le molecole sulla superficie
delle cellule batteriche.
- Helicobacter, fra cui il batterio elicoidale flagellato H. pylori identificato come membro benefico del microbiota
dello stomaco, ma anche come la causa più comune di gastrite cronica e ulcere dello stomaco e del duodeno.
Grazie alla capacità di produrre ureasi e altri enzimi che modificano il suo ambiente rendendolo meno acido, ha
sviluppato resistenza agli ambienti gastrici fortemente acidi.
I batteri atipici
I batteri che non possono essere colorati con la procedura di colorazione standard di Gram sono chiamati batteri
atipici.
Come gli organismi nel dominio dei batteri, gli organismi del dominio Archaea sono tutti organismi unicellulari.
- le pareti cellulari delle Archaea mancano di peptidoglicano, ma alcune contengono una sostanza
strutturalmente simile chiamata pseudopeptidoglicano o pseudomureina.
- i genomi di Archaea sono più grandi e più complessi di quelli dei batteri.
Il dominio Archaea è vario e i suoi rappresentanti possono essere trovati in qualsiasi habitat. Alcuni Archaea
sono mesofili, e molti sono estremofili, preferendo estremo caldo o freddo, estrema salinità o altre condizioni
che sono ostili alla maggior parte delle altre forme di vita sulla terra.
Il loro metabolismo è adattato agli ambienti difficili e possono eseguire metanogenesi che batteri ed eucarioti
non possono.
Le Archaea
Con poche eccezioni, gli Archaea non sono presenti nel microbiota umano e nessuno è attualmente noto per
essere associato a malattie infettive nell'uomo, negli animali, nelle piante o nei microrganismi. Tuttavia, molti
svolgono ruoli importanti nell'ambiente e possono quindi avere un impatto indiretto sulla salute umana.
Archaea Vs. Batteri
• organismi unicellulari,
• mancano di nucleo (hanno nucleoide), organelli o di altre strutture interne legate alla membrana,
• si riproducono per fissione (una singola cellula riproduce il suo singolo cromosoma e si divide in due).
MICROBI:
SOLO I BATTERI POSSONO ESSERE AGENTI PATOGENI DI
MALATTIE INFETTIVE?
VIRUS
I virus sono microbi di dimensione estremamente piccola (diametro di 20-300 nm): non sono cellule!
Essi contengono al loro interno solo l’informazione genetica (DNA o RNA) necessaria a riprodursi.
Ogni singolo microbo può anche essere
chiamato virione.
CORONAVIRUS
responsabile della
pandemia COVID-19