BIOLOGIA
Nella cellula vivente il DNA non è sintetizzato come un filamento libero isolato, ma su uno stampo formato
da un filamento preesistente di DNA. In questo modo si crea una struttura a doppio filamento, che consiste
di due sequenze esattamente complementari. Per svolgere la sua funzione di deposito delle informazioni il
DNA deve copiare se stesso ma anche esprimere la sua informazione, tramite un meccanismo che porta alla
produzione di RNA e proteine. Il processo inizia con la trascrizione in cui segmenti della sequenza del DNA
sono usati come stampo per guidare la sintesi del RNA. In seguito, nel processo più complesso della
traduzione, molte di queste molecole di RNA dirigono la sintesi di polimeri dette proteine.
L’informazione nella sequenza di una molecola di RNA messaggero è letta in gruppi di tre nucleotidi alla
volta: ciascuna tripletta di nucleotidi, o codone, codifica un singolo amminoacido. Poiché vi sono 64 Codoni
possibili, ma soltanto 20 aminoacidi, devono per forza esserci molti casi in cui diversi Codoni corrispondono
allo stesso amminoacido. Il codice è letto dagli RNA transfer che hanno attaccato ad un'estremità un
amminoacido specifico e porta all'altra estremità una sequenza specifica di tre nucleotidi, un anticodone,
che gli permette di riconoscere un codone particolare. Gli aminoacidi devono quindi essere uniti per
estendere la catena proteica in crescita e gli RNA transfer, liberati del loro carico, devono essere rilasciati.
Questo insieme di processi è svolto dal ribosoma formato da due catene di RNA ribosomiali.
Tutte le cellule necessitano del nucleotide fosforilato ATP come unità da costruzione per la sintesi di DNA è
RNA, e tutte le cellule producono e consumano questa molecola anche come trasportatore di energia libera
e gruppi fosfato per spingere molte altre reazioni chimiche.
Sia nella conservazione che nella copiatura dell’informazione genetica si verificano incidenti di errori casuali
che alterano la sequenza nucleotidica, cioè creano mutazioni. Perciò, quando una cellula si divide, le due
cellule figlie spesso non sono identiche né fra loro né alla cellula progenitrice. In rare occasioni l’errore può
rappresentare un cambiamento per il meglio, e In molti casi l’errore causerà un danno serio. I cambiamenti
dovuti ad errori del primo tipo tenderanno a essere perpetuati poiché la cellule alterate hanno maggiori
probabilità di riprodursi, ma tali cambiamenti non porta una nessuna parte perché la cellula che li subisce
umore, senza lasciare progenie. Questa chiamata mutazione e selezione naturale.
Gli organismi viventi possono essere classificati in base alla struttura cellulare in due gruppi: procarioti e i
procarioti. Negli eucarioti il DNA si trova nel nucleo rispetto ai procarioti punto vegetali, funghi animali sono
eucarioti; I batteri sono procarioti, come gli archei.
I genomi delle cellule procariote sono piccoli, con geni compattati strettamente insieme in minime quantità
di Dna regolatore fra di essi. Il genoma delle cellule eucariote sono più grandi più elaborati.
NB: un gene è definito come il segmento di sequenza di DNA che corrisponde ad una singola proteina o ad
una serie di varianti alternative di una proteina. Soltanto 1300 coppie circa di nucleotidi sono necessari per
Codificare una proteina di dimensioni medie. La maggior parte del DNA rimanente in un gene consiste di
lunghi tratti di DNA non codificante che interrompi segmenti relativamente brevi DNA che codificano per la
proteina. Le sequenze codificanti sono chiamate esoni, le sequenze non codificanti sono chiamate introni. Il
genoma della cellula, cioè il totale della sua informazione genetica contenuta nella sequenza completa di
DNA, detta non solo la natura delle proteine della cellula, ma anche quando e dove queste devono essere
prodotte.
IL DNA
Una molecola di DNA consiste in due lunghe catene polinucleotidiche composte da quattro tipi di subunità.
I legami idrogeno tra le basi di nucleotidi tengono insieme di due catene. I nucleotidi sono composti da uno
zucchero a 5 atomi di carbonio (deossiribosio) al quale è attaccata in posizione 1 la base azotata mentre in
posizione 5 un gruppo fosfato. La base può essere adenina, citosina, guanina o timina. Le subunità
nucleotidiche sono legate covalentemente dalla formazione di un legame fosfodiestere fra il gruppo fosfato
attaccato allo zucchero di un nucleotide e un gruppo ossidrile sullo zucchero del nucleotide successivo. Per
questa ragione un'estremità di una catena polinucleotidica, l'estremità 5, avrà un gruppo fosfato libero e
l'altra, l'estremità 3, avrà un gruppo ossidrile libero. La sequenza lineare di nucleotidi in una catena
polinucleotidica e comunemente abbreviata da un codice a una lettera e La sequenza è sempre letta dal
estremità 5. Così ciascun filamento polinucleotidico ha una polarità chimica, cioè le sue due estremità sono
chimicamente diverse. Per convinzione l’estremità 5 del polimero di DNA e spesso illustrata con un gruppo
fosfato, mentre l’estremità 3 è mostrata con un ossidrile.
In tutti i casi una base a due anelli più voluminosa, una purina, è appaiata ad una base a singolo anello,
piramidina. Per cui l’adenina si appaia sempre con timina, mediante due legame ad idrogeno, guanina con
citosina, mediante tre legame ad idrogeno conservativo DNA polimerasi. I membri di ciascuna coppia di basi
possono adattarsi insieme dentro la doppia elica soltanto se i due filamenti sono antiparalleli, cioè soltanto
se la polarità di un filamento è orientato in senso opposto a quella dell’altro filamento. Una conseguenza di
questi requisiti é che ciascun filamento di una molecola di DNA contiene una sequenza di nucleotidi che è
esattamente complementare alla sequenza nucleotidica dell’altro filamento. Ciascun giro del DNA è
composto da 10,4 coppie di nucleotidi e la distanza centro-centro Fra nucleotidi adiacenti e di 3,4
nanometri.
REPLICAZIONE DEL DNA
La replicazione del DNA inizia a livello di specifici siti sulla molecola di dna, detti origini di replicazioni. La
DNA-elicasi rompe i legami a idrogeno, separando in tal modo i due filamenti affinché la struttura possa
assumere una forma ad Y detta forca di replicazione. Una volta che i due filamenti sono stati separati, le
proteine che legano il singolo filamento li stabilizzano, evitando in tal modo che si riformi la doppia elica
finché non è avvenuta la copiatura.
La sintesi del DNA procede sempre in direzione 5’-> 3’, Perciò il filamento che viene copiato deve essere e
letto in direzione 3’->5’. Il DNA sintetizzato sul filamento ritardato deve essere prodotto inizialmente come
una serie di brevi molecole di DNA, chiamate frammenti di okazaki. I frammenti di okazaki vengono
polimerizzati soltanto nella direzione 5’- 3’ e vengono uniti dopo la loro sintesi dall’ enzima DNA ligasi
creando lunghe catene di DNA. Questo ha inizio grazie ad un enzima chiamato RNA-primer sintetizzato dal
enzima DNA-primasi.
Gli enzimi che catalizzano il legame fra i vari nucleotidi sono chiamati DNA polimerasi, Essi sono in grado
di aggiungere i nucleotidi solamente al terminale 3 di una catena polinucleotidica in corso di sintesi. Come
substrato per la reazione di polimerizzazione vengono utilizzati i nucleotidi,o meglio nucleosidi trifosfato.
Quando i nucleotidi vengono legati assieme, 2 gruppi fosfato vengono eliminati, queste reazioni sono
fortemente esoergoniche e quindi non richiedono ulteriore energia.
I CROMOSOMI EUCARIOTICI
Una cellula eucariota compatta il DNA nei cromosomi, il processo di compattazione facilitato da proteine
Chiama testoni. Gli strani sono carichi positivamente voi che posseggono un gran numero di amminoacidi
con catena laterale basica. Essi si associano con il dna, che carico negativamente per L’abbondanza di
gruppi fosfato, per formare strutture dette nucleosomi. L’unità fondamentale di ciascun nucleosoma
consiste in una struttura simile ad una perla con un tratto di DNA v146 coppie di basi avvolto intorno ad un
nucleo discoidale costituito da 8 molecole di istoni. L’avvolgimento del DNA in nucleosomi rappresenta il
primo livello di struttura dei cromosomi. I nucleosomi hanno un diametro di 10 nanometri, lo stato ha
nucleosomi impacchettati si raggiunge quando un quinto tipo di istone, noto come istone h1, si associa con
il DNA di giunzione, DNA linker, compattando tra loro nucleosomi adiacenti per formare una fibra del
diametro di 30 nanometri. Un gruppo di proteine chiamate condensina, sono necessarie per la
compattazione cromosomica. Nell’uomo, la maggior parte delle cellule somatiche ha esattamente 46
cromosomi. La maggior parte delle specie animali e vegetali possiede tra 8 e 50 cromosomi.
I batteri portano i loro geni su una singola molecola di dna, che di solito circolare. Questo DNA è associato a
proteine che compattano e condensa nel dna, diverse Tuttavia dalle proteine che svolgono questa funzione
negli eucarioti.
Con l'eccezione delle cellule germinali e pochi tipi cellulari altamente specializzati che non possono
moltiplicarsi e sono completamente privi di dna, per esempio i globuli rossi, ciascuna cellula umana
contiene due copie di ciascun cromosoma, una ereditata dalla madre è una dal padre. I cromosomi
materno e Paterno di una coppia sono chiamati i cromosomi omologhi. L'unica coppia di cromosomi non
omologhi è composta dai cromosomi sessuali nei maschi, in cui un cromosoma Y è ereditato dal padre è un
cromosoma X dalla madre. Così ciascuna cellula umana ha un totale di 46 cromosomi, cioè 22 coppie
comuni a maschi e femmine, più 2 cosiddetti cromosomi sessualità X è Y nei maschi, 2 X nelle femmine.
IL CICLO CELLULARE
Il biennio oltre a portare semplicemente dei geni deve essere capace di replicarsi e le copie replicate
devono essere separate e divise in modo affidabile nelle cellule figlie a ciascuna divisione cellulare. Questo
processo avviene in una serie ordinata di fasi, note collettivamente come ciclo cellulare, che fornisce una
separazione temporale fra la duplicazione dei cromosomi e la loro segregazione nelle due cellule figlie. Il
ciclo cellulare include l’interfase (G1, S, G2) e la fase M (mito si è citocinesi). La cellula trascorre La maggior
parte della propria vita in interfase, il periodo in cui non avviene la divisione cellulare. Una cellula e
metabolicamente attive in questo periodo, poiché sintetizza le sostanze necessarie come proteine, lipidi, e
altri materiali biologicamente importanti e si accresce.
Il periodo che intercorre tra la fine della mitosi e l’inizio della fase S è definito fase G1( G sta per gap, un
intervallo durante il quale non c’è sintesi di DNA). La crescita il normale metabolismo si verificano in questa
fase, che di solito la più lunga. Le cellule che non si dividono solitamente si arrestano in questa fase del ciclo
cellulare e si trova in uno stato di finito G0. Verso la fine della fase G1, viene incrementata l’attività degli
enzimi richiesti per la sintesi del DNA e questo rende possibile l’ingresso della cellula in fase S.
Durante la fase S, o fase di sintesi, avvengono La replicazione del DNA è la sintesi degli istoni, poiché la
cellula deve duplicare i propri cromosomi.
Una volta completata la fase S, la cellula entra in una seconda fase di intervallo, la fase G2. In questo
periodo si verifica un aumento della sintesi proteica, come stadio terminale della preparazione della cellula
alla divisione. Per molte cellule, la durata della fase G2 è più breve rispetto a quella delle fasi G1 e S.
La fase M coinvolge due principali processi, mitosi e citocinesi. La mitosi, la divisione nucleare che produce
due nuclei Identici a quello della cellula madre, inizia al termine della fase G2. La citocinesi, che
generalmente inizia prima che la mitosi sia completata, é la divisione del citoplasma cellulare per formare
due cellule.
La mitosi È un processo continuo che viene suddivisa in cinque stadi:
1- Profase: i lunghi filamenti di cromatina si condensano in compatti cromosomi. Ogni cromosoma
consiste di una coppia di unità identiche, Chiamate cromatidi fratelli. Ogni cromatidio contiene una
regione particolare, chiamata centromero. Ad ogni centromero é associata una struttura proteica
chiamata cinetocore, alla quale possono legarsi i microtubuli. Una schiera bipolare gigante di
microtubuli forma il fuso mitotico, responsabile della separazione di cromosomi Durante l’anafase.
Nelle cellule animali, immersa nel centro organizzatore dei microtubuli, si trova una coppia di
centrioli, circondata da fibrille che costituiscono la sostanza pericentriolare. Il centriolo si duplica
durante la fase S dell’interfase, dando origine a due coppie di centrioli. I fasci di microtubuli sono
detti aster. I due Aster si muovono verso i due lati opposti di nucleo, determinando i due poli del
fuso mitotico;
2- Prometafase: involucro nucleare si frammenta così che i microtubuli del fuso vengono in contatto
con i cromosomi, questi cominciano a muoversi verso il piano equatoriale della cellula;
3- Metafase: tutti i cromosomi della cellula si allineano lungo il piano equatoriale, o piastra metafisica
virgola della cellula. Durante questa fase ogni cromatidio è totalmente condensato ed appare Ben
distinguibile, e in questo stadio che di solito viene analizzato il cariotipo, Ovvero la composizione
cromosomica per valutare la presenza di anomalie cromosomiche. Nella transizione da metafase ad
anafase le proteine coesine, rimaste legate ai cromatidi fratelli a livello del centromero, si in modo
da consentire ai cromosomi figli di separarsi Durante l’anafase;
4- Anafase: ha inizio quando i cromatidi fratelli si separano. I cromosomi disgiunti migrano ai poli
opposti utilizzando i microtubuli del fuso Come binari. L’anafase termina quando tutti i cromosomi
hanno raggiunto i poli;
5- Telofase: i cromosomi decondensano despiralizzandosi. Attorno ad ogni serie di cromosomi, si
sviluppa un involucro nucleare costituito, almeno in parte, da piccole vescicole ed altri componenti
derivati dal vecchio involucro nucleare. I microtubuli del fuso scompaiono, mentre divengono
visibili i nucleoli.
La citocinesi è l’ultimo stadio della fase M e normalmente si sovrappone in parte alla mitosi, cominciando
durante la telofase. Consiste nella divisione del citoplasma per produrre due cellule figlie punto comincia
nel momento in cui un anello di actomiosina contrattile si forma e viene associato alla membrana
plasmatica. L’anello contrattile circonda la cellula nella regione equatoriale, perpendicolarmente al fuso. La
contrazione dell’anello produce un solco di divisione che gradualmente diviene più profondo e separa Il
citoplasma in due cellule figlie, ciascuna con un nucleo completo. L’anello contrattile vieni a questo punto
disassemblato.
La mitosi produce due cellule geneticamente identiche alla cellula madre punto se una cellula ricevi il
numero di cromosomi inferiori o superiori, a causa di errore nel processo di divisione cellulare, è possibile
che la cellula figlia presenti marcati anomalie e sia incapace di sopravvivere.
I procarioti essendo privi di nucleo si dividono per scissione binaria. Il DNA procariotico, infatti, consiste
solitamente in un singolo cromosoma circolare impacchettato con proteine associate. Prima di tutto, la
molecola di DNA circolare si replica, dando origine a due cromosomi identici. La replicazione del DNA inizia
in un punto specifico del cromosoma batterico, denominato origine di replicazione. Terminata la
replicazione, i cromosomi originatesi si separano e si muovono verso le estremità opposte della cellula che
si sta allungando. La citocinesi che avviene tra i due cromosomi e controllata da un anello Z, una struttura
proteica che assembla circa 10 proteine diverse a livello del Piano mediale della cellula. In questa regione,
la membrana plasmatica Si introflette tra le due copie di dna, dividendo a metà il citoplasma, e viene
sintetizzata una nuova parete cellulare trasversale tra le due cellule.
Da DNA a RNA
Il DNA genomico non dirige la sintesi proteica di per sé, ma usa l’ RNA come intermediario. Quando la
cellula ha bisogno di una proteina particolare, la sequenza nucleotidica della porzione appropriata della
lunghissima molecola di DNA in un cromosoma viene prima copiata in rna, in un processo chiamato
trascrizione. Sono Queste copie di RNA di segmenti del DNA che sono usate direttamente come stampi per
dirigere la sintesi delle proteine, in un processo chiamato traduzione. Tutte le cellule esprimono la loro
informazione genetica in questo modo, un principio così fondamentale da essere chiamato il dogma
centrale della biologia molecolare.
Come il dna,l’ RNA è un polimero lineare composto da 4 tipi di subunità nucleotidiche uniti insieme da
legami fosfodiestere che differisce chimicamente dal DNA per due aspetti:
1- I nucleotidi nel RNA sono i ribonucleotidi, cioè contengono lo zucchero Ribosio invece di
deossiribosio;
2- Sebbene, come DNA, RNA contenga le basi adenina, guanina e citosina, contiene la base uracile
invece della timina del DNA.
Mentre il DNA si trova sempre nelle cellule come elica a doppio filamento, RNA e a singolo filamento e le
molecole risultano più brevi del DNA.
Tutto RNA in una cellula é prodotto dalla trascrizione del dna. Uno dei due filamenti della doppia elica di
DNA agisce quindi da stampo per la sintesi di una molecola di RNA. La catena di RNA prodotto della
trascrizione, il trascritto, viene perciò allungata un nucleotide alla volta e ha una sequenza nucleotidica che
è esattamente complementare al filamento di DNA usato come stampo.
Gli enzimi chi eseguono la trascrizione si chiamano RNA polimerasi, che catalizzano la formazione dei
legami fosfodiestere che uniscono i nucleotidi per formare una catena lineare. La RNA polimerasi si muove
un passo alla volta lungo il DNA svolgendo l’elica, in questo modo la catena di RNA in crescita é estesa di un
nucleotide alla volta nella direzione 5’->3’. I substrati sono i nucleosidi trifosfati, come per La replicazione
del dna, un idrolisi di legami ad alta energia fornisce l’energia necessaria per spingere in avanti la reazione.
La RNA polimerasi rispetto alla DNA polimerasi possono dare inizio a una catena di RNA senza un primer. La
trascrizione non ha bisogno di essere così accurata come La replicazione del dna, in quanto non conserva
permanentemente l’informazione genetica nelle cellule. Sebbene l'accuratezza delle RNA polimerasi sia
molto lontana da quelle della DNA polimerasi che replicano il dna, hanno comunque un modesto
meccanismo di correzione. Se un ribonucleotide non corretto viene aggiunto alla catena di RNA in crescita,
la polimerasi può tornare indietro e il sito attivo dell'enzima può eseguire una reazione di escissione che
assomiglia all'inverso delle reazioni di polimerizzazione.
Tipi principali di RNA prodotti nelle cellule:
- mRNA: codificano le proteine;
- rRNA: formano la struttura base dei ribosomi e catalizzato la sintesi proteica, è quello più
abbondante nelle cellule;
- tRNA: centrali nella sintesi proteica come adattatori fra mRNA e amminoacidi, sono sintetizzati
dalla RNA polimerasi 3, alcuni contengono introni che devono essere rimossi dallo splicing;
- snRNA: piccoli RNA nucleari, dirigono lo splicing del pre-mRNA per formare l’mRNA;
- snoRNA: usati per processare e modificare chimicamente gli rRNA;
- scaRNA: piccoli RNA di Caja, usati per modificare SNORNA e snRNA;
- miRNA: MICRORGANISMI, regolano l’espressione genica in genere bloccando la traduzione di
mRNA selezionati;
- siRNA: piccoli RNA interferenze, spendono l’espressione genica dirigendo la degradazione di mRNA
selezionati e l’instaurazione di strutture compatte della cromatina;
- Altri RNA non codificanti: funzionano in diversi processi cellulari, compresi sintesi dei telomeri,
inattivazione del cromosoma X e trasporto di proteine nell’ ER.
Ciascun segmento trascritto di DNA si chiama unità di trascrizione. La trascrizione è un passaggio
fondamentale in cui la cellula regola quali proteine debbano essere prodotte E a che ritmo.
Per trascrivere accuratamente un gene la RNA polimerasi deve riconoscere dove iniziare sul genoma e dove
finire.
Trascrizione nei batteri
Il nucleo dell’enzima della RNA polimerasi batterica si associa ad una subunità chiamata a fattore sigma,
che lo assiste nella lettura di segnale nel DNA che dicono dove iniziare a trascrivere. Il fattore Sigma il
nucleo dell’enzima sono noti e, insieme, come RNA polimerasi oloenzima. Il fattore Sigma riconosce sulla
doppia elica del DNA una regione chiamata promotore, una sequenza speciali di nucleotidi che indica il
punto di partenza per la sintesi di rna, vi si lega con forza. Dopo che l’ RNA polimerasi oloenzima si è legata
con forza al promotore in questo modo, apre la doppia elica per esporre un breve tratto di nucleotidi su
ciascun filamento. Con il DNA svolto, uno dei due filamenti esposti DNA agisce da stampo per formare
coppie di basi complementari con i ribonucleotidi in arrivo, due dei quali sono uniti insieme dalla polimerasi
per iniziare una catena di rna. Dopo che sono stati sintetizzati i primi 10 nucleotidi circa di RNA, il nucleo
dell’enzima rompe le sue interazioni con il DNA del promotore, indebolisce le sue interazioni con il fattore
Sigma e inizia a muoversi lungo il DNA sintetizzando rna. L’allungamento della Catena continua fino a che
l’enzima incontra un secondo segnale nel dna, il terminatore, Dove la polimerasi si ferma e rilascia sia lo
stampo di DNA che la catena appena prodotta di rna. Sì una RNA polimerasi Si dissocia prematuramente,
non può riprendere la sintesi Ma devi ricominciare da capo a livello del promotore. L’ibrido DNA-RNA nel
sito attivo, tenuto prevalentemente insieme dai legami delle basi azotate, non è sufficientemente forte da
tenere in posizione le RNA e si dissocia provocando il rilascio del DNA dalla polimerasi.
Trascrizione negli eucarioti
I nuclei eucariotici hanno tre polimerasi, strutturalmente simili fra loro e hanno in comune alcuni sub-unità,
ma trascrivono tipi diversi di geni. La RNA polimerasi 1 e 3 trascrivono i geni che codificano RNA Transfer
virgola RNA ribosomiale e vari piccoli RNA. La RNA polimerasi II trascrive La grande maggioranza dei geni,
compresi quelli che codificano proteine.
Le differenze tra le RNA polimerasi batterica è la RNA polimerasi II eucariotica sono:
- Mentre la RNA polimerasi batterica richiede soltanto una singola proteina addizionale, fattore
sigma, per iniziare la trascrizione in vitro, le RNA polimerasi eucariotiche richiedono molte altre
proteine, chiamate fattori generali di trascrizione;
- L’inizio della trascrizione eucariotica deve tener conto del compattamento della DNA nei
nucleosomi e in forme di ordini superiori di struttura della cromatina, caratteristiche assenti nei
cromosomi batterici.
Per iniziare la trascrizione la RNA polimerasi II richiede numerosi fattori generali di trascrizione. Il
promotore contiene una sequenza di DNA chiamata Tata box, che é posta a 25 nucleotidi di distanza dal
sito in cui inizia la trascrizione. La tata box è riconosciuta e legata dal fattore di trascrizione TFIID tramite la
sua subunità TBP, che quindi rende possibile l'attacco adiacente di TFIIB. Il TFIIH usa quindi ATP per aprire la
doppia elica di DNA al punto d'inizio della trascrizione, esponendo il filamento stampo. TFIIH fosforila anche
la RNA polimerasi ii, cambiandone la conformazione così che la polimerasi viene lasciata dai fattori generali
e può cominciare la fase di allungamento della trascrizione. Il sito di fosforilazione è una lunga coda
polipeptidica C-terminale, chiamata anche dominio C-terminale, che si estende dalla molecola della
polimerasi.
Il DNA nelle cellule eucariotiche è compattato i nucleosomi, chi sono ulteriormente disposti in strutture gli
ordini superiori di cromatina. Come risultato l’inizio della trascrizione in una cellula eucariotica è più
complesso e richiede più proteine di quelle necessarie su DNA purificato.
Nelle cellule eucariotiche la molecola di RNA prodotta dalla sola trascrizione, talvolta chiamata trascritto
primario, contiene sia sequenze codificanti, esoni, che non codificanti, introni. Prima di poter essere
tradotte in proteina le due estremità delle RNA sono modificate, gli introni vengono rimossi da uno splicing
delle RNA catalizzato enzimaticamente dallo spliceosoma e l’mRNA che risulta viene trasportato dal nucleo
al citoplasma. Questi passaggi possono avvenire contemporaneamente.
Entrambe le estremità degli mRNA eucariotici sono modificate mediante l’aggiunta di un cappuccio
all’estremità 5 e poliadenilazione dell’estremità 3. La reazione di aggiunta del cappuccio è svolta da tre
enzimi che agiscono in successione: una fosfatasi rimuove un fosfato dall’estremità 5 del RNA nascente, una
guanilil transferasi aggiunge un GMP in legame inverso, una metiltransferasi aggiunge un gruppo metilico
alla guanosina. Poiché tutti e tre gli enzimi si attaccano alla coda fosforilata della RNA polimerasi a livello
della Serina-5 sono in posizione per modificare l’estremità 5 del trascritto nascente non appena questo
emerge dalla polimerasi. Il cappuccio aiuta la cellula a distinguere gli mRNA dagli altri tipi di molecole di
RNA presenti nella cellula. Per esempio, le RNA polimerasi 1 e 3 producono RNA privi di cappuccio durante
la trascrizione, in parte perché queste polimerasi sono prive di un dominio C terminale.
RNA A PROTEINE
Una volta che un mRNA è stato prodotto per trascrizione e modificazione, l’informazione presente nella sua
sequenza nucleotidica è usata per sintetizzare una proteina. La conversione delle informazioni da RNA in
proteine è detta traduzione. Una sequenza di tre basi consecutive nel mRNA, chiamata codone, specifica
per un amminoacido. dal momento che ciascun codone richiede tre nucleotidi, Il codice è chiamato codice a
triplette. L’insieme dei Codoni per gli amminoacidi e per i segnali di inizio e di terminazione della sintesi
costituisce il codice genetico. Il codice genetico specifica tutte le possibili combinazioni di tre basi che
costituiscono i Codoni del mrna. Dei 64 Codoni possibili, 61 specificano aminoacidi, Il codone AUG specifica
l’ amminoacido metionina, ma è anche un segnale di inizio della traduzione per il ribosoma, 3 Codoni di
stop(UAA, UGA e UAG) non specificano alcun amminoacido, ma sono invece dei segnali per la terminazione
della sintesi proteica (stop). Il codice genetico e ridondante, cioè alcuni Codoni diversi possono specificare
un singolo amminoacido. Questa ridondanza implica che o c’è più di un tRNA per molti aminoacidi o che
alcune molecole di tRNA possono formare coppie di basi con più di un codone. Si verificano entrambe le
situazioni.
I Codoni non riconoscono direttamente gli amminoacidi, la traduzione di mRNA in proteine dipende da
molecole adattatrici che possono riconoscere e legare sia il Codone che, in un altro sito sulla loro superficie,
la amminoacido. Questi adattatori sono noti come RNA Transfer, ciascuna lunga circa 80 nucleotidi.
Le molecole di RNA si possono ripiegare in strutture tridimensionali, in particolare le molecole di tRNA
ripiegato formano quattro brevi segmenti a doppia elica, producendo una molecola che sembra un trifoglio.
Il trifoglio subisce ulteriori di piegamenti, formando una struttura compatta a forma di L che è tenuta
insieme da ulteriori legami idrogeno tra regioni diverse della molecola. 2 regioni di nucleotidi non appaiati
situate a ciascuna estremità della molecola a forma di L sono cruciali per la funzione del tRNA nella sintesi
proteica. Una di queste regioni forma l'anticodone, una serie di tre nucleotidi consecutivi che si accoppiano
con il codone complementari in una molecola di mrna. L'altra è una breve regione a singolo filamento
all'estremità 3 della molecola, Questo è il sito in cui la amminoacido che corrisponde al Codone si attacca al
tRNA.
Il riconoscimento e l’attacco della amminoacido corretto dipendono da enzimi chiamati amminoacil-tRNA
sintetasi, per la maggior parte delle cellule esiste una sintetasi diversa per ciascuna amminoacido, nei
batteri invece sono meno di 20. Un amminoacido è attivato per la sintesi proteica da parte di una
amminoacil tRNA sintetasi in due passaggi. L’energia di idrolisi dell’atp è usata per attaccare ciascuno
amminoacido alla sua molecola di tRNA In un legame ad alta energia. L’aminoacido viene prima attivato
tramite l’unione del suo gruppo carbossilico ad un AMP, formando un amminoacido adenilato. L’attacco
dell’ AMP, normalmente una reazione sfavorevole, è spinto dall’idrolisi della molecola di ATP che dona
L’AMP. Senza lasciare la sintetasi, il gruppo carbossilico legato al Lamp dell’amminoacido viene quindi
trasferito ad un gruppo ossidrilico sullo zucchero all’estremità 3 della molecola di trna. Questo
trasferimento unisce l’aminoacido tramite un legame estere attivato al tRNA e forma la molecola finale
amminoacil-tRNA. L'estremità carbossilica dell'amminoacido forma un legame estere con il ribosio.
L’aminoacido È unito al nucleotide all’estremità 3 del tRNA punto esistono due classi principali di sintetasi,
una unisce l’aminoacido direttamente al gruppo 3-OH del ribosio e l'altra lo unisci inizialmente al gruppo 2-
OH. In quest'ultimo caso una successiva reazione di transesterificazione sposta l’ amminoacido alla
posizione 3.
La reazione fondamentale della sintesi proteica e la formazione di un legame peptidico fra il gruppo
carbossilico all’estremità di una catena polipeptidica in crescita e un gruppo amminico Libero su un
amminoacido in arrivo. Di conseguenza una proteina viene sintetizzata dalla sua estremità
amminoterminale alla sua estremità carbossi terminale. Per tutto il processo l'estremità carbossilica in
crescita della Catena polipeptidica rimane attivata dal suo attacco covalente ad una molecola di trna.
Questo legame covalente ad alta energia viene spezzato durante ciascuna aggiunta, ma è immediatamente
sostituito dall’ identico legame dell'aminoacido aggiunto più di recente.
La sintesi delle proteine è guidata dalle informazioni portata dalle molecole di mrna. Per mantenere il
corretto quadro di lettura e per assicurare accuratezza, la sintesi proteica viene eseguita nel ribosoma, una
complessa macchina catalitica composta da più di 50 proteine diverse, le proteine ribosomiali, e da alcune
molecole di rna, gli RNA ribosomiali. Una tipica cellula eucariotica contiene milioni di ribosomi nel
citoplasma. le subunità dei ribosomi eucariotici sono assemblate nel nucleolo, quando RNA ribosomiali
appena trascritti E modificati si associano con proteine ribosomiali, che sono state trasportate nel nucleo
dopo la loro sintesi nel citoplasma. Le due subunità ribosomiali sono quindi esportate nel citoplasma, dove
si uniscono per sintetizzare proteine.
Il ribosoma procariotico: 70S-> 50S+30S
Il ribosoma eucariotico: 80S-> 60S+40S
Ciascun ribosoma ha un sito di legame per mRNA e 3 siti di legame per i tRNA.
Nei mitocondri AUA è tradotto come metionina, mentre nel citosol della cellula è tradotto come isoleucina.
Questo tipo di deviazione del codice genetico È insito negli organismi o negli organelli in cui si verificano.