BIOLOGIA
BIOLOGIA
06/10
Teoria Cellulare→ tutti gli organismi viventi sono costituiti da cellule (unicellulari e pluricellulari).
la cellula rappresenta l’unità vivente, può essere anche sufficiente come negli organismi
unicellulari.
Le cellule invece all’interno di un organismo detto Pluricellulare si specializzano, si diversificano al
fine di garantire il funzionamento dell’intero organismo.
Tutta questa diversificazione si basa sul fatto che le cellule possono avere forme e funzioni diverse.
Tutte le cellule hanno lo stesso DNA, allora perché c’è differenziazione tra le cellule? Poiché è
quello che vanno ad esprimere che le differenzia un partner di geni diverso fra loro. Non solo tutte
le cellule hanno tutte quante lo stesso funzionamento di base, c’è appunto un DNA (acido nucleico)
con una doppia elica di nucleotidi che deve essere espressa, tramite la formazione di un intermedio
detto RNA messaggero. Trascrizione→Traduzione→Proteine permettono questi passaggi (verrà
approfondito in seguito).
Classifichiamo le cellule in procarioti ed eucarioti, le prime aventi struttura più semplice ma pur
sempre dotate di estrema varietà funzionale, le seconde invece dotate di un’organizzazione
strutturale più complessa. Le cellule procariote sono prive di nucleo differenziato e presentano un
piccolo e unico cromosoma di forma circolare in una zona centrale della cellula detta nucleotide
associato a proteine basiche dette poliamine, inoltre sono prive di organuli membranosi e strutture
citoscheletriche
Procarioti ed Eucarioti hanno stessa
struttura e anche lo stesso funzionamento
di base.
Le Molecole Biologiche
Si distinguono 4 classi:
-zuccheri (carboidrati)
-lipidi
-amminoacidi (costituiscono le proteine)
- nucleotidi (costituiscono gli acidi nucleici)
Funzioni svolte:
-precursori delle macromolecole biologiche
-precursori di molecole energetiche
-precursori di molecole chiave nella trasduzione del segnale, dell’infiammazione o della
neurotrasmissione
CARBOIDRATI:
strutture organiche, su base carboniosa, che portano gruppi ossidrilici perché sono idrate, idratate,
idrofile-
3 atomi di carbonio, C2 e C3 portano OH gruppo
ossidrilico; quindi, questa molecola ha due ossidrili in
posizione C1 e C2
Gliceraldeide, Aldoso (presenta il gruppo aldeidico)
I carboidrati però posso essere; CHETOSI o ALDEIDI, possono presentare quindi un gruppo
chetoso o aldeidico. La gliceraldeide presenta un gruppo aldeidico C=O al gruppo terminale.
L’atomo di carbonio ha valenza 4 quindi può formare 4 legami, sempre quattro deve fare. Il
carbonio ha un legame con l’idrogeno, un legame con l’altro carbonio e due con l’ossigeno.
L’ossigeno ha valenza 2, due legami.
Aldeidi→ C=O legato a un H e un C
(sempre inizio della catena)
Queste molecole per colpa dei gruppi ossidrilici OH sono molecole idrofile.
Oltre a distinguersi in Aldosi e Chetosi si differenziano in base al numero di atomi di carbonio nella
catena:
-Triosi: Monosaccaridi con 3 atomi di carbonio (es. gliceraldeide).
-Tetrosi: Monosaccaridi con 4 atomi di carbonio.
-Pentosi: Monosaccaridi con 5 atomi di carbonio (es. ribosio e desossiribosio).
-Esosi: Monosaccaridi con 6 atomi di carbonio (es. glucosio, fruttosio e galattosio).
-Eptosi: Monosaccaridi con 7 atomi di carbonio.
-Ottosi: Monosaccaridi con 8 atomi di carbonio
-Nonosi: Monosaccaridi con 9 atomi di carbonio.
PROTEINE:
Le proteine sono caratterizzate da un’enorme complessità strutturale da cui deriva un’estrema
varietà di funzioni.
Sono costituite dagli amminoacidi (aa), ovvero molecole che contengono un gruppo carbossile
(-COOH) e un gruppo amminico (-NH2).
Essendo portatori di gruppi acidi e basici, gli amminoacidi sono dette molecole anfotere, ovvero in
grado di comportarsi sia da acidi che da basici.
R=catena laterale
Gli amminoacidi sono 20 (ce ne sono altri due, classificati da poco, non sono canonici per il modo
in cui vengono inserite nelle catene polipeptidiche durante la sintesi proteica) e si distinguono tra di
loro per la natura chimica della catena laterale.
Possono essere classificati anche come essenziali e non essenziali. Essenziali, l’organismo non
riesce a produrli da solo, li deve ricavare dall’esterno, quelli non essenziali è in grado di produrli da
soli.
Gli amminoacidi che costituiscono le proteine sono gli alfa aminoacidi (aa), sono detti alfa
amminoacidi perché i due gruppi funzionali sono legati allo stesso atomo di carbonio.
Esistono anche i beta e i gamma, vuol dire che i gruppi funzionali sono portati da carboni diversi.
Come si uniscono gli amminoacidi tra di loro a formare le catene polipeptidiche (che sono le
proteine)? → attraverso il così detto legame peptidico
Un primo amminoacido reagisce con un secondo grazie ai gruppi funzionali, il gruppo carbossilico
del primo reagisce con il gruppo amminico dell’altro, questa reazione chimica che porta alla
liberazione della molecola d’acqua e si forma questo legame peptidico. Quindi gli amminoacidi
sono legati tra loro in questo modo.
Gli amminoacidi possono essere in conformazione spaziale D o L, proprietà ottica, destrogiro o
levogiro la capacità di deviare un fascio luminoso, la L è quella che ci interessa poiché viene usata
per fare le proteine.
In poche parole, la catena polipeptidica (gli amminoacidi) si avvolge, questo avvolgimento avviene
tra gli atomi di idrogeno che sono legati all’atomo di azoto del gruppo funzionale del legame che
adesso è nel legame peptidico, e gli atomi di ossigeno che sono legati all’atomo di carbonio del
legame peptidico.
Atomo di carbonio C – azoto N- carbonio C -doppio legame ossigeno O- nuovo atomo di carbonio e
si continua… questo legame che stabilizza questa struttura.
A sx abbiamo la struttura ad alfa elica ma come fa a rimanere salda? Grazie a questi legami
idrogeno, che avvengono tra l’idrogeno dell’ex gruppo amminico, l’azoto, che è coinvolto nel
legame peptidico. Quindi un amminoacido e l’ossigeno del gruppo funzionale sempre del legame
peptidico di un altro amminoacido.
Legami idrogeno→gruppi funzionali di amminoacidi lontani tra loro, ogni 4 amminoacidi, c’è
regolarità.
La struttura ad alfa elica fa in modo che la proteina assuma una caratteristica importante, quella di
essere anfipatica. Questo vuol dire che può trovarsi bene in ambiente polare e apolare. Sta di fatto
che generalmente in queste regioni a giro stretto è più abbondante la glicina, la più piccola proteina,
inoltre si andranno a disporre in queste regioni le catene laterali degli amminoacidi apolari.
Un altro tipo di conformazione secondaria, che è sempre stabilizzato da legami idrogeno è la
struttura a beta foglietto o beta pieghettata (a dx). Partiamo sempre da una catena lineare, ma in
questo caso non si viene a formare una struttura ad alfa elica, ma la catena viene a disporsi a
serpente sul piano, ci sono sempre legami ad idrogeno e sempre tra questi gruppi funzionali non
cambia nulla, è la disposizione.
Da cosa è determinata la loro natura da alfa elica o beta foglietto? Dalla natura chimica degli
amminoacidi.
Cos’è che stabilizza la struttura secondaria? → legami idrogeno.
I foglietti beta possono assumere un andamento:
-Parallelo→ se ha la stessa direzione delle catene
-Antiparallelo → se le catene vanno nella direzione opposta
Alcune proteine hanno una disposizione particolare, una conformazione particolare, tipicamente
queste conformazioni sono associati ai motivi strutturali delle proteine.
Ad esempio, classe di recettori che si trovano nella membrana plasmatica sono quei recettori che
hanno tipicamente più catene che attraversano la membrana. Le strutture proteiche che attraversano
la membrana hanno sempre questo
andamento ad alfa elica.
Struttura terziaria
Ulteriori avvolgimenti che sono stabiliti tra le catene laterali R
degli amminoacidi. Entrano in gioco vari tipi di legami, legami
idrogeno-montidisolfuro (glicerina) stabilizza la struttura,
oppure possiamo avere interazioni idrofobiche tra gli
amminoacidi apolari forze deboli, nel caso di ponti di solfuro si
parla di legami covalenti.
Le strutture secondarie e terziare contribuiscono a formare i
così detti domini, queste conformazioni tipiche delle proteine,
tran-membrana, che attraversano la membrana.
Struttura quadernaria
succede che più proteine, più catene con la loro
struttura terziaria si uniscono tra di loro
formando le proteine multimeriche
LIPIDI:
cosa sono? Sono molecole idrofobiche perché sono strutture di natura idrocarboniosa prive di
gruppi polari. Non sono solubili in acqua ma nei sorbenti organici sì.
Distinguiamo 3 principali classi di lipidi:
-trigliceridi
-fosfogliceridi
-colesterolo
I lipidi rappresentano una riserva energetica (come gli zuccheri), hanno un ruolo importante a
livello strutturale formano infatti la membrana plasmatica, possono essere precursori di molecole di
varia natura.
I lipidi più semplici sono gli Acidi Grassi
Una catena carboniosa. Vengono classificati in base alla lunghezza delle catene.
Quando c’è un doppio legame C-C otteniamo un acido grasso INSATURO (una delle caratteristiche
degli acidi grassi).
Un acido grasso saturo ha una struttura pressoché linerare la presenza del doppio legame implica
una differenza strutturale all’acido grasso.
Satura→legami semplici
Insaturo→ legami doppi, tripli
A cosa servono gli acidi grassi? Servono a costruire i trigliceridi. Partiamo da un gliceride o
glicerolo, esso è un alcol (lo capisco dai gruppi ossidrilici) tre atomi di carbonio quindi tre gruppi
ossidrilici, abbiamo esterificato gli acidi grassi cioè una molecola di glicerolo reagisce con tre
molecole di acidi grassi, ecco cosa sono i trigliceridi, una molecola di glicerolo che reagisce con tre
molecole di acidi grassi. Dalla natura dell’acido grasso otterremo diversi tipi di trigliceridi, il tutto
dipende dalla lunghezza della catena.
Un'altra classe importante di lipidi sono i fosfogliceridi. Sono i principali componenti delle
membrane cellulari e sono molecole anfipatiche, polari e apolari. Sono costituiti da una regione
detta testa, polare, e una regione apolare. Partiamo sempre dal glicerolo, 3 atomi di carbonio, poi
l’acido grasso due catene. L’altro atomo di carbonio del glicerolo lega con un gruppo fosfato e
un’altra molecola sempre polare
I glicolipidi, partiamo sempre la catena di acidi grassi ma invece del glicerolo ma abbiamo altri
componenti come la sereni, che fa da ponte con uno zucchero.
Il colesterolo è un tipo di lipide con struttura aromatica complessa solo carbonio idrogeno, presenta
però un gruppo ossidrilico, esso è importante per la localizzazione del colesterolo nelle membrane.
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ACIDI NUCLEICI:
Sono sostanzialmente DNA ed RNA.
Per quanto riguarda gli RNA si tratta di una classe complessa di molecole, esistono diversi tipi di
RNA.
Nel caso del DNA si tratta di un polimero di acidi nucleici;
Quindi, quando si parla di polimero si intende sempre una molecola che è costituita da monomeri,
quindi l'associazione di più piccole strutture, tutte dello stesso tipo, che rappresentano l'unità
strutturale.
Il DNA è appunto un polimero di nucleotidi a doppio filamento, che vuol dire? che ci sono due
polimeri che si associano, si appaiano tra di loro.
Nel caso dell’RNA invece, tipicamente parliamo di un polimero di una molecola a singolo
filamento. Anche se esistono diverse eccezioni, vale a dire che ci sono degli RNA che, per esempio,
sono a doppio filamento.
Allora, da cos'è fatto un nucleotide? →il nucleotide è costituito da uno zucchero, si riconosce
tramite la sua struttura ciclica. Poi un gruppo che è una base azotata, è una struttura chimica che
presenta azoti. E poi abbiamo un gruppo fosfato.
Questi gruppi chimici sono legati tra di loro in maniera veramente specifica, e quindi proprio la
localizzazione di questi gruppi fa sì che poi si venga a determinare quello che è il legame
fosfodiesterico che permette la formazione di una catena di nucleotidi, quindi di un polimero.
In particolar modo, voi avete l'anello dello zucchero, che può essere o il ribosio o il 2-
desossiribosio.
Quindi il ribosio è nell'RNA e il 2-desossiribosio è nel DNA.
Quindi prima differenza tra i nucleotidi che costituiscono il DNA e l'RNA.
Le basi azotate si legano sempre in posizione 1, al carbonio 1 dello zucchero.
In posizione invece 5, è questo atomo di carbonio che è fuori dall'anello dello zucchero, invece è
legato in gruppo fosfato. Il gruppo fosfato è un gruppo costituito da un atomo di fosforo e quattro
atomi di ossigeno.
Questa struttura qui, quindi con queste posizioni ben precise, C1, base azotata, C5, gruppo fosfato, è
nucleotide.
Tecnicamente poi si parla di nucleoside quando il gruppo fosfato è stato rimosso. Quindi
questa è la struttura base.
Cos'è che differenzia poi i vari nucleotidi? →La tipologia della base azotata.
Perché esistono in natura cinque basi azotate, cinque sono quelli principali, e appartengono a due
categorie, che sono le purine e le pirimidine.
Vediamo come possiamo costruire un polimero di nucleotidi sia esso DNA che RNA è la stessa
identica cosa…
5′ → 3′
5′→3′
legandoli alla catena in crescita.
• Appaiamento delle basi:
i nuovi nucleotidi si allineano secondo le regole di appaiamento delle basi (es. A con T, G con C)
con un filamento di DNA stampo, garantendo la corretta sequenza del polimero.
La direzionalità del legame è molto importante, perché le molecole si vengono di DNA e di RNA si
vengono a formare grazie alla presenza di questo stile libero al 3' e grazie all'gruppo
fosfato al 5' →queste molecole hanno un andamento che va dal 5' al 3' anche se possiamo reggerli
anche al contrario, vuol dire che se anche noi abbiamo una sequenza di centinaia e centinaia
migliaia di nucleotidi che compongono una molecola di RNA-noi sapremo sempre che al 5' c'è un
gruppo fosfato libero e al 3' quindi all'altra estremità c'è un gruppo ossidrilico libero al 3'
Andiamo a
vedere come si associa il DNA alle
proteine istoniche
Noi partiamo dal lato quindi con
la doppia elica di DNA-questa
doppia elica di DNA andrà ad
avvolgersi a doppio giro attorno ad
un ottamero istonico, vuol
dire che abbiamo 8 proteine che
sono istoniche ognuna delle quali è
presente in duplice copia
che cosa vuol dire? vuol dire, che
nell'ottamero istonico abbiamo due
copie di HbA
due copie di HbB due copie di H3 e
due copie di H4,
Questo è l'ottamero istonico, rimane
esterno escluso l'istone H1.
Questo cromosoma qui, che vedete in questa forma tipicamente ad X, è un tipico cromosoma
mitotico metafasico.
Che cosa vuol dire?
Vuol dire che lo ritroviamo con questa morfologia all'interno della cellula soltanto quando la cellula
si sta dividendo.
Per quale motivo ha questa forma? Ed è soltanto in quel momento che lo troviamo così?
Perché è molto compatto, quindi non è trascrivibile
Allora, questa cosa cioè del DNA metafasico, quindi dei cromosomi che vediamo durante la propria
fase, è una cosa molto importante da ricordare. Per quale motivo? Perché durante tutto il ciclo
cellulare, che è, diciamo, che caratterizza la vita della cellula, la cromatina è per il 90% de-
condensata e viene definita cromatina lassa. Vuol dire che è poco adesa, poco attaccata alle proteine
istoniche, quindi è facilmente trascrivibile. Quindi si dice che è una eucromatina, favorisce la
trascrizione.
Siamo abituati a immaginarci questa struttura X per i
cromosomi hanno dimensioni diverse.
Ed è quello che ci permette di dire cromosoma 1, cromosoma
2, cromosoma 3 e così via.
Noi riusciamo a distinguere quelli che sono dei bracci, dei
cromosomi, che sono definiti come braccio lungo e braccio
corto, e una regione che è il cosiddetto centromero.
Il centromero è questa strozzatura all’interno della molecola
del DNA.
Il centromero poi può trovarsi in maniera equidistante
all'interno della molecola del cromosoma, come in questo
caso. Questo è un classico esempio di cromosoma
metacentrico, cioè il centromero è a metà. Ma ci sono dei
cromosomi che hanno invece il centromero che è spostato e
questo va a definire i bracci lunghi e i bracci corti.
Perché è importante questo cinetocore? perché a livello di queste proteine si legano le cosiddette
fibre del fuso mitotico.
Le fibre del fuso mitotico sono costituite da microtubuli, che sono dei filamenti che fanno parte del
citoscheletro e che permetteranno la separazione dei due cromatidi
Dove troviamo il DNA? lo troviamo nel nucleo.
Per tutto il resto, cioè per macromolecole, molecole più grandi, allora si parla di un
trasporto regolato.
Che cosa vuol dire un trasporto regolato?
vuol dire che ci sono un insieme di proteine che fanno da shuttle cioè permettono il
passaggio regolato di molecole che entrano nel nucleo e di molecole che escono dal nucleo.
Però a questo punto ci chiediamo cos'è che dal nucleo va al citosol? Cos'è che ci deve andare?
Prima di tutto l'RNA messaggero.
Vedremo che il DNA viene trascritto nel nucleo l'RNA messaggero va nel citosol per essere
tradotto- la traduzione delle proteine viene nel citosol. Poi vi aggiungono anche altri tipi di RNA.
E poi vi aggiungono anche le subunità ribosomiali. Le subunità ribosomiali che sono dei complessi
dati dall'associazione di RNA e proteine, viaggiano dal nucleo al citosol. Per far avvenire poi la
traduzione che è nel citosol.
Viceversa, cos'è che va dal citosol al nucleo? Di cosa ha bisogna il nucleo che viene prodotto nel
citosol? Di tutti gli enzimi di tutti gli enzimi che servono a lavorare il materiale genetico a produrre
il DNA.
Per esempio passeranno il DNA e l'RNA polimerasi.
Polimerasi, cosa significa? Ha un enzima che polimerizza. Cosa polimerizza? Il DNA o l'RNA.
Chiaro? Gli enzimi sono proteine che vengono sintetizzate nel citosol quindi devo entrare nel
nucleo per sintetizzare gli acidi nucleici.
Cos'altro entra? Le proteine stoniche perché gli stoni si devono associare al DNA e tutte le proteine
quindi che partecipano all'elaborazione anche dell'RNA.
Allora, tornando al reticolo endoplasmatico, esso, ha inizio questa via definita via vescicolare
indipendentemente dal fatto che andremo a finire alla membrana che andremo a finire agli
endosomi è comunque una via vescicolare→ Perché è una via vescicolare? Perché si passa sempre
dal reticolo endoplasmatico al Golgi → è una stazione intermedia, la comunicazione del reticolo
endoplasmatico-Golgi avviene attraverso delle vescicole si formano queste bolle, che sono delle
vescicole che si staccano e vanno poi a confluire al complesso del Golgi.
Una volta attraversate queste vescicole che poi si fondono con il Golgi arriveranno alla faccia trans
del Golgi che è quella che rivolge verso la membrana e da qui si formeranno altre vescicole che
prenderanno le varie direzioni.
A questo punto quindi parliamo dell'Apparato di Golgi, una struttura sempre membranosa.
Golgi e reticolo endoplasmatico di fatto sono membrane, il reticolo endoplasmatico è quello più
consistente.
L'apparato di Golgi ha questa struttura costituito da sacchi che sono appiattiti e anche dette cisterne
e che ricevano queste vescicole provenienti dal reticolo endoplasmatico.
Si distinguono tre macroregioni del Golgi una:
• faccia cis che è quella che rivolta verso il reticolo endoplasmatico
• una regione cosiddetta mediale
• una regione che è quella del trans Golgi che rivolge verso la membrana
Nell'apparato di gorgi avviene il metabolismo degli zuccheri dei carboidrati , nel Golgi avvengono
precise glicosilazioni→ (aggiungere uno zucchero a un'altra molecola) precisi metabolismi/attività
metaboliche relative agli zuccheri, perché non solo vengono sintetizzati gli zuccheri ma vengono
anche addizionati ad altre molecole ed è qui per esempio che si formano tante glicoproteine.
Quindi a livello del cis golgi cosa succede? c'è lo smistamento, il gorgio è in grado di capire qual è
il destino del materiale che è ricevuto dal reticolo c'è il vero e proprio smistamento
Attraverso queste vescicole che passano tra una fila e l'altra del gorgi poi si arriverà ai vari strati
fino ad arrivare al trans gorgi dove avviene l'ulteriore smistamento. Dal trans gorgi partono queste
vescicole che vanno alla membrana, agli endosomi oppure alla secrezione quindi sempre membrana
ma con la secrezione.
Allora molto brevemente pensiamo alle glicosilazioni delle proteine le glicosilazioni delle proteine
che avvengono nel Golgi sono essenzialmente di due tipi ovvero le N glicosilazioni e le O
glicosilazioni
che cosa significa glicosilazione? cioè aggiunta di uno zucchero all'azoto, nel caso dell'N o
all'ossigeno- l'azoto o l'ossigeno fungono da linker per permettere l'aggancio dello zucchero
la classica N glicosilazione è quella che avviene su proteine basiche aminoacidi basici
oppure legame a ossigeno in questo caso su aminoacidi polari.
Quello che dobbiamo ricordare in particolare però come tipo di glicosidazione importante è
l'aggiunta di una molecola specifica che è il mannosio 6 fosfato
il mannosio è un zucchero, 6 fosfato rappresenta un gruppo fosfato in posizione 6
allora perché questa glicosidazione importante ce la ricordiamo? perché le proteine alle quali viene
aggiunto questo tag, mannosio 6 fosfato è una sorta di etichetta che serve a dire- tu proteina vai a
finire negli endosomi quindi negli isosomi
Tutte le altre subiscono altri tipi di modifiche e poi potranno seguire altre vie.
Nel Golgi avviene il metabolismo dei polisaccaridi ma avviene anche il metabolismo di alcuni tipi
di lipidi gran parte dei lipidi vengono metabolizzati nel reticolo endoplasmatico ma alcuni sono
sintetizzati nel Golgi. Mentre tutti gli altri che vengono sintetizzati nel reticolo endoplasmatico sono
quelli che abbiamo già descritto quando abbiamo parlato dei lipidi cioè a partire dal glicerolo con
gli acidi grassi e così via… nel Golgi riusciamo a produrre dei tipi di lipidi che sono la spingomilina
e gricolipidi, l'associazione di zuccheri e lipidi. Questo a partire da un'altra molecola che è
la ceramide, a partire dalla ceramide-possiamo ottenere spingomilina oppure gricolipidi
perché ci dobbiamo ricordare questa cosa? perché la spingomilina è un'importante fosfolipide di
membrana, in particolar modo si trova sul lato esterno della membrana plasmatica ed è l'unico
fosfolipide che non contiene glicerolo perché appunto ha una via biosintetica,
oppure possiamo ottenere ad aggiungere i carboidrati possiamo ottenere dei glicolipidi anche questi
sono dei componenti strutturali della membrana.
A livello del trans-Golgi c’è lo smistamento ci sono queste proteine che sono quelle che andranno a
confluire nell'endosoma e quindi nell'isosoma che hanno un tag diverso perché appunto presentano
questo mannosio 6 fosfato, quindi, vengono etichettate e seguono una via specifica a partire dal
Golgi. Noi possiamo avere queste vescicole segretorie e quindi il contenuto è nel lume cosa
succede? la vescicola arriva alla membrana si fonde con la membrana plasmatica e diverso è il
contenuto all'esterno esocitosi.
Ma come facciamo a sapere come direzionare queste cose questo materiale? come fa diciamo tutta
questa via vescicolare a regolarsi?
Allora ci sono sicuramente queste etichette, ci sono anche altri meccanismi cioè le vescicole che si
muovono dal reticolo endoplasmatico e vanno al Golgi e poi alla membrana sono rivestite quindi
queste vescicole sono fatte di un doppio strato fosfolipidico che è la natura chimica di queste
membrane doppio strato fosfolipidico? Esternamente presentano il rivestimento di proteine il tipo di
rivestimento indirizza la vescicola.
ci può essere del materiale che o
che deve essere diciamo non è funzionale quindi deve essere ritrasferito nell'reticolo
endoplasmatico oppure ci sono delle molecole che sono state modificate dal golgi e che
sono necessarie per le funzioni biologiche dell'reticolo endoplasmatico.
Quindi il materiale che si muove le vescicole che si muovono dal reticolo endoplasmatico al
golgi sono rivestite da una proteina che si chiama COT2, le vescicole che tornano indietro quindi
sono rivestite da COT, quelle vescicole che invece vanno dal Golgi alla membrana sono
rivestite di clatrina.
Quindi che differenza c'è tra COT2 e clatrina?
chimicamente sono modelli diversi però la COT2 indirizza dall'reticolo endoplasmatico ad al Golgi
la clatrina dal golgi alla membrana oppure dal golgi all'endosoma all'isosoma e addirittura
anche dalla membrana all'endosoma
La proteina di rivestimento più nota è appunto la clatrina, forma questa struttura che viene definita
trischerion che è costituita da tre catene pesanti e tre catene leggere
cosa significa catene pesanti e catene leggere? catene proteine, pesanti perché hanno peso
molecolare maggiore.
Però giusto per intenderci quando si assemblano più strutture appunto di clatrina si ottiene questa
struttura sovra molecolare cosiddetta tristerion che forma una sorta di di rivestimento della
vescicola una sorta di protezione e che soprattutto poi è implicata nella specificità della
direzionalità.
Abbiamo parlato in qualche modo della via secretoria perché abbiamo detto che questa
via secretoria parte dal reticolo endoplasmatico rugoso e arriva alla membrana.
Essa può essere di due tipi:
• via secretoria costitutiva→ opera in tutte le cellule, tutte le cellule fisiologicamente
secernano del materiale
• via secretoria regolata → le vescicole che contengono il materiale che deve essere secreto
viene accumulato in queste vescicole che stazionano nel citosol fino a quando non arriva un
segnale esterno
Queste due vie si separano tanto a livello del reticolo del trans Golgi;
Allora, se esiste una Esocitosi esiste anche una Endocitosi. Cioè, la cellula, come rilascia, riceve
anche del materiale dall'esterno. La cellula riceve segnali dall'esterno attraverso i recettori,
attraverso le vie di segnalazione, ma può anche inglobare del materiale dall'esterno. Quindi, che
cosa succede? In questo caso c’è esattamente la via apposta. In alcuni punti della membrana si
vengono a formare delle invaginazioni. La membrana si invagina e poi da questa si staccano delle
vescicole. Queste vescicole, quindi, cosa fanno? Vanno a fondersi con una struttura membranosa
che è il cosiddetto endosoma precoce. L'endosoma precoce è una dimassazione di smistamento.
Cosa fa l'endosoma precoce? Decide. Questo materiale che vi è arrivato, cosa deve fare? Dove deve
confluire? Allora possiamo passare dall'endosoma precoce a quello che è il cosiddetto endosoma di
recupero. Cosa vuol dire? Vuol dire che dall'endosoma di recupero si formano delle vescicole che
tornano alla membrana. Per quale motivo? Perché, per esempio, noi dobbiamo andare ad ripristinare
la superficie della membrana.
Dall'altra parte può succedere che questo materiale, l'endosoma precoce, si modifica perché sono
tutte strutture membranose che subiscono delle modifiche, modifiche strutturali, anche chimiche,
che portano alla formazione, dapprima, dei corpi multi-vescicolari e, infine, del cosiddetto
endosoma tardivo.
Partiamo dalla:
vescicola endocitata→endosoma precoce→corpi multi-vescicolari→endosoma tardivo.
L'endosoma tardivo, che si muove lungo i microtubuli- cosa succede? Fondendosi, e fondendosi con
i disosomi, permette la digestione del materiale restato endocitato. Quindi questa via di endocitosi è
una via che porta alla digestione. Perché? Perché la cellula, appreso del materiale dall'esterno, lo
deve digerire per utilizzare per i propri interessi, per il proprio metabolismo cellulare, e la
digestione avviene nei lisosomi, di fatto, c'è tutto un movimento di vescicole,
Che cosa viene inglobato? Può essere inglobato materiale anche tossico. Pensiamo ai patogeni, ai
batteri. Quindi questa è una competenza di cellule specializzate. Ma possiamo anche introdurre, per
esempio, grossi quantitativi di fluido extracellulare, nella cosiddetta macro-pinocitosi.
Che cosa vuol dire? Vuol dire che la cellula fa entrare tanto fluido extracellulare.
Cosa contiene il fluido extracellulare? Ioni, molecole, che la cellula può utilizzare per i propri
fabbisogni.
Tipicamente le cellule tumorali sono cellule che fanno tanta macro-endocitosi. Perché? Perché
hanno un metabolismo elevato. Sapete, le cellule tumorali si dividono rapidamente, proliferano
rapidamente. E per sostenere tutta questa attività biologica, hanno bisogno di fare entrare sempre
più materiali. Utilizzano questi meccanismi.
Allora, questa via confluisce nei lisosomi, abbiamo detto, cosa sono i lisosomi?
I lisosomi sono queste strutture organelli. Perché organelli? Perché organelli sono delimitati da
membrana. Questi lisosomi sono la sede della digestione intracellulare.
Che vuol dire? Vuol dire che avviene il catabolismo delle macromolecole biologiche. Perché
all'interno dei lisosomi sono presenti ben oltre, hanno circa ben 40 tipi di enzimi idrolitici, ovvero
idrolasi acide. Cosa vuol dire? Sono degli enzimi che lavorano a pH acido. Per la loro attività hanno
bisogno di un ambiente acido, cioè di tanti idrogenioni. Che enzimi sono? Nucleasi, rompono gli
acidi nucleici, perché lo fanno? per liberare le singolità.
È stato detto che lavorano a pH acido, questi enzimi. Questo vuol dire che l'ambiente intracellulare
dei lisosomi è un ambiente acido, cioè a pH di circa 5, quindi notevolmente più basso rispetto al pH
del citosol, che è un pH neutro, 7.2-7.4, Questo che cosa significa? Significa che all'interno del
lume, dei lisosomi abbiamo concentrato tanti idrogenioni. E come avviene questo concentramento
degli idrogenioni? Attraverso un meccanismo di trasporto attivo. Che cos'è il trasporto attivo? Il
trasporto attivo è un trasporto di molecole che avviene contro gradienti di concentrazione, le
molecole si muovono attraverso le membrane biologiche. In questo caso noi stiamo spingendo tutti
gli idrogenioni dentro a un compartimento, quindi andiamo contro gradienti di concentrazione.
Stiamo forzando il sistema. Sulla membrana dei lisosomi sono presenti delle proteine che si
chiamano pompe protoniche antinfiasiche. Sono pompe che spingono questi protoni nel lisosoma
In che modo? Idrolizzando l'ATP. Ecco qua il primo esempio dell'utilizzo dell'ATP per fornire
l'energia per garantire questo ingresso di protoni nei lisosomi.
La membrana dei lisosomi è una membrana particolare. Perché particolare? Perché sappiamo che in
questo ambiente acido la membrana potrebbe essere attaccata elettricamente ed è il motivo per cui
la membrana dei lisosomi è particolarmente ricca di glicoproteine che sono più resistenti all'attacco
chimico dell'ambiente acido e delle stesse idrolasi. Se si dovessero rompere dei lisosomi all'interno
della cellula succederebbe la morte della cellula perché tutte queste idrolasi verrebbero disperse e
inizieranno a mangiare tutto.
Nei lisosomi quindi che cosa converge? Esistono quattro vie che di fatto convergono nei lisosomi.
Alcune le abbiamo già viste cioè la via delle endocitosi eccola qui endocitosi endosoma precoce
tardivo isosoma materiale che abbiamo preso dall'externo. La macropinocitosi di cui vi parlavo un
po' fa vedete? Qui la membrana forma questa grossa bolla per fare entrare tanto materiale lo porta
dentro ancora una volta endosoma tardivo lisosomi. Bene. Poi c'è la via della fagocitosi che è una
via specifica di cellule specializzate che sono i fagociti celle o macrofagi neutrofili del sistema
immunitario che ci potrebbero nei batteri dagli agenti patogeni.
Esempio della membrana che sta avvolgendo un batterio lo avvolge completamente lo fa entrare a
formare quello che è un fagosoma. Ok? Quindi il batterio è circondato da questa enorme vescicola e
va a confluire nel lisosoma. E qui il batterio viene degradato grazie a questi enzimi che vi ho detto
ok? Ma c'è una quarta via io vi ho detto che sono quattro vie degradative che confluiscono nei
disosomi. La quarta via è una via endogena. Che cosa significa? Significa che nei disosomi possono
confluire anche organelli cellulari che sono deteriorati per esempio. Classico esempio è dato dai
mitocondri oppure dai perossisomi che sono danneggiati. Qui vedete un mitocondrio che è
completamente ricoperto di una vescicola a formare quello che è un autofagosoma. Quindi questo
processo è una forma di autofagia. Cosa succede? Si forma l'autofagosoma e va a finire esattamente
nel lisosoma. Quindi in questo caso il lisosoma danneggiato viene degradato. Guardate che è un
meccanismo molto importante perché si è visto stato visto come in molte patologie anche patologie
neurodegenerative questo è un meccanismo fisiologico che la cellula elimina ciò che non funziona
bene è un meccanismo alterato in alcune mattine neurodegenerative. Fate una ricerca mitofagia vuol
dire autofagia dei mitoconti e Parkinson c'è una forte associazione, quindi, è possibile che se la
cellula non riesce a eliminare i mitoconti danneggiati questi funzionano male meno energia libera e
il neurone funziona male. Chiaro? E quindi può andare a morte.
Quindi la fagocitosi è un processo importante nel proteggere l'organismo ed è una forma di
protezione che ha è pannaggio di alcuni tipi di cellule quindi cellule specializzate ma famositi
professionisti che sono i macrofagi e i metofagi. Quando parleremo delle cellule che compongono il
sistema nervoso parleremo non solo di neuroni e di astrosciti o di conianglosciti ma parleremo
anche di microglia la microglia è una cellula specializzata nel sistema nervoso centrale che è di fatto
un macrofago ok? Infatti ha un'ontogenesi diversa da tutte le altre cellule come vedremo e non sa
altro che acquigliare l'ambiente controllare l'ambiente e se ci sono dei patogeni di cattura. Per anni
si era pensato che il cervello fosse un ambiente con un compattimento immunoprivilegiato cioè che
non venisse attaccato dal sistema immunitario invece era assolutamente vero che sono sempre
cittadini che postano come sistemi immunitario si infiltri nel sistema nervoso e il fatto stesso che
esistano delle encefalitici dice che in realtà non è tanto il muro privilegiato ok? C'è una linea di
difesa primaria che è data appunto dalla microglia
Concludiamo questa parte con i mitocondri
i mitocondri hanno questa struttura peculiare. sono sparsi nel citoplasma, poi in alcune cellule
hanno tutte le localizzazioni specifiche, sono costituiti da una doppia membrana quindi una
membrana esterna e una membrana interna
questa membrana interna va a formare delle invaginazioni vedete che vengono definite
creste-mitocondriali, la regione che si trova all'interno tra una creste e un'altra è la cosiddetta
matrice mitocondriale.
che caratteristiche ha il mitocondrio? il mitocondrio è di fatto un endosimbionte.
Come facciamo a sapere che è un endosimbionte cioè che è un procariote ancestrale che ha
sviluppato la capacità di fissare l'ossigeno è stato inglobato in un eucariote ancestrale anaerobio-
lo sappiamo da una serie di usenze innanzitutto, poi noi sappiamo che all'interno dei mitocondri è
presente il materiale genetico quindi nei mitocondri c'è del DNA che è un DNA circolare e che
contiene nel caso del genoma del dna mitocondriale umano 13 geni solo 13 geni quindi un dna
piccolo che geni sono? sono geni che codificano poi per proteine coinvolte nei processi della
fosforilazione ossidativa ok? il processo biochimico più importante che avviene all'interno del
mitocondrio e che permetterà alla fine di liberare che cosa? ATP ok? a noi ci interessa quello non
faremo la biochimica del mitocondrio ok? quindi tutte le altre proteine di cui ha bisogno il
mitocondrio lo prende dalla cellula capite? perché in parte è in grado di diciamo con questi 13 geni
sintetizza le proteine che sono necessarie ad alcuni processi ed è in grado anche di tradurli per cui il
mitocondrio contiene tutta la macchina necessaria trascrivere il DNA e tradurre le proteine quindi
ci sono RNA transfer e ribosomi mitocondriali che peraltro sono molto simili ai ribosomi dei
procarioti ancora una volta, quindi sarebbe anche sufficiente per i propri geni tutto il resto lo prende
dalla cellula quindi sulla membrana dei mitocondri ci sono dei traslocatori che fanno entrare le
proteine vi ricordate poco fa che vi ho detto i ribosomi liberi sintetizzano che cosa? proteine che
vanno dove? al nucleo ai mitocondri giusto? queste proteine arrivano ai mitocondri ok l'ultima cosa
che vi volevo dire è che questo DNA è chiaramente distinguibile dal DNA genomico quello
nucleare ed è molto importante per esempio per alcuni tipi di patologie per quale motivo? perché
mentre il DNA nucleare diciamo nell'ereditarietà segue quelle che sono le leggi di Mendel, nel caso
dei mitocondri si dice che ha un'ereditarietà madre lineare che cosa significa? che si eredita soltanto
dalla mamma perché? perché al momento della fecondazione è soltanto la testa dello spermatozoo
che entra nellìovocita, la coda il flagello che è quello che permette il movimento rimane fuori e i
mitocondri si trovano esattamente lì,
cosa succede nel mitocondrio?
la cellula di cosa ha bisogno? di energia, quindi il vantaggio di avere il mitocondrio dentro la cellula
è quello di produrre energia la cellula può produrre energia anche in altri modi non ci
dimentichiamo che abbiamo il glicogeno per esempio che è una forma di accumulo di zuccheri e il
glicogeno si trova a livello cellulare nel citosol se noi partiamo da glicogeno oppure anche dagli
acidi grassi queste lunghe catene idrocarboniose comunque sono energetiche, noi possiamo
comunque liberare energia da queste molecole ma per produrre poi di fatto l'ATP abbiamo bisogno
di tutto questo processo che è quello degli acidi tricarbossidici, del ciclo di Krebs e quindi della
fosforilazione ossidativa che permette di ottenere ad ogni ciclo 32 molecole di ATP—
L’ATP viene prodotto ad ogni ciclo di Krebs.
Sulle creste mitocondriali c'è questa cosiddetta catena respiratoria, si crea un gradiente
elettrochimico questo gradiente è quello che permette poi di produrre ATP quindi un meccanismo
un po' diverso lì idrolizziamo l'ATP sulla membrana del glicosomi per fare entrare i protoni in
questo caso si sfrutta il movimento dei protoni, attraverso questa che si chiama una ATP sintasi ---
sintasi cioè sintetizza ATP ok infatti sfruttando che cosa? proprio il gradiente di protoni che si viene
a generare a livello delle creste mitocondriali
questo processo permette che cosa? la fosforilazione dell'ADP in ATP quindi è così che produciamo
l'ATP.
—i fosfolipidi hanno una regione che è una testa polare nel pallino giallo e una coda che è invece
idrofobica o apolare che è data dal riposo degli acidi grassi perché il doppio strato si vengono a
disporre in questo modo cioè coda a coda a formare una regione interna che è idrofobica in modo
tale che le teste che sono idrofile che sono polari si trovano a contatto con l'ambiente extracellulare
e l'ambiente intracellulare che sono soluzioni acquose chiaro? quindi ha questa natura che poi
vedremo viene definita una natura semipermeabile è proprio questa struttura chimica che diciamo
determina la semipermeabilità della membrana.
Da cosa che è costituita la membrana? questi strati sono costituiti per il 50% dei lipidi e il 50% di
proteine. Una cosa importante, questi doppi strati fosfolipidici in ambiente acquoso tendono a
formare delle micelle delle vescicole (quelle di prima).
I lipidi e le proteine che costituiscono questi doppi strati fosfolipidici quindi le membrane sono
dette molecole anfipatiche perché? perché sono in grado di interagire sia con molecole idrofile che
con molecole idrofobe è la doppia natura →è proprio grazie a questa doppia natura che le
membrane permettono di separare gli ambienti
Vediamo alcune caratteristiche diciamo alcune proprietà di queste membrane e le conseguenze
diciamo funzionali.
La prima proprietà è che queste membrane sono molto stabili e anche molto resistenti alle forze
meccaniche per quale motivo? proprio perché ci sono sia legami idrofili che legami idrofobici i
legami idrofobici si stabiliscono tra le code quindi sono strutture molto stabili proprio per i tipi di
legami chimici quindi per esempio noi possiamo distruggere queste membrane solo con dei
detergenti molto forti
Allora queste strutture sono chiaramente impermeabili alle molecole polari compresi gli ioni che
cosa significa? significa che l'impermeabilità non dipende dalle dimensioni che gli ioni sono
piccolini ma dipende dalle CARICHE quindi tutto ciò che è altamente polare e addirittura altamente
carico come gli ioni non passano questo fa sì che la cellula abbia inventato dei sistemi di trasporto
attraverso le membrane quindi questo fa sì quindi che la cellula abbia inventato dei sistemi di
trasporto attraverso le membrane, la cellula scambia materiale quindi come lo facciamo entrare?
la cellula ha sviluppato questi sistemi di trasporto per tutte le molecole che normalmente non
passerebbero cioè le molecole polari invece le molecole apolari riescono ad attraversare le
membrane. Queste membrane sono fluide ai normali valori di temperatura→ temperatura della
cellula→temperatura corporea e questo fa sì che tutte le molecole tutti i costituenti di questi doppi
strati fosfolipidici si possano muovere all’interno della membrana, non è una struttura rigida, le
molecole non si trovano sempre nella stessa posizione ma si muovono, questo garantisce la fluidità
della membrana, essa, poi, è regolata finemente dai fattori esterni per esempio, per i batteri che sono
a contatto diretto con l'ambiente esterno. Per esempio, la temperatura va a regolare nei batteri la
sintesi di un enzima che introduce dei doppi legami carbonio-carbonio nelle code degli acidi grassi,
garantendo quindi che ci sia fluidità della membrana anche a temperature più basse.
Allora, le molecole, quindi i lipidi, nel doppio strato fosfolipidico, si muovono, non sono fisse.
Quindi ci può essere un processo di diffusione laterale, cioè il fosfolipide che sta qui si muove e si
va a disporre sempre sullo stesso strato, in un'altra posizione. Ci può essere una rotazione, cioè un
movimento attorno all'asse, poi ci può essere anche un meccanismo di flip-flop. Che cosa vuol
dire? È il salto, cioè una proteina o un lipide, si sposta da uno strato all'altro. Se questo si trova nello
stato interno, va a finire nello stato esterno. Questo processo appena adoperato dall'enzima, che è un
processo più complesso, che si chiama flippassi. Questi processi sono importanti, per esempio,
anche nella segnalazione cellulare. Una cellula che sta per morire, mette in membrana dei segnali,
espone dei lipidi che normalmente sono sul versante intracellulare. Se lo espone in membrana
esternamente, è un segnale per dire che io sto morendo. Quindi tu, macrofago, vieni e mangiami.
Perché i macrofagi non solo, diciamo, lavorano contro i batteri, ma rimuovono anche, per esempio,
cellule morte. Voi sapete che le cellule fisiologicamente vanno in conto a morte, che è la cosiddetta
morte cellulare programmata.
Allora, questa fluidità di membrana è stata teorizzata da due studiosi che sono Singer e Nicholson.
Quindi Singer e Nicholson hanno proposto il cosiddetto modello a mosaico fluido delle membrane.
Cosa ci dice questo modello? Ci dice che nelle membrane biologiche, lipidi e proteine; quindi, a
questo punto aggiungiamo anche le proteine, si muovono, non sono fisse. C'è un continuo
rimescolamento.
Allora, che tipi di proteine troviamo nelle membrane biologiche? Ci sono diversi tipi di proteine:
• Proteine integrali→dette proteine transmembrana, come quella che vedete qui. Adesso le
riprendiamo. Sono proteine che attraversano completamente la membrana, presentano
diversi domini. Quindi il dominio extracellulare, il dominio transmembrana e il dominio
intracellulare.
• Proteine ancorate alla membrana→ Che vuol dire? proteine che sono semplicemente
attaccate ai lipidi della membrana stessa.
• Proteine periferiche→ proteine che si associano ad altre proteine di membrana.
Dunque, la fluidità di membrana fa sì in qualche modo che tutte queste molecole come se
galleggiassero. Ma attenzione! Non è un galleggiamento incondizionato, libero. Ci sono dei punti
fermi che in qualche modo regolano la struttura e che si chiamano zattere lipidiche, regioni in cui si
accumula colesterolo che è l'altro elemento delle membrane.
Le proteine transmembrana, quindi le proteine integravi. Perché? queste proteine presentano questa
regione, che è quella che attraversa la membrana, quindi questo dominio transmembrana, che è una
struttura ad alfa-elica, Che è generalmente di circa 20-25 amminoacidi non polari. Perché? Perché
attraversa la regione idrofobica, altrimenti ci sarebbe repulsione.
Qui vedete la proteina periferica, che si associa, per esempio, alla regione interna di questa che è
una proteina transmembrana, ma di fatto è una glicoproteina, perché, vedete, è modificata
chimicamente, abbiamo aggiunto un carboidrato dove viene la ribosinazione e le proteine nel Golgi
Infatti, queste proteine che arrivano qui in membrana, arrivano comunque nella via vescicolare che
vi ho descritto. Non di secrezione, ma di fusione passa.
Da un punto di vista chimico, i lipidi che compongono le membrane sono essenzialmente
fosfolipidi, glicolipidi e colesterolo. Questo vale per tutte le membrane.
Che vuol dire tutte le membrane? Reticolo endoplasmatico, Golgi e membrana plasmatica.
Nella membrana plasmatica troviamo il colesterolo,
che permette la formazione del mosaico fluido. Cosa
fa il colesterolo? Anche qui ricordiamoci la struttura,
presenta questo gruppo ossidrico. Quindi è di fatto
una molecola altamente apolare, per via di tutta
questa struttura carboniosa, ma grazie al gruppo
ossidrico, vedete, guardate qui, con il gruppo
ossidrico polare può interagire con le teste polari dei
fosfolipidi e va formando una sorta di gancio,
Regola la fluidità della membrana. Infatti, più c'è
colesterolo, più la membrana è rigida.
E lo fa in questo modo, quindi con tutta la struttura carboniosa interagisce con le code degli acidi
grassi, col gruppo ossidrico regola, diciamo, le teste polari.
Il colesterolo abbonda di più sullo stato esterno.
Qual è la componente lipidica delle membrane plasmatiche? Abbiamo detto che il colesterolo si
trova principalmente nello stato esterno, perché ha maggiore affinità per la sphingomielina, la
sphingomielina abbonda nello stato esterno. Vedete che tra stato interno e stato esterno c'è una
differenza in termini di composizione. Nello stato esterno abbiamo più sphingomielina, glicolipidi e
fosfati di glucolina. Nello stato interno abbiamo abbondanza di tutti gli altri fosfolipidi,
le teste polari dello stato interno per la loro natura chimica sono più cariche negativamente, e questo
fa sì che ci siano più cariche negative sulla superficie.
queste cariche negative non sono da confondersi con la concentrazione ionica, ok? È un'altra cosa,
questo serve ad ancorare altre proteine, perché ci sono i fosfolipidi, ci sono le proteine di
membrana, nella parte interna, attenzione, sono presenti queste proteine periferiche, queste proteine
periferiche vengono più delle volte anche stabilizzate dalle cariche presenti sulle teste polari dei
fosfolipidi, che proteine ci sono.
Allora, noi prima abbiamo detto per la membrana nucleare abbiamo parlato della lamina,
quell'intreccio, qui sotto noi abbiamo delle proteine sotto la membrana plasmatica che fungono da
ponte tra la membrana e il citoscheletro. Noi vedremo che una cellula si muove grazie a che cosa?
All'interazione membrana-citoscheletro. Quindi ci sono queste proteine che fanno da ponte, ci sono
le cariche negative delle teste polari che interagiscono, per esempio, con le cariche positive di
queste sequenze ambinociniche di una proteina che è ancorata sulla membrana. Questo è un
esempio. Oppure, qui vedete, ci possono essere dei ponti di solfuro. Quindi guardate, ne abbiamo
parlato dei ponti di solfuro.