Acidi Nucleici

Ruolo: custodire e trasmettere l’informazione genetica. Il

progetto completo di un organismo è codificato nel suo acido
nucleico. Gran parte dello sviluppo fisico di un organismo
durante la sua vita è dipende da quanto codificato negli acidi
nucleici.
Sono gli unici composti che presentano le potenzialità
dell’autoreplicazione e contengono le informazioni per la
corretta sintesi delle proteine.

Esistono due tipi di acidi nucleici:

➢RNA Acido ribonucleico
➢DNA Acido deossiribonucleico
Si tratta in entrambi i casi di strutture polimeriche.
 Nucleotidi
Il nucleotide è l’unità costitutiva degli acidi nucleici. I nucleotidi hanno tre
componenti: un aldopentoso, uno o più fosfati, una base debole eterociclica
(fosfato + zucchero + base)

Sia il DNA che l’RNA sono polinucleotidi. I monomeri differiscono per l’unità
carboidratica in essi contenuta che risulta essere ribosio per l’RNA e 2’-
deossiribosio per il DNA (gli atomi di C degli zuccheri sono indicati con1’, 2’, 3’ ecc.
per differenziarli dagli atomi di C delle basi).
Se tolgo il fosfato al nucleotide ottengo il nucleoside (zucchero + base)
Nel polimero il collegamento tra i nucleotidi è realizzato da gruppi fosfato che
formano legami esterei con il gruppo OH del C in 5’ di un monomero e con il gruppo
OH del C in 3’ di un secondo nucleotide. Gli acidi nucleotidici possiedono dunque
legami fosfodiesterei.
In questo modo vengono costruite catene contenenti anche
miliardi di unità nucleotidiche.

Il gruppo fosforico è un acido forte con pKa di circa 1 da cui la

denominazione di acidi ribonucleici e deossiribonucleici. A pH
fisiologico ogni nucleotide è carico negativamente.

I gruppi fosfato e le unità carboidratiche costituiscono la

struttura ripetitiva del polimero ma essendo invarianti non
rappresentano la porzione in grado di trasmettere
informazioni. Il ruolo di custodi dell’informazione viene svolto
dagli acidi nucleici grazie alla diversità delle basi inserite nei
vari nucleotidi (eteropolimeri).
Il nucleotide presenta legata al C 1’ dello zucchero un
composto basico.
Basi eterocicliche

Basi puriniche (in azzurro) e basi

pirimidiniche (in arancio).

Le basi vengono indicate tramite

codice ad una lettera.
Il DNA contiene:
adenina, guanina, citosina e timina
l’RNA contiene:
adenina, guanina, citosina e uracile.

DNA e RNA sono polimeri costituiti di 4

tipi di 4 monomeri nucleotidici diversi.

Le purine legano il C 1’ con l’azoto 9

mentre le pirimidine legano il C in 1’
con l’azoto 1.
Nucleotidi e nucleosidi
A = Adenina
G = Guanina
C = Citosina
U = Uracile
T = Timina

I nucleotidi indicati
rappresentano le unità
ripetitive dell’DNA.

❑ Il sistema
base+zucchero viene
definito nucleoside.

❑ I nucleotidi sono
nucleosidi 5’-
monofosfati.
Nucleotidi e nucleosidi
A = Adenina
DNA G = Guanina
C = Citosina
2’-deossiadenosina 2’-deossiadenosina 5’- U = Uracile
monofosfato T = Timina

2’-deossiguanosina
2’-deossiguanosina 5’- I nucleotidi indicati
monofosfato
rappresentano le unità
ripetitive dell’RNA.

❑ Il sistema
base+zucchero viene
2’-deossicitidina 2’-deossicitidina 5’-
monofosfato definito nucleoside.

❑ I nucleotidi sono
nucleosidi 5’-
monofosfati.
2’-deossiatimina 5’-
2’-deossiatimina monofosfato
Proprietà dei nucleotidi:
➢sono acidi molto forti;
➢le basi presentano sistemi coniugati per cui assorbono
nell’UV (soprattutto attorno 260 nm).

Stabilità del legame fosfodiestereo:

L’idrolisi di un polinucleotide è un processo
termodinamicamente favorito ma avviene molto
lentamente a meno che la reazione non venga catalizzata
(cinetica sfavorevole).
→ Questo assicura una sufficiente stabilità al polimero per
fungere da depositario dell’informazione genetica.

Il DNA è comunque instabile in soluzioni acide (→ idrolisi)

mentre l’RNA è instabile sia in soluzioni acide che alcaline.
 Struttura primaria
La catena polinucleotidica possiede un verso.
Per convenzione si legge dal terminale 5’ libero al terminale 3’ libero

La sequenza nucleotidica costituisce la particolare struttura primaria di un dato

polinucleotide. Spesso, visto che la parte che reca l’informazione nel nucleotide è la
base, si indica la sequenza dei nucleotidi attraverso la sequenza delle basi (ad
es. ACGTT). La lunghezza dell’elica di DNA viene spesso espressa in bp (base
pairs) o per comodità in coppie di kilobasi (ad es. il cromosoma circolare
dell’Escherichia coli contiene 4 600 kb mentre il genoma umano contiene 3 200 000
kb ovvero 3,2 109 coppie di basi di DNA.
 Struttura secondaria e terziaria degli acidi nucleici
Nel 1953 Watson e Crick analizzando dati di diffrazione a raggi X di campioni di
DNA, scoprirono che due filamenti di DNA si associavano in una struttura elicoidale
destrorsa caratterizzata da 10 residui per giro. La loro grande intuizione fu però
capire che questa struttura era stabilizzata da legami a ponte di H tra le basi
interfacciate appartenenti ciascuna a un distinto filamento. I ponti a H si
formavano solo accoppiando adenina con timina e guanina con citosina. In
questo modo i due filamenti risultano complementari (non uguali) e ciascuno può
fungere da stampo per l’altro. I due filamenti sono antiparalleli.
a. Appaiamento delle basi di due
filamenti secondo il modello di
Watson e Crick ( A con T e C con G).
Accoppiamento purina + pirimidina.

b. Coppie di basi impilate nella struttura

della doppia elica vista dall’alto.
Ciascuna coppia risulta ruotata di
36° rispetto alla successiva

c. Visione laterale della doppia elica

❑ La porzione idrofilica di fosfato e deossiribosio dell’elica
si trova all’esterno a interagire favorevolmente con il
mezzo acquoso
❑ mentre le basi si trovano all’interno su piani
perpendicolari rispetto all’asse dell’elica, impilati gli uni
sugli altri.
❑ Tra le basi di piani consecutivi si instaurano interazioni
di Van der Waals dette “interazioni di impaccamento”.
❑ Sebbene le basi siano all’interno della doppia elica
possono essere raggiunte attraverso due profondi
solchi detti solco maggiore e solco minore.
❑ La costruzione di modelli molecolari di strutture a
doppia elica di DNA convinse Watson e Crick che i due
filamenti dovevano essere orientati in direzioni opposte.
❑ Il DNA fornisce una doppia elica destrorsa.
I due filamenti di DNA della doppia elica sono
complementari nel senso che A si accoppia sempre con
T e C sempre con G. Se i filamenti vengono separati,
sfruttando la specificità dell’accoppiamento, può essere
rigenerata la metà dell’elica mancante. In questo consiste
la capacità di autoreplicazione che il materiale genetico
deve possedere: quando una cellula si divide le cellule
figlie devono possedere la stessa dote in materiale
genetico.
La doppia elica è stabilizzata da forze deboli

Interazioni presenti:

➢Interazioni di impaccamento (elettroni )

➢Legami a ponte d’idrogeno (A con T, C con G)

➢Effetti idrofobici

Interazioni carica-carica La repulsione elettrostatica tra i

gruppi fosfato dei due filamenti è fonte di instabilità per
l’elica. La repulsione viene minimizzata da cationi come
Mg++ o da proteine basiche (contenti Lys e Arg) nei
cromosomi.
In condizioni fisiologiche il DNA a doppio filamento è più stabile dei due filamenti
separati.
La denaturazione del DNA può essere termica o indotta da agenti caotropici (urea o
cloruro di guanidinio). La temperatura alla quale il 50% del DNA è ancora a doppia
elica mentre il rimanente è in a singolo filamento si dice Tm (punto di fusione).
Si può seguire la denaturazione registrando la variazione di assorbimento a 260 nm:
i filamenti separati assorbono più (dal 12 al 40% in più) di quelli in doppia elica.
Nella curva di fusione si nota come la temperatura di fusione di poli(AT) è bassa
rispetto a quella di poli(GC): la differenza riflette il diverso numero di legami a H.
 Conformazioni del DNA a doppia elica
Quanto descritto finora si riferisce alla conformazione B del DNA a doppia elica.
Esistono altre conformazioni dette A e Z.

A B Z

La conformazione A è propria del DNA disidratato, la Z si forma con particolari

sequenze, è un’elica sinistrorsa e priva di solchi.
 Il Genoma

Ogni organismo porta all’interno delle proprie cellule almeno una copia dell’intera
informazione genetica di cui ha bisogno detta genoma.
Normalmente l’informazione genetica è codificata nel DNA a doppio filamento
anche se alcuni virus utilizzano l’RNA.
Il genoma umano è costituito da 3 200 000 000 coppie di basi distribuite in 23
coppie di cromosomi (46 cromosomi: 22 coppie di autosomi (in ciascuna coppia
un cromosoma è paterno e uno materno) e 2 cromosomi sessuali-eterosomi).
In ogni organismo una percentuale di DNA genomico è suscettibile di essere
trascritta ovvero letta in modo da rendere possibile la sintesi di RNA e quindi di
proteine.
Le sequenze che possono essere trascritte si dicono geni.
Il DNA di tutte le cellule di un organismo contiene almeno una copia di geni che
portano le informazioni per la sintesi di tutte le proteine di cui tale organismo ha
bisogno.
Il DNA può essere sequenziato con metodo chimico o enzimatico.
 La Replicazione

La replicazione permette di ottenere da un filamento a doppia elica di DNA due

filamenti identici al primo.
Il processo ha un’accuratezza elevata (meno di un errore ogni 108 basi). Quando
occasionalmente il meccanismo si inceppa dà vita a mutazioni, le quali hanno
permesso l’evoluzione della specie. La replicazione viene guidata da un complesso
di enzimi (DNA polimerasi). Velocità : 1000bp al secondo (E. coli)

Il meccanismo di copiatura del DNA comporta lo srotolamento dei due filamenti che
compongono l’elica, ciascuno dei quali diviene stampo per la sintesi di un nuovo
filamento, complementare al filamento parentale. Questa modalità di replicazione è
detta semiconservativa.
 La Trascrizione

La trascrizione copia il DNA in RNA. L’espressione dell’informazione genetica inizia

con la trascrizione dei geni in una molecola complementare di RNA.
 La Traduzione
L’RNA ottenuto dalla trascrizione (mRNA) costutuisce lo stampo per la sintesi
delle proteine. Tuttavia visto che le proteine sono composte di 20 residui mentre
gli acidi nucleici sono ottenuti da 4 monomeri non può esserci un rapporto 1:1.
Proprio per tale motivo è una tripletta di basi (codone) a codificare per un
amminoacido.
Codice Genetico
 La Traduzione
Anche se tutte le informazioni richieste per la sintesi proteica sono contenute nel DNA,
la produzione di proteine non procede direttamente dal DNA ma utilizza come
intermediari più tipi di RNA. La trascrizione fornisce lo stampo di RNA (mRNA – RNA
messaggero). Le molecole di tRNA (RNA transfer) assieme a enzimi e ribosomi
traducono le triplette di basi negli amminoacidi.

Una molecola di mRNA si lega ad un ribosoma; le molecole di tRNA portano gli

amminoacidi al ribosoma, uno alla volta; ciascun tRNA si lega al codone appropriato
sull’mRNA e aggiunge il proprio amminoacido alla catena nascente; il ribosoma scorre
lungo la molecola di mRNA fino alla traduzione dell’intera sequenza proteica.