Nucleotidi e acidi nucleici
Nucleotidi
I nucleotidi svolgono numerosi ruoli
- Forma di energia utilizzata nelle reazioni metaboliche
- Molecole segnale
- Componenti di cofattori enzimatici
- Costituenti degli acidi nucleici DNA e RNA
Acidi nucleici
I nucleotidi sono i monomeri che compongono
gli acidi nucleici DNA e RNA
• La sequenza amminoacidica delle proteine e la sequenza
nucleotidica del RNA sono codificate dal DNA
• Un segmento di DNA che contiene le informazioni per la
sintesi di un prodotto biologico (proteina o RNA) viene detto
gene
• Esistono vari tipi di RNA
• mRNA (RNA messaggero), rRNA (RNA ribosomale), tRNA
(RNA transfer)
Nucleotidi
I nucleotidi sono costituiti da una
base azotata, da un pentosio e da un
gruppo fosforico
I pentosi presenti nei nucleotidi che
compongono l’RNA ed il DNA sono,
rispettivamente, il ribosio ed il
deossiribosio
Questi differiscono per il sostituente
del carbonio 2’, un gruppo OH nel
ribosio ed un atomo di idrogeno nel
deossiribosio
Le basi azotate presenti nel DNA e nel
RNA sono dette pirimidine e purine
poiché presentano la struttura di
base dei composti pirimidina e purina
Nucleotidi
Le purine presenti negli acidi nucleici
sono l’adenina e la guanina, mentre
le pirimidine sono la citosina, la
timina e l’uracile
Deossiribonucleotidi
I deossiribonucleotidi compongono il DNA
Gli analoghi composti privi del gruppo fosfato vengono detti
deossiribonucleosidi
Ribonucleotidi
I ribonucleotidi compongono l’RNA
Gli analoghi composti privi del gruppo fosfato vengono detti
ribonucleosidi
Nomenclatura dei nucleotidi
Nucleotidi come trasportatori di
energia
I nucleotidi trifosfato sono utilizzati come fonte energetica
poichè l’idrolisi dei gruppi fosfato è una reazione altamente
esoergonica
L’adenosina trifosfato (ATP)
L’ATP è la pricipale «moneta energetica» della cellula
L’energia liberata dall’idrolisi dei gruppi anidridici è di circa 7 kcal/mol, più del
doppio di quella liberata dall’idrolisi di legami estere
Accoppiando l’idrolisi dell’ATP a reazioni endoergoniche il processo globale
diviene spontaneo (ΔG<0)
Nucleotidi ciclici
I nucleotidi ciclici AMP ciclico (cAMP) e GMP
ciclico (cGMP) vengono prodotti da enzimi
detti ciclasi a partire dai corrispondenti
nucleotidi trifosfati
I nucleotidi ciclici regolano molti processi
cellulari e agiscono da secondi messaggeri
per mediare gli effetti di segnali extracellulari
Questi composti vengono idrolizzati da enzimi
detti fosfodiesterasi per modulare i livelli di
queste molecole «regolatrici»
Acidi nucleici
Le catene degli acidi nucleici DNA e RNA sono
formate da nucleotidi uniti da legami
fosfodiestere
Le catene hanno estremità diverse e quindi
sono caratterizzate da una direzionalità
L’estremità mancante di un nucleotide sul
carbonio 5’ viene detta «estremità 5’», quella
mancante di un nucleotide sul carbonio 3’
«estremità 3’»
Lo «scheletro» degli acidi nucleici è costituito
da gruppi fosforici legati covalentemente a
residui di pentosi
Le basi azotate possono essere considerate
come catene laterali
Struttura degli acidi nucleici
La struttura degli acidi nucleici dipende dalla proprietà delle basi azotate di
formare legami idrogeno specifici
• L’adenina si «accoppia» con la timina (nel DNA) o con l’uracile (nel RNA)
formando due legami idrogeno
• La guanina si accoppia con la citosina (sia nel DNA che nel RNA) formando tre
legami idrogeno
Struttura degli acidi nucleici
Questo tipo di struttura suggerisce un meccanismo attraverso cui il corredo
genico del DNA può essere replicato
• Attraverso l’accoppiamento specifico delle basi, ciascun filamento può essere
«copiato» in un filamento complementare
La struttura del DNA
Sulla base di dati di diffrazione di raggi X ottenuti da Rosalind Franklin, nel 1953
Watson e Crick proposero che il DNA avesse una struttura a doppia elica con i
due filamenti antiparalleli appaiati tra loro attraverso i legami idrogeno formati
dalle basi azotate
La struttura del DNA
Questo tipo di struttura genera nella doppia elica un solco maggiore ed un solco
minore
Il modello spiegava diverse caratteristiche del DNA, tra cui:
1) il contenuto identico di guanina e citosina, e adenina e timina
2) Le periodicità della struttura osservate mediante diffrazione di raggi X di 3,4 Å
(distanza tra coppie di basi successive) e 34 Å (ampiezza di un giro completo
dell’elica)
La struttura del DNA
Questo tipo di struttura suggerisce un
meccanismo attraverso cui il corredo genico
del DNA può essere replicato
• Attraverso l’accoppiamento specifico delle
basi, ciascun filamento può essere
«copiato» in un filamento complementare
Le strutture dell’RNA
Anche gli RNA possono avere strutture
complesse determinate dall’accoppiamento
delle loro basi costituenti
• L’RNA ribosomiale interagendo con catene
polipeptidiche forma le due subunità del
ribosoma
• Gli RNA messaggero, coinvolti nel processo
di traduzione dell’informazione contenuta
nel DNA (tra cui la sintesi proteica), hanno
strutture complesse e non uniche, dettate
dall’appaiamento tra le basi
• Gli RNA transfer, che fungono da adattatori
per «leggere» l’informazione contenuta
nell’RNA messaggero, hanno invece
strutture ben definite