25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/eserci.

html

esercizi (esercitazione 1)
1. Fare login con il vostro nome e password. Uscire con logout o exit e rientrare.

2. Esaminare il contenuto della vostra home directory con i comandi ls, ls -a, ls -l, ls
-la; usare man ls per capire il significato di queste opzioni del comando (per uscire da
man battere q).

3. I comandi per muoversi tra le directory sono pwd e cd. Usare whatis (ed eventualmente
man ) per ripassare a cosa serve ciascuno di questi comandi. Visualizzare il nome della
propria home directory. Portarsi sulla directory /etc/sysconfig e visualizzarne il
contenuto. Quante sotto-directory ci sono?

4. Spesso, in UNIX, un comando agisce diversamente a seconda dei suoi argomenti. Ad es:
ls seguito da uno o più nomi di file visualizza l'elenco relativo a questi file; seguito dal
nome di una directory visualizza l'elenco dei file contenuti in questa directory.
Verificarlo, facendo una lista lunga dei soli file samba e soundcard, e della directory
networking, prima separatamente e poi con un solo comando. Dare il comando "ls
s*": potete capire cosa vuol dire il carattere * ? Dare il comando "ls network*" e
spiegare quello che viene visualizzato.

5. Riportarsi sulla propria home directory. Usando pwd e cd, verificare che cosa sono le
directory ~ e ..

6. Qual è il comando per creare una directory: md, mkdir o mdir? Creare la directory tmp
nella propria home directory. Come si può indicare il nome di questa directory? Che
differenza c'è tra /tmp e ~/tmp?

7. I principali comandi per agire sui file sono cp, mv, rm. Cosa fa ciascuno? Notare il
comportamento diverso di cp e mv a seconda che siano seguiti da due o da più argomenti.
Copiare tutti i file della directory /etc/sysconfig che cominciano per "d" nella
directory ~/tmp appena creata

8. Il comando cat visualizza il contenuto di un file. Usarlo per visualizzare il contenuto di

uno dei file nelle vostre directory.

9. Il comando finger visualizza gli utenti collegati sul vostro computer. Usare il carattere di
riderezione dell'output (>) per mettere l'output di questo comando nel file
[Link].

10. Usare il comando wc < [Link] per stampare su output il numero di righe,
parole e caratteri di questo file.

11. Ottenere lo stesso risultato combinando i comandi dei due esercizi precedenti con la
pipeline
finger | wc

12. Usando il comando echo, scrivere il vostro nome e cognome sul file [Link] e il vostro
indirizzo (se volete, anche inventato) sul file [Link]

13. Sempre usando echo, aggiungere in coda a [Link] il vostro indirizzo di posta
elettronica.

14. Anche cat può avere due o più argomenti. Usarlo per riversare il contenuto di [Link]
e [Link] nel file ~/.plan. Usare il carattere di troncamento (*) per riferirsi ai due
file con un'unica espressione.

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 1/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

15. * editare, con vi, il file note. Scrivere in questo file qualche frase di osservazioni e
commenti (seri) sul corso.

16. Usare il comando yppasswd per cambiare la vostra password (lettere minuscole e numeri).

17. * fare la lista LUNGA dei file sulla vostra home directory, COMPRESI I FILE
NASCOSTI. Mettere questa lista, il file .plan e il file note in un unico file e inviarlo
per posta elettronica dandolo come input del comando "mail
[Link]@[Link]"

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 2/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 2-D)

Fare il numero maggiore possibile di esercizi, nell'ordine. Prima della fine fare comunque l'ultimo
esercizio. Gli esercizi contrassegnati con * danno punteggio per la valutazione

1. * Rendere la vostra home directory leggibile ed eseguibile dal gruppo

2. * Creare la directory ~/ic-xxxxxx, sostituendo a xxxxxx il nome del vostro utente,

che si trova nella variabile USER (esempio: ~/ic-rossi). D'ora in avanti chiameremo
questa directory la vostra directory di lavoro

3. Le variabili HOSTNAME e TERM contengono, rispettivamente, il nome del vostro calcolatore e

il tipo di terminale. Stampare su video il loro contenuto. Stampare su video la frase
"Benvenuti su ...; il terminale sembra di tipo ..." sostituendo a ... il nome del
vostro calcolatore e il tipo di terminale. NB: il carattere ";" deve risultare stampato su
video

4. * Il file ~/.bash_profile contiene comandi da eseguire ad ogni login. Con l'editor

vi, editare questo file e inserirvi (come ultima riga) il comando che stampa la frase
dell'esercizio precedente. Copiare ~/.bash_profile sulla vostra directory di lavoro

5. * Fare una lista (lunga) di tutti i file sulla directory /etc il cui nome comincia con "pr" e
finisce con "e" oppure "l" (lettera "elle"). Mettere il risultato nel file "pre" sulla vostra
directory di lavoro.

6. Lanciare da terminale il programma netscape. Interromperlo defitivamente battendo ^C

(Ctrl C) sullo stesso terminale (non chiudere la finestra di netscape con il mouse!).
Rilanciare netscape in background. Visitare la pagina
[Link]

7. Con il comando jobs fare la lista dei processi in background. Con il comando "kill -9 %
<numerojob>" arrestare (definitivamente) il processo di netscape.

8. * Il comando "ypcat passwd" manda in output le informazioni relative a tutti gli utenti
del sistema, un utente per riga (il nome dello user è la serie di caratteri fino al primo ":";
il nome anagrafico dell'utente è la serie di caratteri tra il quarto e il quinto ":"). Usare
questo comando in combinazione con il comando wc per stabilire quanti sono gli utenti
del sistema. Scrivere (con vi) la risposta nel file utenti nella vostra directory di
lavoro

9. * Usare "ypcat passwd" in combinazione con il comando grep per stampare su video le
righe relative a tutti gli utenti che si chiamano (anagraficamente) "Francesco" o
"Francesca". Dirigere l'output nel file "Francesc" sulla vostra directory di lavoro.

10. * Ripetere l'esercizio precedente, includendo tutte le righe in cui "Francesco" o

"Francesca" sono scritti sia con l'iniziale maiuscola che con la minuscola. Dirigere
l'output nel file "francesc" sulla vostra directory di lavoro.

11. * Usando il comando sort, mettere in ordine alfabetico di user il file

"francesc".Dirigere l'output nel file "[Link]" sulla vostra directory
di lavoro.

12. * Rendere il file ~/.bash_history leggibile dal gruppo. Uscire dal terminale con
exit. Riaprire un terminale e copiare il file ~/.bash_history sulla vostra directory

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 3/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

di lavoro.

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 4/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-A)

1. Il dipolo di una molecola dove siano definite delle cariche atomiche è una quantità
vettoriale data dalla formula

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione.

Scrivere un programma in awk (~/ese/[Link]) per calcolare il dipolo della molecola XXX
usando le coordinate atomiche contenute nel file ~infochim/e3/[Link] e le cariche atomiche che
sono riportate nella prima riga del file ~infochim/e3/[Link].

N.B. A ciascuno viene assegnata una molecola XXX !

Ripetere il calcolo usando volta a volta le serie di cariche atomiche elencate in ogni riga del file [Link].
Riportare i risultati in una tabella (file ~/ese/[Link]) che per ogni serie di cariche contenga una
riga e cinque colonne: carica del primo atomo, dipolo (componenti x, y e z e valore assoluto).

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 5/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-BC)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro);
portarsi sulla directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory
~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

1. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola XXX, un atomo per
riga, con il seguente formato:
(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su
standard output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo
:

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link].
Dirigere il risultato prima su standard output (terminale), poi sul file xxx.r

2. modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati
solo i dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire
questo nuovo programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi
sul file xxx.a

3. scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di dipolo della molecola a partire da cariche atomiche date. Il momento di
dipolo è dato dalla seguente formula:

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione..

Il programma deve scrivere su output le tre componenti del dipolo:

dx dy dz

I valori di carica atomica da utilizzare sono i seguenti:

qyyy = ...

qzzz = ...

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo,
fargli calcolare il contributo di questo atomo alle tre componenti di d: qi xi, qi yi, e qi zi, sommandolo ai
contributi degli atomi precedenti.

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 6/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]
Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi.

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su xxx.d

4. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a dx, dy,
dz , anche il modulo del dipolo:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 7/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-BC-1)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro);
portarsi sulla directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory
~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

2. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola NCl2, un atomo per
riga, con il seguente formato:

(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su
standard output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo
:

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link].
Dirigere il risultato prima su standard output (terminale), poi sul file ncl2.r

3. modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati
solo i dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire
questo nuovo programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi
sul file ncl2.a

4. scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di dipolo della molecola a partire da cariche atomiche date. Il momento di
dipolo è dato dalla seguente formula:

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione..

Il programma deve scrivere su output le tre componenti del dipolo:

dx dy dz

I valori di carica atomica da utilizzare sono i seguenti:

qN = -0.176

qCl = 0.088

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo,
fargli calcolare il contributo di questo atomo alle tre componenti di d: qi xi, qi yi, e qi zi, sommandolo ai
contributi degli atomi precedenti.

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 8/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]
Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi.

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su ncl2.d

5. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a dx, dy,
dz , anche il modulo del dipolo:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 9/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-BC-2)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro);
portarsi sulla directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory
~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

2. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola NO2, un atomo per
riga, con il seguente formato:
(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su
standard output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo
:

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link].
Dirigere il risultato prima su standard output (terminale), poi sul file no2.r

3. Modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati
solo i dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire
questo nuovo programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi
sul file no2.a

4. scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di dipolo della molecola a partire da cariche atomiche date. Il momento di
dipolo è dato dalla seguente formula:

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione..

Il programma deve scrivere su output le tre componenti del dipolo:

dx dy dz

I valori di carica atomica da utilizzare sono i seguenti:

qN = 0.214

qO = -0.107

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo,
fargli calcolare il contributo di questo atomo alle tre componenti di d: qi xi, qi yi, e qi zi, sommandolo ai
contributi degli atomi precedenti.

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 10/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]
Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi.

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su no2.d

5. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a dx, dy,
dz , anche il modulo del dipolo:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 11/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-DE)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro); portarsi sulla
directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory ~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

2. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola XXX, un atomo per riga,
con il seguente formato:
(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su standard
output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo :

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link]. Dirigere il
risultato prima su standard output (terminale), poi sul file xxx.r

3. Modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati solo i
dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire questo nuovo
programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi sul file xxx.a

4. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli la

posizione del centro di massa della molecola, R:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e ri è la sua [Link]:

Il programma deve scrivere su output le tre componenti di R:

Rx Ry Rz

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mO = 15.999; mN = 14.007;

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo, fargli
calcolare il contributo di questo atomo a M, mi , e alle tre componenti di R: mi xi, mi yi, e mi zi, sommando
questi contributi ai valori di M, Rx,Ry,Rz già accumulati.

Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi (m1 x1+m2 x2+...)/M; etc.
[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 12/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su [Link]

5. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a Rx, Ry, Rz,
anche il modulo di R:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 13/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-DE-1)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro); portarsi sulla
directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory ~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

2. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola H2O, un atomo per riga,
con il seguente formato:
(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su standard
output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo :

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link]. Dirigere il
risultato prima su standard output (terminale), poi sul file h2o.r

3. Modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati solo i
dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire questo nuovo
programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi sul file h2o.a

4. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli la

posizione del centro di massa della molecola, R:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e ri è la sua [Link]:

Il programma deve scrivere su output le tre componenti di R:

Rx Ry Rz

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mO = 15.999; mN = 14.007;

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo, fargli
calcolare il contributo di questo atomo a M, mi , e alle tre componenti di R: mi xi, mi yi, e mi zi, sommando
questi contributi ai valori di M, Rx,Ry,Rz già accumulati.

Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi (m1 x1+m2 x2+...)/M; etc.
[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 14/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su [Link]

5. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a Rx, Ry, Rz,
anche il modulo di R:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 15/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 3-DE-2)

1. Creare la directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro); portarsi sulla
directory di lavoro e copiarvi i seguenti file contenuti nella directory ~infochim/wrk/e3:

[Link]

tutti i file il cui nome finisce in .awk

2. Il file [Link] contiene le coordinate degli atomi della molecola NO2, un atomo per riga,
con il seguente formato:

(specie atomica) xi yi zi

Esaminare il contenuto di questo file usando i comando cat o il programma vi.

Il file [Link] contiene un programma in awk che eseguito sul file [Link] stampa su standard
output gli stessi dati seguiti dal modulo del vettore posizione dell'atomo :

(specie atomica) xi yi zi ri

...

Lanciare un comando awk che esegua questo programma sul file di dati [Link]. Dirigere il
risultato prima su standard output (terminale), poi sul file no2.r

3. Modificare il programma [Link] (editarlo con vi) in modo tale che vengano stampati solo i
dati relativi al secondo e terzo atomo che compaiono in [Link]. Eseguire questo nuovo
programma sul file di dati; dirigere il risultato prima su standard output, poi sul file no2.a

4. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli la

posizione del centro di massa della molecola, R:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e ri è la sua [Link]:

Il programma deve scrivere su output le tre componenti di R:

Rx Ry Rz

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mO = 15.999; mN = 14.007;

Suggerimento: via via che il programma legge una riga del file di input con i dati relativi ad un atomo, fargli
calcolare il contributo di questo atomo a M, mi , e alle tre componenti di R: mi xi, mi yi, e mi zi, sommando
questi contributi ai valori di M, Rx,Ry,Rz già accumulati.

Dopo avere processato tutte le righe, far stampare la somma di tutti contributi (m1 x1+m2 x2+...)/M; etc.
[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 16/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato su [Link]

5. Modificare il programma [Link] in modo tale che alla fine stampi, oltre a Rx, Ry, Rz,
anche il modulo di R:

Eseguire il programma sul file di dati e dirigere il risultato sul file [Link].

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 17/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-A-1)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominiciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

Le righe che cominicano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse y:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e xi , zi sono le sue coordinate x e z.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

mO = 16.999; 17.999

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 18/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : momento di inerzia contro massa
totale.

Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link] dando
il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 19/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-A-2)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominiciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

Le altre righe contengono altri dati sulla molecola.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse y:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e xi , zi sono le sue coordinate x e z.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 20/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

mO = 16.999; 17.999

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link]:: momento di inerzia contro massa
totale. Salvare il grafico in formato JPEG nel file [Link]. dando il seguente comando:

set term jpeg; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 21/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-B-1)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe
con le coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse z:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e xi , yi sono le sue coordinate x e y.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

mO = 16.999; 17.999

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 22/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : momento di inerzia contro massa
totale.

Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link] dando
il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 23/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-B-2)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe
con le coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse x:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e yi , zi sono le sue coordinate y e z.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

mO = 16.999; 17.999

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 24/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : momento di inerzia contro massa
totale.

Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link] dando
il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

esercizi (esercitazione 4-C-1)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe
con le coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse x:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e yi , zi sono le sue coordinate y e z.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 25/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

mO = 16.999; 17.999

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : momento di inerzia contro massa
totale.

Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link] dando
il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 26/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-C-2)

1. Portarsi sulla directory ~/ese (d'ora in poi la chiameremo la vostra directory di lavoro) e
copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si
trovano nelle righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le
coordinate x, y e z sono nelle posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe
con le coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il

momento di inerzia della molecola intorno all'asse z:

dove l'indice i scorre sugli atomi, mi è la massa dell'atomo i, e xi , yi sono le sue coordinate x e y.

Ovvero:

Il programma deve scrivere su output, in un solo rigo e senza stringhe di commento, due
numeri: la massa totale e

Dirigere l'output prima su terminale, poi sul file [Link]

Le masse atomiche sono: mH = 1.008; mC = 12.011; mN = 14.007; mO = 15.999;

3. Ripetere il calcolo modificando a turno la massa di un atomo con le masse seguenti (che corrispondono a
isotopi naturali):

mH = 2.014;

mC = 13.003;

mN = 15.000;

mO = 16.999; 17.999

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 27/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : momento di inerzia contro massa
totale.

Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link] dando
il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

esercizi (esercitazione 4-DE-1)

1. Portarsi sulla directory ~/ese e copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file [Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si trovano nelle
righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le coordinate x, y e z sono nelle
posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe con le
coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il momento di dipolo
della molecola utilizzando le coordinate del file dell'esercizio precedente e le cariche atomiche riportate qui
sotto.
Il momento di dipolo è dato dalla seguente formula:

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione.. Ovvero:

I valori di carica atomica da utilizzare sono i seguenti:

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 28/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

qS =0.5; qO =-0.5; qC =0.45; qH =-0.15;

Il programma deve scrivere su output in un solo rigo e senza stringhe di commento, due numeri: la carica
sull'ossigeno qO e il modulo del dipolo:

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato prima su terminale, poi su [Link]

3. Ripetere il calcolo utilizzando volta a volta, al posto dell'insieme di cariche dell'esercizio precedente, uno
dei seguenti insiemi:

qS =0.139; qO =-0.459; qC =0.16; qH =0;

qS =0.139; qO =-0.439; qC =-0.29; qH =-0.15;

qS =0.64; qO =-0.55; qC =-0.645; qH =-0.2;

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : carica dell'ossigeno contro modulo del
dipolo. Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link]
dando il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 29/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

esercizi (esercitazione 4-DE-2)

1. Portarsi sulla directory ~/ese e copiarvi, dalla directory ~infochim/wrk/e4 , il file

[Link]

Questo file contiene le coordinate di una molecola scritte nel formato PDB: le coordinate si trovano nelle
righe che cominciano per HETATM, una riga per atomo; la specie atomica e le coordinate x, y e z sono nelle
posizioni sottolineate nel seguente esempio:

HETATM 2 C 1 1.548 0.000 0.000 1.00 0.00

(Le righe che cominiciano con un'altra parola contengono altri dati sulla molecola).

Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che stampi solo le righe con le
coordinate dell'idrogeno.

2. Scrivere un programma awk (aprire con vi un nuovo file [Link])che calcoli il momento di dipolo
della molecola utilizzando le coordinate del file dell'esercizio precedente e le cariche atomiche riportate qui
sotto.
Il momento di dipolo è dato dalla seguente formula:

dove l'indice i scorre sugli atomi, qi è la carica dell'atomo i, e ri è la sua posizione.. Ovvero:

I valori di carica atomica da utilizzare sono i seguenti:

qS =0.5; qO =-0.5; qC =0.45; qH =-0.15;

Il programma deve scrivere su output in un solo rigo e senza stringhe di commento, due numeri: la carica
sull'ossigeno qO e il modulo del dipolo:

Eseguire [Link] sul file di dati; dirigere il risultato prima su terminale, poi su [Link]

3. Ripetere il calcolo utilizzando volta a volta, al posto dell'insieme di cariche dell'esercizio precedente, uno
dei seguenti insiemi:

qS =0.139; qO =-0.459; qC =0.16; qH =0;

qS =0.139; qO =-0.439; qC =-0.29; qH =-0.15;

qS =0.64; qO =-0.55; qC =-0.645; qH =-0.2;

dirigere l'output prima su terminale, poi appenderlo in coda a [Link]

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 30/31
25/11/23, 01:35 [Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link]

4. Usando gnuplot, diagrammare i dati contenuti in [Link] : carica dell'ossigeno contro modulo del
dipolo. Dopo avere visualizzato il grafico su schermo, salvarlo in formato PostScript nel file [Link]
dando il seguente comando:

set term postscript; set out '[Link]'

ripetendo poi il comando plot ... che genera il grafico.

NB: Per tornare a mostrare il grafico sullo schermo, dare il comando:

set term X11; set out

[Link]/~signo/did/unix/2001-2002/[Link] 31/31