SINTESI: SCIENZE DELLA TERRA E BIOTECNOLOGIE

SCIENZE DELLA TERRA

1) LA STRUTTURA INTERNA DELLA TERRA
La struttura interna della Terra è legata ai processi che hanno portato alla sua
formazione. Per studiarne al meglio le caratteristiche sarebbe necessario ricorrere a
indagini dirette tramite carotaggi.
Svantaggio: Questo metodo è applicabile solo alla parte più superficiale.
Non è possibile studiare direttamente il centro della Terra per la pressione esercitata
dagli strati e per le elevate temperature.
Per conoscere la struttura interna si eseguono indagini geofisiche indirette.

1 LO STUDIO DELLE ONDE SISMICHE

Vengono studiate la velocità di propagazione delle onde sismiche e la loro direzione
La velocità di propagazione dipende dalle proprietà elastiche e dalla densità delle
rocce. Le onde che si propagano sono deviate in diversi modi:
 vengono riflesse dalle superfici che separano i diversi strati
 vengono rifratte quando passano da uno strato all’altro
 vengono diffratte intorno a ogni ostacolo che incontrano
I diversi comportamenti delle onde sismiche sono stati utilizzati per identificare le
superfici di discontinuità

2 GLI STRATI DELLA TERRA

È stato costruito un modello della struttura interna della Terra, caratterizzato da
strati (o involucri), separati da superfici di discontinuità
È stato possibile grazie allo studio:
 della propagazione delle onde sismiche;
 delle proprietà fisiche e chimiche dei minerali alle diverse profondità.
In base ai criteri di suddivisione dell’interno della Terra, sono stati proposti due
modelli, essenziali per la comprensione dei processi geologici di base:
 composizione chimica-mineralogica: suddivisa in crosta terrestre, mantello
(mantello superiore, zona di transizione, mantello inferiore) e nucleo (nucleo
esterno e interno);
 proprietà fisiche dei materiali: suddivisa in litosfera (equivale a crosta
terrestre e parte del mantello superiore), astenosfera (equivale a mantello
 superiore e parte della zona di transizione), mesosfera (equivale a parte della
zona di transizione e mantello inferiore) e nucleo (nucleo esterno e interno)

3 LA STRATIFICAZIONE CHIMICO-MINERALOGICA
La crosta terrestre
Sono stati identificati due tipi di crosta terrestre, diversi per composizione, età e
modalità di formazione:
 crosta continentale: spessore medio di 40 km, ma variabile fino a 70 km;
densità bassa; composizione variabile, ma prevalentemente granitica; età: fino
a 4 miliardi di anni;
 crosta oceanica: spessore abbastanza costante, con un valore medio di 7 km;
densità elevata; composizione prevalentemente mafica (basalto e gabbro);
età: fino a 200 milioni di anni;
Nella crosta continentale:
 la composizione delle rocce varia da una regione all’altra
 la densità è di 2,7 g/cm3 circa e lo spessore medio è di 40 km
Nella crosta oceanica:
 le rocce sono più giovani
 la densità è di 3,0 g/cm3 circa e lo spessore medio è di 7 km

La discontinuità di Mohorovičić (o Moho)

 È la prima discontinuità che si incontra procedendo verso l’interno
 È la superficie di separazione tra la crosta e il mantello
 Si trova tra i 7 km e i 40 km di profondità, ma può raggiungere i 70 km in
corrispondenza delle catene montuose
 Si osserva un brusco incremento della velocità delle onde P e delle onde S

Il mantello terrestre
 Ha uno spessore pari a quasi 2900 km
 Si estende dalla Moho fino al nucleo esterno
 È costituito da rocce allo stato solido con silicati ricchi di ferro e magnesio
 Viene distinto in mantello superiore e mantello inferiore
Il mantello superiore: si estende dalla Moho fino a una profondità di circa 670
km; è costituito da peridorite, una roccia ultramafica
Il mantello inferiore: si estende tra i 670 km e i 2890 km di profondità; L’olivina e il
pirosseno si trasformano nel minerale chiamato perovskite
Il nucleo terrestre
 Dall’elevata densità del nucleo, si può dedurre che sia costituito in prevalenza
da ferro e nichel
 Il nucleo corrisponde a circa 1/6 del volume della Terra ma, a causa della sua
alta densità, rappresenta 1/3 della massa terrestre
 L’esistenza del nucleo fu dimostrata nel 1906 dal geologo Richard D. Oldham
che osservò che quando le onde P interagiscono con il nucleo esterno, le loro
traiettorie vengono rifratte; si crea una zona d’ombra dove non si registrano
onde P dirette;
 il nucleo è un ostacolo per le onde S, che non si propagano nei liquidi, alcune
vengono diffratte intorno al nucleo.

Il limite superiore del nucleo si trova a una profondità di circa 2890 km e

corrisponde alla discontinuità di Gutenberg:
 Si registra una forte diminuzione della velocità delle onde P e si interrompe
la propagazione delle onde S
 La parte più esterna del nucleo è allo stato liquido
La discontinuità di Lehmann:
 si trova a circa 5150 km di profondità
 segna il limite tra il nucleo esterno e il nucleo interno
 causa la rifrazione di alcune onde P per l’incremento di velocità

Il nucleo esterno:
 è compreso tra 2900 e 5150 km di profondità
 non è costituito da ferro puro e viene considerato allo stato liquido
Il nucleo interno:
 si estende dalla discontinuità di Lehmann fino al centro della Terra
 è una sfera solida costituita da ferro e da quantità minori di nichel

4 LA STRATIFICAZIONE REOLOGICA
I materiali che compongono la Terra possono essere suddivisi in strati anche in
relazione alle proprietà reologiche
Sono state ricavate informazioni anche dalla velocità delle onde sismiche e dalle
temperature dei materiali
Sono stati distinti litosfera, astenosfera e mesosfera:
 La litosfera:
 Comprende la crosta terrestre e la porzione più̀ esterna del mantello
superiore;
  Ha uno spessore di 70 km sotto gli oceani e di 110-150 km sotto i
continenti;
 È suddivisa in placche, che slittano sull’astenosfera sottostante
 È divisa dall’astenosfera dalla zona o canale di bassa velocità tra i 100 e
i 300 km di profondità
 L’astenosfera e mesosfera:
L’astenosfera:
 è meno rigida della litosfera ed è composta da materiali allo stato
parzialmente fuso
 è la parte del mantello dove le rocce si trovano più vicine al punto di
fusione
 Alla profondità di 670 km circa inizia la mesosfera, uno strato del mantello
rigido e poco deformabile

2) TEMPERATURA E CAMPO MAGNETICO TERRESTRE

La presenza di un calore interno della Terra è confermata da diversi fenomeni:
 i vulcani e le manifestazioni di vulcanesimo secondario
 le temperature elevate registrate nelle miniere e nei pozzi

1 L’ANDAMENTO DELLA TEMPERATURA

La temperatura della Terra è mediamente di circa 5500 °C al centro e 0 °C in
superficie. Il calore si trasferisce continuamente dalle zone più interne a quelle più
esterne, dando vita a un flusso. Il flusso di calore sulla superficie terrestre non è
uniforme.

L’origine del calore terrestre

Il calore della Terra non deriva solo dalle prime fasi della sua formazione.
Il mantello e la crosta contengono alcuni isotopi radioattivi con tempo di
dimezzamento molto lungo.
Tale decadimento radioattivo è la fonte principale dell’energia che, dissipandosi, si
trasforma in calore radiogenico.

Il profilo di temperatura all’interno della Terra

La geoterma è la curva che descrive l’andamento della temperatura alle diverse
profondità. Il gradiente geotermico è la variazione di temperatura riferita a un certo
intervallo di profondità, solitamente 1 km. All’interno della crosta l’aumento della
temperatura è molto rapido e poi decresce.
È possibile analizzare anche la variazione della viscosità delle rocce della crosta e del
mantello:
 Le regioni a elevata viscosità, come la litosfera, sono molto rigide
 Le zone a bassa viscosità, come l’astenosfera o la regione alla base del
mantello, sono più plastiche
La litosfera è rigida perché la sua temperatura è inferiore alla temperatura di
fusione;
L’astenosfera è più molle e plastica perché la sua temperatura è prossima alla
temperatura di fusione;
Nel nucleo la temperatura aumenta molto più lentamente rispetto alla pressione

2 IL CAMPO MAGNETICO TERRESTRE

La Terra possiede un campo magnetico, rappresentabile con linee di forza che
escono dal polo magnetico sud e rientrano al polo magnetico nord:
 I poli magnetici possono differire molto dai poli geografici
 Si pensava che il nucleo della Terra agisse come una grande barra magnetica
 Oggi si ritiene che il campo magnetico sia più simile a quello prodotto da un
elettromagnete
L’origine del campo magnetico è attribuita ai moti convettivi nel nucleo esterno.
Il flusso di materiale è dovuto alla convezione termica e alla presenza di isotopi
radioattivi nel nucleo.
Il calore si trasmette dal nucleo al mantello per conduzione e i materiali fluidi nella
parte più esterna si raffreddano, diventano più densi e sprofondano.

La geodinamo:
 I fluidi che risalgono all’interno del nucleo seguono traiettorie a spirale
cilindriche
 Questi fluidi sono elettricamente carichi e il loro movimento genera un campo
magnetico
 Il meccanismo viene chiamato geodinamo, anche detto dinamo autoindotta
oppure ad autoeccitazione

Le inversioni di polarità:
 Durante un’inversione di polarità l’intensità del campo magnetico diminuisce
e i poli si spostano fino a scambiarsi di posizione
 Quando l’intensità torna ai livelli normali il campo ha polarità invertita
 Ogni 300.000-700.000 anni.
La migrazione dei poli magnetici:
 La migrazione dei poli magnetici è rilevabile nell’arco di pochi decenni
  Attualmente il polo nord magnetico si sta dirigendo verso la Siberia a una
velocità di circa 40 km all’anno
Il polo nord magnetico si sta spostando verso il polo nord geografico, il
polo sud magnetico si sta allontanando dal polo sud geografico

Il paleomagnetismo
Il paleomagnetismo permette di conoscere il campo magnetico terrestre del
passato, che rimane registrato nelle rocce al momento della loro formazione.

BIOTECNOLOGIE: CREARE UN VACCINO A PROTEINA

1) Coltura & DNA: Coltura cellulare, estrazione DNA e PCR
2) Manipolazione: Elettroforesi, enzimi di restrizione, DNA ricombinante
3) Clonaggio & Trasformazione: Vettori plasmidici e cellule ospiti
4) Produzione & Verifica: Coltura, estrazione proteine, gel e sequenziamento

1 IL VIAGGIO INIZIA: DALLA CELLULA AL DNA

Prima di poter produrre qualsiasi proteina di interesse farmaceutico, dobbiamo
padroneggiare tre tecniche fondamentali: la coltura cellulare, l'estrazione del DNA e
la PCR:
 Coltura Cellulare: La coltura cellulare consiste nel far crescere cellule
batteriche, animali o vegetali in condizioni controllate all'interno di incubatori
di laboratorio. Le cellule vengono mantenute in terreni di coltura ricchi di
nutrienti (glucosio, amminoacidi, sali minerali) a temperatura e pH ottimali. Le
cellule si moltiplicano e producono proteine, lipidi e acidi nucleici in quantità
sufficienti per le fasi successive.
 Estrazione del DNA: L'estrazione del DNA è il processo con cui isoliamo il
materiale genetico dalle cellule. Le cellule vengono prima distrutte con
detergenti o enzimi che rompono la membrana cellulare. Il DNA viene poi
separato da proteine, lipidi e RNA attraverso centrifugazioni successive e
trattamenti con fenolo-cloroformio. Il risultato è una soluzione acquosa
contenente DNA genomico puro, pronto per essere manipolato,
 PCR: La PCR (Polymerase Chain Reaction) è una tecnica che amplifica milioni
o miliardi di copie di una specifica sequenza di DNA, anche partendo da una
sola molecola. Le fasi della PCR sono:
 Denaturazione (94-95°C)
Il DNA a doppio filamento viene riscaldato per rompere i legami a
idrogeno e separare i due filamenti, che fungeranno da stampo.
  Annealing (50-65°C)
La temperatura si abbassa permettendo ai primer di legarsi in modo
specifico alle sequenze complementari del DNA.
 Estensione (72°C)
La DNA polimerasi termostabile (es. Taq polimerasi) sintetizza nuovi
filamenti aggiungendo nucleotidi (A, T, C, G) ai primer.
Questi passaggi vengono ripetuti per 25-35 cicli, producendo un’amplificazione
esponenziale del DNA (2ⁿ copie).
Le componenti essenziali sono:
 DNA template: DNA contenente la sequenza da amplificare
 Primer: oligonucleotidi che delimitano la regione target
 DNA polimerasi termostabile: enzima resistente al calore che sintetizza il
DNA
 dNTPs: nucleotidi necessari alla sintesi
 Buffer: mantiene pH e concentrazione ionica ottimali
La PCR viene applicata per:
 Diagnostica: rilevazione di virus, batteri e malattie genetiche
 Ricerca: clonaggio, sequenziamento e studio dell’espressione genica
 Produzione di vaccini: amplificazione di geni per antigeni ricombinanti

2 MANIPOLARE IL DNA: TAGLIARE E INCOLLARE

Una volta amplificato il DNA, possiamo analizzarlo, separarlo e combinarlo in nuovi
modi. Le tre tecniche descritte in questa sezione permettono di leggere, tagliare e
riscrivere il codice della vita con una precisione straordinaria:
 Elettroforesi del DNA: L'elettroforesi su gel di agarosio è la tecnica che
permette di separare frammenti di DNA in base alla loro dimensione. Il DNA,
che è carico negativamente, viene fatto migrare attraverso un gel poroso
sotto l'effetto di un campo elettrico: i frammenti più piccoli migrano più
velocemente e più lontano verso il polo positivo, mentre quelli più grandi
rimangono vicini al punto di partenza. Visualizzando il gel con luce UV e un
colorante fluorescente compaiono bande luminose che indicano la
dimensione dei frammenti. Ogni banda corrisponde a una "taglia" di DNA
confrontabile con un marcatore di peso molecolare.
 Enzimi di Restrizione: Gli enzimi di restrizione sono endonucleasi batteriche
che tagliano il DNA a doppio filamento in corrispondenza di sequenze
nucleotidiche specifiche chiamate siti di restrizione (palindromi di 4-8 basi).
DNA Ricombinante: Il DNA ricombinante è una molecola ibrida ottenuta unendo
sequenze genetiche provenienti da organismi diversi. È alla base dell’ingegneria
genetica e della produzione di farmaci e vaccini. Il DNA ricombinante permette di
inserire il gene di un antigene (proteina virale o batterica) in un vettore per produrlo
in grandi quantità. L’antigene purificato viene usato nei vaccini a subunità proteica,
che attivano il sistema immunitario senza introdurre il patogeno
Le fasi principali sono:
 DNA donatore
Si isola il gene di interesse (es. proteina virale).
 Taglio con enzimi di restrizione
Gene e plasmide vengono tagliati in punti specifici, creando “estremità
adesive”.
 Unione con DNA ligasi
La DNA ligasi unisce il gene al plasmide formando il DNA ricombinante.
 Vettore plasmidico
Il plasmide ricombinante viene inserito in cellule ospiti (batteri o lieviti) per
replicarsi e produrre la proteina desiderata.

3 COSTRUIRE IL VETTORE
Dopo aver ottenuto il gene di interesse (es. proteina spike del SARS-CoV-2), questo
viene inserito in un vettore di clonaggio, una molecola di DNA capace di replicarsi
nella cellula ospite e trasportare il gene esogeno.
1. Scelta del vettore
I vettori più usati sono i plasmidi batterici, piccole molecole di DNA circolare
extracromosomico. I plasmidi contengono:
 Origine di replicazione: permette la replicazione autonoma
 Gene marcatore: es. resistenza ad antibiotici come ampicillina
 Sito di clonaggio multiplo (MCS): zona dove inserire il gene
Esistono anche vettori virali (retrovirus, adenovirus, AAV), usati in terapia genica e
cellule eucariotiche.
2. Clonaggio nel vettore
Il processo di clonaggio avviene in più fasi precise: il gene bersaglio e il vettore
vengono tagliati con gli stessi enzimi di restrizione. Successivamente la DNA ligasi
unisce i frammenti formando un plasmide ricombinante.
Il vettore viene poi introdotto nella cellula ospite. Le cellule che hanno ricevuto il
plasmide corretto vengono identificate tramite:
 resistenza agli antibiotici
 blue-white screening.

TRASFORMAZIONE BATTERICA
La trasformazione batterica è il processo con cui il plasmide ricombinante viene
introdotto nelle cellule ospiti, che diventano capaci di produrre la proteina
desiderata.
1. Preparazione delle cellule competenti
I batteri (spesso E. coli) vengono trattati con CaCl₂ a bassa temperatura per rendere
la membrana più permeabile al DNA esterno.
2. Shock termico o elettroporazione
Il plasmide viene mescolato alle cellule competenti e introdotto tramite:
 shock termico (42°C per pochi secondi)
 elettroporazione, con impulsi elettrici che aprono pori temporanei nella
membrana.
3. Selezione dei trasformanti
I batteri vengono coltivati su terreno con antibiotico (es. ampicillina).
Solo quelli che hanno incorporato il plasmide sopravvivono e formano colonie
clonali geneticamente identiche.
Nelle applicazioni che richiedono cellule eucariotiche si usano tecniche come:
 trasfezione (liposomi o reagenti chimici)
 trasduzione virale, con vettori virali modificati che trasferiscono il gene senza
causare malattia.

SEQUENZIAMENTO DEL DNA

Il sequenziamento del DNA determina l’ordine preciso dei nucleotidi (A, T, C, G) in
una molecola di DNA.
È fondamentale per identificare mutazioni, studiare organismi, controllare l’integrità
dei costrutti genetici e sviluppare vaccini e farmaci biotecnologici.
Evoluzione delle tecnologie
 Metodo Sanger (1977)
Detto anche “sequenziamento per terminazione di catena”, è stato il primo
metodo accurato ma lento e costoso.
 Usa un solo primer e ddNTP privi del gruppo 3’-OH, che interrompono la
sintesi del DNA impedendo il legame con il nucleotide successivo.
 NGS – Next Generation Sequencing (anni 2000)
Ha rivoluzionato il settore permettendo il sequenziamento parallelo di milioni
di frammenti di DNA contemporaneamente, con tempi e costi molto ridotti.
 Tecnologie di terza generazione
Consentono letture molto lunghe (kilobasi) e sequenziamento in tempo reale,
superando i limiti delle letture corte dell’NGS.
Vantaggi
 elevata velocità
 costi ridotti
 grande accuratezza
 analisi simultanea di milioni di sequenze

4 PRODUZIONE E RACCOLTA DELLE PROTEINE

Dopo aver selezionato le colonie corrette, i batteri trasformati vengono usati come
vere “fabbriche biologiche” per produrre proteine ricombinanti.
1) Coltura su larga scala
La produzione avviene in bioreattori industriali contenenti da pochi litri a migliaia di
litri di terreno di coltura.
Le condizioni vengono controllate attentamente:
 temperatura ottimale (37°C per E. coli)
 agitazione costante per ossigenare
 pH tamponato
 aggiunta continua di nutrienti
La sintesi della proteina viene indotta con IPTG, che attiva il promotore del gene
ricombinante.
Per proteine che richiedono glicosilazione simile a quella umana si usano:
 cellule CHO (Chinese Hamster Ovary)
 cellule di insetto con sistema baculovirus.
2) Estrazione e purificazione
Al termine della coltura, le cellule vengono:
1. raccolte tramite centrifugazione
2. lisate per liberare il contenuto cellulare
La proteina desiderata viene isolata da molte altre proteine tramite:
 cromatografia a esclusione dimensionale (SEC)
  elettroforesi su gel di poliacrilammide
Per l’approvazione EMA/FDA, i vaccini devono avere purezza superiore al 99% e
totale assenza di endotossine batteriche.
Vaccini a Proteina Ricombinante
I vaccini a proteina ricombinante contengono solo una specifica proteina antigenica
del patogeno, senza virus o batteri completi, quindi non possono causare infezione.
Dopo l’iniezione:
1. la proteina viene riconosciuta come antigene estraneo
2. le cellule dendritiche la presentano ai linfociti T helper
3. i linfociti B producono anticorpi specifici e cellule della memoria
In caso di infezione reale, gli anticorpi neutralizzanti bloccano rapidamente il
patogeno prima della malattia.
Questi vaccini richiedono spesso adiuvanti (alluminio, AS04, AS01) per aumentare e
prolungare la risposta immunitaria protettiva.

TERAPIA GENICA
La terapia genica mira a curare malattie causate da alterazioni di un singolo gene,
inserendo un gene sano nel DNA della cellula malata.
Caratteristiche
 usa spesso vettori virali per trasportare il gene corretto
 il gene introdotto si integra nel genoma della cellula
Rischi e limiti
 possibile reazione immunitaria contro il vettore virale
 inserimento casuale del gene, con rischio di:
o inattivare geni funzionali
o favorire lo sviluppo di tumori
Per questi motivi l’applicazione clinica richiede molta cautela.

SISTEMA CRISPR/CAS9
Il CRISPR/Cas9 è una tecnica di editing genomico che permette di modificare il DNA
in punti specifici.
Funzionamento
 utilizza l’enzima Cas9, una nucleasi che taglia il DNA
 un RNA guida porta Cas9 nel punto esatto da modificare
Applicazioni
Consente di:
 eliminare geni
 inserire nuovi geni
 sostituire o correggere geni difettosi
CRISPR agisce come una “forbice molecolare”, permettendo di correggere
direttamente difetti genetici nel genoma.

TERAPIA CAR-T
La CAR-T (Chimeric Antigen Receptor T-cell) è una forma avanzata di
immunoterapia.
Come funziona
1. si prelevano i linfociti T del paziente
2. in laboratorio viene inserito il gene CAR, che riconosce un antigene tumorale
specifico
3. i linfociti modificati vengono reinfusi nel paziente
Effetto
Grazie al recettore CAR, i linfociti T riconoscono le cellule tumorali e le distruggono.
La terapia CAR-T è usata soprattutto contro leucemie e linfomi.

La clonazione è un processo biotecnologico che permette di ottenere una copia

geneticamente identica di un organismo. Un esempio famoso è la pecora Dolly, nata
nel 1997 grazie agli studi di Ian Wilmut. La tecnica usata consiste nel trasferire il
nucleo di una cellula somatica in una cellula uovo privata del nucleo; l’embrione
ottenuto viene poi impiantato in una madre surrogata.

Gli OGM (Organismi Geneticamente Modificati) sono organismi il cui DNA viene
modificato tramite il trasferimento di geni esterni. Nelle piante, il DNA estraneo
viene inserito nelle cellule vegetali per conferire nuove caratteristiche utili. La pianta
di tabacco fu una delle prime ottenute con queste tecniche biotecnologiche.
Le piante transgeniche sono impiegate nella ricerca scientifica, nella lotta
all’inquinamento, nella produzione di antiparassitari meno tossici e nello studio di
cure per malattie gravi.
LE BIOTECNOLOGIE PER L’AGRICOLTURA
Le green biotech modificano il genoma delle piante per creare varietà capaci di
affrontare problemi agricoli come cambiamenti climatici, patogeni e parassiti.
Le piante geneticamente modificate si dividono in tre categorie:
 Piante transgeniche: contengono geni provenienti da altre specie.
 Piante cisgeniche: possiedono geni di specie interfertili, simili a quelli
ottenibili con incroci naturali.
 Piante ottenute con editing del genoma: il DNA viene modificato o sostituito
in laboratorio in piccoli tratti.
Le piante transgeniche si classificano in:
1. Piante resistenti a patogeni ed erbicidi
o Le piante GM resistenti a parassiti producono sostanze protettive. Un
esempio è il mais Bt, che contiene il gene cry del batterio Bacillus
thuringiensis e produce la tossina Bt contro insetti dannosi, senza effetti
sugli impollinatori e sull’uomo.
o Le piante resistenti agli erbicidi, come la soia Roundup Ready, tollerano
il glifosato, facilitando il controllo delle erbe infestanti.
2. Piante con migliori proprietà nutrizionali
o Sono modificate per aumentare il valore nutritivo delle colture.
o L’esempio più noto è il Golden Rice, arricchito di β-carotene, precursore
della vitamina A.
3. Piante per la produzione di farmaci o vaccini
o Vengono trasformate in “biofabbriche” capaci di produrre medicinali,
vaccini o sostanze terapeutiche nelle foglie o nelle parti commestibili
della pianta.