Il linguaggio

della vita
Il materiale genetico

Nome comune
Numero di
coppie
• Varia di quantità da specie a specie.
di cromosomi
zanzara 3 • Regola lo sviluppo della cellula.
mosca 6
rospo 11 • Ha la capacità di duplicarsi.
riso 12
rana 13
alligatore 16
frumento 21
uomo 23
patata 24
asino 31
cavallo 32
cane 39
carpa 52
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Il materiale genetico 3
1. CROMOSOMI Strutture del nucleo cellulare visibili solo durante la fase di divisione, quando i filamenti di
cromatina si condensano. Ogni cromosoma è costituito da due metà identiche chiamate cromatidi, ciascuna 1
con lo stesso DNA. Ogni specie ha un numero fisso di cromosomi, che è 46 negli esseri umani, organizzati in
23 coppie. 22 coppie sono identiche negli uomini e nelle donne (autosomi), una coppia è legata al sesso: due
cromosomi X nelle donne, cromosomi X e Y negli uomini.
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2. CROMATIDI (700 nm) Ciascuna delle due metà identiche forma un cromosoma. I cromatidi sono costituiti da 5
filamenti di cromatina ripiegati e avvolti su sé stessi. Entrambe le metà hanno lo stesso DNA e si
separeranno, trasmettendo lo stesso contenuto genetico a due cellule future.
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3. CENTROMERO Parte centrale in cui i due cromatidi identici si uniscono per formare un cromosoma.

4. BRACCIO CORTO La più corta delle due metà del cromatide divisa dal centromero.
6
5. BRACCIO LUNGO La più lunga delle due metà del cromatide divisa dal centromero.

6. NUCLEOSOMI Dispiegata, la doppia elica del DNA potrebbe essere lunga 5 cm. Per adattarsi a uno spazio
piccolo come il nucleo, deve ripiegarsi su se stessa. Per questo esistono proteine ​chiamate istoni che,
combinandosi con le catene di DNA, formano i nucleosomi: fasci di DNA, disposti come le perle di una
collana, accorciano considerevolmente la lunghezza dei filamenti di DNA.

7. NUCLEOTIDE Uno dei componenti delle catene di DNA, in cui acido fosforico e desossiribosio si combinano 9
con guanina, adenina, timina o citosina. In ogni catena di DNA, quattro diversi nucleotidi sono ripetuti in una
sequenza specifica.

8. DNA (acido desossiribonucleico) I filamenti di cromatina sono formati da due strutture elicoidali, o eliche,
8
costituite da uno scheletro composto da acido fosforico e da uno zucchero, il desossiribosio, a cui sono
legate quattro sostanze azotate in una sequenza specifica: adenina (A), guanina (G), timina (T) e citosina
(C). A loro volta, le due strutture si combinano tra loro tramite legami a idrogeno. Le diverse combinazioni di
questi quattro elementi (A, G, T e C) costituiscono un codice criptato che, se interpretato correttamente,
rivela il messaggio genetico della cellula.

9. CARIOTIPO Un insieme di cromosomi in una cellula umana che assume una forma molto specifica,
osservabile nelle fasi intermedie della mitosi. Le bande scure corrispondono a gruppi di geni chiaramente
identificati, distribuiti lungo i bracci lunghi e corti di ciascun cromatide. Ogni cromosoma ha una forma e una
lunghezza specifiche che ne consentono l'identificazione.
 STATISTICHE DEL GENOMA UMANO
Lunghezza del DNA del genoma umano 3,1 x 109 coppie di nucleotidi*
Circa 20.000 (19.116, più centinaia di geni che
Numero di geni che codificano per le proteine
codificano proteine di 50 aminoacidi o meno)**
Il gene più grande che codifica per le proteine 2,5 x 106 coppie di nucleotidi
Dimensione mediana dei geni che codificano proteine 26.000 coppie di nucleotidi
Dimensione mediana degli RNA messaggeri (incluse le regioni non tradotte 5'e 3') 2938 nucleotidi
Dimensione mediana per la codifica degli amminoacidi nelle sequenze di RNA messaggero 1290 nucleotidi
Caratteristiche dei geni codificanti proteine
Dimensione media delle proteine prodotte 430 amminoacidi
Numero minimo di esoni per gene 1 (1068 di questi geni non sottoposti a splicing)
Maggior numero di esoni per gene 363
Numero mediano di esoni per gene 9.0
Dimensione media dell'esone 131 coppie di nucleotidi
Dimensione media dell’introne 1747 coppie di nucleotidi
Numero di geni di RNA non codificanti Circa 5000, di cui 4849 annotati***
Numero di pseudogeni Più di 20.000****
Percentuale di sequenza di DNA codificante per proteine (in esoni) 1%
Percentuale di DNA in altre sequenze altamente conservate 3.5%
Percentuale di DNA trascritto (nei geni di RNA codificanti proteine più quelli non codificanti annotati) 45%
Percentuale di DNA in elementi ripetitivi ad al o numero di copie Circa il 50%
*La sequenza di 2,85 miliardi di nucleotidi è nota con precisione (tasso di errore di circa 1 su 100.000 nucleotidi). Il DNA rimanente è costituito principalmente da brevi sequenze ripetute in tandem più volte, con un numero di ripetizioni che varia da individuo a individuo. Questi
blocchi altamente ripetitivi sono difficili da sequenziare con precisione.
**Geni RefSeq, con almeno un mRNA revisionato/validato (A. Piovesan et al., BMC Res. Notes 12:315-319,2019). Per i geni che codificano per proteine di piccole dimensioni, vedere T.F. Martinez et al., Nat. Chem. Biol. 16:458-468, 2020).
***Un numero considerevole di potenziali geni ncRNA non sono ancora stati caratterizzati né annotati.
****Uno pseudogene è una sequenza di DNA molto simile a quella di un gene funzionale, ma contenente numerose mutazioni che ne impediscono la corretta espressione o funzione; la maggior parte di esse non è ancora caratterizzata e non è annotata nei database.
Per gentile concessione di Allison Piovesan, Università di Bologna, Bologna, Italia.
I geni sono fatti di DNA

La scoperta del materiale

ereditario iniziò con
l’identificazione della nucleina,
ma richiese numerosi studi per
individuare la composizione e la
struttura del DNA.
L’esperimento di Griffith Il «fattore di trasformazione» è il materiale ereditario

  


 Nel 1944 si capisce che il «fattore di trasformazione» dell’esperimento
L’esperimento di Avery di Griffith (1928) è il DNA.
L’esperimento di Hershey-Chase
Nel 1952 si dimostra che il materiale genetico è
costituito dal DNA e non dalle proteine.
La struttura elicoidale del DNA
Gli esperimenti di Rosalind Franklin con
la cristallografia ai raggi X fornirono la
prova decisiva per comprendere la forma
elicoidale della molecola di DNA.
La struttura elicoidale del DNA: The secret of photo 51
Acidi nucleici
Gli acidi nucleici:
• DNA acido desossiribonucleico
• RNA acido ribonucleico
sono polimeri di nucleotidi.

Un nucleotide è composto da:

• uno zucchero pentoso
• desossiribosio nel DNA
• ribosio nell’RNA
• una base azotata Basi azotate
• un gruppo fosfato Nel DNA Nell’RNA
Adenina
Guanina
Citosina
Timina Uracile
La regola di Chargaff

Nel DNA la quantità totale delle purine (adenina e guanina) è sempre uguale
a quella delle pirimidine (timina e citosina).
Il modello a doppia elica Nel 1953 Watson e
Crick proposero il
m o d e l l o
tridimensionale del
D N A .

Ogni molecola di DNA

è f o r m a t a
da due catene
antiparallele,
in cui l’appaiamento
d e l l e b a s i
è complementare.

L ’ e l i c a h a
avvolgimento
costante e destrogiro.
La struttura del DNA

I nucleotidi all’interno di ciascuna

catena sono uniti da legami
covalenti, mentre quelli che
uniscono i due filamenti appaiati sono
legami a idrogeno così creati:

A-T, 2 legami H
C-G, 3 legami H
La struttura del DNA
La replicazione del DNA
L’esperimento di Kornberg dimostrò
che per sintetizzare nuovo DNA sono
sufficienti i nucleotidi, la DNA
polimerasi e un filamento stampo.

Kornberg isolò l'enzima RNA polimerasi e lo

utilizzò per trascrivere un segmento di DNA in una
soluzione. In particolare, utilizzò un DNA a doppio
filamento (per estrarre un singolo filamento da
utilizzare come stampo), fornirono nucleotidi (i
"mattoni" dell'RNA) e un filamento di DNA che
fungeva da stampo per la sintesi.
L'enzima RNA polimerasi, in presenza di questi
nucleotidi e del DNA, iniziò a sintetizzare un
filamento di RNA complementare al filamento di
DNA stampo, un processo che dimostrava il
meccanismo di trascrizione del DNA in RNA.
La replicazione del DNA
L’esperimento di Meselson e
Stahl rivelò definitivamente che
il DNA si replica secondo un
modello semiconservativo.
La replicazione del DNA
La duplicazione del DNA è semiconservativa.

A’ filamento nuovo
A B filamento stampo (vecchio)
B A filamento stampo (vecchio)
B’ filamento nuovo
La replicazione del DNA
La replicazione del DNA
La replicazione del DNA prevede
la separazione dei filamenti del
DNA stampo e l’allungamento dei
filamenti neosintetizzati per
aggiunta di nucleotidi all’estremità
3’.
La replicazione del DNA Legato al C in 3’
Il nucleotide in arrivo è un TRIFOSFATO
c’è un gruppo OH
a cui si legherà il
(ATP, GTP, CTP, TTP), cioè ha 3 P legati
P del nucleotide
assieme.
successivo
Per legarsi all’OH dell’estremità 3’ del
nucleotide che lo precede deve liberarsi di
2 P . L’energia rilasciata servirà a costruire
il nuovo legame covalente.

P P P
P P P
La replicazione del DNA Enzima/proteina Ruolo
Proteina iniziatrice
Alcuni enzimi del complesso di duplicazione - ORC (Origin Segnano il punto di
Recognition Complex) partenza della
aprono la doppia elica e formano una bolla di per gli eucarioti replicazione
Individua l’ori e apre
- DnaA per i procarioti
replicazione e due forcelle di duplicazione. il DNA
Topoisomerasi Svolge l’elica
Elicasi Separa i filamenti
SSB (Single-Strand Tengono separati i
Binding) due filamenti stampo
Costruisce il primer di
Primasi
RNA
Assembla i nuovi
DNA polimerasi
filamenti
RNasi Toglie i primer
DNA ligasi Salda i frammenti
Telomerasi Ricostruisce i telomeri
La replicazione del DNA
Il complesso di replicazione avvia la sintesi di nuovo DNA a partire da un punto
specifico della sequenza chiamato ori.
Da questo punto il DNA comincia a svolgersi in due forcelle di replicazione distinte,
che faranno entrambe da stampo ai nuovi filamenti.
La primasi dà il via alla duplicazione
Su ciascuno dei due filamenti l’enzima primasi sintetizza un breve primer
(fatto di RNA) complementare al filamento stampo.
La polimerasi continua la sintesi

L’enzima DNA
polimerasi aggiunge
nucleotide all’estremità 3'
del primer.
La replicazione del DNA

La DNA polimerasi può aggiungere nucleotidi solo all’estremità 3' di un filamento.

Dunque la duplicazione è continua sul filamento veloce, ma discontinua e procede a ritroso sul filamento lento.
La replicazione del DNA

La DNA polimerasi può aggiungere nucleotidi solo all’estremità 3' di un filamento.

Dunque la duplicazione è continua sul filamento veloce, ma discontinua e procede a ritroso sul filamento lento.
La duplicazione del filamento lento
Sul filamento lento sono sintetizzati molti primer seguiti da frammenti di Okazaki
che poi sono uniti dall’enzima DNA ligasi.
I telomeri
In molti eucarioti le estremità dei
cromosomi presentano delle sequenze
ripetitive: i telomeri.
A ogni duplicazione la cellula perde una
porzione del DNA telomerico, fino a
quando non si può più duplicare e muore.
Nei vertebrati la sequenza di nucleotidi nei
telomeri è TTAGGG. Questa sequenza
TTAGGG si ripete circa 2500 volte negli
umani.
I telomere e le telomerasi

Nelle cellule staminali le telomerasi

estendono il telomero e impediscono
l’accorciamento del cromosoma.
Lo stesso accade nelle cellule
tumorali.
La replicazione del DNA
La replicazione del DNA: errori
Durante la replicazioni possono avvenire errori, ma le cellule hanno almeno tre
meccanismi di riparazione:

1. una correzione di bozze (proofreading) che corregge gli errori della DNA
polimerasi;
2. una riparazione delle anomalie di appaiamento (mismatch repair);
3. una riparazione per escissione che rimuove le basi anomale e le sostituisce
con basi funzionali.

Queste riparazioni sono svolte dalla DNA polimerasi e da altre proteine.

I meccanismi di riparazione del DNA
Correzione di bozze:
le proteine del complesso di duplicazione e la stessa DNA polimerasi
correggono gli errori a mano a mano che la DNA polimerasi li compie.
I meccanismi di riparazione del DNA
Riparazione dei disappaiamenti:
delle proteine controllano il nuovo filamento di DNA e correggono gli errori di
appaiamento.
I meccanismi di riparazione del DNA

Riparazione per escissione:

appositi enzimi intervengono per eliminare e sostituire i pezzi difettosi del nuovo
filamento.
 Il materiale genetico e l’evoluzione della vita
L’ipotesi del mondo a RNA brodo primordiale
Mondo prebiotico
sostiene che la prima • condensazione degli
zuccheri, delle basi e
molecola in grado di dei fosfati;
• polinucleotidi casuali
autoreplicarsi fosse l’RNA.
EVOLUZIONE

EVOLUZIONE
Mondo a RNA
• replicazione diretta da
I ribozimi sono molecole di •
uno stampo
genomi a RNA
•
RNA con capacità di enzimi a RNA

catalizzare alcune reazioni. Mondo a Rnasi P

• sintesi proteica
• enzimi proteici

Secondo alcune teorie,

all’origine della vita progenitore
Mondo a DNA
• genomi a DNA
esistevano ribozimi in grado di
autocatalizzare la loro stessa
sintesi. eucarioti eubatteri archeobatteri
 Il materiale genetico e l’evoluzione della vita

Il probabile passaggio dall’RNA al DNA ha permesso una maggiore stabilità

del materiale ereditario, ma mantenere un certo livello di instabilità è
fondamentale per l’evoluzione della vita.

EVOLUZIONE
EVOLUZIONE

Un DNA che subisce errori e modificazioni durante la replicazione crea

variabilità su cui può agire l’evoluzione attraverso la selezione naturale.

La percentuale di errore durante la replicazione del DNA è dello 0,001%

= 1 errore ogni 100.000 nucleotidi

Ma nel nostro DNA i nucleotidi sono circa 3 miliardi.

Lo 0,001% di [Link]
= 30.000