DNA

Il materiale ereditario viene isolato per la prima volta nel 1869 dal medico tedesco Friedrich
Miescher. La sostanza isolata viene chiamata nucleina, ricca di azoto e fosforo. Fu poi
rinominata acido nucleico e infine acido desossiribonucleico. Nel 1910 si scoprì che i
cromosomi erano sede dell'informazione ereditaria, ma erano costituiti da DNA e proteine in
quantità uguali, quindi si doveva capire dove risiedesse il materiale ereditario.

Esperimento di Griffith
Lavora per trovare un vaccino contro la polmonite su due diversi ceppi di pneumococco:
Il ceppo S che produceva colonie dalla superficie piana, ricoperti da una capsula che le
proteggeva dal sistema immunitario dell'ospite, provocando la polmonite nei topi.
Il ceppo R che produceva colonie dalla superficie irregolare. I batteri erano privi della
capsula e venivano aggrediti facilmente dal sistema immunitario non generando la polmonite
nei topi.
Scaldando i batteri del ceppo S virulento Griffith si rese conto che non producevano più
infezioni. Ma somministrando a un altro gruppo di topi una miscela di batteri S trattati con il
calore (morti) e di batteri R (vivi) questi provocavano la polmonite = doveva esistere una
sostanza presente nel ceppo S (fattore di trasformazione) che incorporata dalle cellule R
vive produceva in loro un cambiamento ereditario, rendendole virulente.

Esperimento di Avery
Gli esperimenti di Griffith sono ripresi dal medico canadese Avery. Dai suoi esperimenti si
deduce che degradando il DNA questo perdeva la sua capacità trasformante, mentre
distruggendo le proteine ciò non avveniva. Dimostra che il DNA è il “principio trasformante"
nei batteri, egli riuscì ad isolare del DNA quasi puro.

Esperimenti di Hershey e Chase

Obbiettivo: stabilire se il materiale ereditario era costituito dal DNA o dalle proteine.
Utilizzarono i fagi (virus che infettano i batteri), composti da DNA + un guscio proteico.
Etichettarono il DNA con fosforo (³²P) e le proteine con zolfo (³⁵S), perché il DNA contiene
fosforo ma non zolfo, e viceversa per le proteine. Fecero infettare i batteri dell’escherichia
coli dai fagi marcati. L’agitazione in un frullatore causa il distacco dei fagi dalle cellule
batteriche. La centrifugazione fa depositare i batteri sul fondo della provetta a formare un
pellet e la parte liquida superiore contiene i virus. Conclusione: il DNA si trovava nel pellet
insieme ai batteri(=la componente entrata all’interno del batterio è il DNA), dimostrando che
il DNA è il materiale ereditario.

Esperimento Rosalind Franklin

Rosalind Franklin nel 1952 usa la diffrazione ai raggi X, tecnica che permette di ottenere info
sulla struttura interna di una sostanza, per studiare la struttura del DNA. Nella diffrazione ai
raggi X si colpisce un cristallo con raggi X e si osservano le macchie che si formano su una
lastra: dalla forma e posizione di queste macchie si capisce come sono messi gli atomi.
Le immagini ottenute mostravano una struttura a doppia elica simmetrica.
Watson e Crick
Watson e Crick, nel 1953, usarono i dati di Franklin per costruire il loro modello
tridimensionale del DNA: due catene affiancate e avvolte a spirale.
Si basarono su:
- L’analisi delle immagini ai raggi X;
- La regola di Chargaff: quantità di adenina = timina, e citosina = guanina.
Nel 1962 Watson e Crick ricevettero il Premio Nobel, Franklin no, perché era morta (a causa
dell’esposizione ai raggi X).

Struttura DNA
Il DNA è un polimero formato da due filamenti antiparalleli (uno 5’→3’ e l’altro 3’→5’),
costituito da nucleotidi e ciascun nucleotide è formato da tre componenti:
-molecola di desossiribosio
-gruppo fosfato
-base azotata (A, T, C, G).
Le basi azotate si appaiano per legami a idrogeno:
● A = T (2 legami a idrogeno)
● G ≡ C (3 legami a idrogeno)
La quantità di adenina (A) è sempre uguale a quella della timina (T)
La quantità di guanina (G) è sempre uguale a quella della citosina (C)
Quindi: A = T e G = C (guanina e adenina= purine, timina e citosina= pirimidine)
Questo schema di appaiamento, noto come complementarietà delle basi, fu evidenziato
dalle regole di Chargaff nel 1950.

Modello a doppia elica

La doppia elica ha larghezza costante grazie all’appaiamento purina-pirimidina. La struttura
spiega:
-Come il DNA contiene informazioni genetiche;
-La replicazione, ovvero la capacità di fare copie identiche.

La replicazione del DNA

- La replicazione del DNA è semiconservativa:
Ogni nuova molecola di DNA è formata da: un filamento vecchio (originale) e un filamento
nuovo (sintetizzato durante la replicazione). La formazione dei nuovi filamenti avviene grazie
al principio di complementarietà tra le basi (Chargaff). Questo meccanismo garantisce fedele
conservazione dell’informazione genetica.

- La replicazione del DNA è bidirezionale:

La replicazione inizia in punti specifici chiamati origini di replicazione (ori). Da lì si aprono le
due eliche e la sintesi procede in due direzioni opposte, formando due forcelle di
replicazione. Infine le due catene si separano, formando due nuove doppie eliche, costituite
da un filamento originario e uno nuovo.

- Numerosi enzimi intervengono durante il processo di replicazione

● Topoisomerasi: despiralizza la doppia elica.
● Elicasi: rompe i legami a idrogeno tra le basi, separando i filamenti.
● Proteine SSBP mantengono separati i due filamenti
Così i due filamenti si allontanano e ognuno può funzionare da stampo per la sintesi dei
nuovi filamenti.
Inizia la sintesi vera e propria dei nuovi filamenti:
● Per iniziare la sintesi serve il primer, una breve sequenza di RNA
● DNA polimerasi: aggiunge nucleotidi all’estremità 3’ del nuovo filamento.

Il DNA è antiparallelo, ma la DNA polimerasi lavora solo in direzione 5’ → 3’, quindi

l’allungamento avviene in modo diverso:
● Filamento veloce (5’ → 3’): copiato in modo continuo.
● Filamento lento (3’ → 5’): copiato a frammenti (frammenti di Okazaki→ sempre preceduti
da un RNA primer). Il filamento lento richiede più lavoro e più enzimi.
● Ligasi: unisce i frammenti di DNA creandone uno unico, fa il proof reading quindi controlla.

RNA
Inizialmente, Beadle e Tatum (1941) formularono l’ipotesi “un gene, un enzima”, si pensava
quindi che ogni gene codificasse per un enzima. Successivamente, si capì che non tutte le
proteine sono enzimi e che alcune proteine sono composte da più catene polipeptidiche
codificate da geni diversi. Per questo l’ipotesi fu riformulata in “un gene, un polipeptide”, cioè
ogni gene codifica per un singolo polipeptide.

L’RNA messaggero (mRNA) è la molecola che trascrive l’informazione genetica contenuta

nel DNA e la trasporta ai ribosomi, dove viene tradotta in una sequenza di amminoacidi,
formando così una proteina. Per spiegare come una sequenza di DNA si trasformi in una
sequenza di amminoacidi Crick suggerì che dovesse esistere un adattatore: che si legasse
con lo specifico amminoacido e che fosse capace di riconoscere la sequenza nucleotidica
dell'mRNA. L'adattatore è un tipo di RNA noto come RNA di trasporto o transfer (tRNA).

Struttura RNA
L’acido ribonucleico o RNA è formato da un unico filamento, contiene lo zucchero ribosio,
contiene le basi azotate di adenina, guanina, citosina e uracile. Esistono 3 tipi di RNA tutti
codificati da specifici geni:
- RNA messaggero(mRNA): copia l’informazione genetica dal DNA e la porta ai ribosomi
- RNA transfer(tRNA): trasporta gli amminoacidi ai ribosomi e li colloca nella posizione
corretta.
- RNA ribosomiale(rRNA): è componente strutturale e funzionale dei ribosomi, dove avviene
la sintesi proteica/traduzione.

TRASCRIZIONE in 3 fasi:

-Inizio:
L'RNA polimerasi si lega a una specifica sequenza del DNA chiamata promotore, situata
all'estremità 5’. Il promotore fornisce le seguenti info all’RNA polimerasi: il punto di inizio
della trascrizione + quale filamento di DNA trascrivere + contiene la TATA box (che è una
sequenza di DNA ricca di coppie di basi A-T ripetute→ 2 legami a H + facile da separare) →
regione dove l’RNA polimerasi inizia ad aprire l’elica di DNA per leggere il filamento stampo.
-Allungamento:
A questo punto, l'RNA polimerasi inizia a leggere uno dei due filamenti di
DNA (quello chiamato filamento stampo) in direzione 3' → 5'. L'RNA polimerasi aggiunge i
nucleotidi all'estremità 3' del filamento di RNA. La direzione di crescita dell'RNA è 5' → 3'.
L’RNA trascritto risulta antiparallelo al filamento stampo del DNA.

-Terminazione:
Quando l'RNA polimerasi arriva alla fine della sequenza da copiare, si imbatte in una
sequenza di DNA chiamata terminatore. Questa sequenza segnala all'RNA polimerasi che
deve fermarsi.

Codice genetico
Il DNA contiene le informazioni genetiche necessarie alla cellula per la sintesi delle proteine.
Le proteine sono composte da amminoacidi, e in natura ne esistono 20 diversi, che possono
combinarsi in tanti modi per formare proteine con funzioni diverse. Il DNA, però, è formato
solo da 4 tipi di nucleotidi. Per codificare tutti gli amminoacidi si usano sequenze di tre
nucleotidi: ogni gruppo di tre nucleotidi forma una tripletta, chiamata codone quando si trova
sull'mRNA. Questa regola permette di avere 64 possibili combinazioni di triplette, che
costituiscono il cosiddetto codice genetico. Poiché i codoni possibili sono più dei 20
amminoacidi esistenti, accade che uno stesso amminoacido possa essere codificato da più
codoni diversi. Esistono inoltre dei codoni speciali: uno è il codone di inizio, cioè il segnale
che avvia la traduzione, e tre sono i codoni di stop, che indicano alla cellula quando
terminare la traduzione.

Esistono 61 diversi codoni codificanti 20 amminoacidi: per questo motivo il codice genetico è
definito degenerato nel senso che è ridondante, ma non è ambiguo, sarebbe ambiguo se un
singolo codone codificasse due o più amminoacidi. Il codice genetico è pressoché
universale perché si conserva identico in tutti gli organismi.

PoliU: filamento di mRNA artificiale, formato solo da uracile ripetuto, con l’obbiettivo di capire
come l’mRNA guidasse il ribosoma nella sintesi proteica.

TRADUZIONE

La traduzione è il processo in cui l'informazione contenuta nell'mRNA viene "tradotta" in una

sequenza di amminoacidi per formare una proteina. Per fare questo, sono necessari tutti i
tipi di RNA: mRNA, tRNA, rRNA. La traduzione avviene in modo diverso tra procarioti (non
hanno nucleo definito e il loro DNA è disperso nel citoplasma; la traduzione avviene subito
dopo la trascrizione) e eucarioti.

Tutte le molecole di tRNA hanno una struttura a trifoglio, mantenuta da legami a idrogeno,
che permette loro di interagire correttamente con gli amminoacidi, con l’mRNA e con i
ribosomi.
All’estremità 3' di ogni tRNA si trova il sito di attacco per l’amminoacido, dove si lega
covalentemente uno specifico amminoacido. (Il legame covalente in cui due atomi
condividono elettroni.) Il legame tra tRNA e amminoacido è realizzato da una famiglia di
enzimi detti amminoacil tRNA sintasi.
Circa a metà della molecola di tRNA si trova l’anticodone, che si appaia in modo
complementare al codone corrispondente sull’mRNA.
Esistono 61 tipi diversi di tRNA, non 64, perché non ci sono tRNA con un anticodone
complementare ai codoni di stop.

I ribosomi sono il luogo fisico in cui si realizza la traduzione. Ogni ribosoma è costituito da
due subunità, una maggiore e una minore. Tra le due subunità del ribosoma c’è uno spazio
in cui, durante la traduzione, scorre l'mRNA che deve essere tradotto.

-Inizio:
La subunità minore inizia a scorrere sul filamento di mRNA a partire dall’estremità 5' fino a
quando incontra il codone di inizio. Interviene il tRNA carico con la metionina che si lega al
codone di inizio AUG tramite il suo anticodone, completando il complesso di inizio. La
subunità maggiore si unisce al complesso di inizio, con il tRNA carico che occupa il sito P.

-Allungamento:
L’anticodone del tRNA in ingresso si lega al rispettivo codone nel sito A. Gli amminoacidi
sono tra loro vicini e si legano con un legame peptidico ( legame tra due amminoacidi che
formano una proteina, la reazione porta all’eliminazione di una molecola d’acqua). A questo
punto il ribosoma scorre in direzione 3’ e il tRNA nel sito A va al sito P, il primo tRNA scarico
poi si sposta nel sito E (exit), dal sito E lascia il ribosoma e torna nel citoplasma. Nuovo
tRNA entra nel sito A e l'amminoacido viene legato alla catena polipeptidica nascente, il ciclo
si ripete e la catena si allunga.

-Terminazione:
Si verifica quando il ribosoma incontra uno dei tre codoni di stop. La catena polipeptidica si
separa tRNA nel sito P e le due subunità del ribosoma si separano.