Bagian II
Lihat pula: Naruto Shippuden
Berkas:[Link] dihidupkan oleh nenek Chiyo setelah
Ichibi diambil dari tubuhnya oleh Akatsuki.
Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan
Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang salah satu
anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk
Naruto, untuk mengambil Bijuu dari tubuh mereka. Beberapa ninja
dari Konoha, termasuk Tim 7, berperang melawan anggota Akatsuki
dan mencari rekan mereka, Sasuke. Akatsuki berhasil menangkap
tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan
Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya
diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang
dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra
Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan
menghadapi Itachi untuk balas dendam.[8] Setelah Itachi tewas
dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh pengembang Akatsuki,
yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain,
yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk
membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan
Konoha,[9] namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus
terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut,
Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat
Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk
menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu,
karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan,
pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain
untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan
serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto
menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato,
[10] sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk
Konoha.
Dengan kematian Nagato yang merelakan nyawanya untuk
menghidupkan kembali penduduk Konoha yang tewas, [11] Tobi yang
menyamar sebagai Madara Uchiha, mengumumkan bahwa ia ingin
mendapatkan semua dari sembilan Bijuu, sehingga yang belum
tertangkap hanya dua Bijuu lagi, untuk melakukan ilusi yang kuat
untuk mengendalikan seluruh umat manusia. [12] Para Kage dari lima
desa ninja menolak untuk membantunya dan bekerjasama untuk
menghadapi Tobi dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan
perang dunia ninja keempat antara pasukan aliansi dari seluruh
desa ninja melawan Akatsuki. Naruto dan Killer Bee, menolak untuk
bersembunyi sebagaimana desakan para Kage. Ketika Naruto
muncul di medan perang, ia berhasil menghancurkan topeng Tobi
yang terungkap bahwa sebenarnya ia adalah Obito Uchiha, mantan
kawan satu tim Kakashi dan orang yang memberi Kakashi mata
Sharingan. Di sebuah misi bersama Tim Minato, Kakashi
diselamatkan Obito dari kejatuhan batu di gua. Melihat keadaan
reruntuhan batu yang menimpa Obito, ia diduga telah mati dan
namanya diukir sebagai pahlawan di desa Konoha, Akan tetapi,
terdapat fakta bahwa ia diselamatkan oleh Madara Uchiha yang
telah tua dan memutuskan bekerjasama dengannya sejak
kematian Rin. Setelah Sasuke mengetahui sejarah Konoha dari para
Hokage, termasuk keadaan yang menyebabkan kehancuran klan-
nya, ia memutuskan untuk melindungi desa dan bergabung kembali
kepada Naruto dan Sakura untuk menghentikan rencana Madara
dan Obito yang memanfaatkan Juubi. Namun, setelah Juubi
dikalahkan, tubuh Madara akhirnya dirasuki oleh Kaguya Ōtsutsuki,
seorang legenda leluhur ninja yang berniat untuk melenyapkan
seluruh umat manusia, dan Obito mengorbankan diri untuk
membantu Tim 7 untuk menghentikan Kaguya. Setelah Kaguya
dikalahkan, Madara juga mati, tetapi Sasuke memutuskan untuk
mengambil keuntungan dari situasi ini dan mengendalikan para
Bijuu untuk mewujudkan tujuannya mengubah sistem desa. Naruto
menghadapi Sasuke untuk menghentikannya, dan setelah mereka
hampir saling membunuh dalam pertempuran sengit, Sasuke
mengakui kekalahannya, walaupun sebenarnya mereka imbang.
Setelah perang, Kakashi menjadi Hokage keenam. Lalu Sasuke
dimaafkan dan ia memutuskan untuk mengembara yang bertujuan
untuk melihat dunia ninja yang telah ia abaikan. [13] Beberapa tahun
kemudian, Kakashi pensiun dan Naruto menggantikan jabatannya,
menjadikan Naruto sebagai Hokage ketujuh.[14]