LAPORAN PRAKTIKUM
BIOTEKNOLOGI PERTANIAN
“ISOLASI DNA”
Disusun oleh:
Nama : Bryan Hafidz Septian Daffa
NIM : 235040200111002
Kelas : A
Asisten: Joy Imabasa Sitorus
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2024
Bab I
Pendahuluan
1.1 Latar Belakang
Bioteknologi pertanian kini menjadi elemen krusial dalam memajukan sektor pertanian
global. Dengan memanfaatkan beragam teknik biologi molekuler, para ilmuwan dan petani
berhasil mengembangkan tanaman yang lebih tahan terhadap berbagai tantangan, seperti
serangan hama, penyakit, serta kondisi lingkungan yang ekstrem. Tak hanya itu, kemajuan
dalam bioteknologi pertanian juga membuka peluang untuk memodifikasi genetik tanaman
guna meningkatkan kualitas hasil panen, seperti rasa, tekstur, dan kandungan gizi. Salah satu
inovasi utama yang mendukung kemajuan ini adalah proses isolasi DNA.
Isolasi DNA merupakan langkah pertama yang sangat vital dalam menentukan profil
molekuler suatu spesies. Proses ini melibatkan pemisahan dan ekstraksi materi genetik dari
sel-sel tanaman atau organisme yang menjadi objek penelitian. Penting untuk melakukan
isolasi sampel dengan hati-hati untuk memastikan kualitas DNA yang optimal, karena DNA
yang dihasilkan akan digunakan dalam berbagai analisis molekuler maupun rekayasa
genetika. Meskipun terdapat berbagai metode isolasi DNA, tahapan dasar yang umumnya
dilakukan adalah lisis sel atau jaringan, denaturasi kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi
nuklease. Proses-proses tersebut bertujuan untuk memperoleh DNA yang murni dan dapat
digunakan untuk penelitian lanjutan, seperti analisis genetika, identifikasi varietas tanaman
tertentu, bahkan perancangan tanaman transgenik.
Isolasi DNA dari organisme hidup terdiri dari beberapa tahap penting. Pertama adalah
penghancuran sel, yang bertujuan untuk membuka membran dan dinding sel. Sel tanaman
memiliki lapisan pelindung yang cukup kuat, yakni membran sel yang terdiri dari ikatan
antara protein dan lemak, serta dinding sel yang tersusun atas polisakarida. Tahapan
berikutnya adalah penghilangan RNA dan protein yang tidak diinginkan, diikuti dengan
pemurnian dan pengendapan DNA untuk memperoleh hasil isolasi yang bersih dan dapat
digunakan dalam berbagai aplikasi bioteknologi. Proses ini sangat krusial karena hasil DNA
yang berkualitas tinggi adalah dasar bagi berbagai analisis genetika, seperti
pengidentifikasian karakteristik spesies atau pengembangan tanaman yang lebih unggul dan
produktif.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum isolasi DNA, yaitu sebagai berikut :
1. Mengetahui pengertian DNA
2. Mengetahui pengertian isolasi DNA
3. Mengetahui tujuan isolasi DNA
4. Mengetahui tahapan isolasi DNA
1.3 Manfaat
Adapun manfaat dari praktikum isolasi DNA meliputi :
1. Menambah wawasan seputar adanya DNA di dalam makhluk hidup
[Link] menggunakan beberapa alat-alat laboratorium dalam pengamatan isolasi DNA
3. Menambah wawasan mahasiswa pertanian di dalam dunia bioteknologi
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Pengertian DNA
DNA adalah polinukleotida beruntai ganda yang terdiri dari gula deoksiribosa, gugus
fosfat, dan basa nitrogen, yaitu adenin, guanin, timin, dan sitosin. Nukleotida-nukleotida
dalam DNA saling terhubung melalui ikatan fosfodiester antara gula pentosa dan gugus
fosfat. Selain itu, pasangan basa nitrogen pada untai ganda DNA dihubungkan oleh ikatan
hidrogen, di mana adenin berpasangan dengan timin melalui dua ikatan hidrogen, sementara
guanin berpasangan dengan sitosin melalui tiga ikatan hidrogen (Nur’aini et al., 2019).
Sebagai komponen utama kromosom, DNA dikenal sebagai molekul yang membawa
informasi genetik, karena ia menyimpan materi genetik yang menentukan sifat-sifat
organisme dan diwariskan dari generasi ke generasi. Secara kimiawi, DNA merupakan
polimer nukleotida yang terdiri dari tiga komponen utama: gugus fosfat, gula pentosa
(deoksiribosa), dan basa nitrogen. Ada empat jenis basa nitrogen dalam DNA, yaitu Adenin
(A), Timin (T), Guanin (G), dan Sitosin (C), yang urutannya membentuk kode genetik yang
mengatur ciri-ciri organisme (Anisa et al., 2016).
2.2. Pengertian Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah proses yang bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen
seluler lainnya, seperti lipid, protein, dan RNA. Proses ini melibatkan beberapa tahapan,
termasuk lisis atau penghancuran membran sel, pemisahan DNA dari protein, serta
pemurnian DNA (Romlah, 2022). Secara tradisional, isolasi DNA genom dapat dilakukan
dengan berbagai metode, seperti metode fenol-kloroform, Sodium Dodecyl Sulphate (SDS),
dan Cetyl Trimethylammonium Bromide (CTAB). Seiring dengan kemajuan ilmu
pengetahuan dan teknologi, isolasi DNA genom kini juga dapat dilakukan menggunakan kit
komersial dari berbagai merek. Metode-metode ini sering dimodifikasi di laboratorium untuk
memenuhi kebutuhan spesifik (Fitriya et al., 2015).
2.3. Tujuan Isolasi DNA
Menurut Gupta (2019), tujuan utama dari isolasi DNA adalah untuk memisahkan DNA
dari membran sel, protein, dan komponen seluler lainnya. Sundari dan Priadi (2020) juga
mengungkapkan bahwa isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain,
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Proses ini penting untuk memperoleh DNA yang
murni, bebas dari kontaminasi protein atau RNA, yang berasal dari sel atau jaringan tertentu.
Keberhasilan dalam isolasi DNA dapat dievaluasi melalui beberapa metode, seperti
pengecekan pita DNA menggunakan elektroforesis atau dengan mengukur konsentrasi DNA
yang terlarut menggunakan spektrofotometri.
2.4. Tahapan Isolasi DNA
Secara umum, tahapan isolasi DNA mencakup beberapa langkah, yaitu isolasi sel, lisis
sel atau jaringan, purifikasi, ekstraksi, dan presipitasi. Tahap pertama, isolasi sel, melibatkan
pemilihan sumber DNA, seperti jaringan hewan, tumbuhan, atau mikroorganisme, serta
persiapan sampel dengan cara menghancurkan atau memotongnya menjadi bagian-bagian
kecil. Proses lisis, yang merupakan langkah krusial dalam isolasi DNA, bertujuan untuk
merusak dinding sel dan membran plasma guna melepaskan DNA dari dalam sel (Gill et al.,
2016). Lisis ini dapat dilakukan dengan cara kimiawi, menggunakan enzim seperti
proteinase-K dan SDS, atau secara mekanik, misalnya dengan penggerusan menggunakan
nitrogen cair dan inkubasi pada suhu tertentu (Espinoza et al., 2017).
Tahap purifikasi bertujuan untuk membersihkan DNA dari kontaminasi, sehingga hanya
DNA murni yang tersisa. Proses ini sering kali melibatkan penambahan RNAse, sebuah
enzim yang berfungsi untuk mendegradasi RNA, sehingga RNA dapat dihilangkan dari
larutan DNA (Murtiyaningsih, 2017). Setelah itu, tahap ekstraksi dilakukan untuk
memisahkan DNA dari komponen lain seperti protein dan RNA, menggunakan larutan
pemisah seperti fenol-kloroform atau teknik sentrifugasi. Tahap terakhir adalah presipitasi,
yang bertujuan untuk mengendapkan DNA agar terpisah dari zat lain yang mungkin masih
ada dalam sel (Octavia et al., 2021).
BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Fungsi
Adapun alat beserta fungsinya yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA dapat
dilihat pada table berikut:
Table.1 Alat dan Fungsi
Alat Fungsi
Mortar dan pistil Menghancurkan sampel untuk melepaskan DNA
Tips Sebagai wadah penampung sampel
Alat Fungsi
Gelas ukur Mengukur volume larutan akurat.
Tubes 1,5 ml Menampung sampel selama proses isolasi.
Tissue Menyerap cairan berlebih
Gunting Memotong sampel menjadi bagian kecil.
Plastik Pembungkus Melindungi sampel dari kontaminasi.
Mikro Pipet Memindahkan volume kecil larutan dengan akurat.
Spatula Mengambil bahan kimia padat.
Erlenmeyer Mencampur larutan dan menjaga kestabilan.
Microwave Memanaskan larutan buffer untuk lisis sel.
Mesin PCR Memperbanyak segmen DNA setelah isolasi.
Oven Mengeringkan sampel atau bahan lain.
Vortex Mencampur larutan secara cepat dan merata.
Timbangan analitik Mengukur massa bahan dengan presisi tinggi.
Stierer Mengaduk larutan secara manual.
pH meter Mengukur pH larutan buffer.
Mesin Elektroforesis Memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran.
Waterbath Menjaga suhu larutan selama inkubasi.
Centrifuge Memisahkan komponen berdasarkan densitas.
Autoclave Mensterilkan alat dan media dari kontaminasi.
Alat Fungsi
Gel doc dan lemari Mendokumentasikan hasil elektroforesis dan menyimpan sampel pada suhu
es rendah.
3.2 Bahan dan Fungsi
Tabel 2. Bahan dan Fungsi
Bahan Fungsi
Daun sawi Sample uji coba
Daun Jagung Sample uji coba
Promega Menyediakan kit dan reagen untuk isolasi DNA yang efisien dan berkualitas
tinggi.
Nitrogen cair Digunakan untuk menyimpan sampel pada suhu sangat rendah, menjaga
integritas DNA.
Buffer TE Menjaga stabilitas DNA selama penyimpanan dan menghindari degradasi.
RNAse Menghilangkan RNA dari sampel, memastikan hanya DNA yang tersisa
untuk analisis.
Ethanol Digunakan untuk mengendapkan DNA dari larutan, memisahkan DNA dari
kontaminan.
Isopropanol Alternatif untuk mengendapkan DNA, membantu dalam pemisahan DNA
dari larutan.
DNA ladder Sebagai marker ukuran pada elektroforesis untuk menentukan panjang
fragmen DNA.
Agarosa Medium gel untuk elektroforesis
Buffer elektroforesis Menyediakan kondisi optimal untuk pemisahan DNA selama elektroforesis.
Loading dye Mempermudah pemuatan sampel ke dalam gen
Ethium bromide Pewarna yang mengikat DNA dan memungkinkan visualisasi di bawah sinar
UV setelah elektroforesis.
Bahan Fungsi
PCR reaction kit Memfasilitasi amplifikasi segmen DNA tertentu melalui reaksi PCR.
primer mikrosatelit Digunakan dalam PCR untuk memperbanyak daerah spesifik pada DNA
SSR yang memiliki mikrosatelit.
3.3 Diagram Alir
Menyiapkan alat dan bahan (Isolation Genomic DNA
Menyiapkan alat dan bahan (Isola Timbang masing-masing sampel daun sebanyak 0,1 gtion Genomic
Kit Promega)
DNA
Timbang masing-masing sampel daun sebanyak 0,1 g
Masukkan ke dalam mortar, lalu tambahkan Nitrogen cair, tunggu hingga Nitrogen cair
menyurut dan segera digerus
Masukkan 600μL Nucleic Lysis Solution kedalam tube berukuran 1,5 mL dan
tambahkan sampel daun yang telah dihaluskan, tutup kembali tube (jangan lupa beri
label di tube)
Masukkan 600μL Nucleic Lysis Solution kedalam tube berukuran 1,5 mL dan
tambahkan sampel daun yang telah dihaluskan, tutup kembali tube (jangan lupa beri
label di tube)
Vortex hingga homogen (kurang lebih 10 detik)
Inkubasi pada oven atau waterbath dengan suhu 65°C selama 15 menit. Kemudian
homogenkan dengan cara inverting (setiap 5 menit diambil dan di bolak balik (tanpa
kekuatan)
Tambahkan 3μL RNA-se untuk mendegradasi molekul RNA dan homogenkan dengan
cara inverting 5-10 kali
Inkubasi dengan suhu 37°C selama 15 menit pada inkubator
Dinginkan pada temperature ruang selama 5 menit
Tambahkan 200μL Protein Precipitation
Vortex sekitar 20 detik
Sentrifugasi 14.000 RPM selama 3 menit
Pindahkan supernatant bagian atas ke tube 1,5 mL baru
Tambahkan 600μL Isopropanol pada suhu ruang, kemudian homogenkan dengan cara
Inverting secara perlahan
Sentrifugasi 14.000 RPM selama 1 menit pada temperature ruang
Buang supernatant secara hati-hati, jangan sampai pellet bagian bawah ikut terbuang
Kering anginkan sisa ethanol. Kemudian letakkan diatas tissue secara terbalik untuk
menghilangkan sisa ethanol
Tambahkan DNA Rehydration sebanyak 100μL dan la rutkan pellet DNA dengan cara
mengetukkan tube secara perlahan
Inkubasi pada Temperature 65°C selama 1 jam atau inkubasi pada Temperature 4°C
selama 1 malam
Dapatkan isolate DNA
Simpan ke dalam freezer pada temperature 2-8°C
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
Berdasarkan praktikum yang telah dilaksanakan, didapati hasil sebagai berikut:
Gambar 1. Data Hasil DNA Ladder. M1(Sample jagung) dan
M2(Sample sawi)
Dari pengamatan isolasi DNA yang telah dilakukan, diperoleh data yang
menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan antara sampel M1 (jagung) dan M2 (sawi).
Pada sampel jagung (M1), DNA yang terisolasi terlihat lebih kuat dan jelas dibandingkan
dengan sampel sawi (M2). Hal ini dapat dibuktikan dengan tampilan pita DNA M1 yang
lebih terang dan jelas, sedangkan pada M2, pita DNA terlihat lebih kabur atau bahkan kurang
jelas. Kondisi ini menunjukkan bahwa DNA pada sampel jagung lebih mudah diekstraksi dan
lebih murni dibandingkan dengan DNA pada sampel sawi.
Adanya perbedaan ini bisa disebabkan oleh berbagai faktor, seperti perbedaan
komposisi seluler, kandungan selulosa, atau bahkan kondisi sampel yang digunakan. DNA
dari sampel sawi (M2) yang dianggap lebih lemah dan sulit diekstraksi mungkin dipengaruhi
oleh struktur sel yang lebih kompleks atau adanya kontaminasi yang mengganggu proses
isolasi. Hasil isolasi DNA yang kurang optimal seringkali terlihat dari pita DNA yang tidak
jelas atau bahkan terfragmentasi. Hal ini menandakan bahwa proses isolasi belum berhasil
memisahkan DNA dengan baik dari kontaminan lain, seperti protein atau RNA.
4.2 Pembahasan
Berdasarkan gambar hasil isolasi DNA dari daun jagung (M1) dan daun terong (M2), terlihat
pada sampel M1 (daun jagung) terdapat pita panjang berwarna putih keabuan, yang
mengindikasikan adanya residu RNA atau protein yang terisolasi bersama DNA. Pita ini
kemungkinan merupakan kontaminasi yang terjadi selama proses isolasi. Sebaliknya, sampel
M2 (daun sawi) menunjukkan hasil yang lebih lemah, dengan pita DNA yang kabur atau
tidak jelas. Hal ini dapat disebabkan oleh berbagai faktor yang mempengaruhi kualitas isolasi
DNA. Keberadaan pita yang tidak jelas atau kabur menandakan adanya ketidaksempurnaan
dalam proses isolasi. Garis putih keabuan pada M1 menunjukkan bahwa RNA atau protein
tidak terpisah sepenuhnya dari DNA. Penggerusan dengan nitrogen cair, yang digunakan
dalam proses lisis, berfungsi untuk menghancurkan protein, lipid, dan polisakarida, sementara
tanpa penggunaan nitrogen cair, senyawa-senyawa ini bisa mencemari DNA yang diisolasi
(Ruchi et al 2018).
Selain itu, kesalahan teknis dalam proses isolasi, seperti adanya senyawa pengotor atau
ketidaksesuaian suhu annealing pada PCR, juga dapat mempengaruhi hasil isolasi DNA.
Variasi suhu dan waktu annealing berpengaruh pada ketebalan pita DNA, yang pada
gilirannya dipengaruhi oleh kualitas DNA yang diisolasi. Jika DNA yang terisolasi
terkontaminasi, ini dapat mengganggu penempelan primer dan aktivitas enzim polymerase.
Polisakarida dan metabolit sekunder dalam tanaman juga dapat mengganggu proses ini.
Polisakarida seringkali muncul dalam bentuk gumpalan, sementara metabolit sekunder dapat
berupa minyak atau warna khas, yang berbeda-beda pada setiap jenis tanaman. Keberagaman
kandungan metabolit sekunder antar tanaman ini memerlukan prosedur isolasi yang optimal
agar dapat memperoleh DNA genom yang murni untuk analisis molekuler, seperti eksplorasi
tumbuhan untuk bank data DNA. Untuk mengoptimalkan prosedur isolasi, penting untuk
menyesuaikan komposisi buffer lisis dan teknik pemisahan fisik DNA dari senyawa lain,
guna melindungi DNA dari degradasi oleh senyawa metabolit sekunder yang dilepaskan
selama lisis (Octavia et al., 2021).
Pada sampel M2 (daun sawi) yang hasil isolasinya lemah, hal ini dapat dipengaruhi oleh
beberapa faktor. Pita DNA yang kabur atau tidak jelas menunjukkan isolasi DNA yang tidak
optimal. Garis putih keabuan pada sampel M1 menunjukkan adanya RNA atau protein yang
ikut terisolasi, yang kemungkinan besar disebabkan oleh tingginya kandungan RNA pada
daun jagung (Nugroho et al 2015). Beberapa teknik yang dapat menyebabkan kontaminasi
antara lain pengambilan supernatan yang tidak hati-hati, sehingga substansi selain DNA ikut
terbawa, serta proses digesti yang kurang sempurna akibat inkubasi yang tidak tercampur
dengan baik, sehingga protein tetap terikat pada DNA (Praptiwi et al 2020).
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum, dapat disimpulkan bahwa isolasi DNA memegang peran
yang sangat penting dalam bidang bioteknologi pertanian, khususnya dalam pengembangan
tanaman yang memiliki ketahanan lebih tinggi terhadap hama, penyakit, serta kondisi
lingkungan yang ekstrem. Proses isolasi DNA, yang melibatkan serangkaian tahapan seperti
lisis sel, pemurnian, dan presipitasi, merupakan langkah awal yang sangat krusial dalam
analisis dan modifikasi genetik tanaman. Tahapan-tahapan ini memungkinkan para ilmuwan
untuk memperoleh DNA dengan kualitas yang baik, yang kemudian dapat digunakan untuk
berbagai keperluan, seperti identifikasi genetik, pembuatan tanaman transgenik, atau
pemuliaan tanaman.
Kualitas dan kuantitas DNA yang berhasil diisolasi sangat dipengaruhi oleh teknik yang
digunakan, serta faktor-faktor lain seperti kesalahan teknis, ketelitian dalam prosedur, dan
kemungkinan adanya kontaminasi dari bahan lain selama proses isolasi. Prosedur isolasi yang
tepat dan optimal sangat penting untuk memperoleh DNA yang murni dan bebas dari
kontaminan, yang memungkinkan analisis genetik yang akurat dan efektif. Dengan prosedur
isolasi yang tepat, teknologi ini memiliki potensi besar untuk menghasilkan varietas tanaman
unggul yang dapat meningkatkan hasil pertanian, memperkuat ketahanan pangan global, dan
mendukung keberlanjutan sektor pertanian di masa depan. Sebagai hasil akhirnya, penerapan
bioteknologi pertanian berbasis isolasi DNA dapat memberikan kontribusi yang signifikan
terhadap pengembangan pertanian yang lebih efisien dan ramah lingkungan.
5.2 Saran
Praktikum bioteknologi mengenai isolasi DNA ini telah berjalan baik dengan beberapa
catatan, diantaranya Pemahaman materi masih perlu ditingkatkan, karena banyak praktikan
yang mengalami kebingungan selama praktikum berlangsung dan Tingkat sterilitas dalam
praktikum perlu ditingkatkan, baik dari segi lingkungan pelaksanaan maupun prosedur yang
dilakukan oleh praktikan
DAFTAR PUSTAKA
Anisa, A., Jaya, A. K., & Sunarti, S. 2016. Analisis Hidden Markov Model untuk Segmentasi
Barisan DNA. Jurnal Matematika, Statistika dan Komputasi, 13(1), 55-65
. Espinoza, Pavel., Ramón Miguel Molina Barrios., Javier Arturo Munguía Xóchihua., Juan
Francisco Chávez Hernández. 2017. Ast And Reliable DNA Extraction Protocol For
Identification Of Species In Raw And Processed Meat Products Sold On The
Commercial Market. Journal Open Agriculture. 2, 469–472.
. Fitriya, R. T., Ibrahim, M., & Lisdiana, L. 2015. Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan
CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae.
LenteraBio, 4(1), 87–92.
Gill, Christina., JannekeH.H.M. vande Wijgert., FrancesBlow., [Link]. 2016.
Evaluation of Lysis Methods for the Extractionof Bacterial DNA for Analysis of The
Vaginal Microbiota. Journal Plos One- doi : 10.1371/[Link].0163148
Gupta, N. 2019. DNA extraction and polymerase chain reaction. Journal of Cytology,
36(2):116–117.
Murtiyaningsih, H. 2017. Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan genetik nanas
menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA). Agritrop: Jurnal Ilmu-
Ilmu Pertanian (Journal of Agricultural Science), 15(1).
NUGROHO, K., TERRYANA, R. T., & LESTARI, P. (2015). OPTIMASI METODE ISOLASI DNA
PADA Jatropha spp. Jurnal Agroteknologi, 5(2), 15-22.
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. 2019. Pengenalan deoxyribonucleic acid
(DNA) dengan marker-based augmented reality. Walisongo Journal of Information
Technology, 1(2), 91-100.
Octavia, D., Mukaromah, A. S., Martiansyah, I., Mimin, M., Ma'mun, S., & Rukmanto, H.
2021. Isolasi DNA tumbuhan hasil eksplorasi di Nusakambangan dengan metode kit di
Laboratorium Treub, Kebun Raya Bogor. In Prosiding Seminar Nasional Biologi, 7
(1),291-299.
Praptiwi, N. L. P. M., Suprihatin, I. E., & Wirajana, I. N. 2020ISOLASI DNA METAGENOMIK DALAM
RANGKA STUDI METANOGENESIS PADA TANAH [Link], S. 2020. Studi
Literatur: Isolasi Dna Genom Bakteri Metode Sodium Dodecyl Sulfat-Nacl.
Technology of Medical Laboratory, 1(1), 21-24
Ruchi, W., Putri, D. H., Anhar, A., & Farma, S. A. (2018). Comparison of three different DNA isolation
methods to degradate the Trichoderma fungi cell wall. Bioscience, 2(1), 50-59.
Sundari, S., & Priadi, B. (2020). Teknik isolasi dan elektroforesis DNA ikan tapah. Buletin
Teknik Litkayasa Akuakultur, 17(2), 87-90.