LAPORAN

APLIKASI SOFTWARE AKUAKULTUR

“UJI EFEKTIVITAS SENYAWA PADA BROKOLI (Brassica
oleracea Folium) SEBAGAI ANTIMIKROBA TERHADAP
SERANGAN BAKTERI Staphylococcus aureus (PDB 3VSL)
MENGGUNAKAN MOLEKULAR DOCKING (PyRx)”

Dosen Pengampu: Muhammad Dailami, [Link]., [Link].

Oleh:

Asy-Syfa` Rahma Nur`Aini 215080500111041

Lilian Diah Apriliani 215080500111047
Sitti Aisyah 215080500111048
Ni Putu Anggun Larasati 215080500111049
I Made Kresna Denanta 215080500111051
Mohammad Bagus Ramadhani 215080500111052

Kelas B01

Aplikasi Software akuakultur

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN DAN KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2024
 UJI EFEKTIVITAS SENYAWA PADA BROKOLI (Brassica
oleracea Folium) SEBAGAI ANTIMIKROBA TERHADAP
SERANGAN BAKTERI Staphylococcus aureus (PDB 3VSL)
MENGGUNAKAN MOLEKULAR
DOCKING (PyRx)

Abstrak

Brokoli (Brassica oleracea Folium) memiliki senyawa metabolit berupa Apigenin,

Caulilexin C, Cinnamate, Formononetin, Glucobrassicin, Glutation, Inositol,
Kaempferol, Neoglucobrassicin, Quercetin, Salicylic acid, dan Thiamine yang
bersifat antibakteri. Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Bacillus
subtilis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, dan Pseudomonas aeruginosa,
merupakan bakteri yang sering menimbulkan penyakit pada ikan, terutama
Staphylococcus aureus. 12 senyawa ligand melewati hasil docking terbukti
memiliki ikatan hidrogen paling erat dengan PBP3-Methicillin-Resistant
Staphylococcus aureus Dalam Protein Data Bank (PDB) senyawa tersebut
memiliki PDB ID 3VSL. Aplikaksi software seperti PyRx, Open Babel, dan
Discovery Studio Visualizer digunakan dalam menentukan nilai affinitas. Analisis
energi afinitas atau binding affinity yang dilakukan pada proses docking
menghasilkan kesimpulan bahwa antibakteri pada ligand Glucobrassicin,
Neoglucobrassicin, Quercetin. dapat mengatasi masalah penyakit pada ikan
disebabkan PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. Hal tersebut
didasarkan pada nilai ΔG terendah sebesar -8,6 kkal/mol pada ligan
Glucobrassicin, ligand Neoglucobrassicin -8,4 kkal/mol, ligan Quercetin sebesar -
8.0 kkal/mol. Hasil tersebut menunjukkan senyawa Glucobrassicin pada brokoli
dengan reseptor target saling berinteraksi dengan kondisi energi yang paling
rendah sehingga molekul berada pada kondisi stabil.

Kata kunci : PyRx, PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, terendah,

reseptor, stabil

Abstract

Broccoli (Brassica oleracea Folium) contains various bioactive compounds,

including Apigenin, Caulilexin C, Cinnamate, Formononetin, Glucobrassicin,
Glutathione, Inositol, Kaempferol, Neoglucobrassicin, Quercetin, Salicylic acid,
and Thiamine, which exhibit antibacterial properties. Among these bacteria,
Staphylococcus aureus is particularly prevalent in fish diseases. Docking studies
revealed that 12 ligand compounds demonstrated the strongest hydrogen
bonding interactions with PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus.
These compounds were identified in the Protein Data Bank (PDB) with PDB ID
3VSL. Software applications like PyRx, Open Babel, and Discovery Studio
Visualizer were employed to determine the affinity values. Affinity energy analysis
during the docking process concluded that Glucobrassicin, Neoglucobrassicin,
and Quercetin possess the potential to combat fish diseases caused by PBP3-
Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. This conclusion is based on the
lowest ΔG values observed: -8.6 kcal/mol for Glucobrassicin, -8.4 kcal/mol for
Neoglucobrassicin, and -8.0 kcal/mol for Quercetin. These results indicate that
the Glucobrassicin compound in broccoli interacts with its target receptor in the
most energetically favorable manner, leading to a stable molecular state.

keyword : PyRx, PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, lower,

reseptor, state state.
 BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 LATAR BELAKANG

Penyakit pada ikan merupakan suatu proses atau kondisi abnormal yang

terjadi pada tubuh atau bagian-bagian tubuh ikan, baik dalam hal fisik, morfologi,

maupun fungsi. Kehadiran penyakit pada ikan dapat menimbulkan kerugian

ekonomi yang signifikan bagi para pembudidaya, serta berdampak negatif

terhadap perkembangan budidaya ikan secara keseluruhan. Penyakit pada ikan

di budidaya dapat memengaruhi populasi ikan di alam melalui penularan.

Penentuan dan pengendalian penyakit pada ikan dapat berpatokan pada

patologi, yaitu cabang ilmu biologi yang mempelajari sifat dan penyebab

penyakit. Patologi memiliki peran penting dalam memahami dan mengendalikan

penyakit ikan dengan memberikan dasar ilmiah untuk diagnosis, pencegahan,

dan pengobatan. Investigasi terhadap penyakit ikan dan penentuan organisme

patogen penyebabnya merupakan langkah awal yang sangat penting dalam

upaya pencegahan dan pengobatan penyakit sebelum penyebarannya semakin

luas dan menjadi wabah. Histopatologi menjadi acuan penting dalam

pengendalian penyakit ikan agar upaya yang dilakukan dapat berjalan efektif dan

efisien sesuai tujuan (Nur, 2019).

Potensi pengembangan budidaya perikanan yang sangat besar

mendorong penerapan intensifikasi sebagai pilihan utama. Namun, intensifikasi

budidaya sering kali menyebabkan menurunnya kondisi lingkungan yang pada

akhirnya menimbulkan masalah berupa timbulnya penyakit pada ikan. Bakteri

patogen yang sering menyerang ikan dalam budidaya intensif adalah

Staphylococcus aureus. Staphylococcus aureus merupakan bakteri gram positif

yang dapat menyebabkan infeksi pada ikan melalui kontaminasi langsung pada

luka. Bakteri ini dapat tumbuh dengan baik dan mampu memfermentasi mannitol

pada media Mannitol Salt Agar (MSA). Koloni Staphylococcus aureus pada

media MSA berwarna kuning emas dan kemampuannya memfermentasi

mannitol terlihat dari perubahan warna media menjadi kuning. Ciri khas ini

membedakan Staphylococcus aureus dengan bakteri patogen lain, seperti

Staphylococcus epidermidis (Jamaludin et al., 2016).

Penggunaan antibiotik untuk mengobati penyakit pada ikan umumnya

dapat menimbulkan resistensi bakteri. Hal ini menjadi tantangan utama dalam

pengendalian penyakit ikan. Oleh karena itu, pengembangan senyawa

antibakteri dari bahan alam menjadi alternatif yang penting untuk mengatasi

masalah resistensi antibiotik. Brokoli (Brassica oleracea Folium) merupakan

salah satu bahan alam yang terbukti memiliki efek antibakteri terhadap berbagai

bakteri patogen ikan, termasuk Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes,

Bacillus subtilis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, dan Pseudomonas

aeruginosa. Brokoli mengandung berbagai senyawa, diantaranya adalah

metabolit berupa Caulilexin C, Glucobrassicin, dan Salicylic acid yang bersifat

antibakteri (Paryati et al., 2021). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui

interaksi antara senyawa brokoli dengan reseptor target PBP3 dari Methicillin-

Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Metode docking molekuler berbasis

protein-ligan digunakan untuk membandingkan afinitas dan interaksi terbaik dari

senyawa-senyawa brokoli terhadap reseptor target. Perlakuan docking

diharapkan dapat menghasilkan kandidat senyawa brokoli yang bersifat

antibakteri dan efektif dalam mengendalikan penyakit pada ikan.

1.2 METODE
1.2.1 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan adalah hardware berupa laptop, Adapun perangkat

lunak yang digunakan dalam molekular docking yaitu PubChem. PubChem

merupakan website yang digunakan untuk mencari database molekul kimia dan

aktivitasnya terhadap penelitian biologi. Website PubChem dapat di akses

melalui [Link] Perangkat lunak lain yang digunakan

dalam molekular docking yaitu RCSB PDB yang dapat diakses pada

[Link] Aplikasi PyRx dan aplikasi Discovery Studio Visualizer.

Bahan yang digunakan pada pengerjaan laporan ini meliputi struktur protein

Staphylococcus aureus dengan kode PDB 3VSL yang diunduh dari PDB melalui

website [Link] kemudian dipreparasi menggunakan program

aplikasi Discovery Studio. Ligan senyawa yang diguanakn dari brokoli (Brassica

oleracea Folium) adalah Apigenin, Caulilexin C, Cinnamate, Formononetin,

Glucobrassicin, Glutation, Inositol, Kaempferol, Neoglucobrassicin, Quercetin,

dan Salicylic acid, Thiamine yang dapat diunduh melalui

[Link]

1.2.2 Preparasi Reseptor

Preparasi reseptor merupakan langkah awal yang dilakukan dalam proses

docking. Preparasi reseptor menurut Sari, et al. (2020), dilakukan dengan tujuan

untuk mendapatkan reseptor dalam bentuk yang murni dan aktif sehingga dapat

digunakan untuk studi lebih lanjut. Preparasi reseptor menurut Amin, et al.

(2024), dilakukan dengan cara memilih reseptor yang sudah diidentifikasi

selanjutnya reseptor diunduh dari PDB dengan format pdb. Kemudian reseptor

dilakukan proses optimasi untuk memisahkan pelarut dengan ligan

menggunakan software YASARA (edit-delete-residu). Selanjutnya

menghilangkan water (edit-delet-water) dan ditambahkan hidrogen pada

strukturnya (edit-add-hydrogen to all). Setelah ditambahkan hidrogen simpan

object (edit-save as-yasara object) dengan nama protein dengan format .mol2.

Preparasi reseptor pada project, dilakukan menggunakan aplikasi Discovery

Studio Visualizer. Pada program ini dilakukan pemurnian protein dengan

menghilangkan molekul air agar tidak mengganggu proses docking serta

memastikan bahwa interaksi yang terjadi murni antara reseptor dan ligan.

1.2.3 Preparasi Ligan

Preparasi ligan dapat dilakukan dengan menentukan jenis ligan yang

akan diuji. Struktur 3 dimensi ligan dapat diunduh melalui website PubChem

dengan format (.sdf). Struktur tersebut kemudian diubah menjadi format (.pdb)

agar bisa dibuka pada aplikasi PyRx. Ligan yang digunakan adalah Apigenin,

Caulilexin C, Cinnamate, Formononetin, Glucobrassicin, Glutation, Inositol,

Kaempferol, Neoglucobrassicin, Quercetin, Salicylic acid, dan Thiamine.

Tahapan berikutnya yaitu proses docking menggunakan software PyRx dengan

mereaksikan ligan dengan protein target untuk mendapatkan nilai energi ikatan

(binding affinity).

1.2.4 Molecular Docking

Molecular docking menurut Manna, et al. (2017), merupakan pemodelan

komputasi yang dilakukan untuk memprediksi interaksi dan situs ikatan.

Molecular docking adalah langkah awal dalam pengembangan obat secara in

silico. Molecular docking memiliki kelebihan, yaitu sangat cepat, hemat biaya dan

akurat. Prinsip molecular docking adalah dengan mengikatkan antara dua

molekul, yaitu reseptor dan ligan sehingga membentuk konformasi molekul

kompleks. Molecular docking bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul

ligan dengan protein yang menjadi targetnya pada uji in-vitro. (Setiawan dan

Irawan, 2017).

1.2.5 Analisis Data

Analisis data pada hasil molecular docking dilakukan dengan

menggunakan senyawa aktif yang terkandung dari Brassica oleracea Folium

berupa Apigenin, Caulilexin C, Cinnamate, Formononetin, Glucobrassicin,

Glutation, Inositol, Kaempferol, Neoglucobrassicin, Quercetin, Salicylic acid, dan

Thiamine. Struktur protein Staphylococcus aureus kode PDB 3VSL sebelum dan

setelah preparasi tersaji pada Gambar 1. Preparasi ligan dilakukan melalui

program Open Babel yang terdapat pada aplikasi PyRx dengan hasil akhir pdbqt.

Visualisasi dan analisis ikatan antara senyawa ligan dengan protein target

dilakukan menggunakan software Discovery Studio Visualizer. Analisis data

tersebut dapat divisualisasi dengan cara copy reseptor kemudian paste pada

senyawa hasil docking di Discovery Studio Visualizer dalam bentuk 2D.

Sumber: Protein Data Bank (2024)

Gambar 1. Struktur 3D dari protein PDB 3VSL: (a) sebelum dilakukan preparasi
(b) setelah dilakukan preparasi
Tabel 1. Nilai binding affinity senyawa Glutation
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -6.6 0.0 0.0

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -6.0 2.022 2.181

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.8 4.583 7.364

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.6 2.808 3.321

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.6 2.252 7.376

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.6 2.822 3.648

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.3 3.477 4.757

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.2 3.382 5.273

reseptor3VSL_124886_uff_E=157.56 -5.2 54.404 55.53

Tabel 2. Nilai binding affinity senyawa Quercetin

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -8.0 0.0 0.0

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.5 4.803 3.066

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.5 5.444 4.25

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.4 7.264 2.919

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.3 6.98 3.169

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.3 4.477 2.517

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.2 54.819 51.371

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.2 3.394 1.847

reseptor3VSL_5280343_uff_E=380.43 -7.1 3.734 1.786

Tabel 3. Nilai binding affinity senyawa Apigenin
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.6 0.0 0.0

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.5 57.543 55.036

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.4 5.559 3.703

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.3 4.244 3.25

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.1 6.66 3.731

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.0 57.496 55.022

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.0 25.607 24.34

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -7.0 22.745 18.863

reseptor3VSL_5280443_uff_E=233.26 -6.7 57.197 54.675

Tabel 4. Nilai binding affinity senyawa Kaempferol

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -7.3 0.0 0.0

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -7.2 2.148 1.405

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -7.2 58.176 55.243

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -7.0 58.202 55.23

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -6.8 33.019 30.357

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -6.6 24.472 20.311

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -6.6 24.649 23.586

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -6.6 60.125 57.128

reseptor3VSL_5280863_uff_E=326.50 -6.6 62.457 59.633

Tabel 5. Nilai binding affinity senyawa Caulilexin C
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -6.0 0.0 0.0

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -5.4 3.689 1.954

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.9 26.213 24.576

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.8 8.135 6.138

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.8 47.899 46.235

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.7 55.524 53.455

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.7 50.253 48.299

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.6 25.215 50.253

reseptor3VSL_11954881_uff_E=492.48 -4.6 44.08 42.46

Tabel 6. Nilai binding affinity senyawa Cinnamate

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.8 0.0 0.0

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.6 6.267 4.792

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.3 4.408 3.266

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.2 56.62 54.67

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.2 60.724 58.806

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -5.0 56.675 54.719

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -4.9 57.469 55.513

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -4.9 33.2 32.801

reseptor3VSL_5957728_uff_E=83.77 -4.8 32.687 31.712

Tabel 7. Nilai binding affinity senyawa Formononetin
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.9 0.0 0.0

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.7 4.634 2.434

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.5 33.052 31.464

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.5 8.036 1.986

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.4 7.462 1.433

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.3 5.409 3.189

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.2 61.548 56.912

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.2 26.067 24.265

reseptor3VSL_5280378_uff_E=337.60 -6.2 7.295 1.418

Tabel 8. Nilai binding affinity senyawa Glucobrassicin

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.6 0.0 0.0

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.4 4.505 3.18

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.4 6.525 2.775

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.3 3.678 2.125

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.2 2.699 1.857

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.2 4.289 2.852

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.1 7.103 2.595

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -8.1 3.086 2.072

reseptor3VSL_656506_uff_E=946.01 -7.9 4.534 2.912

Tabel 9. Nilai binding affinity senyawa Inositol
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -6.0 0.0 0.0

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.6 8.82 7.103

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.4 3.603 1.864

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.4 3.213 1.852

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.3 3.021 1.438

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.3 3.963 2.202

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.3 3.024 1.235

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.3 8.96 6.8998

reseptor3VSL_892_uff_E=156.51 -5.1 58.941 56.93

Tabel 10. Nilai binding affinity senyawa Neoglucobrassicin,

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -8.4 0.0 0.0

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -8.3 5.832 3.607

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -8.3 4.075 2.816

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -8.2 5.123 3.648

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -7.6 6.879 3.932

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -7.6 2.724 1.907

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -6.9 55.514 52.612

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -6.9 55.901 53.002

reseptor3VSL_9576416_uff_E=962.50 -6.8 63.855 61.855

Tabel 11. Nilai binding affinity senyawa Salicylic acid
Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.7 0.0 0.0

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.6 55.497 54.021

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.3 6.361 5.042

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.3 2.92 1.954

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.3 57.257 56.263

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.2 3.081 1.824

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.1 58.156 56.902

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.1 17.803 16.698

reseptor3VSL_338_uff_E=73.50 -5.0 58.364 57.15

Tabel 12. Nilai binding affinity senyawa Thiamine

Ligand Binding RMSD RMSD
Affinity Upper Lower
(kcal/mol) Bound Bound

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -5.2 0.0 0.0

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.9 58.738 57.106

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.8 2.964 2.056

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.7 33.238 31.503

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.6 52.913 51.655

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.5 17.518 16.177

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.5 30.586 29.768

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.5 40.586 38.883

reseptor3VSL_1130_uff_E=395.86 -4.5 58.75 57.113

 BAB 2. PEMBAHASAN

2.1 Hasil Docking

Hasil docking ditentukan melalui analisis energi afinitas atau binding

affinity (ΔG), yang mencerminkan kekuatan interaksi antara protein dan ligan.

Afinitas ikatan merupakan nilai kekuatan interaksi antara protein dan ligan yang

semakin besar apabila nilainya semakin rendah. Interaksi tesebut terdiri atas

ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik, interaksi Van Der Waals, dan interaksi

hidrofobik. Akan tetapi, metode simulasi komputasi hanya mampu menduga

interaksi berdasarkan jarak antar atom dan sifat atomik senyawa dengan protein.

Afinitas yang baik berupa nilai ΔG yang semakin negatif (rendah), di mana

afinitas yang rendah menunjukkan bahwa senyawa uji memerlukan sedikit energi

ketika pengikatan.

Tabel 13. Sifat-sifat kemopreventif diosmin

Senyawa Target mekanisme Pustaka

Apigenin Senyawa apigenin juga Sudirman et al.,
merupakan flavonoid yang (2016)
memiliki aktivitas antioksidan.
Caulilexin C Antikanker serta antiinflamasi Fatharanni dan
yang dapat mencegah atau Anggraini. (2017)
membalikan kerusakan pada
lapisan pembuluh darah yang
juga disebabkan oleh
peradangan karena kronis.
Cinnamate Sebagai antibakteri yang Syafnir dan
menghambat sintesis asam Maulana (2022)
nukleat, menghalangi fungsi
membran sitoplasma dan
motilitas bakteri serta sebagai
antijamur dan antivirus.
Formononetin Sebagai antioksidan, anti- Syafnir dan
inflamasi, antimikroba, Maulana (2022)
vasodilatasi, antiiskemia dan
 efek antikanker.
Glucobrassicin, Antikanker serta antiinflamasi Fatharanni dan
yang dapat mencegah atau Anggraini (2017)
membalikan kerusakan pada
lapisan pembuluh darah yang
juga disebabkan oleh
peradangan karena kronis.
Glutation Senyawa yang dapat Yulliana (2023)
menyerap atau menetralisir
radikal bebas sehingga mampu
mencegah penyakit-penyakit
degeneratif seperti
kardiovaskuler, karsinogenesis,
dan penyakit lainnya.
Inositol Senyawa inositol diketahui Peres et al.,
memiliki fungsi terhadap (2004)
ketahanan tubuh serta mampu
meningkatkan pertumbuhan
ikan Tilapia sungai Nil juvenil.
Kaempferol Kemampuan kaempferol untuk Ginting et al.,
menurunkan kadar (2020)
superoksida pada konsentrasi
rendah dapat memainkan
peran penting dalam aktivitas
antioksidannya, karena
pembentukan anion
superoksida diperlukan untuk
produksi normal sebagian
besar RONS yang terlibat
dalam stres oksidatif.
Neoglucobrassicin Memiliki aktivitas sebagai Sari dan Al (2021)
antibakteri, antioksidan, dan
anti diabetes melitus.
Quercetin Quercetin akan menetralkan Setiawan dan
radikal bebas sebelum Felix (2013)
merusak Deoxyribonucleid
Acid (DNA).
Salicylic acid Antiinflamasi serta melawan Estiasih et al.,
bakteri patogen. (2021)
Thiamine Menghasilkan efektivitas Setiawan dan
antibakteri pada bakteri Felix (2013)
Staphylococcus aureus dengan
respon hambatan pertumbuhan
bakteri dalam kategori lemah.
Tabel 14. Hasil Docking Apigenin

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking senyawa apigenin dengan target mekanisme pada reseptor

3VSL menunjukkan variasi dalam afinitas pengikatan dan RMSD (Root Mean

Square Deviation) yang mempengaruhi stabilitas dan interaksi antara senyawa

tersebut dengan reseptor. Nilai afinitas pengikatan senyawa apigenin yang

bervariasi mulai dari -7.6 hingga -6.7 kcal/mol. Nilai afinitas yang lebih negatif

menunjukkan interaksi yang lebih kuat antara senyawa apigenin dan reseptor

3VSL. Pada nilai -7.6 kcal/mol terdapat afinitas pengikatan yang paling kuat.

Sementara pada nilai -6.7 kcal/mol terdapat afinitas pengikatan yang sedikit lebih

rendah. Variasi dalam RMSD yang menggambarkan perbedaan konformasi atau

posisi senyawa apigenin pada reseptor. RMSD Upper Bound dan RMSD Lower

Bound menunjukkan variasi dalam jangkauan nilai RMSD dengan nilai

maksimum mencapai sekitar 57.5 Å dan nilai minimum sekitar 3.25 Å. Nilai

RMSD yang lebih tinggi menandakan adanya variasi yang signifikan dalam posisi

senyawa apigenin pada reseptor, sementara nilai yang lebih rendah

menunjukkan stabilitas dalam posisi tersebut.

Tabel 15. Hasil Docking Caulilexin C

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Senyawa Caulilexin C menunjukkan berbagai tingkat afinitas pengikatan

terhadap reseptor 3VSL dengan nilai terkuat mencapai -6.0 kcal/mol. Interaksi

yang sangat kuat ini yang diindikasikan oleh nilai afinitas yang tinggi

menunjukkan potensi senyawa tersebut sebagai agen antikanker yang

menjanjikan. Afinitas pengikatan yang kuat antara Caulilexin C. dan reseptor

3VSL dapat menghasilkan efek yang merugikan bagi sel kanker termasuk

penghambatan pertumbuhan atau bahkan kematian sel kanker. Nilai RMSD yang

relatif rendah seperti pada posisi dengan afinitas -6.0 kcal/mol dan RMSD 0.0

menunjukkan bahwa konformasi interaksi antara Caulilexin C dan reseptor 3VSL

cenderung stabil dan dapat diandalkan. Caulilexin C sebagai agen antikanker

juga penting untuk mempertimbangkan potensi senyawa tersebut dalam

mengatasi peradangan kronis yang dapat menyebabkan kerusakan pada lapisan

pembuluh darah. Variasi dalam afinitas pengikatan Caulilexin C. pada posisi-

posisi yang berbeda yang mengindikasikan bahwa efek antiinflamasi dari

senyawa tersebut dapat bervariasi tergantung pada konformasi spesifik interaksi

dengan reseptor 3VSL. Kemampuan Caulilexin C. untuk berikatan dengan

reseptor 3VSL dengan afinitas yang signifikan masih menunjukkan potensi dalam

menghambat atau membalikkan kerusakan pada lapisan pembuluh darah yang

disebabkan oleh peradangan kronis.

Tabel 16. Hasil Docking Cinnamate

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

 Ionizability SAS Bentuk 2D

Senyawa Cinnamate menunjukkan interaksi yang cukup signifikan

dengan reseptor 3VSL yang merupakan target mekanisme sebagai agen

antibakteri yang menghambat sintesis asam nukleat, menghalangi fungsi

membran sitoplasma dan motilitas bakteri, serta memiliki potensi sebagai agen

antijamur dan antivirus. Nilai afinitas pengikatan senyawa Cinnamate berkisar

antara -4.8 hingga -5.8 kcal/mol menunjukkan kemampuannya untuk berikatan

dengan reseptor dengan kekuatan yang bervariasi. Hasil yang paling menonjol

adalah interaksi dengan nilai afinitas terkuat sebesar -5.8 kcal/mol dan RMSD

sebesar 0.0 menandakan adanya ikatan yang kuat dan stabil antara Cinnamate

dan reseptor 3VSL pada posisi tertentu. Potensi senyawa tersebut dalam

menghambat aktivitas target antibakteri dengan efektivitas yang tinggi. Hasil lain

dengan RMSD yang lebih tinggi menunjukkan variasi dalam posisi ikatan dan

kemungkinan adanya konformasi alternatif yang memperlihatkan kompleksitas

interaksi antara Cinnamate dan reseptor tersebut.

Tabel 17. Hasil Docking Formononetin

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

 H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking senyawa Formononetin menunjukkan serangkaian nilai

afinitas pengikatan yang bervariasi terhadap reseptor 3VSL. Senyawa ini

menunjukkan afinitas pengikatan sebesar -6.9 kcal/mol dengan RMSD yang

sempurna pada 0.0 menandakan interaksi yang sangat kuat dan stabil, meskipun

terdapat variasi dalam nilai afinitas pengikatan dan RMSD pada kondisi lainnya.

Nilai afinitas berkisar antara -6.7 hingga -6.2 kcal/mol dengan RMSD yang

bervariasi antara 1.418 hingga 61.548. Variabilitas ini menunjukkan kemungkinan

adanya posisi alternatif bagi Formononetin dalam berinteraksi dengan reseptor

3VSL, serta tingkat variasi dalam stabilitas interaksi. Interpretasi dari hasil

docking ini mengisyaratkan bahwa Formononetin memiliki potensi sebagai agen

yang bersifat multi-target yang dapat memberikan efek antioksidan, anti-

inflamasi, antimikroba, vasodilatasi, antiiskemia, dan bahkan efek antikanker.

Kemampuan Formononetin untuk berinteraksi dengan berbagai situs pada

reseptor 3VSL secara simultan atau berbeda-beda dapat memberikan dasar bagi

kemampuan senyawa ini dalam mempengaruhi berbagai mekanisme

biologis yang berbeda.

Tabel 18. Hasil Docking Glucobrassicin

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa Glucobrassicin memiliki

afinitas pengikatan yang cukup kuat terhadap target mekanisme antikanker dan

antiinflamasi yang secara potensial dapat membantu mencegah atau bahkan

membalikkan kerusakan pada lapisan pembuluh darah yang disebabkan oleh

peradangan kronis. Nilai afinitas pengikatan senyawa Glucobrassicin bervariasi

antara -8.6 hingga -7.9 kcal/mol menunjukkan kemampuannya untuk berinteraksi

dengan reseptor 3VSL. Posisi dengan nilai afinitas pengikatan yang paling tinggi

yaitu -8.6 kcal/mol dan RMSD 0.0 menunjukkan adanya interaksi yang paling

stabil dan kuat antara senyawa Glucobrassicin dan reseptor tersebut. Variasi

dalam nilai RMSD menunjukkan kemungkinan adanya posisi alternatif atau

kurangnya akurasi dalam prediksi posisi ikatan senyawa Glucobrassicin pada

reseptor tersebut. Keseluruhan hasil docking menunjukkan potensi senyawa

Glucobrassicin sebagai kandidat yang menjanjikan dalam pengembangan terapi

yang bertujuan untuk mengatasi masalah peradangan kronis dan kerusakan

pada lapisan pembuluh darah yang terkait dengan kondisi antikanker

dan antiinflamasi.

Tabel 19. Hasil Docking Glutation

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa glutation memiliki afinitas

pengikatan yang kuat terhadap reseptor 3VSL dengan nilai tertinggi mencapai -

6.6 kcal/mol. Nilai RMSD 0.0 menandakan bahwa interaksi antara glutation dan

reseptor tersebut sangat stabil dan optimal. Hal ini menunjukkan potensi glutation

dalam menyerap atau menetralisir radikal bebas yang berperan dalam penyakit-

penyakit degeneratif seperti kardiovaskuler, karsinogenesis, dan penyakit

lainnya. Nilai afinitas yang bervariasi dari -6.0 hingga -5.2 kcal/mol dengan

RMSD yang berfluktuasi menunjukkan bahwa glutation memiliki kemampuan

untuk mengambil beberapa posisi berbeda pada reseptor, namun tetap

mempertahankan interaksi yang signifikan. Kemampuan glutation dalam

berikatan pada berbagai posisi ini menunjukkan potensinya dalam merespon dan

melawan radikal bebas yang terlibat dalam berbagai penyakit degeneratif. Hasil

docking ini memberikan wawasan penting tentang potensi glutation sebagai agen

terapeutik atau suplemen yang dapat membantu dalam mencegah atau

mengurangi risiko penyakit-penyakit tersebut.

Tabel 20. Hasil Docking Inositol

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa inositol memiliki afinitas

pengikatan yang cukup kuat terhadap reseptor 3VSL dengan variasi nilai binding
affinity antara -6.0 hingga -5.1 kcal/mol. Nilai afinitas terkuat yaitu -6.0 kcal/mol

mengindikasikan adanya interaksi yang signifikan antara senyawa inositol dan

reseptor. Posisi dengan nilai RMSD 0.0 menunjukkan bahwa interaksi pada

posisi tersebut paling stabil dan mungkin merupakan konformasi preferensial

untuk pengikatan senyawa inositol pada reseptor 3VSL. Terdapat variasi dalam

nilai RMSD yang mengindikasikan kemungkinan adanya beberapa posisi

alternatif di mana senyawa inositol dapat berikatan pada reseptor. Adanya nilai

afinitas yang relatif tinggi dan adanya posisi dengan RMSD yang mendekati nol

dapat diasumsikan bahwa senyawa inositol memiliki potensi untuk berinteraksi

secara signifikan dengan reseptor 3VSL. Sifat senyawa inositol yang diketahui

memiliki fungsi meningkatkan pertumbuhan ikan Tilapia sungai Nil juvenil, hasil

docking ini menunjukkan bahwa senyawa inositol mungkin memiliki kemampuan

untuk mempengaruhi mekanisme target terkait ketahanan tubuh dan

pertumbuhan ikan Tilapia sungai Nil juvenil melalui interaksi

dengan reseptor 3VSL.

Tabel 21. Hasil Docking Kaempferol

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

 Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa kaempferol memiliki afinitas

pengikatan yang signifikan terhadap reseptor 3VSL dengan nilai binding affinity

bervariasi antara -7.3 hingga -6.6 kcal/mol. Kaempferol menunjukkan afinitas

pengikatan paling kuat sebesar -7.3 kcal/mol, yang mengindikasikan adanya

interaksi yang sangat stabil antara kaempferol dan reseptor. Nilai RMSD yang

bervariasi menunjukkan kemungkinan adanya variasi dalam posisi kaempferol

pada reseptor tersebut. Konformasi dengan RMSD yang rendah bahkan

mencapai 0.0 menunjukkan bahwa kaempferol dapat berada pada posisi yang

sangat stabil dan optimal pada reseptor tersebut. Kaemferol untuk mekanisme

yang ditargetkan yaitu kemampuan kaempferol untuk menurunkan kadar

superoksida pada konsentrasi rendah sebagai bagian dari aktivitas

antioksidannya. Hasil docking ini menunjukkan potensi kaempferol dalam

mengatur aktivitas RONS (Reactive Oxygen and Nitrogen Species) terkait

dengan stres oksidatif. Interaksi kuat antara kaempferol dan reseptor pada posisi

dengan afinitas pengikatan tinggi dapat mengindikasikan kemungkinan

kaempferol berperan dalam menghambat pembentukan anion superoksida yang

diperlukan untuk produksi sebagian besar RONS yang terlibat dalam stres

oksidatif. Variabilitas dalam nilai afinitas dan posisi kaempferol pada reseptor

juga menunjukkan potensi adaptabilitas kaempferol dalam menghadapi variasi

kondisi lingkungan dan mekanisme biologis yang kompleks.

Tabel 22. Hasil Docking Neoglucobrassicin

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking Neuglucobrassicin pada reseptor 3VSL terlihat bahwa

senyawa ini menunjukkan sejumlah interaksi yang menarik dengan reseptor

tersebut. Nilai afinitas pengikatan yang diperoleh berkisar antara -8.4 hingga -6.8

kcal/mol menunjukkan adanya potensi interaksi yang kuat antara

Neuglucobrassicin dan reseptor 3VSL. Nilai afinitas tertinggi yaitu -8.4 kcal/mol

menunjukkan interaksi paling stabil dan kuat, sementara nilai yang lebih rendah

masih menunjukkan adanya interaksi yang signifikan. Nilai RMSD yang diperoleh

memberikan gambaran tentang keragaman posisi Neuglucobrassicin pada

reseptor. Rentang RMSD yang ditemukan dari 0.0 hingga 63.855 Å menunjukkan

kemungkinan adanya variasi dalam konformasi Neuglucobrassicin saat

berinteraksi dengan reseptor. Konformasi dengan RMSD yang lebih rendah

cenderung menunjukkan stabilitas interaksi yang lebih baik. Aktivitas biologis

yang diinginkan seperti antibakteri, antioksidan, dan anti-diabetes mellitus pada

hasil docking ini memberikan indikasi bahwa Neuglucobrassicin memiliki potensi

untuk berinteraksi dengan reseptor 3VSL yang relevan dengan mekanisme

aktivitas tersebut. Nilai afinitas pengikatan yang kuat dan keragaman posisi

Neuglucobrassicin pada reseptor menunjukkan kemungkinan untuk

mengoptimalkan struktur senyawa guna meningkatkan efikasi dan spesifisitasnya

sebagai agen terapeutik.

Tabel 23. Hasil Docking Quercetin

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa quercetin memiliki potensi

yang menarik dalam menetralkan radikal bebas sebelum merusak

Deoxyribonucleic Acid (DNA). Dengan nilai afinitas pengikatan (Binding Affinity)

yang berkisar antara -8.0 hingga -7.1 kcal/mol, quercetin menunjukkan

kecenderungan yang konsisten dalam berinteraksi dengan reseptor yang

ditargetkan. Posisi dengan afinitas pengikatan terkuat, yaitu -8.0 kcal/mol dengan

RMSD 0.0, menandakan adanya interaksi yang sangat stabil dan kuat antara

quercetin dan reseptor, menunjukkan kemungkinan adanya ikatan yang kuat

yang mampu menetralisir radikal bebas dengan efektif. Meskipun terdapat variasi

dalam RMSD, yang menunjukkan adanya variasi dalam posisi quercetin pada

reseptor, nilai afinitas yang signifikan secara konsisten menunjukkan bahwa

quercetin memiliki potensi untuk menjadi agen antioksidan yang efektif,

melindungi DNA dari kerusakan yang disebabkan oleh radikal bebas. Dengan

demikian, hasil ini memberikan wawasan yang berharga dalam pengembangan

potensi quercetin sebagai agen perlindungan DNA melalui interaksi dengan

target mekanisme yang ditentukan.

Tabel 24. Hasil Docking Salicylic acid

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

H-bonds Charge Hydrophobicity

 Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa salicylic acid memiliki afinitas

pengikatan yang cukup kuat terhadap reseptor 3VSL dengan nilai antara -5.7

hingga -5.0 kcal/mol. Nilai afinitas tersebut menunjukkan kemampuan senyawa

salicylic acid untuk berinteraksi dengan reseptor tersebut dalam mekanisme

antiinflamasi dan potensial dalam melawan bakteri patogen. Nilai RMSD terdapat

yang bervariasi namun pada satu konformasi tertentu dengan RMSD 0.0

interaksi terjadi secara optimal dengan reseptor tersebut. Variabilitas dalam

RMSD mungkin menandakan kemungkinan adanya posisi alternatif yang

diakomodasi oleh senyawa salicylic acid dalam berinteraksi dengan reseptor

yang menunjukkan fleksibilitas dalam mode pengikatan. Nilai afinitas yang

konsisten menunjukkan bahwa senyawa salicylic acid memiliki potensi untuk

menjadi agen antiinflamasi yang efektif dan juga dapat memiliki aktivitas

antimikroba yang berkontribusi terhadap penanganan infeksi bakteri patogen

Tabel 25. Hasil Docking Thiamine

Ligan Asli Hasil docking Aromatic

 H-bonds Charge Hydrophobicity

Ionizability SAS Bentuk 2D

Hasil docking Thiamine dengan target mekanisme untuk menghasilkan

efektivitas antibakteri pada bakteri Staphylococcus aureus terlihat bahwa

senyawa tersebut menunjukkan potensi dalam mengikat ke reseptor 3VSL. Nilai

afinitas pengikatan Thiamine bervariasi dari -5.2 hingga -4.5 kcal/mol

menunjukkan adanya perbedaan dalam kekuatan interaksi antara senyawa dan

reseptor. Interaksi dengan afinitas pengikatan -5.2 kcal/mol dan RMSD 0.0

menunjukkan adanya ikatan yang cukup stabil dan kuat antara Thiamine dan

reseptor yang dapat menjadi dasar untuk pengembangan potensial sebagai agen

antibakteri. Nilai RMSD yang bervariasi menunjukkan kemungkinan adanya

variasi dalam posisi Thiamine pada reseptor yang dapat mempengaruhi

efektivitas antibakterinya. Bakteri Staphylococcus aureus dikategorikan sebagai

lemah dalam respon hambatan pertumbuhan bakteri, hasil docking ini dapat

memberikan wawasan awal yang berharga untuk pengembangan lebih lanjut

dalam upaya mencari agen antibakteri yang efektif melawan bakteri ini.
 BAB 3. PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Proses docking 12 ligand sebagai senyawa brokoli (Brassica oleracea

Folium) terhadap PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus sebagai

protein target mendapatkan kesimpulan. Proses docking menggunakan software

PyRx-Vina, Discovery Studio Visualizer, dan Open Babel. Analisis energi afinitas

atau binding affinity yang dilakukan pada proses docking menghasilkan

kesimpulan bahwa antibakteri pada ligand Apigenin, Caulilexin C, Cinnamate,

Formononetin, Glucobrassicin, Glutation, Inositol, Kaempferol,

Neoglucobrassicin, Quercetin, Salicylic acid, Thiamine dapat mengatasi masalah

penyakit pada ikan disebabkan PBP3-Methicillin-Resistant Staphylococcus

aureus. Nilai affinitas paling rendah manandakan ikatan hidrogen paling erat

yaitu pada 3 senyawa ligand ; Glucobrassicin, Neoglucobrassicin, Quercetin Hal

tersebut didasarkan pada nilai ΔG terendah sebesar -8,6 kkal/mol pada ligan

Glucobrassicin, ligan Neoglucobrassicin sebesar -8,4 kkal/mol, dan ligan

Quercetin sebesar -8.0 kkal/mol. Hasil tersebut menunjukkan senyawa

Glucobrassicin pada brokoli dengan reseptor target saling berinteraksi dengan

kondisi energi yang paling rendah sehingga molekul berada pada kondisi stabil.

3.2 Ucapan Terima Kasih

Kami mengucapkan terima kasih yang tulus kepada Bapak Muhammad

Dailami, [Link]., [Link]. atas bantuan dan dukungan yang luar biasa selama

pelaksanaan kajian ini. Bantuan beliau sangat berarti bagi kami dan telah

memungkinkan kami untuk mencapai hasil yang diharapkan. Kami juga ingin

menyampaikan penghargaan yang mendalam kepada semua pihak yang terlibat

dalam penelitian ini, meskipun mereka tidak tercantum sebagai penulis utama

dalam naskah ini. Dukungan dan kontribusi anda, baik secara langsung maupun

tidak langsung, sangat berharga bagi kesuksesan penelitian ini. Kami sangat

menghargai setiap upaya dan bantuan yang telah diberikan, yang tanpa mereka,

penelitian ini tidak akan dapat terlaksana dengan baik.

3.3 Kontribusi Penulis

Kontribusi I Made Kresna Denanta (melakukan docking Apigenin dan

Caulilexin C serta analisis data dan menulis laporan hasil). Lilian Diah Apriliani

(melakukan docking Formononetin dan Glucobrassicin serta menganalisis hasil

dan membuat kesimpulan). Sitti Aisyah (melakukan docking Glucobrassicin dan

Glutation serta menyiapkan alat dan bahan). Ni Putu Anggun Larasati

(melakukan docking Inositol dan Kaempferol serta melakukan preparasi

reseptor). Mohammad Bagus Ramadhani (melakukan docking Neoglucobrassicin

dan Quercetin serta preparasi ligan). Asy-Syfa` Rahma Nur`Aini (melakukan

docking Salicylic acid dan Thiamine serta menganalisis hasil docking dan

membuat tabel kompreventif diosmin).

 DAFTAR PUSTAKA

Amin, S., Rianty, A. D., & Hidayat, T. (2024, January). Studi in silico senyawa
yang terkandung dalam tanaman artemisin (Artemisia annua L.) sebagai
anti SARS-COV2. In Perjuangan Nature Pharmaceutical Conference, 1(1)
1-24.

Estiasih, T., Ahmadi, K., & Santoso, V. (2021). Senyawa bioaktif dan potensi
bekatul beras (Oryza sativa) sebagai bahan pangan fungsional. Teknologi
Pangan: Media Informasi dan Komunikasi Ilmiah Teknologi Pertanian,
12(1), 30-43.

Fatharanni. M. O. & Anggraini., D. I.(2017). Efektivitas brokoli (Brassica Oleracea

var. Italica) dalam Menurunkan Kadar Kolesterol Total pada Penderita
Obesitas. Jurnal Majority, 6(1), 64-70.

Ginting, E. C. N., & Chiuman, L. (2020). Perbandingan potensi antioksidan

pemerangkapan No Dan Oh ekstrak kulit Buah Naga dengan senyawa
Kaempferol. Jurnal Ilmiah METADATA, 2(2), 93-99.

Jamaludin, M., et al. (2016). Identification and characterization of Staphylococcus

aureus from farmed catfish (Pangasius hypophthalmus) in Indonesia.
Aquaculture Research, 47(10), 3080-3086.

Manna, A., Laksitorini, M. D., Hudiyanti, D., & Siahaan, P. (2017). Molecular
docking of interaction between e-cadherin protein and conformational
structure of cyclic peptide ADTC3 (Ac-CADTPC-NH2) Simulated on 20 ns.
J. Kim. Sains dan Apl, 20(1), 30-6.

Nur, S. (2019). Patologi Ikan: Konsep, Diagnosa, dan Pengendalian Penyakit.

IPB Press. Bogor.

Paryati, P., et al. (2021). Molecular docking prediction of broccoli (Brassica

oleracea Folium) compounds as potential antibacterials against
methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Biodiversitas,
22(10), 1895-1901.

Peres, H., C. Limb, P. H. Klesius. 2004. Growth, chemical composition and

resistanceto Streptococcus iniae challenge of juvenile Nile tilapia
(Oreochromis niloticus) fed graded levels of dietary inositol. Aquaculture,
235(1),423-432.

Sari, D. P., & Al Basyarahil, B. (2021). Analisis zona hambat Ekstrak Brokoli
(Brassica oleracea L. Var. Italica) terhadap bakteri Staphylococcus
aureus. Indonesian Journal Pharmaceutical and Herbal
Medicine, 1(1), 34-38.
Sari, I. W., Junaidin, J., & Pratiwi, D. (2020). Studi molecular docking senyawa
Flavonoid Herba Kumis Kucing (Orthosiphon Stamineus B.) pada reseptor
Α-Glukosidase Sebagai Antidiabetes Tipe 2. Jurnal Farmagazine, 7(2),
54- 60.

Setiawan D & Felix A. 2013, Fakta Ilmiah Buah dan Sayur.

Penebar Swadaya Grup. Jakarta.

Setiawan, H., & Irawan, M. I. (2017). Kajian pendekatan penempatan ligan pada
protein menggunakan algoritma genetika. Jurnal Sains dan Seni ITS, 6(2),
A68-A72.

Sudirman, S., Nurjanah, A. M. J., & Jacoeb, A. M. (2016). Identifikasi struktur

senyawa antioksidan buah lindur. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan
Indonesia, 19(2), 94-99.

Syafnir, L., & Maulana, I. T. (2022, August). Perbandingan aktivitas antibakteri

ekstrak Etanol Bunga Brokoli (Brassica oleracea var. italica Plenck) dan
Kembang Kol (Brassica oleracea var. botrytis DC.) terhadap
Propionibacterium acnes. In Bandung Conference Series:
Pharmacy, 2(2),919-925).

Yulliana, T. I. (2023). Formulasi dan uji antioksidan sheet mask ekstrak brokoli
(Brassica Oleracea Var. Italica) Dengan Metode ABTS. An-Najat, 1(4),
10-28.