LEMBAR KERJA PRAKTIKUM 3
Mata Kuliah Instrumentasi Biologi dan Lingkungan
Nama : Sumihartati Simbolon Asisten: Anggi Yudiastuti Safitri (G34180005)
NIM : G34190039 Asih Desi Sartika (G34180010)
Hari, Tanggal : Rabu, 9 Februari 2022 Hasna Putri Shalihah (G34180063)
Kelompok : 8/P1 Veronica Septyani (G34180075)
PENGGUNAAN APLIKASI IMAGEJ
A. Tutorial Dasar ImageJ
ImageJ merupakan software yang dimanfaatkan dalam bidang morfometrika. Aplikasi
ImageJ yang sudah didownload sebelumnya dibuka menggunakan komputer atau laptop.
Kemudian file gambar yang akan diukur dan file mikrometer yang akan dikalibrasi
disiapkan. Kedua file di-drag di-drop ke dalam ibar ImageJ. Kalibrasi dilakukan dengan
klik tanda garis pada bar ImageJ kemudian membuat garis pada mikromter, misalnya 100
𝜇𝑚 selanjutnya diarahkan ke tool analyses kemudian diklik set scale. Jika langkahnya
telah benar, akan muncul kotak yang perlu diganti known distance menjadi 100 (sesuai
kalibrasi awal), bagian unit of length menjadi 𝜇𝑚, ceklis bagian global, lalu klik OK.
ImageJ juga memungkinkan untuk mengukur objek pada gambar. Pengukuran dapat
dilakukan dengan mengklik tanda garis pada bar kemudian garis ditarik pada objek yang
akan diukur tersebut. Selanjutnya, diklik analyses kemudian measure. Hasil berupa
panjang dan sebagainya akan muncul pada layar. Tanda polygon, bulat, atau forehand pada
bar ImageJ dapat digunakan untuk mengukur luas suatu objek. Tahapannya mengikuti
tahap pengukuran sebelumnya dengan mengklik analyses kemudian measure. Untuk
membuat scale bar dapat dilakukan dengan mengklik ikon magic montage pada bar paling
kanan, kemudian diklik bar mikrometer. Akan muncul tampilan ukuran scale bar yang
dapat diatur nilai maupun tampilannya di gambar. Gambar dan data yang tertera pada salah
satu bar dapat disimpan dalam bentuk excel.
B. Kuantifikasi Warna dengan ImageJ
ImageJ dapat digunakan untuk mengkuantifikasi warna pada gambar. Pertama, aplikasi
ImageJ dibuka sehingga gambar dan obje bar ImageJ muncul. Selanjutnya, pada bagian
Image dipilih Type menjadi 8 bit, sehingga tampilan gambar objek berubah menjadi hitam-
putih. Dari ikon analyse dipilih calibrate dengan memasukkan data Gray value (OD) yang
sebelumnya sudah tersedia di Excel ke dalam kolom yang disediakan dan pada bagian
Function dipilih kalibrasi roadboard, lalu OK. Input nilai Gray value dan gray berfungsi
sebagai acuan nilai apabila nantinya dilakukan pengukuran kuantitas warna objek.
Pengukuran dapat dilakukan dengan menggunakan tanda rectangel pada bar sebagai
penanda area yang diukur kuantitas waranya pada objek gambar. Hasil pengukuran dapat
dilihat pada analyse kemudian measure. Hasil muncul berupa tabel yang mengandung nilai
rata-rata dan OD suatu area pada objek yang diukur. Cara lain adalah dengan mengklik
analyse ke histogram yang menghasilkan grafik. Nilai grafik dapat diketahui langsung
dengan mengarahkan kursor pada benda kemudian diklik live pada histogram. Hasil
pengukuran dapat dicopy dan disimpan dalam file excel untuk analisis lebih lanjut.
C. Analisis Pita Elektroforesis dengan ImageJ
Kuantifikasi pita DNA hasil elektroforesis menggunakan parameter densitas pita,
semakin terang maka densitasnya semakin tinggi demikian sebaliknya. Tahap pertama
dimulai dengan memasukkan gambar hasil elektroforesis ke bar imageJ kemudian warna
latar belakang diubah diubah menjadi gelap dan pita DNA menjadi terang melalui menu
Edit dan Invert. Masing-masing fraksi DNA secara keseluruhan diukur densitas
integrasinya melalui menu analyse kemudian measure. Sebagai catatan, pada menu
measurements hanya parameter integrated density yang diceklis. Dari tiap fraksi yang ada,
blok urease yang tampak seperti kolom pada jajaran yang sama antar semua fraksi diukur
kemudian nilainya akan digunakan sebagai perbandingan. Hasil pengukuran dapat
disimpan dalam excel untuk dianalisis lebih lanjut. Berdasarkan video, diperoleh data
tingkat densitas tiap fraksi berbeda-beda. Urutan densitas terendah hingga tertinggi aalah
5, 4 2, 3. Fraksi pertama tidak memiliki nilai densitas sama sekali karena tidak ada pita
yang terbentuk.
Gambar 1. Antena serangga yang telah di-invert dan diukur luas segmennya
menggunakan Image J
Tabel 1. Luas segmen antena serangga melalui pengukuran ImageJ
Segmen Luas (𝝁𝒎)2
1 2.489,449
2 1.875,472
3 1.468,096
4 896,636
5 950,964
6 881,834
7 877,268
8 862,938
9 1.714,065
Mean 1.335,191
SD 587,754
Min 862,938
Max 2.489,449
Pengukuran yang dilakukan terhadap luas segmen antena serangga menggunakan aplikasi
ImageJ menunjukkan rata-rata luas segmen ±1335 𝜇𝑚2. Tiga segmen pertama (1,2,3)
memiliki luas segmen paling besar dan cenderung menurun pada segmen 5,6,7,8 namun
meningkat kembali pada segmen 9 yang dekat dengan pangkal antena.