Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi

Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

Aplikasi DNA Microarray dalam Riset Kanker

Farida Falaivi
Supri Irianti Handayani ABSTRAK
Perkembangan genomik telah membuka banyak jawaban
Departemen Patologi Anatomik mengenai fungsi DNA pada manusia. Pada dasawarsa 90-an Pat
Fakultas Kedokteran Brown dan kawan-kawan mengembangkan tehnik DNA microarray.
Universitas Indonesia Teknologi microarray ini kita mampu memperoleh ribuan ekspresi
gen dari satu sampel dalam satu waktu. Microarray ada dalam
berbagai jenis. Jenis klasik yang dikembangkan pertama kali
adalah spotted microarray yang saat ini masih banyak digunakan di
laboratorium. Selain itu teknologi ini juga telah diproduksi secara
pabrikan dan telah dikomersialkan khususnya affymetrix GeneChip
dan ink jet printing microarray. Langkah-langkah yang harus
diperhatikan dalam menggunakan teknologi ini, terutama pada
tehnik hibridisasi sehingga kita memperoleh data yang baik dan
bisa dilakukan analisa pada data tersebut. Alat ini juga
menggunakkan proses komputerisasi yang canggih baik dalam
proses, scanning maupun analisa data. Microarray telah digunakan
dalam berbagai bidang baik biologi molekuler, farmakologi dan
kesehatan khususnya kanker. Microarray digunakan untuk
diagnosis, prognosis maupun dalam menentukan terapi. Teknologi
ini sangat bermanfaat, tetapi masih mempunyai kekurangan,
sehingga masih terus disempurnakan khususnya pada langkah
analisa data.

Kata kunci : DNA, microarray, kanker.

PENDAHULUAN
DNA adalah molekul yang mengandung informasi genetik
yang dibutuhkan untuk perkembangan dan fungsi dari suatu
organisme. DNA pada perjalannya jika terjadi variasi ataupun
mutasi dapat menyebabkan penyakit genetik dan kanker yang
2
sangat merugikan kehidupan manusia. Menemukan dan
mengartikan informasi genetik pada DNA, serta memahami
bagaimana molekul tersebut dapat mengatur keragaman hidup
merupakan tujuan utama dari semua ilmuwan serta dapat
memberikan keuntungan pada ilmu kesehatan, sehingga pada
akhirnya kita dapat mengetahui dan memahami banyak penyakit
1
serta bagaimana cara mengobati dan mencegahnya.
Dahulu para ilmuwan harus bekerja keras untuk
mendapatkan sedikit data yang dapat membantu untuk menegak-
kan hipotesis. Pemeriksaan genom membutuhkan waktu yang lama
dan hanya memperoleh sedikit data yang berkaitan dengan genom,
sehingga para ilmuwan pada masa itu menjadi kurang produktif.
Setelah perkembangan era genomik, teknologi DNA
Microarrays memberikan perubahan pada berbagai bidang ilmu
khususnya bidang biologi. DNA microarray memungkinkan kita
memper-oleh kemampuan untuk dapat melihat ribuan ekpresi gen
dalam satu observasi. Hal ini kita namakan profil ekspresi gen,
1
semua penting karena merupakan set dari ekspresi gen yang
3
menentukan fenotip dari suatu sel.

32 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

Sebelum tahun 1995, seorang peneliti yang digunakan. Dalam tulisan akan dibahas
hanya dapat mengeksplorasi sedikit ekspresi berdasakan teknologi yang dipakai pada micro-
gen dalam satu waktu. Dua grup peneliti dari array yaitu robotic spotting, photolithographic
universitas Stanford yang di ketuai oleh Patrick dan inkjetprinting. Teknologi robotic spotting
11
Brown, MD, PhD mengembangkan teknologi digunakan oleh spotted microarray. Teknologi
4
microarray. Microarray Stanford adalah sebuah photolithographic dapat kita lihat padaGeneChip
slide kaca dengan ribuan titik-titik halus yang Affymetrix dan Nimblegen. Inkjet Printing
12
mengekspresikan gen, dan menerangkan digunakan oleh Agilent microarray dan Canon.
sampai di level berapa gen dapat diekspresi- Semua tipe efektif dalam menghasilkan data
5,6
kan. genomik, tetapi masing-masing tipe mempunyai
1
DNA microarray merupakan pemeriksa- kelebihan dan kekurangan. Kami hanya akan
an DNA dengan urutan: 1) mempersiapkan membahas tiga microarray yang paling banyak
sampel dan meletakannya pada permukaan digunakan saat ini.
padat 2) dilakukan tehnik hibridisasi 3) scanning
dengan menggunakan laserdan data yang 1. Spotted Microarray
7
diperoleh dikumpulkan serta dianalisa. Tekno- Spotted microarray adalah microarray
logi ini dapat memprofil setiap gen yang ada, pertama yang masih digunakan sampai saat
13
dimana satu pasien dapat menghasilkan ini. Pertama kali dikembangkan oleh Pat
>25.000 data, sehingga membuat para ilmuwan Brown dan teman-teman di laboratorium
14
mengalami kesulitan dalam menganalisa data Stanford. Tipe ini sering disebut dengan
tersebut. Saat ini banyak metode yang telah “homemade microarray” karena pada umumnya
dikembangkan untuk membantu menganalisa semua proses pada eksperimen dilakukan
data yang didapat, walaupun masih belum sendiri oleh peneliti termasuk pada pembuatan
8 15
sempurna. kontrol dari sampel sel normal.
Penemuan DNA microarray sangat Langkah pertama pada penggunaan
membantu perkembangan berbagai bidang spotted microarray yaitu membuat probe untuk
khususnya kesehatan. Aplikasi ini masih diletakan di array. Probe yang digunakan pada
mempunyai banyak potensi untuk dapat diguna- spotted microarrayadalah:1) cDNA 2) pre
kan dalam identifikasi penyakit genetik yang sintesis oligonukleotida 3) produk PCR berupa
komplek, deteksi mutasi atau polymorfisme, fragmen kecil yang sesuai dengan mRNA.
penemuan obat baru serta penggunaannya Khususspotted cDNA array perlu dilakukan
4
dalam ilmu toksikologi. Bidang onkologi juga amplifikasi dengan PCR, kemudian diambil oleh
telah aktif menggunakannya sejak tahun 2000 robotic spotting (Gambar 1) dan diletakan ke
1,11,12,14,16
dan cukup sukses menggunakan microarray permukaan yang padat (Gambar 2).
untuk membedakan jenis dan mengidentifikasi Panjang probe yang digunakan pada array ini
1
jenis sel kanker, prognosis dan diharapkan adalah 500-5.000 basa.
suatu hari nanti kita dapat mengobati kanker Teknologi microarray merupakan tekno-
9
sesuai dengan ekspresi gen. logi komparatif yang akan membandingkan dua
1,15
DNA microarray saat ini masih berusaha sampel (Gambar 3). Sampel pertama sel
dikembangkan terutama dalam cara analisa normal yang akan digunakan sebagai kontrol
8
data yang didapat dari hasil eksperimen. Makin dan sampel kedua berasal dari sel yang akan
banyaknya penggunaan teknologi ini pada diperiksa (kasus). Kemudian pada kedua
berbagai macam penelitian, menjadi alasan sampel akan dilakukan isolasi RNA dan akan
pembahasan dari makalah ini. Tulisan ini diubah menjadi cDNA dengan tehnik reverse
bermaksud membahas secara umum tentang transcription. Selama proses ini dilakukan juga
1
DNA micoarray serta penggunaan aplikasinya labeling pada cDNA. Proses dilanjutkan dengan
terutama dengan penyakit kanker. meletakkan label pada array untuk dilakukan
hibridisasi. Tehnik hibridisasi yang digunakan
Tipe DNA microarray adalah hibridisasi kompetitif karena kita meng-
Beberapa jenis DNA microarray telah gunakan dua cDNA dari dua sampel pada array
10 13,17
digunakan dalam banyak penelitian. DNA yang sama. Hasil hibridisasi akan discanning
12
microarray dibagi dalam beberapa kategori yaitu dan dilakukan analisa.
1) berdasarkan metode pelabelan yang diguna- Teknik spotted menggunakan metode
kan 2) probe yang digunakan serta 3) teknologi dua warna yaitu sampel dari sel normal

33 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

menggunakan CY3 yang akan menimbulkan sekuen yang identik kecuali pada satu
fluoresensi hijau dan sampel kasus kita berikan nukleotida yang terletak di posisi tengah base.
2
CY5 yang menimbulkan fluoresensi merah. Pasangan probe yang unik ini membantu dalam
Pembacaan array dilakukan dengan laser identifikasi, hibridisasi substrat yang tidak
scanning. Warna merah mengindikasi gen spesifik dan sebagai latar belakang sinyal.
terekspresi secara kuat (up regulated). Warna Berbeda dengan spotted array yang tidak
hijau mengindikasi gen tidak terekspresi (down memiliki kontrol yang sama untuk setiap
21
regulated). Warna kuning menunjukkan ekspresi transkripsi.
gen berada diantaraekspresi kuat dan tidak Proses penggunaan affymetrix dimulai
terekpresikaan. Warna hitam menunjukkan gen dengan isolasi RNA kemudian mengubahnya
tidak aktif karena tidak membentuk ikatan menjadi cDNA dengan prosese reverse
18
dengan cDNA di array. transcription. Dilakukan labeling cDNA serta
Spotted microarray mempunyai keun- fragmentasi. Proses selanjutnya, cDNA diletak-
tungan harganya relatif murah dibandingkan kan pada geneChip dan dilakukan hibridisasi.
dengan microarray lainnya. Kita dapat menggu- Setelah selesai melewati proses hibridisasi array
nakan aplikasi ini untuk meneliti sampel dari di cuci kemudian di scanning, serta dilakukan
19,23
berbagai spesies. Kelemahan yang dimiliki tipe analisis data (Gambar 4).
ini yaitu, pada proses pewarnaan dapat terjadi Microarray ini menggunakan metode
bias karena kita menggunakan tipe dua warna. satu warna fluoresen yang diikat pada target
21
Proses ini memiliki subjektivitas tinggi tidak molekul. Penggunaan teknik yang tinggi pada
seperti geneChip affymetrix karena setiap tahap microarray ini, membuat array ini disebut
10,19
dilakukan oleh peneliti sendiri. sebagai microarray dengan densitas yang
24
tinggi. Kekurangan dari teknologi ini adalah
2. Affymetrix Gene Chip memiliki harga yang relatif mahal, dimana satu
Affymetrix genechip adalah salah satu chip hanya dapat digunakan untuk satu
19
tipe microarray yang dibuat menggunakan sampel.
tehnik sintesis in situ oligonukleotida dengan
13
teknologi photolithographic. Affymetrix telah 3. Ink-jet teknologi (Agilent)
1
dikomersilkan dan diproduksi secara pabrikan. Agilent merupakan microarray yang
Chip ini telah menerima pengakuan sebagai menggunakan teknologi ink jet printing dengan
metode terbaik dalam menentukan profil eks- bahan kimia phosphoramidite (Gambar 5).
10
presi gen. Agilent mengunakan probe oligonukleotida
Setiap chip microarray memiliki luas dengan panjang 60-mer lebih panjang dari yang
2
1,28x1,28 cm dan mengandung fitur digunakan di affimetrix dan lebih pendek
20umx20um. Ukuran ini dapat menampung lebih dibandingkan spotted. Agilent dapat menggu-
dari 400.000 oligonukleotida yang mewakili nakan metode dua warna atau satu warna,
12.000 transkrip dan dapat dibaca dalam satu tetapi umumnya yang digunakan adalah metode
10,13
chip saja (Gambar 4). Affymetrix menggunakan dua warna.
probe oligonukleotida dengan panjang 25-mer
yang akan disintesis secara in situ pada Tahapan Pemrosesan ( Workflow)
permukaan slide dari chip. Selubung photo- 1. Persiapan dari sampel
litography yang juga digunakkan pada Isolasi RNA
pembuatan chip semikonduktor, berfungsi untuk Eksperimen dengan DNA microarray
mengontrol cahaya langsung yang dapat menggunakan sampel sel normal dan sel yang
mengganggu sintesis DNA sehingga kita dapat akan diperiksa (contoh nya sel kanker). Sampel
membaca urutan oligo yang sudah dibangun dapat diambil dari bank jaringan, hewan
satu nukleotida pada lokasi yang sudah percobaan, sel kultur atau langsung dari pasien.
ditetapkan di permukaan chip. Affymetrix Khususnya pada penelitian dengan sel kanker
menggunakan satu set probe untuk menilai sampel yang digunakan dapat berupa jaringan
1,20
ekspresi dari suatu gen. Setiap set probe beku atau jaringan parafin (formalin fixed
mengandung satu pasangan sempurna oligo- embedded tissue (FFPE) yang diambil dengan
nukleotida (PM, perfect match) dan sebuah tehnik operasi, atau sampel dari sitologi. Sampel
pasangan yang tidak sempurna oligonukleotida tersebut akan diproses dan dilakukan pulasan
(MM, mismatch). PM dan MM merupakan dan kemudian akan dilakukan pemotongan

34 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

dengan Laser Capture Microdissection (LCM) Dua metode pewarnaan yang diguna-
untuk mendapatkan sel kanker yang akan kan yaitu pewarnaan secara langsung dan tidak
26-29
diekstrasi (Gambar 6). Penggunaan metode langsung. Metode langsung melibatkan peng-
LCM telah digunakan pada studi kanker gabungan label Cy3 atau Cy5 dengan dUTP
29
prostat, leukemia dan pada jaringan tumor cDNA pada saat proses reverse transcription.
26
yang tidak diketahui lokasi primernya. Metode ini yang paling sering digunakan dalam
Kualitas RNA yang baik menjadi syarat penelitian, tetapi kekurangan dari metode ini
2
utama pada eksperimen dengan microarray. adalah lemahnya penggabungan Cy5 dengan
RNA dapat diekstrasi dari sampel jaringan atau nukleotida dibandingkan dengan label Cy3,
2
sel dengan prosedur ekstrasi organik yang sehingga dapat terjadi bias.
umum dimiliki laboratorium biologi molekuler. Cara tidak langsung menggunakan
Keduanya baik total RNA atau mRNA dapat sebuah modifikasi amino-allyl dari nukleotida.
digunakan. Jumlah total RNA yang diperlukan Sebuah molekul yang lebih kecil dibandingkan
9
sekitar 20µg dan 0,5µg untuk mRNA. Dengan Cy- dCTP, sehingga reaksi trankripsi lebih
dihasilkannya total RNA atau mRNA yang baik, effisien. Melalui proses reverse transcription,
menjadi faktor penentu pada proses labeling cDNA bereaksi dengan ester pada label,
dan hibridisasi, karena protein selular, lipid serta sehingga pewarna dapat terikat dengan dCs di
sakarida dapat menjadi mediator ikatan non cDNA. Keuntungan menggunakan metode tidak
spesific antara cDNA yang telah terfluoresensi langsung setiap label mempunyai kesempatan
11
dengan permukaan padat. Dihilangkannya yang sama terikat dengan target. Setelah
residu dari genom DNA juga dapat meningkat- dilakukan pelabelan perlu dilakukan purifikasi
kan sensitifitas dari hibridisasi dan menurunkan untuk menghilangkan label yang tidak terikat
30 30
ikatan non spesifik serta latar belakang . pada latar belakang.

Amplifikasi RNA sampel 2. Hibridisasi

Fluoresensi yang adekuat didapatkan Hibridisasi adalah proses inkubasi dari
jika jumlah total RNA yang dibutuhkan sebesar mRNA yang telah terlabel fluoresen dengan
20-200µg (2-5µg jika menggunakan poly-mRNA) probe yang ada di microarray. Fluoresen dari
per target dan per array. Tujuannya untuk mRNA target dihibridisasi dengan cDNA probe
mendapatkan profil ekspresi gen dengan yang ada pada slide dan ditentukan jumlah dari
menggunakan sel sesedikit mungkin, jika perlu immobilisasi fluoresen dan radioaktivitasnya.
hanya menggunakan satu sel saja. PCR Hibridisasi dari probe yang terlabel sebaiknya
30
merupakan metode yang paling direkomendasi- dilakukan secara linier, sensitif dan spesifik.
kan untuk melakukan amplikasi pada cDNA Hibridisasi biasanya dilakukan pada
2 0 0
rantai tunggal. suhu 45 dan 65 C, tergantung dari array yang
digunakan. Microarray yang menggunakan
Labeling probe oligonukleotida, suhu yang dipakai
11
Sampel RNA diubah dengan reverse tergantung dari panjang probenya.
transcriptase, sebuah oncoretroviral enzim yang Slide akan dicuci setelah proses
menggunakan mRNA sebagai template untuk hibridisasi selesai. Tujuan dilakukannya proses
22
sintesis cDNA rantai tunggal. Sampel mRNA pencucian ini untuk menghilangkan kelebihan
berikatan dengan poly-T primer dan menyebab- cairan hibridisasi pada microarray, sehingga kita
kan dimulainya proses reverse transcription dari dapat memastikan pengukuran hanya dilakukan
signal polyadenylation di regio 3’ untranslated pada target label yang ada di microarray. Kedua
(UTR) di mRNA. Larutan akan ditambahkan untuk meningkatkan kekuatan eksperimen
asam nukleat untuk reaksi transkripsi (dA, dC, dengan menurunkan hibridisasi silang. Proses
dG dan dT) dan proporsi dCTP (atau terkadang pencucian dapat dilakukan dengan mengguna-
dUTP digunakan sebagai dT) tempat dimana kan sabun rendah garam atau dengan
11
label fluoresen cy akan diikat secara kovalen. temperatur tinggi.
Berarti “C” di produk cDNA mempunyai ikatan
dengan fluorophors Cy. Harus selalu ada kom- 3. Pembacaan hasil
plemetari pada akhir 3’ mRNA, baik pada cDNA Proses selanjutnya setelah dilakukan
atau oligonukleotida yang digunakan pada array hibridisasi dan pencucian pada microarray
30
atau label akan tidak bisa terdeteksi. dilakukan pembacaan data dengan scanner.

35 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

Scanner akan membaca intensitas signal yang menentukan mekanisme terapeutik dari agen,
ditangkap dari semua titik dislide. Proses ini mengetahui target serta respon terapi dari obat
dikontol oleh komputer yang membaca scanning pada tiap individu. Ditingkat yang lebih tinggi
fluoresen dengan dua atau lebih sistem teknologi ini dapat digunakan untuk mengukur
iluminasi laser (Gambar 7). Hibridisasi dengan derajat toksisitas, efek samping, resistensi
3,9,27,36
target fluoresen distimulasi oleh laser. Pancaran (terutama pada penyakit kanker).
cahaya fluoresensi akan ditangkap oleh CCD SNP microarray yang didesain untuk
kamera, noncofocal atau confocal scanner laser. mendeteksi adanya satu nukleotida yang
Scanner yang menggunakan laser hijau dan berbeda dari sampel sebuah genom. Frekuensi
merah untuk label Cy3 dan Cy5 memberi image terjadinya SNP 1 berbanding 1000 pada
16-bit TIFF yang terpisah untuk setiap manusia dan menjadi dasar adanya perbedaan
30,31
chanel. tiap individu. Identifikasi serta mapping SNP
DNA microarray dapat memberikan dapat memberikan dasar genetik untuk mende-
banyak data, sehingga kita memerlukan analisa teksi penyakit genetik dan efek lingkungan pada
9
statistik dan matematika yang baik agar manusia. Contohnya Wang et al (2001) dikutip
3
diperoleh hipotesis reliable dan hasil yang baik. dari Somasundaram , telah berhasil mengiden-
Langkah pertama dari analisa data dengan tifikasi SNP pada 5’ untranslated region dari
memproses image. Image yang diperoleh dari RAD51, gen yang mungkin dapat meningkatkan
scanner merupakan data mentah dari eks- resiko kanker payudara dan menurunkan resiko
perimen microarray. Alogaritma pada komputer kanker ovarium dari pembawa mutasi BRCA 2.
akan mengubah data tersebut menjadi data Bidang forensik juga telah menggunakan SNP
3
numerik (Gambar 8). Langkah kedua dilakukan array ini untuk DNA fingerprinting.
normalisasi, menghilangkan data nonbiological CGH microarray dapat digunakan
dari data biological, termasuk ketidakseim- mendeteksi adanya amplifikasi gen atau delesi
bangan kuantitas pada RNA. Terakhir dilakukan yang merupakan dasar pertumbuhan kanker.
identifikasi gen yang terekspresi. Metode Kita juga dapat menggunakan aplikasi ini untuk
statistikdigunakan mengukur besar ekspresi melihat adanya pengaturan ulang genomik atau
30,32
gen. abnormalitas yang dapat menyebabkan terjadi-
nya penyakit serius pada manusia seperti
.9
Penggunaan DNA Microarray trisomi.
Penemuan DNA microarray membuat
penelitian dalam studi genom yang berkaitan Aplikasi DNA microarray pada kanker
dengan ekspresi gen yang timbul baik pada DNA microarray digunakan dalam studi
keadaan sehat, sakit, ataupun respon akibat ekspresi gen di kanker sel. Profil ekspresi gen
dari bebagai stimulus menjadi lebih kompre- ini dapat digunakan untuk identifikasi tumor,
hensif dan inklusif. Kemampuannya dalam klasifikasi tumor, identifikasi tumor supresor gen,
3
membaca ekspresi gen di berbagai keadaan, prognostik, dan pengobatan pada tumor.
membuat teknologi ini banyak dipilih oleh Tahun 2010, Zhang et al melakukan
33
peneliti di berbagai bidang. penelitian menggunakan microarray untuk
Secara umum microarray biasa diguna- memprofil transcriptome dari sampel saliva yang
kan dalam analisa ekspresi gen untuk mencari berasal dari pasien tumor pankreas. Tujuannya
titik mutasi (analisa single nucletide poly- adalah menemukan biomarker baru yang lebih
morphism (SNP) yang dapat menyebabkan sensitif yang dapat membedakan antara tumor
variasi pada makhluk hidup dan comparative pankreas dan pankreatitis kronik. Peneliti
genomic hybridization (CGH). Selain digunakan berhasil menemukan bahwa saliva dapat
oleh bidang biologi molekuler dan genomic, digunakan untuk mendeteksi kanker pankreas.
microarray juga banyak digunakan pada Metode ini lebih mudah dilakukan, noninvasive,
penelitian farmakogenomik, penyakit genetik, serta memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang
infeksi, klasifikasi dan diagnosis kanker, serta lebih tinggi. Perubahan yang terjadi pada mRNA
34,35
forensik khususnya pada identifikasi genetik. dari saliva antara kelompok kanker dan kelom-
Perkembangan dari genomik dan pok kontrol dapat digunakan sebagai biomarker
bidang biokimia mengarahkan ke penemuan untuk mengidentifikasi kanker pankreas. Dari 12
obat baru, yang lebih efektif dan aman diguna- biomarker mRNA yang divalidasi, beberapa gen
kan. Profil ekspresi gen dapat digunakan untuk seperti, MBD3L2,GLTSCR2 dan TPT1 telah

36 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

dihubungkan dengan karsiogenesis (Gambar sirkulasi darah atau sistem limfe. Meskipun
37
9). demikian saat ini dipercaya bahwa mutasi
Beberapa peneliti juga telah berhasil beberapa gen dapat terlibat pada perubahan
membuat klasifikasi tumor menjadi bebarapa non-metastasis tumor menjadi metasatasis
kelas atau grup yang dapat diimplikasikan untuk tumor, tetapi hanya beberapa gen saja yang
3 3
terapi menggunakan microarray. Golub et al berhasil diketahui. Dikutip dari Somasundaram,
(1999) menganalisa ekspresi dari 6800 gen dari microarray based expression profiling juga telah
sumsum tulang 38 pasien leukemia akut ( 27 digunakan oleh Khanna et al (2001) untuk
dengan acute limfoblastic (ALL) dan 11 dengan mempelajari metastasis di osteosarkoma,
acute myeloid (AML)). Hasilnya didapatkan 50 kanker kolonrektal oleh Yanagawa et al (2001)
gen yang level ekspresinya berbeda antara ALL dan metastasis di otak oleh Nishizuka et al
dengan AML (Gambar 10). Meskipun dalam (2002). Pendekatan genomik ini akan membantu
keseharian, kita tidak mengalami kesulitan yang kita dalam mengidentiikasi gen dari keluarga
bermakna dalam menegakkan diagnosis pada dan proses molekuler serta seluler yang
penyakit ini, tetapi penelitan ini dapat mem- kompleks, yang berperan dalam metastasis
buktikan bahwa ekspresi gen dapat digunakan tumor. Keberhasilan kita dalam mengetahui gen
14,38
untuk mengklasifikasikan kanker. Rickman et yang berperan dalam metastasis dapat mem-
3
al (2001) dikutip dari Somasundaram , dapat bantu menentukan resiko pasien mengalami
mengidentifikasi profil ekspresi yang berbeda suatu metastasis, prognosis dan mengetahui
3
dari kelas tertinggi dan kelas terendah dari terapi yang tepat untuk mengobatinya.
glioma. Penelitian ini menggunakan array oligo- Kanker dari sumber yang tidak diketahui
nukleotida yang mengandung 6.800 gen. (CUP, Carcinoma of unknown primary) adalah
Mereka berhasil mengidentifikaasi 360 gen suatu metastasis kanker yang tidak diketahui
sebagai penanda molekuler yang dapat dimana tumor primernya berada. Sekitar 3-5%
membedakan antara glioblastoma multiforme dari diagnosis kanker di AS dikategorikan
(GBM) yang sangat ganas agresif dengan yang sebagai CUP. Keberhasilan dalam mengidentifi-
3
lambat. kasi letak tumor primer dapat membantu dalam
39
Perou et al (2000) dikutip dari Wadlow, pengobatan kanker, sehingga prognosis dan
melaporkan hasil penelitiannya mengenai hasilnya menjadi lebih baik. Konsep pada
klasifikasi molekular dari 65 spesimen adeno- eksperimen ini adalah membandingkan ekspresi
carcinoma payudara yang berasal dari 42 gen pada CUP dengan database ekspresi gen
pasien. Secara hiraki, berdasarkan dari pola tumor sehingga kita dapat mengetahui tipe
ekspresi gen, analisis cluster didefinisikan tumor dan asal organnya. Metode tes meng-
sebagai subtipe yang terpisah di kelas tumor gunakan microarray berbasis ekspresi gen (The
yang sangat heterogen. Satu merupakan Pathwork *Tissue of Origin Test from Pathwork
subtipe yang telah dikenal (kanker Erb-B2), and Diagnostic, Reedwood City, CA) untuk meng-
tiga lainnya adalah subtipe yang tidak dikenal evaluasi asal tumor dari CUP dan telah
sebelumnya (receptor-positif estrogen/luminal- mendapatkan persetujuan dari FDA tahun 2010.
like cancers, basal-like cancers, dan normal- Pada tes dilakukan evaluasi dan pengukuran
breast like). Baru-baru ini, grup ini juga telah dari 1550 gen yang telah terbukti dan akurat
melaporkan bahwa subtipe reseptor-positif dalam menentukan asal tumor. Microarray
estrogen/luminal like cancer dapat dibagi digunakan untuk mengetahui jaringan asal
menjadi dua subtipe (luminal A dan luminal B) tumor yang berdiferensiasi baik atau yang tidak
dimana di masing-masing subtipe tersebut berdiferensiasi. Dilakukankan kuantifikasi tingkat
mempunyai ekspresi gen yang khas (Gambar kesamaan sampel dengan 15 tipe jaringan
11). Walaupun klasifikasi kanker payudara tumor yang diketahui. Hasil pada analisa ini, jika
berdasarkan ekspresi gen ini telah ditemukan, tingkat kesamaan skornya >30 menyatakan
masih banyak pertanyaan mengenai penerapan- pasangannya tepat (positive match) dan skor <5
39,40
nya secara klinis. menyatakan hasil yang negatif (negative match)
Penelitian bidang kanker telah meng- (Gambar 12). Prosedur ini telah dipublikasikan
gunakan teknologi ini untuk mempelajari dan direproduktifitas oleh beberapa laboraturium
metastasis dari tumor. Metastasis adalah dan memperoleh keakuratan yang sama hingga
26,42
penyebaran sel kanker dari satu organ atau 89,1% dari semua laboratorium.
jaringan ke organ/ jaringan yang lain melalui

37 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

Saat ini, banyak dilakukan penelitian menentukan prognosis dan memberikan terapi
mengenai sensitivitas dan resistensi terhadap pada pasien.
obat kemoterapi. Beberapa mekanisme dari
resistensi obat diduga melibatkan produk gen DAFTAR PUSTAKA
seperti gen tumor supresor, reseptor growth 1. Siedel C. Introduction to DNA Microarray. In
factor, faktor DNA repair, regulasi dari kematian : Analysis of Microarray data: A betwork
sel. Kudoh et al (2000) dikutip dari based approach. Emmert-Streib F, Dehmer
3
Somasundaram , memonitor profile ekspresi M, eds. Weinhem: WILEY-VCH; 2008.p.1-
gen dari tumor sel yang sensitif dan resisten 26.
terhadap Doxorubicin menggunakan cDNA 2. Ray C. Cancer Identification and Gene
microarray. Hasil studi menemukan adanya gen Classification using DNA Microarray Gene
yang mengekspresikan sel yang resisten Expression Patterns. Int J Computer Sci
terhadap Doxirubicin dan mungkin dapat Issue 2011;8:155-60.
digunakan sebagai penanda dari fenotip 3. Somasundaram K, Mungamuri SK,
resistensi terhadap Doxirubicin. Penelitian ini Wajapeyee N. DNA Microarray and its
membawa sebuah harapan tentang adanya applications in cancer biology. Appl
kemungkinan kita dapat melakukan profiling Genomics Proteomics 2002;1:1-10.
molekuler dari obat anti kanker dengan 4. Dolan PL, Wu Y, Ista LK, Metzenberg,
microarray, sehingga dapat diketahui mekanis- Nelson AN, Lopez GP. Robust and efficient
me resistensi suatu obat dan mencari alternatif synthetic method for forming DNA
3
lain bagi pengobatan kanker. microarrays. Nucleic Acid Res. 2001;29:1-8.
Dari uraian diatas terlihat DNA 5. Cobb K. Microarrays: The Search for
microarray mampu memberikan metode Meaning In a Vast Sea of Data. Biomed
sistematik untuk mengidentifikasi penanda untuk Comput Rev. 2006:16-23.
prognosis dan respon terapi dengan meng- 6. Kumar V, Abbas AK, Fausto N, Aster JC.
gunakan ribuan ekpresi gen yang didapat dari Robbins and Cotran Pathologic Basis of
satu sel. Kita dapat mengetahui jalur molekuler Disease 8th ed. Philadelphia: Saunders
dari progesivitas tumor dan menetapkan Elsevier; 2010.
prognosis tumor serta diagnosis yang relevan, 7. Shalon D, Smith SJ, Brown P. A DNA
sehingga kita dapat melakukan manejemen Microarray System for Analyzing Complex
33
pengobatan yang baik pada pasien. DNA Samples Using Two-color Fluorescent
Probe Hybridization. Genome Res 1996; 6:
RINGKASAN 639- 45.
Pada era genomik merupakan tantang- 8. Gevaert O, Moor BD. Prediction of cancer
an bagi kita untuk dapat mengetahui ekspresi outcome uusing DNA microarray teknologi:
gen, terutama yang berhubungan dengan past, present and future. Expert Opin Me
penyakit. DNA microarray telah memberikan kita Diagn 2009; 3: 157- 65.
kemudahan untuk memperoleh ribuan data dari 9. Hovatta I, Kimpa K, Lehmuhssola A, Saarela
ekspresi gen dari satu sampel dalam satu J, Saariko J, Wong G et al. DNA Microarray
waktu. Kita dapat menggunakan metode ini Data Analysis. Helsinki: CSC-Scientific
untuk mendapatkan pengetahuan baru tentang computing Ltd; 2005.
penyakit, diagnostik dan prognostik serta 10. Hardiman G. Microarray platforms-
pengobatan. DNA microarray tersedia dalam comparison and contrast. Pharmaco-
berbagi jenis, dimana setiap jenis memiliki genomics 2004; 5: 487-502.
keunggulan masing-masing. Microarray telah 11. Stekel D. Microarray Bioinformatics. New
digunakan dalam bidang farmakogenomik, York: Cambridge University Press; 2003.
biologi molekuler, genomik dan forensik serta 12. Arava Y.(2004). Spotted DNA Microarrays
kanker. Peneliti berusaha mempelajari dan [Power Point Slide]. Retrieved from
memahami profil ekspresi gen yang terlibat [Link]
dalam karsinonogenesis, sehingga kita dapat [Link] 2013, July 12.
menggunakannya untuk mengidentifikasi, 13. Sasik R, Woelk CH, Corbeil J. Microarrays
mendiagnosis, membuat klasifikasi yang truth and consequences. Jounal of
nantinya akan mempermudah kita untuk Molecular Endocronology. 2004;33:1-9.

38 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

14. Duffy MJ, Kelly ZD, Culhane AC, Brien SL, 25. Band M. (2004). Agilent Microarray.
Gallagher WM. DNA Microarray – Based Retrieved from [Link]
Gene Expression Profiling in Cancer : Aiding edu/functionalgenomics/services-equipment/
Cancer Diagnosis, Assesing Prognosis and [Link] 2013, August 3.
Predicting Response to Theraphy. Curr 26. Anderson SM. Applications of Microarray
Pharmacogenomics 2005;3:389-404. Technologies in Anatomic Pathology.
15. Altman NS. (2006). A introductionto Connection 2009: 76-79.
“spotted” mmicroarrays [Power Point Slide]. 27. Xiang CC, Chen Y. cDNA Technology
Retrieved from [Link] Microarray and its Applications. Biotechno-
~naomi/BioInf2/Lectures/[Link] logy Advances 2000; 18: 35-46.
ed 2013, July 12. 28. Domazet B, MacLennan GT, Beltran AL,
16. Conzone SD, Pantano CG. Glass Slides to Montironi R, Cheng L. Laser Capture
DNA Microarrays. Materials today 2004: 20- Microdissection in the Genomic and
26. Proteomic Era: Targeting the Genetic Basis
17. University at Buffalo. Introduction to DNA of Cancer. Int J Clin Exp Pathol. 2008;
microarrays Technologies [Power Point 1:475-78.
Slide].Retrievedfrom [Link] 29. Rubin MA. Use of laser capture
edu/halfon/courses/Nutrigenomics/slides/ microdissection, cDNA microarrays and
[Link]. Cited 2013, July 12. tissue microarrays in advancing our
18. WGBH Educational Foundation. (2007). understanding of prostate cancer. J Pathol
Ghost in Your Genes [Handout]. 2001; 195: 80-86.
Retrievefrom [Link] 30. Majtan T, Bukovska G, Timko J. DNA
education/activities/pdf/3413_genes_02.pdf. Microarrays- Techniques and Applications in
Cited 2013, July 29. Microbial Systems. Folia Microbiol 2004;
19. Holdhus R. (2009). Microarray Technologies 49: 635- 64.
[Power Point Slide]. Retrieved from 31. Staal FJT, Burg MV, Wessels LFA,
[Link] Barendregt BH, Baert MRM, Burg CMM,
microarray-analysis-course-bergen- Huffel CV, Langerak AW et al. DNA
september-17th-18th-2009/Microarray microarrays for comparison of gene
Technologies_2009.[Link] 2013, July 12. expression profiles between diagnosis and
20. Affymetrix. (2004). How Affymetrix Genechip relapse in prosecusor B acute lymphoblastic
DNA Microarray Works. Retrieved from leukemia: choice of technique and
[Link] puriication influence the identification of
ism/[Link]. Cited 2013, potential diagnostic markers. The Nether-
July 14. lands Leukemia 2003;17:1324-32.
21. Stony Brook School of Medicine. (2002). 32. Lowe T. (2004). DNA Microarrays Introduc-
Affymetrix Platform compared to Stanford tion [Power Point Slide]. Retrievedfrom
Platfrom. Retrieved from [Link] [Link]
[Link]/udmf/Affy-Platform-Comparison- 4/lectures/[Link]
[Link]. Cited 2013, July 29. 2013,July 7.
22. Xu W.(2004). Introduction to Microarray 33. Fadiel A, Naftolin [Link] applications
Technology [Power Point Slide]. Retrieved and challenges: a vast arrayof possibilities.
from [Link] Int Arch Biosci 2003:1111- 21.
files/Intro [Link]. Cited 2013, July 34. Petricoin EF, Hacket JL, Lesko LJ, Puri RK,
12. Gutman SI, Chumakov K, Woodcock J,
23. UCB Statistic Group. (2004). Introduction to Feigal DW, Zoon KC, SistareFD. Medical
Microarray Technologies Technologies applications of microarraytechnologies: a
[Power Point Slide]. Retrieved from regulatory science prespective. Nature
[Link] genetics supplement 2002; 32: 474-79.
sses/s246.2004/Week9/[Link] 35. Heller MJ. DNA MICROARRAY TECHNO-
.Cited 2013, July 2013. LOGY: Devices, Systems, and Applications.
24. Ehrenreich A. DNA microarray technology Annu Rev Biomed Eng 2002;4:129-53.
for microbiologist: an overview. Appl
Microbiol Biotechnol 2006; 73: 255-73. Daftar Pustaka bersambung ke halaman 45

39 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

22
Gambar 1. Robotic spotting yang digunakan pada Gambar 3, GeneChip Affymetrix.
12
spotted microarray.

Gambar 2. Ilustrasi titik-titik (spotted) pada

16
permukaan array tempat diletakan probe.

15
Gambar 4. Proses penggunaan pada spotted microarray.

40 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

23
Gambar 5. Protokol penggunaan DNA microarray genechip untuk menganalisa gen.

25
Gambar 6. Agilent microarray. Gambar 7. Alat dari LCM dan tehnik pemotongan-
29
nya.

41 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

31
Gambar 8. Proses eksperimen menggunakan microarray mulai dari isolasi RNA hingga analisa data.

32
Gambar 9. Data yang didapat pada penggunaan microarray.

42 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

37
Gambar 10. Hasil analisis microarray pada penelitian identifikasi kanker pankreas dengan sampel saliva.

38
Gambar 11. Hasil profil 50 ekspresi gen yang menjadi pembeda AML dan ALL pada penelitian Golub et al.

43 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

41
Gambar 12. Pembagian subtipe kanker payudara oleh perou et al (2000).

26
Gambar 13. Contoh tabel analisis kesamaan dari jaringan asal tumor.

44 Vol. 4 No. 1 Januari 2015

Uraian Umum DNA Microarray dan Aplikasinya pada Bidang Kanker Pratista Patologi
Farida Falaivi, Supri Irianti Handayani

Lanjutan Daftar Pustaka

39. Wadlow R, Ramaswamy S. DNA Micro-

36. Afshari CA, Nuwaysir EF, Barret JC. arrays in Clinical Cancer Research. Current
Application of Complementary DNA Micro- Molecular Medicine 2005; 5: 111-20
array Technology to Carcinogen Identifi- 40. Ramaswamy S, Golub TR. DNA Microarrays
cation, Toxicology, and Drug Safety. Cancer in Clinical Oncology. J Clin Oncol 2001; 20:
Res. 1999; 59: 4759-60. 1932-41.
37. Zhang L, Farrel JJ, Zhou H, Elashoff D, Akin 41. Carolina Center for Genome Science.
D, Park NH, Chia D, Wong DT. Salivary (2009). New Genomic Test May Guide
Trancriptomic Biomarkers for Detection of Breast Cancer Treatment Choices.
Resectable Pancreatic Cancer. Gastro- Retrieved from [Link]
enterol. 2010; 138: 949-57. news/articles/[Link]. Cited
38. Golub TR, Slonim DK, Tamayo P, Huard C, 2013, August 3.
Gaasenbeek, Mesirov JP et al. Molecular 42. Monzon FA, Meldeiros F, Weiler ML, Henner
Classification of Cancer: Class Discovery WD. Identification of tissue of origin in
and Class Prediction by Gene Expression carcinoma of unkwon primary with micro-
Monitoring. SCIENCE 1999; 286: 531-37. array based gene expression test.
Diagnostic pathology 2010;5:1-9.

45 Vol. 4 No. 1 Januari 2015