BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioteknologi adalah teknologi pemanfaat mikroba atau produk mikroba yang bertujuan

menghasikan bahan atau jasa tertentu. Secara istilah bioteknologi terdiri dari bio (hidup), teknos

(penerapan), dan logos (ilmu), dapat didefinisikan ilmu yang menerapkan prinsip – prinsip

biologi.

Bioteknologi adalah teknologi yang berbasis pada organisme hidup, bioteknologi

merupakan usaha terpadu dari berbagai disiplin ilmu seperti biokimia, mikrobiologi, teknik

kimia, dan genetika, yang kemudian mengkristal menjadi suatu disiplin ilmu yang baru, dan

Bioteknologi Farmasi adalah teknologi yang berbasis organisme hidup menghasilkan produk –

produk farmasi dalam jumlah besar yang sangat diperlukan dalam dunia kedokteran

Salah satu bidang dalam Ilmu Bioteknologi adalah Proteomik dan Genomik. Dalam

makalah ini akan dibahas mengenai pengertian proteomic dan genomic, pemisahan protei,

analisis protein, interaksi protein, perkembangan proteomic dan genomic serta aplikasi

Proteomik dan Genomik dalam bidang farmasi.

1
1.2 Tujuan

 Untuk Mengetahui Pengertian dari Proteomik dan metabolik

 Untuk Mengetahui Manfaat Proteomik dan metabolik dalam bidang Farmasi

1.3 Manfaat

Makalah ini diharapkan mampu menambah wawasan mahasiswa Farmasi dalam ilmu

Bioteknologi khususnya dalam bidang Proteomik dan metabolik serta pemanfaatannya dalam

bidang Farmasi.

2
 BAB II

ISI

2.1 Proteomik

Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi. Protein adalah

bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah komponen utama dari jalur

metabolisme fisiologis sel. Istilah "proteomik" pertama kali diciptakan pada tahun 1997 untuk

membuat analogi dengan genomik, penelitian gen. Kata "proteome" adalah campuran dari

"protein" dan "genom", dan diciptakan oleh Marc Wilkins pada tahun 1994 ketika bekerja pada

konsep sebagai mahasiswa PhD.

Proteome adalah komplemen seluruh protein, Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak selalu

diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang dihasilkan untuk suatu jumlah tertentu

tergantung pada mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan fisiologis saat ini sel.

Proteomika menegaskan kehadiran protein dan menyediakan ukuran langsung dari jumlah ini.

Para ilmuwan sangat tertarik di proteomik karena memberikan pemahaman yang lebih baik dari

suatu organisme dari genomik. Pertama, tingkat transkripsi gen hanya memberikan perkiraan

kasar dari tingkat ekspresi menjadi protein.

2.1.1 Pemisahan Protein

Alat pemisahan yang baik terdiri dari dua dimensi gel elektroforesis, yang diciptakan

pada tahun 1970. Sehebat-hebatnya teknik yang ada, tidak akan dapat memisahkan semua

puluhan ribu protein dalam proteome manusia. Rata-rata gel 2-D dapat memisahkan hanya

3
sekitar 2000 protein sedangkan menggunakan gel yang terbaik hanya bisa memisahkan

sekitar 11000 protein. Masalah ini diperparah oleh kenyataan bahwa kinerja 2-D

elektroforesis tidak dapat diprediksi. Masalah lainnya membran protein terlalu hidrofobik

untuk larut dalam buffer yang digunakan dalam 2D elektroforesis, sehingga tidak bisa

dilihat sama sekali. Akhirnya, banyak protein dalam jumlah kecil seperti dalam sel tidak

dapat dideteksi oleh gel 2-D. Sebagian besar masalah ini sulit dipecahkan namun ilmuwan

telah berusaha menangani masalah resolusi gel 2D dengan menganalisis kompartemen

selular yang berbeda secara terpisah misalnya mereka dapat memulai dengan inti atau

bahkan subcompartment seperti nucleolus atau perakitan protein seperti kompleks pori

nuklir. Penelitian proteomic saat ini mengharuskan protein untuk dipisahkan dalam skala

besar. Alat terbaik yang tersedia untuk pemisahan protein adalah 2-D elektroforesis.

2.1.2 Analisis Protein

Setelah protein dipisahkan dan dihitung, bagaimana mereka dianalisis? protein harus

diidentifikasi dan metode terbaik yang tersedia sekarang ini seperti: setiap lokasi yang

dipotong dari gel dan dibelah menjadi peptida dengan bantuan enzim proteolitik. Peptida ini

kemudian dapat diidentifikasi dengan spektrometri massa.

4
 Gambar diatas menggambarkan teknik yang popular dikenal dengan matrixassisted

laser yang waktu desorpsi-ionisasi rumit dari time of flight (MALDI-TOF) sistem

spektrometri massa. Dalam prosedur ini peptida ditempatkan pada matriks, yang

menyebabkan peptida membentuk cystals. maka peptida pada matriks terionisasi dengan

sinar laser dan peningkatan tegangan pada matriks digunakan untuk menembak ion menuju

detektor. dengan asumsi semua ion hanya memiliki satu biaya, waktu untuk membuat ion

mencapai detektor tergantung pada massanya. Massa yg tinggi, semakin lama waktu time of

flight dari ion. Dalam spektrometer massa MALDI-TOF, ion-ion juga dapat dibelokkan

dengan reflektor elektrostatik yang juga memfokuskan sinar ion. sehingga kita dapat

menentukan massa dari ion untuk mencapai detektor kedua dengan presisi yang tinggi dan

massa ini dapat mengungkapkan komposisi kimia yang tepat dari peptida. jika seluruh

urutan genom diketahui, kita tahu apa yang dibutuhkan protein, komputer dapat

memberikan informasi dari spektrometer massa untuk mencocokkan setiap tempat di gel 2D

dengan salah satu gen dalam genom, oleh karena itu dapat memprediksi urutan seluruh

protein. Namun dengan mengetahui urutan protein tidak selalu memberi informasi tentang

aktivitas protein, sehingga penelitian lebih lanjut akan diperlukan untuk menentukan

aktivitas pada protein.

2.1.3 Interaksi Protein

5
 Kebanyakan protein bekerja dengan protein lain untuk menghasilkan suatu fungsi

biologis, misalnya pada jalur transduksi sinyal. Banyak protein lain dari kompleks

multiprotein besar berperan pada tugas spesifik, misal :

 Ribosom  sintesis protein

 Proteasom  degradasi protein

Beberapa teknik yang digunakan untuk analisa interaksi protein :

 Analisis dua hibrid ragi

Merupakan analisa tidak langsung menggunakan aktifasi gen reporter untuk

mwngamati interaksi antara dua bagian aktifator transkripsi kimerik, namun

teknik ini sering gagal untuk mendeteksi interaksi yang diketahui.

 Protein microarrays

 Protein microarrays dibuat dengan protin yang ditotolkan pada dua sisi

berdampingan dan diperiksa dengan antibody α-GST (baris 1 dan 3)

 Antibody α-GST dideteksi dengan fluoresens untuk menghasilkan titik merah.

Intensitas fluoresens merah mengindikasikan jumlah protein di tiap titik.

 Pada pemeriksaan baris ke 2 dan 4 dipasangkan dengan biotin yang dideteksi

dengan streptavidin untuk tandas fluoresens hijau.

 Hasilnya kalmodulin, protein yang terlibat pada banyak proses yang

membutuhkan kalsium dan Liposom.

6
 Kromatografi imunoafinitas diikuti spektrometri massa

Langkah-langkahnya :

 Memilih protein umpan yang mampu berinteraksi dengan protein yang lain.

Protein umpan mewakili beberapa kelas yang berbeda, yakni protein kinase,

protein fosfatase, dan protein yang berpartisipasi pada respon kerusakan

DNA.

 Pemurnian kompleks protein yang mengandung protein umpan dari ekstrak

sel menggunakan kromatografi imunoaktifitas.

 Pemisahan protein di dalam kompleks menggunakan SDS-PAGE

 Identifikasi protein. Protein dipotong dari gel dan dicerna dengan tripsin,

peptida yang dihasilkan dianalisis dengan spektrometri massa.

7
Gambar 1. Skema Kromatografi Imunoafinitas

2.2.4 Aplikasi dan Manfaat Proteomik

Berdasarkan jurnal Application of Genomics of Toxicology Research, aplikasi dari informasi

ekspresi gen dan polimorfis memencakup 4 area dalam toksikologi yaitu :

1. Toxicity testing

2. Cross spesies extrapolation

3. Understanding mechanism of action

4. Dan susceptibility

Aplikasi Proteomic juga digunakan dalam :

8
 1. Diagnosa kanker dibahas dalam jurnal From genomics to proteomics : techniques and

applications in cancer research oleh Daniel B. Martin, et al tahun 2001

2. Diagnosa kanker juga dibahas pada jurnal Applications of proteomic techniques in

cancer Research oleh Preeti Roy, et al tahun 2008.

3. Diagnosa penyakit diabetes dibahas pada jurnal Proteomic Identification of Salivary

Biomarkers of Type-2 Diabetes oleh Paturi V. et al tahun 2009.

2.2 Metabolik

Metabolomik merupakan salah satu teknologi yang melibatkan multidisiplin ilmu untuk

menyediakan pendekatan sistematik dalam mempelajari sistem biologi dan hubungannya.

Metabolomik merupakan studi yang mempelajari mengenai metabolit yang terkandung dalam

suatu organisme sebagai salah satu produk akhir dari proses sintesis sel dan level dari

metabolomik diketahui sebagai hasil akhir dari sistem biologi terhadap perubahan genetik dan

lingkungan sekitar dari organisme tersebut (Putri, Nakayama, et al., 2013; Putri, Yamamoto,

Tsugawa, & Fukusaki, 2013).

Sejalan dengan transkriptom dan proteom, metabolit yang disintesis dari suatu organisme

menjelaskan metabolom. Sama seperti definisi dari transkriptom dan proteome, metabolome

dapat mendefinisikan berbagai macam level kompleksitas seperti organisme, jaringan, sel, dan

bagian-bagian terkecil dari sel. Hal tersebut didukung dengan kondisi lingkungan yang dapat

mempengaruhi beberapa penelitian yang berkaitan dengan biologi dasar yang membutuhkan data

yang cukup detail (Shiratake & Suzuki, 2016; Verpoorte, Choi, & Kim, 2010).

9
 Pengetahuan ilmu biologi dasar mengenai tanaman sendiri mencakup anatomi, fisiologis,

genetik, genomik, proteomik, biologi perkembangan, biologi sel, dan interaksi tanaman dengan

lingkungannya. Semua pengetahuan itu akan terus berkembang seiring dengan berkembangnya

masing-masing disiplin [Link] itu sendiri. Berkembangnya masing-masing disiplin ilmu

ini lebih dikarenakan masih besarnya black box yang tersisa dari tanaman secara keseluruhan.

Besarnya black box tersebut dikarenakan kondisi metabolit dari tanaman diatur secara dinamis

sebagai akibat dari respons yang mereka dapat di lingkungan tanaman itu sendiri(Fiehn, 2002;

Jansen, Smit, Hoefsloot, & Smilde, 2010).

Studi metabolomik menawarkan investigasi lebih mendalam mengenai perubahan-

perubahan metabolit yang terjadi dalam sistem tanaman itu sendiri. Studi mengenai sistem

metabolit tanaman yang berubah secara dinamis masih menjadi tantangan tersendiri bagi para

peneliti yang berkecimpung di bidang metabolit tanaman. Akan tetapi, metabolomik

menawarkan strategi menjanjikan untuk meninjau secara global ekspresi gen, dan akumulasi

metabolit untuk memperkirakan mekanisme yang terjadi dalam suatu sistem biologi dalam hal

ini tanaman.

10
2.2.1 contoh aplikasi metabolomik di bidang ilmu tanaman

Beberapa aplikasi awal metabolomik yang diintegrasikan bersama dengan beberapa studi

lainnya seperti metabolomik-genomik sudah dilakukan untuk melakukan tinjauan mengenai

mekanisme yang terjadi pada tanaman yang mengalami stres seperti biotik (Tenenboim &

Brotman, 2016) maupun abiotik (Rudell et al. 2011; B. Zhang et al. 2011; António et al. 2016).

Analisis terintegrasi ini menghasilkan bahwa metabolit primer dan sekunder terkoordinasi satu

sama lain akibat adanya induksi stres kekurangan nutrient sulfur pada tanah (Hirai et al., 2004;

Nikiforova et al., 2005).

Tak hanya untuk mengetahui beberapa metabolit yang berpengaruh kepada beberapa

stress biotik dan abiotik tetapi juga diskriminasi perbedaan-perbedaan nutrien yang berada pada

tanaman dengan lokasi geografis yang berbeda menjadi salah satu penggunaan studi

metabolomik dalam pemetan nutrisi dari masing-masing asal geografis dari tanaman-tanaman itu

(Kobayashi et al., 2012; Tianniam, Tarachiwin, Bamba, Kobayashi, & Fukusaki, 2008; Wahyuni

et al., 2013).

Aplikasi metabolomik juga bisa digunakan untuk menentukan peringkat dari suatu

produk pertanian yang diperlombakan setiap tahunnya seperti teh hijau yang berasal dari Jepang.

Beberapa riset sebelumnya pun menunjukan bahwa metabolomik mampu menginvestigasi

metabolit apa yang berpengaruh kepada tinggi nya peringkat yang diperoleh dari suatu produk

pertanian. Sehingga hasil dari metabolomik itu dapat digunakan untuk peningkatan kualitas dan

nutrisi yang dibutuhkan suatu tanaman produk pertaniannya (Jumtee, Komura, Bamba, &

Fukusaki, 2011).

11
 Perkembangan studi metabolomik yang telah dibuktikan sebagai produk akhir dari suatu

sistem biologi seperti proses pematangan buah. Proses pematangan buah merupakan salah satu

fenomena yang melibatkan genetika, ekologi, transkriptomik, hingga fisiologis. Akan tetapi

proses pematangan buah ini belum sepenuhnya dipahami dikarenakan masih banyaknya black

box yang masih tidak bisa dijelaskan menggunakan pendekatan genomik ataupun transkriptomik

(Asif et al., 2014; Dussert et al., 2013; Gapper, Giovannoni, & Watkins, 2014; Karlova et al.,

2014; Pirrello, 2009). Metabolomik dalam hal ini menyediakan beberapa pendekatan dan

memberikan petunjuk terhadap black box tersebut dikarenakan pendekatan metabolomik

merupakan pendekatan yang cukup dekat dengan ekspresi fenotip yang bisa diamati dengan

kasat mata dalam hal ini seperti warna, kekerasan, rasa manis atau asam dari buah itu sendiri .

Studi mengenai pematangan buah sendiri sudah banyak dilakukan dengan menggunakan

pendekatan metabolomik baik buah klimakterik ataupun non-klimaterik. Sejauh ini, studi

mengenai pamatangan buah hanya fokus kepada perubahan secara genetik dan fenotip yang

dapat diamati secara kasat mata. Sedangkan perkembangan studi mengenai pematangan buah

sendiri dibutuhkan untuk meningkatkan teknologi pasca-panen dalam memperlambat umur

simpan buah agar dapat disimpan dalam waktu yang cukup lama dengan metode yang efektif dan

efisien. Efektif dan efisien yang dimaksud disini adalah bahwa buah yang sudah diberi perlakuan

tidak mengalami perubahan rasa atau struktur, tetapi juga memerlukan biaya yang cukup mudah

dijangkau untuk semua kalangan.

Studi metabolomik mengenai pematangan buah menjelaskan beberapa metabolit yang

memiliki korelasi positif atau intensitasnya terus meningkat dan terakumulasi pada tahap akhir

dari pematangan buah tersebut. Studi komperatif antara kedua jenis buah juga dilakukan oleh

Klie et al (2013) memperlihatkan adanya pebedaan metabolites di kedua jenis buah tersebut.

12
 Studi yang menjelaskan korelasi antara warna dan perubahan metabolit yang terjadi

selama pematangan buah juga dilakukan oleh grup kami pada buah manggis (Garcinia

mangostana) oleh Parijadi et al (2017). Studi mengenai hubungan perubahan warna dan

perubahan metabolit berhasil dijelaskan melalui penggambaran model statistic PLS (Projection

to latent square) dengan beberapa kandidat metabolit yang berkorelasi secara positif di ketiga

bagian dari manggis diantaranya adalah bagian kulit buah, daging buah, dan biji dari buah

manggis sendiri.

Studi serupa juga dilakukan oleh Yamamoto et al (*unpublished data) dengan

menggunakan perlakuan kitosan untuk memperpanjang umur simpan buah pisang Cavendish

(Musa acuminate CV AAA). Pendekatan metabolomik menjelaskan bahwa perlakuan kitosan

berhasil memperpanjang umur simpan buah pisang apabila ditinjau oleh perubahan metabolit

yang terjadi. Selain itu, adanya temuan bahwa ACC (1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid)

terakumulasi dan tidak diubah menjadi gas etilen.

2.2.2 tahapan kerja dan teknik metabolomik

13
 Upaya peningkatan serta pengembangan teknik analisis metabolomik pun terus dilakukan

untuk meningkatkan jumlah metabolit yang bisa dideteksi mengingat banyaknya metabolit yang

dihasilkan oleh suatu organisme khususnya oleh tanaman. Tanaman sendiri akan menghasilkan

berbagai macam senyawa kimia yang sangat berguna untuk mekanisme pertahanan diri,

pembentukan senyawa-senyawa yang berfungsi dalam bidang farmasi, ataupun menyediakan

informasi mendalam mengenai produksi metabolit sekunder yang dihasilkan tanaman. Studi ini

diperlukan mengingat banyaknya peneliti yang memanfaatkan produksi senyawa metabolit

sekunder untuk meningkatkan produksinya dalam jumlah yang banyak.

Produk metabolit sekunder yang cukup penting dalam produksi senyawa yang

bermanfaat, metabolomik menawarkan tiga jenis data yang dibutuhkan untuk menjelaskan

struktur metabolit dari senyawa metabolit sekunder tersebut. Pertama, kita harus menggunakan

tandem mass (MS/MS) data spektrum untuk menjelaskan struktur metabolit yang kita inginkan.

Kedua, kita membutuhkan data base spectrum berat dari senyawa kimia yang kita inginkan

meskipun diperlukan usaha yang cukup besar untuk membuat database dari MS/MS data.

Langkah lanjutan untuk memperkaya database ini masih diperlukan untuk menjelaskan struktur

dengan jangkauan metabolit yang lebih luas. Ketiga, kita memerlukan metode untuk menentukan

kemungkinan kesalahan yang terjadi apabila akan diproduksi dalam skala besar. Beragamnya

senyawa metabolit sekunder yang ada di tanaman memerlukan perkembangan yang lebih lanjut

dalam hal database dan metode yang digunakan. Hal ini yang akan menjadi tantangan

selanjutnya dalam perkembangan teknologi metabolomik itu sendiri.

Studi metabolomik sendiri terdiri dari beberapa tahapan diantaranya preparasi sampel,

ekstraksi, analisis metabolit menggunakan beberapa jenis instrumen, analisa data dan interpretasi

14
data. Penjelasan mendalam mengenai masing-masing tahapan akan dijelaskan per point di bawah

ini:

15
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

 Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi. Protein

adalah bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah komponen

utama dari jalur metabolisme fisiologis sel.

 Aplikasi Proteomic juga digunakan dalam :

 Diagnosa kanker dibahas dalam jurnal From genomics to proteomics :

techniques and applications in cancer research oleh Daniel B. Martin, et

al tahun 2001

 Diagnosa kanker juga dibahas pada jurnal Applications of proteomic

techniques in cancer Research oleh Preeti Roy, et al tahun 2008.

 Diagnosa penyakit diabetes dibahas pada jurnal Proteomic Identification

of Salivary Biomarkers of Type-2 Diabetes oleh Paturi V. et al tahun 2009.

16
 DAFTAR PUSTAKA

Daniel B. Martin, et [Link] genomics to proteomics:trchniques and applications in cancer

research.

Preeti Roy, et [Link] of proteomic techniques in cancer Research.

Thomas, S [Link] of Genomics of Toxicology Research.

V. Paturi, et al. 2009. Proteomic Identification of Salivary Biomarkers of Type-2 Diabetes

New Goals for the U.S. Human Genome Project:[Link] vol 282.1998

[Link]

17