Partie II: Structure et Fonction des acides

nucléiques

Le système de stockage et de transmission

d'informations doit être assez robuste pour que
la plupart des descendants d'un être donné
soient viables, mais assez sujet à variation pour
générer avec le temps des formes vivantes de
plus en plus diversifiées.

1
 Partie II: Structure et Fonction des acides
nucléiques

Le propos de ce cours est de donner une introduction

aux mécanismes de stockage, de réplication, et
d'expression de l'information biologique.

2
 Partie II: Structure et Fonction des acides
nucléiques
• "dogme central", introduit par Francis Crick « chez tous ê
vivants l'information ne soit transmise que dans un sens »:

• Qté d'information génétique nécessaire pour construire et faire

fonctionner un organisme complexe est énorme,
• Chaque cellule de notre corps en contient 2 copies, dérivées de
nos 2 parents. 3
2.2. Acides nucléiques
• Ce sont molécules constituées par enchaînement unités de
bases( nucléotides).
• Chaque nucléotide comprend un sucre, une base et un gpt
phosphate.

• Il existe 2 classes d'acides nucléiques :

 ADN ou acide désoxyribonucléique = support du code
génétique.
 Ds nucléotides,sucre est tjours de l'acide désoxyribonucléique
 Bases sont au nbre de 4 ; A pour adénine, G pour guanine, T
pour thymidine et C pour cytosine.
• Chaque gène = fragment d’ADN caractérisé par une séquence
de bases A, T, C et G.
• Celle-ci est formée de 2 brins formant une double hélice. 4
Image illustratif

5


 ARN(acides ribonucléiques) avec un seul brin,

• Elles diffèrent d’ADN sur ± points:

 Le sucre est un ribose et base T est remplacée
par U pour uracile.
• Il existe 3 types d'ARN : ARNm,ARNt et ARNr.
• Ils interviennent ds phase de traduction de la
synthèse des protéines.

6
Image illustrative

7
2.2.1. Qu’est-ce que l’ADN ?
• ADN,molécule, au coeur de chacune cellules de tous ê vivants

• Elle est formée de 2 chaînes très longues entrelacées (une

double hélice).
• Chacune de ces chaînes est cstituée, chez humains, de + de 3
milliards de substances chimiques simples : nucléotides,

• Ces derniers st de 4 natures différentes (coe perles d’un collier

ou un alphabet qui n’a que 4 lettres, A, T, G, C.).
• Cette molécule contient en elle, toutes instructions nécessaires
pour qu’un individu se développe et se maintienne en vie.

8
Image illustrative

ADN 9
• Chez eucaryotes,ADN est empaquetée ds noyau des
cellules (constituant des chrs et de chromatine).
• Présent ds chloroplastes et mitochondries.

• Chez procaryotes, ADN ds cytoplasme.

• Sa structure est universelle,

• Seule longueur de molécule variant selon les espèces.

• Cet enchaînement de caractères (ATCG) constitue le
message génétique,
 Cad ens instructions permettant à la cellule de fonctionner
selon programme d'espèce.
10
Chloroplaste

11
• Structure originale d'ADN, formée de 2 brins
complémentaires enroulés en hélice ("double hélice")
• lui permet de se dupliquer en 2 molécules identiques
lors de la réplication

12
13
2.2.2. Qu’est-ce que l’ARN ?

• Même structure fondamentale qu’ADN mais avec, en

principe, qu’une seule chaîne.
• ARN transmet ordres d’ADN pour diriger formation
“protéines”, nécessaires pour construire d’organisme.
• ARN correspondent à des copies de certaines régions
d’ADN.
• Mais tout l’ADN n’est pas copié en ARN: seuls les
gènes actifs sont copiés.
• Gènes qui ne s’expriment pas (“silencieux”) ne sont
pas copiés en ARN.
14
Schéma illustratif

15
 HISTORIQUE DES AN
• La transformation bactérienne, rapporté en
1928 par l'anglais Fred Griffith
• Pneumocoque : la souche R (aspect
rugueux) et la souche S (smooth, un
aspect lisse).

16
2.4. Structure des AN : composants de ba
• Chez tous les ê vivants connus sur Terre,
l'information génétique est stockée ds des
polymères (AN)
• Il en existe 2 types ADN et ARN.
• Chaîne principale des ces 2 polymères est
composée de sucres, le ribose pour l'ARN, et le
désoxyribose pour l'ADN,
• liés entre eux par des phosphates.
17
Schéma illustratif

18
Schéma ADN

19
Image illustrative

Structures du ribose et du désoxyribose.

20
• Au ribose et au désoxyribose, invariants ds la chaîne, sont attachés au
carbone en position 1' des bases puriques ou pyrimidiques, qui sont les
éléments porteurs d'information.

Bases puriques et pyrimidiques 21

• ADN utilise l'adénine, la guanine, la thymine et la cytosine pour générer un code à 4 lettres (ATGC),

• ARN contient de l'uracile au lieu de la thymine (ces 2 bases sont équivalentes au point de vue information qu'elle contiennent).

• Sucre (ribose ou désoxyribose), la base purique ou pyrimidique, et le groupement phosphate constituent ensemble un
nucléotide, l'élément de base utilisé pour construire les acides nucléiques.

Structure de l'adénosine monophosphate, un exemple de nucléotide

22
23
2.5. Structure des acides nucléiques :
appariement et polarité

• Capacité des nucléotides à coder de

l'information découle de leur capacité à
former des paires complémentaires de
façon stable et spécifique.
Cette stabilité et spécificité sont inhérentes

à la géométrie des bases, et à la

possibilité de former des liaisons

hydrogène entre atomes capables de

partager un proton (atome d'hydrogène).

Comme chaque base ne peut s'apparier
qu'avec une seule autre, le code qu'elle porte
est univoque.
De plus, les tailles différentes des purines et
des pyrimidines rendent instables des
hélices contenant des paires purine-purine
ou py-py.
•
Appariements spécifiques des bases puriques et pyrimidiques. 27
• Phosphates qui lient entre eux
riboses ou désoxyriboses de
la chaîne principale relient le
carbone 3' d'un sucre au
carbone 5' du suivant.

• Ceci apporte une polarité à la

chaîne,
• et donc force un sens de
lecture à la machinerie
chargée de décoder
l'information.
28
Polarité 5' - 3' des acides nucléiques, en notation complète et abrégée.
• Appariement de 2 chaînes de
nucléotides entre elles ne peut se
faire que ds une position antiparallèle,
• où polarités des 2 chaînes sont
l'inverse l'une de l‘ô,
• et le code de l‘1 est le complément
inverse de celle de l‘ô.
• Ds notation conventionelle de BM, 2
chaînes sont représentées coe suit:
 5' ACCTGAACGCGTTAGGCTA 3'
3' TGGACTTGCGCAATCCGAT 5'
• Lu dans la direction habituelle, 5' -> 3',
le brin d'ADN < aurait séquence
 TGGACTTGCGCAATCCGAT. Brins d'ADN antiparallèles, "écrasés" dans une
structure bidimensionelle 29
2.6. Constituants des acides nucléiques
• AN tirent ce nom du latin nucleus=noyau pcqu’ils ont été découvert ds le
noyau de la cellule par Fredrich Mischer en 1868
• Mais, on le trouve = ds le cytoplasme.
2.6.1. Sur le plan chimique
[Link]. Constituants moléculaires simples
1. Acide phosphorique

Formule chimique : H3PO4 :

• C’est un triacide qui est ionisé à PH de la cellule.

• C’est un gpt phosphate qui permet au nucléotide d’ê chargé de façon

négative.

• Dans un nucléotide libre, l’acide phosphorique est lié au sucre par une de
ses fonctions acides.
30
Image illustrative

31
2. Bases azotées(bases nucléiques ou nucléobases)
• Molécules qui font partie des nucléotides, qui sont
eux-mêmes des éléments de l'ARN et de l'ADN.
• C'est par les liens hydrogène entre paire de bases
azotées que sont liés 2 brins de l'hélice d'ADN.
• Il existe 5 bases azotées : adénine, cytosine, guanine,
thymine et uracile.
• L'adénine, la thymine, la cytosine et la guanine sont
présentes sur les nucléotides de l'ADN,
• l'uracile remplace la thymine sur les nucléotides de
l'ARN.
• Leurs abréviations respectives sont A, C, G, T et U.32
• On identifie le nom de la nucléobase au nom du
nucléotide correspondant.
• Séquence de base d‘1 AN permet de
déterminer ds le cas d'un gène la séquence
d'aa du polypeptide concerné.
• On peut trouver néanmoins d‘ô bases coe:
 la dihydrouridine (DHU), l'inosine ou encore la
xanthine ou la pseudo-uracile qui découlent de
modifications effectuées sur les bases
présentées précédemment.
33
On distingue les bases puriques et les bases pyrimidiques.
Bases puriques
 adénine : 6-aminopurine (ou 1,6-dihydro-6-iminopurine)
 guanine : 2-amino-6-oxopurine

Bases pyrimidiques
 cytosine : 4-amino-2-oxopyrimidine
 thymine : 5-méthyl-2,4-dioxopyrimidine
 uracile : 2,4-dioxopyrimidine
Ces bases contiennent un seul cycle et sont numérotées dans le sens horaire.

34
2.1. Le code à une Lettre

• Séquences nucléotidiques sont représentées coe une succession de bases azotées, symbolisées par une
lettre, de 5' vers 3'.

• Exemple: atgc signifie que nous avons à partir de l'extrémité 5' , des nucléotides, portant successivement
une adénine, une thymine, une guanine et une cytidine.

Base ou type de bases Code à une lettre

Adénine A
Thymine T
Guanine G
Cytosine C
Inosine I
Uracile U
Purine :Adénine or Thymine R
Weak Hydrogen bonds : Adénine or Guanine W

Keto in major groove:Thymine or Guanine K

Not Adénine B
Not Thymine V
Pyrimidine:Thymine or Cytosine Y
Strong hydrogen bonds: Cytosine or Guanine S
35
• Purine est une molécule azotée hétérocyclique
consistant en un cycle pyrimidine fusionné à un
cycle imidazole.
• Terme général purines désigne aussi les
dérivés de la purine et ses 6 tautomères (9H, 7H,
6H, 3H, 2H et 1H).
• Dans l'ADN, ces bases forment des liaisons
hydrogènes avec leurs pyrimidines
complémentaires (A-T ou G-C)

36
 Purine Pyrimidine associée dans l’ADN

Adénine (A) Thymine (T)

Guanine (G) Cytosine (C)

Dans l'ARN, le complément de l'adénine (A) est l'uracile (U) au lieu de la thymine :

Purine Pyrimidine associée dans l’ADN

Adénine (A) Uracile (U)

Guanine (G) Cytosine (C)

37
• Xanthine, hypoxanthine, la théobromine,
la caféine et l'acide urique sont d'autres
purines.

• Purines, en + d'ê des composants de l'AN,

se trouvent ds biomolécules importantes:
ATP, GTP, AMP cyclique, NADP ou
coenzyme A.

• Voies métaboliques de nbreux

organismes permettent de synthétiser et
de cataboliser les purines. 38
Sources alimentaires

• Purines se trouvent en gdes qtés ds

viande, en particulier ds foie et reins.

• Régimes alimentaires végétariens

apportent de faibles qtés de purines.

39
40
Pathologie

• Goutte : résulte d'un trouble de la dégradation purines

qui →une accumulation d'acide urique ds le plasma.

• Cet acide se couple au Na, ce qui forme des cristaux

d'urate de soude qui se stockent ds liquide synovial
des articulations.

41
42
2.2. Possibilité d’altération de ces bases
• Ds cellule, ces bases peuvent subir des altérations
spontanées (par deméthylation)
• pouvant aboutir en cas de non réparation à des
mutations
• responsables des csqces pathologiques graves coe
des cancers.
• C’est généralement bases purine qui se modifient
facilement que base pyrimidine ;
• [Link], l’A donne l’hypoxanthine, la G donnera la
xanthine).
43
• Radiations de forte énergie altèrent ±
profondément les bases.
• UV vont ouvrir doubles liaisons de 2 bases
superposées
• et vont provoquer établissement liaisons
covalentes entre les 2 bases (dimérisation).
• Rayonnements + énergétiques (X, gamma)
ouvrent les cycles et les cassent.

44
3. Sucres : ribose et désoxyribose

• Ces types de sucre font partie intégrante des AN, et

sont des pentoses et s/f d’un cycle furanique.

• Le D-désoxyribose comporte 3 fx alcool:

 une fx primaire sur le C5’ (Phosphate)

 2 ô fx alcool sur les C1’ (Base) et C3’.

• Par contre, ribose comporte 4 fx alcool qui de façon

général st les m que ceux de D’désoxyribose en +
d’une fx secondaire sur C2’.
45
•Présence ou absence de gpt –OH en C2’ a une très gde
importance sur la structure secondaire
• et la sensibilité de l’hydroxyle des 2 types d’acides nucléiques.
•

46
4. Nucléosides

• Molécule formée soit d’un ribose soit d’un

désoxyribose avec soit une base purique
soit une base pyrimidique.

• Liaison se fait entre le C1’ du pentose

(ribose ou désoxyribose) et N9 de la base
purique ou N1 de la base pyrimidique.

47
48
Une base reliée a un sucre peut être en position anti ou en syn,

évidemment la position la plus courante ds l'ADN est anti.

49
Nucléoside

50
•Les nucléosides ont la propriété d’ê + solubles ds l’eau
que les bases azotées,
•car la partie osidique est + hydrophile.

•Liaison N-osidique résiste à un traitement alcalin.

• Sensibilité à l’hydrolyse dépend de la base azotée.

• Nucléosides puriques sont facilement hydrolysables

51
•.

4.1. Les nucléosides cycliques

• On retrouve ds la cellule des nucléosides monophosphates ds
lesquels gpt phosphate estérifie un 2è gpe –OH de l’ose,
• on se retrouve alors avec une structure cyclique.
• Exemple : Adénosine 3’, 5’ Phosphate (cAMP)
• Guanosine 3’, 5’ Phosphate (cGMP)

52
 Base Ribonucléoside Désoxyribonucléoside

Adenine Adenosine Désoxyadénosine

Guanine Guanosine Désoxyguanosine

Uracile Uridine Désoxyuridine

Cytosine Cytidine Désoxycytidine

Thymidine Thymidine Désoxythymidine

53
5. Nucléotides
• Un nucléotide ou Nucléoside-monophosphate est un
nucléoside avec un phosphate sur le C5’ du pentose
• et on parle d’ester phosphorique de nucléosides.

5.1. Nomenclature des principaux nucléotides

Base Ribonucléotide-5’ Désoxyribonucléotide-5’-monophosphate
monophosphate

Adenine Acide adénylique=AMP Acide désoxyadénylique=dAMP

Guanine Acide guanylique=GMP Acide désoxyguanylique=dGMP

Uracile Acide uridylique=UMP

Cytosine Acide cytidilique=CMP Acide désoxycytidilique=dCMP

Thymine Acide thymidilique Acide désoxythymidilique=dTMP

54
Image illustrative

55
56
Exemple

57
[Link]. Structure primaire des AN
• AN sont des amas ou des polymères de nucléotides.

• Composition de ces nucléotides varie selon qu’ils st ds l’ADN

ou ds l’ARN.
• Mais ils possèdent tjrs les 3 substances fondamentales :
 un sucre
 un groupe phosphate
 une base azotée.

58
[Link].1. Liaisons

• Pour soutenir de telles molécules et les maintenir « en

un morceau », des liaisons chimiques st nécessaires.

• Ces liaisons doivent ê fortes pour éviter les bris et

pour rester stable,

• mais doivent = ê faibles dans une certaine mesure

• où ces AN doivent constamment ê manipulés par

diverses protéines,

• entre ô des enzymes, ds des processus coe la

réplication, la transcription ou la traduction. 59
1. Liaisons phosphodiester
• Ces nucléotides st liés les uns aux ô par des
liaisons phosphodiester.
• Ds les AN, sont placés bout à bout et liés les
uns aux ô par des liens 3’- 5’phosphodiester.
• Ces chiffres donnent le sens de la liaison ;
• le phosphate se lie au C5 du sucre du 1er
nucléotide et au C3 du sucre du nucléotide
suivant.
60
• Liaisons phosphodiester st liens
covalents( partage électrons entre les atomes).
• Phosphate est donc le lien (ou le pont) entre
chaque sucre.
• Donc, la liaison entre 2 nucléotides se fait
grâce à des liaisons 3’-5’ phosphodiester.

• Exemple pApApAP
• Bases azotées sont attachées sur le C1' des
sucres par des liaisons covalentes. 61
• On peut dire que toutes les liaisons phophodiester sont des liaisons covalentes, mais toutes les
liaisons covalentes ne sont pas des liaisons phosphodiester).

• Mis à part, les liaisons hydrogène ou interactions hydrogène pcqu'en fait, il n'y a pas « liaison »
proprement dite, toute autre liaison présente dans les AN sont des liaisons covalentes.

62
1.2. Création du squelette
• Alternance des phosphates et des sucres
produit le squelette de l’AN sur lequel
s’attachent les bases azotées.
• Polymère formé se nomme un brin et a l’allure
schématique d’une « corde ».
• Squelette est une partie relativement rigide
puisqu'il est composé de liens covalents, des
liens chimiques très forts.
63
Brin d’ADN

64
2. Liaisons hydrogène
• Dans le cas d’ADN, les 2 brins (les 2 cordes) st disposés de la
sorte que toutes bases azotées se retrouvent au centre de la
structure.
• Cette structure appelée double hélice est maintenue par
liaisons hydrogène (liens faibles, qui retiennent peu)
• Et se formant entre bases azotées complémentaires;
 l’A s’associant tjrs avec la T (ds l'ADN) ou l’U (ds l'ARN) à
l’aide de 2 liens hydrogènes
 et la G s’associant tjrs avec la C à l’aide de 3 liens hydrogènes.

65
Liaison hydrogène

66
[Link]. Types d‘AN
• Il existe 2 types d’AN : ADN et ARN.
• ADN contient l’information génétique.
• ARN est la copie de l'ADN (svt en un seul brin mais
l'ADN est une double hélice = 2 brins).
• Les 2 AN peuvent ê lus en commençant par
l’extrémité 5’ en utilisant la lettre majuscule coe
symbole de base.
• Par ex: CGGATCT.
• Gpe phosphate terminal peut ê indiqué en ajoutant la
lettre p minuscule ; par ex 5’pCGGATCT3’.
67
68
[Link].1. Différence entre ADN et ARN :
• ADN est le modèle, il contient le génome, tout ce qui
est nécessaire à la formation des protéines,
• mais ne peut sortir du noyau,
• Alors que ARN est le messager qui copie l'information
génétique de l'ADN
• et sort du noyau par les pores nucléaires pour fournir
l'information
• et permettre synthèse directe des protéines
correspondantes (par les ribosomes en général).
69
Image illustrative

70
71
[Link].2. Localisation
• On trouve des AN ds cellules de presque
chaque organisme.
• Toute cellule eucaryote ou procaryote, soit
cellules animales, cellules végétales, bactéries,
mycètes (ou champignons)
• et m mitochondries et chloroplastes contiennent
les 2 types d’AN.
• Toutefois,virus peuvent contenir de l’ADN ou de
l’ARN, mais jamais les 2 en même temps. 72
73
• Chez eucaryotes,ADN est ds noyau cellulaire,matrice
des mitochondries et stroma des plastes.
• Il s’associe à des protéines coe des histones.

• Cet agencement d’ADN et de protéines forme la

chromatine,

• que l’on retrouve s/f de chrs linéaires chez les

eucaryotes (bien visibles durant la mitose)

• et s/f de chrs hélicoïdal unique chez les procaryotes.

• ARN se retrouve autant au n° du noyau et du cytosol.

74
75
[Link].3. Structure secondaire de l’ADN
• Chaîne linéaire d’ADN est tjrs constituée de 2 brins de polynucléotides
enroulés l’1 autour de l’ô en une double hélice (modèle de Watson et Crick).
• 2 brins ont une orientation antiparallèle et liaisons hydrogènes intercalaires
maintiennent la structure.
• Caractéristiques du modèle Watson et Crick st les suivantes :
 2 chaînes hélicoïdales st enroulées autour d’un axe commun (double
hélice), c’est une hélice droite.
 2 chaînes ont de direction opposée (orientation antill)
 Bases st quasiment perpendiculaires à l’axe de l’hélice.
 Bases adjacentes sont séparées de 0,34 nm.
 Le pas de l’hélice est de 3,4nm.
 Il y a donc 10 bases pour un tour d’hélice.
76
Représentation schématique de la double hélice d'ADN (forme B) 77
78
 bases sont à l’intérieur de la double hélice
 mais pas les gpts phosphates et osidiques
 bases sont appariées par des liaisons hydrogènes spécifiques :
couple A-T et couple G-C.
 3 types de facteurs st responsables de la gde stabilité de la
double hélice :
 liaisons hydrogènes entre chaque paire de bases,
 empilement des bases les uns sur les ô contribue à la stabilité :
o paires de bases adjacentes s’attirent par les forces de Wan der
Waals (de faible énergie, mais très nbreuses)
 effet hydrophobe puisque bases ont un caractère nettement
hydrophobe.
79
Appariements entre les bases

80
 STRUCTURE
TRIDIMENSIONELLE

81
 2 brins prennent la forme d'une double hélice
(structure hélicoïdale).
• Cette structure est rendue possible grâce à la
souplesse des liens hydrogène.

• Cette souplesse permet aux

protéines( polymérases, primases et ligases, de
traduire ou de dupliquer l'ADN.
• Cette structure stable est la double hélice
formée de brins antill, décrite par Watson et
Crick à la fin1950.
82
• Caractér ppales de la d hélice se résument coe suit:
 Ds la forme B, la + courante, l'hélice tourne à droite
 Ds son état énergétiquement le + favorable, l'hélice a
un pas de 3.4 nm, recouvrant 10.5 pb
 pb sont dans un plan presque perpendiculaire à l'axe
de l'hélice
 brins antill délimitent 2 sillons de taille iné=, appelés
sillons majeur et mineur
• Certains atomes des bases sont accessibles ds les
sillons,
• rendant possible la reconnaissance spécifique d'une
séquence sans nécessiter une séparation des brins83
84
• D hélice est une structure assez rigide,qui
présente une résistance appréciable à la
courbure

• Sous certaines conditions (torsion, présence

d'ions particuliers, séquence favorable des
bases),

• l'hélice B peut se transformer en hélice Z, qui

tourne à gauche et a un pas plus court

• Malgré sa stabilité, structure de la d hélice peut

ê détruite, 85
 en particulier à haute t° (> 80°c) ou en milieu
très alcalin (pH > 11),sans pour autant casser
le brins.

 Brins complémentaires peuvent ensuite se

retrouver de la façon extrêmement spécifique,

 même en présence d'un immense excès d'ADN

non-complémentaire.

• Cette hybridation forme la base de nbreuses

techniques expérimentales de détection et
manipulation d‘AN. 86
Dénaturation et renaturation (hybridation) des brins de la double hélice 87
[Link].5. Structure des acides nucléiques : chromosomes

• Qté importante d'ADN stockée ds la cellule (1.4 m ds un noyau

de qlqs microns de diamètre)
• nécessite des techniques d'empaquetage sophistiquées,
capables de le stocker de façon compacte
• tout en lui permettant de se répliquer et d'ê partagé entre
cellules filles lors de la division cellulaire.
• Structure de stockage, trouvée chez tous eucaryotes est chrs.

• Chrs sont des structures relativement lâches pdt la + grande

partie du cycle cellulaire,
• permettant à l'ADN d'ê accessible pour la transcription et la
réplication.
88
• Pdt la division cellulaire, ils se condensent
 pour permettre distribution correcte d’ADN ds
cellules filles, et deviennent bien visibles.

• ADN est d'abord empaqueté ds nucléosomes

composés de protéines abondantes(histones)

• et qui contiennent environ 100 paires de

nucléotides d'ADN chacun dans une petite
particule ± sphérique.

89
Image illustrative nucléosome et histones

90
• Nucléosomes st ensuite arrangés de façon
hélicale ds une fibre de 30 nm,

• qui elle-m s'organise en boucles ancrées sur un

échafaudage protéique.
• Il semble que boucles définissent régions dont
expression est contrôlée de façon coordonnée.

91
Différents niveaux d'organisation de l'ADN et de ses protéines associées
pour former un chromosome. 92
• On peut visualiser facilement en MO ou ME des chrs en métaphase (lors de division cellulaire),

• mais ils sont impossibles à voir clairement dans la plupart des cellules en interphase (sauf qlqs cas
exceptionnels).

• Néanmoins, la coloration spécifique de régions précises du chrs permet de constater qu'une organisation
spatiale persiste dans toutes les phases du cycle cellulaire.

Chrs en métaphase colorés pour l'ADN (gauche) ou pour une région spécifique du
chrs 16 (milieu), et chromosomes en interphase avec la même coloration (droite)
93
2.2.3. Qu’est-ce qu’un chromosome ?
• Au microscope, un chrs apparaît coe une structure en bâtonnet.
• Il est constitué d’une partie de la molécule d’ADN.
• Hoe en a 23 paires au coeur de chacune de ses cellules, 22
sont communes aux 2 sexes.
• Les 2 chrs restants sont dits sexuels.
 Chez la fe, ils forment une paire(chrs X).
 Chez l’hoe =1chrs X et l’ô, bcp + court chrs Y.

• Tous organismes vivants disposent de chrs, mais en nbre

différent suivant les espèces.

94
Schéma illustratif

95
96
Les Chromosomes:Rappel

97
 I. Définition
- structures filamenteuses constitués de fibres de chromatine

- Support du matériel génétique

- apparaissent au moment de la division cellulaire

Un chromosome est une structure. Chacun des chromosomes a une forme différente. Nous en avons 23 paires dans le noyau de chacune de nos cellules, 22 sont communes aux deux sexes. Les deux chromosomes restants sont les chromosomes sexuels. Chez la femme, ils forment une paire. On les appelle les chromosomes X.
Chez l’homme, ils sont différents, l’un est un chromosome X et l’autre, beaucoup plus court est appelé chromosome Y.
Les chromosomes sont particulièrement visibles au moment de la division cellulaire et ils sont en nombre différent selon les espèces. Le nombre de chromosomes varie dans certains types de cellules malades, en particulier dans les cellules cancéreuses, où en général, il augmente.

98
 II. Composition biochimique
(1)
1/ l’ADN :

- Chaque chrs est formé d’une molécule d’ADN

associée à des protéines

- ADN :
- double chaîne de nucléotides

- torsadée et antiparallèle

99
100
 II. Composition biochimique
(2)
- La molécule d’ADN est formée :
- de bases puriques (A et G) double
cycle (héterocyclique)
- de bases pyrimidiques (C et T)
monocycliques

- Les 2 chaînes
- sont liées par des liaisons hydrogènes
- de façon complémentaire : A-T
G-C

101
 II. Composition biochimique
(3)
2/ les protéines :

 les Histones et les protéines non histones

- Les Histones (1) :

- petites protéines basiques de 100 à
200 aas (riche en Lysine et Arginine)
- rôle structural
- 60 millions de molécules par cellule

102
103
104
 II. Composition biochimique
(4)
- les Histones (2) : 5 types qui forment 2 groupes

1er groupe : H2A, H2B, H3, H4 constituent un

Octamère protéique ( 2 exemplaires de chacune des histones)

2ème groupe : H1
jouerait un rôle dans la compaction de l’ADN

105
 II. Composition biochimique
(5)
- Les Non Histones :

- protéines acides de petite taille

- enzymes

- rôle dans la régulation de l’expression

du génôme

106
 III. Organisation
moléculaire(1)
Nucléosome = Unité fondamentale de la
chromatine
Constitué de :

- Une particule cœur

- Une région de liaison ou Internucléosomale

qui relie les particules cœurs (30 pb)

107
III. Organisation moléculaire
(2)
- La particule cœur est composée :
- 146 pb d’ADN, enroulées autour
de l’octamère protéique
(diam=700nm haut.=550nm)

- La région internucléosomale :
- est de longueur variable
- H1 est insérée à ce niveau sur
une longueur de 20 nucléotides 108
109
 III. Organisation moléculaire
(3)
L’assemblage d’ADN en chromatine comprend ±
étapes :
1/ formation des nucléosomes «colliers de
perles»

2/ espacement régulier des nucléosomes

► formation du nucléofilament

3/ incorporation des histones internucléosomales

et repliement du nucléofilament
► formation d’un solénoïde de 30 nm de
diam

110
III. Organisation moléculaire
(4)
- solénoïde comprend 6 nucléosomes par
tour

- Soit 1Kb d’ADN → compaction d’ordre

de 200 fois

- Mais des niveaux supérieurs

d’organisation sont nécessaires au
fonctionnement du génôme 111
 III. Organisation moléculaire
(5)
- Le solénoïde se replie en boucles formant des
rosettes

- Chaque rosette
- comprend 10 boucles de 100 Kb

- correspond à une unité fonctionnelle de

transcription et de réplication de 1Mb

112
113
Compaction de l’ADN

114
[Link].6. Topo-isomères de l’ADN
1. Définition :
• si 2 molécules d’ADN ayant exactement m séquence de base
• différant uniquement par nbre d’enlacements
• Mais, si les 2 brins d’ADN st circulaires ou linéaires avec leurs
2 extrémités fixées,
• le nbre d’enlacements devient une constante invariable.
• Chgt du nbre de pb par tour, en un endroit d’1 boucle d’ADN,
• sera compensé par un surenroulement opposé (+ ou -).

115
2. Différents états de topo-isomères :
• État relâché où la contrainte ou la tension sur la double hélice
est minimale(configuration la plus stable de la molécule).
• Analyses physico-chimiques effectuées sur fibres cristallines
d’ADN B indique que cet état s’observait pour 10 bp par tour.
• État surenroulé où l’axe de l’hélice peut s’enrouler sur lui-m en
formant une super-hélice.
• 2 formes de surenroulement sont théoriquement possibles :
 surenroulement positif : nbre d’enlacements a été ↑. Tension
produite conduit à la formation d’une super-hélice gauche.
 Surenroulement négatif : nbre d’enlacements a été ↓. Axe de la
double hélice s’enroule selon une super-hélice « négative »
droite.
116
 Surenroulement négatif ou desenroulement.
• Plupart de molécules d’ADN rencontrées
ds la nature forment des enroulements
négatifs (super-hélice droite),
• par desenroulement d’environ 1 tour pr
200 bp.
• Formes d’ADN surenroulées
négativement présentent le double
avantage d’ê à la fois + compactes,
• mais aussi + accessibles aux enzymes de
transcription et de la réplication. 117
3. Topo-isomérases enzymes ayant la propriété de
modifier le nbre d’enlacements.
• Capables d’induire ou d’éliminer des supertours ds
une double hélice.
• On distingue :
 Topo-isomérases I avec propriété de couper un seul
brin de la molécule d’ADN et ont pour fx de relâcher
l’ADN en supprimant surenroulements.
 Topo-isomérases II, qui coupent les 2 brins d’ADN
pour désenrouler l’ADN.

118
119
[Link].7. Différentes variantes structurales de l’ADN
1. Hélices droites
1.1. ADN-B
• Correspond à la double hélice décrite par Watson et Crick.
• C’est la conformation la + stable ds conditions physiologiques.
• Il se réfère à l’ADN naturel (ds le noyau des eucaryotes).
• Il s’hydrate à 100% en solution aqueuse,
• se présente sous la forme d’une double hélice droite au sein de
laquelle les phosphates st orientés vers l’extérieur (le solvant)
• alors que les bases sont rejetées à l’intérieur.
• Bases sont parallèles entre elles et perpendiculaires à l’axe
de la double hélice.
120
1.2. ADN-A qui n’existe pas en réalité car il n’a jamais été observé de manière
naturelle mais uniquement in vitro.
• Il s’hydrate à 75% en solution aqueuse. Bases ne st pas parallèles entre
elles et ne sont plus perpendiculaires à l’axe de la double hélice.
• N.B : il existe 11 pb par tour et lorsqu’on passe d’1 base à l’ô, on tourne d’un
angle de 32,7 degrés.

2. Hélices gauches

2.1. ADN-Z
• rencontré ds un milieu naturel s’il y a une abondance de séquences G-C.
• Bases restent bien centrées à l’axe de la dh et il y en a 12 par tour.

• On ne connaît pas encore exactement la fx de cet ADN ADN-Z.

• Il est cependant vraisemblable qu’il joue un rôle biologique important.

121
ADNA

122
Image ADNZ et B

123
[Link].8. Rôles et fonctions des AN
• ADN et ARN jouent un rôle fondamental : stocker,
entretenir et traduire l’information génétique.
• Ils assurent le maintien du génotype et du phénotype
en synthétisant des protéines grâce aux gènes.
1. Rôle de l'ADN
• ADN constitue l’information génétique et détermine
l'identité biologique de l’organisme
• Préservation de cette information génétique se fait
grâce à 1 duplication d'ADN avant la mitose.

124
2. Rôle des ARN
• Possède de nbreux rôles.
• Existe types d’ARN, chacun d’entre eux joue 1 rôle
spécifique.
 ARNm: est le produit de la maturation d'ARN pré-
messager (ARNpm)=produit de la transcription opérée
sur l’ADN.
• Maturation des ARNpm consiste en différentes
modifications de la séquence telles que l'édition ou
l'épissage.
• L'épissage d'ARNpm consiste à enlever les introns et
à relier les exons les uns à la suite des ô. 125
Image de l’épissage

126
127
128
129
• Cette chaîne d'exons constitue ARN messager « produit final ».

• Contrairement à l'ARNpm, ARNm quitte noyau et sera traduit

en peptide ds le cytosol ou encore dans le RE
• ARNm est le « plan de construction » d’une protéine.

• Il n'y a pas d'épissage chez Procaryotes où l'ARN produit par la

transcription est directement ARNm
• Pcq ces organismes n’ont pas de noyau et ribosomes se fixent
sur la molécule d'ARN pdt qu'elle est synthétisée).
• Chez eucaryotes, ARNpm nucléaire peut aussi ê appelé ARN
nucléaire hétérogène (ARNnh)
• Car il se retrouve strictement ds noyau et est composé d'introns
et d'exons.
130
ARNm

131
  ARNt : est impliqué lors de la traduction de l’ARN messager en
peptide.
 Il est chargé d’apporter les bons aas en décryptant le langage que
constituent codons
 et à les traduire en séquence d‘aas.
 Un codon est constitué de 3 nucléotides adjacents.
 Un codon correspond à un seul aa, mais un même aa peut ê spécifié
par différents codons.

 ARNr : constitue le ribosome après maturation et association à des
protéines.
 Les ribosomes sont des usines de fabrication de protéines.
 Le ribosome s’associe à l’ARNm et « lit » les codons qui s'y retrouvent.
 Il gère,l’entrée et la sortie des ARNt qui transportent les aas.
 S’ensuit la naissance d’un peptide qui sera éventuellement, après ±
étapes de maturation et d’assemblage, transformé en protéine. 132
ARNt et ARNr

133
 Les microARN (miARN) : découverts en 1993 par Victor
Ambros chez le ver Caenorhabditis elegans.

 Ils possèdent une structure simple brin et sont longs de 19 à

25 nucléotides.

 Ils jouent un rôle ds métabolisme cellulaire en empêchant la

traduction de certains ARNm en peptides.

 En se liant à des ARNm dont ils st partiellement

complémentaires, microARN → blocage de traduction de
l'ARNm par les ribosomes.

 Les miARN peuvent réguler l'expression de ± gènes ( une

centaine pour certains d'entre-eux).
134
 silencingRNA (siRNA)=petits ARN de 21-22
nucléotides parfaitement complémentaires à leurs
ARNm cibles.
• Contrairement aux miRNA, les siRNA ne sont pas
codés par le génome de la cellule hôte
• Plutôt apportés par un éventuel envahisseur tel que
les virus.
• De +, ils possèdent une structure en double brin, et
leur action consiste à dégrader les ARNm.
• Elle s'effectue en collaboration avec des protéines
appelées RISC (RNA Induced Silencing Complex).
135
• Ces dernières se fixent sur le brin antisens (complémentaire au
brin codant) du siARN,
• le brin sens est abandonné, et le complexe (RISC + ARN
simple brin antisens) ainsi formé peut reconnaître le fragment
d'ARNm correspondant
• et le détruire, empêchant ainsi l'expression du gène associé.

• siARN sont + spécifiques que les miARN : ils sont conçus pour
reconnaître un seul gène.
• ARN courts st devenus un outil très utilisé en BM pour éteindre
1 à 1 les gènes dont on souhaite déterminer rôle métabolique.
• Leur spécificité d'action fait des siARN une voie très étudiée ds
la lutte contre le cancer et les maladies virales.
136
 snRNA (small nuclear RNA), snoRNA (small
nucleolus RNA), scaRNA (small cajal bodies RNA):
 ce sont de courtes chaînes de ribonucléotides (qui se
retrouve exclusivement ds le noyau
 et + précisément ds des compartiments du noyau coe
le nucléole pour snoRNA et corps de Cajal pour les
scaRNA.
 Ces ARN non codants s'associent à des protéines
pour former des complexes nommés petites
ribonucléoprotéines nucléaires (RNPpn)("small
nuclear ribonucleoproteins" RNPsn),
 essentiels lors du processus d'épissage des ARNpm
et lors du processus de maturation des ARNr et ARNt
137
[Link].9. Les AN dans les virus
• Ds eucaryotes et procaryotes, l’ADN et l’ARN sont présents.
• Toutefois, chez les virus, il n’y a qu’1 seul AN présent.
• Ce peut ê soit l’ADN ou l’ARN, mais jamais les 2 en m temps.
• On peut y retrouver de l’ADN à simple ou à double chaîne ou
encore de l’ARN à simple ou à double chaîne.
• On sépare les virus en ± classes, selon la forme sous laquelle
est présenté le matériel génétique du virus.
• Ainsi le VIH, est un rétrovirus, ou virus à ARN car son matériel
génétique est présenté s/f d'ARN à l'intérieur de sa capside.
• De manière générale, il n'y a pas de nom particulier pour les
virus à ADN.
138
139
 ARN ET SES CARACTERISTIQUES

L'Acide ribonucléique ou ARN est un

polymère linéaire constitué d'un
enchaînement de nucléotides.
 Chaque nucléotide contient un
groupement phosphate, un sucre, le
ribose et une base azotée.
Les nucléotides sont liés les uns aux
autres par des liaisons phosphodiester.
140
On trouve quatre bases azotées dans
l'ARN, l'adénine, la guanine, la
cytidine et l'uracile.

L'ARN a de nombreuses similarités

avec l'ADN, avec cependant quelques
différences importantes :

141
• 1.1. Sur le plan de la structure,

l'ARN contient un ribose à la place du

désoxyribose de l'ADN,
 ce qui rend l'ARN chimiquement plus
instable
et la thymine de l'ADN y est remplacée
par l'uracile,
qui possède les mêmes propriétés
d'appariement de base avec l'adénine.
142
• 1.2. Sur le plan fonctionnel,

l'ARN est le plus souvent trouvé dans les

cellules sous forme de simple brin,

tandis que l'ADN est présent sous forme

de deux brins complémentaires

Enfin ARN trouvées dans les cellules sont

plus courtes que l'ADN du génome
143
Dans la cellule, l'ARN est produit par
transcription à partir de l'ADN situé dans
le noyau.

 L'ARN est donc une copie d'une région

de l'un des brins de l'ADN.

Les enzymes qui effectuent cette copie

ADN->ARN s'appellent des ARN
polymérases.
144
1.3. Structure d'un brin d'ARN
Les atomes du ribose sont numérotés.
La base représentée est l'uracile,

L'ARN est un acide nucléique

Chaque nucléotide de l'ARN est constitué

d'un pentose, le ribose, dont les atomes
de carbone sont numérotés de 1' à 5',
d'une base azotée et d'un groupement
phosphate. 145
La base azotée est reliée par un atome
d'azote au carbone 1' du ribose.
 Les nucléotides sont liés les uns aux
autres par des groupements phosphate,
par l'intermédiaire de liaisons
phosphodiester au niveau des carbones 3'
et 5'.
 L'ARN possède quatre bases azotées
différentes : l'adénine (notée A), l'uracile
(noté U), la cytosine (notée C) et la
guanine (notée G).
146
La thymine de l'ADN est remplacée
par l'uracile dans l'ARN.

La différence entre ces deux bases

est le remplacement d'un groupement
méthyle en position 5 de la thymine
par un hydrogène dans l'uracile.
 Cette modification de structure ne
modifie pas les propriétés
d'appariement avec l'adénine.
147
4. Structure in vivo
• Plupart ARN naturels sont présents s/f simple
brin ds la cellule,
• ARN simple brin se replient le + svt sur eux-m,
formant une structure intramoléculaire qui peut
ê très stable et compacte.
• Base de cette structure est la formation
d'appariements internes, entre bases
complémentaires (A avec U, G avec C et,
parfois, G avec U).
• Description des appariements internes entre les
bases d'un ARN s'appelle la structure
secondaire. 148
Structure d’ARN en tête de marteau

149
•Cette structure secondaire peut ê complétée par
interactions à longue distance qui définissent une
structure tridimensionnelle ou structure tertiaire.
•Formation de la structure des ARN est très svt
dépendante des conditions physico-chimiques
environnantes
•et en particulier de la présence de cations
divalents, coe le magnésium Mg2+, ds la
solution.

•Ces cations interagissent avec les gpts

phosphate du squelette et stabilisent la structure,
150
• en particulier en faisant écran à la
répulsion électrostatique entre charges
négatives de ces phosphates.

• Existence de structure tertiaire ds ARN est

à la base de la richesse de ses fx

• et en particulier de sa capacité à catalyser

des rx chimiques (ribozymes).

151
5. Structure secondaire
5.1. Structure en tige et boucle formée par 1 séquence
répétée inversée sur l'ARN
• Cette structure est description de l'ens des appariements
internes au sein d'une molécule simple brin.
• Cet ens d'appariements induit une topologie particulière,
composée de région en hélice (tiges)
• et de régions non-appariées (boucles).

• Par extension, structure secondaire recouvre = la description

de cette topologie.
• L'élément moteur de la formation de ces structures au sein d'un
ARN simple-brin est l'existence de régions contenant des
séquences répétées inversées,
• qui peuvent s'apparier pour former localement une structure
152en
double hélice.
• [Link], si l'ARN contient les 2 séquences svtes :
 --GUGCCACG----CGUGGCAC--, celles-ci forment un
motif répété inversé,
 Nucléotides du 2é segment étant complémentaires de
ceux du 1er, après inversion de leur sens de lecture.
• Ces 2 segments peuvent s'apparier de manière antill
pour former une région localement en duplex.
• Région entre les 2 segments forme alors une boucle
reliant les 2 brins du duplex.
• On parle alors de structure en tige et boucle ou en
épingle à cheveux.

153
154
5.2. Topologie des différentes structures secondaires rencontrées ds
l'ARN

• Ds des ARN de longueur + importante, il peut exister des

structures + complexes,
• résultant de l'appariement de ± régions complémentaires ou
séquences répétées inversées.
• En fx de la manière dont st "emboîtées" ces différentes régions,

• on obtient des éléments topologiques variés, avec des tiges ou

régions appariées, et divers types de boucles :
 boucles terminales, situées à l'extrémité d'une tige.
 boucles internes, qui connectent 2 tiges.
 boucles multiples, qui connectent 3 tiges ou + et constituent
des points de branchement de la structure. 155
156
Hernies (en anglais bulge) ou boucles
latérales qui sont sur un seul des 2 brins
d'une hélice.

• Continuité de l'hélice n'est en général pas

affecté et l'ens des bases reste empilé
coaxialement, de part et d‘ô de la hernie.

157
158
Structure de l'ARN de transfert (ARNtPhe de levure)

159
 6. Structure tertiaire

• Ex d'appariement non-canonique : paire G-A en cisaille (sheared).

• Celle-ci est par exemple présente dans la structure d'ARN ribosomique 5S

6.1. Appariements non-canoniques

• ARN peut adopter une structure tridimensionnelle compacte, ou structure

tertiaire, coe une protéine.

• A l'intérieur de cette structure, hélices canoniques sont complétées par des

appariements non canoniques,

• cad distincts des d'appariements de base classiques, de type Watson-Crick

(A-U et G-C) et bancals (wobble, G-U).

• On a observé une gde variété de ces appariements dans les structures

tridimensionnelles d'ARN résolues par cristallographie ou par RMN.
160
• On trouve [Link] des appariements Hoogsteen, ou "en
cisaille" (sheared).

• Il existe = des interactions base-ribose.

• + de 150 types d'appariements ont été observés

• et regroupés en 12 gdes familles.

• Ces appariements non-canoniques impliquent tjrs des

liaisons hydrogènes entre les bases,

• qui sont coplanaires, coe ds les paires Watson-Crick.

161
162
6.3. Similitudes et différences entre ADN et ARN
• ARN a pour composant un sucre ribose là où ADN a un
désoxyribose ;
• Base uracile a un rôle pour ARN qui est rempli par la thymine
ds ADN ;
• ARN existe généralement sous la forme d'un simple brin
(monocaténaire), sauf chez qlqs organismes tels rétrovirus,
• Mais ADN est double brin (bicaténaire) avec une structure en
double hélice ;
• Appariement de base complémentaire ds un brin d'ADN
peuvent lui conférer des propriétés d'une structure double brin.
• ARN est court : de qlqs dizaines à qlqs milliers de nucléotides,
contre qlqs millions à quelques milliards dans l'ADN. 163
• 3 1ères différences donnent à ARN 1 stabilité bien
moindre que celle d’ADN :
• 2 fx alcools géminés du ribose sont susceptibles
d'hydrolyse alcaline et acide
• Tandis que le désoxyribose d'ADN, qui a perdu ce gpe
fonctionnel y est insensible (D de ADN signifie
Désoxyribonucléique, i.e. ayant perdu une fonction
oxy(-OH), au niveau 2' du ribose)
• Ribose possède un gpt hydroxyle en position 2', qui
est absent ds le désoxyribose d'ADN.
• Cette fx 2'-OH a des incidences multiples sur la
structure de l'ARN.
164
• si un brin d'ARN, monocaténaire, est endommagé,
• il se produira une erreur irrécupérable ; en revanche,
si un des 2 brins d'ADN est endommagé,cellule peut
utiliser le brin intact pour réparer.
• D‘1 point de vue évolutif, certains éléments permettent
de penser que ARN serait antérieur à l'ADN,
• coe support d'informat° génétique, ce qui expliquerait
ses fx + étendues et sa généralisation.
• ADN serait apparu + tard et n'aurait supplanté l'ARN
que pour le rôle de stockage à long terme, en raison
de sa + gde stabilité.
165
7. Fonction de l'ARN ds la cellule
• ARN st impliqués ds différents aspects de la synthèse des
protéines:
• Ds 1 cellule eucaryote, 4 catégories ppales d'ARN sont
présentes: ARNm, ARNt, ARNr et ARN nucléaire.
• Ds les cellules, ARN remplissent 3 rôles distincts et
complémentaires :
• - Support temporaire de l'information génétique.
• C'est l'ARNm qui remplit ce rôle, il est utilisé par la cellule pour
transmettre l'information correspondant à un gène donné à
l'extérieur du noyau,
• puis pour synthétiser des protéines à partir de ces informations.
166
Catalyseur enzymatique
• Coe protéines, ARN peuvent se replier en 3 dimensions pour
former des structures complexes.
• Ces structures permettent à certains ARN de se comporter coe
des enzymes, on parle alors de ribozyme.
• Ribosome, la ribonucléase P et certains introns sont des
ribozymes.
• On pense que la machinerie d'épissage des ARN messagers
(le spliceosome), est = aussi un ribozyme, même si la
démonstration formelle n'en a pas encore été apportée.
• - Guide pour des enzymes.
• Certains ARN st utilisés coe co-facteurs par des protéines pour
permettre leur ciblage vers des séquences spécifiques.
167
• Cette théorie, dite du "RNA World" (le monde de l'ARN), permet
de s'affranchir d'un Paradoxe de l'œuf et de la poule
• qui survient si on cherche à savoir qui protéines (catalyseurs) et
d'ADN (information génétique) st apparus en premier.
• ARN, capable de combiner à la fois les 2 types de fx serait le
précurseur universel.
• Parmi ceux-ci, on peut citer les petits ARN nucléolaires
(snoARN), qui guident les enzymes de modification d'ARN
ribosomique,
 ARN télomérique, qui est un cofacteur de la télomérase,
enzyme qui fabrique extrémités des chrs, ou encore les ARN
interférents.
• ARN est une molécule très polyvalente, ce qui a conduit Walter
Gilbert, co-inventeur du séquençage d'ADN à proposer en
1986,
 une hypothèse selon laquelle l'ARN serait la plus ancienne de
toutes les macromolécules biologiques .
168
8. Synthèse de l'ARN à partir de l'ADN

La synthèse d'une molécule d'ARN à

partir de l'ADN est un processus
complexe (Transcription).

Les différentes étapes de cette synthèse

sont l'initiation, la propagation et la
terminaison.

Les ARN synthétisées dans les

organismes procaryotes sont différentes
des ARN des cellules de mammifères. 169
Les trois ppaux types d'ARN connus sont:

-ARN messager (ARNm) :Spécifie les

codons,

- ARN de transfert (ARNt): Spécifie les

anticodons et ,

- ARN ribosomique (ARNr): Constituant de

ribosomes et impliqué dans la synthèse
des protéines.
170
Chez les procaryotes, ces ARN sont
synthétisées par une seule ARN
polymérase.

Chez les eucaryotes elles sont

synthétisées par trois types de
polymérases, ARN pol I, ARN poI II, et
ARN pol III.

171
172
ARNm
- Principes
• Information génétique d'une cellule eucaryote est contenue ds son noyau
s/f d'ADN (les procaryotes ne possèdent pas de noyau).
• C'est cette information génétique qui va ê utilisée coe guide pour fabriquer
chaînes polypeptidiques que st protéines.
• Toutefois la synthèse des protéines se déroule ds cytoplasme de la cellule.

• ± communications ont lieu entre noyau et cytoplasme, ds le cadre de

l'expression de l'information génétique.
• ARNm y a un rôle central de vecteur de l'information génétique.

• Synthétisé à partir de l'ADN, il en transcrit l'information ; puis, après

transport ds cytosol
• Cet ARNm est lu par de nbreux ribosomes qui accèdent indirectement à
l'information génétique.

173
• Interface entre ARNm et protéine est assurée
par ARNt (tRNA).
• Chez procaryotes (pas de compartimentation
empêchant a priori le passage direct d'ADN aux
protéines),
• il y a = passage par un intermédiaire ARNm ds
expression d'information génétique chez ces
derniers.
• ARNm est donc une molécule universelle dans
le monde vivant.
174
Les différentes phases de la Transcription
( Synthese de l’ARNm)
 L'ARNm consiste en une copie sélective d'un
fragment d'ADN (gène de structure).
 L'opération de copie appelée transcription se
déroule dans le noyau de la cellule chez les
Eucaryotes
 et dans le cytoplasme chez les Procaryotes, le
matériel génétique y résidant.
175
La transcription a aussi lieu dans les
organites semi-autonomes (mitochondries
et les chloroplastes)
 Acteurs de la Transcription:
 Gene :
 Le gène est l'unité fonctionnelle de l'information
génétique.
 Il est constitué d'un ensemble de nucléotides qui
contient toutes les informations nécessaires pour
176
transcrire un ARNm
 ARN polymérases II : écartent les deux
brins, synthétise la molécule d'ARN en
se servant du brin dit transcrit comme
matrice.
 Promoteur: Site sur l'ADN d'une
centaine de bases auquel l'ARN
polymérase (ainsi que les facteurs
d'initiation requis) se fixe pour
commencer la transcription 177
 Chez E. coli il ya environ 2000 sites
promoteurs (4.8 x106 pb), elle sont
qualifiés d'éléments cis.

178
179
À la fin de cette transcription, deux
séquences complémentaires sont
transcrites,

ce qui entraîne la formation d'un

terminateur permettant le détachement
de la molécule d'ARN.

180
• N.B :
L'ARN polymérase II assume de multiples
fonctions dans le processus de la
transcription:
 Elle cherche les promoteurs ;

 Elle déroule le fragment à transcrire pour

produire une matrice simple brin ;
181
• Elle sélectionne les NTPs corrects et
catalyse la formation des liaisons
phosphodiester ;
 Elle détecte les signaux de terminaison.

182
A SAVOIR :

La transcription chez les procaryotes ce fait

au niveau du cytoplasme,

 elle est polycistronique car plusieurs gènes

peuvent être transcrit par la même
polymérase.
183
Par contre chez les eucaryotes, celle-ci se
fait au niveau du noyau,

 et une polymérase transcrit un seul gène,

on dit qu'elle est monocistronique.

184
185
Étapes de la transcription
La transcription chez les eucaryotes est
prise en charge par des ARN polymérase
très apparentées à celles présentent chez
les procaryotes.
Mais c'est un processus beaucoup plus
complexe.

186
Nous nous limiterons à développer la
transcription chez les procaryotes,

187
Initiation
Cette étape initiale est appelée "fixation
sur le brin matrice".
Chez les bactéries, cette fixation est
établie quand la sous unité σ (élément
trans) de l'ARN polymérase reconnaît le
promoteur (éléments cis)
 localisé dans la région 5' (en amont) du
188
189
Séquences consensus
Ces séquences présentent des
homologies avec celles des autres gènes
Leur conservation au cours de l'évolution
atteste la nature critique de leur rôle dans
les processus biologiques.

190
Dans les promoteurs bactériens deux
séquences ont été détectées:
- TATAAT: Localisée 10 nucléotides en
amont (upstream) du site d'initiation de la
transcription (région -10, ou Pribnow Box)
- TTGACA : Localisée 35 nucléotides en
amont du site d'initiation de la
transcription (région -35).
191
192
Ces séquences sont appelées "éléments
agissant en cis" (sur le même coté de la
molécule d'ADN dans le gène lui même).

 Contrairement aux "facteurs agissant en

trans" qui sont des molécules qui se fixent
à ces éléments d'ADN
193
Une séquence consensus
comparable à celle de la région -10 a
été identifiée dans la plupart des
gènes eucaryotes étudiés.
 Elle est appelée boite TATA (TATA
Box).
194
Fixation de l'ARN polymérase
Le degré de la fixation de l'ARN
polymérase aux différents promoteurs varie
considérablement (promoteur fort,
promoteur faible),
en provoquant la variation de l'expression
génétique.

195
Généralement ce phénomène est attribué
à la variation des séquences dans les
promoteurs.
Une fois qu'elle a reconnu le promoteur,
et qu'elle s'y fixée,
l'ARN polymérase catalyse l'initiation,
c'est-à-dire l'insertion du premier NTP du
site d'initiation du brin d'ADN matrice.
196
Ce processus se poursuit dans la
direction 5'--- 3',
créant un duplexe ADN-ARN temporaire
de 8 pb.

197
Elongation
Une fois le duplexe temporaire est formé,
la sous-unité σ se dissocie de l'holoenzyme
et
 l'élongation de la chaine se poursuit sous
la direction de la partie centrale de
l'enzyme.

198
Chez E. coli ce processus progresse à la
vitesse d'environ 50 nucléotides/seconde
à 37°C.
Par la suite la polymérase parcourt le
gène entier jusqu'à rencontrer une
séquence dite de terminaison.

199
200
Terminaison
La terminaison commence dès l'enzyme
rencontre un signal de terminaison d'une
séquence de 40 pb.
 Un aspect intéressant de la terminaison
chez les bactéries est que la séquence de
terminaison est en fait transcrite en ARN.

201
Cette dernière forme une structure en tige
boucle par appariement de bases du
même brin.
 L'ADN au niveau de la séquence de
terminaison est inversé au centre duquel
une zone non répétée est insérée.
 Ces structures secondaires suivies d'une
série d'uridines sont des terminateurs
efficaces de la transcription.
202
203
Différence entre transcription chez les
eucaryote et transcription chez les
procaryotes

204
Chez les eucaryotes :
- La transcription est prise en charge par 3
ARN polymérases (Pol I, II, et III) très
apparentées à celles présentes chez les
procaryotes.
- La transcription au contraire de la
traduction se fait au niveau du noyau.
- la transcription nécessite plusieurs
205

facteurs d'initiation .
Chez les Procaryotes, la molécule
d'ARNm est directement transcriptible.
Chez les Eucaryotes (noyau et organites),
la molécule synthétisée par les ARN
polymérases
est dans de nombreux cas de l'ARN pré
messager qui doit subir une maturation
post-transcriptionnelle dans le noyau
avant de pouvoir être traduit
206
10.3.2. Phase de maturation des transcrits ou modification
post-transcriptionnelle
• Après transcription d'ADN en ARN, on obtient une structure
moléculaire qui n'est pas encore "mature",
• et qui ne peut pas, en l'état, ê directement à l'origine d'une
protéine.
• Ce manque de maturité vient du fait qu'on distingue ds sa
structure des introns et des exons,
• Seuls les exons sont utiles pour la synthèse de la protéine
• et les introns doivent ê retirés avant que la phase de traduction
puisse s'effectuer.
• Lors de cette maturation, il faudra aussi transformer légèrement
cet acide ribonucléique pour le rendre + résistant face à son
environnement.
• Le but de cette maturation est de transformer cet ARN pré-
messager (ARNpré-m)en ARN messager (ARNm). 207
208
[Link]. Epissage
• Procédé de maturation des ARNpré-m se déroulant ds
nucléoplasme
• et favorisant excision des introns et mise en continuité de
différents exons.
• On remarque que gènes st morcelés en: exons(séquence
traduite en protéine)
• et en introns(pas traduits en protéine,retiré lors de épissage).
Séquences remarquables des introns :
 en 5', GU (1)
 en 3', poly(Y) 11NC-AG (1et 2)

• Entre 3' et 5', une séquence -CURAY- de branchement à 30

nucléotides de 3'
209
[Link]. Principe de l'épissage
• D'abord une hydrolyse en amont de G en 5' d'intron,
• puis formation d‘1liaison 2'5' phosphodiester de cette
guanine avec l'Adénine de la séquence -CURAY-,
• ce qui conduit à une boucle intronique, dite le lasso.
• On se retrouve avec un exon qui son extrémité 3'OH
libre.
• Ensuite y avoir 1 hydrolyse de liaison phosphodiester
en aval de G en 3',
• ce qui conduit à l'expulsion du lasso, les exons se
retrouvent alors libres et vont ê joints par une liaison
phosphodiester. 210
211
[Link]. Mécanisme de l'épissage

• Il y a intervention des snRNP dont la partie

ARN s'apparie à la partie terminale des introns
(commune pour tous les introns),

• la partie terminale de U1 se lie au site 5'-GU- et

la partie terminale de U2 se lie au point de
branchement A du -CURAY-.

• Puis, on assiste à une fixation de U4, U5, U6

sur U2 ce qui entraîne la formation du lasso 212
10.3.4. Phase de Traduction

• ARNm st ensuite traduits en protéines par

l'intermédiaire des ribosomes ds
cytoplasme.

• Les 2 s/unités (petite su 40S et gde 60S)

des ribosomes s'assembleront sur une
séquence leader de molécule d'ARNm.
213
214
Les 4 étapes de la traduction:
1. Liaison entre ribosome et ARNm --> étapes de régulation
2. Initiation de la traduction --> étape de régulation
3. Élongation (synthèse de la chaîne peptidique)
4. Terminaison (relâchement de la chaîne)
Le ribosome contient 3 sites fixant l'ARN
• site A : aminoacyl-ARNt
site P: peptidyl-ARNt
site S: sortie
• Ces sites ne sont jamais occupés en même temps!
• ARNm eucaryote est monocistronique : le ribosome rentre via
la coiffe 5' (unique aux eucaryotes)
• ARNm procaryote est polycistronique: il y a ± sites de liaisons
au ribosome. 215
216
ARN de transfert
• Molécule dont la forme 2D rappelle une forme de feuille de
trèfle.
• La forme *D se rapproche d'un L.
• ARNt possède 1 anticodon qui s'appareillera lors de traduction
à un codon homologue sur l'ARNm correspondant à un aa.
• En effet l'aa est indirectement sélectionné par son codon:

1. liaison (covalente) aa à ARNt

2. ARNt se lie à son codon sur l'ARNm
• Rappel: 1 codon = 3 nucléotides = 1 acide aminé
• Il est important que l'aa soit lié au bon ARNt ! Fidélité est
essentielle: taux d'erreur < 0.01%. 217
218
219
[Link]. Codage de l'information sur l'ARNm
Initiation
 Fixation d’ARN polymérase sur la séquence promoteur.
Élongation
 Synthèse d’ARN.

Terminaison
 Séquence de terminaison à la fin du gène arrête la
transcription. L’ARN est libéré.
• Un ARN double brin est un ARN composé de 2 brins
complémentaires, à la manière d'ADN double brin.
• Ce type d'ARN constitue le génome de certains virus.
• Chez eucaryotes, ce type d'organisation de l'ARN est impliqué
ds l'initiation du processus d'interférence par l'ARN.
220
ARNr

221
10.3.5. Les microARN
• St des ARN simple-brin longs d'environ 21 à 24
nucléotides.
• Il existe ± centaines de gènes de microARN ds
génomes de plupart organismes pluricellulaires.
• miRNA st répresseurs post-transcriptionnels :
en s'appariant à des ARN messagers,
• ils guident leur dégradation, ou répression de
leur traduction en protéine.
222
[Link]. Biosynthèse
• Gènes de miRNA st transcrits s/f de longs précurseurs
appelés « pri-miRNA ».
• Ces précurseurs st clivés ds noyau par un complexe
nommé Microprocesseur,
• et formé par enzymes Drosha et DGCR8 (Di George
Critical Region 8 ou Pasha) (chez les animaux);
• par une enzyme de la famille Dicer (chez les plantes);
en un produit intermédiaire appelé « pre-miRNA ».
• Pre-miRNA est un ARN long d'environ 70 nucléotides,
replié en tige-boucle imparfaite par complémentarité
de bases entre1ère moitié et 2è moitié de sa
séquence. 223
224
• Pre-miRNA est transporté du noyau au cytosol par transport
actif GTP-dépendant grâce à une interaction avec exportine
5(chez animaux).
• Il est ensuite clivé par une enzyme de la famille Dicer qui
permet l'hydrolyse de la structure boucle (chez les animaux,
cette rx se déroule ds le cytoplasme ;
• elle est nucléaire chez les plantes), pour libérer un petit ARN
double-brin appelé « miRNA ».
• Ce miRNAdb (db=double brin) interagit alors avec une protéine
de la famille Argonaute (Ago1 ou Ago2) pour former le
complexe RISC (RNA-induced Silencing Complex).
• Ce complexe d'environ 160kDa a été décrit coe étant suffisant
à l'activité de Silencing des miRNAs,
• Cpdt d‘ô protéines tel la Geminine peuvent s'y ajouter pour
former des complexes allant jusqu'à 550kDa.
225
• Au cours de la formation du RISC, il y a passage d'un miRNAdb
à un miRNA sb (sb=simple brin).
• Seul le brin spécifique de l'ARNm cible du miRNA est gardé au
sein du complexe.
• ARNm cible est alors chargé au sein du complexe RISC. Deux
voies de "Silencing" st alors possibles,
 soit dégradation de l'ARNm cible si le complexe contient la
protéine Ago2,
 soit répression de la traduction de ce dernier si le complexe
contient la protéine Ago1.
• Enzymes Dicer st = responsables de la production de petits
ARN interférents (ou siRNA) à partir de longs ARN db, au cours
du processus d'interférence à ARN.
• Ce processus a été décrit chez la plante coe pouvant ê une
défense antivirale. 226
227
228
229
[Link]. Fonction

• miRNAs ont été montrés coe étant impliqués ds

un gd nbre de fx physiologiques essentielles
telles croissance cellulaire, apoptose,
métabolisme, etc.

• Cpdt depuis qlqs années, ils ont été décrits coe

dérégulés ds un gd nbre de tumeurs.
• Certains st m directement impliqués ds méc de
carcinogenèses et communément dénommés
"oncomiR". 230
[Link]. miRNAs et virus
• Qlqs équipes ont étudié les interactions entre miRNAs et virus.

• En effet certains miRNA des cellules hôtes seraient capables de cibler des
ARN viraux et confèrent un rôle antiviral à ces molécules ou au contraire
permettant au virus de s'accumuler ds la cellule.
• Cette situation à été décrite pour le miRNA miR-122a spécifiquement
exprimé ds foie
• et favorisant réplication d'ARN du virus de l'hépatite B par une interaction ds
sa séquence 5' non codante.
• De +, il semblerait que certains virus possèdent aussi des gènes codant des
miRNAs au sein de leur génome.
• Ces derniers pourraient participer à une régulation des ARN viraux ou alors
participeraient à une déstabilisation des miRNAs de l'hôte.
• Un des gros challenges actuel est de pouvoir mieux identifier gènes ciblés
par ces miRNAs afin de mieux comprendre leur rôle
231
• et les conséquences de leur dérégulation ds les pathologies.
10.3.6. ARN interférent
[Link]. Définition
• Expression ARN interférent désigne un acide ribonucléique simple ou double brin,
qui interfère avec un ARNm spécifique conduisant à sa dégradation et à la diminution
de sa traduction en protéine.
[Link]. Historique
• Interférence ARN a été découverte fortuitement en 1990, Jorgensen et

• ses collaborateurs tentaient de renforcer couleur pourpre de pétunias en introduisant

un vecteur codant un pigment ds cette plante.

• De façon surprenante, certains pétunias devenaient partiellement ou totalement

blancs, le gène introduit éteignant le gène naturel.

• En 1994, Wassenegger montra que l’introduction d’ARN double brin ds des cellules
d’Arabidopsis thaliana déclenche une méthylation de l’ADN correspondant.

• Ce méc a été initialement appelé "transcriptional gene silencing" ou TGS.

• En 1998, Andrew Z. Fire et Craig C. Mello ont montré qu’on pouvait réduire
spécifiquement l’expression de protéines contenues ds des cellules du nématode
Caenorhabditis elegans, en introduisant de l’ARN double brin ds celles-ci. 232
• Ce phénomène fut alors nommé ARN interférence.

• ARNi se lie spécifiquement avec l’ARNm cible, conduisant à sa dégradation.

• et de ce fait à l'inhibition d'expression de la protéine correspondante.

• Ces 2 chercheurs ont reçu en 2006 le prix Nobel de physiologie et de

médecine
• En effet, Mammifères ont développé une réponse antivirale particulière :
 la présence d'ARNdb de gde taille induit l'activation de la voie interféron qui
aboutit à la dégradation des ARN cellulaires, quelle que soit leur séquence.
• Cette dégradation conduit à la mort de la cellule infectée. .

• En 2001, Thomas Tuschl, eut une idée remarquable : si on introduit des

ARNdb longs chez C. elegans,
• on observe que des petits ARN db courts, de 21 à 25 pb st générés.

233
234
• On sait maintenant que protéine éminceuse "Dicer"
qui génère ces "small interfering RNA" ou siRNA.
• L'idée de Tuschl fut d'introduire directement siRNA ds
les cellules de mammifères.
• Cette manipulation provoqua l'interférence ARN sans
déclencher réponse interféron non spécifique.
• Les ARN db présents ds une cellule st tout d'abord
pris en charge par une ribonucléase de type III
appelée Dicer, l'« éminceuse ».
• Celle-ci clive l'ARN db toutes les 21 à 25 pb.
• Dicer transfère alors siRNA à un gros complexe
multiprotéique, RISC (RNA-Induced Silencing
Complex). 235
• Un des brins du siRNA, dit passager, est éliminé
• tandis que l‘ô (appelé « guide ») dirige le RISC vers ARNm
possédant une séquence complémentaire au brin guide.
• Si la complémentarité entre le siRNA et l'ARNm cible est
parfaite,
 le RISC clive l'ARNm cible qui est alors dégradé et + traduit en
protéine.
• Qlqs bases non complémentaires suffisent pour empêcher le
clivage.
• Ce méc est donc très spécifique de la séquence du siRNA et
de sa cible, l'ARNm.
• Ds certains cas, on peut choisir un siRNA capable de cliver un
ARNm porteur d'une mutation ponctuelle sans affecter l'ARNm
sauvage.
236
[Link]. Applications

• En 2006, plus de 14000 articles scientifiques faisaient référence à cette

technique d'interférence ARN
• Utilisation de siRNA pour étudier la fx d'un gène chez les mammifères est
devenue en très peu d'années une technique de base, utilisée par des
biologistes de toutes disciplines.
• Depuis ± années d‘ô techniques destinées à inhiber l'expression d'un gène
avaient été mises au point.
• Les + connues utilisent des ARN antisens, des ribozymes, des aptamères,
des oligonucléotides antisens.
• Par rapport à toutes ces techniques, ARN interférence s'est révélée tout à la
fois ± efficace et bcp ± souple au niveau du choix de la séquence cible
• et techniquement simple à mettre en œuvre au laboratoire ce qui explique
sa très grande popularité.

237
238
9. Différents types d'ARN
• Ds la cellule ou in vitro, il existe ± types ou catégories d'ARN :

 ARNg : ARN génomique (ARN qui constitue le génome de certains virus).

 ARN guide (guide RNA) : Petits ARN transcrits de 50 à 70 nucléotides qui jouent un
rôle de matrice d’ARN pour l’ADN-télomérase.
 ARNi : ARN interférant (interférence de l’ARN ; interférence par l’ARN) ; molécule
d’ARN capable de contrôler l’expression de gènes situés sur des ARN viraux (en se
fixant par complémentarité sur leur séquence nucléotidique).
 Ce principe est utilisé en BM pour inhiber expression d’un gène de façon spécifique.

 ARN messager ou ARNm : formé par transcription d'ADN dont il est la copie.

 Son rôle consiste à transporter l'information génétique recueillie du noyau vers

cytoplasme où elle sera traduite en protéine par les ribosomes du RE.

 ARN pré-messager ou pré-ARN messager ou messager pré-ARN : ARN précurseur

des ARNm, subit des modifications post-transcriptionnelles aboutissant à l'obtention
de l'ARNm.
 ARNnm : ARN non messagers ; ARN non traduits en protéines. 239
 ARN positif : ARN viral à polarité + qui peut ê traduit
directement par ribosomes de la cellule infectée.
 Ds le cas ARN viraux à polarité -, une transcriptase virale les
transcrit en ARN à polarité + afin qu’ils puissent ê traduits en
protéines.
 ARN de transfert ou ARNt : ils servent à « traduire » codons
d'ARNm en aas.
 Ce sont des molécules qui se placent sur les sites du ribosome
où va ê lu l'ARNm.
 ARNt est un brin court qui a un anticodon sur sa boucle, et un
aa attaché à l‘ô extrémité et qui sera transféré à la protéine en
formation.
 ARNt-aminoacyl : ARN de transfert (ARNt) chargé, cad un
ARNt portant son aa. 240
 ARNtm: essentiels pour la plupart des bactéries, ces ARN ont
une fx hybride entre celle d'un ARNt et un ARNm.
 Ils servent à libérer ribosomes bloqués lors de la traduction
d'ARNm accidentellement tronqués, en aguillant la lecture sur
eux-m (fx ARNm)
 et en chargeant les ribosomes manquants de codons suivants
(fx ARNt forcée afin de permettre la translocation
traductionnelle).
 ARN ribosomique : représente 80 % d'ARN total d'une cellule.
 Associé à des protéines, il forme le ribosome qui cstitue la tête
de lecture d'information génétique transcrite par l'ARNm.

241
Partie III: Biosynthèse des protéines
3.1. Définition :
• Macromolécule constituée d’1 ou ± chaînes d’au - 50 aas
appelées polypeptides avec 1 structure tridimensionnelle.
• Protéines st molécules majeures pour structures et activités
cellulaires.
• Elles st composée d'aas reliés par liaisons peptidiques,
présente chez organismes vivants et essentiels à leur fctment.
• Découvertes en 1838, protéines st principaux composants des
cellules, représentant + de 50% de leur poids sec
• Elles st constitués de 4 chaînes polypeptidiques, l’Hb est la
protéine qui permet transport de l’oxygène ds sang. 242
243
• Chez Hoe coe chez tous ê vivants, protéines st constituées d'une vingtaine
d'aas différents, qui, à leur tour, st composés de carbone, d'hydrogène,
d'oxygène, d'azote et parfois de soufre.

• Ces aas st liés par des liaisons peptidiques (liaisons entre radicaux aminés
et carboxyls) s/f de longs filaments (chaînes polypeptidiques).
• Ceux-ci s'enroulent en un nbre quasi infini de formes hélicoïdales ou
sphériques, ce qui explique l'immense variété fx assurées par les protéines.
• Pour synthétiser protéines qui lui st indispensables, chaque espèce a
besoin d'un apport régulier de 20 aminoacides principaux.
• Alors que plantes peuvent fabriquer leurs aas à partir de l'azote, du dioxyde
de carbone
• et d‘ô composés chimiques grâce à la photosynthèse, majorité des ô
organismes ne peuvent en fabriquer que qlqs-uns.
• Aminoacides qu'un ê vivant est incapable de synthétiser st appelés « acides
aminés essentiels » et doivent ê fournis par la nourriture.

244
245
246
247
248
• 8 acides indispensables au maintien de la santé de l'Hoe sont :
leucine, isoleucine, lysine, méthionine, phénylalanine, tyrosine,
tryptophane et valine.
• Ils sont tous présents ds graines des plantes, mais, coe
végétaux que nous consommons st svt déficients en lysine
• et en tryptophane, les experts en nutrition conseillent de
compléter l'alimentation avec des protéines animales.
• Aliments d'origine animale contiennent tous les aas essentiels.

• On recommande, pour adultes, consommation quotidienne de

0,79 g de protéines par kg de poids.
• Pour enfants et bébés, il convient respectivement de doubler et
de tripler ces doses, en raison de leur croissance rapide.
• Syndrome du Kwashiorkor, maladie endémique des enfants
249
d'Afrique tropicale, est causé par une carence en aas.
250
3.2. Structure d’une protéine
• Niveau de base de la structure protéines, appelé « structure
primaire », est séquence linéaire des aas.
• Toutefois, une protéine ne garde jamais une forme strictement
linéaire.
• L'énergie contenue ds liaisons hydrogène, ponts disulfures,
attraction entre les charges + et -,
• et radicaux hydrophobes ou hydrophiles, imposent à la protéine
une structure secondaire en hélice alpha ou en feuillet bêta.
• Molécules deviennent encore + compactes en adoptant une
structure tertiaire.
• Si une protéine est constituée de ± d‘1 chaîne polypeptidique,
coe l‘Hb et certaines enzymes, on dit qu'elle a 1 structure
quaternaire.
251
Structure primaire

252
253
• Structure des protéines est composition en aas et conformation
en 3 dimensions des protéines.
• Elle décrit position relative des différents atomes qui composent
une protéine donnée.
• Protéines st des macromolécules de la cellule, dont elles
constituent « boîte à outils », lui permettant de digérer sa
nourriture,
• produire son énergie, de fabriquer ses constituants, de se
déplacer, etc.
• Elles se composent d'un enchaînement linéaire d'aas liés par
des liaisons peptidiques.
• Cet enchaînement possède une organisation tridimensionnelle
(ou repliement) qui lui est propre.
• De la séquence au repliement, il existe 4 n° de structuration de
la protéine. 254
3.2.1. Différents types de structure
[Link]. Structure primaire

Schéma général d'un aa impliqué ds structure primaire d'une protéine.

• R représente la chaîne latérale du résidu.

• Structure primaire, ou séquence, d'une protéine correspond à

succession linéaire des aas (ou résidus) la constituant.
• Protéines st donc polymères d'aas, reliés entre eux par des
liaisons peptidiques.
255
• Structure primaire d'une protéine est fruit de la
traduction d'ARNm en séquence protéique par
le ribosome.
• C'est grâce au code génétique que l'information
génétique (s/f d'ARN) est traduite en aas.
• Concrètement, structure 1aire est représentée
par une succession de 20 lettres (code 1 lettre)
différentes correspondant aux 20 aas.

256
Polarité, extrémités N- et C-terminales
• Séquence primaire d'une protéine a un sens bien défini ou
polarité.
• Le 1er aa de séquence protéique est par convention celui qui
possède une extrémité amine libre, on parle d'extrémité N-
terminale.
• De manière symétrique le dernier aa est celui qui possède une
extrémité carboxylate libre, on parle de C-terminal.
• Ex d'une séquence d'aa, l'α-lactalbumine humaine :
• MRFFVPLFLVGILFPAILAKQFTKCELSQLLKDIDGYGGIALPEL
ICTMFHTSGYDTQAIVENNESTEYGLFQISNKLWCKSSQVPQ
SRNICDISCDKFLDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWLAHKALCTE
KLEQWLCEKL
• Il existe des méthodes expérimentales de détermination de la
structure primaire.
257
258
[Link]. Structure secondaire

• Elle décrit repliement local de la chaîne principale d‘1 protéine.

• L'existence de structures secondaires vient du fait que les

repliements énergétiquement favorables de chaîne peptidique
st limités
• et que seules certaines conformations st possibles.

• Ainsi, une protéine peut ê décrite par une séquence d'aas mais
aussi par un enchaînement d'éléments de structure secondaire.

• De + certaines conformations se trouvent nettement favorisées

car stabilisée par des liaisons hydrogènes entre les gpts amide
(-NH) et carbonyle (-CO) du squelette peptidique.

259
• Il existe 3 principales catégories de structures
secondaires selon l'échafaudage de liaisons
hydrogènes,
• Cad selon repliement liaisons peptidiques :
hélices, feuillets et coudes.
• Méthodes expérimentales pour déterminer la
structure secondaire
 coe la RMN, dichroïsme circulaire ou certaines
méthodes de spectroscopie infrarouge.
260
261
262
• Chaîne principale contient 3 liaisons covalentes par aa.
• Liaison peptidique étant une liaison plane, il reste 2 liaisons
simples autour desquelles la rotation est possible.
• On peut donc déterminer la conformation du squelette d'un aa à
partir de 2 angles dièdres, φ et ψ.
• Angle dièdre φ est défini par les 4 atomes successifs du
squelette : CO-NH-Cα-CO, le 1er carbonyle étant celui du
résidu précédent.
• Angle dièdre ψ est défini par les 4 atomes successifs du
squelette : NH-Cα-CO-NH,
• le 2è amide étant celui du résidu suivant.

263
Angles dièdres et structure secondaire

264
• Une étude systématique combinaisons admissibles d'angles φ
et ψ a été réalisé par biologiste et physicien indien
Gopalasamudram Narayana Ramachandran en 1963.
• Il a imaginé une représentation s/f graphique de l'espace (φ ,ψ)
qui porte aujourd'hui le nom de diagramme de Ramachandran.
• Ce diagramme montre 3 principales zones énergétiquement
favorables.
• Si on analyse une structure de protéine, on observe que la
majeure partie des aas ont des combinaisons d'angles (φ ,ψ)
qui s'inscrivent à l'intérieur de ces zones.
• Les 2 principales régions correspondent aux structures
secondaires régulières qui st principalement observées ds les
protéines : la région des hélices α et celle des feuillets β.
• 3è région, plus petite, correspond à une conformation en hélice
gauche (φ>0). 265
 Diagramme de Ramachandran d'une protéine.
Zones énergétiquement favorables st représentées par contours colorés. Chaque aa est représenté par un point
rouge.
266
Croix, correspondent aux aas glycine, qui ne comportent pas de chaînes latérales.
267
• Il y a 2 aas particuliers qui font exception à cette règle du diagramme de
Ramachandran : la Glycine et la Proline.

• La glycine ne possède pas de chaîne latérale (R=H) et,

• de ce fait, est bcp moins contrainte sur le plan de l'encombrement stérique.

• Elle peut donc adopter des valeurs (φ ,ψ) bcp + diversifiées, en dehors des régions
normalement privilégiées.
• À l'inverse, la proline est plus contrainte: elle contient un cycle
• pyrrole qui empêche la rotation correspondant à l'angle φ.

Hélice
• Il y a conformation en hélice si le squelette principal de la protéine adopte
un repliement hélicoïdal périodique.
• Ds l'immense majorité des cas, cette hélice tourne ds le sens horaire.

• Elle est alors dite « droite ». Inversement, si une hélice tourne ds le sens
anti-horaire, elle est dite « gauche ».
268
• Il existe aussi enroulements superhélicoïdaux où 2 hélices,
voire +, s'enroulent l‘1 autour de l‘ô pour former 1 surperhélice.
• Ce type de conformation, ou faisceau d'hélices (coiled-coil)
n'est pas une structure secondaire
• mais bien un type particulier de structure tertiaire, présent en
particulier ds protéines formant des fibres (e.g. fibrine, kératine,
myosine).

Structure d'une hélice α.

Les liaisons hydrogène sont figurées en vert. Le squelette principal est
montré en tiges épaisses 269
• Hélice α,structure périodique très fréquente ds le
repliement protéines et peptides.

• Elle se caractérise par formation liaisons hydrogènes

entre gpt carbonyle -CO d‘1 résidu i et gpt amide -NH
d'un résidu i+4.

• Un tour d'hélice α moyen contient 3,6 résidus et

mesure 0.54 nm, soit une translation de 0.15 nm par
résidu.

• Angles dièdres φ et ψ de la chaîne peptidique st en

moyenne de -184° et -123° ds une hélice α.
270
271
• Ds une hélice α, chaînes latérales des aas st
localisées en périphérie d'hélice
• et pointent vers l'extérieur
• C'est 1 structure compacte, énergétiquement
favorable.
• Structure de l'hélice α a été prédite par Linus Pauling
et Robert Corey en 1951,
• Mais observée effectivement pour 1ère fois en 1958
ds la myoglobine,
• 1ère protéine dont structure tridimensionnelle a été
résolue par cristallographie. 272
273
274
Hélice 310
• Se caractérise par formation d'une liaison hydrogène entre le
gpt -CO d'un résidu i et gpt -NH d'un résidu i+3.
• Un pas d'hélice 310 moyen contient 3 résidus et mesure 0.60
nm,
• soit une translation de 0.2 nm par résidu.

• Angles dièdres φ et ψ des liaisons peptidiques st en moyenne

de -49.0° et -26.0°.
• Tour d'hélice 310 est donc + étroit et + contraint que celui de
l'hélice α.
• Ce type de conformation est peu fréquent et sa longueur
dépasse rarement 1 à 2 tours.
275
276
277
Hélice π
• Se caractérise par formation d'une liaison hydrogène
entre gpt CO d'un résidu i et gpt NH d'un résidu i+5.
• Un pas d'hélice π moyen contient 4 résidus et mesure
0.50 nm,
• soit une translation de 0.11 nm par résidu.
• Angles dièdres φ et ψ des liaisons peptidiques sont en
moyenne de -57.1° et -69.7°.
• Tour d'hélice π est donc + large que celui d'hélice α.
• Ce type de conformation est très rare. 278
279
Hélice de type II
• St des hélices gauches formées par des poly-
glycines ou des poly-prolines.
• Un pas moyen d'hélice de type II contient 3
résidus et mesure 0.93 nm,
• soit une translation de 0.31 nm par résidu.
• Angles dièdres φ et ψ des liaisons peptidiques
sont en moyenne de -79.0° et +145.0°.
280
Hélice de type II

281
Brin et feuillet β
• Brin β est une structure périodique étendue.
• Liaisons hydrogènes qui le stabilisent se font entre
résidus distants au lieu de résidus consécutifs,
• En fait, un brin β seul n'est pas stable.

• Il a besoin de former des liaisons hydrogènes avec d‘ô

brins β pour se stabiliser.
• Un brin β est une structure de période 2,
• dont chaînes latérales st situées alternativement en
dessus du plan du feuillet. 282
283
• Brins β composant un feuillet ont une polarité, celle de
chaîne peptidique qui va du N-terminal vers le C-
terminal.
• Lors de l'agencement de 2 brins adjacents ds un
feuillet, 2 topologies sont possibles :
 soit les 2 brins ont la même orientation,
 soit ils ont des orientations opposées.
• Ds le 1er cas, on parle de brins parallèles et ds le
dernier de brins anti-parallèles.
• Feuillets β ne st pas plans, ils présentent un
plissement sur leur surface,
• avec plis alternativement orientés vers haut et vers
bas.
284
 Feuillet β anti-parallèle

Structures en feuillets β. En haut, feuillet anti-parallèle, en bas, feuillet parallèle

285
• Si les brins β s'organisent de manière tête-bêche, ils
forment un feuillet β anti-parallèle.
• Gpts -NH et -CO d'un résidu i d'un brin A forment des
liaisons hydrogènes avec les gpts -CO et -NH d'un
résidu j d'un brin B.
• Typiquement, 2 brins β consécutifs relié par un coude
forment un feuillet β anti-parallèle.
• Un brin β moyen dans un feuillet anti-parallèle mesure
0.68 nm, soit une translation de 0.34 nm par résidu.
• Angles dièdres φ et ψ des liaisons peptidiques sont en
moyenne de -139.0° et +135.0°.

286
[Link]. Structure tertiaire
• Correspond au repliement de la chaîne polypeptidique ds
l'espace.
• On parle + couramment de structure tridimensionnelle, ou
structure 3D.
• Structure 3D d'une protéine est intimement liée à sa fx:
 si cette structure est cassée par l'emploi d'agent dénaturant,
protéine perd sa fx: elle est dénaturée.
• Dépendance de sa séquence et dépend de sa structure 1aire.
• Ainsi, 2 protéines homologues ayant une forte similarité de
séquence (> 80 % des aas identiques) auront = ndes structures
très proches.
• Prédiction de la structure tertiaire à partir de la structure
primaire est à l'heure actuelle un champ très actif de la 287
recherche en bio-informatique.
288
289
Organisation
• Protéines s'organisent svt en domaines structuraux distincts.
• Cela correspond aux parties de protéine acquérant une conformation
indépendamment du reste de la structure.
• Parfois ces domaines structuraux st associés à 1 fx individuelle donnée de
la protéine :
 fixation d'un ligand, reconnaissance d'un ô partenaire, ancrage
membranaire...
• Ainsi, une protéine constituée de ± domaines structuraux peut associer ± fx
distinctes.
• Il existe = ds protéines des motifs structuraux.

• Ces motifs comptent qlqs aas et st en général associés à des interactions

bien précises.
• Par exemple, le motif « doigt de zinc » fixe l'ion Zn2+, qui est impliqué ds
des interaction spécifiques avec l'ADN.
290
• Un motif peut ê impliqué dans un domaine structural.
291
292
• Structure tertiaire est maintenue par différentes interactions:
 interactions covalentes (ponts disulfures entre cystéines)
 interactions électrostatiques (liaisons ioniques, liaisons
hydrogènes)
 interactions de van der Waals
 interactions avec le solvant et l'environnement (ions, lipides...)

• Différentes méthodes expérimentales permettent de découvrir

la structure tertiaire des protéines :
 Cristallographie par rayon X
 Spectroscopie par RMN
 Cryomicroscopie
293
• Ces méthodes st coûteuses et détermination de la structure
d'une protéine reste un processus lent.
• Afin de pallier ce défaut, des méthodes automatiques de
prédiction de la structure tertiaire st développées.
• Il se dégage 2 types de méthodes :
 Méthodes basées sur structures des protéines connues :
– Les méthodes par homologie
– Les méthodes par reconnaissance des repliements (Protein Threading)

 Méthodes basées sur d‘ô données (propriétés physico-

chimiques des atomes par exemple) :
– Les méthodes ab initio
– Les méthodes de novo

294
[Link]. Structure quaternaire
• Elle rgpe l'association d'au - 2 chaînes polypeptidiques -
identiques ou différentes
 par liaisons non-covalentes (liaison H, liaison ionique,
interactions hydrophobes),
 mais rarement des ponts disulfures.

• L'effet hydrophobe est un facteur prépondérant ds l'assemblage

des éléments structuraux, y compris ds l'association s-unités.
• Chacune de ces chaînes est appelée monomère (ou sous-
unité) et l'ens oligomère ou protéine multimérique.
• L‘Hb est un ex de structure quaternaire ; elle est constituée de
4 s-unités : 2 sous-unités α (de 141 aas) et 2 s-unités β (de 146
aas).
295
296
3.3. Interaction avec les ô protéines

• Chaînes de polypeptides st enroulées de telle sorte

que les aas hydrophobes st placés vers l'intérieur, ce
qui donne une stabilité à la molécule.

• Les aas hydrophiles st orientés vers l'extérieur et st

libres d'interagir avec d‘ô composés chimiques.

• Protéines globulaires peuvent se lier avec un dérivé

vitaminique, appelé parfois « coenzyme »,

• ou se lier avec une protéine particulière pour former

un assemblage indispensable à la vie cellulaire.
297
3.4. Différents types de protéines
• Il existe 2 types ppaux de protéines : holoprotéines et protéines
dites hétéroprotéines.
• Holoprotéines comprennent selon leur structure protéines
fibrillaires et protéines globulaires.
• Elles st constituées exclusivement d’aas
• alors que hétéroprotéines st constituées d’1 fraction protéine
associée à un gpt minéral ou à une molécule organique
• Ex, respectivement des phosphoprotéines ds os et
glycoprotéines, marqueur des gpe sanguins,
• lipoprotéines, LDL, HDL qui sont chargés de transporter le
cholestérol ds l’organisme.
298
Les protéines qui forment un manteau 299
3.4.1. Protéines fibreuses
• Principales st: collagène, kératine, fibrinogène et protéines musculaires.
[Link]. Collagène, la plus abondante chez les vertébrés.

• Il se trouve ds os, peau, tendons et cartilages.

• Sa molécule contient habituellement 3 longues chaînes polypeptidiques, avec
environ mille aas.

• Ces chaînes s'enroulent en une triple hélice régulière, responsable d'élasticité de la

peau et des tendons.

• Si des fibrilles de collagène st dégradées par chauffage intense, leurs chaînes se

raccourcissent pour former de la gélatine.

[Link]. Kératine, présente ds couches > de l'épiderme, ds cheveux, ongles, écailles,

sabots et plumes, s'enroule en une torsade régulière appelée « hélice alpha ».
• Chargée de protéger l'organisme contre l'environnement extérieur, kératine est
totalement insoluble ds l'eau.

• Ses nbreuses liaisons disulfures en font une protéine extrêmement stable, capable
de résister à l'action des enzymes protéolytiques.
300
301
[Link]. Fibrinogène,protéine plasmatique sanguine
responsable de coagulation du sang.
• Grâce à l'action de la thrombine, fibrinogène est
converti en molécules de fibrine,
 une protéine insoluble, qui s'agglutine pr former un
caillot.
[Link]. Protéines mx, myosine se lie à l'actine, une ô
protéine mx,
 pr donner actomyosine.

• Filaments de l'actomyosine peuvent se raccourcir et

provoquer contraction des mx.
302
3.4.2. Protéines globulaires
• St sphériques et hautement solubles.
• Elles jouent un rôle important ds métabolisme.
• Albumines, globulines, caséine et hormones protéiques st des
protéines globulaires.
• Albumines et globulines st abondantes ds les cellules
animales,sérum sguin,lait et œufs.
• Hb est une protéine qui transporte l'oxygène ds l'organisme.

• Elle est responsable de la couleur des GR.

• + de 100 Hb humaines différentes ont été découvertes,

• parmi lesquelles Hb S, responsable de l'anémie falciforme,

303
En vert,structures globulaires d’une protéine
En rouge, extension non globulaire

304
[Link]. Enzymes
• Toutes les enzymes st protéines globulaires qui
se lient rapidement avec d‘ô substances,
appelées « substrats »,
• pour catalyser les nbreuses rx chimiques du
métabolisme.
• Ces molécules possèdent des sites
catalytiques sur lesquels les substrats viennent
se placer, coe une clé ds une serrure,
• et sont transformés en produits spécifiques.
305
[Link]. Hormones protéiques
• Ces protéines, qui proviennent glandes endocrines, n'agissent pas coe les
enzymes.
• En effet, elles stimulent des organes cibles qui, à leur tour, contrôlent des
activités importantes coe le rendement du métabolisme ou la production
d'enzymes.
• Insuline, sécrétée par les îlots de Langerhans du pancréas, régule le
métabolisme des hydrates de carbone en contrôlant taux de glucose ds le
sg.
• Thyroglobuline, produite par glande thyroïde, régule l'ens du métabolisme.

• Calcitonine, = produite par la thyroïde, fait baisser le taux de calcium ds sg.

[Link]. Anticorps

• Aussi appelés « immunoglobulines », Ac st des protéines présentes ds le

sérum sanguin dt rôle est de se lier aux Ag (substances ou corps étrangers
envahissant l'organisme).
• 1 seul Ag peut induire production de nbreux types d‘Ac qui le neutralisent en
se fixant sur lui et facilitent sa dégradation. 306
307
[Link]. Microtubules
• Protéines globulaires peuvent aussi s'assembler en
minuscules tubes creux,
• servant à la fois de squelette aux cellules et de
véhicule de transport intracellulaire.
• Chacun de ces microtubules est constitué de 2 types
de protéines qui s'enchaînent de manière linéaire pour
former un tube de gde longueur.
• Microtubules composent structure interne des cils
cellulaires, des appendices
• grâce auxquels les micro-organismes se déplacent ds
leur environnement. 308
309
3.5. Rôles et fonctions des protéines

• Outre leur rôle ds la croissance et l'entretien cellules,

protéines st = responsables de contraction muscles.
• Enzymes digestives st des protéines, de m que
insuline

• et la plupart des ô hormones, et les Ac du système

immunitaire et Hg.

• Chrs, qui transmettent toutes caractéristiques

héréditaires s/f de gènes,

• st constitués d‘AN et de protéines (histones).

310
3.6. Réplication
3.6.1. Rappel
• Processus au cours duquel l'ADN est synthétisé grâce à l'ADN polymérase.

• Ce mécanisme permet à l’ADN d'ê dupliqué.

• Puisque 2 chaînes de l'ADN parental se séparent et que 2 nouvelles

molécules st formées, on qualifie ce processus de semi-conservateur.
• ADN a l'importante propriété de se reproduire à l'identique, ce qui permet à
l'information de se transmettre d'une cellule mère aux cellules filles.
• ADN s'ouvre coe une fermeture Éclair (ou tirette — par rupture liaisons
hydrogènes entre bases appariées de liaisons faibles) libérant 2 brins
complémentaires.
• Chaque brin solitaire synthétise alors sa moitié manquante, intégrant, selon
la règle de complémentarité des bases, des nucléotides qui st dispersés ds
noyau.
• Ainsi, chaque nouvelle molécule est identique à la molécule d'ADN initiale.
311
312
313
• Réplication va commencer à des endroits précis : origines de
réplications.
• Des protéines,facteurs initiation de réplication vont reconnaître
ces endroits.
• Rôle de ces facteurs d'initiation est de faciliter fixation d‘ô
protéines qui vont se fixer aussi à ces origines de réplication.
• Ces protéines permettent ouverture des 2 brins d'ADN et ainsi
"faire apparaître" des fourches de réplication.
• Un gd nbre de protéines interviennent ds méc moléculaire de la
réplication d’ADN formant complexe enzymatique de
réplication, appelé réplisome.
• Enzymes et protéines intervenant ds réplication d’ADN st
homologues chez eucaryotes et chez Archaea mais différentes
chez bactéries.
314
3.6.2. Caractéristiques de la réplication
• Réplication d’ADN est semi conservatrice et bidirectionnelle ?

• Brin d’ADN qui sert de matrice à la réplication est brin parental.

• Nouveau brin complémentaire au brin parental est le brin fils.

• À l’issue de la réplication, chacune des 2 molécules d’ADN nouvellement

formée est constituée d’un brin parental et d’un brin néoformé.
• On qualifie ce processus de semi-conservateur.

• Réplication d’ADN débute à partir d’une origine de réplication et progresse

ds les 2 sens à partir de ce point créant ainsi 2 fourches de réplication.
• On dit que la réplication de l’ADN est bidirectionnelle.

• Elle est aussi bicaténaire et asymétrique : cad que les 2 brins se répliquent
de façon simultanée.
• Allongement de la chaîne polynucléotidique ne peut se faire que ds le sens
5’ vers 3’ en raison des caractéristiques des ADN polymérases.
315
Fourche de réplication
• Structure formée si l’ADN se réplique, et sur lesquelles l'ADN polymérase
vient se fixer.
• ADN polymérase, enzyme catalysant formation liaisons nucléotidiques.

• Complexe enzymatique intervenant ds la réplication est appelé réplicase.

• Réplication peut ê divisée en 3 étapes principales : initiation, élongation et

terminaison.

Initiation de la réplication

• Elle a lieu à l’origine de réplication.

• Il n’y a qu’une seule origine de réplication ds chrs bactériens alors qu’il en

existe ± chez eucaryotes. (Chez Archaea, nbre d’origine varie entre 1 et 3
selon espèces.)

• Il existe des protéines capables de reconnaître ces origines et initier la

réplication.
316
• Ces protéines st capables d’ouvrir progressivement et dérouler l’ADN.
• Fourche de réplication est créée par l’action des hélicases
 qui brisent liaisons hydrogènes entre les 2 brins de la double
hélice d’ADN ce qui permet leur séparation.
• D’ô protéines peuvent se lier à ADN simple brin formé
• et éviter la reformation de la double hélice.

• Ce sont les protéines SSB (single strand binding) des bactéries

et les protéines RPA des eucaryotes et des archées.

317
318
La réplication de l’ADN : semi-conservatrice et bidirectionnelle

319
Schéma général de la fourche de réplication de l'ADN
L’élongation ou la synthèse d’ADN
• Au cours de cette phase,il y a formation du réplisome et
synthèse d’ADN.
• Elle progresse tjrs ds sens 5' vers 3' pour brin en création.
• ADN polymérase, qui ajoute à l'extrémité 3' de la molécule en
formation, des désoxyribonucléotides.
• Cpdt, les 2 brins de double hélice d’ADN st enroulés ds des
sens opposés : ils st antiparallèles.
• Il existe de ce fait des méc différents selon brin d’ADN répliqué.

• Il existe ainsi un « brin direct », ou « brin précoce », (leading

strand) et un « brin indirect », ou « retardé », ou « tardif »,
(lagging strand) :
320
La réplication de l’ADN : semi-conservatrice et bidirectionnelle

321
Schéma général de la fourche de réplication de l'ADN
322
Terminaison
• Cette phase correspond à l’arrêt de réplication
• si 2 fourches de réplication se rencontrent ou si
une fourche rencontre un signal de terminaison
de la réplication.
• Il y a "ter" : terA terD terB terC qui freine les
fourches de réplication.

323
 Partie IV : Rappels sur la Génétique
4.1. Définition
4.1.1. Qu’est-ce que la génétique ?
• Étude de l'hérédité, discipline récente de la biologie.

• Si la notion du passage d'informations héréditaires entre générations

remonte au XVIIe siècle,
• Mise en évidence d'ADN coe support de l'hérédité ne date que de 1943, et
sa structure ne fut élucidée qu'en 1953.
• Cette période marque les débuts de la BM, mais le vrai démarrage se situe
ds années 1970.
• Les avancées du génie génétique vont permettre un dppement considérable
connaissances sur les gènes, leur fonctionnement et leur régulation.
• Techniques atteignent très vite un n° élevé de performance permettant
l'étude du génome humain. 324
• Génétique connaît actuellement de nbreux dppements
à visée thérapeu ou économique,
• mais posant d'importants problèmes de société ou
éthiques :
 dgnostic génétique ou pré-implantatoire,
 pharmacogénomique, thérapie génique, clonage,
 empreintes génétiques,
 enfin production de médicaments ou le dppement de
produits d'intérêt agronomique par utilisation d'OGM.

325
326
327
4.1.2. Qu’est-ce que la génomique ?
• Etude exhaustive des génomes(ens des gènes, de leur disposition sur les
chrs, de leur séquence, de leur fx et de leur rôle).
4.1.3. Qu’est-ce qu’un gène ?
• ADN est découpée en très gds fragments (tomes d’un grand ouvrage).

• Ces tomes, ou ces fragments, st appelés chrs.

• Chrs st essentiellement constitués d’ADN.

• Le gène est un petit morceau de la molécule d’ADN.

• Pas encore certains du nbre de gènes qui se succèdent sur la double

hélice, au coeur de nos cellules humaines,

• mais on pense qu’il en existe entre 30 000 et 40 000 chez l’homme.

• Gènes produisent protéines nécessaires à la construction, au dppement et

au bon fonctionnement d’un organisme.
328
4.1.4. Qu’est-ce que le génie génétique ?
• Ens des méthodes permettant 2 choses :
 de connaître structure et fx d’information
génétique(ADN d’un animal ou d’un végétal)
 d’isoler au sein de ces molécules d’ADN, des
fragments appelés gènes,
 afin de les transférer ds une ô molécule d’ADN
appartenant à une ô espèce animale ou végétale,
 qui devient un OGM ou Organisme Génétiquement
Modifié.
329
4.1.5. Qu’appelle-t-on “génome” ?
• Ens des gènes d’un organisme, que ce soit celui d’un hoe, d’un
animal, d’un insecte, d’une plante ou d’un micro-organisme.
• Ainsi il existe génome humain, le génome de la mouche, celui
de l’éléphant, de la pâquerette, du sapin ou de la tomate!
• Ens de tous les gènes de n’importe quel organisme est porté
par une molécule d’ADN qui chez l’hoe possède 3 milliards de
“nucléotides” ou “bases”.
• Depuis 1986,biologistes cherchent à connaître l’enchaînement
de ces 3 milliards de nucléotides
 afin d’arriver à savoir comment se distribuent tous les gènes
responsables de ce que nous sommes.

330
4.2. Quelques notions de concepts
Bases nucléotidiques : lettres de l'alphabet chimique avec
lesquelles s'écrit message génétique.
• ADN s'écrit avec 4 de ces lettres : adénosine A, thymine T,
guanine G et cytosine C.
• ARN s'écrit avec 4 lettres A, uracile U, G et C.
Cartes génétiques : atlas du génome d'une espèce, où st
régulièrement positionnés, le long des chrs, de très nbreux
repères facilitant la localisation des gènes.
Cartes physiques du génome : atlas permettant de reconstituer
des séquences continues d'ADN chrsomique, grâce à la mise
en ordre de fragments d'ADN qui se chevauchent.
Chromosomes : organites apparaissant, ds la cellule en cours de
division, s/f de bâtonnets qui subissent processus complexes
de dédoublement et de séparation.
• Les chrs sont les supports matériels des gènes. 331
• Crossing-over ou enjambement chromosomique :
phénomène au cours duquel, durant la division cellulaire, paires
de chrs homologues s'associent, croisent puis échangent
certains segments de leur matériel génétique, avant de se
séparer.
• Distance génétique : distance entre 2 gènes sur le chrs.

• Dominant / Récessif: un allèle est dominant si, présent sur l'un

seulement des 2 chrs homologues, il est capable d'exprimer un
caractère.

• Ainsi il exprime son caractère qu'il soit présent sur les 2 chrs de
la paire ou sur un seul.

• Un allèle est récessif si son expression nécessite sa présence

sur les 2 chrs homologues.
• Un allèle dominant masque la présence d'un allèle récessif.
332
• Gamète : cellule sexuelle mature à n chrs,
spermatozoïde ou ovule, résultant de la division par
méiose de cellules précurseurs à 2n chrs.

• Gamétocyte : cellule précurseur des gamètes.

• Gène : unité d'information localisée sur un chrs donné

et constituée par un fragment d'ADN.

• Chaque gène dirige production d‘1 ou ± protéines et

assure transmiss° et express° d‘1 caractère donné.

• Génome humain contient de l'ordre de 100.000 gènes

répartis sur 23 paires de chrs.
333
334
• Gène candidat : qu'on suspecte ê en cause ds apparition de maladies.
• Gène de prédisposition à une maladie : gène qui tend à favoriser le dppement
d'une maladie, en association avec d‘ô gènes et/ou divers facteurs de
l'environnement et/ou certains modes de vie.
• Génie génétique : ens des outils qui permettent d'isoler, de purifier et d'obtenir en
qté illimitée un gène afin d'en étudier structure, fonctionnement et régulation.
• Génome : ens du matériel génétique contenu ds une cellule.
• Il se présente sous la forme d'une longue molécule (1,50 m), l'ADN, lovée dans le
noyau de chaque cellule de l'organisme.
• Génotype / Phénotype : génotype est constitué par l'ens des caractères
héréditaires propres à un individu.
• Combinaison des 2 gènes situés face à face sur les 2 chrs homologues s'appelle le
génotype.

• Phénotype correspond à l'expression de ce patrimoine génétique ds un

environnement donné.
• Il rend compte des caractéristiques anatomiques et physiologiques d'un individu.
• Existence de gènes dominants et récessifs explique qu'à un même phénotype
correspondent des génotypes différents. 335
• Homozygotie / Hétérozygotie : chaque gène existe en 2 exemplaires, l'un d'origine
paternel, l‘ô d'origine maternelle.
• Chaque gène pt prendre différentes formes dites allèles (de 2 à ± centaines).
• Si les 2 allèles du gène st identiques, génotype est homozygote pour ce gène.
• Si les 2 allèles st différents, génotype est dit hétérozygote.
• Locus génétique : position d'un gène sur le chrs.
• Mutation : modification du matériel héréditaire, à la suite d'une erreur d'écriture ds le
message génétique.
• Oncogène : gène qui, après avoir subi une mutation, code pour une protéine
stimulant à l'excès la division cellulaire.
 Il s'ensuit une prolifération anarchique des cellules, à l'origine de cancers.

• Ovule ou ovocyte : cellule reproductrice féminine.

• Plasmide : molécule d'ADN circulaire douée de réplication autonome et transmise de
façon stable au cours des générations.
• Un plasmide porte de multiples gènes et fréquemment gènes de résistance aux
antibiotiques.
336
337
• Transposon : séquence ADN qui présente particularité de
pouvoir se déplacer du chrs bactérien
• vers un plasmide et d'un plasmide à un ô.
• Porteurs de gènes de résistance,transposons jouent un rôle
majeur ds dissémination de résistances entre bactéries
d'espèces éloignées.
• Vecteur (Thérapie génétique) : sert à transporter gène
correcteur et à l'introduire ds cellules-cibles malades,
• de façon à réparer le défaut générique dont elles st atteintes.

• Ces vecteurs st généralement des virus rendus inoffensifs,

adénovirus ou rétrovirus.
• Ce peut ê = de l'ADN nu (plasmides) ou des constructions
synthétiques associées à des lipides (liposomes).
338
339
340
4.3. Code génétique
4.3.1. Introduction
• Information génétique est conservée par la cellule au n° de son
ADN.
• Cette information est transcrite en ARNm, puis traduite en
protéines.
• Ce st ces protéines fonctionnelles qui st expression
d'information génétique.
• Une étape clé ds l'expression de l'information génétique est
traduction de l'information s/f nucléotidique en une forme
protéique.
• Cette traduction est réalisée par triplets de nucléotides : 3
nucléotides codent pour un des 20 aas naturels.
• Cette correspondance triplet (ou codons) - aa est code 341
génétique.
Qu’est-ce que le code génétique ?
• Une association de triplets : ADN composé de bases
chimiques ou nucléotides de 4 natures différentes : A,
G, C, T
• Nucléotides (au nbre de qlq 3 milliards et +) se
succèdent les uns après les ô (pour former l’ADN),
• sur la base d’un enchaînement de triplets organisés
selon 64 combinaisons différentes :
 AAA, AGT, GCA, GGT, CTT, etc.

 Chaque triplet est un acide aminé.

342
• Code génétique désigne aussi système de correspondance mis
en jeu lors de la transformation de l'information génétique des
gènes en protéines,
• au cours du processus de traduction.
• Ribosomes traduisent ainsi, en suivant ce code, l'enchaînement
des bases nucléotidiques de l'ARN en une séquence d'aas
• Chaque gène contient l'information nécessaire à la synthèse
d'une protéine.
• Information est contenue ds séquence des 4 bases (A, T, C, G)
qui s'alignent sur le fragment d'ADN.
• Une protéine est constituée de l'enchaînement linéaire d'aas
dont 20 types st connus.
• Séquence de la protéine est déterminée par séquence du gène
qui code pour elle.
• Il existe donc une correspondance entre bases d'ADN et aas.
343
• Ceci réside ds code génétique : 3 bases adjacentes
sur ADN formant un triplet dite codon spécifient un aa.
• Les 4 bases prises 3 à 3 permettent de former 64
combinaisons soit un nbre > à celui des 20 aas.
• Il y a redondance du code génétique puisqu'à un m aa
peut correspondre ± codons (de 1 à 6).
• Ainsi, méthionine, valine et sérine st spécifiées
respectivement par un codon (AUG), 4 codons (GUU,
GUC, GUA et GUG)
• et 6 codons (UCU, UCC, UCA, UCG, AGU et AGC).
• Code génétique est universel, cad qu'il est le même
de la bactérie à l'hoe et s'applique = au règne végétal.
344
345
4.3.2. Propriétés du code génétique
• Ce code génétique est :
 Universel : tous les ê vivants (sauf qlqs exceptions)
possèdent le même.
 Non ambigüe : à un codon correspond un seul et
unique aa.
 Dégénéré : à un aa peuvent correspondrent ± codons
(existe 64 possibilités de codonset seulement 20 aas).
• De +, 3 triplets ne codent pour aucun aa.
• Ces triplets "non-sens" indiquent, lors de la traduction,
la fin de la protéine.
• Ils sont ainsi nommés "codons STOP". 346
4.3.3. Expression du génome
• Séquence des bases d'ADN est fréquemment comparée, par
analogie, à la séquence des lettres d'un texte.

• Séquence prise en elle-m n'a aucun sens, si le lecteur n'en

connaît pas le code, cad langage utilisé.
• Mots du langage génétique, appelés codons st des triplets de
nucléotides (A, C, U ou G).
• Il existe 4³=64 combinaisons possibles de ces 4 lettres en
triplets.
• 3 codons, parmi ces 64 codes possibles, signifient la fin de la
traduction (codon stop).
• Aux 61 ô codons ne correspondent que 20 aas.
347
• Code génétique est donc dit dégénéré ou redondant
car un aa est codé par ± codons (on appelle ces
codons « codons synonymes »).
• Ainsi, en moyenne une mutation génétique sur 3
affectant une séquence d'ADN codante n'entraîne
aucune modification de la protéine traduite.
• Remarque : si un nucléotide avait codé un aa, 20-
4¹=16 aas n'auraient pas été codés.
• Si 2 nucléotides avaient codé un aa, le même
problème aurait eu lieu pour 20-4²=4 aas.
• Avec un système de codons de 3 nucléotides, il y a au
contraire trop de combinaisons.
348
• Ce code permet la synthèse des protéines.
• ADN est transcrit en ARNm.
• Celui-ci est traduit par ribosomes qui assemblent les
aas présents sur des ARNt.
• ARNt contient un « anti-codon », complémentaire d'un
codon, et porte l'aa correspondant au codon.
• Pdt la traduction, le ribosome lit l'ARNm codon par
codon, met en relation un codon de l'ARNm avec
l'anti-codon d'un ARNt
• et ajoute l'aa porté par celui-ci à la protéine en cours
de synthèse.
349
4.3.4. Codons
• Un ARNm et un gène se terminent tjrs par un
« codon non-sens » aussi appelé « codon-
stop »,
• il existe 3 codons-stop (UAG, UAA et UGA).
• Ceux-ci tiennent le rôle du point en bout de
phrase.
• À noter que le codon UGA peut parfois coder
une sélénocystéine, produisant alors une
sélénoprotéine.
350
[Link]. Principe de base
• Ce système de codage entre ADN et aas s'est avéré ê utilisé
par l'immense majorité des ê vivants.
• De l'hoe à la bactérie, ce m code est utilisé.
• Cette universalité du code est expliquée en terme d'évolution :
 si changement d'une base ds l'ADN peut → changements
parfois bénéfiques ds l'ê vivant,
 cela n'est que peu probable ds le cas d'un chgt du codage.

• Système de codage est ainsi resté inchangé durant les milliards

d'années d'évolution de la vie.
• On estime généralement qu'il s'est fixé ainsi très tôt ds l'histoire
de la vie, probablement avant le dernier ancêtre commun à
tous les ê vivant (baptisé LUCA).
351
[Link]. Exceptions
• Cette vision des choses est simpliste : si l'immense majorité des organismes
vivants aujourd'hui utilisent le code génétique standard,
• les généticiens ont découvert qlqs variantes à ce code.

• De +, ces variantes se retrouvent ds les différentes lignées évolutives et

consistent en des traductions différentes de qlqs codons.
• Codon CUG, traduit habituellement par la leucine, correspond à la sérine
chez de nbreuses espèces de champignons Candida .
• Variations du codage utilisé par mitochondries st encore + nbreuses.

• Ds le génome mitochondrial de la levure de boulanger

(Saccharomyces cerevisiaie), la thréonine est codée par 4 des
6 codons correspondant classiquement à la leucine.
• De nbreuses espèces d'algues vertes du genre Acetabularia
utilisent les codons-stop UAG et UAA pour coder la glycine.
352
• 1er aa incorporé (déterminé par le codon-start AUG) est une
méthionine chez la plupart des eucaryotes,
• + rarement une valine (chez certains eucaryotes), et une
formyl-méthionine chez la plupart des procaryotes.
• En outre, ce codon d'initiation est parfois GUG ou GUU chez
certains procaryotes.
• On pense aujourd'hui que la vie comptait à l'origine un nbre +
restreint d'aas.
• Ces aas ont été modifiés et ont vu leur nbre ↑ (par un
phénomène similaire à la formation de la sélénocytéine et à la
pyrrolysine qui dérivent de la sérine et de la lysine,
• respectivement, modifiées alors qu'elles st sur leur ARNt sur le
ribosome.)
353
[Link]. Lois de Mendel: lois de base de transmission héréditaire,
établies par Grégor Mendel vers 1860
• Mendel a déterminé ces lois en croisant lignées de pois et
observant transmiss° de certains caractères ds descendance.
• 1ère loi : croisement de 2 homozygotes DD et rr donne, en 1ère
génération (F1), un hétérozygote de génotype Dr,
• mais seul le caractère D, dominant par rapport à r, apparaît ds
le phénotype.
• Seconde loi : croisement de 2 individus de la génération F1
donne 3 combinaisons possibles pour la génération F2 :
– DD (1/4 des individus),
– Dr (1/2 des individus) et
– rr (1/4 des individus).

• Caractère D étant dominant, les 3/4 des individus de la

génération F2 présenteront le phénotype D.
354
 1ère génération

Croisement
D D

Dr Dr
r

Dr Dr
r

355
4.4. Événements génétiques
4.4.1. Transpositions et recombinaisons
[Link]. Transpositions
• Incorporation d’une séquence d’ADN nouvelle ds une coupure
génomique d’une cellule.
• Éléments transposables : appellation commune des éléments
IS et des transposons.
• Génome bactérien contient des fragments d’ADN, appelés IS,
qui peuvent se déplacer d’une position différente sur le m chrs
ou un chrs différent.
• Transposons : éléments d’ADN qui pouvant se déplacer d’un
endroit à un ô sur un m brin d’ADN ou sur un ô brin.
• Pour faire de transposition, ou recombinaison, un transposon a
besoin d’un enzyme spécial tel qu’une intégrase ou une
transposase.
356
357
• 2 classes d’éléments transposables

• Ces éléments st classés d’après leur mode de transposition.

• Éléments de classe I se déplacent sur un mode « copier coller »

en passant par l’intermédiaire d’un ARN.

• Leur transposition nécessite une RT svt codée par une phase

ouverte de lecture incluse ds le transposon.

• Éléments de classe II se déplacent selon un mode « couper

coller » sans passer s/f ARN.

• Ils restent s/f d’ADN et codent transposase nécessaire à leur

transposition.

• Enfin on a mis récemment des éléments transposables dont358

on
ignore le mode de transposition
[Link].2. Mécanisme de transposition
• Transposition conservatrice : une séquence d’ADN est
transférée d’un site à un ô, entre un site donneur et un site
accepteur.
• Transposition réplicative : élément transposable est transféré
d’un site à un ô site, tout en restant au site original.

• Cela conduit à une ↑ du nbre de copies de l’élément

transposable.

• Une variante de transposition appelée rétro transposition est

tjrs réplicative car l’élément transposable n’est pas transféré en
tant que tel, mais simplement copié.

359
[Link]. Recombinaisons
• Génomes de tous organismes ont capacité de subir des
réarrangements
• qui vont permettre de modifier ou diversifier (acquisition,
délétion) le pool de leurs gènes et/ou le n° de leur expression.
• Ces méc de recombinaison génétique, essentiels à l’évolution,
peuvent ê classés en 3 familles :
 recombinaison homologue
 recombinaison transformationnelle
 recombinaison spécifique de site

• Ces 3 voies se distinguent par les méc mis en œuvre,protéines impliqués et

nature d’ADN recombiné.
• Les 2 dernières st svt regroupées sous le terme de « recombinaison
spécialisée ». 360
• Recombinaisons spécifiques de site,
généralisée et transposition, un des méc les +
importants par lesquels procaryotes et
eucaryotes réarrangent leurs gènes.
• Ces processus tout coe l’échange de gènes par
conjugaison et transformation influencent
gdement l’évolution.
• Un ex d’évolution rapide et récente est
l’acquisition par bactéries , depuis découverte
et l’utilisation des AB, il y a 60 ans, de
résistances multiples aux AB.
361
[Link].5. Mutation de l’ADN
• Réplication d’ADN n’est pas un processus parfait, en dépit de
nbreuses protections contre les erreurs.
• Les erreurs, quoique peu fréquentes, peuvent survenir et
concerner une ou ± pb.
• De +, facteurs extrinsèques, coe agents chimiques, lumière
UV, radiations et composés radioactifs,
• st capable d’introduire de modifications durables ds séquence
de nucléotides d’une molécule d’ADN.
• Une modification de la séquence de l’ADN est dite 1 mutation.
• Une mutation = lésion structurale non réparée.
• Une microlésion → mutation génique dite ponctuelles.
• Une macro-lésion, en général irréparable, → une mutation362
chrs.
[Link].6. Causes des mutations
• Mutations, accidents de copie des bases puriques ou pyrimidiques, se
produisent le + svt au cours de la réplication de l’ADN.
• ADN néo-synthétisé n’est + alors la réplique exacte de l’ADN parental.

• Mutations se produisant spontanément lors de la réplication st rares

• et le haut degré de fidélité de la réplication est dû : aux fx d’édition des

polymérases et aux systèmes de réparation.

• Certains agents mutagenèses exogènes ou endogènes ne st pas incorporés

ds l’ADN, mais modifient une base qui ne peut + s’apparier avec la base
adéquate.

 1. Agents alkylants : par ex, éthylméthanesulfonate ou

nitrosoguanidine st des agents alkylants qui ajoutent
respectivement un éthyle ou un méthyle sur l’oxygène en
position 6 de la guanine.
 Cela donne, après réplication , la transition GC->AT
363
 2. Oxydation : des formes réactives de l’O2 peuvent provoquer des lésions
oxydatives des bases.
• Elle st produites, par ailleurs, par la radiolyse de l’eau sous l’effet de
radiations ionisantes.
• Un des produits d’oxydation qui dérive de la guanine, la 8-oxo-7-
hydrodésoxy-guanine (8-oxodG),
 s’apparie fréquemment avec A, ce qui aboutit, après réplication à des
transversions GC-TA

En dehors de la réplication
• Ds d’ô cas, mutation peut ê la conséquence de dommages subits par l’ADN
sous l’effet d’agents chimiques ou physiques (UV, rayon X)
1. Agents chimiques : les agents chimiques mutagenèses st :

- des substances chimiques qui transforme la base : désamination oxydative

spontanée des bases est fréquente (1000 fois par génome et par jour°,
• en particulier celle de la cytosine en uracile (transformation du NH2 en OH).
364
- substances chimiques, ex, bromure d’éthidium, perturbent la
réplication en s’intercalent entre 2 brins d’ADN.
- Certains médicaments,cisplatine (ou cisdiaminedichloroplatine)
utilisé ds ttt de divers cancers, réagit avec N7 de G,
- établissant entre 2 G consécutives ou entre 2 G sur 2 brins
différents.
- substances chimiques qui se comportent coe analogues de
bases.
 5-bromo-uracile (5-BU) ressemble à la thymine(Br en 5 au lieu
de CH3) et provoque des transitions A-B.
 Ajouté à des cellules en croissance, il est un nucléoside
triphosphate et peut ê incorporé ds l’ADN à la place de la
thymine.
 Cpdt, sous sa forme énol, il s’apparie avec G (au lieu de A),
introduisant une mutation à l’étape de la transcription et de la
365
réplication suivante.
2. Agents physiques : ce st rayons X ou rayons UV.
• Phénomènes d’excitation électronique qui résultent de
l’absorption d’énergie de la lumière UV provoquent de nbreuses
rx photochimiques.
• Photo-produits + courants st : dimères de pyrimidine (surtout
les dimères T-T, suivis de T-C puis des C-C)
• et photo-produits 6-4( surtout C-C,suivisT6C puis T-T).

• Ces pontages intra-brins stables → une distorsion importante

de la double hélice.
• ADN polymérase ne sachant pas recopier ces 2 thymines
soudées, réplication s’arrête.
• Heureusement des systèmes de réparation assurent la
correction de toutes ces modifications de l’ADN à 99,9%. 366
[Link].7. Différents types de mutation
• L’accident de copie au cours de la réplication de l’ADN peut ê à
l’origine de mutations spontanées.
1. mutation par substitution
• On en parle si une base est mal copiée.
 Qd une purine est remplacée par une ô purine ou une
pyrimidine par une ô pyrimidine, c’est une transition.
 Qd une purine est remplacée par une pyrimidine ou
inversement, c’est la transversion.
2. Mutation par délétion ou insertion
• Dérapage réplicatif : ces erreurs peuvent se produire si st
répliquées des séquences courtes répétées d’1 ou ± bases,
• ce « bégaiement » d’ADN favorisant glissement d’1 brin sur l’ô.
367
- si brin matrice dérape en direction de son extrémité 3’, formant
à l’extrémité du brin une boucle (d’1 ou de ± unités de
séquences répétitives),
• le brin néo-synthétisé se trouve « raccourci » d’une unité de
séquence répétitive ;
• lors de la réplication svte,brin néo-synthétisé précédent,
devenu brin matrice, donne naissance à un nouveau brin =
« raccourci ».
• Dérapage réplicatif du brin matrice → donc une délétion.
• si le brin néo-synthétisé dérape en direction de son extrémité
5’, formant à l’extérieur du brin une boucle (d’1 ou de ± unité de
séquence répétitive),
• le brin néo-synthétisé précèdent, devenu brin matrice, donne
naissance à un nouveau brin =« allongé »
• le dérapage réplicatif du brin néo-synthétisé → donc, une 368
insertion.
3. Mutation au niveau de l’ARNm
• Si mutation se produit au n° d’un gène,ARNm transcrit à partir
de ce gène sera = modifié.
• Il faut comprendre que toute mutation sur une partie d’ADN qui
s’exprime → automatiquement un chgement au n° du codon.
• C’est pour cette raison que l’on examinera différentes
mutations possibles en raisonnant au n° du codon,
• donc d’ARNm (m si l’origine d’erreur est 1 mutation au n° de
l’ADN)
• Selon les cas,protéine synthétisée sera ou non très différente
de protéine initialement codée par le gène non muté.
• On peut distinguer mutations sans changement de cadre de
lecture et celles avec changement de cadre de lecture. 369
3.1. Mutations sans changement de cadre de lecture
3.1.1. Mutations silencieuses : substitution de nucléotide est sans effet,codon qui en
résulte codant le m aa.
• Par ex, UUU est remplacé par UUC.
• Ces 2 codons codent Phe.
• Cette substitution n’a donc aucune conséquence.
3.1.2. Mutations faux sens : un codon est remplacé par un codon donnant un aa
différent.
• Si l’aa est très différent, il en résulte une protéine le + svt anormale.
• Par ex, AAG (Lys) est muté en GAG (Glu).
• Lys est un aa basique alors que Glu est aa acide.
3.1.3. Mutations conservatrices : un codon est remplacé par un codon donnant un aa
du m gpe.
• Par ex, AAA (Lys) est muté en AGA (Arg).

• Lys et Arg faisant partie du m gpe d’aa basiques, cette mutation est le + svt sans
conséquence.
370
3.1.4. Mutations non sens : qui transforme un codon
codant un aa en un codon stop.
• Par ex, UGC qui code Cys est muté en UGA qui est
un codon stop.
• Si l’erreur se produit dès début de chaîne
peptidique,csqces st évidemment graves.
• Mais si erreur se produit à la fin de chaîne,cela peut ê
négligeable.
• Inversement un codon stop peut ê transformé en un
codon codant un aa.
• Il en résultera alors une protéine + longue.
371
3.2. Mutations avec changement de cadre de lecture
3.2.1. Mutations au niveau des introns :
• Introns d’un gène peuvent ê affectés par des mutations.
• Si la mutation a lieu à la jonction exon-intron (GT…AG), intron ne pourra
pas ê reconnu.
• On s’attendait à trouver ds ce cas une protéine aberrante où l’intron serait
traduit.
• En fait, le + svt on ne retrouve pas le produit de la traduction de ce gène.
 soit que l’ARNm soit rapidement dégradé ;
 soit que la traduction n’ait pas lieu
 soit qu’elle ait donné naissance à une protéine aberrante très rapidement
dégradée.
• Ds certains cas une mutation à l’intérieur d’un intron peut empêcher le
pliage correct de l’intron et empêcher ainsi l’excision-épissage.
372
3.2.2. Mutations insertionnelles ou délétionnelles :
• elles st dues à l’insertion ou délétion d’1 ou de ± bases qui → un décalage
ds la lecture des triplets.
• Ces mutations st graves si le déphasage se produit dès le début du gène.

• On obtient en effet ds une protéine complétement différente ou pas de

protéine du tout s’il y a des codons stop.

3.3. Les ô genres de mutations

3.3.1. Mutations et modifications quantitatives de l’expression des gènes :
• d’ô mutations, moins bien connues peuvent modifier l’expression d’un
gène :
 soit en modifiant une séquence régulatrice de la transcription située en
amont (5’) de la séquence codante, mais aussi parfois ds un intron ou en
aval (3’) de la séquence codante ;
 soit en altérant le site d’initiation de la transcription ;

 soit en modifiant les séquences 5’ ou 3’ non codantes des exons, qui 373
pourraient ê impliquées ds la stabilité de l’ARNm.
3.3.2. Points chaux de mutation : les îlots riches en CG ou « îlots HTF » :
• Mutations ponctuelles ne st pas régulièrement réparties ds génome.
• C’est ainsi que dinucléotides CG st considérés coe « points chauds » (hot
spots) chez l’hoe.
• En effet, la méthylation des cytosines :
 touche essentiellement les C en amont de G
 est un méc de blocage de transcription d’un gène s’il touche la région
promotrice.
• Cytosines méthylés ont tendance, au cours de l’évolution, à disparaître et à
ê remplacées par T.
• En effet, lors de la désamination accidentelle , C non méthylé donne U qui
est reconnue et donc réparé,
• alors que C méthylé donne T normalement présent ds un ADN

• et par conséquent non reconnue par le système de réparation et non

réparée.
374
[Link].8. Nomenclature des mutations et leurs pathologies

• Variations de séquence entre individus st nbreuses ds l’espèce humaine.

• Identification des gènes dont l’altération est responsable maladies ↑ chaque jour.

[Link].8.1. Nomenclature
• Ds banques de données,gènes, les ADNc et protéines ont chacun un identifiant et
leurs séquences nucléosidiques ou protéines st numérotées.

• Variation de séquence sera donc indiquée par les lettres minuscules g,c ou p, selon
qu’il s’agit du gène, de l’ADNc ou de la protéine,

• suivie d’un chiffre indiquent la position sur la séquence nucléotidique ou protéique de

référence.

Au niveau nucléosidique :

• une simple substitution sera indiquée par nucléotide initial, suivi du symbole > du
nouveau nucléotide (A>G) ;

• s’il s’agit d’une délétion, elle sera indiquée par « del » suivi des numéros des
nucléotides délétés (del292_296 par ex) ;
375
• s’il s’agit d’1 insertion,on indiquera 2 nucléosiques
entre lesquels se fait insertion, suivi du symbole « in «

• puis de la séquence nucléosidique insérée

(92_93insTAG par exemple).
• Au n° des séquences protéiques les m principes
s’appliquent :
 une simple substitution s’écrira par ex, Trp46Cys ou
Cys78X (X=codon stop)
 une délétion Tyr98_Val100del

 une insertion Leu21_Pro22insAM 376

• Des modifications + complexes peuvent s’associer et il ne faut
pas oublier que les 2 chrs peuvent ê atteints.
• Ds ce cas,variations de chacun des allèles st mises entre
crochets.
[Link].8.2. Pathologies
• Mutations germinales st susceptibles de donner :
 des maladies monogéniques si un seul gène est touché

 des maladies multigéniques si la maladie s’exprime lors de la

mutation simultanée de ± gènes.
• Des mutations somatiques associées ou non à des mutations
germinales st susceptibles de favoriser apparition de maladie
coe cancers.
377
 Maladie chromosome Gène Mutations

Drépanocytose 11 β-globine Faux sens unique

Thalassémies 16 et 11 αet β-globines Multiples

Myopathies de X Dystrophie Délétions

Duchenne

Hémophilie A X Facteur VIII Multiples

Mucoviscidose 7 Canal CFTR Délétion Phe508

majoritaire

378
379
380