Rapport de stage

Anatomopathologie

Réalisé Brahim HMAYDAT

e par : CHU Mohammed VI
Site de Laboratoire
d’anatomie
stage :
pathologique.
Période de stage : Du
15/12/2025 au 19/12/2025
Je tiens à adresser mes plus sincères remerciements à toutes les personnes
qui ont contribué à la réussite de mon stage. Je suis particulièrement
reconnaissant au personnel du laboratoire anatomopathologie CHU
Marrakech.

Nous tenons aussi à remercier chaleureusement Mme la Major EL

COUYED Houda ainsi que l’ensemble de l’équipe du laboratoire
d’Anatomie et Cytopathologie du Centre Hospitalier Universitaire Errazi.
Leur disponibilité, leur bonne humeur et l’esprit collaboratif qu’ils ont su
instaurer ont largement contribué à rendre cette expérience agréable et
instructive. Les échanges et moments de partage avec eux ont été
déterminants dans notre progression et notre compréhension approfondie
de la discipline.

Enfin, j’exprime ma profonde gratitude envers l’équipe pédagogique de

l’ISPITS Laayoune, notamment Dr. HIDDOU Abdeslam.
 Liste d’abréviations :

o Ac : Anticorps.
o AFA : Alcool absolu, Formol, Acide acétique.
o BOM : Biopsie Ostéo-Médullaire
o CHU : Centre Hospitalier Universitaire.
o DAB : 3-3’-Di-Amine-Benzidine.
o DASRI : Déchets d’Activités de Soins à Risques
Infectieux.
o FCV : Frottis Cervico-Vaginal.
o HE : Hématéine-Eosine.
o HRP : Peroxydase de raifort.
o IgG : Immunoglobulines Gamma
o IgM : Immunoglobulines Mu
o IgA : Immunoglobulines Alpha
o IF : Immuno-Florescence
o IHC : Immuno-Histo-Chimie.
o LBA : Lavage Broncho-Alvéolaire.
o LCR : Liquide Céphalo-Rachidien.
o MGG : May-Grünwald Giemsa
o PBS : Phosphate Baffered Saline.
o PO : Pièce opératoire.
 Liste des figures :

Figure 1: La macroscopie

Figure 2 : Automate de circulation.

Figure 3 : Automate de l’inclusion

Figure 4 : Classement des blocs

Figure 5 : Poste de la microtomie

Figure 6 : Etuve à 75°C

Figure 7 : Hotte du montage

Figure 8 : Lames après montage

Figure 9 : Microtome semi-

automatique

Figure 10 : Poste d’IF

Figure 11 : Coloration HES (coupe sur un carcinome de sein)

Figure 12 : Papanicolaou (FCV)

Figure 13 : MGG (LCR)

Figure 14 : Marquage par PRP (Récepteur HER2_carcinome de sein)

Figure 15 : Grocott. Aspergillose en noir (coupe tissulaire du

poumon)

Figure 16 : Archivage des blocs des biopsies

Figure 17 : Archivage des blocs des PO

Figure 18 : Archivage des lames

Figure 19 : Archivage du reste des PO

 Sommaire :
Remerciement
Liste des abréviations
Liste des figures
Sommaire
Introduction ..............
......................................
I. Phase pré-analytique : .....................................................................................................2
......................................
......................................
1. Réception : ........................................................................................................................2
..1
1. Vérification de la conformité ..................................................................3
2. Enregistrement ........................................................................................3
3. Biopsie .............................................................................................4
4. Pièces opératoires ....................................................................................5
Macroscopie .............................................................................................5
Circulation ...............................................................................................6
2. Inclusion ...........................................................................................................................7
3. Microtomie .......................................................................................................................9
4. Coloration .......................................................................................................................11
1. Par histochimie .......................................................................................11
1. Coloration standard = hématéine-éosine .........................11
2. Colorations spéciales ..........................................................13
2. Par immuno-histochimie ........................................................................14
1. Immuno-enzymologie .................................................14
2. Immunofluorescence ..................................................15
5. Cytologie ..........................................................................................................................16

II. Phase analytique .............................................................................................................17

1. Analyse microscopique ..................................................................................................17
II. Phase post-analytique.....................................................................................................18
1. Gestions des déchets .......................................................................................................18
2. Archivage..........................................................................................................................19

Conclusion
 Introduction :
Ce rapport est issu d'un stage de 5 jours effectué au Centre hospitalier
universitaire M o h a m m e d V I de MARRAKECH , ayant eu lieu du 15
December au 19 December 2025, dans le cadre de module de : Stage
d’anatomopathologie en S5.
Ce stage est inscrit dans l’intérêt de :

o Apprendre à travailler dans la situation réelle et découvrir le monde du travail

o S’insérer dans une équipe de professionnels et percevoir l’importance des
facteurs humains et des relations sociales au sein du laboratoire.
o connaitre le circuit de prise en charge d’un prélèvement histologique
et cytologique humain en anatomopathologie :
 Accueil et réception des différents types de prélèvements, les identifier et les
enregistrer.
 Fixation et examen macroscopique des prélèvements.
 Déshydratation et imprégnation des cassettes.
 Inclusion des prélèvements dans un bloc de paraffine.
 Coupe du bloc inclus en paraffine au microtome.
 Savoir la coloration standard (hématoxyline-éosine) et les colorations
spéciales.
 Savoir les techniques de l’immuno-histochimie et de la biologie
moléculaire.
 Archivage des lames, des blocs d’inclusion, et des prélèvements.
o Prévenir les risques liés aux activités de laboratoire et prendre les mesures
de sécurité et d’hygiène nécessaires.
o Respecter les exigences éthiques et la responsabilité professionnelle.

1
 I. Phase pré-
analytique
Toutes les étapes de la phase pré-analytique sont réalisées par des techniciens
de laboratoire à l’exception de l’étape de la macroscopie qui est assurée par des
médecins anatomopathologistes.

1. Réception :

Les prélèvements reçus au service d’anatomie pathologique proviennent soit

des patients hospitalisés au CHU (internes), soit des patients non hospitalisés
(externes).

Types de prélèvements reçus :

Liquides cytologiques : comme : LCR, liquide pleural,

LBA, ascite,…

Biopsies : il s’agit des prélèvements de petites tailles d’un

tissu ou d’un organe.

Pièces opératoires : il s’agit des prélèvements par exérèse

partielle ou totale d’un organe.

2
 1.1 Vérification de la conformité :

Les prélèvements apportés au laboratoire sont accompagnés d’un formulaire

de demande d’examen anatomopathologique qui contient :
 L’identification du patient : nom, prénom, sexe, âge,…
 L’identification du médecin prescripteur ;
 Siège, date et nature du prélèvement ;
 Le numéro d’entrée ;
 Le fixateur utilisé ;
 Le nombre de flacons et de fragments ;
 Renseignements cliniques sur les facteurs favorisants l’analyse ;
 Les antécédents pathologiques du patient ;
 Les antécédents des examens anatomopathologiques déjà effectués.

Durant la réception du prélèvement, la technicienne vérifie la compatibilité entre

les renseignements écrits sur les flacons et ceux de la fiche de demande : ainsi, il
faut vérifier que la quantité du formol contenu dans le flacon est suffisante

On considère comme non conforme tout prélèvement dont :

- le nom du patient sur le flacon est différent à celui sur la fiche.
- un flacon vide (seulement le formol :surtout pour les très petites biopsies).
- un flacon sans fiche. - absence de numéro d’entré
- un prélèvement non fixé qui doit l’être
- nombre de flacons ramenés ne correspond pas à celui sur la fiche.
Si le prélèvement est conforme, on attribue un « numéro d’anapath » qui
l’identifie durant toutes les étapes de s’analyse. Ce numéro marque l’année, le
mois du prélèvement et son numéro par rapport à l’ordre d’arrivé mensuel.
1.2 Enregistrement :

Le prélèvement sera ensuite enregistré sur le logiciel , en

mentionnant tous les renseignements déjà cités, ainsi que le service d’où le
prélèvement est issu et le nom du médecin préleveur.

3
 1.3 Biopsies

1. Identifier les casettes rose on écrivant leur numéro d’anapath

correspondant.
2. Placer une mousse imprégné de formol

3. Déposer le ou les fragments puis recouvrir par une autre mousse afin d’éviter
la perte des fragments vue leur petite taille.
[Link] les casettes dans un récipient contenant le formol à
10% Il existe deux types de récipient :
o Biopsie cycle courte (3h) : pour les fragments de petites
tailles
o Biopsie cycle long (14h) : pour les fragments de grandes
tailles
- indifféremment à leur taille sont toujours déposées dans le cycle long
les biopsies suivantes : peau, prostate, sein, vessie, cerveau et BOM.
 Les biopsies rénales sont fixées dans AFA pendant 2h, si l’analyse ne sera pas
effectuer après ces 2h, elles continuent leur fixation dans l’alcool à 60°
(fixateur lent).
 Noter le nombre de fragments sur le bon d’analyse
 L’ensemble de ces étapes est réalisé sous une hotte à flux laminaire verticale
(le formol est toxique par inhalation)

4
 1.4 Pièces opératoires
Macroscopie :

Apres la fixation dans le formol 10% pendant 24h à 72h (sein), le

médecin anatomopathologiste réalise un examen macroscopique en :
1. mesurant les trois dimensions de la pièce (longueur, largueur et
épaisseur),
2. pesant le poids,
3. cherchant les lésions suspectées,
4. décrivant les différents aspects pathologiques sur une fiche de macroscopie
en Word,
5. coupant et mettant les échantillons d’intérêt dans des cassettes blanches
identifiées par le N° d’anapath correspondant.
 Le nombre de cassettes dépond du nombre des régions suspectes
 Les cassettes sont déposées dans des seaux remplis de formol tamponné à
10%, en attendant le lancement du cycle long de la circulation.
 L’ensemble de ces étapes est réalisé sous une hotte à flux laminaire verticale
(le formol est toxique par inhalation)

Figure 1: La macroscopie

5
 Circulation :

C’est un processus automatisé multi-étapes réalisée par l’automate

Il existe deux types de cycles assurés par l’automate qui sont : le cycle court qui
dure 2-3h pour les petites biopsies et le cycle long qui dure de 12 à 14h pour les PO,
les
biopsies de grande taille, les biopsies cutanées, rénales, musculaires, cérébrales et
les biopsies de la prostate et la vessie.
Les cassettes -mises dans un panier- vont y passer selon l’ordre des étapes
suivantes :
1. Fixation :
La fixation a pour but la conservation des structures tissulaires dans un état
aussi proche que possible de leur état vivant, avec arrêt de toutes activités
mitotique et enzymatique. Ainsi que le durcissement de la pièce anatomique.
2. Déshydratation :
Le liquide fixateur utilisé est le formol tamponné à 10% (1bain)
Le but de cette étape est d’éliminer l’eau intracellulaire, pour pouvoir réaliser
une coupe fine par la suite sans perdre la structure cellulaire initiale au moment
de la rupture de la membrane plasmique (sortie d’eau brutale)
Ceci par passage du prélèvement dans des bains d’alcool de
concentrations croissantes (de l’alcool dilué à 80° jusqu’à l’alcool
absolu à 100°).
Cette étape prépare le tissu à l’étape de l’imprégnation en paraffine, vu
que cette
dernière est totalement hydrophobe.
3. Eclaircissement :
Par le passage du prélèvement dans un liquide intermédiaire afin d’en éliminer
les traces d’alcool absolu.
On utilise dans cette étape le toluène (3bains) qui un solvant intermédiaire
favorable aux échanges membranaires entre l’alcool↔toluène d’une part et
toluène↔paraffine d’autre part.
4. Imprégnation :
Les cassettes passent dans la paraffine liquide -avec un système de chauffage à
6
60- 70°C- qui infiltre toutes les cellules du tissu et donne un support interne rigide
au tissu facilitant sa coupure par la suite.
 Figure 2 : Automate de circulation.

2. L’inclusion/l’enrobage/mise en bloc:

Après la circulation, les cassettes sont envoyées avec leurs fiches vers la salle
d’inclusion en paraffine. Cette salle fonctionne la matinée pour les cassettes
traitées la veille.
Cette étape consiste à inclure le fragment du tissu en paraffine liquide chaude puis le
solidifier à basse température, ce qui permet de conférer au tissu un support externe
solide pour faciliter la coupe au microtome.
Cette opération est assurée par l’automate qui est composé de trois plaques :
1. une plaque chauffante à 70°C : qui a pour rôle de fondre la paraffine déjà solide
sur les cassettes prévenant de la circulation , ainsi de préchauffer les
moules d’enrobage.
2. une plaque chauffante à 68°C : qui a pour rôle de maintenir la paraffine à
l’état liquide et ainsi de chauffer les pinces avec lesquels on prend les fragments.
3. une plaque froide de -5°C à -15°C : qui a pour rôle de refroidir la
paraffine rapidement afin de la démouler et d’obtenir un bloc.

7
 Mode opératoire :

1. Ouvrir les cassettes et enlever leurs couvercles (faite attention qu’un

fragment reste couler sur le couvercle).
2. Déposer les cassettes sur la plaque à 70°C.
3. Choisir un moule selon la taille du fragment.
4. Couler la paraffine liquide dans le moule.
5. Placer le ou les fragments dans le moule à l’aide d’une pince chaude tout en
respectant son orientation initiale établie à la macroscopie. Pour la peau
déposer le fragment de telle façon d’observer les différentes couches
(l’épiderme et le derme).
6. Placer la cassette correspondante au fragment inclut, à l’ouverture du
moule.
7. Après
8. Placer refroidissement,
le moule sur la plaque froide
démouler pour rigidifier
et récupérer la paraffine.
le bloc.
9. Classer les blocs obtenus ainsi que les blocs communiqués par centaine selon
les numéros déjà attribués avec leurs fiches en vérifiant le nombre des cassettes
pour chaque prélèvement et le nombre des fragments inclus par cassette.

Figure 3: Automate de l’inclusion Figure 4: Classement des blocs

8
 3. La microtomie :

Cette étape consiste à couper le bloc en minces rubans afin de confectionner les
lames pour la coloration standard. L’épaisseur desrubans est de 2 µm pour les
biopsies et de 3-4 µm pour les PO.
Cette opération est réalisée à l’aide du microtome manuel , qui se compose de :
- Porte cassette.
- grande manivelle : pour le déplacement vertical du porte cassette (il possède
un bouton pour le bloquer lors de l’orientation du bloc = système de sécurité)
- Petite manivelle : pour le déplacement horizontal du porte cassette.
- Vis de réglage de l’orientation du bloc
- Vis de blocage du bloc de paraffine
- Bouton de réglage de l’épaisseur des rubans calibré.
- Bouton pour entrer dans le bloc et débiter la paraffine.
- Lame-rasoir permettant de couper la paraffine et former le ruban.

- Porte rasoir (+un trait rouge pour couvrir la lame-rasoir lors de l’orientation
du bloc = système de sécurité

9
 Mode opératoire :

1. Les blocs apportés de la salle d’inclusion sont mises dans le réfrigérateur puis
dans un bac contenant la glace afin de maintenir la paraffine solide et faciliter
la coupe.
2. Avoir une bonne installation de la lame rasoir et du bloc en réglant sa position
de façon d’être en parallèle avec le rasoir.
3. Commencer le rabotage : l’action de débiter le bloc pour éliminer l’excès du
paraffine afin d’arriver au tissu.
4. Confectionner les rubans obtenus en les déposants sur une lame propre
contenant une solution d’albumine à 0,1% qui permet de coller le tissu à la lame.
5. Eliminer l’excès d’albumine et placer la lame sur une plaque chauffante de 58°C
qui favorise l’adhésion des rubans et aide à se débarrasser des stries et des plis
des
rubans.
6. Après séchage des lames, les déposées dans un porte-lame à coté de leur
bloc correspondant
7. Identifiées les lames par les numéros de cassette correspondante et les placer sur
des grilles.
8. Les grilles sont déplacées dans l’étuve pendant 10-12 min à 70-75°C pour initier
le déparaffinage. (NB : les 10min ne sont comptées qu’à partir le moment que
l’étuve atteint la température de 70°C)

Figure 6 : Etuve à 75°C

Figure 5 : Poste de la microtomie

10
 4. Coloration :

Coloration

Par histochimie Par immuno-histochimie

Coloration Coloration Immuno- Immuno-

standard : HE spéciales enzymologie fluorescence

4.1 Coloration par histochimie :

4.1.1 Coloration standard : HE

La coloration standard réalisée pour tous les prélèvements tissulaires fixés et
inclus en paraffine est la coloration hématéine-éosine (HE). C’est une coloration
bi- chromatique consiste à colorer les noyaux cellulaires en bleu-violé par le
colorant basique hématoxyline, et à colorer le cytoplasme en rose et les autres
éléments en rose-rouge par le colorant acide : éosine.
Avant de procéder à la coloration, une étape de déparaffinage et d’hydratation
des lames est primordiale afin de permettre aux colorants de pénétrer dans les
tissus.
Mode opératoire :
1. Récupérer les lames de l’étuve et les mettre dans un panier.
2. déparaffiner par deux bains de toluène pendant 1 min pour chacun.
3. Passer par des bains d’alcool de concentration décroissante pour enlever le
toluène
et faciliter hydratation du tissu : 2 bains d’alcool absolu / 1 min, un bain d’alcool
à 96° /1 min, un bain d’alcool à 80° /1 min et un bain d’alcool à 70° /1 min.
4. Hydratation par des passages rapides dans l’eau courante puis l’eau distillée.
5. Coloration dans un bain d’hématéine pendant 1 min 30 sec si le colorant
est nouveau.
11
 6. Rinçage à l’eau courante puis passage par un bain d’alcool à 96°.
7. Colorer dans un bain d’éosine.
8. Passer par des bains d’alcool de concentration croissante pour refaire la
déshydratation : 2 bains d’alcool 96° / 1 min 30 sec, 2 bains d’alcool absolu /
1 min.
9. Passer par deux bains de toluène qui servent à l’éclaircissement des lames.

10. Montage :
Le montage a pour but la protection du tissu lors de la lecture sous le
microscope ainsi lors de l’archivage.
Il est assuré par une lamelle de verre imprégnée de colle (Eukitt) qui est déposée
sur la lame. Cette colle est utilisée en association avec du toluène qui permet de
la solubiliser et de bien l’étaler entre la lame et la lamelle.

Figure 8 : Lames après montage

Figure 7 : Hotte du montage

12
 4.1.2 Coloration spéciales :
Les médecins peuvent demander des colorations spéciales pour préciser des
structures ou substances suspectées par le pathologiste lors de son analyse initiale sur
les coupes de la coloration standard.

Quelques exemples de colorations spéciales :

Trichrome de Masson Réticuline

Mise en évidence des Mise en évidence des
fibres de collagènes fibres de réticuline

Giemsa Grocott
Mise en évidence Mise évidence des
d’Helicobacter pylori éléments fongiques

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 4.2 Coloration par immuno-histochimie :

4.2.1 Immuno-histochimie-enzymologie :
L’immuno-histochimie est une technique qui permet de détecter les antigènes dans
un tissu au moyen d’un anticorps, on utilise un marquage enzymatique indirect avec
la peroxydase.
Mode opératoire :

Nous n'avons pas pu le voir faute de temps.

14
 4.2.2 Immunofluorescence (IF):
Cette technique concerne deux types de biopsies :
1. Les biopsies rénales,
2. Les biopsies cutanées
 Ces biopsies subissent l’immunofluorescence directe.
 Les Ac utilisés son :
 Les immunoglobulines : IgG, IgM, IgA
 Fibrinogène
 Les fractions du complément : C1q, C3.
L’ensemble de ces biopsies viennent à l’état frais imbibées dans l’eau
physiologique stérile, se conserve par congélation dans l’azote liquide jusqu’à le
moment de l’analyse.
Mode opératoire :

Nous n'avons pas pu le voir faute de temps.

15
 5. Cytologie :

Il s’agit d’examen microscopique des cellules, isolées ou en petits amas, étalées

sur lames et colorées pour permettre de distinguer plus aisément leur aspect et
leurs anomalies afin d’établir un cytodiagnostic.
Mode opératoire :

1. Homogénéisation de l’échantillon : utiliser un vortex pour uniformiser le

prélèvement, puis prélever une quantité appropriée à transférer dans un tube
correctement étiqueté.
2. Centrifugation : concentrer les cellules en séparant les éléments solides du
surnageant
 1500tr/15min

3. Élimination du surnageant : conserver uniquement le culot cellulaire pour

l’analyse.
4. Fixation et re-homogénéisation : ajouter un fixateur afin de préserver la
morphologie cellulaire, puis homogénéiser de nouveau le culot.
5. Étalement sur lame : déposer le culot sur une lame de verre en une fine couche
pour permettre l’examen microscopique.

Figure 9 : Centrifuge Figure 10 : fixateur

16
 II. Phase analytique

C’est la lecture des lames par les médecins anatomopathologistes qui vont
analyser, interpréter puis valider les résultats.
Elle peut effectuer soit au microscope optique ou à fluorescence selon le type de la
coloration.

Figure 11 : Coloration HES Figure 12 : Papanicolaou (FCV)

(coupe sur un carcinome de
sein)

Figure 14 : Marquage par PRP

Figure 13 : MGG (LCR)
(Récepteur HER2_carcinome de
sein)

Figure 15 : Grocott. Aspergillose en

17 noir (coupe tissulaire du
poumon)
 III. Phase post-
analytique
1. Gestion des déchets :

Les déchets sont triés par les techniciens ou par les médecins
anatomopathologistes (poste de macroscopie) :
o Les déchets non contaminés ou ménagers sont jetés des poubelles.

o Les déchets contaminés sont jetés dans des poubelles contenant des
sachets rouge marqués déchets biologiques.

o Les déchets tranchants sont jetés dans des petits conteneurs jaunes
(DASRI).

o Les objets réutilisables sont désinfectés et lavés.

Après le triage, l’entreprise se charge de les récupérer et les traiter.

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 2. Archivage :

Les blocs de paraffine et les lames qui ont déjà été lus sont conservés plusieurs
années dans le but d’une relecture par les médecins sous demande du patient ou
l’enseignement et l’investigation.

Figure 16 : Archivage des blocs des Figure 17 : Archivage des blocs

biopsies des PO

Figure 18 : Archivage des lames

Figure 19 : Archivage du reste des

PO
19
 Conclusion :

Pour conclure, on peut simplement dire que ce stage a parfaitement répondu à mes
attentes. Il m’a permis de découvrir un univers que je ne connaissaisfinalement que
très peu mais pour lequel je porte un immense intérêt.

Après ma rapide intégration dans l’équipe, j’ai eu l’occasion de réaliser et

réussir plusieurs tâches qui ont constitué les missions de stage globale.

Enfin, Cependant, dans le même temps, le temps imparti n'était pas

entièrement suffisant ; nous n'avons pas pu obtenir toutes les
informations dans ce délai limité.