Module: Ecologie microbienne
Niveau: Master 2 / BGSM
Cours : 01
Introduction
Ecologie microbienne est une discipline au carrefour de l’écologie et de la
microbiologie. Elle consiste:
à caractériser la biodiversité microbienne d'un écosystème,
permet d’étudier la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat
(environnement, écosystème) ainsi que les interactions des microorganismes
entre eux et avec leur milieu.
On trouve des micro-organismes dans tous les écosystèmes (eau, air, sol,
aliment…etc.). Certains micro-organismes peuvent s’associer aux plantes ou aux
animaux et entretenir une relation de symbiose
Les organismes vivants avaient été répartis en deux ensembles biotiques :
les Procaryotes (de pro = primitif et karyon = noyau) et
Les Eucaryotes (eu = vrai) et cinq Règnes (Procaryotes, Protistes,
Mycètes, Animaux et Plantes).
Étant donné que les cellules animales et végétales sont eucaryotes, Les principaux
représentants des micro-organismes eucaryotes sont :Microalgues, Mycètes et
Protozoaires
Les Eucaryotes
Micro-Algues:
Elles présentent des caractères anatomiques et morphologiques typiquement végétaux. Elles ont
une membrane cellulosique et sont capables de photosynthèse.
Les microalgues sont des organismes unicellulaires photosynthétiques, à la base de la chaîne alimentaire en
milieu aquatique. De par leur extraordinaire biodiversité – de 40 000 à 70 000 espèces – et leur grande faculté
d’adaptation, elles sont présentes sur l’ensemble des surfaces du globe : des océans (soit ⅔ de la surface
terrestre) aux glaces arctiques, en passant par les lacs hyper-salés, les neiges éternelles, les forêts humides et
les murs de nos maisons. Le phytoplancton, qui comprend les microalgues et les bactéries phototrophes,
participe à 50 % de la production primaire mondiale et joue ainsi un rôle majeur dans la séquestration du
dioxyde de carbone atmosphérique (1). À ce jour, une vingtaine d'espèces de microalgues sont cultivées à des
fins de valorisation, majoritairement pour l’aquaculture et l’agro-alimentaire
Protozoaires:
Ils forment un groupe très hétérogène de micro-organismes eucaryotes. Un protozoaire est
un organisme eucaryote unicellulaire, généralement chimiohétérotrophe, phagotrophe,
prédateur ou détritivore, parfois mixotrophe. Sous la forme de ciliés ou de flagelles, ils sont
parfois la source de maladies comme la maladie du sommeil et le paludisme
Les protozoaires mesurent généralement de 10 à 50 μm, mais peuvent atteindre quelques
millimètres et peuvent être facilement observés au microscope. Ils se déplacent avec des
queues ressemblant à des flagelles.
Près de 30 000 espèces ont été trouvées. Les protozoaires existent
dans les milieux aqueux et dans le sol, occupant une large gamme de
niveaux trophiques.
Mycètes:
Les Fonges (Fungi), également appelés Mycètes (Mycota), sont un règne d'organismes
eucaryotes appelés communément champignons. Ce règne est diversifié, regroupant des
organismes microscopiques, invisibles à l'œil nu, microchampignons unicellulaires (
levures) ou pluricellulaires (moisissures), jusqu'aux « champignons supérieurs » dotés le
plus souvent d'un pied et d'un chapeau, que le promeneur récolte.
Les Procaryotes
Les archéobactéries ou Archées
Les archéobactéries sont un groupe de micro-organismes unicellulaires qui, comme les bactéries, ont
une morphologie procaryote (sans noyau ni, en général, organites membranaires internes).
Ils sont caractérisé par des cellules sans noyau et se distinguant des eubactéries par certains caractères
chimiques dont la constitution de la membrane cellulaire. Les archéobactéries se développent dans les
conditions de vie qui sont très difficiles voire impossibles pour la plupart des autres organismes. Par
exemple, Pyrobaculum provient de réservoirs profonds de pétrole chaud Methanopyrus se développe
dans un fumeur de mer profonde composé de fluides hydrothermaux émergeant des chambres
magmatiques à des températures allant de 200°C à 350°C et enfin Pyrobolus peut proliférer à 113°C. Par
ailleurs certaines archéobactéries peuvent proliférer en présence de NaCl à 30 %, à un pH=0 ou dans des
mares bouillantes.
Sur la base de critères, les archées ont été divisées en trois grands groupes :
Les archéobactéries méthanogènes
Les archéobactéries halophiles
Les archéobactéries thermophiles
Les Procaryotes
Les Eubactéries
La bactérie est un micro-organisme ubiquiste, unicellulaire et sans noyau (procaryote) dont le génome
est constitué d'ADN. Celui-ci consiste en un seul chromosome, et on note éventuellement la présence de
plasmides (petit morceau d'ADN circulaire). L'ensemble des bactéries forme le règne des eubactéries
(Eubacteria).
Les eubactéries comprennent la plupart des bactéries, excepté les archéobactéries. Elles occupent la
plupart des milieux, et constituent certainement en nombre de cellules, peut être en masse, la plus
grande partie du vivant. Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l’écosystème terrestre,
comme par exemple dans le cycle de l’azote ou du soufre. Elles jouent aussi un rôle prépondérant dans le
recyclage des déchets organiques.
Les eubactéries peuvent être :
Phototrophes (tirant leur énergie de la lumière),
Chimiotrophes (trouvant leur énergie de gradients chimiques non
organiques),
Hétérotrophes (trouvant leur énergie dans la matière organique
qu’elle soit vivante (parasitisme) ou morte
Les bactéries peuvent aussi être rencontrées dans des environnements plus extrêmes. Elles sont
qualifiées d’extrémophiles:
- Des bactéries halophiles sont rencontrées dans des lacs salés,
- Des bactéries psychrophiles sont isolées d’environnements froids comme des
océans Arctique et Antarctique, des banquises
- Des bactéries thermophiles sont isolées des sources chaudes ou des cheminées
hydrothermales.
On en trouve des aérobies ou des anaérobies strictes