Module: Ecologie microbienne
Niveau: Master 2 / BGSM
Cours : 02
Introduction
Ecologie microbienne est une discipline au carrefour de l’écologie et de la
microbiologie. Elle consiste:
à caractériser la biodiversité microbienne d'un écosystème,
permet d’étudier la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat
(environnement, écosystème) ainsi que les interactions des microorganismes
entre eux et avec leur milieu.
On trouve des micro-organismes dans tous les écosystèmes (eau, air, sol,
aliment…etc.). Certains micro-organismes peuvent s’associer aux plantes ou aux
animaux et entretenir une relation de symbiose
I. Les microorganismes pathogènes des milieux aquatiques
Un grand nombre d’infections humaines d’origine hydrique sont causées par des
microorganismes qu’il s’agisse de virus, de bactéries ou encore de protozoaires.
Ces microorganismes sont soit naturellement présents dans les environnements
aquatiques, soit transférés au sein de ces derniers via des sources d’origine fécale.
Ils séjournent dans ces environnements pendant un temps plus ou moins long avant
de contaminer un nouvel hôte.
1- Campylobacter :
L’eau environnementale peut être contaminée par le Campylobacter (genre) via la faune, les
stations de traitements des eaux usées, les rejets d’abattoirs et le ruissellement à travers les
sols contaminés (La contamination récurrente des terres agricoles par Campylobacter
proviendrait majoritairement de l’épandage de fumier)
Campylobacter est omniprésent dans les eaux
environnementales comme deuxième réservoir
présantant des toute eau exposée à l’environnement
naturelle ou affectée par l’être humain tels les lacs,
rivières, marais, bassins de rétention d’eau, l’eau
d’irrigation, etc. Elle peut contaminer les crustacés et les
coquillages et elle est responsable de gastro-entérites
chez l’homme.
2- Cyanobactéria (Cyanobactéries) :
Le développement excessif d’algues et en particulier les cyanobactéries, représente un
risque sanitaire important pour la santé humaine et animale du fait certaines espèces
peuvent produire des toxines et donc contaminer les eaux douces ou marines.
Les cyanobactéries (ou cyanophytes) sont des microorganismes phytoplanctoniques et
possèdent à la fois des propriétés communes aux algues et aux bactéries :
Comme les algues, elles possèdent la chlorophylle et utilisent la lumière comme
source d’énergie.
Ce sont également des microorganismes procaryote : ont une paroi cellulaire, n’ont
pas de membrane nucléaire et de reproduction asexuée.
Cent cinquante genres de cyanobactéries peuvent produire des molécules toxiques
(endotoxine) pour les mammifères (poissons et hommes).
3- Escherichia coli producteurs de Shiga-Toxines (STEC) :
C’est un groupe d’entérobactéries appartenant au genre Escherichia et constituent des
germes émergents et potentiellement pathogènes pour l’homme (gastro-entérites).
L’eau constitue leur deuxième réservoir.
Selon l’OMS (organistation mondiale de la santé) la STEC a été isolé dans des mares
et cours d’eau, dans des puits et des citernes et on a observé qu’elle survivait pendant
des mois dans le fumier et les sédiments des citernes.
On a signalé des cas de transmission hydrique, à la fois par de l’eau de boisson
contaminée et des eaux à usage récréatif.
4- Legionella
Les legionella sont des germes ubiquistes qui se rencontrent dans les eaux douces
des lacs, des rivières et des eaux thermales ainsi que sur les sols humides et les
biofilms (température entre 20°C et 60°C).
A partir de ces milieux naturels, ces germes peuvent contaminer les milieux hydriques
artificiels : réseaux de distribution d’eau chaude, systèmes de refroidissement, tours
aéroréfrigérantes humides (Tars),….
Les légionelles peuvent également coloniser des microorganismes de ces milieux
hydriques tels que des cyanobactéries, des protozoaires ciliès et des amibes
5- Listeria
Les listeria et notamment Listeria monocytigenes sont des bactéries ubiquistes. Ils
sont détectés dans les eaux douces et marines, les estuaires, les eaux usées urbaines
et industrielles ainsi que les coquillages vivants.
Pathogène pour l’homme listériose.
6- Salmonella, Shigella et Yersinia :
Ce sont des entérobactéries, qui peuvent être véhicules par l’eau
7- Vibrio :
Les Vibrio, de la famille des Vibrionaceae, sont des bactéries des eaux douces,
saumâtres ou marines suivant les espèces, en fonction de leur tolérance
(halotolérantes) ou de leurs exigences (halophiles) en chlorures de sodium.
Les Vibrio sont des bâtonnets gram négatifs droits ou incurvés, halophiles, possédant
des flagelles polaires.
Ils sont des microorganismes des milieux aquatiques, capables de coloniser plusieurs
organismes : poissons, mollusques, crustacés, éponges, coraux
Certaines espèces sont pathogènes pour l’homme (Vibrio Cholerae) alors que d’autres
le sont pour les animaux aquatiques :
Vibrio cholériques des eaux douces et marines et sont halotolérants (jusqu’à 3%
de NaCl). Certaines souches sont pathogènes pour l’homme (Vibrio cholerae,
engendrent le choléra).
Vibrio halophiles isolés dans les eaux côtières saumâtres et dans les espèces
aquatiques (coquillages, crustacés et poissons). Ils se développent en présence de
sel (3%Nacl) et tolèrent jusqu’à 6 à 8% de Nacl :
• Vibrio parahaemolyticus : une espèce isolée en mer Méditerranée, tolérant de 8 à
10% Nacl. Cette espèce est à l’origine de toxi-infection sévère chez l’homme après
consommations de bivalves ou poissons contaminés crus ou peu cuits.
• Vibrio vulnificus ne présentent pas de risques sanitaires majeurs pour l’homme
• Vibrio alginolyticus : c’est l’espèce la plus dominante dans l’environnement marin
• Vibrio tapetis : Espèce potentiellement pathogène pour la palourde japonaise,
Ruditapes philippinarum et provoque une mortalité massive (la maladie de
l’anneau brun)
• Vibrio anguillarum : Espèces pathogènes pour les poissons.
8- Les virus planctoniques :
Les virus sont présents dans tous les écosystèmes aquatiques (océans, mers,
estuaires, golfes, lacs, rivières, lagunes, sources hydrothermales, sédiments, glace,
etc.), à toutes les latitudes (polaires, tempérées, tropicales) et à tous les niveaux
trophiques.
Ils sont des parasites obligatoires des cellules vivantes. La microscopie électronique a
permis d’identifier des particules virales à l’intérieur de microorganismes diversifiés
(les bactéries, les cyanobactéries, les micro-algues).
Un virus est spécifique d’une espèce : les virus bactériophages sont spécifique des
bactéries y compris les cyanobactéries. Leurs concentrations naturelles dépassent
généralement 6 à 20 millions particules par millilitre d’eau (25 fois plus nombreux que
les bactéries).
8- Les virus planctoniques :
Les virus interviennent dans:
(i) la mortalité bactérienne et algale Les virus représentent une cause
importante de la mortalité des microorganismes en milieu aquatique (35 – 60%
de mortalité journalière de bactéries = même ordre que celle due à la prédation
par les protozoaires ciliés et flagellés).
(ii) la diversité du compartiment microbien les virus sont des réservoirs
extracellulaires du patrimoine génétique de leurs cellules hôtes, ils représentent
de véritables vecteurs de transfert horizontaux de gènes entre différentes
souches de microorganismes présents dans les écosystèmes aquatiques.
(iii) Impact considérable des virus sur la composition, la diversité et le
fonctionnement des réseaux trophiques microbiens aquatiques impact le
recyclage des nutriments
II. Les biofilms :
Sont des structures complexes composées de microorganismes nombreux, variés liés
entre eux par les exopolymères (polysaccharides) qu’ils ont secrétés.
Ces biofilms favorisent les interactions entre les cellules et leur assurent une certaine
protection. D’abord les microorganismes s’attachent et forment une couche
monocellulaire, c’est le biofilms simple (figure ci-dessous)
En présence de lumière et de nutriments, ces biofilms peuvent devenir plus
complexes et comporter des couches de microorganismes de différents types : tels
que des microorganismes phototrophes en surface, des chimioorganotrophes au
milieu et des microorganismes sulfatoréductrices (anaérobies) en bas.
Ces biofilms complexes forment des structures comportant des agrégats de cellules,
des pores interstitiels et des canaux (des conduits). Ce développement implique la
croissance des microorganismes attachés et l’accumulation des cellules libres en
surface qui sont simultanément piégées et immobilisées, et qui passent au-dessus en
expansion. Cette structure permet au nutriment d’atteindre la biomasse microbienne
et les canaux sont formés par les protozoaires qui se nourrissent des bactéries.
II. Les biofilms :
Si les conditions environnementales le permettent, Ces biofilms peuvent devenir
tellement grands qu’ils atteignent des dimensions macroscopiques et deviennent
visibles. Ces épais biofilms, appelés tapis microbiens existent dans de nombreux
milieux marins et d’eau douce, à la surface de rochers ou des surfaces solides.
III. Les microorganismes des milieux océaniques profonds:
Au-delà de 100 à 200 m de profondeur, la lumière ne pénètre pas. La photosynthèse
est impossible (pas de production primaire).
La matière organique qui alimente les profondeurs est d’origine détritique, cadavres,
débris, pélotes fécales des organismes vivants dans les couches supérieurs. La
pression hydrostatique représente un paramètre majeur pour la sélection des
microorganismes.
La concentration des bactéries = 106C /ml en surface et profondeur 103C/ml. Les
profondeurs des océans varient de 100 à 11000 mètres avec une température < 5°C.
Dans ces milieux, la pression augmente d’environ 1atmosphère (1atm) tous les 10
mètres avec 1000 atm aux profondeurs.
III. Les microorganismes des milieux océaniques profonds:
Les microorganismes classés selon la pression :
Les Barotolérants se multiplient entre 0 – 400 atm., mais elle a un développement
maximal à la pression atmosphérique
Les Barophiles préfèrent de plus hautes pression :
les barophiles modérés ont un optimum de croissance à 400 atm mais peuvent
encore se développer à 1 atm.
les barophiles extrêmes ne se multiplient qu’aux pressions élevées. Les différences
de pression influencent de nombreux processus biologiques : la division
cellulaire, l’assemblage des flagelles, la réplication de l’ADN, transport
membranaire, synthèse des protéines.
Les porines (protéines de la membrane externe formant des canneaux)
fonctionnent plus efficacement à des pressions spécifiques.
III. Les microorganismes des milieux océaniques profonds: