VIROLOGIE GENERALE

Structure et
classification des virus

2eme BM
ARN =>
ADN

Szathmary E , Maynard Smith J . 1995

• La virologie est la science qui étudie les virus
• en latin, "virus" désigne le poison, le venin, la
bave.
• Elle fait partie de la microbiologie en raison de
la taille des virus (<0,3 µm).
 Virologie et Empirisme
• Dans les années 1880 => théorie germinale des maladies
infectieuses
• => 4 grands critères
oIsolable en milieu nutritif artificiel
oTransmissible après culture
oVisible au microscope
BACTERIE

oFiltrable sur filtre de porcelaine (filtre Chamberland)

Filtre de porcelaine poreuse

Chamberland de l’équipe de pasteur travaillait sur la qualité de l’eau de Paris
 Virologie/Virus
Notion de Virus fin de l’empirisme?

Ivanovski en 1892 montre que la sève d’une plante infectée

par le TMV (virus de la mosaïque du tabac) filtrée
sur filtre chamberland reproduisait la maladie
sur une plante saine

Notion de toxine d’une plante à l’autre

Traitement à l’alcool élimine l’effet
Découverte des virus

Expérience d ’Ivanowski (1890)

Feuille de plante malade
(mosaïque du tabac) Plante saine Plante malade

Bougie de porcelaine

Filtrat Infectieux
en absence de
bactéries
• Observation du virus sur les momies
• Les traces sur les images
• Chute de l’empire romain: séries de pandémie (peste, variole…)
• Conquête de l'Amérique avec l’arrivée des blancs entrainant la perte
des indiens (variole)
• Femmes qui faisaient la traite des vaches
 Virologie et Empirisme
Dés 1881 :
=>Pasteur montre que la rage est transmise par un agent ne
respectant aucun des 3 critères :
• Invisible au microscope
• Ne se réplique pas dans un milieu nutritif
• Pas retenu par le filtre Chamberland
=> Il propage l’agent en inoculant à des cerveaux de lapins trépanés des
extraits de cerveaux de chien porteurs de la rage
=> Il passe des extraits de cerveaux d’un lapin à un autre
=> jusqu’à ce que la pathologie soit toujours la même
sur les lapins épreuves

Culture de Virus
Clonage Viral
Animal de Laboratoire
Virologie et Empirisme
• ⇒ En inoculant des broyats de cerveaux de lapin infectés desséchés à
la potasse
• ⇒ Protection contre épreuve virulente

• Le 25 février 1884,
PASTEUR, CHAMBERLAND et ROUX annoncent la découverte du «
vaccin » contre la rage.
Vaccin virus atténué
Faits historiques sur Virus

Virus ou Poison (latin)

AvJC
2000-1000 : Variole (ou petite vérole) se répand en Inde, Chine,
Japon et Afrique (famille des Poxviridae)

1000 : utilisation de la Vaccine (Cowpox) par des médecins chinois

pour essayer de protéger les enfants contre la variole.

1157: le Pharaon RAMSES V meurt de la variole

323 : l ’ Empereur Alexandre le Grand meurt d’une infection virale à

Babylone (WNV; virus du Nil; Flaviridae)
 Faits historiques sur Virus
ApJC
1517 : Cortes et ses soldats arrivent aux Amériques avec la Variole. Environ
3.5-5 M de morts dus à la variole en 2 ans.

1700-1796: utilisation de la variolation pour tenter de protéger les personnes

contre la variole dans l’Empire Ottoman;
E Jenner.

1880-1900: les agents ultra-filtrables par L Pasteur et R Koch; le premier

virus, le TMV (Tobamoviridae) par Ivanovski and W. Beijerinck.
PASTEUR, CHAMBERLAND et ROUX annoncent la découverte du « vaccin »
contre la rage. Le 25 février 1884
1900: 2-3 enfants sur 5 meurent de la variole avant 5 ans .
 Faits historiques sur Virus
• 1901 : Epidémie de fièvre jaune lors des guerres mexicaines et à Cuba. Walter
Reed et son équipe ([Link], JW Lazear, J Carroll) démontrent le rôle
de Culex fasciatus dans la transmission : James Carroll et Jesse
Lazear se font piquer volontairement par desmoustiques infectés
• 1905-1911:Anémie chez les chevaux par L Carré (FR) et le virus EIAV; ALV chez
les poulets par Ellerman & Bang (DAN); Rous sarcoma virus (RSV) par P Rous
(USA) (par infections successives d’oiseaux).
• 1911-1915: découverte des bacteriophages (les dévoreurs de bactéries par F
d’Herelle; FR-Canada).
 Faits historiques sur Virus
• 1918: pandémie de grippe H1N1 (Orthomixoviridae) (40 M de morts en 8 mois;
pneumopathies)

• 1950-1970: découverte des virus oncogéniques chez les rongeurs, rats et souris
AKR MLV par L Gross (DE);
• MoMuLV par Moloney puis Rauscher, Harvey and Kirsten MLV (RaMLV, HaMSV
& KiMSV).

• 1967: découverte des premiers viroïdes comme PSTV (potatoes) et CCCV

(coconut trees)
 Faits historiques sur Virus
L’hypothèse du provirus où des virus modifient naturellement le génome,
par H Temin (USA).

L’enzyme transcriptase inverse (RT) par H Temin, H Mizutani et D

Baltimore (USA);

et S Spiegelmann (USA) sur les premiers rétrovirus endogènes humains

(HERV);

L’origine cellulaire des oncogènes (c-Ras, c-Src et c)… par H Varmus & M.
Bishop (USA), et les débuts de l’oncologie moléculaire

La transfection d’ADN pour modifier à la demande le génome des cellules

 Virologie/Virus
Notion de Virus
John Buist en 1886 Dr écossais premier à avoir vu un virus
virus de la Variole à partir de liquide de lésions
=> microscopie optique
Défini comme « Particules élémentaires »
1940 Helmuth Ruska Visualise par microscopie électronique
la première particule virale de cawpox
 Virologie/Virus
Notion de Virus
Karl Landsteiner en 1908 et Erwin Popper ont montré pour la première fois
que des virus pouvaient être responsables de pathologie strictement humaine
=> Poliomyélite
Francis Peyton Rous en1911 montre pour la première fois sur des volailles
qu’un virus pouvait donner un cancer
=> Recherche médicale obnubilée par virus et Cancer
=> 1981 découverte du HTLV1 et de son lien avec les
lymphomes
=> depuis d’autres prouvés HPV, HBV, HHV8 (Kaposi)…

Frederic Twort et Felix d'Herelle en 1918 montrent

l’existence de virus infectant les bactéries =>bactériophages
Virus/ Bactérie/Parasite ?
Virus/ Bactérie/Parasite ?

Virus Bactérie Parasite

Taille 0,002µm 0,4à2,5µm

2µmà
plusieurscm

Acidenucléique ARNouADN ARNetADN ARNetADN

Structure simple complexe complexe

Autonomie - + +/-
Virus exogène très
répandu: EBV ou virus
d’Epstein Barr
Ici attaché à son récepteur
(le CD21) à la surface d’un
lymphocyte B
EBV est dormant dans la
majorité des cas, mais
s’exprime
lors de déficits immunitaires
Courtesy of H Gruffat
(ENS, LYON)
définition de Wolf (1953): Virus
1. Il ne possède qu’un seul type d’acide nucléique, soit ADN, soit ARN.
2. Le virion se reproduit à partir de son seul acide nucléique.
3. Le virion est incapable de croître et de subir des divisions binaires.
4. Le virion ne possède aucune information génétique concernant les enzymes
du métabolisme intermédiaire producteur d’énergie.
5. La multiplication du virion nécessite l’utilisation des structures de la cellule
hôte et plus spécialement de ses ribosomes

Virus : entité de petite taille <0,3µm

=> Un seul type d’Acide nucléique
=> Réplication de son génome non mitotique
=> Parasite obligatoire de la cellule
=> Nécessite une cellule hôte
Renato Dulbecco (en 1952) a montré que les virus pouvaient se répliquer
en plage de lyse sur des cellules animales
 • Origine du mot : Virus => poison en latin

Depuis la découverte des virus => des milliers d’espèces identifiées

Pas une entité unique mais un ensemble complexe très varié
⇒ point commun majeur ils ont besoin de cellules pour se multiplier
Découverte des virus
• XIX siècle : transmission expérimentale
• Agents ultrafiltrants : Ivanowski (1890)
• « Virus » : Beijerinck 1898
• Début de la vaccination : Jenner (Variole)
• XX siècle : génétique
• Bactériophages et échanges génétiques
• Classification de Lwoff (1953)

Edward Jenner Martinus Beijerinck Dmiti Iwanowski André Lwoff

1749-1823 1851-1931 1864-1920 1902-1994
 Définition des virus : Génome & Protéines
VIRUS = Parasite Absolu, sans Système
Energétique

Intracellulaire se Effet Antiviral souvent

Cytotoxique

Réplicant à partir d' Multiplication : ni croissance ou

division, mitose ou scissiparité.

Un Acide Nucléïque en une Un et un seul : Le génome viral

Structure infectieuse, Forme mature extracellulaire

Le VIRION
Définitions : Virus et virions

• Virus :
• Information génétique ± structure
• Formes intra et extra-cellulaires
• Virion :
• Particule virale protégeant le génome viral hors d’une
cellule
• Provirus et prophage :
• Génome viral intégré au génome de la cellule hôte
 Le virion ou la
particule virale
représente l'unité
structurale du virus.
Le virion peut être
défini comme le
produit ultime du
développement viral,
Le génome viral correspondant à
une particule virale
La capside. mature, infectieuse et
extracellulaire
 Structure des Virus

Elle a progressé depuis les années 1930

=> découverte du microscope électronique
Années 1980 forte expansion avec la biologie moléculaire
=> séquence complète du poliovirus 1983

Génome => Acide Nucléique

Capside +/- complexe =>AN +protéines
Enveloppe => Membrane de
la cellule hôte
Glycoprotéines externes
• Définition des virions
• une particule virale complète et mature.
• Structure
• a). L’acide nucléique
• b). La protéine capside.
• la nucléocapside. virus nu.
• c). L’enveloppe virale
• Pour certain virus, nucléocapside est entourée d’une structure
appelée enveloppe.
• virus enveloppé.
• La capside
• sous-unités morphologique,
• capsomères.
• sous-unité chimique ou structurale.”
• Les nucléocapsides
• à symétrie hélicoïdale.
• à symétrie icosaédriques ou cubique.
• à symétrie composée .
Génome
• Différences
• Génomes à ARN ou ADN
Simple ou double brin

• Différentformes

• Petit ou grand bases

Structures que contiennent les virus
• Tous les virus
contiennentADNetARN ● Fonction de l'ARN :
• Fonction de l'ADN :stocke transcrire et traduire
le matériel génétique d'un gènes et protéines
organisme dans les
noyaux
 Le génome viral
• Le génome viral est constitué, soit d'ADN, soit d’ARN
• Organisation du génome
• Chez les virus à ADN:
L'ADN est en général bicaténaire et linéaire (peut être monocaténaire,
circulaire).

• Chez les virus à ARN:

L'ARN est en général monocaténaire et linéaire.

• L'information codée dans le génome viral sous la forme de séquences de

nucléotides est traduite en protéines. Ces protéines sont:
• Soit des protéines structurales
• Soit des protéines non structurales, qui interviennent lors de
la multiplication intracellulaire du virus, mais qui ne sont pas incorporées dans
Le génome viral

• Il n'existe aucun gène concernant le métabolisme

intermédiaire, le virus dépend donc entièrement des
cellules hôtes pour sa réplication et sa survie.

• L'originalité des virus est leur capacité à détourner la

machinerie cellulaire de la cellule parasitée pour leur
réplication, ce qui aboutit dans de nombreux cas à la
destruction de la cellule hôte.
 La capside
• C'est une coque protéique qui entoure et protège l'acide
nucléique viral. Elle est constituée d'un assemblage de sous-
unités répétées (appelées auparavant "capsomères",
appelées actuellement "unités de structure" ou "unités
morphologiques").

• L'ensemble génome + capside constitue:

• Le virion des virus non enveloppés,

• La nucléocapside des virus enveloppés (dans ce cas,
nucléocapside = virion + enveloppe).
Capside

• Tous les virus contiennent

des protéinescapsides

• Fonction des capsides

protéiques :coquilledu
virus et
enfermegénétiquematériel
La capside

• Assemblage des unités de structure

• Structure primaire des protéines: assurée par des liaisons
covalentes, peptidiques.

• Structures secondaire et tertiaire (structure

tridimensionnelle) : assemblage des protéines en sous-
unités et assemblage des sous-unités en capside: assurées
par des liaisons non covalentes, polaires (liaison
hydrogène) ou non polaires (forces de Van der Waals et
interactions hydrophobes).
 La capside

• Les types de symétrie: la capside est constituée par la répétition

d'une seule ou de quelques sous-unités protéiques.
L'assemblage par répétition implique un arrangement symétrique.
Il existe deux types principaux de symétrie:
• Nucléocapside à symétrie icosaédrique ou cubique
La capside
Symétrie hélicoïdale
Fonctions de la
CAPSIDE
• Packaging ou Condensation
• Protection du génome
• Transport des acides nucléiques
d’une cellule à l’autre
• Offre une spécificité d’attachement
L'enveloppe

• Elle représente un deuxième critère de classification.

• Elle est constituée d'une couche bilaminaire lipidique et
protéiques glycosylées ou non (nature lipido-glucido-protéique).
Les unités structurales sont les péplomères.
• Le contenu en lipides confère aux virus enveloppés une
sensibilité aux détergents, sels biliaires, agents tensio-actifs
(éther), à la chaleur.
• Les virus enveloppés sont donc des virus fragiles qui seront
transmis par contact direct entre individus.
Exception : le virus de l'hépatite B, enveloppé, est résistant à de
nombreux agents.
L'enveloppe
• L'enveloppe a une double origine, virale et cellulaire: elle
est formée par bourgeonnement de la nucléocapside à
travers l'une des membranes cellulaires (membrane
plasmique, appareil de Golgi, réticulum endoplasmique ou
membrane nucléaire).
• L'enveloppe a de nombreuses fonctions:
• morphologique
• antigénique
• hémagglutinante
• enzymatique
• site d'attachement au récepteur cellulaire.
• L’enveloppe virale
• provenir des systèmes membranaires de
cellule hôte par bourgeonnement.
• 2 types de spécificités antigéniques distinctes:
• les unes sont cellulaires,
• les autres sont virales.
• Les antigènes des virus se fixent dans la membrane
cellulaire au moment de la biosynthèse du virus.
• sous forme de spicules.
• Compositions chimiques
• L’acide nucléique
• Les protéines.
• Lipide et hydrate de carbone
• L’acide nucléique
• un seul type d’acide nucléique ARN ou ADN.
• acide nucléique bicaténaire, monocaténaire.
• acide nucléique infectieux.
• déterminer la multiplication, l’hérédité et la
variation
• Les protéines
• 70% du pois total des virus.
• capside, du mésenchyme de l’enveloppe, et des enzymes.
• a). Elle protège le génome viral.
• b). Elle permet l'absorption et la pénétration virale en se
combinant avec les récepteurs cellulaire.
• c). Elle a des caractères antigéniques
• d). Elle possède la toxicité pour la cellule-hôte.
• Lipide et hydrate de carbone

• Les lipides et hydrate de carbone sont

• principalement présents dans l’enveloppe.
• Les fonctions des enveloppes sont les
• mêmes que celles de la capside.
• Après la destruction de l’enveloppe par les
• solvants des lipides, le virus perd son pouvoir
• pathogène.
Orthomyxovirus)
A : virus non
enveloppé
B : virus enveloppé

1. Capside
2. Acide
nucléique
3. Unité de
structure
4. Nucléocapsid
e
5. Virion
6. Enveloppe
7. Spicule
Taille des virus
• Sphérique: 20 nm à 500 nm

• Tige: 12 nm à 300-2000 nm

• Observé facilement au microscope électronique

Ex : Mimivirus est à 500 nm qui Infecte les algues
Ex : Parvovirus est à 20 nm de diamètre qui Infecte algues

• Taille du génome Viral range varie de 2,000 bp to 1,200,000 bp

Classification des Virus
⇒ Classification à évoluer avec les techniques d’investigation

⇒ En fonction de l’hôte
(Bactéries, animaux ou végétaux)

⇒ En fonction du mode de transmission

(respiratoires, entéritiques , arbovirus arthropode borne virus)
 Classification des Virus
⇒ Classification à évoluer avec les techniques d’investigation

⇒ En fonction de leur structure externe :

enveloppés /non enveloppés
⇒ En fonction de la composition de leur génome :
(ARN ou ADN)

⇒ En fonction de leur phylogénie compare :

(séquence de leur génome)
 Classification des Virus
Classification : depuis Lwoff (1962)
1 LE GENOME
1° - la nature du matériel génétique- ADN- ARN
2° - la structure de l'acide nucléique- monocaténaire- bicaténaire
3° - la forme de l'acide nucléique- linéaire- circulaire- non segmenté- segmenté-

2 - L'ENVELOPPE
virus nus (N)
virus enveloppés (E)
 Classification des Virus
Classification : depuis Lwoff (1962)
3 - LA SYMETRIE DE LA CAPSIDE
-symétrie hélicoïdale (H) => Protéine de capside sur l’Acide nucléique
-
symétrie icosaédrale (I) => Capside structurée

Classification : complétée en 1978

4- LIEU D’ASSEMBLAGE DES VIRIONS
=> le noyau ou le cytoplasme de la cellule infectée
=> nombre de capsomères (virus I) ou diamètre de la nucléocapside (virus H)

Récemment complétée par

=> Organisation des gènes au sein du génome
 Classification des Virus
Nomenclature actuelle => obéit globalement à la nomenclature de Linné
RECOFGERVI:
Règne, Embranchement, Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce, Race, Variété, Individu

R E C O F (s/F) G E R V I
Famille, Sous Famille , Genre , Espèce souche /isolat
idae inae irus

Herpesviridae alphaherpervirinae Simplexv HHV1

irus
Picornaviridae Orthoretrovirinae Enterovirus Poliovirus
Retroviridae Lentivirus HIV1
ICTV Virosphere
 Famille Virale / Humain
Génome FAMILLE

ADN Poxviridae
Enveloppés Herpesviridae
Hepadnaviridae
Bicaténaire
Nus Adenoviridae
Papovaviridae
Monocaténaire Nu Parvoviridae

Flaviviridae
Monocaténaire Togaviridae
+ Enveloppés Coronaviridae
Retroviridae

Monocaténaire Nu Picornaviridae
+ Caliciviridae

Monocaténaire Rhabdoviridae
nonsegmenté Filoviridae
- Paramyxoviridae

Monocaténaire (8)Orthomyxoviridae
segmenté (2)Arenaviridae
- (3)Bunyaviridae
Enveloppés
Bicaténaire Nu (10)Reoviridae
ARN segmenté
Virus ADNsb
• Virus ssDNA ont les caractéristiques :
• Petit génome, 2-7 Kb
• Probablement due a la nature instable du ssDNA
comparé au dsDNA
• Génomes circulaire exception des Parvoviridae
• Non enveloppé
• Prédominance de la capsides icosaédrique
 Virus DNAdb
• Exemples de dsDNA virus qui infectent les humains
• HSV, HPV et adenoviruse parmi une une large gamme de virus non
connus

• Taille du génome varie de 5 à 1180 Kb, expliquant la stabilité du

dsDNA
• Génomes non fragmentés linéaire et circulaire
• Taux d’erreur faible lors de la réplication

• Pas dsDNA virus connu infectant les plantes

• Les dsDNA virus sont à 95% des Phages

ARNdb Virus
• Ils utilisent ARN dépendent de la polymérase
• capside icosaédrique
• Capside reste intacte dans la cellule. Why?Genome protection.
• Transcription est faite grâce ARN polymérases
• Reoviruses (dsRNA) sont capables d’infecter plusieurs espèces
(plantes, vertebés, fungi).
• Rhabhoviridae infecte plusieurs espèces
• Le fait qu’elles portent leurs propres protéines de réplication /
transcription d’ARN les rend plus habiles
Virus ARN simple brin
• Très commun chez les virus de la plante d'être + ARNss
• Une seule famille de phage est + ARNss
• Les virus à ARN ont des génomes linéaires
• Comme les virus à ADNsb, ils sont sensibles aux nucléases et
à la dégradation des cations divalents
• Le coronavirus possède le plus grand génome de virus +
ARNss (16-30 Kb)
Virus – RNA sb
• Ce groupe comprend certains des virus les plus meurtriers
Ebola, rage, grippe, rougeole

• Seulement les nucléocapsides hélicoïdales

• La nucléocapside semble fournir de la stabilité à l’ARN

polymérase dépendante de l’ARN pour générer + ARNss
• + ARNss = ARNm
Virus avec Transcriptase inverse
• 3 familles appartiennent à ce groupe Retroviridae
• Retroviridae, Ex. HIV
• Hepadnaviridae, Ex. Hépatite B
• Caulimoviridae, Ex. Virus de la mosaïque du chou-fleur
• Ces familles utilisent une enzyme qui utilise une matrice
d’ARN pour fabriquer une matrice d’ADN
Virus avec Transcriptase inverse
• 3 familles appartiennent à ce groupe Retroviridae
• La transcriptase inverse est conditionnée en capside
• Similaire à + ARNss et - ARNss qui encapsulent la
polymérase dépendante de l'ARN
• Les rétrovirus conditionnent 2 copies de leur génome à ARN
dans la capside
Virus Satellite/ Acide Nucleique
• Ces virus nécessitent un virus auxiliaire
• Leurs génomes codent pour des protéines de capside
• Leur acide nucléique ne codent pas ou codent pour des
protéines sans capside
• Principalement un phénomène végétal
• Chez l’homme, le virus Hep ressemble aux caractéristiques
du virus satellite / viroïde
 Viroïdes
• Ce sont des phytopathogènes
• Ils se répliquent en l'absence de virus auxiliaire
• Le génome est circulaire et simple brin
• Les ARN polymérases dépendantes de l'ADN cellulaire sont
utilisées pour la réplication
• Haut degré d'appariement de base interne
• L'ARN se comporte comme une enzyme
• se couper / se ligaturer
• Ribozymes
 Contamination transmission
4 grandes voies de contamination :
• Fécal oral (par eau) poliovirus, hépatites HEV HAV, calicivirus et
rotavirus
=> pathologie pas toujours entéritique (poliovirus)
• Aérienne : grippe, rhinovirus, SARS

• Sanguine : HBV, HCV, HIV

• Vecteur piqûre ou morsure (arbovirus, fièvre encéphalique, rage)

VIRUS SONT DANS L’EAU, L’AIR ET LE SOL DANS TOUT LE MONDE VIVANT
EXOGÈNE, ENDOGÈNE, DORMANT PATHOGÈNES ET NON-PATHOGÈNES
SEQUENCES VIRALES DANS LES GÉNOMES
LES VIRUS
VIRUS EBOLA, PATHOGÈNE EXTRÈME
CHARGE VIRALE, PATHOGÉNICITÉ, ET RAPIDITÉ +++