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• On observe que 3 grands groupes
bactériens sont présents chez tous les
individus. Cependant près de 80 % des
espèces dominantes du microbiote
d’un individu lui sont propres. Ainsi,
chaque être humain est unique au
regard du microbiote qu’il héberge.
• Dégradation de composés alimentaires (fibres, acides aminés…), qui seront
fermentés pour certains dans le côlon par le microbiote, produisant des gaz et surtout
des acides gras qui sont des nutriments pour les cellules de l’intestin, préservant
l’intégrité de la muqueuse.
• Synthèse de vitamines du groupe B, de vitamine K.
• Protection contre la colonisation du tube digestif par des microbes pathogènes : c’est
« l’effet barrière ». Le microbiote peut aussi dégrader des toxines.
• Développement et maturation du système immunitaire. Le système immunitaire
intestinal abrite 60 à 70% de nos cellules immunitaires. Le microbiote est
essentiel à la mise en place puis au fonctionnement de l’immunité intestinale
mais aussi générale.
• Physiologie intestinale et métabolisme. Sans microbiote, la physiologie du tube
digestif n’atteint pas sa maturité. Récemment il a été montré qu’il intervient dans
l’absorption des glucides et des lipides, dans le stockage des graisses, dans la
régulation de l’appétit...
• Production de substances actives sur le cerveau : le microbiote produit les mêmes
neuromédiateurs que le cerveau ; il est impliqué dans le dialogue cerveau-intestin.
 MICROBIOTE
Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans
un environnement spécifique. Par exemple, le microbiote
intestinal, anciennement appelé flore intestinale, constitue
l'ensemble des microorganismes vivant dans l'intestin

Les microbiotes regroupent l'ensemble des micro-organismes

qui vivent dans le microbiome. Ces micro-organismes peuvent
revêtir la forme de bactéries, de champignons, de virus ou de
levures. Parmi les microbiotes les plus connus figurent le
microbiote intestinal, le microbiote vaginal ou encore le
microbiote cutané. La gnobiologie constitue la science qui
étudie la gnotobiotique, c'est-à-dire l'ensemble des micro-
organismes qui vivent dans un environnement spécifique, en
accord avec leur hôte.
 Notre corps ne compte pas uniquement des cellules. Il est
colonisé par une multitudes d'organismes, comme des
bactéries. Ces dernières représenteraient pas moins de 90%
des cellules de notre corps. Et certaines sont plus que de
simples résidentes. Elles composent un organe de notre
intestin, découvert voilà deux ans, le microbiote.
Le microbiote jouerait un rôle prépondérant sur l'équilibre des
100'000 milliards de bactéries qui colonisent notre intestin et
aurait une influence directe sur des maladies comme l'obésité
ou le diabète.

100 milliards de bactéries soit 10 x plus de bactéries que de

cellules dans tout le corps

3.3 milions de gènes (25 000 pour le corps humain)

 1990 Results: 31

2006 Results: 372

2008 Results: 614

2010 Results: 1128

2012 Results: 2305

2014 Results: 4172

Microbiota
2015 Results: 5787

Microbiome 2015: 6608

 23 février 2015
La lutte anti-microbienne pourrait un jour profiter au combat
contre le cancer du côlon. Une équipe Inserm a en effet réussi à
ralentir la prolifération des cellules de tumeurs coliques chez
des souris en bloquant l’action d’une toxine bactérienne
intestinale.

une souche particulière d’Escherichia coli qui

produit une toxine appelée colibactine. Cette
bacterie est présente dans les échantillons de tissus
coliques de 50% à 60% des malades mais dans
seulement 20% de ceux des sujets sains

Plus de 450 produits ont été sélectionnés et deux ont franchi toutes les
étapes avec des résultats étonnants. Un de ces composants a permis de
diminuer de 98% les dommages à l’ADN générés par les bactéries
productrices de la toxine. Il a ralenti la prolifération de cellules
cancéreuses et réduit par un facteur 3,5 le nombre de tumeurs
coliques chez des souris hébergeant cette bactérie
Figure 1: The "cross-talk" between the gut microbiota and immune
system.
Exercise may enhance sensitivity of toll like receptors (TLRs).
Short chain fatty acids (SCAFs) then stimulate dendritic cells (DC)
which are associated with inflammation protection. Microbiota also
stimulates T cells and neutrophils (Nf), inducing a pathogen
spreading control and B cells, where IgA production enhanced to
produce IgE. IgE production and its release in serum, activates
basophils (Bf) and mast cells (MC) leading to allergic reactions.
Stimulation of ILC3 cells also enhances IL-22 production and IgA, and
protects epithelial cells and antimicrobial peptide (AMP) synthesis and
its release in gut lumen. The microbiota also produces hormonal-
neurotransmitter agents (GABA, noradrenaline, dopamine and
serotonin) and metabolic products (SCFAs: butyrate, acetate and
propionate) which are related to neurotransmitters synthesis and food
satiety control.
Probiotics may improve health, either by the immunomodulation
of local immunity by maintaining gut wall integrity or by acting on
systemic immunity; enhancing non-specific and specific arms
of the immune system. As far as the innate immune function is
concerned, probiotics have been shown to enhance phagocytic
capacity of peripheral blood polymorphonuclear cells and
monocytes as well as NK cells cytotoxic activity.

Acquired immunity also seems to be improved following

supplementation with probiotics, with significantly higher
specific IgG, IgA and IgM immunoglobulins.
 souris « axéniques ». Ces animaux ont permis de mettre en évidence
combien la flore intestinale était indispensable à un développement
harmonieux des nouveau-nés. En effet, les souriceaux axéniques présentent
de nombreuses anomalies, en particulier au niveau du système immunitaire.
Il suffit de regarder leurs organes lymphoïdes, c'est-à-dire les structures où
les lymphocytes T et B se multiplient, pour s'en rendre compte : les plaques
de Peyer, situées le long de l'intestin, restent immatures quand ces animaux
grandissent, de même que la rate et les ganglions lymphoïdes. Cela
s'accompagne, dans l'organisme, d'un déficit en lymphocytes matures.
Aujourd'hui, on commence à discerner la façon dont le microbiote intervient
dans la maturation du système immunitaire. Grâce, là encore, aux souris
axéniques : en colonisant leur tube digestif avec un ensemble de bactéries,
ou une bactérie en particulier, on peut étudier la façon dont ces microbes
influencent les acteurs du système immunitaire.
 World J Gastroenterol. 2014 Nov 14;20(42):15632-49. doi:
10.3748/wjg.v20.i42.15632.
Modulation of immunity and inflammatory gene
expression in the gut, in inflammatory diseases of the gut
and in the liver by probiotics.
Plaza-Diaz J1, Gomez-Llorente C1, Fontana L1, Gil A1.

Curr Opin Pharmacol. 2009 Dec;9(6):737-43.

Interplay between obesity and associated metabolic
disorders: new insights into the gut microbiota.
Cani PD1, Delzenne NM.
 Science. 2016 Jul 22;353(6297):331. doi:
10.1126/science.353.6297.331.
INFECTIOUS DISEASE. Vaginal microbiome affects HIV risk.
Cohen J.
PMID: 27463647 DOI: 10.1126/science.353.6297.331
• Summary
• South African teen girls and young women have astonishingly high rates
of HIV infection, and researchers for years have suspected that there
might be biological factors making them unusually susceptible to
infection. New studies presented at the International AIDS Conference
being held in Durban, South Africa—located in KwaZulu-Natal province,
the hardest hit region in the country—suggest a possible culprit,
Prevotella bivia, a bacterium found in the vagina that causes
inflammation. The close examination of the vaginal microbiome found a
second bacterium, Gardnerella, may help explain why a microbicide gel
that contained the anti-HIV drug tenofovir failed to protect many
uninfected women who used it in a clinical trial. In test tube experiments,
Garnderella "gobbled up" tenofovir, rapidly reducing levels of the drug.
 Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Feb 23;113(8):2235-40. doi:
10.1073/pnas.1504887113. Epub 2016 Feb 8.
Composition of the gut microbiota modulates the severity of malaria.
Villarino NF1, LeCleir GR1, Denny JE2, Dearth SP3, Harding CL4, Sloan SS1,
Gribble JL1, Campagna SR5, Wilhelm SW1, Schmidt NW6.

• Plasmodium infections result in clinical presentations that range from asymptomatic to

severe malaria, resulting in ∼1 million deaths annually. Despite this toll on humanity, the
factors that determine disease severity remain poorly understood. Here, we show that the
gut microbiota of mice influences the pathogenesis of malaria. Genetically similar mice from
different commercial vendors, which exhibited differences in their gut bacterial community,
had significant differences in parasite burden and mortality after infection with multiple
Plasmodium species. Germfree mice that received cecal content transplants from "resistant"
or "susceptible" mice had low and high parasite burdens, respectively, demonstrating the
gut microbiota shaped the severity of malaria. Among differences in the gut flora were
increased abundances of Lactobacillus and Bifidobacterium in resistant mice. Susceptible
mice treated with antibiotics followed by yogurt made from these bacterial genera displayed
a decreased parasite burden. Consistent with differences in parasite burden, resistant mice
exhibited an elevated humoral immune response compared with susceptible mice.
Collectively, these results identify the composition of the gut microbiota as a previously
unidentified risk factor for severe malaria and modulation of the gut microbiota (e.g.,
probiotics) as a potential treatment to decrease parasite burden.