EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES

URINES (E.C.B.U)
 INTRODUCTIO
N

L’ECBU est l’un des examens

biologiques les moins invasifs dont
l’étape pré-analytique est pourtant
l’une des plus critiques en
microbiologie.
C’est un examen qui est prescrit en cas
de suspicion d’infection urinaire qui est
l’une des infections communautaires les
plus fréquentes.
2
 INTRODUCTION

Les voies urinaires représentent le second site

d’infections bactériennes après l’arbre respiratoire
chez l’adulte comme chez l’enfant.
L’infection urinaire correspond à l’agression d’un
tissu de l’arbre urinaire par un ou plusieurs micro-
organismes , générant une réponse inflammatoire
et des symptômes de nature et d’intensité
variables selon le terrain.

3
 INTERE
T
L’ECBU permet:
de rechercher une infection urinaire ( cystite ou
pyélonéphrite);
d’identifier le ou les germes en cause;
de déterminer le profil de sensibilité des germes isolés
aux antibiotiques en vu d’un traitement adéquat de
l’infection par le clinicien.

4
 I-contexte: circonstance de demande
d’ECBU
Tableau I :

Symptomatologie urinaire présente Symptomatologie urinaire absente

Patente Trompeuse
-Dysurie -Protéinurie
-Pollakiurie -Hyperthermie isolée
-Pesanteur vésicale -Personne âgée
-Hématurie macroscopique -Diabétique
Évocatrice Systématique
-Incontinence urinaire -Femme enceinte
-Douleurs lombaires -Pré-opératoire
-Hyperthermie associée à un urologique ou
autre gynécologique
signe -Contrôle post-
-Leucocyturie et/ou NO3 thérapeutique
réductase (bandelette)

5
II-PRELEVEMENT

 Modes de prélèvement
1. Cas général habituel
Le prélèvement est fait si possible, au moins 2-4h
après la miction précédente pour permettre un
temps de stase suffisant dans la vessie.
Recueil des urines de second jet (20ml) après:
◦ lavage hygiénique des mains

6
 II-PRELEVEMENT

 Modes de prélèvement
1. Cas général habituel
◦ toilette soigneuse au savon ou antiseptique doux de la
région vulvaire chez la femme et du méat chez l'homme
suivi d'un rinçage
◦ Eliminer le 1er jet (20 ml) d'urines pour ne recueillir dans
un flacon stérile que les 20 ml suivants au minimum en
prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du
récipient.

7
 II-
PRELEVEMENT
1. Cas général habituel (suite)
◦ Fermer hermétiquement le flacon, l'identifier très
précisément et le porter immédiatement au laboratoire
accompagné de sa prescription et de l’heure de
prélèvement.
◦ En cas d’empêchement le placer pour quelques heures à
+ 4°C ou utiliser un tube "boraté".

8
 PRELEVEMENT

2. Patient sondé à demeure

NB: Ne jamais prélever dans le sac collecteur ou la pullulation
microbienne est importante, ni rompre le caractère clos du
système de drainage vésical en déconnectant la sonde du
sac collecteur pour prélever les urines.
Après clampage en amont,
-ponctionner avec une seringue ou un système d’aspiration sous
vide directement sur le site spécifique du dispositif de la sonde
préalablement désinfectée
-puis transvaser dans un flacon stérile.

9
PRELEVEMENT
2. Patient sondé à demeure

10
 PRELEVEMENT

3. Le nourrisson & jeune enfant

Le prélèvement utilisant un collecteur d’urine est
encore la méthode la plus utilisée chez les enfants
de moins de 2 à 3 ans.
Utiliser un collecteur stérile spécifique posé après
désinfection soigneuse de la vulve, du méat
urinaire et du périnée, ou après désinfection
soigneuse du gland et du prépuce et ne peut être
laissé en place plus d'une heure (avec ou sans
miction).
11
 PRELEVEMENT

3. Le nourrisson & jeune enfant

Transvaser les urines soigneusement dans un
flacon stérile puis acheminer rapidement vers
le laboratoire.
Dans un contexte hospitalier, en cas de difficulté,
on peut recourir au cathétérisme ou à la ponction
sus-pubienne.

12
 PRELEVEMENT

4. Urétérostomie (sans sonde)

Après nettoyage soigneux de la stomie, mettre en place un
collecteur
stérile ( idem nourrissons)
5. Recueil des urines chez le patient incontinent
Chez la femme incontinente: prélèvement après toilette
génitale soigneuse. Le recueil d’urines par sonde est
acceptable que si le recueil lors de la miction est
impossible.
Chez l’homme, le recueil se fait par collecteur pénien propre,
voire par cathétérisme sus-pubien en cas de rétention
d’urine. 13
 PRELEVEMENT

6. Circonstances particulières
Le recueil des urines du premier jet est intéressant:
◦ en cas de suspicion d’infection urétrale ou prostatique
◦ Ou pour la recherche de mycoplasmes urogénitaux, de
Chlamydia trachomatis (par biologie moléculaire) ou de
Neisseria gonorrhoeae.
La recherche de mycobactéries ou de schistosomes est un
examen exécuté sur prescription spécifique en seconde
intention au vu des premiers résultats.
Par exemple, pour les mycobactéries, l’examen doit être
effectuer sur la totalité de la première miction du matin après
restriction hydrique,
trois jours de suite.
14
 PRELEVEMENT

6. Circonstances particulières (suite)

Le prélèvement par ponction vésicale sus-pubienne est un
geste spécialisé. Après désinfection soigneuse des
téguments, ponctionner directement l'urine dans la vessie
à l'aide d'une seringue montée.
Le prélèvement par cathétérisme urétéral permet l'obtention
d'urines provenant séparément du rein droit ou du rein
gauche. Après désinfection de l'extrémité de la sonde, on
recueille quelques millilitres d'urine en demandant au
patient, préalablement en décubitus latéral, de tousser à
plusieurs reprises.

15
 PRELEVEMENT

 Conservation & transport

Acheminement rapide des échantillons au laboratoire
Ne pas conserver plus de 2h à température ambiante avant
la mise en culture
L’utilisation de milieux de conservation (acide borique par
exemple) bloquant la multiplication bactérienne et réduisant
la cytolyse permet la conservation des urines à température
ambiante pendant 48h.
A défaut, conservation à +4°C pour une durée maximale de
24h.
Cependant, au-delà de 12h à +4°C, les leucocytes peuvent
s’altérer et se grouper en amas, ce qui peut fausser les 16
III- Germes
recherchés
Escherichia coli
Proteus spp.
Klebsiella spp.
Enterobacter spp.
Citrobacter spp.
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter
spp. Enterococcus
spp.
Streptococcus
agalactiae
Staphylococcus aureus, S. saprophyticus + autres à coagulase négative
Candida spp.

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 IV- Diagnostic bactériologique
direct
[Link] macroscopique des urines
L’urine normale est de couleur jaune-paille et clair d’aspect.
Les principales anomalies d'aspect des urines seront des
changements de couleur, qui peut être retrouvée dans diverses
situations (situations les plus fréquentes) :
Coloration d'origine alimentaire : betteraves
Coloration d'origine médicamenteuse : après prise de rifampicine ,
antiseptique urinaire comme mictasol bleu ou nibiol par exemple
Cholestase (présence de bilirubine dans les urines) : les urines des
patients ayant un ictère sont très foncées en raison de l'excrétion
urinaire des sels biliaires.

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 Diagnostic bactériologique
direct

[Link] macroscopique des urines (suite)

Hématurie macroscopique: L’hématurie est macroscopique

lorsque le sang colore l'urine en rouge, ce qui arrive quand
il y a plus de 106 hématies /ml (entre 104 et 106
hématies /ml, on parle d'hématurie microscopique, que
seuls la bandelette ou un examen microscopique
permettent de mettre en évidence .

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 Diagnostic bactériologique
direct
[Link] macroscopique des urines (suite)

Figure: Hématurie macroscopique plus ou moins franche, en

comparaison avec des urines d’aspect normal à droite 20
 Diagnostic bactériologique
direct

[Link] macroscopique des urines (suite)

Pyurie
◦ urines d’aspect trouble
◦ correspond à la présence de leucocytes altérés
dans les urines (pus)

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 Diagnostic bactériologique
direct
[Link] microscopique des urines
 Etat frais
1-1 Dénombrement microscopique des éléments figurés
But: dénombrer les différents éléments figurés (leucocytes et
hématies) contenus dans un volume donné de l'urine à
étudier à l’aide d’une cellule de Malassez.

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 Diagnostic bactériologique
direct
[Link] microscopique des urines
 Etat frais
A l’état physiologique, l’urine contient
◦ moins de 1000 leucocytes ou hématies par ml.
◦ Quelques cellules urothéliales (desquamation de la
muqueuse)
◦ La présence de cylindres doit être indiquée.(utile dans
certaines situations cliniques /le diagnostic de nécrose
tubulaire aiguë et celui de glomérulonéphrite.)

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 Diagnostic bactériologique
direct microscopique des urines
[Link]
Etat frais
2-1 Dénombrement microscopique des éléments figurés
(suite)

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Diagnostic bactériologique
direct
[Link] microscopique des urines
 Etat frais (suite)
2-2 Dénombrement par méthodes automatisées des éléments
figurés
Méthodes utilisant:
◦ soit la cytométrie en flux couplée à une détection de
fluorochrome
◦ Soit une technique d’analyse d’images après capture par
système vidéo.

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Diagnostic bactériologique
direct
[Link] microscopique des urines
 Etat frais (suite)
Détection quantitative des particules du sédiment
urinaire (leucocytes, hématies, cylindres, cristaux) et
des bactéries et des lévures à partir d’un seuil de 103-
104 UFC/ml.
Avantages de ces méthodes: répétabilité, reproductibilité
supérieures aux méthodes manuelles.

26
 Diagnostic bactériologique
direct

[Link] microscopique des urines (suite)

 Après coloration de Gram

Cet examen, non obligatoire est réalisé sur des

urines non centrifugées présentant un ou plusieurs
critères cytologiques d’infection urinaires.

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 Diagnostic bactériologique
direct

2. Examen microscopique des urines (suite)

Il permet:
◦ Une orientation diagnostique rapide pour le biologiste (choix
éventuel de milieux ou de conditions de culture
spécifiques).
◦ D’objectiver facilement la contamination de l’urine par
une flore de proximité.
◦ La présence éventuelle de cellules épithéliales, en
particulier chez la femme, signe le plus souvent un
prélèvement de mauvaise qualité.
◦ La présence de lactobacilles évoque aussi une
contamination vaginale.
28
 Diagnostic bactériologique
direct

[Link] particuliers des urines (suite)

Compte d’Addis Hamburger (HLM). Il est indiqué dans la surveillance des
néphropathies.
Technique : Le malade au repos vide sa vessie et boit un grand verre d’eau
puis on recueille ces urines de 3h suivants que l’on mesure dans une cellule de
numération selon la formule
𝒏
HLM = 𝒙 𝒗 ou
𝟏𝟖
𝟎
N= nombre d’élément/mL
V= volume de 3 h

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 Diagnostic bactériologique
direct

[Link] particuliers des urines (suite)

Remarque : Il faut savoir qu’à l’aide de bandelettes réactives on peut
détecter la présence de leucocyte, d’hématies, de pH, de Glu, de Protéine,
des corps cétonique, l’Hb… mais cet examen ne peut pas remplacer l’examen
microscopique

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 Diagnostic bactériologique
direct

3. Mise en culture
1 Dénombrement des micro-organismes
L’évaluation quantitative de la bactériurie peut se
faire:
◦ Par technique de l’anse calibrée (généralement à 10
l)
◦ Ou par toute autre méthode permettant la
quantification des
bactéries et des levures par culture.
Ces méthodes permettent de dénombrer les bactéries
et les
levures à partir d’un seuil d’environ 102 UFC/ml 31
 Diagnostic bactériologique
direct

3. Mise en culture
1 Dénombrement des micro-organismes
Par dilution
- Diluer au 1/100 = 0.1 ml dans un tube de 9.9 ml d’eau stérile
-Compter le nombre de colonies à la surface du milieu gélosé
N bactéries / ml = n colonies comptées x 1000

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 Diagnostic bactériologique
direct

3. Mise en culture
1Dénombrement des micro-organismes
Par étalement à l’anse calibrée d’urine non diluée
Par lame immergée
Ex : Dispositif DGU Pasteur : une lame quadrillée est recouverte d’un
milieu CLED sur une face et d’un milieu Mac Conkey sur l’autre face.
, on incube de 18 à 24 heures à 37°C La lecture se fait selon un abaque
de lecture bien précis.

33
Diagnostic bactériologique
direct

3. Mise en culture
3-2 Ensemencement: choix des géloses.
Les milieux de type CLED ou BCP se prêtent
bien à la
culture des urines.

Photo 1: CLED Photo 2: BCP

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 Diagnostic bactériologique
direct
3. Mise en culture
3-2 Ensemencement: choix des géloses.(suite)
NB: Les milieux incorporant des chromogènes sont très
utiles au repérage direct des colonies et à
l’identification présomptive de certains pathogènes.
Selon les résultats de l’observation microscopique, on
pourra ensemencer une gélose au sang (sélective ou
non) en présence de bactéries à Gram positif et un
milieu Sabouraud ou un milieu chromogénique adapté
pour la présence de levures.

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 Diagnostic bactériologique
direct

3. Mise en culture
3-2 Ensemencement: choix des géloses.(suite)
Après ensemencement, les urines doivent être
conservées à
+4°C jusqu’à la clôture de l’examen.
Lecture après 24h d’incubation à 35°C environ, ou après
48h en cas de suspicion de bactéries à culture lente ou
d’incohérence entre le Gram et la culture.

36
Diagnostic bactériologique
direct

4. Identification
La morphologie des colonies va orienter le
choix de la méthode d’identification
( caractères biochimiques et antigéniques) des
espèces isolées.
Selon les recommandations de « European
guidelines for urine analysis », on distingue
quatre catégories de micro- organismes en
fonction de leur niveau d’implication dans
l’étiologie des infections urinaires:

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Diagnostic bactériologique
direct

4. Identification
1er catégorie: pathogènes systématiquement
responsables d’infection s’ils sont isolés même en
petites quantités: Escherichia coli, Staphylococcus
saprophyticus, Salmonella spp. Et les mycobactéries.

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 Diagnostic bactériologique
direct
4. Identification (suite)
2ème catégorie: pathogènes moins souvent responsables
d’infections urinaires, mais plus fréquemment impliqués
dans des infections nosocomiales ou lorsqu’il existe des
facteurs anatomiques ou iatrogènes favorisants.
Ce groupe comprend de nombreuses entérobactéries
( Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.,
Morganella morganii, Providencia stuartii, par exemple),
Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus spp., et Staphylococcus
aureus. Des espèces comme Corynebacterium urealyticum
(chez des patients porteurs de calculs urinaires) ou
Haemophilus [Link] être impliquées.

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 Diagnostic bactériologique
direct
4. Identification (suite)
3ème catégorie: Certains pathogènes dits « douteux »
regroupent des espèces à Gram positif ( Streptococcus
agalactiae, Aerococcus urinae, les staphylocoques à coagulase
négative autres que S. saprophyticus), à Gram négatif
(Acinetobacter spp., Oligella urethralis, Stenotrophomonas
maltophilia, Burkholderia cepacia, autres pseudomonadaceae)
ou les Candida spp. (surtout C. albicans et C. glabrata).
Leur implication et leur responsabilité dans l’infection
urinaire exigent une bactériurie ou candidurie élevée, la
positivité d’au moins deux échantillons d’urine et si
possible, des critères cliniques ou d’inflammation.

40
 Diagnostic bactériologique
direct
4. Identification (suite)
4ème catégorie: Certaines espèces sont considérées
comme des contaminants et appartiennent à la flore
urétrale ou génitale de proximité: Lactobacillus spp.,
streptocoques alpha hémolytiques, Gardnerella vaginalis,
bacilles corynéformes (à l’exception de C. urealyticum et
[Link]).
Leur isolement associé à la présence de cellules
épithéliales urinaires à l’examen direct des urines
signe de façon quasi- certaine une contamination à
l’occasion du prélèvement.

41
 Diagnostic bactériologique
direct

5. Interprétation
Une interprétation correcte des résultats de l’ECBU doit tenir
compte de
tous les paramètres suivants:
◦ Des circonstances épidémiologiques (infections associées
aux soins ou communautaires, antécédents, terrain);
◦ Des facteurs de risque (cathétérisme urinaire,
intervention sur les voies urinaires);
◦ De la présence de symptômes urinaires ou de fièvre;

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 Diagnostic bactériologique
direct

5. Interprétation
Une interprétation correcte des résultats de l’ECBU doit
tenir compte
de tous les paramètres suivants:
◦ D’un éventuel traitement antibiotique en cours;
◦ Du niveau de la leucocyturie;
◦ Du recueil objectivé par l’absence de flore de
proximité à la coloration de Gram;
◦ Du niveau de bactériurie et de la nature des micro-
organismes isolés.

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Diagnostic bactériologique direct
5. Interprétation & rendu des résultats (suite)

44
Diagnostic bactériologique direct
5. Interprétation & rendu des résultats

45
Diagnostic bactériologique direct
5. Interprétation & rendu des résultats

46
Diagnostic bactériologique
direct

6. Antibiogramme / Antifongigramme
Il est réalisé sur milieu Mueller Hinton (MH) ou
Sabouraud simple selon qu’il s ’agit de bactéries
ou de levures.
Le choix des ATB / ATF est en fonction de
l’identité du germe, de sa sensibilité aux
ATB/ATF, de la famille de l’ATB/ATF et de sa
diffusion au site de l’infection considérée.

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 Diagnostic bactériologique
direct

6. Antibiogramme / Antifongigramme
Incubation des milieux à l’étuve à 37°C pendant 24H.
Mesure des diamètres d’inhibition autour de chaque
disque d’ATB ou d’ATF.
-Détermination du niveau de sensibilité ( S, I, R) à
partir d’un tableau de référence

49
 Diagnostic bactériologique
direct

7. Rendu des résultats

-Transcription des résultats sur un formulaire adapté qui
comprend les rubriques suivantes:
oRésultats de l’examen macroscopique des urines:
Aspect,
couleur.
oRésultats de l’examen microscopique:
-à l’état frais (présence de leucocytes et des hématies)
-dans le culot ( présence de cellules épithéliales, de
cristaux, de cylindres, de levures, de parasites et de
bactéries)

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Diagnostic bactériologique
direct
7. Rendu des résultats
oRésultats de l’examen microscopique (suite)
-Coloration de Gram : présence de CG+ ou BG-
oRésultats de la culture et l’identification du ou
des germes en cause
oRésultats de l’antibiogramme /l’antifongigramme
oConclusion (+lecture interprétative du test de
sensibilité)
= validation biologique.

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CONCLUSION
L’ECBU à l’instar de tout examen bactériologique requiert de
la part du manipulateur une démarche méthodologique
rigoureuse et cohérente.
L’ECBU est donc un examen bien codifié dont les deux temps
critiques sont:
- Le prélèvement trop souvent "victime" de son apparente
simplicité,
-L'interprétation microbiologique qui doit s'appuyer sur des
arguments décisionnels irréprochables.

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