GALERIE API 20E : ensemencement,
lecture et interprétation
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MEDECIN MICROBIOLOGISTE
Chef d’unite de diagnostic du covid 19
EHU ORAN
La galerie API 20 E
1- Présentation de la galerie
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser 23 tests biochimiques
afin d’identifier des bacilles Gram – appartenant à la famille des
ENTEROBACTERIACEAE.
Cupule
Microtube contenant le milieu déshydraté
1- GALERIE API 20E :
son ensemencement
La galerie API 20 E
1- Présentation de la galerie
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser 23 tests biochimiques
afin d’identifier des bacilles Gram – appartenant à la famille des
ENTEROBACTERIACEAE.
Cupule
Microtube contenant le milieu déshydraté
La suspension bactérienne introduite dans le tube dissout les substrats déshydratés.
Préparation de l’inoculum pour ensemencer
la galerie API 20 E
2- Préparation de l’inoculum
1 seule colonie
sur GO
isolement Prélèvement
d’une souche pure
sur GNI
5 d’eau
5 mL mL d’eau
distillée stérile
distillée stérile
Souche pure sur GNI
Ensemencement de la galerie
API 20E
3- Ensemencement de la galerie API 20 E
Introduire la suspension bactérienne dans chaque tube à l’aide d’une pipette
Pasteur stérile ouverte, pointe appuyée à l’intérieur et sur le côté pour éviter la
formation de bulles
Pour certains caractères:
Remplir le tube de suspension puis
Remplir de suspension le tube et la Recouvrir d’huile de paraffine
cupule Pour les tests : ADH, LDC, ODC, H2S,
Pour les tests : URE
CIT VP GEL
2- GALERIE API 20E :
sa lecture
2-1- Les réactifs à ajouter pour la
lecture
Après 24h d’incubation à 37°C, cupules ans lesquelles
on doit rajouter des réactifs
4- Lecture de la galerie API 20 E
Chlorure
de fer III
Napht-1-ol Naphtyl-1-
amine
2-2- Aspect des résultats positifs et
négatifs
Les 10 premiers tests
Tests négatifs
4- Lecture de la galerie API 20 E
+ Réactif + Réactif + Réactifs
TDA Kovacs VP 1 et 2
Tests positifs après ajout des réactifs utiles
+ Réactif + Réactif + Réactifs
TDA Kovacs VP 1 et 2
Les 10 derniers tests
Tests négatifs
Tests positifs
Après ajout des réactifs Nit 1 et Nit 2 : lecture de la NR (ici NR +)
2-3- Explication des résultats positifs
ONPG
Mise en évidence
de la béta-galactosidase
Substrat : ONPG
Réaction : ONPG + eau
Galactose + orthonitrophénol
jaune
ADH, LDC, ODC
Mise en évidence de :
- l'arginine désaminase
- lysine décarboxylase
- ornithine décarboxylase
Substrats :
- arginine (dans ADH),
- lysine (dans LDC)
- ornithine (dans ODC)
Rouge/Rose = + Réactions : dégradations libérant
Jaune/Orangé = - des produits basiques
Révélateur : rouge de phénol
Rouge/Orangé = +
Jaune = -
Citrate
Mise en évidence de la
dégradation du citrate comme
seule source de carbone.
Réaction : dégradation
consommant des H+, donc
responsable d’une alcalinisation.
Substrat : citrate
Révélateur : BBT
H2S
Mise en évidence de production
de sulfure
Substrat : thiosulfate de sodium
Révélateur : Fe3+
Résultat positif : présence d’un
précipité noir de sulfure de fer
Urée
Mise en évidence de la présence d'une
uréase
Substrat : urée
Réaction : urée + eau CO2 + 2 NH3,
d’où alcalinisation.
Révélateur : Rouge de phénol
Lecture :
attention un orange clair sera -,
un orange foncé sera considéré comme +
TDA
Mise en évidence d'une tryptophane
désaminase
Substrat : Tryptophane
Produit obtenu : Acide indol
pyruvique
Révélateur : -
Réactif ajouté : Chlorure de fer III
donnant un produit marron foncé en
présence d’acide indol pyruvique
Indole
Mise en évidence d'une
tryptophanase
Substrat : Tryptophane
Produit : Indole
Révélateur : -
Réactif ajouté :
Kovacs (ou James)
Voges Proskauer
Mise en évidence de la production
d'acétoïne, de 2,3 butane diol et
de butane dione
Substrat : Pyruvate
Révélateur : -
Réactifs ajoutés :
VP1 et VP2
(1- naphtol et KOH)
TABLEAU DE LECTURE DE LA GALERIE MINIATURISÉE API 20E
Lecture directe ou
Résultat
Microtube Substrat : Caractère recherché Révélateur indirecte Résultat +
-
Test (si nécessaire)
ONPG = Ortho- Béta Lecture directe
ONPG Nitro-Phényl-
galactosidase
Galactoside
Arginine Dihydrolase
ADH Arginine Lysine Décarboxylase Lecture directe
Ornithine Décarboxylase Rouge de
LDC Lysine
ODC Ornithine
phénol
Utilisation du Lecture directe
CIT Citrate
citrate BBT
Thiosulfate de Production d’H2S Lecture directe
H2S Fe III
sodium
Uréase Rouge de Lecture directe
Phénol
URÉ Urée
Lecture indirecte
Tryptophane Ajouter une goutte de réactif
désaminase chlorure de fer III
TDA Tryptophane
Lecture indirecte
Tryptophanase ou Ajouter une goutte de réactif
production d’indole Kovacs
IND Tryptophane
production d’acétoïne Lecture indirecte
(3-hydroxybutanone Ajouter 1 goutte de VP1 et
Pyruvate de VP2 Attendre 10 minutes
VP
sodium
gélatinase Lecture directe
Particules de
GEL Gélatine
charbon
GLU à Utilisation de substrats
Substrat carbonés (glucides) BBT Lecture directe
ARA carboné BBT
=
zymogramme
(glucide)
Lecture indirecte
Nitrate réductase Ajouter 1 goutte de NIT1 et
NO2- / N2 Nitrates (NO3-) NIT2 et zinc éventuellement
3- GALERIE API 20E :
son interprétation (identification de la
souche)
Validation et possibilité d’interprétation
si :
– Cupule Glu +
– Ou 3 autres cupules au moins positives
Démarche d’identification :
- apporter la preuve que la bactérie
appartient bien à la famille des
Enterobacteriaceae (montrer qu’elle a
les 7 caractères définissant la famille)
- identifier le genre, voire l’espèce :
* approche dichotomique, ou
utilisation de tableaux des caractères
* codage API
* approche probabiliste utilisant
un logiciel informatique
5- Identification de la souche
Lecture des résultats de la galerie :
- + + + +
5 2 1 5 7 7 3 5 5
Résultats reportés sur la fiche d’identification
Code n°: 5 215 773 (55)
Se référer au catalogue pour identifier la souche à l’aide du
5- Identification de la souche (suite)
Méthode d’identification probabiliste
(p340 DTK)
• Le nom du micro-organisme est obtenu par
un calcul de probabilité
• A chaque caractère d’un micro-organisme
donné fait référence une probabilité d’être +
ou –
• La probabilité que ce soit un taxon donné
correspond aux produits des probabilité
attribué à chaque caractère (si + = % de
positivité ou si - =100%-% de positivité)
= Le logiciel classe tous les résultats pour
donner le ou les taxons les plus probables.
typicité
Indice de typicité : comparaison entre le profil trouvé et le profil réel de la
souche