MICROBIOTE INTESTINAL

▪ Introduction

▪ - Chapitre I : Le microbiote intestinal

▪ - Chapitre II : Implication du microbiote dans l’organisme humain

LE PLAN DE 1. Les fonctions du microbiote intestinal

COURS (Interrelation du régime, de l’hôte et de la flore digestive)
2. Dysbiose et l’obésité

▪ - Chapitre III : Approche thérapeutique (rôle des probiotiques,

prébiotiques et symbiotiques)
 ▪ Les microorganismes existent par multitude dans la nature et demeurent invisibles ou visible à

l’œil nu. Ils sont unicellulaires comme les bactéries, les virus, les levures et les algues ou

pluricellulaire comme les champignons.

▪ Lorsqu’ils colonisent le corps humain, ils peuvent déclencher des maladies graves voire mortelles.

▪ La recherche scientifique a démontré que l’organisme vit en symbiose avec les bactéries, qui sont

notamment implantées dans différents endroits comme la peau, la sphere ORL, le vagin et le

tractus digestif formant un véritable écosystème. On appelle l’ensemble de ces bactéries une flore

ou un microbiote ou une microflore.

INTRODUCTION
▪ Parmi les différents organes supra-cités, on s’intéresse en microbiote intestinal qui s’avère le plus

important et le plus étudié.

▪ Les moyens techniques permettant d’étudier le microbiote sont limités, seule une minorité

d’espèces bactériennes peut être cultivée in vitro.

▪ Récemment, une mise au point des techniques de séquençage haut débit du materiel génétique a

été développée et a donné un nouvel élan permettant à la recherche la construction de banques de

clones métagénomiques contenant de grands fragments du métagénome intestinal.

 ▪ 1. Définitions
▪ 2. Composition du microbiote intestinal
▪ 3. Description des principaux phylums
Chapitre I:
▪ 4. L’installation et l’origine du microbiote
Microbiote intestinal
▪ 5. Les facteurs influençant le microbiote
▪ 6. Les méthodes d’analyse du microbiote
 ▪ 1.1. Microbiote: Le microbiote intestinal, appelé aussi microflore intestinale, est
l’ensemble des bactéries, des virus, parasites et champignons anaérobiques

stricts qui vivent en symbiose avec son hôte. Elles se nourrissent de substrats

végétaux et animaux issus de l’alimentation, ainsi que de substrats endogènes

(mucines : glycoprotéines, constituant organique principal du mucus) propres de

l’hôte.

▪ Elles se répartissent de façon non homogène tout le long du tube digestif et sont
1. Définitions plus nombreuses au niveau du côlon qu’au niveau de l’intestin grêle. Elle est

caractérisée par une grande diversité taxonomique; on estime environ un millier

le nombre d’espèces bactériennes distinctes pour un seul individu.

▪ 1.2. Microbiome: Le terme « microbiome » correspond à l’ensemble du génome

exprimé par le microbiote à l’intérieur de l’hôte (l’organisme humain).
 ▪ Description générale et la diversité du microbiote : Le nombre de
microorganismes constituant le microbiote intestinal est de l’ordre de 1012 à
1014 soit 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre
corps, pour un poids de 2 kilos. La figure 1 montre le gradient quantitatif
croissant le long du tractus digestif.

Gradient quantitatif :

2. Composition du ▪ Estomac < 103 UFC/g

▪ Duodénum 103-104 UFC/g
microbiote intestinal
▪ Jéjunum 104-106 UFC/g
▪ Iléon 106-108 UFC/g
▪ Colon 109 à 1011 UFC/g
 ▪ Gradient qualitatif : Diminution progressive des bactéries aérobies au profit
des bactéries anaérobies strictes au niveau du colon (figure 1).

2. Composition du
microbiote intestinal
(suite)

Figure 1 : Répartition quantitative et qualitative des bactéries le

long du tractus digestif.
 Le microbiote est constitué de 6 phylums (figure 2) :

▪ Firmicutes : Les bactéries appartiennent à ce phylum sont des bactéries Gram positif et
anaérobie strict. Il contient treize (13) genres : Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus,
Enterococcus, Staphylococcus, Veollonella, Megasphaea, Selenomanas, Clostridium, Roseburia,
Eubacterium, Ruminococcus et Faecalibacterium.

▪ Bactéroidetes : Les bactéries appartiennent à ce phylum sont des bacilles à Gram négatif
anaérobie strict. Il contient deux genres : Prevotella et Bactériodete.

3. Description des ▪ Actinobacteria: Ce sont des bactéries Gram positif anaérobie strict. Ce phylum comporte
quatres genres : Atopobium, Eggerthella, Collinsella et Bifidobacterium.
principaux phylums

▪ Proteobacteria: Ce sont des bactéries à Gram négatif, anaérobie strict ou facultatif. Ce phylum
comprend trois genres : Klebsiella, Enterobacter et Escherichia.

▪ Fusobacteria: Ce sont des bacilles à Gram négatif, anaérobie strict. Il comporte un seul genre :
Fusobacterium.

▪ Verrucomicrobia : Ce sont des bactéries Gram négatif, anaérobie strict. Il contient un seul
genre : Akkermansia.
 3. Description des
principaux phylums

Figure 2 : Classification des espèces du microbiote intestinal

[5].
 ▪ L’œsophage possède une flore résidente constituée essentiellement de bactéries
appartenant au Phylum des Firmicutes (streptococcus) et Bacteroïdetes (Prevotella)

[6].

▪ L’estomac ne présente pas un grand nombre de germes, à cause de son acidité.

Les plus présents sont les Proteobactéries avec majoritairement le genre Helicobacter

et Escherichia [6].

3. Description des ▪ Le péristaltisme de l’intestin grêle entraine une diminution de la teneur en

oxygène jusqu'à se retrouver en condition d’anaérobiose au niveau de l’iléon et du

principaux phylums
côlon ; parallèlement le nombre de bactéries s’intensifie. Le plus grand nombre de

bactéries se retrouve au niveau du côlon (de 10 10 à 1012 CFU/g de contenu) [6].

▪ Le côlon présente majoritairement les phylums Firmicutes (genre Clostridium,

Eubacterium et Ruminococcus) et Bacteroïdetes (genre Bacteroïdes). On trouve

également les phylums Actinobacteria (genre Bifidobacterium) et Proteobacteria

(famille des enterobactéries) [6].

 ▪ Une étude a identifié un total de 3,3 millions de gènes différents appartenant
à plus de 1000 espèces différentes d’origine bactérienne. Elle a également
montré que le microbiote intestinal représente une « signature » bactérienne
donc il est propre (sur le plan quantitatif et qualitatif) à chaque individu.
Toutefois, selon les espèces qui prédominent le microbiote, on distingue trois
Description des différents
entérotypes différents (figure 3) : Bacteroïdes, Prevotella et Ruminococcus.
entérotypes composants le
Deux de ces entérotypes sont dominés par deux genres bactériens
microbiote (Bacteroidetes et Prevotella), tandis que le troisième est dominé par quelques
genres tels que Ruminococcus, Subdoligranulum et Methanobrevibacter. Les
habitudes alimentaires sont les déterminants majeurs de la structuration de
l’écosystème intestinal en entérotypes [7].
Description des différents
entérotypes composants le
microbiote
(suite)

Figure 3 : Les trois (03) grandes familles d’entérotypes

 ▪ La figure 4 montre l’évolution de la composition du microbiote en fonction du temps. Lors
de la naissance (in-utero), Le nouveau né est stérile, puis, il est immédiatement colonisé par la flore
intestinale et vaginale de la mère (qui constitue la source principale des bactéries colonisatrices).
Les flores de l’hôpital, de l’habitat et du contact avec les parents, participent également à la
complexification progressive du microbiote de l’enfant le « crosstalk ». Ce n’est que vers l’âge de
2, voire 4 ans qu’un microbiote stable, proche de celui de l’adulte, sera définitivement installé [8].

3. L’installation et ▪ Chez l’adulte, la densité des bactéries par gramme contenue dans le tube digestif augmente,
l’origine au fur à mesure qu’on avance dans l’intestin pour atteindre son maximum dans le côlon distal (10 11
bactéries par gramme). Au total, plus de 10 14 bactéries colonisent notre tube digestif, c’est-à-dire
dix fois plus que le nombre de cellules eucaryotes constituant le corps humain. Ce nombre
d’espèces bactériennes représente approximativement 1 kg de la masse corporelle [9].

▪ A cela s’ajoute la présence d’eucaryotes unicellulaires tels que les levures et les
protozoaires dont l’importance, en termes de niveau de population et de fonction, est encore mal
connue [8].
3. L’installation et
l’origine (suite)

Figure 4 : Evolution de la composition du microbiote intestinal [9].

 ▪ Facteurs propres à l’individu (facteur génétique)

La composition du microbiote est en partie due à notre génétique. Des jumeaux

monozygotes, vivant dans les mêmes conditions de vie, présentent un microbiote similaire tandis

que des frères et sœurs (moins proches génétiquement) partageant le même environnement

présentent un microbiote plus distinct [10].

▪ Mode d’accouchement

La composition du microbiote est différente chez les nourrissons nés par césarienne ou par
4. Facteurs influençant voie basse. En effet, les enfants nés par voie vaginale présente un microbiote proche du
la composition du
microbiote vaginal et fécal de leurs mères (ils ont donc une forte proportion de Lactobacillus et
microbiote
de Prevotella) tandis que ceux nés par césarienne sont exposés à l’environnement hospitalier et au

microbiote cutané de la mère (Ils ont donc une faible proportion de Bifidobactéries et Bacteroïdes

fragilis et ils sont par contre colonisés par Clostridium difficile)

Le terme de la grossesse joue également un rôle dans la mise en place du microbiote

intestinal. Les enfants nés prématurément ont un microbiote moins diversifié et les espèces

anaérobies strictes semblent s’implanter plus tardivement que chez les nourrissons nés à terme.

Toutefois, cela pourrait être dus au fait que les prématurés naissent souvent par césarienne et reste
 1. L’alimentation : Elle contribue aussi à l’instauration du microbiote
1. Le lait maternel
Le lait maternel est riche en lactose, ce qui entrain une forte production de l’acide
lactique grâce au métabolisme microbien, ce milieu acide favorise la croissance des
Bifidobactérium, Lactobacillus, Staphylocoques et Streptocoques. Les oligosaccharides
(prébiotiques) du lait maternel sont également bifidogènes. Il a été observé que les enfants
nourris au sein présentaient moins de risque de développer des diarrhées infectieuses et
4. Facteurs influençant des allergies. Toutefois, Les enfants nourris au lait infantile ont un microbiote moins
la composition du complexe et ils présentent une faible proportion en Bifidobactéries, Bacteroïdes,
microbiote Clostridium et Staphyloccus par rapport aux enfants allaités au sein (Tableau I) [ 11].
(suite)
Tableau I : Composition du microbiote selon l’alimentation du nouveau-né

Lait maternel Lait infantile

Bifidobactéries +++ Bifidobactéries ++
Lactobacillus +++ Bacteroïdes +
Bacteroïdes + Clostridium +
Staphylocoques +
 ▪ L’alimentation de l’adulte

Lors de la diversification alimentaire, la composition initiale du

microbiote disparait. Elle va se complexifier avec notamment un
enrichissement en Bacteroïdes, Enterocoques, et Streptocoques.
4. Facteurs influençant L’entérotype est lié aux habitudes alimentaires ; un régime riche en
la composition du
graisses et en protéines animales (Western diet) conduit à la formation
microbiote
(suite) d’entérotypes 1 et 3, tandis qu’un régime riche en carbohydrates
(régime végétarien) conduit à un entérotype 2. Une alimentation riche
en fibres conduit à un microbiote riche, c'est-à-dire présentant une plus
grande diversité et stabilité avec le temps [13].
 ▪ L’environnement

Il joue un rôle dans le développement et la détermination de la

composition du microbiote. Les procédures d’hygiène strictes dans les
maternités pourraient être à l’origine d’une exposition diminuée de
l’enfant aux microorganismes et entrainerait une colonisation retardée
par les Bacteroïdetes et les Bifidobacterium [14].
4. Facteurs influençant
la composition du
microbiote
(suite) Une étude a mis en évidence qu’un nouveau-né ayant des frères et
sœurs plus âgés présentait une abondance de Bifidobactéries plus
élevée que les enfants uniques. Une enfance dans un environnement de
type ferme, avec la présence d’animaux permettrait d’enrichir le
microbiote et favoriserait la diversité [14].
 ▪ La prise des antibiotiques

L’administration d’antibiotiques chez l’enfant durant les premier

4. Facteurs influençant mois de sa vie entraine une diminution de Bifidobacterium et de
la composition du Bacteroïdes fragilis. De plus, cette altération du microbiote peut
microbiote
(suite) favoriser par la suite la colonisation par des espèces pathogènes
opportunistes résistantes aux antibiotiques [15, 16].
Le but: Identifier les différentes espèces bactériennes et quantifier le génome.

▪ L’évolution de ces techniques avec le temps….. Mise en évidence de nouvelles espèces en

étudiant le génome (microbiome).

16S rRNA

Les méthodes d’analyses Culture

Metageno
du microbiote intestinal mics
 Les techniques de cultures

Ces techniques sont basées sur la culture des bactéries in vitro extraites de la matière
fécale.

40% Cultuvable
Les méthodes
d’analyses du
microbiote intestinal
60% Non cultuvable
 Cependant, ces techniques présentent certaines limites
notamment la difficulté d’identifier toutes les sous-
espèces, l’inadaptation des milieux de culture au
développent de toutes les bactéries ou encore le

Les méthodes d’analyses manque de certains nutriments. Entre le prélèvement

du microbiote intestinal de l’échantillon, les manipulations et l’identification, la

(suite) composition pourrait être modifiée ce qui entraine de

faux résultats. Il a été estimé qu’environ 60% du
microbiote n’est pas cultivable [17, 18].
 ▪ Le séquençage de la sous-unité 16S sous-ribosomique

Les progrès des techniques de biologie moléculaire ont permis de

découvrir une nouvelle approche pour l’étude de la composition du
microbiote intestinal. La majorité des techniques moléculaires sont

Les méthodes d’analyses basées sur l’utilisation de l’acide ribonucléique ribosomique 16S (ARNr

du microbiote intestinal 16S). Cette structure est présente chez toutes les bactéries. Elle est

(suite) caractérisée par la présence d’une succession de régions conservées,

(sites de complémentarité pour les amorces universelles utilisées pour le
séquençage de ce gène) stables et communes chez toutes les espèces et
d’autres variables propres à un groupe de bactéries, nommées séquences
signatures (espèce, genre et famille) (figure 5) [ 17].
 ▪ Le choix de l’ARN 16S plutôt que 23S ou 5S est d’ordre technique
(taille du gène et nombre d’informations) et, surtout, les banques de données
de séquences du gène 16S sont aujourd’hui très développées car les résultats
obtenus par le séquençage du gène 16S sont similaires à ceux obtenus par le
génome entier.

▪ Le principe du séquençage repose sur l’extraction de l’ADN des

Les méthodes d’analyses bactéries, l’amplification de l’ADNr 16S codant pour l’ARNr 16S et enfin le

du microbiote intestinal séquençage (figure 7) [18].

(suite)
Les méthodes d’analyses
du microbiote intestinal
(suite)

Figure 5 : Structure primaire (A) et secondaire (B) de l’ARNr 16S [ 18].

 ▪ Principe de la technique

Une amorce universelle est choisie (courte chaîne nucléotidique de 15 à 25 nucléotides)

complémentaire à la séquence d’ADN à amplifier, située en amont de la zone à séquencer. Cette amorce

est nécessaire à l’accrochage de l’ADN polymérase.

Le séquençage consiste à déterminer la succession de nucléotides composant l’ADN. La

première phase est la synthèse d’ADN complémentaire au brin matrice par l’ADN polymérase (à partir

de l’amorce), par l’ajout de désoxyribonucléotides : dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP). La particularité

du séquençage est l’utilisation de nucléotides légèrement différents, les didésoxyribonucléotides,

Les méthodes d’analyses ddNTP (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP). Dans le milieu de réaction, les dNTP sont en grande quantité

du microbiote intestinal et les ddNTP en faible nombre. Lorsque l’ADN polymérase utilise un ddNTP au lieu d’un dNTP, la

synthèse du brin s’arrête (figure 6). L’incorporation aléatoire de ddNTP permet d’obtenir des fragments
(suite) d’ADN de taille variable. Les ddNTP sont incorporés, marqués par 4 fluorochromes différents. Les

fragments d’ADN obtenus sont de longueurs différentes ; le séquenceur sépare les fragments d’ADN

selon leur taille par la chromatographie [19].

Les systèmes actuels détectent la florescence des 4 nucléotides à partir de la même colonne. Le

résultat est présenté sous forme d’électrophorégramme (figure 8). Ensuite, l’alignement est effectué, soit

graphiquement, soit par texte, c'est à-dire que les séquences écrites en ligne sont envoyées sur Internet

et comparées à des séquences déposées dans des banques de données. On peut ainsi obtenir des BLAST,
Figure 6 : Structure chimique de désoxyribonucléotide et didésoxyribonucléotide [ 20].
Figure 7 : Principe de la méthode du séquençage ARNr 16S [21].
 Le séquençage

5 ACTTGCAAGCTAG 3 inconnu
ATC Amorce
1. Synthèse de l’ADNc
1er tube 2éme tube 3éme tube 4éme tube
+ieurs amorces universelle
+ieurs matrices
MgCl2
ADN polymérase
dNTP (grande quantité)
dATP, dTTP, dCTP, DGTP

ddA*TP ddG*TP ddC*TP ddT*TP

1er tube 2éme tube 3éme tube 4éme
tube
ACTTGCAAGCTAG ACTTGCAAGCTAG ACTTGCAAGCTAG ACTTGCAAGCTAG
ACGTTCGATC GATC CGATC
TCGATC
AACGTTCGATC GAACGTTCGATC CGTTCGATC TTCGATC
GTTCGATC
TGAACGTTCGATC
A* G* C* T* NBRE DE
NUCLEOTIDES
-------------- 13
----------- 12
---- 11
------ 10
--------- 9
----------- 8
--------- 7
-------- 6
----------- 5
---------- 4
Figure 8 : Exemple d’un electrophorégramme obtenu après migration [ 22].
Sequence Classifier

Predicted
Classification
La métagénomique:
etude du métagénome
 ▪ La métagénomique

▪ Description de la méthode

La métagénomique séquence les génomes de plusieurs espèces différentes dans

un milieu donné. A l'inverse de la génomique qui consiste à séquencer un seul génome.

Une analyse typique de métagénomique donne la composition d'un microbiome

(espèces présentes, leurs abondances et leurs diversités) [23].
Les méthodes d’analyses
Grâce à l’évolution majeure des technologies de séquençage haut-débit et à la
du microbiote intestinal bioinformatique, la métagénomique s’est fortement développée.

(suite) Le séquençage à haut-débit s’affranchit le besoin de culture, et peut générer assez

de séquences pour couvrir tous les organismes présentent dans plusieurs échantillons.

▪ La métagénomique ciblée

Il existe deux types de métagénomique, la métagénomique ciblée et globale, dans

ce cours on s’intéresse à étudier la métagénomique ciblée [23].
▪ La métagenomique ciblée: consiste à amplifier par PCR un gène ou

une région d’un géne, puis à séquencer l’ensemble des amplicons

obtenus.

▪ la cible principale est une région du gène codant l’ARNr 16S qui est

utilisée comme marqueur universel de la phylogénie bactérienne.

 ▪ Principe de la méthode

▪ Collecte des échantillons

La collecte des échantillons se fait sur le microbiote fécal frais et dans un milieu stérile.

Cependant, lors des études à grandes échelles il est souvent nécessaire de transporter et de

stocker les échantillons (par congélation à -80°C et l’ajout d’un préservateur), afin de bloquer

l’évolution de la composition du microbiote après prélèvement [23].

▪ Extraction de l’ADN
Les méthodes d’analyses
L’étape d'extraction et de purification va permettre d'accéder à l'ADN des organismes, sans
du microbiote intestinal contaminer l'ADN de l’hôte.

(suite)
L'ADN doit être extrait en quantité suffisante pour la préparation des librairies de

séquençage.

La méthode d'extraction doit être adaptée a la nature des cellules; par exemple, une

méthode enzymatique n'extraira pas l'ADN des bactéries Gram+ et la méthode mécanique risque de

fragmenter l'ADN qui ne pourra pas être amplifie correctement [23].

 ▪ Amplification de la cible

BUT : cibler le locus génomique d'intérêt et en synthétiser une quantité suffisante pour le

séquençage.

Un bon marqueur taxonomique doit être : Universel (présent dans tous les génomes extraits et

contenants des séquences conservées pour ancrer la PCR) et spécifique (contenant des séquences variables

permettant de discriminer les taxons).

Les differents loci se sont imposés comme des marqueurs de référence pour differents règnes,

souvent présents dans l'opéron ribosomique (ARNr 16S pour les bactéries, ITS pour les champignons et

ADNr 18S pour les eucaryotes) [23].

Les méthodes d’analyses
4. Séquençage
du microbiote intestinal
- Préparation de la librairie

(suite) Les fragments d'ADN à séquencer sont génères par PCR sur le mélange d'ADN génomique initial,

en utilisant des d'amorces ciblants le locus d'intérêt (figure 9).

● Ces amplicons doivent également contenir à leurs extrémités des séquences artificielles nécessaires au

séquençage :

● Des séquences d'adaptateur, permettant d'ancrer par complémentarité les fragments au support de

séquençage et d'initier ce dernier.

* Des séquences d'index, codes-barres artificiels permettant de marquer les fragments selon leur échantillon
Figure 9 : Amplification du locus d’intérêt [23].
 ▪ 1. Les fonctions du microbiote intestinal (Interrelation
du régime, de l’hôte et de la flore digestive)

▪ 1.1. Fonction protectrice contre les bactéries

pathogènes : Effet barrière
Chapitre II :
▪ 1.2. Fonction métabolique et nutritionnelle
Implication du microbiote
▪ 1.3. Fonction immunologique
dans l’organisme humain

▪ 2. Dysbiose et l’obésité
Fonction protectrice
contre les bactéries
pathogènes : Effet
barrière (suite)

Figure 10 : Les fonctions du microbiote intestinal [ 24].

 ▪ Pour une homéostasie symbiotique entre le microbiote et l’hôte est une barrière intestinale

fonctionnelle et intacte. Cette barrière (figure 11) est composée d’un épithélium intestinal serré, relié

par des jonctions serrées (sont des complexes protéiques qui jouent un rôle dans la polarité cellulaire

et dans la régulation de la perméabilité intestinale. Elles sont appelés jonctions étanches, jonctions

imperméables, tight junctions ou aussi zonula occludens (ZO) car, d’une part, elles forment un anneau

entourant le pourtour de la cellule (zonula) et, d’autre part, elles permettent une occlusion complète

de l’espace intercellulaire (occludens). Au niveau de l’intestin, les ZO assurent deux fonctions

principales : une fonction d’adhérence en maintenant la cohésion des cellules, et une fonction de

barrière en bloquant la circulation des protéines et des lipides au sein de la bicouche lipidique et,
Description de la
également, le flux de molécules et d’ions au niveau de l’espace paracellulaire) comportant en sa

barrière intestinale surface des transporteurs spécifiques de reconnaissance de substrats et d’antigènes (barrière

physique) ; et recouvert également par une couche de mucus hydrophobe (barrière chimique) constitué

de mucine, de défensines et d’autres peptides hautement bactéricides, ainsi que d’une concentration

élevée en IgA. Ce biofilm assure une séparation entre la lumière intestinale et l’épithélium de surface,

empêchant ainsi une stimulation permanente et non souhaitée du système immunitaire inné [25].

▪ Les cellules épithéliales produisent et sécrètent aussi des molécules bactéricides (α et β-

défensines et lysozymes). Une immunité spécifique IgA médiée, contrôlée par les plasmocytes dans la

sous-muqueuse, est de plus un mécanisme essentiel de la réponse immune adaptative. La réponse

immunitaire innée quant à elle discrimine entre les bactéries inoffensives et les pathogènes du
Figure 11 : Barrière épithéliale intestinale [25].
 ▪ L’effet barrière est un effet protecteur du microbiote intestinal vis-à-vis les bactéries pathogènes
exogènes et/ou les bactéries commensales délétères en cas de déséquilibre de la flore (c’est-à-dire

les bactéries présentes dans l’intestin en faible quantité et potentiellement délétères si leurs

concentrations augmentent). Celui-ci peut être soit "drastique" aboutissant à l'élimination totale de

la souche exogène, soit "permissif" permettant l'implantation du germe mais réprimant sa

multiplication (c'est le cas des porteurs sains) [26].

Fonction protectrice ▪ L’effet barrière s’exerce via une compétition entre les bactéries pathogènes et les bactéries

commensales pour les nutriments et l’occupation des sites d’adhérence épithéliaux, cela signifie
contre les bactéries que les bactéries commensales en étant plus nombreuses, vont utiliser les nutriments disponibles et

pathogènes : Effet occuper les emplacements disponibles ne laissant que peu de nourriture et de place pour les

pathogènes. Les bactéries du microbiote intestinal vont produire des composés antimicrobiens
barrière (suite) comme des bactériocines qui détruisent les bactéries pathogènes [25].

▪ La muqueuse intestinale est recouverte du mucus principalement constitué de mucines et

contenant également des agents antibactériens comme les lysozymes, les immunoglobulines A

sécrétoires et les défensives ce qui renforce les jonctions serrées entre les cellules épithéliales. Le

microbiote intestinal, en modulant l’expression des gènes des cellules épithéliales régule la
 ▪ Les lymphocytes T CD4+ interviennent dans la réponse immunitaire intestinale

Les lymphocytes T CD4+ auxiliaires, aussi appelés T helper, sont une composante

essentielle de la réponse immunitaire adaptative. Ces cellules sont présentes au niveau de

la muqueuse intestinale et contribuent à la protection de l’hôte contre les agents pathogènes

susceptibles de pénétrer la barrière formée par cette muqueuse. Au cours d’une infection, la
Rupture de la barrière reconnaissance de l’antigène étranger présenté par les cellules dendritiques entraîne
intestinale au cours d’une l’activation des lymphocytes T CD4+ naïfs spécifiques de ce pathogène et induit leur

infection parasitaire ou prolifération et leur différenciation en cellules T CD4+ auxiliaires. Une particularité des

bactérienne et la réponse lymphocytes T CD4+ réside dans leur capacité à se différencier en plusieurs sous-

populations de lymphocytes T auxiliaires effecteurs. Celles-ci sont caractérisées par

immunitaire induite
différents profils de sécrétion cytokinique et lymphatiques adaptées à la genèse d’une

réponse immunitaire permettant d’assurer l’élimination rapide et efficace de l’agent

infectieux [28].
 Ainsi, au cours d’une infection par des pathogènes intracellulaires tels que Leishmania

major ou Toxoplasma gondii, les lymphocytes T CD4+ auxiliaires sécrètent majoritairement

de l’interféron (IFN)-γ, une cytokine pro-inflammatoire qui stimule l’activité

antimicrobienne des macrophages, assurant l’éradication de ces parasites. D’une manière

Rupture de la barrière distincte, les pathogènes extracellulaires, tels que la bactérie Citrobacter rodentium,
intestinale au cours d’une induisent la production d’interleukine (IL)-17 par les lymphocytes T CD4+. Cette cytokine

infection parasitaire ou permet le recrutement et l’activation des polynucléaires neutrophiles qui jouent un rôle

bactérienne et la réponse important dans le contrôle de cette infection bactérienne. Une fois l’agent infectieux

éliminé, le nombre de lymphocytes T CD4+ spécifiques de ce pathogène diminue

immunitaire induite (suite)
fortement, et seule une petite fraction demeure, formant les lymphocytes T CD4+

mémoires. Ces cellules sont capables de réagir plus rapidement et plus efficacement que les

lymphocytes T CD4+ naïfs lors d’une rencontre ultérieure avec le même pathogène,

permettant ainsi une protection à long terme de l’hôte (figure 12) [28].
Figure 12 : Rupture de la barrière intestinale entraîne une perte de tolérance vis-à-vis du microbiote intestinal [28].
 ▪ La flore commensale module la fonction des lymphocytes T CD4+

Plusieurs études récentes ont mis en évidence l’aptitude de la flore commensale à

moduler la différenciation, la maturation et les fonctions effectrices des lymphocytes T CD4+ au

niveau de la muqueuse intestinale, en situation d’homéostasie et au cours d’une infection.

Les bactéries commensales favorisent la mise en place des défenses immunitaires

innées et adaptatives à la surface de la muqueuse intestinale. Cependant, elles représentent aussi

Fonction protectrice un danger potentiel pour l’hôte, car elles sont susceptibles d’induire des réactions

inflammatoires délétères pour l’intestin. Ce paradoxe s’explique par le fait que les microbes
contre les bactéries
commensaux et les pathogènes partagent les mêmes motifs capables d’induire une réponse
pathogènes : Effet inflammatoire. Le système immunitaire intestinal doit donc maintenir en permanence un état de

tolérance vis-à-vis de la flore commensale, tout en étant capable d’induire des réponses pro-
barrière (suite)
inflammatoires protectrices contre les pathogènes gastro-intestinaux. Le maintien d’un tel

équilibre repose sur l’existence de mécanismes de régulation garantissant une réactivité réduite

du système immunitaire intestinal vis-à-vis des bactéries commensales inoffensives.

Une déficience de ces mécanismes résulte en une inflammation anormale du tube

digestif aboutissant au développement de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin,

 ▪ Le système immunitaire intestinal comporte une grande variété de types
cellulaires. On peut schématiquement séparer l’immunité intestinale en une
composante innée constituée des cellules épithéliales et des cellules présentatrices
de l’antigène, et une composante adaptative constituée des lymphocytes. La
composante adaptative peut elle-même être séparée en sites inducteurs et en sites
Fonction immunologique effecteurs de la réponse. Les sites inducteurs sont essentiellement les plaques de
L’organisation du système Peyer et les follicules lymphoïdes isolés. Les sites effecteurs sont les cellules
immunitaire intestinal immunitaires qui peuplent toute la hauteur de la muqueuse. Les plaques de Peyer,
sont des structures identifiables macroscopiquement et les nodules lymphoïdes
isolés constituent des structures plus petites mais très nombreuses, réparties dans
tout le tube digestif, avec une prédominance dans l’iléon. Il existe par ailleurs un
tissu lymphoïde diffus tapissant de façon plus ou moins dense la lamina propria
sous-épithéliale (figure 19) [35].
 ▪ Le système immunaitaire intestinal

* Composante innée * Composante

adaptative

lymphocytes
Fonction immunologique
L’organisation du système
immunitaire intestinal
cellules presentatrices d’antigenes cellules epitheliales

Le tissue lymphoïde associe au tube digestif appelé Sites inducteurs Sites effecteurs
GALT(Gut-associated-lymphoid tissu) constitu le principal
support du systeme immunitaire du tractus digestif. Le GALT
les plaques de Peyer les cellules immunitaires
est le plus grand organe de l’immunité car il contient plus de
les follicules lymphoïdes isolés qui peuplent la hauteur
80% des cellules immunitaires
de la muqueuse
Figure 19: Système immunitaire intestinal [36].
Figure 20 : Types cellulaires de l’épithélium d’une villosité intestinale [37].
 ▪ Fonction de l’epithélium intestinal

▪ L’épithélium intestinal a une délicate fonction : L’absorption des nutriments et au

même temps la défense vis-à-vis des agressions potentielles de l’environnement.

▪ La barrière intestinale est à la fois physique (constituée de jonctions serrées et une couche de
mucus fabriquée par les cellules caliciformes) et la composante chimique est constituée

Immunité innée principalement de molécules antimicrobiennes (les défensines par exemple) qui sont

synthétisées essentiellement par les cellules épithéliales et qui détruisent ou inhibent la

croissance des bactéries pathogènes.

▪ Certains de ces peptides antimicrobiens sont synthétisés de manière constitutive et d’autres

sont inductibles (principalement par des composés microbiens via certains récepteurs de

l’immunité innée). Toutes les cellules épithéliales synthétisent des molécules

antimicrobiennes, mais certains types cellulaires en font une spécialité. C’est le cas des

cellules de Paneth qui sont situées au fond des cryptes intestinales (figure 20) et qui

synthétisent certains de ces peptides antimicrobiens de manière exclusive [37].

▪ Les motifs associés aux pathogènes (pathogen associated molecular pattern, PAMP) sont des

motifs moléculaires qui sont propres aux micro-organismes et conservés à l’intérieur d’une classe

microbienne. Le lipopolysaccharide (LPS), l’ARN double brin et la flagelline qui sont présents

respectivement dans les bactéries à Gram négatif, les virus à ARN et les bactéries flagellées en sont des

exemples [35].

▪ Il existe des récepteurs reconnaissant ces motifs (pattern recognition receptor, PRR) qui

constituent les récepteurs de l’immunité innée. Ces récepteurs sont exprimés dans les cellules présentatrices

de l’antigène et, pour certains, dans d’autres cellules immunitaires et dans les cellules épithéliales. Il en

existe de différents types (figure 21).

▪ Les Toll-like receptors (TLR) sont les mieux caractérisés. Ce sont des récepteurs transmembranaires

présents à la surface de la cellule ou des endosomes. Il en existe dix chez l’homme et ils reconnaissent une

grande variété de PAMPs bactériens, fongiques, parasitaires et viraux.

▪ Les NOD-like receptors (NLR) sont une famille de plus de 20 récepteurs intracellulaires. Leur

principal rôle est la détection des PAMPs cytoplasmiques et des signaux de danger.

▪ Les RIG-I-like receptors (RLR) sont une famille de trois récepteurs cytoplasmiques aux ARN

viraux. Enfin, les C-type lectin-like receptors (CLR) sont une grande famille de récepteurs membranaires

détectant des motifs hydrocarbonés (sucres) contenus principalement dans les parois fongiques.

▪ L’activation des PRRs induit une cascade de signalisation intracellulaire conduisant à l’activation
 Figure 21 : Principaux récepteurs de l’immunité innée (PRR) [37].
dsRNA : ARN double brin ; ssRNA : ARN simple brin ; CpG DNA : motif de
génome microbien ; PGN : peptidoglycane ; MDP : muramyl dipeptide ; iE-DAP :
acide D-glutamyl-méso-diaminopimélique.
▪ le role des Cellules présentatrices de l’antigène

▪ Dans l’intestin, les cellules présentatrices de l’antigène

(CPA) sont présentes dans la lamina propria. On les distingue
classiquement en cellules dendritiques et en macrophages.
Néanmoins, il existe dans l’intestin une grande variété de CPA avec
des caractéristiques pouvant recouper à la fois celles des cellules
dendritiques et des macrophages. Parmi les fonctions principales
des cellules dendritiques intestinales résidentes, on peut noter
l’échantillonnage des antigènes luminaux (via des dendrites
étendues entre les cellules épithéliales). Ces cellules jouent le rôle
d’intermédiaire entre immunité innée et immunité adaptative [37].
 ▪ Immunité adaptative

▪ Capture des antigènes de la lumière intestinale

▪ Les antigènes de la lumière intestinale peuvent être

capturés de trois manières différentes :

- (i) par les plaques de Peyer et les nodules lymphoïdes isolés,

- (ii) par les cellules dendritiques émettant des prolongements

dans la lumière intestinale,

- et (iii) directement par les cellules épithéliales.

- Les plaques de Peyer et les nodules lymphoïdes isolés constituent les sites inducteurs majeurs de
l’immunité adaptative intestinale. Leur épithélium comporte des cellules épithéliales dédifférenciées

appelées cellules M présentant de nombreuses microvésicules et une forme particulière leur

permettant un contact étroit avec des cellules dendritiques, des macrophages et des lymphocytes au

niveau de leur membrane basale. Ces cellules captent de façon sélective les microparticules, souvent

antigéniques, qui parviennent à leur contact. Elles leur font traverser leur cytoplasme sous forme de

vésicules (d’où l’aspect vacuolé de ces cellules) et les libèrent dans le microenvironnement

immunocompétent sur lequel elles se reposent. Les cellules lymphoïdes naïves T et B sont ainsi

informées et sélectionnées, les cellules B prolifèrent et constituent le centre germinatif des nodules

solitaires ou les plus nombreux centres germinatifs des plaques de Peyer. Les ganglions

mésentériques de voisinage peuvent aussi contribuer à cette réponse immunitaire spécifique [ 37].

▪ Un sous-type de cellules dendritiques est capable de détecter les antigènes directement dans la
lumière intestinale par des dendrites étendues dans la lumière, entre les cellules épithéliales. Ces

cellules migrent ensuite vers les ganglions mésentériques de voisinage. Bien que cela représente une

voie plus minoritaire, les cellules épithéliales peuvent aussi capter les antigènes et même les

présenter directement aux lymphocytes par une molécule du complexe majeur d’histocompatibilité

de type II [37].
▪ Réponse adaptative B

▪ Les lymphocytes B produits dans un nodule lymphoïde isolé, une plaque de Peyer ou un

ganglion mésentérique quittent ces structures par le système lymphatique efférent qui les draine, puis

gagnent la circulation lymphatique et se déversent enfin par le canal thoracique dans la circulation

systémique [37].

▪ Ces lymphocytes B activés colonisent alors tous les territoires muqueux, par voie sanguine, en

quittant la circulation périphérique au niveau des veinules postcapillaires particulières qui irriguent ces

tissus. Ces veinules à haut endothélium ou HEV (high endothelial venules) captent les cellules de par

leurs propriétés d’adhésion spécifiques et leur permettent de gagner la lamina propria [37].

▪ Les lymphocytes B activés quelques heures auparavant au contact de l’antigène terminent à ce

niveau leur différenciation en plasmocytes et produisent des immunoglobulines A (IgA) spécifiques de

cet antigène. Les IgA sécrétoires présentent la particularité de résulter de la combinaison d’IgA

dimériques (deux molécules d’IgA et une pièce de jonction ou pièce J) synthétisées par les plasmocytes

de la lamina propria des muqueuses et de la pièce sécrétoire (encore appelée récepteur d’Ig

polymériques) élaborée dans les cellules épithéliales. Leur association se fait lors d’un phénomène de

transcytose dirigée permettant aux IgA dimériques captées par la pièce sécrétoire au niveau basolatéral

des cellules épithéliales, d’être internalisées et libérées au pôle apical sous forme d’IgA sécrétoires

complètes (figure 13.3). En tapissant la surface des muqueuses, elles peuvent capter les antigènes et
▪ Réponse adaptative T

▪ Après présentation des antigènes par les CPA aux lymphocytes T résidents

(principalement CD4+) de la lamina propria, les lymphocytes T sont activés. En

fonction de l’environnement inflammatoire (notamment la présence de cytokines),

les lymphocytes T naïfs prendront un phénotype pro-inflammatoire (ou effecteur)

ou anti-inflammatoire (ou régulateur) [36].

▪ Les cellules dendritiques ont un rôle majeur dans cette phase car elles vont

intégrer l’ensemble des paramètres environnementaux et génétiques qui vont

conduire à la réponse T. Parmi ces paramètres, des signaux d’induction de la

tolérance peuvent provenir des cellules épithéliales et mésenchymateuses (par

exemple TGF-β, IL-10, TSLP), ou des signaux pro-inflammatoires (de danger)

provenant des différents types cellulaires présents (par exemple TNF-α, IL-8, IL-

12, IL-6). En fonction de cet environnement, la réponse T sera soit effectrice, soit

régulatrice.
Figure 22 : Transcytose des immunoglobulines A [36].
▪ Schématiquement, on distingue trois types de lymphocytes T
effecteurs (figure 22) : (i) les Th1 qui dépendent de la présence
d’IL-12 et d’IFN-γ, des facteurs de transcription Stat1, Stat4 et
Tbet, qui synthétisent de l’IL-2 et de l’IFN-γ et qui sont
impliqués dans la réponse aux infections bactériennes
intracellulaires ; (ii) les Th2 qui dépendent de la présence d’IL-
4, des facteurs de transcription Stat6 et Gata3, qui synthétisent
de l’IL-4, IL-5 et IL-13 et qui sont impliqués dans la réponse
aux infections parasitaires ; et (iii) les Th17 qui dépendent de la
présence d’IL-6, de TGF-β et d’IL-23, des facteurs de
transcription Stat3 et ROR-γt, qui synthétisent de l’IL-17 et de
l’IL-6 et qui sont impliqués dans la réponse aux infections
bactériennes extracellulaires et fongiques [36].
 Il existe deux types principaux de
lymphocytes T régulateurs dans
l’intestin (voir figure 23) : (i) les T
régulateurs induits (iTreg) qui
dépendent de la présence de TGF-β (en
l’absence d’IL-6), du facteur de
transcription FoxP3, qui synthétisent
du TGF-β ; et (ii) les T régulateurs 1
(Tr1) qui dépendent de la présence
d’IL-10 et qui synthétisent de l’IL-10.

Figure 23 : Lymphocytes T effecteurs et régulateurs :

différenciation et production cytokinique [37].
▪ Au niveau intestinal, il existe une activation des lymphocytes T de
manière basale, même en l’absence d’infection. Cette activation est en

grande partie sous la dépendance de bactéries du microbiote intestinal et

jouerait un rôle dans le maintien de l’homéostasie intestinale. Il existe

notamment un équilibre fin entre les populations Th17 et Treg. Lorsque

cet équilibre est rompu, il peut en résulter une inflammation intestinale

incontrôlée, comme c’est le cas par exemple dans la maladie de Crohn.

Un autre exemple est représenté par une pathologie génétique appelée

IPEX syndrome (immunodysregulation, polyendocrinopathy,

enteropathy, X-linked syndrome) dans laquelle les patients ont un déficit

des lymphocytes Treg lié à une mutation dans le gène codant pour

FoxP3, et chez lesquels on observe souvent une inflammation intestinale

sévère [35].
 Le microbiote intestinal est capable de récupérer l’énergie issue
des aliments ingérés et non digérée par l’hôte (il peut fournir jusqu’à
10% des besoins énergétiques).

85% de glucides,

66% à 95% de protéines Absorbés avant d’entrer dans le gros

intestin.
Fonction métabolique
et 95% de lipides
et nutritionnelle

Les hydrates de carbone et les protéines non digestibles et que le

côlon reçoit représentent de 10% à 30% de l'énergie ingérée totale et,
sans l'activité de la flore microbienne colique, seraient généralement
éliminés par les selles car le gros intestin humain a une capacité
digestive limitée [29].
 ▪ Les glucides fermentescibles sont principalement constitués d’amidons

Métabolisme glucidique : résistants aux α-amylases de l’hôte, de polysaccharides végétaux (cellulose,

La digestion des hémicellulose et certaines pectines) ainsi que d’autres types de glucides (des

polysaccharides édulcorants et des oligosides). Le côlon reçoit environ 10 à 60 grammes par

jour de glucides non digestibles selon les habitudes alimentaires [30].

▪
▪ La dégradation des glucides complexes contenus dans les aliments s’effectue au niveau du côlon
par l’intermédiaire d’une grande variété d’enzymes appelées carbohydrate-active enzymes ou
CAZymes. Ces dernières sont composées de deux familles : les glycoside-hydrolases (GH) et les
polysaccharide-lyases (PL), ubiquitaires, qui catalysent la coupure des polysaccharides.

▪ Ces enzymes sont produites quasi-exclusivement par les bactéries intestinales. En effet,
le génome humain ne code que pour 8 à 17 GH qui présentent des capacités digestives limitées
pour les sucres complexes (0,03% des oses essentiellement le lactose, saccharose, et une partie de
l’amidon tandis que l’intervention des CAZymes bactériennes permettent la dégradation de
99,96% des polysaccharides restants amidon, glycanes, glycoaminoglycanes, mucines et
glycoprotéines). En revanche, l’exploration de seulement 177 génomes bactériens de référence a
permis d’identifier environ 10 000 enzymes impliquées dans la digestion des sucres.

▪ Le nombre de GH et PL qu’un microbiote de 1 000 espèces peut produire est estime a environ 56
000 (Figure 13). Cet important arsenal enzymatique sert en premier lieu aux bactéries à assurer
leurs sources de carbone en dégradant les substrats alimentaires non digérés
Les principales espèces bactériennes qui ont
une activité hydrolytiques appartiennent aux
genres Bacteroïdes, Bifidobacterium,
Ruminococcus et Roseburia ainsi qu’aux
Clostridium, Eubacterium, et Enterococcus.

Figure 13: Potentiel digestif du microbiote humain [30].

carbohydrate-active enzymes ou CAZymes: les glycoside-hydrolases (GH) et les polysaccharide-lyases (PL)
 ▪ L’amidon

L’amidon est un polysaccharide complexe constitue de plusieurs chaines linéaires de glucose

liées par des liaisons α-1,4, et comportant des branchements α-1,6 distribues de façon non aléatoire
(figure 14). Il est présent dans les graines, les tubercules, les rhizomes et les fruits. Il est la cible des α-
amylases salivaire et pancréatique, l’absorption des produits d’hydrolyse est faite au niveau de l’intestin
grêle. La structure granulaire et insoluble de l’amidon limite l’accès aux enzymes humaines, et sa

Principaux substrats dégradation est incomplète lorsque le bol alimentaire atteint le colon. Cette partie résiduelle de
l’amidon est ciblée par les enzymes du microbiote du colon [31].
indigestibles par l’hôte
et digérés par le
microbiote

Figure 14 : La structure chimique de l’amidon [31].

▪ Composants de la paroi de la cellule végétale

La paroi végétale est composée de plusieurs constituants dont la cellulose, les hémicelluloses, les
pectines, la lignine et les glycoprotéines.

La cellulose est constituée de chaines avec des centaines, voire des milliers, de résidus glucosés lies par
des liaisons α-(1,4) (figure 1.15).

Les hémicelluloses servent de pontage entre les fibres cellulosiques et peuvent contenir d’autres sucres
que le glucose, comme le xylose, le mannose, le galactose et le rhamnose (figure 2.15). Quant aux
pectines, ce sont des polysaccharides chargés, composés d’une chaine principale d’acide uronique, au
sein de laquelle s’intercalent des molécules de rhamnose, et de chaines latérales à la composition en
sucres extrêmement complexes (figure 3.15) [32].

Figure 15: Les

composants de la
paroi végétale [32].
1 : Cellulose, 2 :
Hémicellulose, 3 :
Pectine
▪ Glycosaminoglycanes et mucines

▪ Les glycosaminoglycanes sont des polysaccharides complexes,

composants majeurs de la matrice extracellulaire du tissu animal. Ils sont

constitués de longues chaines linéaires composées de répétitions de

disaccharides contenant un sucre amine et un acide uronique, comme l’acide

glucuronique, ou un sucre neutre (tel que le galactose).

▪ Certaines bactéries de la flore intestinale peuvent digérer des

glycanes endogènes de l’hôte, tels que les mucines. Ces derniers sont des

protéines hautement glycosylées recouvrant les surfaces muqueuses, dont

les intestins. Au niveau du colon, ces glycoprotéines forment une barrière

physico-chimique en séparant l’épithélium intestinal de la lumière colique

(figure 16) [33].

▪ Le devenir des produits issus de l’hydrolyse des polysaccharides

▪ Hormis le lactose, le saccharose et la partie facilement digérable de l’amidon, l’homme est

incapable de digérer de nombreux polysaccharides apportés par son alimentation, dont la figure montre

quelques exemples (le xylane, le rhamnogalacturonane de type II et la fraction d’amidon qui n’a pas été

digérée dans l’intestin grêle). On appelle fibres ces polysaccharides non digérés, qu’ils aient une

morphologie en forme de fibres ou non. Par ailleurs, certaines bactéries de la flore intestinale sont

capables de digérer les sucres complexes attachés aux protéines mucines qui tapissent la muqueuse

intestinale [33].

▪ Les substrats végétaux contenus dans les aliments ne peuvent pas être digérés par les GH et PL

d’une seule bactérie, bien que le génome de certaines bactéries puisse coder des centaines de GH et PL

différentes. La dégradation de la totalité des composants de la paroi de la cellule végétale nécessite

donc la contribution de plusieurs espèces bactériennes, possédant un grand nombre d’activités

enzymatiques différentes et complémentaires. Par exemple, la complexité d’un seul composant de la

paroi de la cellule végétale, comme le rhamnogalacturonane de type II, nécessite l’intervention d’au

moins 30 enzymes différentes pour son hydrolyse complète (Figure 16). Pendant le processus

biochimique de digestion anaérobique, les chaines polysaccharidiques sont coupées en chaines plus

courtes, puis en sucres simples, puis fermentées en métabolites intermédiaires (l’acide formique,

l’acide succinique et l’acide lactique). Les produits finaux de cette chaine trophique sont les acides gras
 Le devenir des produits issus de l’hydrolyse des polysaccharides

Figure 16 : Digestion des sucres complexes par le microbiote intestinal [33]. SCFA = AGCC
▪ Les acides gras à chaines courtes (AGCC)

▪ Le butyrate est l’AGCC majeur issu de la fermentation des

polysaccharides par le microbiote intestinal. Ce produit constitue la première

source d’énergie pour les cellules du colon (colonocytes), et son manque

provoque l’autophagie ou l’autolyse de ces dernières qui finissent par se

dégrader [31].

▪ Les AGCC ont une multitude de fonctions bénéfiques, telles que

l’inhibition de la prolifération des cellules tumorales du colon et la

stimulation de la croissance de colonocytes sains. Les SCFA auraient

également des propriétés anti-inflammatoires via l’inhibition de l’activation

du facteur nucléaire kappa-B impliqué dans la réponse immunitaire et ils

peuvent également jouer un rôle contre la résistance à l’insuline et contre

l’obésité chez les souris en augmentant les dépenses énergétiques [31].

Figure 17 : Schéma de la dégradation des polysaccharides [ 32].
▪ Comme une grande partie de l’intestin est anaérobie, l’élimination du H 2

produit lors de la fermentation va interagir avec le microbiote. Le H 2 sera en

partie éliminé par la respiration et une partie est consommée par trois
groupes de microorganismes : les méthanogènes, les acétogènes (homo-
acétogènes) et les sulfates-réducteurs qui coexistent dans le côlon en
proportion différente. On notera que l’accumulation de H 2 dans le côlon

inhibe la fermentation. Les gaz (CO2 et H2) seront à leur tour utilisés par les
microorganismes pour former l’acétate et le méthane et permettre la
sulforéduction. Parmi les acétogènes détectés dans l'intestin humain, la
majorité appartient au phylum des Firmicutes. L’ensemble de ces
mécanismes est résumé dans la figure 17 ci-dessous :
Figure 17: Produits issus de la fermentation [34].
 ▪ Métabolisme lipidique

▪ Les acides gras alimentaires sont majoritairement absorbés au

niveau de l’intestin grêle, et par conséquent 5 à 8 grammes de lipides
totaux par jour arrivent dans le côlon. De nombreuses espèces bactériennes
possèdent des lipases et vont permettre d’hydrolyser les triglycérides à
chaines longues. Les acides gras subiront alors plusieurs modifications
(hydrolyse, oxydation et réduction) grâce aux bactéries du microbiote [ 34].

▪ Par ailleurs, le microbiote est capable de métaboliser le cholestérol

en coprostanol qui sera éliminé via les fèces. Chez la majorité des
individus, 70% du cholestérol est métabolisé par le microbiote, toutefois
les bactéries responsables de ce métabolisme sont inconnues. En 2007, une
étude a identifié le rôle d’une souche bactérienne proche de l’espèce
Bacteroïdes dorei dans le métabolisme du cholestérol [34].
 ▪ Métabolisme des protéines

▪ La dégradation des protéines dans le côlon fait intervenir de

nombreuses espèces bactériennes possédant des activités enzymatiques
complémentaires (protéases, désaminases et transaminases). Certaines
bactéries utilisent principalement les acides aminés comme source d’énergie
comme les genres Clostridium, Acidaminococcus et Peptococcus. Les
acides aminés sont majoritairement fermentés par désamination, cela va
conduire à la production d’AGCC et d’ammoniaque. L’ammoniaque est un
composé potentiellement toxique pour l’hôte, il est rapidement assimilé et
métabolisé en urée par le foie puis excrété dans l’urine. Il pourrait être
impliqué dans l’initiation du cancer colique (figure 18) [ 34].
Figure 18: La dégradation des protéines par le microbiote [ 34].
 1. Synthèse de facteurs vitaminiques

Le microbiote intestinal participe à l’apport

indispensable d’acides aminés et à la synthèse des vitamines

comme riboflavine (Vitamine B2), acide pantothénique

(Vitamine B5), pyridoxine (Vitamine B6), biotine (Vitamine B8

ou H), vitamine B12 (son déficit entraine une anémie) et

vitamine K (Facteurs II, VII, IX, X –Coagulation) [ 34].

▪Dysbiose et maladies
▪ L’obésité

▪ Définition

▪ D'après l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), l’obésité se définit comme une

accumulation anormale ou excessive de graisse corporelle qui peut nuire à la santé. Chez

l’adulte, l’obésité et le surpoids sont définis par l’index de masse corporelle (IMC ou BMI en

anglais). Il correspond au poids divisé par le carré de la taille, exprimé en kg/m2. L’OMS définit

le surpoids par in IMC égal ou supérieur à 25 et l’obésité par un IMC égal ou supérieur à 30.

▪ Le microbiote intestinal dans l’obésité

▪ La composition du microbiote intestinal diffère fortement chez les sujets en

surpoids. Un autre travail de recherche souligne d’ailleurs que le ratio Firmicutes /

Bactéroïdetes chez des souris obèses est de 100/1, au lieu de 10/1 chez des souris non

obèses. La preuve d’un microbiote différent. Et lorsque l’on compare la composition du

microbiote chez l’Homme, le résultat est sensiblement identique. En effet, chez les

personnes obèses, les firmicutes dominent très largement. Ces dernières ont notamment

une meilleure capacité à digérer les glucides complexes. Elles extraient donc davantage de

calories des aliments, entraînant de fait une augmentation de la masse graisseuse [36].
▪ Mécanisme métabolique

▪ Le microbiote exerce des fonctions physiologiques indispensables : il permet la digestion

de fibres alimentaires et des sucres complexes ingérés mais qui ne sont pas digérés par l’organisme.

En revanche, les bactéries intestinales les coupent en sucres simples qui eux sont absorbés par les

parois intestinales et rejoignent la circulation sanguine, grâce à des enzymes dont l’homme n’est

pas porteur, donc il est capable d’extraire de l’énergie des aliments non digestible par l’hôte ce qui

conduit à la production d’acides gras à chaines courtes (AGCC) (butyrate, acétate et propionate)

absorbés par l’intestin [10] ce qui constituent une source d’énergie pour notre corps. L’abondance

de ces AGCC et leur concentration dans le côlon est corrélée à l’obésité chez les humains [38].

▪ Ces AGCC sont ensuite impliqués dans des mécanismes de régulation énergétique tels que

le stockage des acides gras dans le tissu adipeux. De plus, une abondance des AGCC dans l’intestin

favoriserait la lipogenèse hépatique par l’augmentation de la suppression du FIAF et une

augmentation de l’activité de la LPL ce qui entrainait une augmentation du stockage des acides gras

dans le tissu adipeux [ 39].

▪ L’Inflammation de bas grade

▪ Il a été établi que l’obésité est liée à un état inflammatoire de bas grade. Cet état

est corrélé aux concentrations des Lipopolysaccharide (LPS) plasmatiques (ou circulant).

Le LPS est un composant de la paroi des cellules des bactéries à Gram négatif et circule à

un faible niveau de concentration dans le plasma des sujets en bonne santé. Au cours de

l’obésité et en cas d’alimentation riche en graisse, la perméabilité intestinale est accrue. Le

passage des bactéries ou de certains de leurs composants induit alors une « endotoméxie

métabolique » elle-même à l’origine des anomalies métaboliques rencontrées (Insulino-

résistance et diabète) [40].

▪ Le LPS est capable de déclencher un processus inflammatoire (en stimulant la

sécrétion de cytokines pro-inflammatoires de type TNF-α) en se liant aux CD14 des

récepteurs Toll-like de type 4 (complexe CD14/TLR4) présent à la surface des cellules

immunitaires innées (dont les macrophages) [40].

Figure 24 : Infiltration du tissu adipeux par des cellules immunitaires du tissu adipeux de
souris perfusées par des LPS [41].
▪ Commentaire de la figure : Il a été montré sur des souris qu’après 4 semaines de régime riche
en graisse, le niveau de LPS circulant dans le sang augmentait d’un facteur 2 à 3. Cet état était
appelé « endotoxémie métabolique ». Ces souris avaient une inflammation du tissu adipeux
visible par une augmentation de la taille des dépôts adipeux. Des injections sous-cutanées de
LPS conduisaient aux mêmes troubles métaboliques que ceux induits par un régime hyper
lipidique : prise de poids, diminution de la tolérance au glucose, augmentation du degré de
stéatose dans le foie, augmentation de cytokines pro-inflammatoires dans le foie, les muscles et
le tissu sous cutané et viscéral. Par contre, les souris dont le récepteur au LPS était inactivé
(souris déficientes en CD14 ou CD14-/-) étaient résistantes à la fois aux effets du régime hyper
lipidique et à l’injection en sous cutané de LPS. De plus, ces souris CD14-/- se sont révélées
hyper sensibles à l’insuline quel que soit le régime : le récepteur CD14 pourrait moduler la
sensibilité des tissus à l’insuline même en condition physiologique. L’ensemble de ces
observations suggèrent un rôle du LPS, un extrait bactérien, comme facteur déclenchant des
désordres métaboliques [41].

▪ Chez l’humain, le rôle du LPS dans l’inflammation de bas grade a été évalué. Une faible
dose de LPS provoque une augmentation du niveau d’insulino-résistance et de la concentration
en TNFa dans le tissu adipeux. Il a également été observé qu’un repas riche en lipides et glucides
entraine une augmentation significative de LPS. Il est important de noter que ces augmentations
n’ont pas été observées après un repas riche en fibres et en fruits. Ces observations ont été
confirmées par d’autres études qui montraient également qu’un repas riche en lipides était bien
corrélé à l’augmentation des niveaux de LPS et une signalisation pro-inflammatoire. Il semble
donc évident que l’endotoxémie est impliquée dans le développement de l’inflammation de bas
▪ Parallèlement, l’augmentation de LPS plasmatique était couplée à une
diminution drastique des Bifidobactéries dans l’intestin. Ces bactéries sont
normalement impliquées dans le renforcement de la barrière intestinale. La
diminution de ces bactéries entrainerait une perméabilité accrue de la barrière
intestinale ce qui permettrait le passage du LPS dans le sang [42].

▪ Nous retrouvons donc dans l’obésité une modification de la

composition du microbiote intestinal ainsi qu’une altération des fonctions
protectrice et métabolique décrites plus haut : d’un point de vu métabolique,
on trouve une augmentation de l’abondance d’AGCC indiquant une forte
extraction d’énergie et une augmentation de l’activité de la LPL conduisant à
un stockage adipeux ; d’un point de vu barrière intestinale, son altération
causée par la diminution des Bifidobactéries entraine via le passage du LPS
l’état inflammatoire caractéristique de l’obésité [42].
Figure 24 : De la dysbiose intestinale aux maladies métaboliques [42].
▪ Maladies inflammatoires chroniques de
l’intestin (MICI)
▪Maladie de Crohn
Une réponse inflammatoire et immunitaire anormale vis-à-vis de la microflore intestinale déclenchée ou aggravée par des
facteurs environnementaux, chez des individus génétiquement predisposes.

Figure 02: Les causes de MICI

Tableau 01: Facteurs environnementaux impliqués dans la pathogénie des MICI
Figure 4: Représentation schématique de la dysbiose intestinale
Figure: Représentation schématique d’une paroi intestinale saine
Figure: Représentation schématique d’une paroi intestinale MICI
Chapitre III : Approche thérapeutique (rôle des
probiotiques, prébiotiques et synbiotiques)
(Aliments fonctionnels)
 ▪ Les probiotiques
Les probiotiques des microorganismes (bactéries ou levures) vivants produisant des
effets bénéfiques pour la santé et le bien-être de l’hôte lorsqu’ils sont consommés en quantité
suffisante. Les probiotiques peuvent se trouver naturellement dans certains aliments tels que
les produits laitiers ou être rajoutés (par exemple les préparations destinées à l’alimentation
des nourrissons), on les trouve aussi sous forme de comprimés, gélules, ou sachet contenant
des bactéries lyophilisées. Les probiotiques les plus connus sont les bactéries lactiques
(Lactobacillus, Streptococcus et Lactococcus) et les Bifidobactéries. On trouve également
quelques espèces de Bacillus et [Link] ainsi que la levure Saccharomyces cerevisiae [43].
▪ Les prébiotiques
1. Définition Les prébiotiques, à la différence des probiotiques, ne sont pas des micro-organismes
mais des substances non digérées par les enzymes humaines. Ce sont généralement des sucres
de petite taille. Leur fermentation stimule la croissance et l’activité de certaines espèces
microbiennes. On cite quelques aliments riches en prébiotiques : lait maternel, artichauts,
bananes, ail, oignons et tomates. Les prébiotiques les plus communs sont: le lactulose les
fructo-oligosaccharides (FOS), les isomalto-oligosaccharides, les transgalacto-
oligosaccharides, les fuco-oligosaccharides, les oligosaccharides de soja, le lactosucrose et
l’inuline [43].
▪ Synbiotiques
Les symbiotiques sont une association de prébiotiques et probiotiques : Les
prébiotiques accroissent la croissance et l’activité des probiotiques. Ils sont le substrat des
probiotiques [43].
 ▪ La grande majorité de probiotiques disponibles sur le marché sont

considérés comme des compléments alimentaires et non pas des

médicaments. Les compléments alimentaires sont «des denrées

alimentaires dont le but est de compléter le régime alimentaire normal et

2.
Réglementation qui constitue une source concentrée de nutriments ou d’autres substances

ayant un effet nutritionnel ou physiologique seuls ou combinés » c'est-à-

dire qu’ils n’ont pas d’allégations thérapeutiques mais seulement des «

allégations santé », cela signifie qu’il ne peuvent pas prétendre traiter ou

soulager une pathologie [44].

 ▪ La classification d’un probiotique repose obligatoirement sur le genre,
l’espèce et la souche. Par exemple, Bifidobacterium longum BB536.

▪ Pour pouvoir exercer son activité bénéfique un probiotique doit d’une

part pouvoir atteindre son site d’action vivant et d’autre part être en quantité
suffisante. La résistance du probiotique a son passage dans le tractus digestif
va dépendre de la souche mais également de facteurs propres à l’hôte comme
3. Classification et
l’acidité gastrique et la sécrétion de sels biliaires. La présence de probiotiques
propriétés viables en quantité requise pour obtenir l’effet escompté doit être garantie dans
les produits jusqu’à leur date de péremption. La majorité des probiotiques se
trouve à un dosage de 109 UFC/dose. Toutefois, le dosage efficace va varier
selon la souche utilisée et la forme employée. Des concentrations de
probiotiques supérieures ou égales à 106 UFC/mL dans l’intestin grêle et à 108
UFC/mL dans le côlon sont considérées comme suffisantes pour produire un «
effet sur la santé » [45].
 ▪ Les probiotiques exercent leurs effets par deux moyens. Le premier est physique, c'est-à-
dire qu’ils vont coloniser le tractus digestif et entrer en compétition avec les
microorganismes résidents. Cela va permettre de recoloniser avec de « bons »
microorganismes un microbiote déséquilibré. Par exemple, après un traitement
antibiotiques, le microbiote est altéré, cela peut entrainer un développement des
pathogènes qui sont normalement « contenus » par les bactéries commensales. L’ingestion
de probiotiques permet dans ce cas d’éviter la propagation des pathogènes et permettre aux
bactéries résidentes de se redévelopper petit à petit. Le deuxième moyen d’action, moins

4. Mode connu, passe par le microbiome des probiotiques. En effet, les microorganismes vont
directement exercer leurs effets par l’expression de leurs gènes en interférant sur le

d’action métabolisme de l’hôte [46].

▪ Survivre à l’acidité de l’estomac

▪ • Éviter leur digestion dans l’intestin grêle

▪ • Favoriser la fermentation sélective par les bactéries saphrophytes du côlon

▪ • Stimuler la croissance des probiotiques (bifidobactéries)

▪ • Stimuler la motilité intestinale et la réabsorption d’eau, d’électrolytes et de sels minéraux

 Acides gras
Les acides gras de la série oméga-3 (l’acide eicosapentaénoïque – EPA –
et docosahéxaénoïque – DHA –) ont des propriétés hypolipémiantes et
inhibent la formation de médiateurs de l’inflammation, tout
particulièrement les prostaglandines en remplaçant partiellement le
substrat de leur synthèse dans les membranes (l’acide arachidonique).

MICI et EPA et DHA sont présents dans des huiles de poissons. Plusieurs essais
prébiotiques randomisés ont testé l’efficacité d’une supplémentation en ces deux acides
gras au cours de la MC et de la RCH.
▪ Acides gras à courte chaîne

Le butyrate est un acide gras à courte chaîne (AGCC) qui

constitue la principale source énergétique du colonocyte. Il exerce
de nombreux effets physiologiques sur l’immunité locale, le débit
sanguin muqueux, la motricité, la sécrétion de mucus, la
différenciation et la prolifération cellulaire colique. Certains
travaux ont suggéré une diminution du butyrate dans la lumière
colique au cours de MICI ou une diminution de sa capacité
d’oxydation au cours de la RCH.
▪ Glutamine
▪ La glutamine est un substrat de choix pour l’entérocyte et des
travaux chez l’animal avaient suggéré que des nutritions
entérales enrichies en glutamine puissent améliorer des
situations de MICI expérimentales.
▪ Produit riche en TGFb2

▪ Le TGFb2 est une cytokine présente naturellement dans le lait

et qui exerce des propriétés anti-inflammatoires,
immunorégulatrices et de régulation de croissance cellulaire et
de cicatrisation.