Introduction à la

Microbiologie
Les microbes = micro-
organismes
 Les microbes :bactéries,
virus,
parasites, levures,
champignons et algues microscopiques
etc…)
 sont des êtres vivants, des micro-
organismes, qui échappent à la
détection à l’œil nu, leur dimension
étant inférieure à 0,1 mm.
 Les micro-organismes sont
indispensables dans notre
environnement.
 Ils permettent aux cycles du carbone,
de l’oxygène, de l’azote et du soufre
de fonctionner dans les milieux
terrestres et aquatiques ; ils sont à
l’origine de toutes les chaînes
alimentaires.
 La microbiologie est à la base de la
biotechnologie moderne
 Peste : Yersinia pestis , transmise par le rat
- responsable de la chute de l’Empire
Romain
en 1347
- En 4 ans en Europe 1/3 de la
population était mort soit 25 millions

 SIDA : 1982 due à un rétrovirus HIV

problèmes qui a causé beaucoup de morts
Evolution thérapeutique donne une
meilleure survie
 Découverte des microbes
 l’œuvre d’un Hollandais : Anthonie van
Leeuwenhoek (1632-1723), riche marchand de la
petite ville de Delft. Il observa, au moyen d’un
microscope rudimentaire de sa fabrication, un grand
nombre de particules invisibles à l’œil nu, qu’il appela
des « animalcules », parmi lesquels il décrivit des
sphères, des bâtonnets, des spirilles, correspondant aux
principales variétés morphologiques de bactéries.
 Le microscope de Van Leeuwenhoek (dont il fabriqua
plusieurs centaines d’exemplaires au cours de sa vie),
était un instrument à une seule lentille, une loupe de
très courte distance focale.
 Chaque microscope avait un grossissement fixe qui
variait entre 50 et 300 fois.
Microscope
Anthonie van
Leeuwenhoek (1632-
1723)
 Il observa ainsi le premier les
globules rouges du sang (1673),
 les bactéries (1683)
 les protozoaires, les
spermatozoïdes (1677) , les cellules
de la levure de bière (1680) et les
capillaires (1689).
 Ses travaux eurent un écho très
large et contribuèrent à la
découverte du monde du vivant.
Microscope de Van
Leeuwenhoek

Observation des globules rouges

Par microscope Van Leeuwenhoek

GR microscopie
électronique
 Van Leeuwenhoek fit des découvertes de
première importance dans tous les domaines de
la biologie. Il découvrit notamment les
spermatozoïdes et les globules rouges.
 Mais sa contribution la plus importante fut la
révélation du monde microbien. Le mot
microbe n’existait pas encore et la terminologie
de l’époque utilisait, comme on la vu plus haut,
le terme « animalcules » pour désigner ce qui
était observé grâce au microscope, c’est-à-dire
des protozoaires, des algues unicellulaires, des
levures et des bactéries.
 Découverte des
rôles des
bactéries
 Deux siècles plus tard : rôle des bactéries dans les
processus de fermentation et dans la transmission des
maladies a été découvert et que leur étude a
commencé.
 Louis PASTEUR (1822-1895) et Robert KOCH
(1843-1910). L’étude des bactéries au cours de la
deuxième moitié du 19ème siècle. Ces micro-
organismes furent d’abord classés dans le règne
végétal.
 Haeckel en 1866, qui proposa, à côté des règnes
animal et végétal, le règne des protistes regroupant
les organismes unicellulaires ou pluricellulaires qui ne
forment pas de tissus différenciés.
 CHATTON en 1937 que proposa la subdivision en
protistes eucaryotes et protistes procaryotes
 Découvertes de
Louis Pasteur
(1822-1895)

 Fils de fermier, diplômé en physique

chimie
 Ses études sur les maladies des
vers à soie, menées de 1865 à 1869
 En 1874, ses recherches sur la
fermentation lui valent la médaille Copley,
 En 1876, Pasteur, la fermentation et les
infections
 Lutté contre la théorie de «génération
spontanée», les microbes se développent
à partir d’un support
 Vaccination contre le
charbon du mouton

 En 1881 , l'équipe de Pasteur met au point

le vaccin contre le charbon des moutons
 En 1888, vaccin contre la rage
 La découverte du vaccin antirabique
(1885) vaudra à Pasteur sa consécration
dans le monde : il recevra de nombreuses
distinctions.L'Académie des sciences
propose la création d'un établissement
destiné à traiter la rage : l'Institut Pasteur
naît en 1888.
L’Institut Pasteur de Paris
 Découvertes de Robert
Koch (1843-1910)

 Médecin bactériologiste
 défenseur depuis 1840 de la
théorie microbienne des maladies
contagieuses
 Il est le premier en 1876 à réussir
la culture du bacille du charbon
découvert en 1850 par les français
Rayer et Davaine
Culture de Coloration de Ziehl
[Link] Nelson
 En 1882, Il isole le bacille de la
tuberculose en mettant au point une
méthode de culture in vitro
 en reproduisant la maladie chez les
animaux avec la souche cultivée,
prouvant que le germe est bien
responsable de la maladie et invalidant
la théorie cellulaire de Virchow. Ce
germe lui doit son nom, bacille de Koch
 Cette découverte entraîne l'utilisation des
mesures d'hygiène pour lutter contre la
transmission de la maladie. Koch découvre
également la tuberculine, extrait du bacille, et son
rôle pour le diagnostic de la maladie. Il en fait, à
tort, un principe du traitement de la tuberculose.
 En 1883, au cours d'une expédition en Égypte, il
isole l'agent microbien du choléra (Vibrio cholerae)
 Robert Koch reçoit le
Prix Nobel de médecine et de physiologie en 1905
pour ses travaux sur la tuberculose
 Découvertes de Ignace-
Philippe Semmelweis (1818-
1867)
 Médecin accoucheur Hongrois
 1847-1850 découvre que la
fièvre puerpérale chez les
femmes post accouchées se
transmet par les médecins
après dissection


 d’où l’utilisation des

antiseptiques
Taux de mortalité par fièvre
puerpérale avant et après utilisation
d'hypochlorite de calcium
 Découverte
des virus
 1898 : Découverte du virus de la mosaïque
du tabac, alors nommé Contagium vivum
fluidum. Ivanovski démontre en 1892 qu'un
extrait de feuille malade reste infectieux
après filtration à travers un filtre de
Chamberland
 1898 à 1901 : Découvertes de premiers virus
impliqués dans des zoonoses et maladies
humaines (Fièvre aphteuse, Fièvre jaune)
 1917 : Premières découvertes de virus dits
bactériophages (infectant des bactéries)
 1931 : Première découverte d'un virus
oncongène (induisant le cancer chez le
poulet)
 Découverte des virus

 1939 : Première photographie au microscope

électronique d'un virus
 Cultures cellulaire en 1943
 1983 : Identification du VIH du SIDA
 1989 : Première évaluation du nombre des
virus marins (4 à 10 millions dans chaque 1 ml
d'eau)
 2003 : Première découverte d'un virus géant
(mimivirus, dont le génome sera séquence en
2004)
 2008 : Découverte d'un virus encore plus
gros, le Mamavirus, et découverte d'un virus
capable d'infecter un autre virus
 Taille des virus 20 à 250 nm
 Caractères distinctifs entre les
procaryotes et encaryotes
Structure cellulaire eucaryote procaryote
Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm
Peptidoglycane de la paroi absence présence

Noyau Présence, avec membrane absence

nucléaire et
plusieurs chromosomes un seul
chromosome
Chromosome structure complexe Structure
relativement
simple
Nucléole présence absence
Membrane nucléaire présence absence
Mitochondries présence absence
Lysosomes présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique (RE) présence absence

Ribosomes Présence de deux types Présence d’un

seul type
association au RE rugueux
Division Mitose ou méiose Scissiparité
Classification des organismes
vivants
 Règne animal
 Règne végétal
 Règne des protistes (Haeckel, 1866)
= organisme uni ou pluricellulaire qui
ne forment pas de tissus différenciés
 Protistes supérieurs = eucaryotes
 Protistes inférieurs = procaryotes (pas

de membrane nucléaire, pas de noyau, pas

de chromosome
+ les virus: 1000 fois plus petit, 1 seul type
d’acides nucléiques, parasites obligatoires
ARN 16S
ANATOMIE FONCTIONNELLE
DES BACTÉRIES
Morphologie
Coloration de Gram
 Culture

Les bactéries
 La bactériologie s’occupe de
l’étude des bactéries

Examen direct
Classement des
bactéries
 Selon leur forme :
 sphères = cocci
 bâtonnets = bacilles

 Selon leur couleur après

coloration de GRAM
 Gram + = violet
 Gram - = rose
 Classification des virus
Famille Sous-famille Genre Exemple d’espèce Enveloppe

Adenoviridae _ Mastadenovirus Adénovirus _

Alphaherpesvirinae Simplexvirus Herpes virus simplex +

Varicellovirus Varicelle-zona +

Herpesviridae Betaherpesvirinae Cytomegalovirus Cytomégalovirus +

Roseolovirus Herpès virus humain 6 +

Gammaherpesvirinae Lymphocryptovirus Virus Epstein-Barr +

Rhadinovirus Herpèsvirus humain 8 +

Polyomaviridae _ Polyomavirus Virus JC _

Alphapapillomavirus Papillomavirus humain 16 _

Papillomaviridae _
Betapapillomavirus Papillomavirus humain 5 _

Parvoviridae Parvovirinae Erythrovirus Virus B19 _

Dependovirus Virus adénovirus-associé 2 _

Poxviridae Chordopoxvirinae Orthopoxvirus Vaccine +

Parapoxvirus Virus de l’orf +

Molluscipoxvirus Virus du molluscum +

contagiosum
_ Orthohepadnavirus Virus de l’hépatite B +
Les virus
 Quelques dizaines de nm
 Virus ADN / ARN, type de capside
 Virus « nu »
 Résiste dans l’environnement
 Transmission indirecte (mains,
aliments…)
 Virus « enveloppé »
 Résiste peu ou pas dans l’environnement

Variable selon les espèces: VHB > VHC > HIV
 Transmission directe (sang, salive, sexe)
Les virus
 Les virus sont des entités simples, acellulaires, qui
consistent en une ou plusieurs molécules d’ADN ou
d’ARN, jamais les deux à la fois,
 Capsides enfermée dans une coque protéique (avec
parfois, en plus, des lipides et des glucides).
 Enveloppés ou nus
 Ils ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur de cellules
vivantes : Ce sont donc des parasites intracellulaires
obligatoires.
 Les virus sont classés selon la nature de leur génome en
virus à ARN simple brin (ou monocaténaire) de polarité
positive et négative,
 virus à ARN double brin (ou bicaténaire), virus à ADN
simple brin et double brin et virus utilisant la
transcriptase inverse pour leur réplication
(ARN/Retroviridae et ADN/Hepadnaviridae).
Les prions
 la découverte, il y a quelques
années, de particules infectieuses
dénommées prion. Les prions ne
sont composés que d'une seule
molécule tandis que les virus
(simples ou complexes), virions,
phages et autres particules virales
sont multimoléculaires.
Prion
 ATNC: Agents transmissibles non
conventionnels
 Encéphalopathies spongiformes subaiguës
transmissibles (ESST)
 Transmission par un agent infectieux
protéique: accumulation d’une isoforme
pathologique (PrPSc) d’une protéine normale
(PrP)
 Maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), syndrome de
Gerstmann-Sträussler-Scheinker, insomnie
familiale fatale.
 Scrapie ou tremblante du mouton;
encéphalopathie spongiforme bovine (ESB: vache
folle) avec épidémie en 1986 UK→ passage à
l’homme évoqué en 1996 (vMCJ)
MICRO-ORGANISMES ET
MALADIES INFECTIEUSES
 Maladies étaient provoquées par des forces surnaturelles,
des vapeurs empoisonnées appelées miasmes et des
déséquilibres entre les quatre humeurs, (le sang, le
phlegme, la bile jaune et la bile noire) que l’on croyait
présentes dans le corps.
 L’idée que la maladie résultait de ces déséquilibres était
acceptée partout depuis le temps du médecin grec Galien
(131-201).
 Les premières indications concernant une étiologie
microbienne des maladies infectieuses datent du début du
19ème siècle.
 La relation micro-organismes/maladies fut loin d’être
évidente et il fallut des années pour que les scientifiques
établissent le lien entre micro-organismes et développement
de maladie. Cette découverte fut étroitement dépendante
des progrès techniques. Une fois la relation établie, les
microbiologistes étudièrent comment l’hôte se défendait
Intérêts de la
Microbiologie

Industrie Médecine
(biotechnologie)  - Maladies infectieuses
 - «Vaccins alimentaires»
 Production  -Thérapie de Cancers
- de médicaments  (voir exemples)
(Antibiotiques, Insuline
…)
 - d’aliments fermentés
Environnement
 - Epuration de l’eau
 - d’acides aminés,
 - Biorémédiation
d’acide
 citrique …
 - Bioinsectizides
 - d’enzyme
 (Bacillus thuringiensis)
 - de plolysaccharides

 - Ethanol
Programme
d’enseignement en 3ème
année
 Partie bactériologie
- fondamentale
- systématique

 Partie virologie:
- fondamentale
- systématique
Cours de Bactériologie
Fondamentale
Le Monde Microbien
Généralités : classification et structure bactérienne
Physiologie bactérienne
Génétique bactérienne
Relation hôte bactérie, flores normales
Manifestations du conflit hôte bactérie
Les Antibiotiques : Classification
Les Antibiotiques : Les résistances
Rôle du laboratoire dans le suivi du traitement antibiotique.

Antiseptiques, Désinfectants et Stérilisation

 Bactériologie
systématique

Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (Cocci Gram

positif : Staphylococcus,Streptococcus et Gram négatif :Neisseria,
Branhamella…)
Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (Bacille à Gram
négatif : Enterobacteries, Pseudomonas, Vibrio, Legionella….)

….Bacilles à Gram négatif(suite) : Haemophilus, Bordetella, Brucella,

Campylobacter, Helicobacter.
Les principaux groupes de germes en pathologie humaine :(Bacilles à Gram
positif : Listeria, Corynebacterium, Bacillus et Mycobacterium)

Les principaux groupes de germes en pathologie humaine :…..Les bactéries

anaérobies, Chlamydiae,Mycoplasma …
Diagnostic bactériologique direct
Diagnostic bactériologique indirect
 Cours de virologie
Les Virus : Définition, Structure et Classification
Multiplication des Virus des Animaux
Physiopathologie des Infections virales
Relation hôte-virus
Virus à ADN Herpesviridae
Autres virus à ADN : Adenoviridae, Papillomaviridae ,
Papovaviridae
Virus à ARN : virus respiratoires, Picornaviridae, Reoviridae,
Caliciviridae
Diagnostic Virologique
Traitement et Prévention des Infections Virales I
Traitement et Prévention des Infections Virales II
 Site de la Société Algérienne de
Microbiologie clinique: SAMIC

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