République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

École Nationale Supérieure des Sciences de la Mer et de l'Aménagement du
Littoral
Département Ressources Vivantes

MICROBIOLOGIE DES EAUX

Traitement et Réutilisation des Eaux Usées - 1ère Année-

Cours
Dr. BOUKHAROUBAA.
CHAPITRE Ⅳ : MICROBIOLOGIE DE L’EAU
 INTRODUCTION

Les milieux aquatiques présentent des superficies et des volumes

très
divers. Certains paramètres physicochimiques auxquelles les
microorganismes se développent, pouvant aller :
 pH : De l’alcalinité à l’acidité extrême,
 Températures : Vers les profondeurs [-5 °C et -15 °C] et dans
les régions géothermiques jusqu’à 113 °C.
L’eau occupe environ 71 % de la surface de terre, dont plus de 97 %
sont contenus dans les océans. Environ 2.8 % sous forme d’eau
douce, dont la majorité sur les glaciers et calottes polaires. Le reste est
répartis entre l’atmosphère et les eaux continentales superficielles
(cours d’eau, rivières et lacs) et les eaux souterraines.
Les principaux acteurs microbiens dans ces habitats comprennent les
phototrophes et les hétérotrophes.
 INTRODUCTION

Un facteur important dans les milieux aquatiques est le mouvement

des matériaux (gazeux, solides ou dissous).
Le mélange et le mouvement des éléments nutritifs, de l’oxygène et
des déchets qui se produisent dans les milieux d’eaux douces et
marins, sont des facteurs contrôlant la communauté microbienne.
Car ces gaz et les déchets solubles produits par les organismes des
profondeurs stimulent l’activité d’autres groupes microbiens.
La classification des eaux diffère d’une référence à une autre :
 Classification suivant l’origine ; quelques auteurs parlent même
des eaux de pluies.
 Classification selon l’utilisation des eaux.
 EAUX DE CONSOMMATION

Ce sont les eaux destinées à la consommation domestique, elles ont

connues une énorme croissance, suite au développement démographique
et à l’amélioration des conditions de vie des populations.
Jamais ces eaux ne sont distribuées sans traitement préalable.
Il faut signaler que les eaux destinées à la consommation doivent
satisfaire une qualité sanitaire et microbiologique bien définie,
suivant des normes spécifiques (ex: Journal Officiel).
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

L’eau est un milieu qui permet la survie et le développement d’une

grande variété de microorganismes.
Cette diversité microbienne dépend :
 Les nutriments disponibles,
 La concentration microbienne,
 Transition de zones aérobies à zones anaérobies,
 Mélange des oxydants et des réducteurs,
 La pénétration de la lumière dans de nombreuses zones
anaérobies ; crée des milieux favorables à certains types de
microorganismes photosynthétiques.
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

La principale source de matière organique dans les eaux de

éclairées est l’activité photosynthétique,
surface essentiellement due au
phytoplancton.
Synechococcus est un genre commun dans le plancton ; il peut atteindre
des densités de 104-105 cellules/mL, à la surface des océans.
Les picocyanobactéries (cyanobactéries de très petites tailles), peuvent
représenter 20-80 % de la biomasse phytoplanctonique totale dont
dépend des prédateurs.
En croissant et en fixant le CO2 pour former de la matière organique, le
phytoplancton tire de l’eau environnante, l’azote et le phosphore dont
ils ont besoin.
Lorsque le phytoplancton s’est développé, une grande part de la
matière organique fixée par ces minuscules organismes entre dans la
boucle microbienne. (Figure).
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

Dans cette boucle, la matière organique est recyclée en dioxyde de

carbone et en sels minéraux.
La matière organique dissoute libérée par le phytoplancton est utilisée
par les bactéries hétérotrophes.
C’est dans les milieux aérobies que la boucle microbienne fonctionne
le mieux; (présence des microorganismes photosynthétiques actifs et
des consommateurs supérieurs en même temps).
Si une eau reçoit trop de matière organique, elle devient anaérobie et
nauséabonde et impropre à la vie des consommateurs supérieurs comme
les poissons.
L’abondance des procaryotes est estimée à 1029 cellules dans les océans
excédant, ainsi, la biomasse combinée du zooplancton et des
poissons.
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

La boucle microbienne : Une grande

partie de la matière organique synthétisée
par le phytoplancton au cours de la
photosynthèse est libérée sous forme de
matière organique dissoute. Celle-ci est
utilisée par les bactéries.
Une certaine quantité de ces bactéries
sert de nourriture aux protozoaires.
Suite à la digestion par les protozoaires,
une partie des nutriments contenus
dans les bactéries et les protozoaires
eux-mêmes est minéralisée et réintègre
la boucle via le phytoplancton. Ces
nutriments ne sont donc plus disponibles
pour les niveaux trophiques supérieurs
de l’écosystème.
Figure. La boucle microbienne
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES
1. Les bactéries
La communauté microbienne est dominée par de nombreuses ultra
micro-bactéries ou nano bactéries, en particulier Sphingomonas, qui
passe facilement au travers des filtres de 0.2 μm.
Thiomargarita namibiensis la plus grosse bactérie du monde (100- 300
μm) utilisant le sulfure et le nitrate comme réducteur et oxydant. Ces
bactéries sont importantes pour le recyclage du soufre et de l’azote dans
ces milieux.
Les Archaea et les bactéries planctoniques sont présentes aussi bien dans
les eaux douces que dans les mers, et dans les profondeurs océaniques.
Les concentrations en bactéries sont plus élevées en surface, mais en-
dessous de 100 mètres, les Archaea sont plus nombreux.
Le nombre de bactéries dans l'eau dépend principalement de la teneur
en matière organique. Dans les eaux propres, elles sont présentes en
faible nombre, alors que les eaux polluées contiennent jusqu'à plusieurs
millions de cellules/mL.
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

2. Les Virus
Les milieux aquatiques abritent aussi de grandes populations de virus.
Les virus présents à des concentrations 10 fois supérieures à celle des
bactéries. Il s’agit pour la plus part de bactériophages.
Le virioplancton (virus planctonique) constitue une partie importante
de la communauté microbienne aquatique. Il peut influencer le
fonctionnement de la boucle microbienne, intervenir dans le transfert
horizontal de gènes entre procaryotes, et contrôler la diversité de la
communauté microbienne.
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

3. Les champignons (mycètes-Fungi)

Les champignons microscopiques, se développent dans les milieux
d’eaux douces et marins.
Les champignons n'apparaissent que dans les eaux à pH<6.
Les champignons se reproduisent généralement dans les eaux peu
profondes, directement sur ou juste sous la surface, ce qui est étroitement
lié au fait, que ces microorganismes ont besoin de quantités
importantes d'oxygène.
On trouve des champignons appartenant aux Ascomycètes (Ascomycota)
ainsi qu'au Deutéromycètes (Deuteromycota) dans les eaux de surface.
Les champignons n'apparaissent généralement pas dans les eaux
propres. Ils poussent en abondance au fond des eaux polluées, par les
eaux usées.
 LES MICRO-ORGANISMES DES MILIEUX AQUATIQUES

4. Les algues
Les algues sont les eucaryotes autotrophes. Ils peuvent être sous une
forme unicellulaire ou pluricellulaire.
Les algues sont présentes dans les eaux douces et marines.
Ce sont des producteurs importants de matière organique et
d'oxygène.
La composition de la communauté d'algues change considérablement
en termes de qualité et de quantité, en fonction de la teneur en sels
minéraux, ainsi que des caractéristiques des substances qui constituent le
principal polluant.
On peut y trouvez des diatomées (Bacillariophyta), et des spirogyres
(Spirogyra).
 ANALYSE QUALITATIVE DE L’EAU

Généralement les préoccupations sur la pureté de l'eau sont associées à la

transmission des maladies. Par conséquent, des tests ont été mis au point
pour déterminer la sécurité sanitaire de l'eau.
La surveillance sanitaire et la détection des microorganismes pathogènes
sont une partie importante de la microbiologie.
Un large éventail de maladies virales, bactériennes, et à protozoaires
résultent de la contamination de l'eau par des matières fécales humaines.
Bien que bon nombre de ces agents pathogènes puissent directement être
détectés, des organismes spécifiques sont utilisés comme indicateurs de
contamination de l'eau par ces agents pathogènes.
Les coliformes, dont Escherichia coli sont des membres de la famille des
entérobactéries ; représentent environ 10 % des micro-organismes
intestinaux chez l’homme et les animaux. Ces bactéries sont largement
utilisées comme microorganismes indicateur de contamination fécale
récente.
 ANALYSE QUALITATIVE DE L’EAU

Techniques moléculaires

Les techniques d’amplification moléculaire par PCR en temps réel sont aussi
utilisées pour mettre en évidence la contamination de l’eau par les virus et les
coliformes.