RÔLE DU LABORATOIRE DANS LE
DIAGNOSTIC D’UNE INFECTION
BACTERIENNE
INTRODUCTION
• Le diagnostic bactériologique est un ensemble de moyens
permettant de confirmer une étiologie infectieuse d'origine
bactérienne:
DIAGNOSTIC DIRECT : permet la mise en évidence de la
bactérie elle-même par sa culture ou isolement ,
DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de
l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques, le
plus souvent sériques ou plus rarement par une réponse
d’hypersensibilité ( IDR à la tuberculine).
1-DIAGNOSTIC DIRECT
PRELEVEMENT
• urine, expectorations, sang, selles, suppuration…
• éviter les contaminations qui peuvent engendrer
des erreurs d’interprétation.
De la qualité des prélèvements dépend la
fiabilité des résultats de l’analyse.
PRELEVEMENT II
Récipients stériles
Matériel de prélèvement stérile
Avant antibiothérapie ou pendant une fenêtre thérapeutique
Si contact avec une flore, désinfecter avant de prélever
Acheminer rapidement au laboratoire sauf
NB: fiche de renseignements dûment remplie
FLACONS POUR HEMOCULTURE
Automate pour hémoculture
EXAMEN MACROSCOPIQUE
Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire
EXAMEN MACROSCOPIQUE
Hématique : urine, LCR, liquide pleural ou
articulaire
Couleur et u odeur: on notera celle caractéristique lors d'infections à
germes anaérobies stricts dans un liquide pleural
EXAMEN MACROSCOPIQUE
Consistance : Exemple d'une selle
diarrhéique.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
• A la recherche de bactéries et des éléments cellulaires en
faveur d’une réaction inflammatoire témoin d’une infection
(polynucléaire, lymphocytes).
Etat frais
Coloration simples: bleu de méthylène
Coloration de Gram
Coloration spéciales: Ziehl-Neelsen.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
1- Etat frais
Evaluation Evaluation
qualitative quantitative précise:
des cellules: nombre d’éléments /
rares, mm3
Urine , LCR et autres liquides de
nombreux….
2- Examens après coloration
Un frottis fin est obtenu à partir du produit
pathologique, puis coloré permettant une
meilleure visualisation des bactéries et/ou des
éléments cellulaires
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Coloration au bleu de
méthylène
Diplocoques intracellulaires en grains
de café : Gonocoque
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Coloration de Gram
Rose : Gram Violet: Gram
négatif positif
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Aspect microscopique évocateur
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Examen après coloration spéciale
Ziehl-Neelsen: BAAR (Bacilles Acido Alcoolo
Résistants)
Bacilles rouges sur fond bleu
CULTURE
• Divers milieux
• En pratique, sont utilisés plusieurs milieux solides
(gélosés)
CULTURE
Le choix des milieux de culture à ensemencer dépend du type de
prélèvement et donc des bactéries attendues et des demandes spécifiques
du clinicien
Incubation
Incubation à 37 °C : étuve simple,
-étuve CO2,
-jarres en
Les délais de la culture varient de quelques heures (18 h) :
Pseudomonas,entérobactéries
-à 28 ou 42 jours pour le BK. Il est fonction du temps de division de la
bactérie en question.
IDENTIFICATION
Aspect des colonies
• l'aide de tests d'orientation rapide : oxydase,
catalase, coagulase...
• Par ensemencement d'une galerie
biochimique adaptée : System API
API 20 E : entérobactéries
API Staph: staphylocoques
Galerie d’identification API
TESTS DE SESIBILIT AUX ANTIBIOTIQUES
Ce qu’attend le clinicien du microbiologiste
Oui il y a Absence d’infection en
infection cours
Quelle est la bactérie en
cause
Quels sont les
antibiotiques actifs
sur la bactérie
Tests de
sensibilité
• Antibiogramme ++++
• CMI, parfois
• CMB, rarement
• Les techniques utilisées doivent être
standardisées et validées par un contrôle
de qualité.
Antibiogramm
•
e
L’antibiogramme : est un test de
laboratoire qui sert à déterminer la
sensibilité aux antibiotiques d’une
bactérie.
• permet de classer la bactérie en trois
catégories cliniques : sensible (S),
intermédiaire (I), résistant (R) par rapport à
chaque antibiotique testé.
• nécessite une culture pure de la bactérie
isolée et son identification préalable.
• Quelle que soit la technique utilisée, elle doit
être
standardisée en :
-milieu
-inoculum
-technique de l’ensemencement :
-les antibiotiques à tester
-incubation
-lecture : mesure des diamètres d’inhibition
-interprétation: S , I , R
Distributeur
Automate d’identification et
d’antibiogramme
Antibiogramme par diffusion en milieu
gélosé
Diamètre
d’inhibitio
n
Disqu Culture
e bactérien
d’ATB ne
Zone
d’inhibitio
n
TESTS DE SESIBILIT AUX ANTIBIOTIQUES IV
Automates d’identification, antibiogramme et CMI
BACTRIOSTASE et
BACTERICIDIE
BACTERIOSTASE BACTERIOCIDIE
• il n’y a pas de destruction des • il y a destruction des bactéries par
bactéries par l’antibiotique mais l’antibiotique avec une mort
un ralentissement de leur accélérée, l’antibiotique est dit
croissance, l’antibiotique est dit bactéricide exp : les βlactamines, les
bactériostatique exp : macrolides, aminosides, les glycopeptides et les
tétracyclines et phénicolés. polymyxines.
CMI : concentration minimale inhibitrice :
C’est la plus faible concentration
d’antibiotique pour la quelle il n’y a pas
de croissance visible à l’oeil de la souche
bactérienne à étudier.
Méthode de dilution en milieu
liquide
CMB : concentration minimale bactéricide
• C’est la plus faible concentration
d’antibiotique qui ne laisse pas de bactéries
vivantes.
• Expérimentalement, elle correspond à la
concentration d’antibiotique qui laisse
subsister moins de 0.01% de survivants
dans l’inoculum initial.
2-DIAGNOSTIC INDIRECT OU SEROLOGIQUE
• La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai de 8
à 10 jours.
• La recherche des anticorps
CONCLUSION
• Les éléments de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent
souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la
mise en route d'une thérapeutique adaptée. Ils doivent être effectués rapidement et
restitués le plutôt possible au clinicien
• La culture et l'isolement de l'agent causal reste la technique de référence. Elle
permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux
antibiotiques mais délais trop longs
• Le diagnostic indirect sera quelquefois le seul recours diagnostique possible dans
quelques rares maladies comme la syphilis
• L’ avènement des automates apporte un réconfort considérable au diagnostic
bactériologique: délai court et meilleure sensibilité
• Les techniques moléculaires ont connu un développement considérable et sont de plus
en plus appliquées au diagnostic bactériologique. Elles sont d’un grand intérêt :
Sensibilité
Rapidité
Spécificité.