REPLICATION

Dans cette partie nous expliquerons comment les cellules initient la réplication de l’ADN et
comment elles régulent ce processus avec soin, pour assurer qu’il s’effectue aux bons endroits
sur le chromosome. Ensuite nous étudierons l’élongation de la réplication avec les enzymes
mentionnées précédemment dans ce cours et enfin sa terminaison.
V- Chez les procaryotes et les eucaryotes, la réplication se déroule en trois étapes :

1-Initiation
2-Elongation
3-Terminaison
V-1 INITIATION DE LA REPLICATION CHEZ LES PROCARYOTES
 Les chromosomes bactériens n’ont
généralement qu’une seule origine de
réplication de l’ADN

Le génome de E. coli est contenu dans une seule molécule d’ADN

circulaire de 4,6 106 paires de nucléotides. La réplication de son ADN
commence au niveau d’une seule origine de réplication et les deux
fourches de réplication qui s’y assemblent progressent dans des
sens opposés (à environ 500 à 1000 nucléotides par seconde) autour
du chromosome, le génome en entier est dupliqué en 30 minutes
Les fourches de réplication du chromosome bactérien vues sous le microscope
électronique
Les positions de départ où l’hélice d’ADN est ouverte s’appellent origines de réplication.

Ces régions d’ADN contiennent de courtes séquences capable de s’associer avec les protéines
initiatrices appelées Dna A , ainsi que des segments d’ADN particulièrement faciles à ouvrir
riche en paire de base A-T.
 Dna A
Dna A

Déstabilisation de la séquence riche en AT

Le processus commence quand des protéines initiatrices « Dna A » (dans leur état ayant fixé
l’ATP) se fixent en multiples copies (complexe de 30 à 40 molécules) sur des sites spécifiques de
l’ADN de l’origine de réplication, enroulant l’ADN autour des protéines et formant ainsi un gros
complexe protéine-ADN qui déstabilise la double hélice adjacente (induit le désappariement au
niveau de la séquence d’ADN adjacente riche en AT) .
Le désappariement au niveau de la séquence riche en AT va permettre la fixation des hélicases
sur l’ADN simple brin qui casse les liaisons hydrogènes qui unissent les 2 brins de l’ADN.
Deux ADN hélicases se positionnent autour des ADN simple brins adjacents suite au
désappariement au niveau de la séquence riche en AT causé par l’assemblage du complexe
protéines d’initiation-ADN. Ensuite les hélicases commencent à briser les liaisons hydrogène, ce
qui expose assez d’ADN simple brin pour que l’ADN primase synthétise les premières amorces
d’ARN.
Les brins de l’ADN ainsi séparés sont stabilisés sous forme simple brin grâce à la
fixation des « protéines SSB » (ou ‘single strand DNA binding’). Leur fixation à la
molécule d’ADN est un phénomène coopératif : la fixation d’une première protéine
sur l’ADN favorise la fixation de la protéine suivante par augmentation de l’affinité de
la fixation de ces protéines, et ainsi de suite jusqu’à ce que tout l’ADN passé sous
forme simple brin soit recouvert de protéines SSB.
l’ADN primase synthétise les premières amorces d’ARN. La synthèse de l’ADN par les ADN
polymérases ne peut se faire que par élongation à partir d’une amorce. Cette amorce, comme l’a
montré Okazaki en 1968, est synthétisée par un complexe protéique appelé
«primosome». Il est constitué d’une ARN polymérase appelée « primase » et de plusieurs autres
protéines qui assurent la reconnaissance des sites où doit être synthétisée l’amorce ARN.
Ceci entraine rapidement l’assemblage des protéines restantes afin de constituer deux fourches
de réplications, munies de machines à répliquer qui se déplacent par rapport à l’origine de
réplication en des sens opposés. Celles-ci continuent à synthétiser l’ADN jusqu’à ce que toute la
matrice ADN située en aval de chacune des fourches de réplication ait été répliquée.
 Régulation de l’initiation de la
réplication chez les procaryotes
Premier point de régulation:

-L’origine de la réplication doit contenir des

nucléotides A tous méthylés.
 Deuxième point de contrôle:

Les protéines initiatrices se fixent sur l’ADN de

l’origine de réplication dans leur état ayant fixé
l’ATP.
Une fois que la réplication est initiée, la protéine initiatrice est inactivée par l’hydrolyse de
la molécule d’ATP qui y est fixée et ne peuvent plus induire une nouvelle initiation de la
réplication on dit que l’origine de réplication subit une « période réfractaire ».
La période réfractaire est aussi maintenue jusqu’à ce que tous les nucléotides
A nouvellement incorporés à l’origine de réplication soient méthylés.
Une nouvelle initiation peut se produire de nouveau si les A sont tous méthylés et si la
protéine initiatrice est restaurée en un état ayant fixé l’ATP.
V-2 ELONGATION
L’élongation d’un nouveau brin d’ADN au niveau de la fourche de réplication est catalysée par
l’ADN polymérase III. Celle-ci synthétise un brin complémentaire à partir de l’extrémité 3’OH
libre de l’amorce ARN en utilisant l’ADN comme matrice. La synthèse se fait donc dans le sens
5’→3’.

Les deux brins complémentaires à l’ADN parental doivent être synthétisés toujours dans le sens
5’→3’.
L’enzyme l’ADN polymérase III utilise le brin matrice 3’→5’ pour synthétiser en continu le
brin complémentaire au fur et à mesure de la séparation des brins de l’ADN parental.
l’ADN polymérase III située sur l’autre brin 5’→3’ synthétise de l’ADN de manière
discontinue sous forme de petits fragments (1000 à 2000 pb) appelés fragments d’Okazaki.
Le fait qu’il y ait deux polymérases, l’une synthétisant le brin continu et l’autre
synthétisant le brin discontinu confirme que les deux brins sont synthétisés à la même
vitesse.
 L’enzyme l’ADN polymérase III comprend une sous-unité ayant une activité exonucléase
correctrice agissant dans le sens 3’→5’. La correction permet le maintien d’une haute fidélité de
réplication.
Déroulement de l’ADN parental

Pour que la réplication procède de l’origine, les ADN hélicases doivent se déplacer le long
des brins matrices pour ouvrir la double hélice. La vitesse de déplacement est estimée
entre 500 à 1000 nucléotides par seconde.

L’ADN parental doit ainsi tourner sur lui-même devant la fourche à raison de 50 à 100
tours par seconde car la progression de la fourche de réplication conduit à l’introduction
de l’enroulement devant la fourche de réplication.

Cet enroulement conséquent à l’avancement des ADN hélicases, doit être relaxé
continuellement par l’introduction permanente de déroulemnent de l’ADN parental. Ceci
est assuré par des topoisomérases de type I et II.
Les amorces sont détruites par une activité « RNase» de l’ADN polymérase I qui a pour propriété
de détruire spécifiquement le RNA des hybrides RNA- ADN (activité exonucléase 5’ 3’).

La lacune est comblée par l’activité de polymérisation de l’ADN polymérase I dans le sens 5’→3’.
Enfin, une « ADN ligase » effectuera la soudure du brin discontinu ; les ADN polymérases
n’étant pas capables de créer une liaison phosphodiester qu’entre une extrémité 3’OH libre et un
nucléoside triphosphate libre.
V-3 TERMINAISON

Les deux fourches de réplication se rencontrent, les deux cercles résultants restent inter-
liés. Ils sont dissociés par une ADN topoisomérase de type II qui introduit une coupure au
niveau de l’ADN double brins.
Question : Calculer la taille d’un chromosome bactérien (en paires de bases) sachant que
le temps nécessaire à la réplication de ce chromosome est égal à 30 min. La vitesse de
réplication est estimée à 1000 pb par seconde.
Réponses :
A. 3.6 106 pb
B. 1.8 106 pb
C. 4.7 106 pb
D. 2.5 106 pb
E. 3 106 pb
Question : Calculez la vitesse de réplication d’un chromosome bactérien (en paires
de bases/s) sachant que le temps nécessaire à la réplication de ce chromosome est
égal à 30 min. La taille de ce chromosome est égale à 5 106 paires de bases.
VI-1 INITIATION DE LA REPLICATION CHEZ LES EUCARYOTES
Le mécanisme global de réplication chez les eucaryotes est comparable à celui des procaryotes.
La réplication se fait de manière :

• Bidirectionnelle.

• Complémentaire.

• Antiparallèle.

• La synthèse du nouveau brin d’ADN se fait dans le sens 5’ → 3’.

Dans la cellule Eucaryote, les chromosomes comportent des molécules linéaires d'ADN très
longues et il existe plusieurs origines de réplication par chromosome, également caractérisées
par des séquences précises.

En raison de la complexité de la structure chromatinienne (présence de nucléosomes), les

fourches de réplication eucaryotes se déplacent à environ 50 pb/seconde (10 à 20 fois moins vite
que chez E. coli).

La réplication chez les eucaryotes débute simultanément en plusieurs points d’un même
chromosome.
Les origines individuelles de réplication chez la levure (Saccharomyces cerevisiae) ont été
appelées « ARS » : « séquence de réplication autonome ». La longueur minimale d’ADN qui
permet la réplication est uniquement de 11 pb bien que des copies supplémentaires de cette
même séquence soient requises pour une efficacité optimale.

Cette séquence est liée par un complexe protéique de reconnaissance de l’origine « ORC » ou
« origin recognition complex »
VI-2 ELONGATION DE LA REPLICATION CHEZ LES EUCARYOTES
………. …………....
…….… …….……….
Au cours de la progression de la réplication, les nucléosomes sont déroulés en amont des
fourches de réplication puis reconstitués en aval (en arrière de ces mêmes fourches de
réplication).
L’addition des histones en arrière de la fourche de réplication se fait par les facteurs
d’assemblage de la chromatine : CAF1 et NAP1.
VI-3 Terminaison de la réplication chez les eucaryotes
 ………. …………....
…….… …….……….

Brèche terminale non

5’ comblée. 3’
.………………………………………………………………………..
……….………………………………………………………………..
3’ 5’
Brèche terminale non comblée.

Le problème qui se pose à la terminaison de la réplication est le

raccourcissement des extrémités des chromosomes après chaque cycle de
réplication d’ADN (les extrémité 5’ des brins nouvellement synthétisés).
De quoi sont constitués les extrémités des chromosomes
dans une cellule eucaryote?
 Les séquences répétitives situées
à l'extrémité des chromosomes
sont appelées des télomères.

Les extrémités des chromosomes eucaryotes possèdent des "coiffes" spécialisées d'ADN,
appelées des télomères. Les télomères sont constitués de centaines ou de milliers de répétitions
de la même courte séquence d'ADN, qui varie selon les organismes, mais qui est 5'-TTAGGG-3'
chez l'homme et autres mammifères.
 ………. …………....
…….… …….……….

Brèche terminale non

5’ comblée. 3’
.………………………………………………………………………..
……….………………………………………………………………..
3’ 5’
Brèche terminale non comblée.

Les répétitions qui composent un télomère (5'-TTAGGG-3' chez l'homme) sont lentement
grignotées au fil des nombreux cycles de division, et protègent (du moins, pendant un certain
temps) les régions chromosomiques internes qui portent les gènes.
Le raccourcissement des télomères est lié au vieillissement des cellules, et la perte progressive
des télomères explique pourquoi les cellules ne peuvent se diviser qu'un certain nombre de fois
dans une cellule normale.
Quand et Comment les télomères sont-
ils prolongés?
Dans une cellule tumorale qui se divise d’une manière indéfinie, les télomères sont prolongés
par l’activation d’une enzyme appelée télomérase : une ribonucléoprotéine.
ARN (faisant parti de la télomérase)

l’enzyme appelée « télomérase » contient, en

plus de la partie protéique, une molécule d’ARN
(c’est une ribonucléoprotéine). Une partie de cet
ARN est complémentaire à l’unité de répétition
télomérique (5'-TTAGGG-3' chez l'homme).
La télomérase est un gros complexe protéine-
ARN. L’ARN agit comme une matrice qui dirige
la synthèse de nouvelles séquences répétées
d’ADN télomériques à l’extrémité 3’.
La réaction de synthèse est catalysée par le domaine transcriptase inverse de la
télomérase. Une transcriptase inverse est une forme particulière de polymérase qui
utilise une matrice d’ARN pour synthétiser un brin d’ADN.
 Séquence d’ADN télomérique
5’

3’ Télomérase

5’ 3’ 5’

ARN associé à la télomérase

3’

5’
 3’

5’ 5’

La télomérase se dissocie
3’ et se fixe à la nouvelle
extrémité du télomère de
5’
sorte que le brin parental
Translocation de la télomérase vers l’avant est à nouveau rallongé
et le processus se répète. en 3′.
 5’ 3’
2»
3’ 5’

Lorsque le brin parental en son extrémité 3’ est suffisamment long, un brin

complémentaire peut être fabriqué par la machinerie normale de réplication de l'ADN
(c'est-à-dire grâce à une amorce d'ARN et à l'ADN polymérase), ce qui produit de l'ADN
double brin.
5’

ADN polymérase
Un autre exemple de prolongement du télomére chez le cilié
Tetrahymena chez lequel ces réactions ont été
découvertes en premier.
 L’unité de répétition de la séquence du télomère chez le cilié
Tetrahymena est 5’ TTGGGG 3’

L’ARN agit comme un modèle pour l’ajout de ces répétitions à l’extrémité 3’ par des
cycles répétés d’élongation et de translocation.
Le brin complémentaire est synthétisé par le mécanisme déjà décrit du brin retardé.
L’amorce ARN à l’extrémité 5’ du brin riche en C est hydrolysée, si bien que le brin riche en G
dépassera un peu par rapport au brin riche en C.
Exercice d’application sur la réplication chez les eucaryotes
1 2
Question:

Quel est le temps nécessaire à la synthèse des brins complémentaires sur la distance
du chromosome qui correspond à 50um sur la figure ci-dessus?
La taille moyenne d’un chromosome humain est d’environ 150 106 pb. La vitesse de réplication
de l’ADN dans une cellule humaine est d’environ 50 pb/s. La réplication d’un chromosome
humain se fait à partir de plusieurs origines de réplication dans une durée d’environ 8 heures.
La durée théorique de réplication d’un chromosome humain dans le cas où il n’y aurait qu’une
seule origine de réplication située au milieu du chromosome est :

•8 h
•16 h
•32 h
•416.66 h
•833.33 h
 Pour qu’une fourche de réplication bactérienne se déplace à la vitesse de 800 paires de base par
seconde, la double hélice parentale d’ADN en aval (devant) de la fourche doit effectuer des
rotations à la vitesse de :

A. 50 tours par seconde.

B. 4800 tours par minute.
C. 160 tours par seconde.
D. 800 tours par seconde.
E. 40 tours par seconde.
Pendant la réplication, l’initiation de la synthèse d’ADN par les ADN-polymérases nécessite :

A. La présence d’une extrémité 3’OH libre d’une amorce appariée au brin matrice.
B. L’utilisation de précurseurs ribonucléotidiques.
C. La présence d’une extrémité 5’OH libre d’une amorce appariée au brin matrice.
D. L’utilisation de précurseurs nucléosidiques monophosphates.
E. Des séquences cis-régulatrices activatrices en amont du promoteur.
la topo-isomérasede type I produit un point de cassure simple brin transitoire. Cette réaction de
cassure est réversible sans un apport d’énergie supplémentaire grâce à :

A. L’énergie provenant de l’hydrolyse d’une molécule ATP.

B. L’énergie conservée au niveau de la liaison tyrosine-phosphate.
C. l’activité de l’ADN ligase.
D. L’énergie provenant de l’hydrolyse d’une molécule GTP.
E. l’activité de l’ADN hélicase
 La figure ci-dessous montre deux origines de réplication au niveau d’un chromosome d’une
cellule eucaryote. La réplication a eu lieu en présence d’un marquage à la thymidine tritiée
pendant 10 min.

La taille en paires de bases de la séquence d’ADN nouvellement synthétisée pendant 5 min et

marquée à la thymidine tritiée au niveau de chacune des fourches de réplication est :
•15 756 pb
•63 025 pb
•31 512 pb
•42 016 pb
•21 008 pb
La télomérase est une enzyme composée d’un gros complexe protéine-ARN. Après chaque cycle
de réplication, l’ARN de cette enzyme agit comme une matrice qui dirige la synthèse de
nouvelles séquences répétées d’ADN télomériques à l’extrémité :

•5’ du télomère du brin parental d’ADN.

•3’ du télomère du brin d’ADN incomplet néosynthétisé.
•3’ du télomère du brin parental d’ADN.
•5’ du télomère du brin d’ADN incomplet néosynthétisé.
•3’ et 5’du télomère du brin d’ADN incomplet néosynthétisé.