LES BACTERIES A DEVELOPPEMENT

INTRACELLULAIRE

Dr N. BEN AYED ALOULOU

LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE
CHU HABIB BOURGUIBA SFAX
3ème année Médecine
2020-2021
▪ 35 ans
▪ Rapport sexuel non protégé il y a 2 semaines
▪ Écoulement urétral clair et intermittent

➢ Bactérie la plus suspecte ?

Chlamydia trachomatis
CHLAMYDIA
 Chlamydia

Bactéries à développement intracellulaire obligatoire

Bactéries pathogènes spécifiques

Trois espèces pathogènes pour l’homme

➢ Deux espèces strictement humaines:

[Link] / [Link] biovar TWAR

➢ Une espèce d’origine aviaire: [Link]

 Chlamydia
TAXONOMIE
Les espèces de Chlamydia pathogènes pour l’homme
 Chlamydia
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

Deux formes caractéristiques :

Le corps élémentaire (CE): forme infectieuse, adapté au
transit extracellulaire, incapable de se multiplier
Le corps réticulé (CR): forme métaboliquement active,
adapté au milieu intracellulaire, non infectieux
 Chlamydia
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Cycle de développement des Chlamydia:
 Chlamydia
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Cycle de développement des Chlamydia:
 Chlamydia
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

Cycle de développement spécifique, particulièrement lent:

Caractère subaigu et insidieux des infections

à Chlamydia
Fréquence des formes asymptomatiques et
des complications
Nécessité d’une antibiothérapie prolongée
avec des molécules actives en intra cellulaire
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis C. pneumoniae C. psittaci

▪ C. trachomatis de sérovars A, B, Ba, C :

Trachome
▪ C. trachomatis de sérovars D, Da, E, F, G, Ga, H, I, Ia, J et K :
Infections urogénitales sexuellement transmissibles (IST)
Infections néonatales
Conjonctivite
▪ C. trachomatis de sérovarsL1, L2, L2a et L3 :
Lymphogranulomatose vénérienne (LGV) ou maladie de
Nicolas-Favre
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis

Trachome

kératoconjonctivite folliculaire,
chronique et contagieuse
Complication majeure: la cécité
principale cause de cécité évitable dans le monde.
Zone d’endémie: Asie, Afrique sub-saharienne ….
En Tunisie: le trachome est presque totalement éradiqué
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis IST

C. trachomatis: principal agent bactérien responsable d’IST

Infections urogénitales, le plus souvent asymptomatique

Chez l’homme:
▪Urétrite subaigüe
▪Complications: orchite, orchiépididymite
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis IST
C. trachomatis: principal agent bactérien responsable d’IST
Infections urogénitales, le plus souvent asymptomatique
Chez la femme:
▪Cervicite
▪Complication majeure: salpingite
→conséquences: - stérilité tubaire
- grossesse extra-utérine
- Sd de Fitz-Hugh-Curtis
(périhépatite à [Link])
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis Infections néonatales

transmission verticales lors de l’accouchement

→ pneumopathie / conjonctivite
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis Conjonctivite

▪ Auto-inoculation à partir d'un foyer génital

▪ Possibilité de dissémination → tableau de Fiessenger-

Leroy-Reiter: urétrite, arthrite et conjonctivite
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis LGV

▪ chancre génital ou ano-rectal

passant svt inaperçu

→ atteinte ganglionnaire puis

lésions destructrices
 Chlamydia
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :

C. trachomatis LGV

Homosexuels +++
Patients HIV+
IST très répandue dans les régions
tropicales
Plus rare dans les pays industrialisés
▪ 35 ans
▪ Rapport sexuel non protégé il y a 2 semaines
▪ Écoulement urétral clair et intermittent

➢ Autres bactéries pouvant être incriminées ?

▪ Mycoplasma genitalium
▪ Ureaplasma urealyticum
MYCOPLASMES
 Mycoplasmes

Plus petits procaryotes capables de multiplication autonome

Développement intracellulaire facultatif

Bactéries naturellement dépourvues de paroi : Mollicute

→ aspect polymorphe et résistance aux β-lactamines

Bactéries ubiquitaires / certaines espèces pathogènes pour l’homme

 Mycoplasmes
TAXONOMIE
CLASSE Mollicutes

ORDRE Mycoplasmatales

FAMILLE Mycoplasmataceae

GENRE Mycoplasma Ureaplasma

ESPECE M. pneumoniae
M. hominis U. urealyticum
M. genitalium U. parvum
M. fermentans
M. penetrans Mycoplasmes urogénitaux
 Mycoplasmes
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Bactéries polymorphes de très petite taille

non colorable par la coloration de Gram

Culture: milieux complexes .

✓Croissance aisée: M. hominis, U. urealyticum et U. parvum

✓Croissance difficile et lente: M. pneumoniae

✓M. genitalium n’est pas cultivable

 Mycoplasmes
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :
Mycoplasmes urogénitaux M. pneumoniae

▪ Infections uro-génitales:

✓ chez l’homme: urétrite

✓ chez la femme: cervicite, endométrite et salpingite

▪ Troubles de la reproduction: infections du post-partum,

chorioamniotites

▪ Prématurité et infections néonatales (pneumonies, bactériémies)

 Mycoplasmes
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :
Mycoplasmes urogénitaux M. pneumoniae

❖ M. hominis, U. urealyticum et U. parvum:

commensaux des voies génitales basses

→Appréciation délicate de leur pouvoir pathogène→ quantification

❖ M. genitalium:

n’est pas commensal des voies génitales

le seul mycoplasme considéré comme agent d’IST

▪ 35 ans
▪ Rapport sexuel non protégé il y a 2 semaines
▪ Écoulement urétral clair et intermittent

➢ Prélèvement(s) à réaliser ?

➢ Prélèvement urétral
et/ou
➢ 1er jet d’urines
 [Link] Mycoplasmes U-G
PRÉLÈVEMENTS
▪ Homme :
- prélèvement urétral
- 1er jet d’urines
- sperme
▪ Femme :
- prélèvement endocervical (C,trachomatis)
- prélèvement cervico-vaginal (mycoplasmes uro-génitaux)
- 1er jet d’urines
- prélèvements peropératoires des voies génitales hautes,
liquide péritonéal...
 [Link] Mycoplasmes U-G
PRÉLÈVEMENTS

Prélèvement endocervical Prélèvement urétral

 [Link] Mycoplasmes U-G
PRÉLÈVEMENTS

Avant toute antibiothérapie

Riches en cellules
Écouvillons spéciaux en alginate ou en nylon
Milieux de transport / conditions de transport : adaptés
à la technique de détection utilisée
▪ 35 ans
▪ Rapport sexuel non protégé il y a 2 semaines
▪ Écoulement urétral clair et intermittent

➢ Technique(s) de diagnostic bactériologique?

➢ C. trachomatis: PCR+++
➢ Mycoplasma genitalium: PCR
➢ Ureaplasma urealyticum: culture
 [Link] Mycoplasmes U-G
TECHNIQUES DE DIAGNOSTIC
Mycoplasmes urogénitaux

▪ U. urealyticum, U. parvum et M. hominis:

culture bactérienne: galeries commercialisées
→ quantification /étude de la sensibilité aux antibiotiques
▪ 35 ans
▪ Rapport sexuel non protégé il y a 2 semaines
▪ Écoulement urétral clair et intermittent

➢ Sérologie?

Pas d’intérêt
 [Link] Mycoplasmes U-G
TECHNIQUES DE DIAGNOSTIC
C. trachomatis
sérodiagnostic indiqué que dans les infections génitales
hautes et compliquées (salpingite, stérilité …)

Mycoplasmes urogénitaux
Diagnostic uniquement direct
 [Link]

C. trachomatis
Autres prélèvements en fonction du type de l’infection:
▪ Trachome / conjonctivite : prélèvement conjonctival
▪ Infections du N-né : prélèvements conjonctivaux et
respiratoires
▪ Lymphogranulomatose vénérienne : prélèvements des
ulcérations génitales / biopsies ganglionnaires
▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée
Dg: pneumopathie atypique
Différence Pneumonie franche lobaire aigue / Pneumopathie atypique
 ▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée
Dg: pneumopathie atypique
➢ M. pneumoniae +++
➢ C. pneumoniae +++
➢ C. psittaci
➢ Bactéries pouvant être incriminées ?
➢ C. burnetii
➢ L. pneumophila
 C. pneumoniae
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :
▪ C. pneumoniae :
Infections respiratoires hautes: sinusites, pharyngites...

Infections respiratoires basses: bronchites et pneumopathies

atypiques+++
Infection à C. pneumoniae:

o Largement répandue dans le monde entier

o Primo-infection: précoce dans l’enfance

o C. pneumoniae biovar TWAR: réservoir humain

o Transmission: voie aérienne.

 C. psittaci
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :
▪ C. psittaci :
Forme pseudo-grippale → pneumopathie atypique sévère voire
mortelle (psittacose, ornithose)

Risque de complications neurologiques, hépatiques, rénales…

Infection à C. psittaci
o Survient accidentellement chez des sujets
travaillants en contact avec des oiseaux
→ Maladie professionnelle
o Maladie rare
o Contamination: contact direct avec les
oiseaux porteurs de la bactérie ou
inhalation de poussières contaminées
 M. pneumoniae
POUVOIR PATHOGÈNE / EPIDEMIOLOGIE :
M. pneumoniae
Infections respiratoires: trachéobronchites pneumopathies atypiques+++

± manifestations extra-respiratoires : cutanées, cardiaques, neurologiques...

Infection à M. pneumoniae

o 2ème agent responsable de pneumopathies

communautaires bactériennes après le pneumocoque

o Enfant âgé de plus de 5 ans et adulte jeune

o Endémique avec des poussées épidémiques

o transmission aérienne interhumaine

COXIELLA BURNETII
 C. burnetii

Bactérie intracellulaire obligatoire

Famille des Coxiellaceae

C. burnetii: seule espèce du genre Coxiella

Structure proche de celle des bactéries à Gram négatif mais non

colorable par la coloration de Gram

 C. burnetii
Fièvre Q: zoonose ubiquitaire:

personnes en contact avec les animaux+++

Principal réservoir de C. burnetii:

mammifères surtout domestiques (ovins, caprins, bovins...)

Contamination: inhalation de particules infectieuses / ingestion

d’aliments contaminés (plus rare)

C. burnetii: hautement infectieuse

une seule bactérie peut occasionner une infection

C. burnetii
LEGIONELLA
 Legionella

❖ Bacilles à Gram négatif à développement intracellulaire facultatif

❖ Seul genre de la famille des Legionellaceae

❖ Plus que 50 espèces

❖ Espèce Legionella pneumophila:

95 % des cas de légionelloses

16 sérogroupes → Legionella pneumophila sérogroupe 1 +++

 Legionella
➢ Réservoir naturel des légionnelles:

hydro-tellurique (milieux aquatiques, sols

humides…)

➢ Réservoir artificiel des légionnelles:

Systèmes de climatisation, réseaux de

distribution d’eau…

Seule voie de contamination de l’homme: inhalation d’aérosols

contaminés
 Legionella
Trois entités cliniques :

❖ Maladie des légionnaires (pneumonie aigue sévère, confusions, troubles

digestifs, cytolyse hépatique, hyponatrémie et atteinte rénale)

❖ Fièvre de Pontiac (syndrome pseudogrippal sans pneumonie)

❖ Formes extrapulmonaires (neurologiques, cardiaques, digestives, rénales…):

immunodéprimés+++
Légionellose: maladie à déclaration obligatoire

➢ Cas sporadiques

➢ Épidémies survenant dans des hôpitaux (infection

nosocomiale), des hôtels…
▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée
Dg: pneumopathie atypique ▪ Dg direct:
- Pvt respiratoires
prélèvement de gorge, aspiration naso-
➢ Prélèvement(s) à réaliser ? pharyngée, lavage broncho-alvéolaire

- Legionella: en plus urines

▪ Dg indirect: Pvt sanguin
▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée Dg direct:
- PCR +++ pour toutes les
Dg: pneumopathie atypique
bactéries
- Legionella: en plus
antigéniurie (test Dg de 1ère
➢ Technique(s) de diagnostic ligne, [Link]
bactériologique direct? sérogroupe1) et culture
(méthode référence, difficile et
lente)
▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée
Dg: pneumopathie atypique

méthode la plus utilisée pour confirmer le

diagnostic d’une pneumopathie atypique
➢ Sérologie?
➢ Interprétation: nécessité de 2 sérums
prélevés à 15 jours d’intervalle
M. pneumoniae C. pneumoniae C. psittaci C. burnetii L. pneumophila

TECHNIQUES DE DIAGNOSTIC
Diagnostic bactériologique indirect
Techniques:

▪ M. pneumoniae:

- agglutination de particules de latex sensibilisées

- ELISA

▪ C. pneumoniae C. psittaci: IFI (Micro-immunofluorescence MIF)

▪ C. Burnetii : IFI

▪ L. pneumophila : IFI
M. pneumoniae C. pneumoniae C. psittaci C. burnetii L. pneumophila

TECHNIQUES DE DIAGNOSTIC
Diagnostic bactériologique indirect
C. burnetii: variation de phases → 2 phases antigéniques
(phase I et phase II)
Anticorps anti- C. burnetii phase II: élevés lors de la fièvre Q aiguë
Anticorps anti- C. burnetii phase II et phase I: élevés lors de la fièvre Q
chronique
 ▪ 20 ans
▪ Sd peudo-grippal
▪ Toux sèche persistante
▪ Fièvre: 38-38.5°C
▪ Début progressif
▪ Pas d’amélioration sous amoxicilline
▪ Radiographie du thorax:
Opacité hétérogène non systématisée
Dg: pneumopathie atypique

Sérologie des bactéries suspectes: négative Une 1ère sérologie

négative n’élimine
➢ Qu’en pensez-vous? pas le Dg
 C. burnetii
PRÉLÈVEMENTS

Autres prélèvements en fonction du type de l’infection:

➢ sang

➢ Biopsies: hépatiques, pulmonaires…

➢ prélèvements chirurgicaux: valves, prothèses…

▪ 60 ans
▪ Tableau d’endocardite infectieuse
▪ ETO: végétations au niveau des
valves mitrale et aortique +
calcifications
▪ 3 séries d’HC: négatives

➢ C. burnetii
➢ Bartonella
BARTONELLA
 Bartonella
bactérie à multiplication intracellulaire facultative

B. henselae : agent de la maladie des griffes de chat

➢ contamination de l’homme: griffure ou morsure de chat
B. quintana : endocardites infectieuses à hémocultures
négatives, angiomatose bacillaire et septicémies
➢ transmission à l’homme: pou de corps / sujets sans domicile
fixe (SDF), HIV positifs…

Diagnostic bactériologique:
Diagnostic bactériologique direct:
biopsies ganglionnaires, sang, valves cardiaques....
PCR +++
Culture sur gélose au sang: très lente.
Culture cellulaire: laboratoires spécialisés
Diagnostic bactériologique indirect (sérologie):
méthode la plus couramment utilisée / IFI
▪ 40 ans
▪ Notion de contact avec les chiens
▪ syndrome pseudo grippal
▪ Fièvre
▪ Tache noirâtre au niveau du bras
▪ 4 jours plus tard, éruption maculo
papuleuse généralisée
fièvre boutonneuse
méditerranéenne

Rickettsia conorii
RICKETTSIA
 Rickettsia
▪ Bactéries à développement intracellulaire obligatoire
▪ Rickettsioses: maladies infectieuses émergentes
▪ Pouvoir pathogène est variable en fonction de l’espèce des
rickettsies en cause
▪ Deux grands groupes :
Groupe des typhus: 2 espèces : R. prowazeckii et R. typhi
➢ Transmises par le pou de corps (R. prowazekii) et la puce du rat
(R. typhi)
Groupe des fièvres boutonneuses: plus de 20 espèces → les 2
espèces les plus fréquentes : R. rickettsii et R. conorii
➢ Transmises par des tiques

Rickettsiose la plus fréquente en Tunisie:

Fièvre boutonneuse méditerranéenne (R. conorii)
transmission par la tique Rhipicephalus sanguineus
à partir du chien
 Rickettsia

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE :
Diagnostic bactériologique direct:
biopsies (peau, ganglion, foie…)
PCR +++
Culture cellulaire: laboratoires spécialisés
diagnostic bactériologique indirect:
Le diagnostic bactériologique des rickettsioses est en général
un diagnostic indirect: IFI
▪ nourrisson âgé de 2 mois
▪ toux de plus de deux semaines
▪ paroxysmes de toux
▪ reprise inspiratoire difficile
(whooping)
▪ vomissements post-tussifs
▪ hyperlymphocytose
Coqueluche
BORDETELLA
 Bordetella
Coqueluche: infection respiratoire très contagieuse strictement humaine
2 espèces [Link] et [Link]
maladie à déclaration obligatoire
calendrier vaccinal Tunisien:
3 doses de primovaccination à 2, 3 et 6 mois + rappel à 18 mois

changement épidémiologique
→ nouvelles recommandations
vaccinales:
- rappels chez l’adolescent et
l’adulte
- vaccination maternelle et
familiale (stratégie du «
cocooning »)
 Bordetella
▪ DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE :

▪ Diagnostic bactériologique direct :

prélèvements naso-pharyngés
PCR+++
culture lente et faible sensibilité

▪ Diagnostic bactériologique indirect :

- Diagnostic rétrospectif
- Intérêt qu'après 4 à 5 semaines de toux
- Personne non vaccinée depuis trois ans
- Non utile pour les nouveau-nés ou les
nourrissons
- Utile pour le diagnostic de la coqueluche
chez les adolescents et les adultes
- ELISA