R et Rstudio
Module 1 : Présentation de R
Abidjan, 22 - 25 février 2022
R et Rstudio
Définition
Le logiciel R est un logiciel de statistique crée par Ross Ihaka & Robert
Gentleman (1996).
Il est à la fois un langage informatique et un environnement de travail :
▪ Le langage R
▪ les commandes sont exécutées grâce à des instructions codées dans un
langage relativement simple
▪ les résultats sont affiches sous forme de texte, table et les graphiques
sont visualisés directement dans une fenêtre qui leur est propre.
R et Rstudio
Définition
R est un logiciel gratuit et à code source ouvert (open source).
Il fonctionne sous Linux , Microsoft Windows et Mac OS. C’est donc un logiciel
multi-plates-formes.
Il est animé par une forte communauté de développeurs issus de plusieurs
disciplines,
Mathématique, Physique, Géographie, Botanique, Médecine, etc
Le logiciel R est performant pour la manipulation de données, les calculs et
l’affichage graphique
R et Rstudio
Interface de R et Rstudio
L’interface graphique de R (c’est-à-dire l’ensemble
de ses menus) encore appelé console
est très limitée,
Pour une meilleur utilisation de R, il
est donc conseillé de l’associer a
Rstudio.
RStudio est un environnement de
développement intégré (IDE) qui vous permet
d’interagir plus
facilement avec R.
R et Rstudio
Fonctions
Le logiciel R dispose de fonctions préprogrammées, appelées « primitives ».
Une fonction est un sous-programme, c'est-à-dire une portion de code qui est
exécutée lorsqu'on l'appelle.
L'utilisateur a la possibilité de définir ses propres fonctions.
Paquets ou librairies
Les packages sont des ensembles de fonctions supplémentaires pouvant
être chargées à la demande.
Ils incluent généralement des exemples de données pouvant être utilisées
pour illustrer ces fonctions.
Pourquoi utiliser R comme outil en géomatique ?
R et Rstudio
Récemment, R a acquis plusieurs packages spécialement conçus
pour les SIG, l'analyse, l’analyse spatiale et les traitement
d’images de télédétection.
## Packages for
geospatial data handling ## Packages for Shiny ## Packages for graphics
packages(raster) packages(shiny) and interactive maps
packages(rgeos) packages(shinydashboard) packages(ggplot2)
packages(rgdal) packages(shinyFiles) packages(leaflet)
packages(spatialEco) packages(snow) packages(RColorBrewer)
packages(rasterVis) packages(htmltools)
packages(sp) packages(devtools) etc.
etc. etc.
R et Rstudio
Pourquoi R?
R offre de nombreux avantages, tels que:
1. Recherche reproductible ( autodocumentée, reproductible )
Répétable (plus facile la prochaine fois).
2. Assure un processus de contrôle qualité très rigoureux.
3. R dans une communauté de nombreux groupes spécifiques à une
discipline
et de nombreux groupes d'utilisateurs.
4. Adapté aux traitement des grands jeux de données
5. Ressources d'apprentissage (quantité et qualité)
R et Rstudio
Interaction entre R et les
formats et interfaces existants
Bibliographie
Goulet V. (2014): Introduction à la programmation en R, Ecole d’atuariat, Université Laval, quatrième édition p.172
Casajus N. (2013): Analyses spatiales sous R, formation donnée aux me,bre du groupe de recherche
sur environnements nordiques, Boréas, Université du Québec à Rimouski, départemenet de Biologie,chimie et
Géographie, p 91
Baudoin R. (2011) : Utiliser des fichier spatiaux dans des application R, SEMIN-R, Muséum national d’histoire
naturelle Inventaire et suivi de la biodiversité
Paradis E. (2005): R pour les débutants, Institut des sciences de l’évolution, Université Montpellier II, France p77
Kauffmann M. (2009): Aide mémoire R, méthodes statistiques appliquées aux questions internationales,
l’harmattan, la librairie des humanités, p 200
[Link]
[Link]
[Link]