18-070-A-10

Pyélonéphrites non compliquées

et compliquées de l’adulte : diagnostic
et traitement
C. Chapelle, T. Fontanier, M. Vallée

Résumé : Les pyélonéphrites aiguës (PNA) représentent 25 % des hospitalisations pour infection urinaire.
Elles touchent principalement les femmes et les populations d’âges extrêmes. Les principaux symptômes
faisant suspecter une PNA sont la fièvre et les douleurs de la fosse lombaire, bien que non systéma-
tiques. Les pyélonéphrites peuvent être réparties selon trois grades de gravité afin d’adapter leur prise en
charge : ambulatoire ou non, durée de traitement et choix d’antibiotique. Le seul examen essentiel au
diagnostic est l’examen cytobactériologique des urines, à réaliser de préférence avant l’introduction des
antibiotiques. Il peut ensuite être complété par une échographie ou un scanner (meilleure performance)
afin d’affirmer le diagnostic mais aussi d’éliminer certaines complications ou facteurs de gravité. Un
traitement ambulatoire peut être proposé en cas de PNA simple chez des patients bien sélectionnés. En
revanche, l’hospitalisation reste de mise en cas de PNA grave ou à risque de complication. Bien que leur
utilisation soit davantage encadrée par l’European Medicines Agency et l’Agence française de sécurité
sanitaire des produits de santé, les fluoroquinolones restent le traitement per os de première intention des
pyélonéphrites simples. En présence d’une PNA « grave », définie selon le score qSOFA (quick sequen-
tial [sepsis-related] organ failure assessment) supérieur ou égal à 2 et/ou associée à une obstruction
des voies excrétrices supérieures, il convient d’administrer une biantibiothérapie intraveineuse par C3G
(céphalosporine de troisième génération) et l’amikacine en urgence. En cas d’obstruction, la dérivation
des voies urinaires est indiscutable et doit être réalisée en urgence. Outre la prise en charge initiale, il est
primordial de considérer une pyélonéphrite aiguë comme le symptôme d’un dysfonctionnement anato-
mique ou fonctionnel de l’arbre urinaire. Il est alors nécessaire de faire réaliser un bilan étiologique par
un urologue afin de limiter les risques individuels et collectifs induits par des infections répétées.
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Mots-clés : Pyélonéphrite aiguë ; Infection urinaire ; Pyélonéphrite emphysémateuse ;

Reflux vésico-urétéro-rénal

Plan ■ Importance des explorations urologiques 8

■ Conclusion 9
■ Généralités 1
Épidémiologie 1
■ Diagnostic 3
Clinique 3  Généralités
Examens complémentaires 4
Confirmation du diagnostic 5 Épidémiologie
■ Traitements 5
Les infections urinaires (IU) appartiennent aux deux infections
Pyélonéphrites aiguës simples et à risque de complications 5
bactériennes les plus fréquentes en France et dans le monde [1] ,
Pyélonéphrites graves 7
Cas particulier : pyélonéphrite chez le patient présentant une et sont principalement représentées par les cystites bactériennes.
vessie neurogène 7 On estime qu’environ une femme sur deux souffrira d’infection
Cas particulier : la pyélonéphrite aiguë emphysémateuse 7 urinaire au cours de sa vie [2] . Les pyélonéphrites aiguës (PNA) sont
comparativement plus rares mais restent une affection courante

EMC - Urologie 1
Volume 43 > n◦ 2 > avril 2025
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en infectiologie. En France, en 2021, une étude de cohorte his- représentent eux aussi une population à risque de résistance bac-
torique sur 5 ans a recensé plus de 400 000 hospitalisations pour térienne. En effet, alors qu’environ 100 000 sondes urétérales
PNA, soit environ 25 % des hospitalisations pour IU. L’incidence double J sont mises en place chaque année (dont 20 % sont chan-
sur 5 ans des PNA nécessitant une prise en charge hospitalière gées itérativement), les données épidémiologiques des infections
était alors de 1550 cas pour 100 000 femmes et de 510 cas pour sur matériel endo-urologique restent rares [13] . Une revue de la lit-
100 000 hommes [3] . De même, une étude menée en population térature retrouve des données très différentes selon les études :
générale pendant 5 ans aux États-Unis a permis d’estimer une inci- en moyenne, les micro-organismes plus souvent retrouvés étaient
dence annuelle moyenne de 17 cas pour 10 000 femmes et de Escherichia coli (48,7 %) ; Staphylococcus spp. (23 %), puis Kleb-
4 cas pour 10 000 hommes [4] . Le type de prise en charge était éga- siella pneumoniae (10,6 %), Enterococcus spp. (6,8 %) ; Pseudomonas
lement évalué et montrait une proportion de prise en charge en aeruginosa (6,7 %) et Candida spp. (6,4 %) [14] . On note un taux
ambulatoire en moyenne trois fois plus fréquente [4] . Les jeunes plus élevé de cultures polymicrobiennes en présence de matériel
femmes sexuellement actives constituent la principale population variant entre 4 et 44 % selon les séries [15] .
pouvant présenter une PNA. Elles sont suivies par les populations
d’âges extrêmes : les personnes âgées et les nourrissons, en rai-
son d’anomalies anatomiques et de changements hormonaux [4] .
Physiopathologie
Parmi les femmes enceintes, 1 à 2 % d’entre elles présenteront une
PNA [5] , majoritairement au cours du deuxième voire début du Deux mécanismes d’infection peuvent ainsi intervenir.
troisième trimestre. Il n’existe pas de prédisposition ethnique [4] . D’une part, par propagation hématogène (environ 1 % des cas),
Enfin, bien que ce diagnostic soit plus fréquent chez la femme, il principalement chez certains patients immunodéprimés et/ou
semblerait que le diagnostic de PNA chez un homme soit associé diabétiques [16] . Les infections staphylococciques ou fongiques
à une infection plus grave et un taux de mortalité plus élevé [6, 7] . peuvent ainsi disséminer jusqu’au rein à partir de foyers car-
diaques, osseux ou dermiques. Attention, dès lors, à ne pas
considérer ces « PNA » comme ayant une origine urologique. La
problématique est alors l’infection systémique sous-jacente. Un
Écologie bactérienne et résistances bactériennes ECBU positif à S. aureus est un vrai signe d’alerte chez un patient
Le micro-organisme le plus fréquemment retrouvé en cas de naïf de toute prise en charge urologique (matériel, bricker, etc.). Ce
PNA est Escherichia coli. Il est suivi par Enterococcus faecalis, Kleb- type de situation doit systématiquement conduire à la réalisation
siella pneumoniae et Proteus mirabilis [3] . Le plus souvent, ceux-ci d’un bilan étiologique minimal pour rechercher une infection
émanent de la flore fécale. grave de type endocardite, spondylodiscite, etc.
Après identification des populations et micro-organismes D’autre part, il existe un processus ascendant à partir des voies
« types », il apparait primordial de prendre en considération leurs urinaires inférieures qui représente le mécanisme le plus fré-
risques d’antibiorésistance. En effet, les Enterobacterales peuvent quent [16] . La prévalence est plus importante chez la femme. Pour
naturellement être résistantes à certains antibiotiques du fait de expliquer cela, on évoque souvent une prédisposition anatomique
leur patrimoine génétique, conférant une résistance chromoso- avec un urètre plus court, proche de l’anus, dont les variations
mique qui est donc systématiquement présente. Les bactéries hormonales s’associent à des réductions du péristaltisme urété-
n’ayant aucun mécanisme de résistance acquis ou hyperexprimé ral (principalement au cours de la grossesse) [17, 18] . Dans les faits,
sont qualifiées de « sauvages ». D’autres Enterobacterales peuvent cette assertion n’a jamais clairement été démontrée. Peut-on par-
cependant acquérir de nouveaux profils de résistance, sous pres- ler de facteur de risque dès lors que toutes les femmes présentent
sion de sélection antibiotique. Il existe alors deux principales voies la même anatomie ? Il est très probable que cette spécificité anato-
d’acquisition de résistance : mique puisse favoriser la colonisation des voies urinaires par des
• d’une part, par hypersécrétion d’une enzyme chromosomique Enterobacterales d’origine digestive. Pour autant, comme cela est
naturellement sécrétée en faible quantité à l’état sauvage (péni- précisé supra, seulement une femme sur deux présente un épisode
cillinase ou céphalosporinase) ; infectieux au cours de sa vie et un quart récidive, ce qui sous-
• d’autre-part, par transfert de plasmide codant des enzymes telles entend l’implication d’autres mécanismes. Le continuum entre
que les bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) ou les carba- colonisation et infection n’est d’ailleurs pas clairement établi. Il
pénémases [8] . La mission SPARES a fait un état des lieux de convient donc de ne pas céder trop facilement à cette explication
l’antibiorésistance des micro-organismes en France au cours et à cette simple prédisposition anatomique qui n’est par ailleurs
de l’année 2019. Cela a permis de constater qu’une majorité ni nécessaire ni suffisante pour expliquer des épisodes infectieux
de micro-organismes d’origine urinaire ont acquis un spectre dont la cause doit toujours être recherchée pour prévenir les réci-
large de résistances [9] . En effet, parmi les 29 077 souches dives.
d’Enterobacterales productrices de BLSE qui ont été recueillies, La pyélonéphrite aiguë se caractérise par une inflammation du
deux tiers provenaient de prélèvements urinaires. Concer- parenchyme rénal à l’origine de troubles tubulo-interstitiels [19] .
nant les Enterobacterales productrices de carbapénémases, 40 % Cette inflammation résulte de la réponse de l’hôte à l’invasion
étaient issues de prélèvements urinaires [9] . Ainsi, en 2019, en bactérienne et peut laisser des cicatrices parenchymateuses
France, un Escherichia coli isolé dans les urines avait 6 % de notamment dues à la fibrose induite par les macrophages. Ces
risque d’être producteur d’une BLSE. Ce pourcentage s’élevait cicatrices ne semblent pas être limitées par l’introduction de trai-
à 10 % lorsque l’examen cytobactérilogique des urines (ECBU) tements antibiotiques et participent à la réduction néphronique.
était réalisé en réanimation et 16 % dans les établissements de Il est donc important de connaître les facteurs de risques de PNA
soins de longue durée. L’incidence d’Escherichia coli producteur afin de les prévenir [20] . Physiologiquement, l’ascension ou la
de BLSE n’a cessé d’augmenter entre de 2008 et 2015 (+1,9 % colonisation d’un micro-organisme au sein des voies urinaires
entre 2012 et 2015) mais une diminution semble s’installer supravésicales seraient rendues difficiles par les contractions
depuis (–9,6 % entre 2015 et 2019) [9] . En revanche, le taux urétérales, la production continue d’urine et le flux urinaire per-
de carbapénémases reste relativement faible en France [10, 11] . manent entre les reins et la vessie. Les bactéries sont ainsi en
L’écologie bactérienne pouvant ainsi varier selon les popula- permanence refoulées en dehors des voies urinaires [19] . Toute
tions, il apparaît primordial de la maîtriser dans certains groupes à défaillance de cette capacité physiologique favoriserait la pro-
risque d’infections graves ou nécessitant des traitements itératifs. gression rétrograde des bactéries vers l’urothélium des bassinets
Les patients hospitalisés ou institutionnalisés doivent notamment et le parenchyme rénal. De nombreux travaux ont été effectués
faire l’objet d’une attention toute particulière pour le traitement afin de comprendre les mécanismes permettant à ces micro-
probabiliste des infections urinaires puisque celles-ci représentent organismes d’adhérer à l’urothélium et ainsi de remonter contre le
un tiers des infections associées aux soins. Dans ces cas, Esche- flux d’urine. Un type particulier d’E. Coli dit « uropathogène » dif-
richia coli reste la bactérie la plus fréquemment retrouvée mais fère des E. coli de la flore commensale par sa propension à infecter
l’on note davantage de cocci à Gram positif (E. faecalis), de les voies urinaires. Son génome contient des facteurs de virulence
P. aeruginosa et de levures que dans les infections urinaires commu- et notamment les fimbriae – des protéines de type adhésine per-
nautaires [12] . Les patients porteurs de matériel endo-urologique mettant l’adhésion aux cellules de l’urothélium et favorisant ainsi

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son invasion [21] . Le sous-type P est alors présent chez 80 % des pyurie, peuvent également aider au diagnostic mais ne sont pas
E. coli retrouvés dans les pyélonéphrites [22] . spécifiques de la PNA et peuvent se retrouver y compris en cas
de colonisation urinaire. Noter que chez les patients porteurs de
Étiologie matériel endo-urologique, le diagnostic est encore plus difficile.
La symptomatologie est souvent fruste avec, au premier plan,
Il faut, selon nous, partir du postulat que l’infection urinaire une modification de la tolérance de la sonde double J, associée
n’est que la traduction aiguë d’une malformation anatomique ou à une fébricule [13] . Cette symptomatologie fruste s’explique en
d’une anomalie fonctionnelle de l’arbre urinaire. partie par le caractère peu pathogène de certaines bactéries ren-
Il n’est pas « normal », quel que soit le sexe ou l’âge, de faire contrées dans ces infections, notamment lorsque les infections
une infection des voies urinaires. Considérer l’infection urinaire, sont secondaires à des cocci à coloration de Gram positif ou des
quel que soit le site infectieux, comme un simple symptôme d’un Candida [26] .
dysfonctionnement de l’arbre urinaire permet de systématique- Les diagnostics différentiels à évoquer sont : une appendicite,
ment réaliser un bilan étiologique minimal. Autrement dit, tout une cholécystite, une perforation digestive, une colique néphré-
épisode d’infection urinaire et notamment fébrile doit conduire à tique, une maladie inflammatoire pelvienne, une pneumonie du
une consultation d’urologie. Sans cela, la récidive est immanqua- lobe inférieur ou un zona [25] .
blement la règle à brève ou plus longue échéance. Le site infectieux Les PNA sont ensuite à séparer en trois entités distinctes selon
oriente en pratique vers l’étiologie à rechercher. leur gravité et leur risque d’évolution. Les PNA simples, diagnos-
Que l’on soit chez l’enfant ou chez l’adulte, l’homme ou la tiquées selon les symptômes cliniques précédents, peuvent être
femme, le reflux vésico-urétéro-rénal reste l’étiologie principale prises en charge en ville de manière standardisée. Les PNA à risque
à évoquer en première intention par argument de fréquence. de complication doivent être surveillées en hospitalisation. Les
L’anomalie anatomique congénitale est plus fréquemment le fait PNA graves peuvent justifier d’une prise en charge en unité de
d’une population pédiatrique tandis que, chez l’adulte, les causes soins continus et/ou d’une prise en charge chirurgicale en urgence
anatomiques acquises ou fonctionnelles sont à évoquer. Quoi qu’il en cas d’obstruction des voies excrétrices urinaires associée [27] .
en soit, il est dangereux de considérer un épisode de pyélonéphrite Quoi qu’il en soit, la durée de traitement antibiotique efficace
comme une affection à part entière au risque de méconnaître une doit être limitée à 10 jours au maximum, quel que soit le stade
étiologie curable. de gravité [28] . Un schéma thérapeutique simplifié est proposé à la
D’autres facteurs de risque ou de prédisposition sont souvent Figure 1 afin d’aider dans la mise en place des traitements.
cités sans que des études robustes aient pu prouver leur véritable
lien de cause à effet. Ainsi, Scholes et al., dans une étude cas Pyélonéphrites aiguës simples
témoins chez des femmes jeunes, démontrent que l’utilisation
récente de spermicide et les rapports sexuels pourraient être des Une PNA est considérée comme « simple » si l’infection sur-
facteurs associés aux PNA [23] . Aucune étude prospective de forte vient chez un patient immunocompétent, présentant des voies
puissance n’ayant été réalisée, il apparaît difficile de les considé- urinaires a priori fonctionnelles sans obstacle, ainsi qu’une fonc-
rer véritablement comme des facteurs de risque. Dans cette même tion rénale normale, et s’il est capable de recevoir un traitement
étude, les classiques « mesures hygiénodiététiques » (s’essuyer oral bien conduit.
d’avant en arrière, port de sous-vêtements en coton, etc.) n’étaient
par ailleurs pas identifiés comme des facteurs associés aux infec- Pyélonéphrites à risque de complication
tions urinaires. Là encore, il n’existe aucune étude de niveau
Selon les recommandations, ces pyélonéphrites regroupent les
de preuve élevé pour affirmer un bénéfice de ces mesures pour-
patients chez qui il existe une anomalie organique ou fonction-
tant recommandées depuis des décennies. Bien qu’il s’agisse là de
nelle de l’arbre urinaire déjà connue ou un terrain à risque. Les
mesures de « bon sens », il n’y a pas lieu de s’acharner à corriger ces
facteurs de risque de complication sont donc :
habitudes de vie qui ne représentent souvent pas le fond du pro-
• ceux augmentant la susceptibilité aux infections ou au contraire
blème infectieux. En outre, cela peut être culpabilisant envers ces
ceux réduisant la réponse immunitaire :
patientes, sous-entendant qu’il s’agit d’un défaut d’« hygiène »
◦ les patients diabétiques : plus à risque d’infection par
ou d’habitudes de vie inadaptées. Actuellement, rien ne prouve
Klebsiella spp., Enterobacter spp., ou Candida spp. Ils sont
qu’il s’agît là de réels facteurs de risque ou que le fait de les cor-
également plus à risque de développer une PNA emphysé-
riger permet de limiter les récurrences. Enfin, ces mesures dont
mateuse et des nécroses papillaires pouvant mener vers une
l’intérêt pourrait encore se discuter en cas de cystite n’ont aucune
insuffisance rénale aigüe (IRA) grave et un choc septique [25] ,
influence sur la survenue de PNA.
◦ l’immunosuppression favorise aussi le risque d’infection par
des bactéries classiquement moins uropathogènes : Pseudo-
monas aeruginosa, Staphylococcus aureus ou Candida ;
 Diagnostic • ceux empêchant une vidange rénale optimale :
◦ le sexe masculin (hyperplasie bénigne de prostate sympto-
Clinique matique),
◦ un obstacle ou une malformation des voies urinaires (calcul,
Le diagnostic de PNA peut s’avérer difficile puisque la présence tumeur, prolapsus, reflux, etc),
de fièvre et de nausées, symptômes prédominants de la pyélo- ◦ l’insuffisance rénale chronique sévère,
néphrite, ne sont pas spécifiques de cette affection [17] . Dans ◦ la grossesse : mécanisme pouvant résulter d’une part d’une
une étude analysant une population de femmes en âge de pro- compression extrinsèque urétérale prédominante à droite
créer présentant une PNA aux urgences, 16 % recevaient un du fait d’une dextrorotation de l’utérus gravide, associée à
autre diagnostic devant l’absence de fièvre [24] . Ainsi, un tiers une augmentation du volume de la veine ovarienne croisant
des patients présentant une PNA ne sont pas fébriles et 20 % l’uretère droit. D’autre part, il existe une diminution du péris-
des personnes âgées présentent plutôt des symptômes digestifs taltisme urétéral à la suite du relâchement musculaire induit
ou pulmonaires [25] . De même, l’intensité des symptômes peut par la progestérone et les prostaglandines. Ces modifications
varier selon les patients et ceux-ci peuvent survenir quelques hormonales entraînent une dilatation urétérale bilatérale
heures à plusieurs jours après [16] . Le principal élément diagnos- physiologique durant la grossesse, visible dès la 8e semaine
tique reste alors la douleur de la fosse lombaire, exacerbée à la d’aménorrhée [30] .
percussion en regard de la position anatomique des reins [16] . Les
symptômes du bas appareil urinaire de la phase de remplissage
sont rarement au premier plan, voire le plus souvent absents du
Pyélonéphrites aiguës graves
fait de la particularité des E. coli responsables de ces infections Ces situations cliniques représentent des urgences diagnos-
(voir supra « physiopathologie »). L’absence de cette symptoma- tiques et thérapeutiques. Elles nécessitent un traitement d’attaque
tologie ne permet donc absolument pas d’exclure le diagnostic intensif sous surveillance continue. Les critères retenus pour les
de PNA. Enfin, des urines concentrées, malodorantes, voire une définir sont :

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Suspicion de pyélonéphrite
ECBU ± NFS
Imagerie en cas de douleur très
intense/facteur de risque d’obstruction

Indication pour hospitalisation ?

Signe de sepsis
Obstruction
Femme enceinte
Patient fragile/comorbidité

Oui Non

Hospitalisation RAD possible?

Service conventionnel/soins intensifs Prise orale
Support IV Stable hémodynamiquement
Dérivation urinaire en cas d’obstruction Autonome

Non Oui

Hospitalisation en UHCD/unité Facteur de risque

Sepsis/obstruction/risque d’hospitalisation d’avale de résistance aux
de BMR? antibiothérapie IV/orale + FQ ?
surveillance initiale

Oui Non Oui Non

Ceftriaxone/céfot Ceftriaxone/céfot Ceftriaxone/céfotaxime Traitement

axime + axime IV IV/IM ambulatoire : FQ
amikacine IV RAD/hospitalisation service per os
conventionnel

Relai antibiothérapie selon antibiogramme

Imagerie et nouvelles cultures si absence Surveillance clinique 48−72 h
d’amélioration clinique après 48−72 h Relai antibiothérapie per os
Relai per os dès que possible selon antibiogramme

Figure 1. Arbre décisionnel. Prise en charge d’une pyélonéphrite aiguë (d’après [29] ). BMR : bactéries multirésistantes ; ECBU : examen cytobactériologique
des urines ; FQ : fluoroquinolone ; IM : intramusculaire ; IV : intraveineux ; NFS : numération formule sanguine ; RAD : risque à distance.

• la présence d’un sepsis grave, défini à l’aide du score qSOFA Pseudomonas aeruginosa (dégradation des nitrates puis des nitrites),
(sequential [sepsis-related] organ failure assessment) qui est positif Staphylococcus spp, Enterococcus spp.
si le patient présente au moins deux critères parmi ceux-ci :
fréquence respiratoire supérieure ou égale à 22/min, confusion,
tension artérielle systolique inférieure à 100 mmHg ; ou Biologie
• un choc septique : sepsis avec persistance d’une hypotension Examen cytobactériologique des urines
(pression artérielle myenne < 65 mmHg) associée à une lacta-
L’ECBU avec antibiogramme est le principal examen microbio-
témie supérieur à 2 mmol/l, malgré remplissage intraveineux
logique strictement recommandé dans le cas de la pyélonéphrite
adéquat ; ou
aiguë quelle que soit sa sévérité, avant l’introduction des antibio-
• la nécessité d’une dérivation des voies urinaires excrétrices
tiques afin d’éviter toute négativation de la culture. Celui-ci ne
supérieures par geste endo-urologique ou interventionnel [31, 32] .
doit pas cependant retarder la prise en charge thérapeutique en
cas de pyélonéphrite grave. Ici encore, il est important de maitri-
ser les bonnes pratiques de cet examen afin de pouvoir en tirer
les meilleures informations. Outre les conditions de recueil qui
Examens complémentaires (Tableau 1) doivent être rigoureuses et en milieu de jet, l’échantillon doit
Bandelette urinaire (BU) être analysé rapidement en bactériologie ou maintenu à 4◦ C pour
quelques heures. Certaines études témoignent des échecs de résul-
L’utilisation de la bandelette urinaire n’est plus recommandée tat de l’ECBU du fait d’une mauvaise préparation de l’examen
en dehors de l’aide au diagnostic d’une cystite simple [27] . Sa sensi- produisant jusqu’à 39 % de cultures polymicrobiennes [34, 35] . Il
bilité évaluée à près de 65 % [33] est insuffisante devant un tableau est par ailleurs important de noter que l’ECBU peut également
clinique souvent typique regroupant au moins 2 symptômes s’avérer faussement négatif pour presque un quart d’authentiques
parmi ceux citées ci-dessus. Le dosage des nitrites permet de repé- épisodes infectieux cliniques [36–38] .
rer de façon indirecte la présence de bactéries ayant une nitrate
réductase. Cependant, le seuil de détection dépend du temps de
stase des urines vésicales, de la concentration des bactéries, du Prélèvements sanguins
pH urinaire, de l’alimentation et des traitements et nombreux sont Lorsque la pyélonéphrite est à risque de complication, il
les faux positifs ou faux négatifs. De même, plusieurs souches de est recommandé d’évaluer la fonction rénale et le syndrome
bactéries fréquemment retrouvées dans les pyélonéphrites notam- inflammatoire biologique [39] . Lorsque l’infection semble déjà
ment associées aux soins ne dégradent pas les nitrates en nitrites : compliquée, les hémocultures sont souvent réalisées et 20 % des

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Tableau 1.
Synthèse des examens complémentaires à réaliser.
Examens complémentaires Indication Remarque
Bandelette urinaire Non recommandée Nombreux faux positifs et faux négatifs
ECBU Systématique Si possible avant le début de l’antibiothérapie
Hémocultures Non systématique Si PNA à risque de complication, en cas de matériel endo-urologique, dérivation urinaire non
continente, diagnostic incertain
NFS, CRP Non systématique Si PNA à risque de complication
PCT Non recommandé –
Échographie Non systématique En cas de PNA à risque de complication, peu sensible pour le diagnostic de PNA, permet de
rechercher une dilatation pyélo-urétérale sans forcément objectiver l’obstacle
TDM-AP Non systématique En cas de PNA à risque de complication ou de PNA grave. Avec injection de PDCI. Très
sensible, permet d’affirmer le diagnostic, d’objectiver un obstacle et les complications

ECBU : examen cytobactériologique des urines ; NFS : numération formule sanguine ; CRP : protéine C réactive ; PCT : procalcitonine ; PDCI : produit de contraste iodé ;
PNA : pyélonéphrite aiguë ; TDM-AP : tomodensitométrie abdominopelvienne.

patients hospitalisés pour PNA présentent dans ce cas des hémo- une obstruction endo- ou extraluminale (intérêt d’une injection
cultures positives [27, 40] . Les résultats des hémocultures ne sont de PDCI). Le temps tardif estime aussi l’impact de cet obstacle sur
cependant pas prédictifs de la sévérité de la PNA et ne doivent la capacité rénale en analysant la prise, la sécrétion et l’excrétion
pas être un argumentaire pour prolonger la durée du traitement de PDCI [47] .
antibiotique ou ajouter un aminoside. Nous pouvons cependant
retenir que l’intérêt des hémocultures résiderait avant tout dans Éliminer une complication
les cas où l’ECBU serait peu contributif : polymicrobien, surtout
en présence de matériel endo-urologique, en cas de dérivation Le scanner abdominopelvien reste le plus performant pour
urinaire non continente ou en cas de diagnostic incertain [15, 39] . déceler un abcès, une pyonéphrose, une pyélonéphrite emphy-
Pour finir, une étude récente monocentrique de faible niveau de sémateuse, une pyélonéphrite xanthogranulomateuse ou un
preuve a évalué l’intérêt du dosage de la PCT sérique dans la prise urinome secondaire à un obstacle des voies urinaires [48] .
en charge des pyélonéphrites. Celle-ci, lorsqu’elle est dosée à plus Les autres examens d’imagerie n’ont aucun intérêt dans ces
de 1,12 ␮g/l, pourrait aider les cliniciens à identifier les patients à indications.
risque imminent de choc septique, d’admission en soins intensifs
ou de mort et ainsi favoriser une démarche thérapeutique plus
précoce et agressive [41] . L’intérêt de ce dosage reste cependant  Traitements
limité puisque d’autres études soulignent sa faible fiabilité notam-
ment dans le diagnostic des infections urinaires chez les patients Un arbre décisionnel pour la prise en charge des PNA selon leur
âgés [42] . Son intérêt semble d’autant plus limité que le diagnos- gravité est présenté à la Figure 1 [29] .
tic de PNA grave est rarement difficile à poser et son dosage en
routine ne doit donc pas être réalisé.
Pyélonéphrites aiguës simples et à risque
Imagerie de complications
Dans le cadre d’un premier épisode de pyélonéphrite aiguë
simple, d’évolution rapidement favorable sous traitement médi- Bien que les patients présentant une PNA soient régulièrement
cal et après avoir écarté tout facteur de risque de complication, hospitalisés et traités de manière probabiliste avec un traitement
il n’est pas recommandé de réaliser une imagerie. Dans les cas antibiotique parentéral [49] , la prise en charge ambulatoire avec
où l’imagerie est demandée, celle-ci doit permettre d’affirmer le antibiothérapie par voie orale permet d’obtenir une guérison chez
diagnostic et d’en préciser la gravité. Ainsi, l’on peut comparer les 90 % des patients présentant une PNA simple, sans risque de
performances de l’échographie et du scanner dans cette indica- complication et bien sélectionnés : patient autonome, entouré,
tion. capable de recevoir un traitement oral bien conduit (nausée ou
vomissement maîtrisés) [50] . Le traitement est dans ce cas intro-
duit rapidement de manière probabiliste en ambulatoire, après la
Confirmation du diagnostic réalisation d’un ECBU. Dans les autres cas, une prise en charge
hospitalière est proposée, notamment en cas de forme hyperal-
• Intérêt de l’échographie rénale : sa sensibilité pour le diagnos- gique faisant suspecter une obstruction des voies urinaires, chez
tic de PNA est très faible (11 à 40 %). Celle-ci peut cependant la femme de plus de 55 ans, chez les patients avec un antécédent de
être améliorée par l’utilisation du Doppler couleur (sensibilité : maladie lithiasique et/ou des antécédents d’uropathies, motivant
63 %), voire l’ajout d’un agent de contraste (sensibilité : 98 % ; ainsi la réalisation d’une imagerie [51, 52] .
spécificité : 100 %), cependant rarement utilisé dans ce cas [43] . En cas de PNA à risque de complication, le traitement doit si
• Intérêt du scanner abdominopelvien : peu sensible sans injec- possible être débuté par voie orale et il convient de réaliser un exa-
tion de produit de contraste iodé (PDCI) (sensibilité : 67 %), il men d’imagerie dans les 24 heures afin d’éliminer tout obstacle,
devient l’examen de choix lorsqu’il bénéficie d’une injection qui imposerait une prise en charge chirurgicale en urgence.
de PDCI puisque sa sensibilité atteint alors 90 à 92 %. Il objec- En l’absence de traitement par fluoroquinolone (FQ) dans les
tive une hypodensité triangulaire du parenchyme rénal à base 6 mois précédents, l’antibiothérapie probabiliste de choix est une
corticale en cas de PNA [44] . FQ per os : ciprofloxacine ou lévofloxacine (absence de supério-
rité entre les deux traitements). Noter que l’ofloxacine n’est plus
Éliminer un obstacle sur les voies urinaires recommandée en probabiliste [28] . Sinon, le traitement de seconde
L’échographie rénale est très sensible pour affirmer la présence intention consiste en une céphalosporine de troisième génération
d’une dilatation des voies urinaires (> 98 %) ; cependant, l’obstacle (C3G) par voie intraveineuse ou intramusculaire : ceftriaxone ou
est rarement visualisé [45, 46] . céfotaxime [27, 53, 54] . Dans le cas d’une pyélonéphrite aiguë simple
Le scanner abdominopelvien permet de constater une dilata- traitée par FQ ou C3G, la durée totale d’antibiothérapie de 7 jours
tion des voies urinaires (sensibilité > 96 %) ainsi que son étiologie : reste la recommandation actuelle. Sinon, dans le cas des autres
un obstacle lithiasique (injection de PDCI inutile dans ce cas) ou molécules, ou s’il existe un risque de complication, un traitement

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 18-070-A-10  Pyélonéphrites non compliquées et compliquées de l’adulte : diagnostic et traitement

Tableau 2.
Choix des antibiotiques selon la compatibilité avec l’antibiogramme.
Ordre de Antibiotique Posologie Durée de Notes, effets indésirables (EI), contre-indication (CI)
choix traitement
1er Amoxicilline 1 à 2 g × 3/j 10 j EI : allergie
e
2 Cotrimoxazole 800 mg/160 mg ou 10 j Très bonne biodisponibilité orale
1600 mg/320 mg 2 fois/j CI : femme enceinte.
EI : allergie, cytopénie, insuffisance rénale
3e Amoxicilline–acide 1 à 2 g × 3/j 10 j Mauvaise biodisponibilité de l’acide clavulanique et
clavulanique molécule large spectre devant limiter autant que
possible son utilisation.
EI : allergie, diarrhée
4e Ciprofloxacine 500 à 750 mg × 2/j 7j Pas de risque tératogène connu. Très bonne
biodisponibilité orale
Lévofloxacine 500 à 750 mg × 1/j ou 500 mg
EI : phototoxicité, tendinopathie, allongement du QTc,
× 2/j
troubles neuropsychiques, anévrismes
Ofloxacine 200 mg × 2/j
5 e
Céfixime 200 mg × 2/j 10 j Très mauvaise biodisponibilité orale ne devant
autoriser son utilisation qu’en l’absence d’alternative.
Impact délétère sur le microbiote.
EI : allergie
6e Ceftriaxone 1 à 2 g/j 7 jours EI : allergie

de 10 jours est recommandé [55] . Dans ce dernier cas, légèrement pathologie infectieuse de langue française afin de traiter les
plus à risque de résistances bactériennes et en cas d’hospitalisation souches dites « SFP » (sensible à forte posologie) ou à utiliser dans
notamment, il convient de privilégier l’utilisation de C3G par voie des situations particulières [64] ;
injectable [30, 52] . Un contrôle de bonne évolution clinique est réalisé à 72 heures
Dans le but de limiter ces résistances en France, la mise à jour et aucun ECBU de contrôle n’est nécessaire (hors évolution défa-
des recommandations de prise en charge nationales des infections vorable après 72 h) [55] . Le traitement doit être le plus court
urinaires de 2018 citait deux études incitant à réduire le temps de possible afin de limiter au minimum la formation de résistances
traitement par FQ à 5 jours dans le cas des PNA, et ce quelle que bactériennes qui sont déjà très élevées dans le cas des uropatho-
soit leur gravité. Paradoxalement, malgré la considération de ces gènes [65] . La Haute Autorité de santé a en ce sens mis à jour ses
essais robustes, contrôlés et randomisés, la réduction de la durée « Fiches de bonne pratique » concernant les infections urinaires
de traitement à 5 jours n’est pas encore recommandée [27] mais chez la femme et a fait disparaître la durée de 14 jours de trai-
reste un choix possible pour le clinicien. Plusieurs études testent tement quel que soit le site infecté. La durée de traitement de la
désormais l’utilisation de la lévofloxacine à des doses supérieures, pyélonéphrite ne doit donc désormais jamais dépasser 10 jours [28] .
soit 750 mg par jour en une prise dans le cadre d’infections uri- Ces adaptations ne sont malheureusement que trop peu appli-
naires compliquées, ou à risque de complication. Cette posologie quées en France puisqu’une étude retrouve que seulement deux
est déjà utilisée dans le traitement des infections respiratoires, fai- ajustements thérapeutiques sont réalisés sur les 157 possibles dans
sant valider son efficacité et sa sécurité. Ainsi, l’utilisation de la le cadre d’infections urinaires, avec une durée de traitement adé-
lévofloxacine à 750 mg pendant 5 jours apparaît non inférieure à quat de seulement 19 % [66] . Enfin, dans des cas exceptionnels
la prescription de ciprofloxacine 500 mg, deux fois par jour, même où seuls les aminosides sont disponibles, le traitement peut être
dans le cas des PNA à risque de complication [56, 57] . Noter que, réduit à 5 jours [27] . Il est alors recommandé dans ce contexte de
compte tenu de leur large spectre d’activité et de leur efficacité réaliser une surveillance rapprochée de la fonction rénale mais
historique dans le traitement des infections urinaires causées par également de l’audition et de l’équilibre puisque cette classe peut
E. coli, les FQ font partie des antimicrobiens de première ligne pour présenter une importante toxicité rénale (réversible) ou cochléo-
traiter ces infections. Malheureusement, l’utilisation généralisée vestibulaire (non réversible) [67] .
de ces agents a conduit à une résistance accrue d’E. coli, pouvant Enfin, bien que la fosfomycine–trométamol ne soit recomman-
par ailleurs être contenue par une réduction de leur consomma- dée que dans le traitement des cystites chez la femme, plusieurs
tion [58] . Une étude portant sur des patients traités dans un service études tentent à prouver sa non-infériorité dans le traitement
d’urgence aux États-Unis a démontré que, si la résistance d’E. coli des infections urinaires en général, chez la femme comme chez
à la lévofloxacine était élevée (17 %), elle était significativement l’homme [68] . Une étude américaine multicentrique rétrospective
plus importante chez ceux qui présentaient une infection urinaire a alors analysé le succès des traitements de toute infection urinaire
acquise à l’hôpital (38 % contre 10 % des patients présentant une en comparant un groupe de 212 patients (dont 110 PNA) ayant
infection urinaire acquise dans la communauté), ou souffraient été traités par ertapénem versus 110 patients (dont 33 PNA) ayant
d’une affection médicale de longue durée, ou avaient reçu des reçu de la fosfomycine–trométamol per os en traitement initial
FQ dans les 1 à 4 semaines précédentes [59] . Enfin, l’usage des FQ ou en relai [69] . Aucune différence significative n’était alors trou-
dans le cadre de l’antibioprophylaxie a été définitivement banni vée entre les deux groupes concernant la guérison à 30 jours. Les
par l’European Medicines Agency [60] et leur usage est désormais temps de traitement et d’hospitalisation étaient par ailleurs plus
mieux encadré [61, 62] dans le contexte de l’antibiothérapie, notam- long dans le bras avec ertapénem [69] . Cette étude reste une étude
ment à la lumière des complications vasculaires potentiellement de faible puissance mais il convient de soulever l’hypothèse que
graves pouvant être liées à l’usage de cette classe thérapeutique [63] . la fosfomycine–trométamol pourrait représenter une alternative
Plus que n’importe quelle autre classe thérapeutique, il faut donc crédible en relai oral dans cette indication [70] .
l’utiliser avec discernement. Enfin, en présence d’entérobactéries sécrétrices de bêtalacta-
L’adaptation de l’antibiothérapie doit ensuite se faire selon mase à spectre élargi (EBLSE), une nouvelle stratégie souhaitant
l’antibiogramme obtenu. L’objectif est d’utiliser une molécule limiter drastiquement l’utilisation des carbapénèmes est juste-
parfaitement active et présentant le spectre le plus étroit, sous ment proposée. En effet, ces antibiotiques constituent l’un des
réserve du terrain du patient et de sa tolérance selon l’ordre derniers outils de notre arsenal thérapeutique et peuvent s’avérer
du Tableau 2 [55] . Les variations des posologies proposées cor- très favorables à l’échelle individuelle mais délétères au niveau col-
respondent aux « fortes posologies » définies par la Société de lectif, en favorisant les pressions de sélection et le développement

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 Pyélonéphrites non compliquées et compliquées de l’adulte : diagnostic et traitement  18-070-A-10

d’Enterobacterales productrices de carbapénémases. Il convient rénaux dans la population générale est en constante augmenta-
donc de les réserver aux cas les plus graves et complexes. tion [80, 81] . Elle est estimée à 2 pour 1000 personnes-année dans la
population générale contre 8 pour 1000 personnes-année chez
les patients blessés médullaires, dont plus de 40 % présentent
Pyélonéphrites graves des calculs au cours de leur vie [82] . Ce surrisque est particuliè-
rement présent lors de la première année de lésion du fait de
Au diagnostic d’une PNA grave (sepsis avec un score qSOFA ≥ 2 l’hypercalciurie secondaire à l’immobilisation et la lyse osseuse.
ou une indication de dérivation des voies excrétrices supérieures), Les autres facteurs favorisants sont : la stase urinaire, le reflux
il est urgent de réaliser une imagerie et de débuter la prise en vésico-urétéro-rénal, les sondages vésicaux et les infections uri-
charge médicale (principalement l’antibiothérapie probabiliste). naires [83] . Les calculs infectieux sont en majorité secondaires à
En effet, une étude rétrospective regroupant trois cohortes de la présence de bactéries uréasiques, principalement représentées
patients adultes présentant un choc septique a révélé que le délai par les Proteus spp. (la plupart des espèces), puis Klebsiella pneu-
d’initiation des antibiotiques était corrélé à la mortalité au cours moniae, Staphylocoques aureus et epidermidis, Pseudomonas spp. et
de l’hospitalisation, quel que soit le site infectieux [71] . Ainsi, au Corynebacterium urealyticum [84] . Noter par ailleurs que de très nom-
cours des 6 premières heures suivant l’apparition d’une hypoten- breuses Enterobacterales ont la faculté de devenir uréasiques et
sion artérielle persistante, on observe une diminution moyenne l’hypothèse de calculs de struvite ne doit donc pas être écartée
de la survie de 7,6 %, chaque heure passée en l’absence de trai- sur cette seule identification bactérienne. Les bactéries uréasiques
tement antibiotique efficace. D’après l’étude, la survie était de dégradent l’ammonium et créent alors un milieu alcalin qui
82,7 % si ceux-ci étaient introduits dans les 30 minutes suivant favorise la précipitation des phosphates en cristaux de struvite,
les premiers signes d’hypotension, de 77,2 % dans la deuxième carbapatite ou d’urate d’ammonium [85] . La pyélonéphrite chez le
demi-heure et de 42 % dans la 6e heure [71] . En prenant compte des patient neurologique en présence de calcul rénal constitue un fac-
données de résistance aux FQ décrites précédemment, leur utilisa- teur de gravité à prendre en charge rapidement. En effet, même
tion n’est pas recommandée dans cette situation. Afin de limiter sans obstruction, la formation d’un biofilm sur le calcul (agrégat
au minimum l’échec de traitement initial, une biantibiothérapie de micro-organismes vivants au sein d’une matrice autosuffisante,
est préconisée. fixée à une surface biotique ou abiotique), apporte une forte tolé-
Le traitement des pyélonéphrites aiguës graves doit associer : rance et une résistance aux antibiotiques par modifications du
• une C3G intraveineuse : la ceftriaxone et la céfotaxime par- métabolisme bactérien [86] . La tolérance microbienne est géné-
tagent le même spectre d’activité, avec un taux de résistance ralement liée au mode de formation du biofilm, transitoire et
équivalent. La ceftriaxone présente une utilisation cependant non héritable [86] . Cela pourrait ainsi favoriser la pérennisation
plus simple puisqu’elle s’injecte qu’une seule fois par jour, de l’infection et participer aux IU répétées [87] . Il est important de
contrairement à la céfotaxime qui s’injecte trois fois par voie noter que ce type de calcul peut induire une altération rapide de la
intraveineuse [72] ; fonction rénale. Ainsi, en présence d’une dégradation importante
• ou la pipéracilline/tazobactam par voie intraveineuse, en cas de du débit de filtration glomérulaire sur des contrôles rapprochés,
matériel endo-urologique déjà présent (accord d’expert) ; il convient de réaliser une imagerie à la recherche de calculs, pro-
• et un aminoside (puissant bactéricide) dont seul l’amikacine est bablement infectieux.
à présent recommandée (la gentamicine présente un risque de
résistance acquise par les bactéries à Gram négatif plus impor- Diagnostic, traitement
tant) et offre une sécurité supplémentaire contre les EBLSE [73] .
Le diagnostic peut parfois être difficile dans cette population
Lors d’un état septique grave, il existe une modification parfois
et associe une fièvre à des symptômes atypiques tels qu’une
difficilement prévisible des volumes de distribution, et donc
augmentation de la spasticité, des pics hypertensifs, une hyperré-
de la pharmacodynamie et de la pharmacocinétique des anti-
flexie autonome lorsque la lésion médullaire se situe au-dessus de
biotiques. Il est ainsi impératif d’utiliser dans cette situation
T6 [88, 89] . Là encore, la BU n’est pas recommandée et l’ECBU est sys-
la posologie maximale d’amikacine (30 mg/kg) afin d’obtenir
tématique, tout en précisant d’analyser tous les micro-organismes
des concentrations plasmatiques et tissulaires suffisantes pour
en cas de résultats polymicrobiens puisque cela est fréquent dans
traiter efficacement le sepsis [74] . En cas d’obésité, la posolo-
cette population [90] . L’hospitalisation en cas de PNA chez ces
gie de l’aminoside doit être adaptée selon la formule : poids
patients est très souvent indiquée afin de réaliser une surveillance
corrigé = poids idéal (formule de Lorentz) + 0,43 surcharge
rapprochée mais surtout du fait de la nécessité presque constante
pondérale [75] ou en utilisant le site AbxBMI.
d’une antibiothérapie parentérale ciblant des micro-organismes
Noter qu’il existe un débat sur l’utilité de l’emploi systématique
résistants, plus souvent retrouvés dans cette population (Pseudo-
d’un aminoside dans cette indication. En effet, la mortalité ne
monas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae multirésistantes). Cela
semble pas varier lorsque l’on utilise une monothérapie (bêtalac-
s’explique par le fait que ces patients fréquentent régulière-
tamine) ou une bithérapie (bêtalactamine + aminoside), alors que
ment les hôpitaux, ont des gestes endo-urologiques itératifs et
la bithérapie augmente potentiellement le risque d’effets indési-
reçoivent plus souvent des antibiotiques dans le cadre d’infections
rables [76] . Il est probable, à la lumière de ces données, que l’ajout
urinaires ou autres, favorisant ainsi une pression de sélection bac-
d’un aminoside ne soit dans le futur recommandé que pour les
térienne [91–93] .
chocs septiques ou en cas de patient à risque d’antibiorésistance.
En présence de calculs urinaires et surtout si ces derniers sont
En l’état actuel, l’ajout d’un aminoside reste recommandé dans
de taille importante, l’objectif est de retirer la totalité de ceux-
toutes les formes graves de PNA.
ci après le traitement de l’infection afin de limiter les récidives
et les complications. La technique de traitement des calculs à
favoriser chez les patients neurologiques, notamment en cas de
Cas particulier : pyélonéphrite chez le patient calculs multiples ou volumineux (> 2 cm), semble finalement être
présentant une vessie neurogène la néphrolithotomie percutanée car elle s’affranchit de la problé-
matique de reconstructions génito-urinaires complexes et permet
Épidémiologie, contexte d’obtenir 96 % d’interventions sans fragment résiduel dès la pre-
Chaque année, l’organisation mondiale de la santé recense mière intervention [94] .
entre 250 000 et 500 000 nouveaux patients blessés médul-
laires, soit environ 19,4 patients par million d’habitants en Cas particulier : la pyélonéphrite aiguë
France [77, 78] . Il semble donc important de maîtriser la prise en
charge infectieuse des patients présentant une vessie neurogène. emphysémateuse
Le pourcentage d’infections urinaires dans cette population varie
de 20 et 70 % par an [79] . Celles-ci constituent la première cause
Épidémiologie, contexte
de morbidité et d’hospitalisation ainsi que l’une des principales La pyélonéphrite aiguë emphysémateuse (PNE) est une infec-
causes de mortalité chez ces patients [79] . L’incidence des calculs tion caractérisée par la présence de gaz au niveau du parenchyme

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Figure 2. Arbre décisionnel. Prise en charge

PNE d’une pyélonéphrite emphysémateuse (PNE).
1. Facteurs de risque (FDR) : diabète, préféren-
tiellement mal équilibré ; obstruction des voies
urinaires ; déficit immunitaire ; thombocytopénie,
Classes 1 et 2 Classes 3A et 3B Classe 4 insuffisance rénale aiguë, confusion, état de choc.

Remplissage, compensations hydroélectrolytiques contrôle du glucose, antibiotiques

± dérivation urinaire si obstacle

Groupe de bas Groupe de haut Dérivation urinaire

risque (0 ou risque bilatérale
1 FDR [1]) (≥ 2 FDR [1])

Néphrostomie
(zone abcédée)

Soins intensifs puis

Survie Échec
néphrectomie

Tableau 3. imminent dont les risques sont estimés à 25 % [101] . Nombreux

Classification de gravité d’une pyélonéphrite emphysémateuse [100] . sont les facteurs de risque de mauvaise évolution soupçonnés :
Grade Définition scanographique caractère bilatéral, thombocytopénie [101] , hyperglycémie, grade
radiologique, insuffisance rénale aiguë, choc, confusion, hypo-
1 Gaz dans le système collecteur seulement albuminémie, hyperleucocytose [95, 96] . Du fait de leur rareté, il
2 Gaz dans le parenchyme rénal sans extension extrarénale n’existe pas de consensus concernant la prise en charge des
PNE. L’introduction des antibiotiques, le remplissage vasculaire,
3A Extension de gaz ou abcès dans l’espace périnéphrique
le contrôle glycémique, la dérivation urinaire voire la néphrec-
3B Extension de gaz ou abcès dans l’espace pararénale tomie sont des traitements à considérer. Les rares études ayant
4 PNE bilatérale ou sur rein unique
analysé les traitements mis en œuvre ainsi que leurs suites ne
permettent pas de proposer une démarche standardisée. Il semble-
rait tout de même que le drainage des voies urinaires supérieures
apporte un bénéfice sur la survie, notamment à partir des stades
rénal, des cavités, ou des tissus périphériques. Elle est exception- abcédés ou avec pyonéphrose, qu’il soit percutané ou endo-
nelle et quasiment exclusivement retrouvée chez des patients urologique [102, 103] . Les dérivations percutanées semblent les plus
diabétiques préférentiellement mal équilibrés [95] , mais aussi en judicieuses à proposer, notamment pour les stades 3 : l’objectif
cas d’obstruction des voies urinaires ou en cas de déficit immu- étant alors de drainer la partie du rein abcédé. Il n’apparaît pas
nitaire [96] . Il semblerait que le rein gauche soit plus souvent utile de proposer systématiquement un drainage du haut appareil
atteint dans la littérature, sans réelle explication [96] . Les bactéries urinaire en l’absence d’obstacle des voies urinaires ou de formes
mises en cause dans ces cas rarissimes sont celles couramment de stade 1 ou 2. Lorsque le drainage est réalisé, il est parfois suivi,
trouvées dans les PNA communautaires, en particulier les bacté- si nécessaire, d’une néphrectomie totale ou partielle, en cas de
ries aéroanaérobies facultatives à Gram négatif comme Escherichia mauvaise progression d’après les auteurs [96] . Un arbre décisionnel
coli et Klebsiella pneumoniae [97] . Les mécanismes physiopatholo- est proposé à la Figure 2, qui s’inspire des recommandations de
giques impliqués dans la formation du gaz restent inconnus mais Huang et Tseng [100] ainsi que des auteurs précédemment cités.
l’hypothèse serait que la présence anormale de glucose dans les tis-
sus, associée à une diminution de leur perfusion, une immunité
diminuée, ainsi qu’un milieu appauvri en oxygène, favoriserait le
risque de PNE chez les patients souffrant de diabète et souvent  Importance des explorations
de maladie microvasculaire associée. Cela impliquerait la progres-
sion d’une ischémie suivie d’une nécrose tissulaire, prémisses de
urologiques
la formation de gaz [98] . Il est également possible d’évoquer un
Une pyélonéphrite aiguë, même dans sa présentation la plus
processus de « fermentation » liée à l’excès de glucose, favorisant
simple, est à considérer comme le symptôme d’un dysfonctionne-
ainsi le métabolisme anaérobie des Enterobacterales et entraînant
ment sous-jacent de l’appareil urinaire (qu’elle qu’en soit la cause)
la synthèse de gaz.
et non une maladie en tant que tel. À ce titre, il est nécessaire de
réaliser un bilan étiologique orienté afin de rechercher une cause
Diagnostic, traitement anatomique ou fonctionnelle responsable de cette infection. À
La symptomatologie est souvent celle d’une PNA et il n’existe titre informatif et non exhaustif, le Tableau 4 liste les étiologies
pas d’argument clinique permettant d’orienter vers ce diagnos- principales à évoquer dans le cadre des pyélonéphrites aiguës et
tic [99] . Celui-ci est finalement souvent établi sur le scanner le bilan étiologique à réaliser.
abdominopelvien injecté. Une classification élaborée par Huang Une débitmétrie couplée à la mesure du résidu postmictionnel
et Tseng permet alors de classer les patients selon cinq grades de doit étayer le bilan initial en informant sur les capacités de vidange
gravité [100] (Tableau 3). vésicale.
Une fois diagnostiquée, la PNE nécessite une prise en charge Le catalogue mictionnel contenant un relevé d’entrée–sortie
médicale urgente puisqu’elle peut rapidement progresser vers un complète ce bilan de première intention. C’est un examen indis-
état de choc et de défaillance d’organes, menant vers un décès pensable pour bien des raisons, et de réalisation simple et non

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Tableau 4.
Principales étiologies à évoquer en cas de pyélonéphrites aiguës et leur
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mictionnel ± IRM pelvienne ± BUD [9] Surveillance de la consommation des antibiotiques et des résistances
bactériennes en établissement de santé Mission SPARES, résultats
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résidu postmictionnel ; TDM : tomodensitométrie. [10] Grundmann H, Glasner C, Albiger B, Aanensen DM, Tomlinson CT,
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Chez la femme, un examen pelvipérinéal est nécessaire afin pective, multinational study. Lancet Infect Dis 2017;17(2):153–63.
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pouvant limiter le bon flux urétérovésical. producing bacteria in Europe: interim results from the European
Enfin, une cystographie rétrograde est indispensable dès lors survey on carbapenemase producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE)
qu’un reflux vésico-urétéro-rénal passif ou actif est suspecté. Le project 2013. LU: Publications Office; 2013; [Link]
catalogue mictionnel est à ce titre indispensable car il permet de doi/10.2900/91714.
connaître la capacité vésicale fonctionnelle, ce qui permet de gui- [12] Santé publique France. Enquête nationale de prévalence des infections
der le remplissage lors de cet examen, faute de quoi il est fréquent nosocomiales et des traitements anti-infectieux en établissements
de ne pas mettre en évidence un reflux de bas grade. de santé, mai-juin 2017. [Link]
enquete-nationale-de-prevalence-des-infections-nosocomiales-et-
Dans le cadre d’un reflux en lien avec une hyposensibilité vési-
des-traitements-anti-infectieux-en-etablissements-de-sante-mai-juin-
cale, le catalogue mictionnel devient alors un outil thérapeutique
2017.
précieux pour mettre en place une thérapie comportementale [13] Bey E, Bouiller K, Pimpie R, Le Goux C, Tourret-Arnaud J, Lina G,
urinaire permettant de s’affranchir fréquemment d’une prise en et al. Recommendations of the AFU Infectious Diseases Committee on
charge chirurgicale du reflux. the prevention, diagnosis and treatment of infections of endo-ureteral
Ainsi, les causes les plus fréquentes à évoquer sont listées ci- equipment. Prog En Urol 2021;31(10):557–75.
dessous à titre indicatif : [14] Vallée M, Bey E, Bouiller K, le Goux C, Pimpie R, Tourret-Arnaud J,
• un reflux vésico-urétéro-rénal, un méga-uretère, une sténose et al. Epidemiology and risk factors for ureteral stent-associated urinary
urétérale ; tract infections in non-transplanted renal patients: a systematic review
• une vessie neurogène centrale médullaire ; of the literature. World J Urol 2021;39(10):3845–60.
• une hyposensibilité vésicale, une hypo- ou acontractilité vési- [15] Vallée M, Cattoir V, Malavaud S, Sotto A, Cariou G, Arnaud P, et al.
cale ; Perioperative infectious risk in urology: management of preoperative
• une hypertrophie bénigne de prostate, une sténose de l’urètre, polymicrobial urine culture. A systematic review. By the infectious
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prise en charge initiale puisque celle-ci est très bien codifiée dans Nurs Stand R Coll Nurs G B 2012;27(5):51–6, quiz 58.
les recommandations, qu’elle soit diagnostique ou thérapeutique. [18] Matuszkiewicz-Rowińska J, Małyszko J, Wieliczko M. Urinary tract
L’enjeu se situe plutôt sur deux points : infections in pregnancy: old and new unresolved diagnostic and thera-
• le premier en lien avec l’antibiorésistance actuelle qui nécessite peutic problems. Arch Med Sci 2015;11(1):67–77.
de rationaliser les prescriptions antibiotiques tant en termes de [19] Choong FX, Antypas H, Richter-Dahlfors A. Integrated pathophysio-
durée que de type de molécule afin de limiter les phénomènes logy of pyelonephritis. Microbiol Spectr 2015;3(5).
[20] Murugapoopathy V, McCusker C, Gupta IR. The pathogenesis and
d’antibiorésistance ;
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• le deuxième enjeu est celui de la récidive qui pourrait dans la
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grande majorité des cas être prévenue sous réserve qu’un bilan [21] Kaper JB, Nataro JP, Mobley HLT. Pathogenic Escherichia coli. Nat
étiologique minimal réalisé par l’urologue soit la norme dès la Rev Microbiol 2004;2(2):123–40.
survenue du premier épisode infectieux. Cette attitude de « bon [22] Antão EM, Wieler LH, Ewers C. Adhesive threads of extraintestinal
sens » permettrait probablement de limiter en partie les consé- pathogenic Escherichia coli. Gut Pathog 2009;1(1):22.
quences individuelles et collectives induites par ces infections [23] Scholes D, Hooton TM, Roberts PL, Gupta K, Stapleton AE, Stamm
notamment en cas de récidives. WE. Risk factors associated with acute pyelonephritis in healthy
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Université de Poitiers, Inserm U1070, « Pharmacologie des anti-infectieux », UFR Médecine–Pharmacie, Pôle biologie sante, 1, rue Georges-Bonnet, Bâti-
ment B36 TSA 51106, cedex 9 86073 Poitiers, France.

Toute référence à cet article doit porter la mention : Chapelle C, Fontanier T, Vallée M. Pyélonéphrites non compliquées et compliquées de l’adulte :
diagnostic et traitement. EMC - Urologie 2025;43(2):1-11 [Article 18-070-A-10].

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