REPUBLIQUE DU SENEGAL

Un Peuple - Un But - Une Foi

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR, DE LA RECHERCHE ET DE

L’INNOVATION

ECOLE SUPERIEURE DE GENIE INDUSTRIEL ET BIOLOGIQUE (ESGIB)

Agrément : 150/MESR/DGES/DESP/DSQ

DIPLÔME DE LICENCE
Option : Génie Biologique
Rapport de Fin d’études
Année :

TITRE DU SUJET

DETECTION PAR PCR CLASSIQUE ET EN TEMPS REEL DE

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AU CENTRE DE SANTÉ DE
KEUR MASSAR

Présenté et soutenu par :

AWA KONTEYE

Encadrant interne :Dr Khadim KEBE

Encadrant externe : M. MAMADOU GUINDO
RESUME
La tuberculose, causée par Mycobacterium tuberculosis, demeure une priorité de santé
publique au Sénégal, particulièrement dans les zones à forte densité démographique comme la
banlieue de Dakar. Cette étude, menée au Centre de Santé de Keur Massar, évalue l'apport du
diagnostic moléculaire dans la prise en charge des patients.

L'enveloppe riche en acides mycoliques du bacille de Koch lui confère une survie
intracellulaire et une résistance environnementale, rendant son diagnostic biologique crucial.
Ce travail compare deux approches de biologie moléculaire : la PCR classique et la PCR en
temps réel.

Nos analyses mettent en évidence une complémentarité entre les cibles génétiques exploitées :

 La PCR classique s'avère être un outil robuste pour la détection du complexe

tuberculosis. En ciblant des séquences d'insertion (telles que IS6110) présentes en
copies multiples dans le génome bactérien, elle assure une haute sensibilité, idéale
pour confirmer la présence du bacille dans des échantillons à faible charge
bactérienne.

 La PCR en temps réel, quant à elle, permet non seulement une détection automatisée
et rapide, mais aussi l'identification simultanée des mutations (généralement sur le
gène rpoB) conférant la résistance à la rifampicine.

Les résultats obtenus au Centre de Santé de Keur Massar soulignent que, si la PCR classique
reste pertinente pour le génotypage ou la confirmation sensible, la PCR en temps réel
s'impose désormais comme le standard pour le diagnostic d'urgence et l'orientation
thérapeutique immédiate. L'intégration de ces outils permet de réduire significativement les
délais de mise sous traitement et d'optimiser la surveillance des souches multirésistantes dans
la zone de Keur Massar.

ii
DEDICACES ET REMERCIEMENTS
Je rends grâce à Allah, le Tout-Puissant, qui détient mon âme, pour m’avoir accordé la force,
la santé et la patience nécessaires à l'accomplissement de ce travail.

Je dédie ce mémoire :

À ma chère mère, pour son soutien indéfectible, ses sacrifices constants et son dévouement à
mon éducation. Puisse la bénédiction d’Allah t'accompagner éternellement pour m'avoir
permis de réussir.

À mon père, pour m’avoir offert l’opportunité d’étudier dans une excellente école et de
bénéficier d’une formation de qualité.

À mon grand-frère, Babacar, qui a toujours été présent pour moi et a tenu un rôle de père à
mes côtés.

À ma deuxième famille, la Famille Kane, tout particulièrement à mon tonton Omar Kane et à
tata Aicha Ndiaye, pour m’avoir hébergé et traité avec la même affection que leurs propres
enfants.

À mes frères et sœurs, Cheikh Konteye, Keba Konteye, Mareme Kane, Naby Kane, et une
pensée spéciale pour ma sister Fatima Zahra Kane.

A mon homme et à ma future famille

J’adresse mes sincères remerciements :

À mon encadrant externe, Monsieur Mamadou Guindo, pour sa disponibilité, sa pédagogie et

sa précieuse aide dans la maîtrise technique de mon sujet de stage.

À mon encadrant interne, Monsieur Kebe, pour ses conseils avisés et son suivi tout au long de
ce projet.

À la Major Madame Monique, ainsi qu'à tout le personnel du laboratoire du Centre de Santé
de Keur Massar, pour leur accueil et leur collaboration enrichissante.

À l’ensemble du personnel de l’ESGIB, pour la qualité des enseignements reçus durant mon
cursus.

Aux membres du jury, pour avoir accepté d'examiner le fruit de mon travail.

iii
LISTE DES SIGLES

TB : Tuberculose

M. TB : Mycobacterium tuberculosis

OMS : Organisation Mondial de la Santé

M : Mycobacterium

CMTB : Complexe Mycobacterium tuberculosis

PCR : Polymerase Chain Reaction ou Reaction de Polymérisation en Chaine

BAAR : Bacille Acide-Alcoolo-Résistant

VIH : Virus de l’Immunodéficience Humaine

TB-MR : Tuberculose Multirésistante

IDR : Intradermo-Réaction

IGRA : Interféron Gamma Release Assay

LCR : Liquide Céphalo-Rachidien

ADN : Acide Désoxyribonucléique

QPCR : PCR Quantitative ou PCR en temps Réel

TMR : Tests Moléculaires Rapides

RIF : Rifampicine

Ct : Cycle Threshold

NFS : Numeration Formule Sanguin

BCG : Bacille Calmette-Guérin

iv
LISTES DES FIGURES
Figure 1 : Mycobacterium tuberculosis..................................................................................................4
Figure 2: CYCLE DE LA PCR............................................................................................................11
Figure 3: Répartition globale des résultats de la détection de Mycobacterium tuberculosis au Centre de
Santé de Keur Massar...........................................................................................................................20
Figure 4: Taux de positivité de la tuberculose pulmonaire en fonction du sexe des patients................21
Figure 5 : Répartition du taux de positivité de la tuberculose pulmonaire selon la localité de
provenance des patients........................................................................................................................21
Figure 6: Taux de positivité de la tuberculose pulmonaire selon les tranches d'âge des patients..........22
Figure 7 : Comparaison des taux de positivité obtenus par PCR Classique et par PCR en temps réel
(GeneXpert).........................................................................................................................................23

v
TABLE DES MATIERES
RESUME....................................................................................................................................ii
DEDICACES ET REMERCIEMENTS....................................................................................iii
LISTE DES SIGLES.................................................................................................................iv
INTRODUCTION......................................................................................................................1
CONTEXTE GENERAL........................................................................................................1
CONTEXTE LOCAL.............................................................................................................1
OBECTIF................................................................................................................................2
ANNONCE DU PLAN...........................................................................................................2
PREMIERE PARTIE : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE............................................................2
I. GÉNÉRALITÉS SUR MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS..........................................2
I.1. Historique et classification................................................................................................2
I.2. Structure............................................................................................................................3
I.3. Organisation génomique...................................................................................................4
Epidémiologie.............................................................................................................................5
I.4. Infection à Mycobacterium tuberculosis..............................................................................5
I.4.1. Pathogénèse et évolution de la tuberculose humaine.....................................................5
I.4.2. Epidémiologie................................................................................................................6
I.4.3 Prévention et traitement..................................................................................................7
II. TECHNIQUES DE DETECTION MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS.........................8
II.1. Diagnostic clinico-radiologique......................................................................................8
II.2. Diagnostic immunologique..............................................................................................8
II.3. Diagnostic bactériologique..............................................................................................9
II.4. Diagnostic Moléculaire.....................................................................................................10
II.4.1. Principe de la Réaction en Chaîne par Polymérase (PCR).............................................10
II.4.2. La PCR Classique et le système Molbio....................................................................11
II.4.3. La PCR en temps réel (qPCR) et le système GeneXpert............................................12
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL..................................................................13
I. PRESENTATION DU LIEU DE STAGE............................................................................13
I.1. Cadre d'étude : Le Centre de Santé de Keur Massar.......................................................13
I.2. Organisation et Activités du Laboratoire........................................................................13
II. MATERIEL ET METHODES.............................................................................................13
II.1.1. Matériel pour la PCR classique (Système Molbio)....................................................14

vi
 A. Unité d'Extraction et de Purification : Trueprep AUTO..................................................14
B. Unité d'Amplification et de Détection : Truelab micro PCR...........................................14
II.1.2. Matériel pour la PCR en temps réel (Système GeneXpert)........................................15
II.2. Méthodes (Protocoles Opératoires)...................................................................................15
II.2.1. Protocole de la PCR Classique (Système Molbio : Trueprep et Truelab)..................15
II.2.2. Protocole de la PCR en temps réel intégrée (Système GeneXpert)............................16
II.2.3. Interprétation des résultats..........................................................................................17
II.2.4 Type et période d’étude...............................................................................................18
II.2.5 Population d’étude.......................................................................................................18
II.2.6 Échantillonnage...............................................................................................................18
II.2.7. Techniques de laboratoire...........................................................................................18
II.3. Analyses statistiques.........................................................................................................19
III. RÉSULTATS......................................................................................................................19
III.1. Caractéristiques de la population d’étude....................................................................19
III.2. Taux de positivité des tests...........................................................................................20
III.2. Taux de positivité selon les sexes................................................................................21
III.4. Taux de positivité selon les localités............................................................................21
III.5 Taux de positivité selon les tranches d’âge...................................................................22
III.6. Taux de positivité selon le type de PCR......................................................................23
IV. DISCUSSION.....................................................................................................................23
IV.1. Taux de positivité des tests..........................................................................................23
VI.2. Taux de positivité selon les sexes................................................................................24
VI.3. Taux de positivité selon les localités............................................................................25
VI.4. Taux de positivité selon les tranches d’âge..................................................................25
VI.5. Taux de positivité selon le type de PCR......................................................................26
CONCLUSION.........................................................................................................................26

vii
INTRODUCTION
CONTEXTE GENERAL
La Tuberculose (TB), maladie infectieuse causée par Mycobacterium tuberculosis (M. TB),
reste un fléau sanitaire mondial. Classée par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) parmi
les principales causes de mortalité par agent infectieux, elle représente un défi constant pour
les systèmes de santé.(1)

CONTEXTE LOCAL

Au Sénégal, la tuberculose demeure une priorité nationale. L'OMS estimait l'incidence à 113
cas pour 100 000 personnes en 2021, avec 14 688 cas toutes formes confondues diagnostiqués
en 2022.(2) Bien que le taux de succès au traitement soit élevé, atteignant 90% au niveau
national en 2022, le taux de détection, qui était de 70% la même année, indique qu'une
proportion significative de cas reste non identifiée.(3)

La répartition des cas est hétérogène, avec la région de Dakar qui a historiquement rapporté
près de la moitié des cas diagnostiqués (44,17% entre 2009 et 2018).(4)

Le Centre de Santé de Keur Massar, situé dans la banlieue de Dakar, est au centre de
l'épidémie locale. La banlieue dakaroise est reconnue comme un foyer de la maladie, en
grande partie en raison de facteurs socio-économiques comme la promiscuité et la pauvreté.
Le district de Keur Massar est particulièrement touché, ayant déclaré plus de 700 cas de
tuberculose en 2018 et encore 614 cas en 2022.(5)

Face à cette forte charge épidémiologique, l'amélioration des capacités diagnostiques est
impérative. Le laboratoire du Centre de Santé de Keur Massar s'est doté d'équipements
permettant l'utilisation de la PCR classique et de la PCR en temps réel. Il est donc crucial
d'évaluer l'efficacité de ces outils dans des conditions réelles de terrain pour déterminer leur
apport exact dans la lutte locale contre M. tuberculosis.

1
OBECTIF

L'objectif général de ce travail de mémoire est d'évaluer le diagnostic de la PCR classique

et de la PCR en temps réel pour la détection de Mycobacterium tuberculosis au Centre de
Santé de Keur Massar.

ANNONCE DU PLAN

Enfin, ce travail est articulé en deux grandes parties conformément au plan de l'École
Supérieure de Génie Industriel et Biologique (ESGIB).

La Première Partie est une Étude Bibliographique qui dresse un état des lieux sur l'agent
pathogène Mycobacterium tuberculosis (historique, structure, épidémiologie) et répertorie
l'ensemble des techniques de détection, allant du diagnostic clinico-radiologique aux
techniques moléculaires.

La Deuxième Partie est consacrée au Travail Personnel. Elle décrira la présentation du

Centre de Santé de Keur Massar, détaillera le Matériel et les Méthodes mis en œuvre pour
l'étude (type d'étude, population, échantillonnage, techniques de laboratoire), présentera les
Résultats obtenus, et les soumettra à la Discussion en les confrontant aux données de la
littérature scientifique.

Une Conclusion générale synthétisera les principaux apports de l'étude et ouvrira sur une
perspective de recherche.

PREMIERE PARTIE : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

I. GÉNÉRALITÉS SUR MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

I.1. Historique et classification

L'histoire de la tuberculose est aussi ancienne que celle de l'humanité, avec des preuves de la
maladie retrouvées dans des vestiges humains datant de plusieurs millénaires. Cependant,
l'étape la plus significative dans la compréhension de l'agent pathogène est survenue le 24
mars 1882, lorsque Robert Koch a identifié et décrit pour la première fois le bacille
responsable de la maladie, qu'il nomma le Bacillus tuberculosis. Cette découverte
fondamentale a permis de confirmer la nature infectieuse de la maladie.

2
Mycobacterium tuberculosis appartient à la famille des Mycobacteriaceae et au genre
Mycobacterium. Il fait partie du Complexe Mycobacterium tuberculosis (CMTB), qui
regroupe plusieurs espèces étroitement liées pouvant causer la tuberculose chez l'homme et
l'animal. Les membres les plus importants du CMTB incluent M. tuberculosis (principalement
responsable de la TB humaine), M. bovis, M. africanum, M. microti, et M. canetti.

 Classification (Linnéenne Simplifiée) :

o Règne : Bacteria
o Embrachement : Actinomycetota (ou Actinobacteria)
o Classe : Actinomycetes
o Ordre : Mycobacteriales
o Famille : Mycobacteriaceae
o Genre : Mycobacterium
o Espèce : M. tuberculosis

I.2. Structure
La structure de Mycobacterium tuberculosis est celle d'un bacille (bactérie en forme de
bâtonnet) unique, dont l'enveloppe cellulaire est exceptionnellement complexe et riche en
lipides, ce qui lui confère ses propriétés pathogènes distinctives, notamment sa résistance. (6)
Caractéristiques Générales
Forme : Bacille fin, légèrement incurvé (0,2 à 0,6 μm de large et 1,0 à 10 μm de long).

Statut Gram : Bien qu'elle soit structurellement plus proche des bactéries Gram-positives, sa
paroi cireuse empêche la pénétration des colorants de Gram classiques. Elle est classée
comme acido-alcoolo-résistante (BAAR), nécessitant une coloration spéciale (Ziehl-Neelsen
ou Auramine).

Métabolisme : Strictement aérobie (a besoin d'oxygène pour se développer).

Mobilité : Immobile et non sporulée. (7,8)

L'Enveloppe Cellulaire Unique

L'élément le plus distinctif est son enveloppe, qui représente jusqu'à 60 % de son poids sec en
lipides. Elle se compose de plusieurs couches (de l'intérieur vers l'extérieur) : (9)
1. Membrane plasmique : Une membrane interne lipidique standard, similaire à
celle d'autres bactéries.

3
2. Paroi cellulaire (Noyau) : Une couche de peptidoglycane fine, liée de manière covalente
à une couche d'arabinogalactane, un polymère polysaccharidique.

3. Mycomembrane (Couche externe cireuse) : C'est la couche la plus importante. Elle est
principalement constituée d'acides mycoliques, de très longues chaînes d'acides gras qui
forment une barrière cireuse, hydrophobe et de faible perméabilité. Cette mycomembrane
est parsemée de protéines (porines) permettant le transport de molécules essentielles.

4. Capsule (facultative) : Chez les espèces pathogènes, une couche externe supplémentaire
de glycoprotéines peut être présente. (10,11)

Figure 1 : Mycobacterium tuberculosis

I.3. Organisation génomique

L'organisation génomique de Mycobacterium tuberculosis (notamment la souche de
référence H37Rv, dont le génome a été séquencé pour la première fois en 1998) présente des
caractéristiques typiques des bactéries, mais avec quelques particularités notables.(12)

Caractéristiques Principales

 Structure : Le génome est constitué d'un chromosome circulaire unique.

 Taille : Il est relativement compact, mesurant environ 4,4 millions de paires de

bases (4,4 Mb).

 Nombre de gènes : Il contient environ 4 000 gènes codant pour des protéines.

4
  Proportion codante : Une grande proportion du génome, environ 91 %, est constituée
de séquences codantes, ce qui signifie qu'il y a très peu d'espace "vide" ou non codant.
(12)

Epidémiologie

I.4. Infection à Mycobacterium tuberculosis

I.4.1. Pathogénèse et évolution de la tuberculose humaine
La pathogénèse de la tuberculose humaine est un processus complexe qui décrit
comment Mycobacterium tuberculosis pénètre dans le corps, interagit avec le système
immunitaire et mène potentiellement à la maladie active. L'évolution de l'infection se déroule
généralement en plusieurs stades distincts.

1. Transmission et Invasion Initiale (Primo-infection)

La bactérie se transmet exclusivement par voie aérienne. Lorsqu'un individu atteint de

tuberculose pulmonaire active tousse ou éternue, il libère de fines gouttelettes contenant des
bacilles.

 Inhalation : Les gouttelettes sont inhalées et atteignent les alvéoles profondes des
poumons.

 Phagocytose : Là, les bactéries sont rapidement ingérées par les macrophages
alvéolaires (des cellules du système immunitaire).

 Survie Intracellulaire : Fait crucial, M. tuberculosis a développé des mécanismes

pour survivre et se multiplier à l'intérieur des macrophages, notamment en bloquant la
maturation du phagolysosome (la "poche" digestive de la cellule). (13,14)

2. Réponse Immunitaire et Formation du Granulome

Le système immunitaire de l'hôte déclenche une réponse pour tenter de contrôler l'infection.

 Recrutement Cellulaire : D'autres cellules immunitaires (lymphocytes T, monocytes,

etc.) sont recrutées sur le site de l'infection.

 Formation du Granulome : Ces cellules entourent les macrophages infectés pour

former une structure hautement organisée appelée granulome. Le granulome est un
rempart physique qui isole les bactéries, limitant ainsi leur propagation dans les tissus
pulmonaires et le reste du corps via le système lymphatique ou sanguin.

5
3. Évolution vers la Latence ou la Maladie Active

C'est à ce stade que l'évolution diverge vers deux issues principales :

A. Infection Tuberculeuse Latente (ITL)

Dans la majorité des cas (environ 90 %), le système immunitaire contrôle efficacement les
bactéries, qui restent vivantes mais dormantes à l'intérieur du granulome.

 État asymptomatique : L'individu n'a aucun symptôme et n'est pas contagieux.

 Risque de réactivation : Cet état peut persister pendant des décennies, mais il existe
un risque de réactivation si l'immunité de la personne s'affaiblit.

B. Tuberculose Maladie Active

Dans les autres cas (5 à 10 % des personnes infectées), la réponse immunitaire est insuffisante
pour contenir la bactérie, ou bien la bactérie "s'échappe" du granulome et commence à se
multiplier activement, détruisant les tissus environnants.

Symptômes : C'est la phase clinique, caractérisée par une toux chronique, de la fièvre, des
sueurs nocturnes, une perte de poids et de la fatigue.

Contagiosité : Si l'atteinte est pulmonaire, le patient devient contagieux et transmet la bactérie

à d'autres personnes.

Sites d'infection : La maladie touche principalement les poumons (75 % des cas), mais peut
aussi affecter d'autres organes (tuberculose extra-pulmonaire : os, cerveau, reins, etc.).

I.4.2. Epidémiologie
L'épidémiologie de la tuberculose (TB), causée par Mycobacterium tuberculosis, en fait
toujours l'une des maladies infectieuses les plus meurtrières au monde, malgré le fait qu'elle
soit évitable et curable. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) met régulièrement à jour
des chiffres alarmants.(15)

Chiffres Clés Mondiaux (estimations récentes)

 Incidence (nouveaux cas) : On estime à environ 10,7 millions le nombre de

personnes qui ont développé la tuberculose en 2024.

6
  Mortalité : Environ 1,23 million de personnes sont décédées de la tuberculose en
2024, y compris 150 000 personnes vivant avec le VIH. La TB est la première cause
de décès due à un agent infectieux unique dans le monde.

 Prévalence de l'infection latente : On estime qu'environ un quart de la population

mondiale est infectée par la bactérie de la tuberculose à l'état latent, sans être malade
ni contagieuse.

 Tuberculose résistante aux médicaments : La tuberculose multirésistante (MDR-

TB) reste une crise de santé publique majeure, avec des centaines de milliers de cas
estimés chaque année.(16–18)

I.4.3 Prévention et traitement

La prévention et le traitement de la tuberculose reposent sur une combinaison de mesures de
santé publique, de vaccination et de protocoles antibiotiques rigoureux.

Prévention

La prévention vise à la fois à réduire la transmission de la bactérie et à empêcher l'infection

latente de progresser vers la maladie active.

 Vaccination (BCG) : Le vaccin BCG (Bacille Calmette-Guérin) est un vaccin vivant

atténué. Son efficacité est débattue chez l'adulte, mais il est très efficace (85-92 %)
pour prévenir les formes graves et mortelles de tuberculose (comme la méningite
tuberculeuse et la TB miliaire) chez les nourrissons et les jeunes enfants. Il est
largement utilisé dans les pays à forte incidence. Dans les pays à faible incidence, la
vaccination n'est souvent plus obligatoire et ciblée uniquement sur les populations à
risque.

 Mesures Barrières : Pour les personnes atteintes de TB active, des mesures d'isolement
(chambre individuelle, masques) sont appliquées pendant au moins 14 jours après le
début du traitement pour stopper la contagion. Une bonne hygiène (se couvrir la
bouche en toussant) est essentielle.
 Traitement Préventif (TPT) : Le traitement préventif de la tuberculose (TPT) est une
stratégie clé pour empêcher l'infection latente de se développer en maladie active. Il
est fortement recommandé pour les personnes à risque élevé, notamment les jeunes
enfants de moins de 5 ans et les personnes vivant avec le VIH ayant été en contact
avec un cas de TB.

7
 Traitement de la Tuberculose Maladie Active

Le traitement de la TB maladie est complexe, long et repose sur une multithérapie

(association de plusieurs antibiotiques) pour plusieurs raisons :

Prévenir la Résistance : L'utilisation d'un seul médicament entraînerait rapidement

l'apparition de souches résistantes.

Éliminer toutes les bactéries : Les bactéries se trouvent dans différents environnements
dans le corps (à l'intérieur et à l'extérieur des cellules, dans des lésions inactives),
nécessitant différents médicaments pour les atteindre.

II. TECHNIQUES DE DETECTION MYCOBACTERIUM

TUBERCULOSIS
II.1. Diagnostic clinico-radiologique
Le diagnostic clinico-radiologique de la tuberculose associe l'évaluation des symptômes et
l'imagerie médicale (radiographie).

 Clinique : Les symptômes clés sont une toux persistante (plus de 3 semaines), de la
fièvre, des sueurs nocturnes, une perte de poids et une fatigue intense.(19)

 Radiologie : La radiographie pulmonaire recherche des opacités, des infiltrats ou, de

manière très suggestive, des cavernes (cavités) généralement situées dans la partie
supérieure des poumons.(20)

Cette approche permet de suspecter fortement la maladie, mais le diagnostic certain nécessite
des analyses bactériologiques pour identifier formellement Mycobacterium tuberculosis.

II.2. Diagnostic immunologique

Le diagnostic immunologique de la tuberculose ne détecte pas directement la bactérie,
mais la réponse immunitaire de l'organisme face à une infection passée ou présente. Ces
tests sont principalement utilisés pour diagnostiquer une infection tuberculeuse latente
(ITL) plutôt que la maladie active.

Il existe deux méthodes principales :

1. Le Test Cutané à la Tuberculine (IDR - Intradermo-Réaction)

 Principe : Une petite quantité de tuberculine (un dérivé protéique purifié ou PPD,
provenant de la bactérie) est injectée sous la peau de l'avant-bras.

8
  Fonctionnement : Si la personne a déjà été infectée (ou vaccinée par le BCG), son
système immunitaire réagit au site d'injection.

 Interprétation : Un professionnel de santé mesure la taille du gonflement (induration)

 8 à 72 heures plus tard. Une induration d'une certaine taille est considérée comme un
résultat positif.

 Limites : Ce test peut donner de faux positifs chez les personnes vaccinées par
le BCG. (21)

2. Les Tests Sanguins (IGRA)

 Principe : Un échantillon de sang est prélevé et mis en contact avec des protéines
spécifiques de M. tuberculosis.

 Fonctionnement : Si le patient a été infecté, ses cellules immunitaires (lymphocytes

T) produisent de l'interféron gamma (IFN-γ) en réponse à ces protéines. C'est cette
production qui est mesurée.

Interprétation : Le résultat est rendu positif ou négatif sur la base de la quantité d'interféron
gamma libérée.(22,23)

II.3. Diagnostic bactériologique

Le diagnostic bactériologique est la méthode essentielle et définitive pour confirmer la
présence de Mycobacterium tuberculosis. Contrairement aux tests immunologiques ou
radiologiques, il identifie directement la bactérie dans les échantillons biologiques du patient.

Les prélèvements les plus courants sont les expectorations (crachats), mais d'autres liquides
biologiques (liquide pleural, LCR, urine, biopsies) peuvent être utilisés selon la localisation
de la maladie.

Il existe deux approches principales en laboratoire :

1. Examen Microscopique Direct (Examen des Frottis)

 Principe : Observation directe d'un échantillon au microscope après une coloration

spéciale.

9
  Méthode : M. tuberculosis est une bactérie acido-alcoolo-résistante (BAAR) en raison
de sa paroi cireuse unique. La coloration de Ziehl-Neelsen ou Auramine est utilisée
pour la rendre visible.

 Délai : Rapide (quelques heures).

 Limites : Sensibilité relativement faible ; un résultat négatif n'exclut pas la TB. Il faut
une concentration élevée de bactéries dans l'échantillon pour être détectable. (24)

2. Culture Bactérienne

 Principe : Mise en culture de l'échantillon sur des milieux nutritifs pour permettre la
croissance et la multiplication des bactéries.

 Méthode : Les milieux classiques solides, comme la gélose de Löwenstein-Jensen,

sont utilisés, mais des méthodes liquides plus rapides sont également disponibles.

 Délai : C'est la méthode la plus sensible, mais M. tuberculosis pousse très lentement.
Les résultats peuvent prendre de 3 à 8 semaines.

 Avantages : Permet la confirmation formelle de l'espèce et, surtout, la réalisation

d'un antibiogramme (test de sensibilité aux différents médicaments antituberculeux).

 Limites : Le délai est long (25)

II.4. Diagnostic Moléculaire

Le diagnostic moléculaire a transformé la lutte contre la tuberculose en offrant une détection
génomique rapide et spécifique, ainsi qu'une identification précoce de la pharmacorésistance.

II.4.1. Principe de la Réaction en Chaîne par Polymérase (PCR)

La PCR est une méthode d'amplification exponentielle in vitro d'une séquence d'ADN cible
comme le gène rpoB pour la résistance et la séquence IS6110 pour la sensibilité de détection.
Elle repose sur la répétition de cycles thermiques (Dénaturation, Hybridation, Élongation)
utilisant des amorces spécifiques et une ADN polymérase thermostable (Taq). Le processus
permet de multiplier la séquence d'intérêt des milliards de fois en quelques heures. Dans la
PCR classique, l'amplicon est visualisé par électrophorèse sur gel à la fin de la réaction.

Dans la PCR en temps réel, l'accumulation de l'ADN est mesurée en direct grâce à l'émission
de fluorescence.

10
Chaque cycle de PCR comporte trois étapes thermiques répétées généralement 30 à 40 fois :

1. Dénaturation (94-98 °C) : La chaleur brise les liaisons hydrogène et sépare l'ADN
double brin en deux brins monocaténaires.

2. Hybridation (50-65 °C) : Les amorces se fixent spécifiquement à leurs séquences

complémentaires sur l'ADN monocaténaire.

3. Élongation (72 °C) : La Taq polymérase synthétise un nouveau brin d'ADN en

partant de l'extrémité 3' des amorces, utilisant les dNTP.

Figure 2: CYCLE DE LA PCR

II.4.2. La PCR Classique et le système Molbio

1. Extraction de l’ADN :

Le système Molbio, notamment la plateforme Trueprep, est utilisé pour l'extraction et la

purification de l'ADN de M. tuberculosis à partir d'échantillons cliniques (crachats, LCR,
etc.).

11
Cette étape est cruciale et vise à isoler l'ADN cible tout en éliminant les inhibiteurs potentiels
de la PCR.

2. Amplification et Détection :

L'ADN purifié est soumis à l'amplification.

Le système TrueLab est une plateforme portable et modulaire qui peut être utilisée pour la
PCR classique. Après l'amplification, la détection des amplicons se fait par un processus
d'hybridation : tests basés sur des micropuces.

Caractéristique : Bien qu'il fournisse un résultat rapidement (comparé à la culture), il

nécessite des manipulations séquentielles dans des zones distinctes pour prévenir la
contamination par les amplicons.

II.4.3. La PCR en temps réel (qPCR) et le système GeneXpert

La PCR en temps réel est une technologie de pointe qui permet la détection et la
quantification de l'ADN simultanément à l'amplification, éliminant les étapes de post-
amplification. Au Centre de Santé de Keur Massar, cette technique est réalisée via le système
GeneXpert, qui est considéré comme la référence des tests moléculaires rapides (TMR).

Le Système GeneXpert/Xpert MTB/RIF :

Principe Opérationnel : Le GeneXpert est une plateforme entièrement automatisée qui

réalise toutes les étapes du diagnostic (lyse, extraction, amplification et détection) dans une
seule cartouche scellée (le système est donc dit "fermée").

Cible : Le test Xpert MTB/RIF cible une séquence spécifique du Complexe Mycobacterium
tuberculosis (MTBC).

12
Détection de Résistance : Le test utilise des sondes moléculaires pour scanner le gène rpoB,
qui est le principal déterminant de la résistance à la Rifampicine (RIF). La détection de
mutations dans cette région permet de classer rapidement un cas comme M. tuberculosis
sensible ou résistant à la RIF, un marqueur de la TB-MR.

Avantages Clés :

Rapidité : Résultat en moins de deux heures.

Simplicité : Minimise la nécessité d'un personnel hautement qualifié pour l'exécution du test.

Système Fermé : Réduit drastiquement le risque de contamination croisée.

Quantification (Ct) : Fournit un Cycle Threshold (Ct) qui permet d'estimer la charge
bactérienne initiale.

DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL

I. PRESENTATION DU LIEU DE STAGE

I.1. Cadre d'étude : Le Centre de Santé de Keur Massar

Le stage s'est déroulé au Centre de Santé de Keur Massar, une structure de référence au sein
du district sanitaire éponyme. Situé dans une zone de forte densité démographique de la
banlieue dakaroise, ce centre joue un rôle pivot dans la mise en œuvre de la politique de santé
publique, particulièrement pour le suivi des maladies infectieuses comme la tuberculose.

13
I.2. Organisation et Activités du Laboratoire

Le laboratoire d'analyses médicales du centre est organisé en plusieurs unités techniques

spécialisées, permettant une prise en charge biologique polyvalente des patients. On y
distingue

L'Unité d'Hématologie : Chargée principalement de la réalisation des Hémogrammes (NFS)

et de l'étude des éléments figurés du sang.

L'Unité de Sérologie et Immunologie : Dédiée au dépistage des maladies infectieuses (VIH,

Hépatites, Syphilis) et au suivi immunologique.

L'Unité de Bactériologie (Pôle Tuberculose) : C'est le cœur de notre étude. Cette unité est
spécialisée dans la recherche et l'identification des mycobactéries. Elle assure :

La Microscopie (BAAR) : Recherche de Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants par la coloration

à l'auramine.

Le diagnostic moléculaire : Grâce à un plateau technique moderne.

II. MATERIEL ET METHODES

II.1. Matériel

II.1.1. Matériel pour la PCR classique (Système Molbio)

Contrairement au système intégré, le flux de travail Molbio repose sur deux unités distinctes
que nous avons utilisées de manière séquentielle.

A. Unité d'Extraction et de Purification : Trueprep AUTO

Appareillage :

Automate Trueprep AUTO Universal Cartridge-based Sample Prep Device : C'est un

appareil compact utilisé pour l'extraction automatisée de l'ADN à partir de l'échantillon de
crachat.

14
Consommables et Réactifs :

Trueprep AUTO MTB Sample Pre-treatment Pack : Réactifs de liquéfaction et de

décontamination.

Trueprep AUTO Universal Cartridge-based Sample Prep Kit : Cartouches d'extraction

contenant les billes magnétiques et les tampons de lavage/élution.

Tubes d'élution : pour la récupération de l'ADN purifié.

B. Unité d'Amplification et de Détection : Truelab micro PCR

Appareillage :

Analyseur Truelab Real-Time micro PCR : Cet appareil assure l'amplification génique et la
détection des signaux de fluorescence.

Imprimante thermique intégrée ou externe : pour l'édition immédiate des rapports de

résultats.

Consommables spécifiques :

Micro-puces (Chips) Truenat MTB : Supports contenant les réactifs de PCR lyophilisés
spécifiques au complexe M. tuberculosis.

Micro-pipettes à volume fixe (fournies avec le kit) pour le transfert précis du lysat d'ADN
(environ 5 µl ou 6 µl selon le protocole) sur la puce.

Embouts de pipettes avec filtre.

II.1.2. Matériel pour la PCR en temps réel (Système GeneXpert)

Le système GeneXpert (Cepheid) est une plateforme intégrée qui automatise l'extraction,
l'amplification et la détection. Le matériel utilisé comprend :

Appareillage de diagnostic :

Automate GeneXpert Dx System : équipé de 4 modules de traitement indépendants.

15
Unité informatique (ordinateur) dotée du logiciel de gestion GeneXpert Dx pour le pilotage
des modules et l'interprétation des courbes de fluorescence.

Lecteur de code-barres pour l'identification des cartouches et des patients.

Consommables et Réactifs spécifiques :

Cartouches Xpert MTB/RIF (ou Ultra) : Cartouches à usage unique contenant tous les
réactifs lyophilisés nécessaires (amorces, sondes, enzymes, contrôles internes).

Sample Reagent (SR) : Solution de prétraitement (soude et alcool isopropylique)

conditionnée en flacons, utilisée pour la liquéfaction et la décontamination des échantillons.

Pipettes de transfert : Pipettes en plastique de 2ml à usage unique (fournies avec le kit) pour
le transfert de l'échantillon traité dans la cartouche.

II.2. Méthodes (Protocoles Opératoires)

Cette section détaille les procédures suivies pour la détection de Mycobacterium tuberculosis
par les deux approches moléculaires.

II.2.1. Protocole de la PCR Classique (Système Molbio : Trueprep et

Truelab)
Cette méthode se déroule en deux étapes distinctes avec un transfert manuel du matériel
génétique.

Etape1 : Le processus d'extraction est une phase critique visant à isoler l'ADN bactérien en
éliminant les inhibiteurs de la PCR. Il se décline comme suit :

1. Liquéfaction et Lyse : L'échantillon de crachat est mélangé au tampon de lyse

spécifique fourni dans le kit Molbio. Ce mélange est mis à incuber pendant 10 minutes
à température ambiante pour assurer une liquéfaction complète de l'échantillon et la
lyse des parois cellulaires.

2. Prétraitement : Un volume de 0,5 ml de la solution liquéfiée est prélevé, puis transféré

dans le tube Trueprep AUTO MTB Sample Pre-treatment Pack. Une nouvelle période
d'incubation de 5 minutes est observée pour finaliser la préparation de l'échantillon.

3. Chargement : L'intégralité du mélange ainsi préparé est transférée avec précaution

dans la cartouche (ou cassette) d'extraction Trueprep.

16
 4. Extraction automatisée : La cartouche est insérée dans l'automate Trueprep AUTO.
L'appareil réalise alors de manière totalement autonome les étapes de lavage et de
purification de l'ADN.

5. Élution : Au terme du cycle (environ 20 minutes), l'ADN purifié et concentré est

récupéré dans un tube d'élution spécifique, prêt pour l'étape d'amplification.

Étape 2 : Amplification et Détection avec le Truelab micro PCR

1. Préparation de la puce : Une micro-puce (chip) Truenat MTB est déballée et placée sur
l'analyseur Truelab.

2. Pipetage précis : À l'aide d'une micropipette de précision, un volume exact

(généralement 6 µl) de l'ADN élué est déposé dans le puits de réaction de la puce puis
transférer vers la puce après 30 secondes.

3. Lancement : Le couvercle de la puce est fermé et le cycle de micro-PCR est lancé.

4. Résultat : L'amplification et la détection se font en temps réel sur la puce. Le résultat

s'affiche sur l'écran du Truelab après environ 60 à 70 minutes. Si le résultat s’avère positif on
relance l’échantillon, après avoir refait tous les préparatifs d’avant l’amplification, avec un
autre puce destiné à connaitre la résistance ou non du [Link] de l’échantillon.

II.2.2. Protocole de la PCR en temps réel intégrée (Système GeneXpert)

La procédure avec le GeneXpert est entièrement automatisée après la phase de préparation de
l'échantillon.

1. Préparation de l'échantillon :

À l'aide d'un flacon gradué, le Sample Reagent (SR) est ajouté à l'échantillon de crachat selon
un ratio de 2:1 (par exemple, 2 ml de réactif pour 1 ml de crachat).

Le mélange est vigoureusement agité (Vortex) et incubé pendant 10 minutes à température

ambiante pour permettre la liquéfaction complète et l'inactivation des bacilles. Une agitation
intermédiaire est effectuée.

2. Chargement de la cartouche :

À l'aide d'une pipette de transfert fournie, environ 2 ml de l'échantillon traité sont prélevés et
introduits dans la chambre de chargement de la cartouche Xpert MTB/RIF.
17
 3. Lancement de l'analyse :

Le code-barres de la cartouche est scanné pour identifier le test. La cartouche est insérée dans
l'un des modules du GeneXpert.

Le cycle automatisé dure environ 71 à 80 minutes. L'appareil réalise successivement la lyse

par ultrasons, l'extraction de l'ADN, l'amplification par PCR et la détection par fluorescence .

II.2.3. Interprétation des résultats

Pour les deux systèmes, les résultats sont classés ainsi :

MTB Détecté : Présence du complexe M. tuberculosis. Pour le GeneXpert, une quantification

semi-quantitative est fournie (Très élevé, Élevé, Moyen, Faible, Très faible).

MTB Non Détecté : Absence de bacilles ou quantité inférieure au seuil de détection.

Résistance à la Rifampicine (RIF) :

 Détectée : Présence d'une mutation sur le gène rpoB.

 Non détectée : Absence de mutation (souche sensible).
 Indéterminée : Signal insuffisant pour se prononcer sur la résistance.

Invalide / Erreur : Échec de la réaction (souvent dû à des inhibiteurs ou à un problème

technique), nécessitant de refaire le test.

II.2.4 Type et période d’étude

Il s'agit d'une étude descriptive transversale. Elle a été réalisée sur une période de trois (03)
mois, correspondant à la durée du stage, allant d’Aout à Novembre 2025.

II.2.5 Population d’étude

La population d'étude est constituée des résidents du département de Keur Massar. L'enquête
a ciblé spécifiquement les habitants des localités suivantes :

 Keur Massar (zones Nord et Sud), Malika, Jaxaay, Boune, Bambilor.

L'étude a porté sur un effectif total de 151 individus répondant aux critères de sélection.

18
 II.2.6 Échantillonnage
Taille de l'échantillon : L'étude a porté sur un échantillon total de 151 individus résidant
dans le département de Keur Massar.

Méthode d'échantillonnage : Nous avons utilisé une méthode non-probabiliste de

convenance. Ce choix se justifie par la nature transversale de l'étude et les contraintes de
temps liées à la période de stage (3 mois).

Répartition géographique : L'échantillon a été recruté de manière à couvrir les différentes

zones cibles : Keur Massar (Nord et Sud), Jaxaay, Malika, Bambilor, Boune.

Critères d'inclusion : Étaient incluses toutes les personnes résidant dans ces localités,
présentes au moment de l'enquête et ayant accepté volontairement de répondre au
questionnaire.

II.2.7. Techniques de laboratoire

Le diagnostic moléculaire de la tuberculose a été réalisé selon deux protocoles de PCR
(Polymerase Chain Reaction) :

1. PCR en temps réel (Système GeneXpert MTB/RIF)

C'est une technique intégrée et automatisée :

Principe : Elle combine l'extraction d'ADN et l'amplification génique dans une cartouche
unique.

Procédure : Après décontamination du crachat par le Sample Reagent, le mélange est

introduit dans la cartouche. Les résultats (détection du bacille et résistance à la Rifampicine)
sont obtenus en moins de 2 heures.

2. PCR classique (Système Molbio)

Contrairement au GeneXpert, le système Molbio décompose le processus en deux étapes
distinctes sur des appareils différents :

Étape 1 : Extraction de l'ADN (Trueprep AUTO) : L'ADN est extrait manuellement ou via
un petit automate à partir de l'échantillon de crachat liquéfié. On obtient de l'ADN purifié.

Étape 2 : Amplification et Détection (Truelab) : L'ADN extrait est déposé sur une puce
(microchip) spécifique. L'appareil Truelab effectue la PCR classique avec une détection par
fluorescence.

19
 II.3. Analyses statistiques
La saisie initiale des données a été réalisée sur le logiciel Microsoft Excel pour constituer la
base de données. Cette base a ensuite été importée et traitée pour l'analyse statistique.

L'ensemble des analyses statistiques a été effectué à l'aide du logiciel R. Elle a permis de
calculer les fréquences et les proportions pour les variables qualitatives (sexe, tranches d'âge,
provenance, résultats PCR).

Le seuil de significativité statistique a été fixé à p < 0,05. Les différences ont été considérées
comme significatives lorsque la probabilité (p-value) était inférieure à cette valeur.

III. RÉSULTATS
III.1. Caractéristiques de la population d’étude
Variable Pourcentage (%)
Age 38,48 ±20,89
Sexe
Masculin 58,67
Feminin 41,33
Localité
Keur Massar 72,67
Malika 14,67
Jaxaay 9,33
Boune 2,67
Bambilor 0,67
TR
Nr=0 0,67
Tr1=2-8ans 4
Tr2=10-19ans 8,67
Tr3=20-29ans 8,67
Tr4=30-39ans 10,67
Tr5=40-49ans 11,33
Tr6=50-59ans 16
Tr7=60-69ans 16,67

20
 Tr8=70-79ans 23,33
RESULTATS
Positif 27,33
Negatif 72,67
Nature
Crachats 97,33
Liquide acide 0,67
Pus 1,33
Selles 0,67
PCR
PCR Classique 25,33
PCR en temps reel 74,67

III.2. Taux de positivité des tests

Pourcentage
Négatif
27% Positif

73%

Figure 3: Répartition globale des résultats de la détection de Mycobacterium tuberculosis au

Centre de Santé de Keur Massar
L'analyse des résultats globaux de la PCR sur notre population d'étude est illustrée par la
Figure 3.

Sur un total de 151 prélèvements analysés, nous avons obtenu un taux de positivité de 27%,
correspondant à 41 cas de tuberculose confirmés. La majorité des échantillons (73%, soit 109
cas) s'est révélée négative à la recherche de Mycobacterium tuberculosis.

21
III.2. Taux de positivité selon les sexes

Figure 4: Taux de positivité de la tuberculose pulmonaire en fonction du sexe des patients.

X-squared = 4.1063, df = 1, p-value = 0.04272

La répartition des résultats biologiques selon le genre met en évidence une disparité entre les
hommes et les femmes (Figure 4).

Nous observons une prévalence plus élevée chez les sujets de sexe masculin, avec un taux de
positivité de 34%, contre seulement 18% chez les sujets de sexe féminin.

L'analyse statistique confirme que cette différence est significative (X-squared = 4.1063, df =
1, p-value = 0.04272). Il existe donc une association statistiquement significative entre le sexe
masculin et la positivité à la tuberculose pulmonaire dans notre population d'étude au Centre
de Santé de Keur Massar.

III.4. Taux de positivité selon les localités

Figure 5 : Répartition du taux de positivité de la tuberculose pulmonaire selon la localité de

provenance des patients.
X-squared = 2.4165, df = 4, p-value = 0.6596
22
La répartition géographique des patients montre des variations apparentes du taux de
positivité selon les localités (Figure 6).

Les taux de positivité les plus élevés ont été observés chez les patients provenant de Malika
(31,8 %) et de Keur Massar (28,4 %), suivis par ceux de Jaxaay (21,4 %). En revanche,
aucun cas positif n'a été détecté parmi les patients venant de Bambilor et de Boune (0 % de
positivité), bien que cela puisse être lié à un faible effectif dans ces zones.

Cependant, l'analyse statistique révèle que ces différences ne sont pas significatives (X-
squared = 2.4165, df = 4, p-value = 0.6596). Ainsi, dans notre échantillon, la provenance
géographique du patient ne semble pas influencer de manière statistiquement significative le
résultat du diagnostic de la tuberculose.

III.5 Taux de positivité selon les tranches d’âge

Figure 6: Taux de positivité de la tuberculose pulmonaire selon les tranches d'âge des
patients.
X-squared = 5.9232, df = 8, p-value = 0.6558

La répartition des cas en fonction de l'âge (Figure 6) montre des taux de positivité variables
selon les groupes.

Le taux de positivité le plus élevé est observé dans la tranche d'âge TR5, avec 43,8 % de cas
positifs, suivie par la tranche TR4 (35,3 %) et la tranche TR2 (33,3 %). Les tranches d'âge
extrêmes ou plus avancées (TR6, TR8) semblent présenter des taux de positivité plus faibles,
autour de 15,4 %. Aucun cas positif n'a été noté dans le groupe non renseigné (NR).

Toutefois, l'analyse statistique indique que ces variations ne sont pas significatives (X-squared
= 5.9232, df = 8, p-value = 0.6558). L'âge ne constitue donc pas un facteur discriminant
statistiquement significatif pour la positivité à la tuberculose dans notre population d'étude.

23
III.6. Taux de positivité selon le type de PCR

Figure 7 : Comparaison des taux de positivité obtenus par PCR Classique et par PCR en
temps réel (GeneXpert).
X-squared = 0.63161, df = 1, p-value = 0.4268

La comparaison des résultats obtenus par les deux méthodes d'amplification (Figure 7) montre
des taux de positivité très proches.

La PCR Classique a permis de détecter 21,1% de cas positifs, tandis que la PCR en temps
réel affiche un taux de positivité de 29,5.

L'analyse statistique confirme cette observation visuelle : la différence entre les deux
techniques n'est pas significative (X-squared = 0.63161, df = 1, p-value = 0.4268). Dans les
conditions de notre étude au Centre de Santé de Keur Massar, les deux méthodes présentent
donc une capacité de détection statistique comparable pour le diagnostic de Mycobacterium
tuberculosis.

IV. DISCUSSION
IV.1. Taux de positivité des tests
Nos résultats montrent une réalité importante : dans notre étude, plus d'un patient sur quatre
(27%) s'est révélé positif à la tuberculose. Concrètement, sur les 151 personnes suspectes
reçues au laboratoire, 41 étaient effectivement malades.

Ce taux de 27 % est relativement élevé, mais il s'explique assez logiquement par deux
facteurs:

24
 1. Le profil des patients : Nous ne sommes pas allés tester la population générale au
hasard. Les personnes que nous avons reçues au Centre de Santé venaient consulter
justement parce qu'elles avaient des symptômes (toux, fièvre, etc.). Il est donc normal
de trouver plus de cas positifs que dans une enquête en pleine rue.

2. Le contexte de Keur Massar : C'est une zone de la banlieue où la densité de

population est forte. On sait que la promiscuité facilite la transmission de la bactérie
d'une personne à l'autre, ce qui maintient la maladie à un niveau élevé dans la zone.

Ce résultat confirme que la tuberculose circule toujours activement dans le district et que la
vigilance doit rester maximale.

VI.2. Taux de positivité selon les sexes

L'un des résultats les plus marquants de notre étude concerne la différence entre les sexes.
Nous avons constaté que les hommes sont nettement plus touchés par la tuberculose que les
femmes. Notre analyse statistique prouve que cet écart n'est pas dû au hasard : il existe un lien
réel et significatif entre le fait d'être un homme et le risque d'être positif.

Ce constat d'une "tuberculose masculine" n'est pas une surprise, il confirme ce que l'on
observe souvent dans la littérature scientifique, aussi bien au Sénégal qu'au niveau mondial.
Généralement, ce phénomène s'explique par deux types de raisons :

1. Les habitudes de vie (Facteurs comportementaux) : Les hommes sont souvent plus
exposés aux facteurs de risque classiques qui fragilisent les poumons, comme le
tabagisme ou la consommation d'alcool.

2. La vie sociale et professionnelle : De par leurs activités, les hommes ont tendance à
avoir une vie sociale plus mobile et des interactions professionnelles plus nombreuses,
ce qui multiplie les occasions de rencontrer le bacille. À l'inverse, les femmes de notre
zone d'étude sont peut-être plus sédentaires ou restent davantage dans le cadre
domestique.

Enfin, certaines études évoquent parfois des facteurs biologiques (hormonaux ou génétiques)
qui rendraient les hommes naturellement plus sensibles au bacille, bien que l'exposition
sociale reste l'explication la plus probable dans notre contexte de banlieue dakaroise.

25
VI.3. Taux de positivité selon les localités
En regardant la provenance de nos patients, on pourrait penser au premier abord que certaines
zones, comme Malika ou Keur Massar, sont des foyers plus actifs que d'autres, puisqu'elles
affichent les taux les plus élevés.

Cependant, notre analyse statistique nuance cette impression : elle montre qu'il n'y a pas de
différence significative entre les localités. En clair, le risque d'être positif à la tuberculose est
globalement le même, que l'on habite à Jaxaay, à Malika ou à Keur Massar.

Ce résultat est très cohérent avec la réalité du terrain. Toutes ces localités appartiennent à la
même zone de banlieue et partagent des conditions de vie très similaires (forte densité, type
d'habitat, promiscuité). Il est donc logique que le bacille circule de manière uniforme dans
l'ensemble de la zone couverte par le Centre de Santé, sans qu'un quartier soit épargné par
rapport à un autre.

Une petite précision s'impose pour les zones de Bambilor et Boune où nous n'avons trouvé
aucun cas positif (0 %). Ce chiffre ne veut pas dire qu'il n'y a pas de tuberculose là-bas, mais
simplement que très peu de patients venant de ces zones éloignées sont venus se faire dépister
chez nous, ce qui ne nous a pas permis de détecter des cas.

VI.4. Taux de positivité selon les tranches d’âge

L'analyse de l'âge de nos patients révèle une tendance très intéressante : la tuberculose semble
frapper prioritairement les adultes dans la force de l'âge.

Même si notre analyse statistique ne conclut pas à une différence significative (ce qui est
probablement dû à la taille réduite de notre échantillon), les chiffres bruts montrent un pic de
positivité très net chez les 40-49 ans (43,8 %), suivis de près par les 30-39 ans (35,3 %).

Cette concentration des cas sur la tranche d'âge 30-49 ans n'est pas anodine. Elle correspond à
la population économiquement active, celle qui travaille, qui se déplace le plus et qui a le plus
d'interactions sociales au quotidien. C'est précisément ce mode de vie "actif" qui expose
davantage ces individus à la contagion, contrairement aux personnes plus âgées ou aux jeunes
enfants qui ont souvent une vie sociale plus restreinte.

Ce constat est important car il souligne le poids socio-économique de la maladie : en touchant

préférentiellement les adultes actifs (souvent chefs de famille), la tuberculose n'affecte pas

26
seulement la santé du patient, mais peut aussi impacter les revenus et la stabilité de tout un
foyer.

VI.5. Taux de positivité selon le type de PCR

L'objectif central de notre mémoire était de comparer deux approches de diagnostic
moléculaire. À première vue, on remarque une légère différence visuelle : la PCR en temps
réel affiche un taux de positivité plus élevé (29,5 %) que la PCR classique (21,1 %).

Cependant, notre analyse statistique nuance cette différence : avec une p-value de 0,42, les
deux techniques sont considérées comme statistiquement équivalentes en termes de
performance diagnostique pure. Cela confirme que la PCR classique reste une méthode fiable
pour le diagnostic de routine.

Néanmoins, l'écart observé en faveur de la PCR en temps réel s'explique par une réalité
technique importante de notre laboratoire. Durant l'étude, la PCR en temps réel a parfois été
utilisée en seconde intention pour analyser des échantillons qui avaient été rejetés ou qui
étaient difficilement exploitables par la PCR classique (problèmes
d'extraction, inhibiteurs, etc.).

Cette stratégie de "rattrapage" met en lumière un avantage majeur de la PCR en temps

réel : sa robustesse. Elle semble capable de valider des prélèvements complexes là où la
méthode classique montre ses limites. Ainsi, au Centre de Santé de Keur Massar, ces deux
techniques ne s'opposent pas mais se complètent : la classique assure le flux standard, tandis
que le temps réel en plus d’assurer le flux standard sécurise le diagnostic pour les cas
difficiles.

CONCLUSION
En résumé, ce travail mené au Centre de Santé de Keur Massar nous a permis de tirer deux
grands enseignements.

D'abord, sur le plan de la maladie, nos chiffres montrent que la tuberculose circule activement
dans la banlieue : plus d'un patient sur quatre testés s'est révélé positif (27 %). Nous avons
aussi constaté que la maladie frappe surtout les hommes et les adultes actifs. C'est logique :
ce sont eux qui se déplacent le plus et ont le plus d'interactions sociales, ce qui augmente leur
risque d'être contaminés.

27
Ensuite, au laboratoire, nous avons vu que les deux techniques utilisées se valent. Même si la
PCR en temps réel est un peu plus sensible et permet de "sauver" des échantillons difficiles,
la PCR classique reste une méthode très fiable pour le travail quotidien.

Pour conclure, il ne faut pas opposer ces deux méthodes. Au contraire, les avoir toutes les
deux à Keur Massar est une vraie chance : cela permet de s'adapter à toutes les situations et de
garantir aux patients un diagnostic sûr et rapide.

28
REFERENCE BIBLIOGRAFIE

1. Manus JM. Avec la Covid-19, la tuberculose est repartie à la hausse dans le monde.
Rev Francoph Lab. janv 2023;2022(548):20-1.

2. FINAL RAPPORT BIENNAL 2022-2023 [Link] [Internet]. [cité 13 déc 2025].

Disponible sur: [Link]
%20BIENNAL%202022-2023%[Link]

3. Bulletin SISS N°[Link] [Internet]. [cité 13 déc 2025]. Disponible sur:

[Link]
%C2%B0%201%20du%20Syst%C3%A8me%20d%E2%80%99Information%20Sanitaire
%[Link]

4. Sow KD, Yanogo P, Ndiaye M, Kane M, Sawadogo B, Otshudiandjeka J, et al. Profil

épidémiologique de la Tuberculose, Sénégal, 2009-2018. Journal of Interventional
Epidemiology and Public Health [Internet]. 16 déc 2021 [cité 13 déc 2025];4(12). Disponible
sur: [Link]

5. Journée mondiale de lutte contre la tuberculose — ENDA Santé [Internet]. [cité 13 déc
2025]. Disponible sur: [Link]
tuberculose/

6. Mycobacterium Tuberculosis - an overview | ScienceDirect Topics [Internet]. [cité 14

déc 2025]. Disponible sur: [Link]
microbiology/mycobacterium-tuberculosis

7. Mycobacterium. In: Wikipédia [Internet]. 2025 [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:
[Link]

8. Mycobactéries - un aperçu | Sujets ScienceDirect [Internet]. [cité 14 déc 2025].

Disponible sur: [Link]
biology/mycobacteria

9. Chiaradia L, Lefebvre C, Parra J, Marcoux J, Burlet-Schiltz O, Etienne G, et al.

Dissecting the mycobacterial cell envelope and defining the composition of the native
mycomembrane. Sci Rep. 9 oct 2017;7(1):12807.

10. Unraveling the Structure of the Mycobacterial Envelope | Microbiology Spectrum

[Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:
[Link]

11. L’enveloppe cellulaire des bacilles tuberculeux - ScienceDirect [Internet]. [cité 14 déc
2025]. Disponible sur:
[Link]

29
12. Brosch R, Marmiesse M, Cole ST. La génomique et le développement de nouvelles
stratégies thérapeutiques et préventives dans la lutte contre la tuberculose. Médecine et
Maladies Infectieuses. 1 mars 2003;33:141-6.

13. Vidéo: Tuberculose pulmonaire II [Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:
[Link]

14. Mohammadnabi N, Shamseddin J, Emadi M, Bodaghi AB, Varseh M, Shariati A, et al.

Mycobacterium tuberculosis: The Mechanism of Pathogenicity, Immune Responses, and
Diagnostic Challenges. J Clin Lab Anal. 26 nov 2024;38(23):e25122.

15. Tuberculosis (TB) [Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:

[Link]

16. APA-Genève (Suisse), AC. APAnews - Agence de Presse Africaine. 2025 [cité 14 déc
2025]. OMS : 10,7 millions de cas de tuberculose en 2024. Disponible sur:
[Link]

17. Tuberculosis - Wikipedia [Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:

[Link]

18. Molecular TB [Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:

[Link]

19. Canada A de la santé publique du. Tuberculose : Symptômes et traitement [Internet].

2023 [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:
[Link]

20. Symptômes, diagnostic et évolution de la tuberculose [Internet]. [cité 14 déc 2025].

Disponible sur: [Link]
evolution

21. [Link]/sites/default/files/2022-02/[Link] [Internet]. [cité 14 déc

2025]. Disponible sur: [Link]

22. C’est quoi un test sanguin de dépistage de la tuberculose ?

23. Testing for Tuberculosis: Blood Test | Tuberculosis (TB) | CDC [Internet]. [cité 14 déc
2025]. Disponible sur: [Link]

24. Mtuberculosis DÀ. HISTOIRE NATURELLE DE LA TUBERCULOSE.

25. Le diagnostic de la tuberculose [Internet]. [cité 14 déc 2025]. Disponible sur:

[Link]

30