COMPTE RENDU

Modélisation Moléculaire

Réalise par :

UNIVERSITE BLIDA 1 Kaidi Rana

FACULTE DES SCIENCES Khaled Fairouz

DEPARTEMENT DE CHIMIE ORGANIQUE Responsable du TP :

CHIMIE PHARMACEUTIQUE Mme Ati F
 SOMMAIRE

TP N° 1 : Z-Matrix………………………………………….………………….01
I. INTRODUCTION……………………………………………………………………..01
II. Représentations géométriques des molécules………………………………….………01
III. La Z-Matrix et son importance………………………………………………….……..02
IV. Objectif du TP…………………………………………………………………………03
V. Réponses aux questions………………………………………………………….…….03

Etudier une molécule pour comprendre le TP2…………………….………..04

TP N° 2 : Calcule de la barrière de rotation………………………...………..07

I. INTRODUCTION…………………………………………………………………….07
II. Partie théorique………………………………………………………………………..07
III. Matériel et logiciels utilisés…………………………………………………………...08
IV. Objectif du TP………………………………………………………………………...08
V. Réponses aux questions……………………………………………………………….09

TP N° 3 : Etude de la structure électronique de la thymoquinone et de la

thymohydroquinone…………………………………………………………...12
I. INTRODUCTION…………………………………………………………………….12
II. Structure chimique et relation quinone / hydroquinone………………………………12
III. Orbitales Frontières : HOMO et LUMO……………………………………………...13
IV. Objectif du TP………………………………………………………………………...14
V. Réponses aux questions……………………………………………………………….14

TP N° 4 : Modélisation de la réactivité chimique par la théorie des orbitales

frontières Régiosélectivité dans la cycloaddition de Diels-Alder………..….20
I. INTRODUCTION……………………………………………………………………20
II. Méthodologie de calcule……………………………………………………………...20
III. Théorie des orbitales frontières (FMO)………………………………………………21
IV. Objectif du TP………………………………………………………………………..22
V. Réponses aux questions……………………………………………………………....22
FACULTE DES SCIENCES UNIVERSITE BLIDA 1

DEPARTEMENT DE CHIMIE ORGANIQUE 2025/2026

M2 CHIMIE PHARMACEUTIQUE

TP N° 1 : Z-Matrix

I. INTRODUCTION :

La description de la géométrie moléculaire constitue une étape essentielle en chimie théorique et

en modélisation moléculaire. Deux types de représentations peuvent être utilisés : les coordonnées
cartésiennes, qui définissent la position de chaque atome dans l’espace à l’aide de trois axes (x, y,
z), et les coordonnées internes, qui décrivent la molécule à partir des longueurs de liaison, des
angles de valence et des angles dièdres.

Parmi les représentations internes, la Z-matrix occupe une place centrale. Elle permet de définir la
structure d’une molécule de manière compacte en spécifiant, pour chaque atome ajouté, la distance
qui le sépare d’un autre atome, l’angle qu’il forme avec un troisième atome et l’angle dièdre par
rapport à un quatrième. Cette méthode est largement utilisée dans les logiciels de chimie
computationnelle, car elle facilite l’optimisation géométrique, la manipulation des structures et la
visualisation des relations internes entre les atomes.

II. Représentations géométriques des molécules :

1. Coordonnées cartésiennes :

Dans les coordonnées cartésiennes, chaque atome est décrit par trois valeurs (𝑥x, 𝑦y, 𝑧z).

Cette représentation présente plusieurs avantages :

 Simplicité de lecture et de visualisation.

 Adaptée aux logiciels de modélisation graphique.
 Directement exploitable pour les calculs énergétiques.

Cependant, elle ne reflète pas explicitement les relations internes entre les atomes. Modifier la
géométrie peut nécessiter de nombreux ajustements simultanés, ce qui peut rendre les optimisations
moins efficaces.

01
 2. Coordonnées internes :

Les coordonnées internes décrivent la molécule à l’aide de paramètres géométriques liés aux
liaisons chimiques :

 Longueur de liaison (bond length) : distance entre deux atomes voisins.

 Angle de valence (bond angle) : angle formé par trois atomes.
 Angle dièdre (torsion) : angle entre deux plans définis par quatre atomes.

Ces paramètres sont directement interprétables chimiquement.

L’un de leurs principaux avantages est la possibilité de contrôler facilement la rotation autour des
liaisons (modélisation conformationnelle).

III. La Z-Matrix et son importance :

La Z-matrix est une manière organisée de présenter les coordonnées internes d’une molécule. Elle
construit la molécule atome par atome selon une logique progressive.

1. Structure d’une Z-matrix :

La construction se fait ainsi :

 Le 1er atome est placé arbitrairement (origine).

 Le 2e atome est défini par une distance au premier.
 Le 3e atome est défini par une distance + un angle.
 À partir du 4e atome, chaque atome est défini par :
- sa distance à un atome précédent,
- l’angle qu’il forme avec un deuxième atome,
- le dièdre par rapport à un troisième atome.

La Z-matrix contient donc :

 la liste des atomes,

 les références atomiques utilisées,
 les valeurs numériques correspondant aux paramètres géométriques.
2. Avantages de la Z-matrix :
 Représentation compacte et structurée.
 Facilite les optimisations géométriques (moins de degrés de liberté).

02
Idéale pour modifier des dièdres et explorer la conformation.
  . Idéale pour modifier des dièdres et explorer la conformation.
 Très utilisée dans les logiciels de chimie quantique tels que Gaussian, ORCA, Gamess,
NWChem.
 Permet d’imposer des contraintes géométriques (fixer un angle ou un dièdre).
3. Limites :
 Moins intuitive pour les molécules très ramifiées.
 Plusieurs choix possibles pour les atomes de référence.
 Peut devenir complexe pour des structures cycliques non triviales.

IV. Objectif du TP :

Dans ce TP, on étudie une molécule dont la géométrie est fournie sous forme de Z-matrix. L’objectif
est de comprendre comment cette représentation permet de reconstruire la structure moléculaire,
d’analyser son organisation spatiale et d’interpréter les liaisons et interactions qui en découlent.

V. Réponses aux questions :

1/ Dessinez la molécule en précisant la numérotation des atomes :

H16

H9 C6 H21
H14 C3 C11

H19 C8 C1 C5
C13 C2 C4 H17

H27 C18 C7 H10

N22 C12 H15

H23 H20

2/ Que représentent R21, A21 et D21 ?

 R21 : c’est la distance entre H21 et C11

 A21 : Angle entre H21_C11_C5
 D21 : Angle dièdre entre H21_C11_C5_C4

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 Etudier une molécule pour comprendre le TP2

Procédure expérimentale (Logiciels ChemDraw, Chem3D et

Gaussian) :

- La molécule est d’abord dessinée dans ChemDraw en utilisant les outils disponibles dans la
barre latérale. Une fois la structure achevée, elle est copiée via le menu Edit → Copy, puis collée
dans Chem3D pour la génération du modèle tridimensionnel.

- Dans Chem3D, une pré-optimisation de la géométrie est réalisée en utilisant la fonction

MOPAC → Minimize Energy. Ensuite, dans le menu Theory, la méthode PM3 est sélectionnée
avant de lancer le calcul par la commande RUN.

- Une fois la molécule optimisée, elle est enregistrée via File → Save As au format PDB, puis
stockée dans le dossier de travail. Le fichier PDB est ensuite ouvert dans Gaussian View 5, où la
structure 3D apparaît automatiquement.

- La définition du dièdre à étudier se fait à l’aide du Redundant Coordinate Editor. Les quatre
atomes formant le dièdre sont sélectionnés, puis l’option Dihedral est choisie. Le scan est
configuré en sélectionnant Scan Coordinate, avec un total de 50 points et un incrément de 5°.

- Le calcul est ensuite paramétré via Calculate → Gaussian Calculation Setup. Dans l’onglet
Method, la méthode semi-empirique PM6 est choisie, puis le calcul est soumis avec la commande
Submit. Le logiciel Gaussian 09W exécute alors le scan du dièdre.

- Une fois le calcul terminé, les résultats sont visualisés à partir du menu Results → Plots. Le
graphique du scan d’énergie totale s’affiche, permettant d’identifier la conformation la plus stable
en observant les minima énergétiques. La molécule optimisée peut également être enregistrée au
format .gjf si nécessaire.

04
05
 La courbe E=f(D)

 L’énergie de la conformation la moins stable : - 0.0267283

 L’énergie de la conformation la plus stable : - 0.0278763
 La barrière de rotation :

E (conformation +stable) - E (Conformation -stable) = -0.0267283 + 0.0278763 = 0.001148

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M2 CHIMIE PHARMACEUTIQUE

TP N° 2 : Calcule de la barrière de rotation

I. INTRODUCTION :

Qu’est-ce qu’une barrière de rotation ?

C’est l’énergie nécessaire pour faire tourner une liaison sigma autour de son axe.

Même si une liaison simple peut théoriquement tourner librement, certaines positions sont plus
stables que d’autres (ex : éclipsée vs décalée). La différence d’énergie entre ces positions s’appelle
la barrière de rotation.

Son importance en chimie :

 Conformation : la rotation crée différentes formes (conformations) d’une molécule.

 Stabilité : certaines conformations sont plus stables (moins d’énergie).
 Réactivité : la conformation influence comment la molécule réagit ou interagit (stéréo-
chimie, encombrement…).

II. Partie théorique :

a) Rotation autour d’une liaison sigma :

Une liaison σ permet en théorie une rotation libre. Cependant, certaines conformations sont plus
stables que d’autres en raison :

o des effets stériques,

o des interactions électroniques,
o de la délocalisation éventuelle (effet mésomère dans les amides).

La différence d’énergie entre la conformation la plus stable et la moins stable s’appelle la barrière de
rotation.

07
b) Angle dièdre :

Un angle dièdre est défini par quatre atomes successifs.

La rotation autour de la liaison C–N dans l’amide modifie cet angle → donc l’énergie.

c) Cas particulier de la liaison amide :

Dans CH₃–CO–NH–CH₃ :

 La liaison C–N présente un caractère partiellement double (mésomérie).

 La rotation est donc fortement limitée, la barrière de rotation est élevée.
 La conformation la plus stable est généralement plane (dièdre ≈ 180° ou 0°).

III. Matériel et logiciels utilisés :

ChemDraw : dessin 2D

Chem3D : génération du modèle 3D

GaussView 5 : préparation du calcul

Gaussian 09W : exécution du calcul (méthode PM6)

IV. Objectif général du TP :

L’objectif général de ce TP est d’étudier la barrière de rotation autour de la liaison C–N de la

molécule CH₃–CO–NH–CH₃ en utilisant des méthodes de chimie computationnelle.

Pour cela, nous construisons la molécule, optimisons sa géométrie avec la méthode semi-empirique
PM6, puis réalisons un scan dièdre afin de analyser la variation de l’énergie en fonction de l’angle
de rotation.

Cette étude permet d’identifier la conformation la plus stable et de déterminer la barrière de

rotation liée au caractère partiellement double de la liaison amide.

08
V. Réponses aux questions :

1/ construction de la molécule :

2/ Optimiser la molécule en utilisant la méthode semi empirique PM6 :

- Après avoir importé ou construit la molécule dans Gaussian View, on procède à

l’optimisation géométrique en utilisant la méthode semi-empirique PM6.
- Pour cela, on ouvre le menu Calculate → Gaussian Calculation Setup.
- Dans l’onglet Method, la méthode Semi-empirical → PM6 est sélectionnée.
- Une fois les paramètres définis (type de calcul : Optimization), le calcul est soumis via
Submit.
- Le logiciel Gaussian 09W réalise alors l’optimisation et génère la géométrie stable
correspondante.

09
3/ Analyse conformationnelle par SCAN (variation d’un ou plusieurs dièdres) :

- Une fois la molécule optimisée, l’analyse conformationnelle est effectuée en utilisant la

fonction Scan de dièdre, qui permet de calculer l’énergie en fonction d’un ou deux angles
dièdres.
- Dans Gaussian View, on ouvre le Redundant Coordinate Editor.
- On sélectionne les quatre atomes définissant le dièdre à étudier, puis on choisit l’option
Dihedral.
- On active ensuite l’option Scan Coordinate, permettant de définir les paramètres du scan
(nombre de points, amplitude, pas angulaire).
- Dans ce TP, un scan de 50 points avec un pas de 5° est sélectionné pour couvrir toute la
rotation autour de la liaison.
- Le calcul est lancé en réouvrant Gaussian Calculation Setup et en choisissant à nouveau la
méthode PM6, cette fois en mode Scan.
- Une fois soumis, Gaussian calcule l’énergie pour chaque valeur du dièdre sélectionné.

4/ Tracé de la courbe E = f(D) :

- À la fin du scan, les résultats sont visualisés dans Gaussian View.

- On ouvre le menu Results → Plots, où l’on sélectionne le graphique associé au scan du
dièdre.
- Gaussian View génère automatiquement la courbe Énergie = f(Dièdre), représentant la
variation de l’énergie totale en fonction de la rotation autour de la liaison étudiée.

Cette courbe permet d’identifier :

 les minima d’énergie → conformations stables,

 les maxima → conformations instables (barrières de rotation).

Elle constitue la base de l’analyse conformationnelle de la molécule.

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5/ Quelle est la valeur de l’angle dièdre correspondant à la conformation la plus stable ?
Pourquoi ?

Dans GaussianView, afficher le graphe E = f(D) et placer le curseur sur le minimum pour lire la
valeur du dièdre (angle) correspondante.

 L’énergie de la conformation la plus stable est : - 0.0656173

 L’énergie de la conformation la moins stable est : - 0.0867584

Pourquoi cette conformation est la plus stable ?

La conformation correspondant au minimum d’énergie minimise les contributions énergétiques

défavorables

6/ Calculer la barrière de rotation :

 La barrière d’énergie : E (conformation + stable) – E (conformation – stable)

 La barrière d’énergie = - 0.0656173 + 0.0867584 = 0.0211411 Hartree

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M2 CHIMIE PHARMACEUTIQUE

TP N° 3 : Etude de la structure électronique de la

thymoquinone et de la thymohydroquinone

I. INTRODUCTION :

L’étude de la structure électronique des molécules bioactives constitue une étape essentielle en
chimie théorique, car elle permet d’établir des relations entre la structure, la réactivité chimique et
l’activité biologique.

La thymoquinone et la thymohydroquinone sont deux composés naturels largement étudiés pour

leurs propriétés pharmacologiques, en particulier pour leurs activités antioxydantes, anti-
inflammatoires et anticancéreuses.

Leur intérêt vient de la présence de fonctions quinone et hydroquinone, connues pour leur rôle clé
dans les processus redox biologiques.

II. Structure chimique et relation quinone / hydroquinone :

La thymoquinone (forme oxydée, notée I) est un dérivé benzoquinone, alors que la

thymohydroquinone (forme réduite, notée II) est un dérivé hydroquinone.

 Thymoquinone (I) : contient deux groupements carbonyles (C=O) caractéristiques des p-

benzoquinones ; possède un système conjugué π étendu, pouvant participer à des processus
de transfert d’électrons.
 Thymohydroquinone (II) : contient deux groupes hydroxyles (–OH) en positions para ;
son système π est moins oxydé et présente un profil électronique différent.

La conversion entre I et II implique un transfert de deux électrons et de deux protons :

Quinone + 2𝑒⁻ + 2𝐻⁺ ⟶ Hydroquinone

Ces transformations sont cruciales pour les propriétés antioxydantes du composé.

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III. Orbitales Frontières : HOMO et LUMO :

L’analyse du HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) et du LUMO (Lowest Unoccupied

Molecular Orbital) fournit des informations essentielles :

 Énergie du HOMO → pouvoir donneur d’électrons

 Énergie du LUMO → capacité d’accepter des électrons
 Différence HOMO – LUMO → stabilité électronique, réactivité.

Thymoquinone : LUMO généralement plus bas → plus apte à accepter des électrons (car molécule
oxydée).

Thymohydroquinone : HOMO plus élevé → meilleure capacité à donner des électrons (composé
réduit, plus riche en électrons).

Cela explique en partie leurs rôles dans les réactions redox biologiques.

- La thymoquinone est une molécule de type quinone, caractérisée par un noyau cyclohexadiénone
comportant deux fonctions carbonyles conjuguées. Ces systèmes sont connus pour leur capacité à
accepter des électrons, ce qui leur confère des propriétés oxydantes, ainsi qu’une activité
biologique marquée.

- La thymohydroquinone, issue de la réduction de la thymoquinone, possède deux groupements

hydroxyles en positions para, ce qui lui confère une structure analogue à celle d’une hydroquinone.
Les hydroquinones sont reconnues pour leurs propriétés antioxydantes, liées à leur capacité à donner
des électrons ou à stabiliser des radicaux libres.

Stabilité relative et énergie totale :

L’énergie totale calculée pour chaque forme permet d’évaluer la stabilité relative :

 La thymohydroquinone (II) est souvent plus stable en milieu réducteur ou en présence

d’agents antioxydants.
 La thymoquinone (I) est plus stable dans des conditions oxydantes.

L’étude énergétique permet ainsi de comprendre l’équilibre redox et l’activité biologique associée

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IV. Objectif du TP :

L’objectif de ce TP est d’étudier la structure électronique de la thymoquinone et de sa forme réduite,

la thymohydroquinone, à l’aide d’outils de chimie computationnelle. Il s’agit d’optimiser la
géométrie des deux molécules, d’analyser leurs orbitales moléculaires (HOMO et LUMO) et
d’évaluer leurs énergies afin de comparer leur stabilité et leur réactivité. Cette étude permet
également de comprendre l’impact du processus d’oxydation–réduction sur la distribution
électronique et sur les propriétés antioxydantes de ces composés. L’ensemble de ce travail contribue
à mieux relier la structure électronique du couple thymoquinone/thymohydroquinone à leurs
activités biologiques potentielles.

V. Réponses aux questions :

1/ construction de la molécule :

Thymoquinone I Thymohyrdoquinone II

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2/ Optimiser la molécule en utilisant la méthode semi empirique PM6 :

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3/ Les différentes conformations stables et instables des deux structures :

Thymoquinone I :

La conformation la plus stable

 L’énergie de la conformation la plus stable est : - 0.0923947

 L’énergie de la conformation la moins stable est : - 0.0882839

Thymohyrdoquinone II :

La conformation la plus stable

 L’énergie de la conformation la plus stable est : - 0.145787

 L’énergie de la conformation la moins stable est : - 0.138125

4/ les différents minima et maxima :

Molécules Minima Emin Maxima Emax

(conformation + stable) (conformation - stable)
Thymoquinone I - 0.0923947 - 0.0882839

Thymohyrdoquinone II - 0.145787 - 0.138125

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5/ La barrière énergétique de rotation pour chaque forme :

La barrière d’énergie : | E (conformation + stable) – E (conformation – stable) |

 Thymoquinone | I :

La barrière d’énergie : | - 0.0923947 + 0.0882839 | = 0.0041108 Hartree

 Thymohyrdoquinone II :

La barrière d’énergie : | - 0.145787 + 0.138125 | = 0.007662 Hartree

(Conversion utilisée : 1 Hartree ≈ 2625.50 kJ·mol⁻¹ ≈ 627.51 kcal·mol⁻¹.)

6/ Quelle est la forme la plus stable ?

Comparer les énergies minima :

I. E_min ≈ − 0.0923947 Hartree

II. E_min ≈ − 0.145787 Hartree

La valeur plus négative = énergie plus basse = plus stable → Thymohydroquinone II est la plus
stable.

7/ Quelle est la forme la plus polaire ?

La thymohydroquinone (II) (deux groupes –OH) est plus polaire que la thymoquinone (I).

 Donc II est la plus polaire.

8/ Les orbitales moléculaires de :

 La Thymoquinone (forme oxydée)

E(LUMO)=-0.06540ev

E(HOMO)=-0.37788ev

Le gap d’énergie :

Egap=E (LUMO)-E (HOMO) =-0.06540-(-0.37788)

Egap=0.31248ev

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 La thymohydroquinone (forme réduite)

E (LUMO) =0.00347ev

E (HOMO) =-0.30634ev

Le gap d’énergie :

Egap=E (LUMO)-E (HOMO) = 0.00347-(-0.30643)

Egap=0.30981ev

9/ Les charges sur chaque atome des deux structures :

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10/ les propriétés antioxydantes de Nigella sativa sont principalement attribuées à la
thymohydroquinone car cette molécule possède deux groupes phénoliques OH capables de donner
des atomes d’hydrogène pour neutraliser les radicaux libres. Après donation le radical formé est
stabilisé par résonance sur le noyau aromatique, ce qui favorise l’activité antioxydante mais la
thermoquinone est plus électrophile et moins apte à piéger directement les radicaux libres.

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TP N° 4 : Modélisation de la réactivité chimique par la

théorie des orbitales frontières

Régiosélectivité dans la cycloaddition de Diels-Alder

I. INTRODUCTION :

La réaction de Diels–Alder est une cycloaddition [4+2] entre un diène et un diénophile, permettant
la formation d’un cycle à six chaînons.

C’est une réaction concertée et stéréospécifique, très utilisée en synthèse organique.

La régiosélectivité (quel isomère se forme majoritairement) dépend principalement de la distribution

électronique des deux réactifs.

Dans ce TP, cette régiosélectivité est étudiée par modélisation moléculaire à l’aide de la théorie des
orbitales frontières (Frontier Molecular Orbital — FMO) et de calculs semi-empiriques PM3.

II. Méthodologie de calcul :

Les calculs ont été réalisés selon les étapes suivantes :

1. Optimisation de la géométrie des réactifs (diène et diénophile) par la méthode PM3.

2. Calcul des paramètres électroniques : charges atomiques,- moment dipolaire,- énergies et
représentations des orbitales frontières (HOMO et LUMO).
3. Optimisation de la géométrie des deux produits possibles (I et II).
4. Calcul des chaleurs de formation (ΔHf) des produits afin de comparer leur stabilité.
5. Protonation du diénophile (modélisation de l’effet d’un acide de Lewis H⁺), suivie de
l’analyse comparative des orbitales frontières du diénophile neutre et protoné.

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III. Théorie des orbitales frontières (FMO) :

Selon la théorie FMO de Fukui :

La réactivité est dominée par l’interaction entre les orbitales les plus externes :

 HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) du donneur d’électrons

 LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital) de l’accepteur d’électrons

Dans une réaction de Diels–Alder classique (demande électronique normale) :

 Interaction principale : HOMO (diene) ↔ LUMO (dienophile)

Concepts FMO importants :

L’intensité de l’interaction dépend de :

 la proximité énergétique HOMO–LUMO

 le recouvrement orbitalaire
 les coefficients atomiques des orbitales sur les atomes réactifs

Le motif régio favorisé est celui qui maximise le recouvrement constructif des orbitales sur les deux
nouvelles liaisons C–C.

Diénophile neutre vs diénophile protoné :

La protonation du diénophile par H⁺ simule l’effet d’un acide de Lewis. Les calculs PM3 montrent
que cette protonation entraîne :

 Une diminution significative de l’énergie du LUMO du diénophile ;

 Une augmentation de la polarisation de la double liaison activée.

Conséquences sur la réactivité et la régiosélectivité :

L’abaissement du LUMO du diénophile protoné réduit l’écart énergétique HOMO–LUMO entre

les deux réactifs, ce qui :

 Augmente la vitesse de la réaction de Diels–Alder ;

 Renforce la régiosélectivité en favorisant encore davantage la formation du régioisomère I.

Ainsi, l’effet catalytique des acides de Lewis peut être interprété de manière cohérente à partir

de la théorie des orbitales frontières.

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IV. Objectif du TP :
 L’étudier la régiosélectivité d’une réaction de Diels–Alder à l’aide de la théorie des
orbitales frontières.
 D’utiliser des calculs semi‑empiriques PM3 pour déterminer les paramètres géométriques
et électroniques des réactifs et des produits.
 De prédire le stéréoisomère majoritaire (I ou II) à partir de l’analyse des orbitales frontières
 De comparer la stabilité relative des produits par l’étude des chaleurs de formation.
 D’examiner l’effet d’un acide de Lewis (H⁺) sur la réactivité et la régiosélectivité de la
réaction.

V. Réponses aux questions :

Partie 1 – Méthodologie de calcul et analyse FMO

Procédure de calcul :

- La géométrie du 1-méthylcyclopenta-1,3-diène (molécule 1) a d’abord été dessinée à l’aide du

logiciel ChemDraw. La structure obtenue a ensuite été copiée et collée dans Chem3D, où une
optimisation géométrique initiale a été réalisée à l’aide du module MOPAC par minimisation
d’énergie. Le niveau de théorie semi-empirique PM3 a été sélectionné.

- Après optimisation, la molécule a été sauvegardée au format PDB, puis ouverte dans Gaussian
View 05. Un calcul Gaussian a été lancé via Calculate → Gaussian Calculation Setup. Le niveau
de calcul Semi-Empirical (PM3) a été choisi et le mot-clé POP=REG a été ajouté dans la section
Additional Keywords afin d’obtenir l’analyse des orbitales moléculaires. Le calcul a été soumis et
enregistré sous forme de fichier .gjf.

- Une fois le calcul terminé, les orbitales moléculaires ont été visualisées à l’aide de Edit →
Molecular Orbitals, permettant l’identification des orbitales frontières HOMO et LUMO et
l’extraction de leurs énergies.

- La même procédure a été appliquée au diénophile CH₂=CH–CN (molécule 2).

22
23
Les énergies obtenues sont :

Molécule 1 (1-méthylcyclopenta-1,3-diène)

 HOMO₁ = – 0,32301 / LUMO₁ = 0,02603

Molécule 2 (CH₂=CH–CN)

 HOMO₂ = –0,41321 / LUMO₂ = –0,01409

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Analyse des orbitales frontières et prédiction des stéréoisomères :

La régiosélectivité de la réaction de Diels–Alder a été analysée à partir des interactions entre les
orbitales frontières. Deux écarts énergétiques ont été calculés :

ΔE1 = E (HOMO1) – E (LUMO2)

ΔE2 = E (HOMO2) – E (LUMO1)

En utilisant les valeurs obtenues :

ΔE1 = (−0,32301) − (−0,01409) = −0,30892 ≈ β

ΔE2 = (−0,41321) − (0,02603) = −0,43924 ≈ 2β

Comme ΔE₁ < ΔE₂, Donc le nucleophile c’est la molecule 1 car elle réagit avec la HOMO et
l’électrophile c’est la molécule 2 car elle réagit avec la LUMO

Les coefficients de la molécule 1 sont :

25
Les coefficients de la molécule 2 sont :

 D’après l’analyse des orbitales frontières, le produit I est prédit comme étant le produit
majoritaire, car il présente : Un meilleur recouvrement orbitalaire et une interaction
HOMO-LUMO plus stabilisante

Comparaison des chaleurs de formation :

Produit I : ΔHf plus faible

Produit Ⅱ : ΔHf plus élevée

 Une chaleur de formation plus faible indique une grande stabilité thermodynamique
 Ce résultat est en accord avec la prédiction basée sur l’analyse des orbitales frontières et
des indices de réactivité.

Partie 2 – Effet d’un acide de Lewis (H⁺)

Étude du diénophile protoné :

Afin d’étudier l’effet d’un acide de Lewis, un proton (H⁺) a été ajouté à l’atome d’azote du
groupement nitrile du diénophile CH₂=CH–CN. La même procédure de calcul a été suivie que

pour le diénophile neutre. 26

La seule modification apportée concerne la charge totale, qui a été fixée à +1 dans Gaussian
Calculation Setup sous Gaussian View 05. La méthode PM3 et le mot-clé POP=REG ont été
conservés.

27
Comparaison des orbitales frontières du diénophile neutre et protoné :

Les énergies des orbitales frontières du diénophile protoné sont :

Molécule 2 protonée (CH₂=CH–CNH⁺)

 HOMO₂ = – 0,60475 / LUMO₂ = – 0,22523

La protonation entraîne une forte diminution de l’énergie du LUMO :

 LUMO (neutre) = – 0,01409

 LUMO (protoné) = – 0,22523

Influence de l’acide de Lewis sur la réactivité et la régiosélectivité :

L’abaissement important de l’énergie du LUMO du diénophile protoné réduit l’écart énergétique

entre le HOMO du diène et le LUMO du diénophile, ce qui renforce l’interaction orbitale. Cette
interaction plus efficace conduit à :

 Une augmentation de la vitesse de réaction.

 Une amélioration de la régiosélectivité, favorisant davantage la formation du produit I.
28