Graphisme moléculaire ;
D’après l’encyclopédie Wikipedia, « une molécule est un
assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux
atomes, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus
petite quantité de matière possédant les propriétés
caractéristiques de la substance considérée ».
Il existe un grand nombre de représentations moléculaires. …
La représentation tridimensionnelle des molécules sur un écran
d’ordinateur ou infographie moléculaire permet de représenter
l’image dans l’espace d’un modèle moléculaire
La visualisation des molécules permet de mieux
comprendre des phénomènes qui ne sont pas
directement observables expérimentalement.
Modèles mathématiques permettant le calcul de
l’énergie à partir des coordonnées
Mécanique moléculaire
La mécanique moléculaire est apparue en 1930, elle
s'est développée à partir des années 60. Elle permet de
déterminer la géométrie et de calculer l'énergie d'une
molécule, en utilisant les principes de la mécanique
classique.
Les atomes dans la mécanique moléculaires sont
représentés par des masses ou par des sphères, et les
liaisons par des ressorts aux différentes forces.
Cette technique calcule l'énergie des atomes (et non plus des
électrons) au moyen d'approximations semi-classiques. La
simplication considérable des calculs qui en résulte permet de
travailler sur des molécules de grande taille, telles que les
macromolécules biologiques, ou sur des systèmes comportant un
grand nombre de molécules.
Les calculs en mécanique moléculaire sont basés sur deux
approximations, la première est l'approximation de Born —
Oppenheimer, selon laquelle les électrons sont plus rapides que
les noyaux et c'est la raison pour laquelle, ils sont ignorés dans
les calculs. La deuxième approximation où l'énergie du système
est déterminée uniquement comme fonction des positions des
noyaux.
L'approximation de Born-Oppenheimer
Elle permet de découpler le mouvement des électrons et des
noyaux.
En raison de leur masse beaucoup plus élevée les noyaux peuvent
être considérés comme fixes par rapport aux électrons.
On distingue alors :
La Mécanique Moléculaire (mouvement des noyaux)
L'étude du mouvement des noyaux (Mécanique Moléculaire)
ne prend pas en compte celui des électrons.
La Chimie Quantique (mouvement des électrons)
Champ de force
La fonction d'énergie d'un champ de force décrit les interactions
inter et intramoléculaire entre les atomes liés ou non liés. Cette
énergie d'interaction dépend seulement des positions des atomes et
ne possède aucun sens physique dans l'absolu.
Vpotential = Vbonds + Vangles
Termes du champ de forces
termes liés + Vtorsion
+ Vnon-bonded
termes non liés
Van der Waals electrostatic
Il faut souligner qu'un grand nombre de champ de forces existe
en fonction des molécules traitées (protéines, lipides, acides
nucléiques, légands, métaux, . . .etc.). Les plus répandus sont :
-des petites molécules (MM+, MM2, MM3, esff),
-des protéines (AMBER ((Assisted Model Building and
Energy Refinement) - widely used for proteins and DNA ),
CHARMM, ...),
il existe également des champs de force dits universels qui sont
censés représenter tous les types de système (UFF, Dreiding).
Surface d’énergie potentielle
Une surface d'énergie potentielle est généralement utilisée
dans l'approximation de Born-Oppenheimer en mécanique
quantique et mécanique statistique afin de modéliser les
réactions chimiques et les interactions dans des systèmes
chimiques et physiques simples.
Approximation de Born-Oppenheimer
Les molécules vibrent, tournent sur elle même et se déplacent. Mais
les électrons se déplacent beaucoup plus rapidement que les noyaux,
au point qu’on peut négliger le mouvement des noyaux par rapport à
celui des électrons. C’est l’approximation de Born-Oppenheimer,
ou "à noyaux fixes" : le mouvement des électrons est découplé de
celui des noyaux, et à une géométrie donnée, définie par la position
de chaque noyau, nous pouvons évaluer l’énergie d’une molécule en
résolvant l’équation de Schrödinger pour les électrons (ou une
approximation de cette équation). Les noyaux sont fixes. Dans ce cas
l’énergie cinétique des noyaux (TˆN ) est négligée.
L’hamiltonien devient alors :
Exemple
L'énergie potentielle d'une molécule est la résultante des interactions
entre les atomes qui la composent. Par ailleurs, cette interaction étant une
fonction de la distance entre ces atomes, il parait alors naturel que
l'énergie potentielle d'une molécule dépend de sa géométrie.
Minimisation
Le principe est de déplacer les
atomes afin d'obtenir la
conformation la plus stable
possible (qui possède une
énergie plus basse que le point
de départ).
La minimisation va déplacer les
atomes afin de diminuer au fur et
à mesure l'énergie de la molécule
jusqu'à obtenir une énergie
minimale.
Le minimum global est le point le plus bas de la surface d'énergie
potentielle. Il est généralement unique et correspond à la
géométrie la plus rencontrée statistiquement par le système
moléculaire. Toutefois, la surface peut posséder plusieurs
minimums dits « locaux » qui peuvent correspondent à des
conformations stables de la molécule.
Les points caractéristiques d'une surface
Lors du passage d'un état
d'énergie minimale à un
autre, le système va passer
par des états transitoires pour
lesquels l'énergie potentielle
n'est plus dans un minimum.
Le maximum d'énergie qui
connecte ces états est appelé
«état de transition».
Ces points correspondent à
des structures à l'équilibre et
sont appelées « points
stationnaires ». Autrement
dit, ces structures possèdent
des forces nulles sur leurs
atomes.
Pour étudier plus précisément la notion de chemin
réactionnel et d'état de transition, nous construirons la
surface d'énergie potentielle dans le cas le plus simple où
un atome d'hydrogène vient réagir avec une molécule de
dihydrogène pour remplacer un de ces atomes.
Pour pouvoir distinguer les trois atomes participant à la
réaction, nous les indicerons par les lettres A, B, C.
La réaction considérée s'écrit :
HA+HB-HC HA-HB+HC
Ou encore plus simplement, pour alléger la notation :
A+BC AB+C
[Link]
_ch05/co/apprendre_ch5_08.html
Dans la surface d'énergie potentielle les deux modes de vibration
Lorsque l'amplitude de cette vibration augmente, elle conduit à la
rupture de l'état de transition et à la formation des produits de réaction
ou des réactifs selon que l'élongation positive concerne la
liaison BC ou AB.
C'est donc la vibration antisymétrique qui permet le passage par l'état de
transition.