Modélisation des matériaux II
Cours
-Introduction à la nécessité de modéliser ou de simuler en chimie des
matériaux,
-Exploitation des données, Présentation des résultats,
-Graphisme moléculaire ; Mécanique moléculaire, le champ de force ;
Surface d’énergie potentielle ;
-Applications : des molécules simples aux macromolécules, les
macromolécules conjuguées.
-Modélisation et Simulation Monté Carlo,
-Modélisation et Simulation multi-échelles,
-Modélisation et Simulation dynamique moléculaire.
Dr. Hanane DJOUAMA
Laboratoire de Chimie Appliquée-LCA
Courriel : [Link]@[Link]
2024/2025
Exploitation des données
Présentation des résultats
Structure d’un fichier de données Gaussian
(input) .gif
Un fichier de donnés pour Gaussian est composé de 3 blocs. Chaque bloc est
suivi, obligatoirement, par une ligne blanche.
Dans le premier bloc, ligne doit commencer par 2 caractères : soit # et un
espace soit #P, on définit la méthode utilisée pour calculer l’énergie( Hartree-
Fock, DFT, ...), la base (qui est forcement une base de Gaussiennes), le type de
calcul (optimisation,… ), les propriétés à calculer ( fréquences, ....).
Le 2ème bloc est un titre.
Dans le 3ème bloc on définit la charge et la multiplicité de spin.
Premier contact avec Gaussian
Exemple: H2O
Bases atomiques
Types de bases
Il existe deux types importants de bases d’orbitales atomiques qui
possèdent leurs avantages respectifs :
– Les orbitales de type Slater (Slater-type orbitals, STO)
– Les orbitales de type gaussienne (Gaussian-type orbitals, GTO)
Nomenclature de bases usuelles
Outre la base minimale STO-3G, un jeu de bases très utilisé est symbolisé par
n-n’n’’...(++)G(**)
n désigne le nombre de gaussiennes
de la couche interne.
n’n’’... indiquent le nombre de gaussiennes
utilisée dans chaque couche de valence.
++ (facultatif) désigne un (+)
ou deux (++) ensembles de diffuses
** (facultatif) désigne pour la première * des fonctions d sur les atomes de la
deuxième période
et des fonction p sur H.
Une notation équivalente est (...)G(d,p).
Par exemple, la base très utilisée
6-31G** comporte, pour le carbone, 6 gaussiennes pour l’orbitale 1s, un
double ensemble de valence, 2s 2p décrit par 3 gaussiennes et 2s’ 2p’ décrit
par 1 gaussienne, avec des orbitales de polarisation d (p sur les hydrogènes).
Ce code est reconnu par le programme GAUSSIAN.
Multiplicité de spin
La multiplicité de spin en mécanique quantique est une propriété fondamentale liée aux
états électroniques des atomes et des molécules. Cette multiplicité est déterminée par
le spin des électrons et est donnée par la formule 2S+1, où S représente le spin total de
l'état électronique.
Exemple d'un atome possédant 2 électrons :
Etat fondamental
Spin = ½ - ½ = 0
Multiplicité de spin 2S+1 = 2 x 0+ 1 = 1 état singulet
Etats excités
Cas 1 : Spin = ½ - ½ = 0
Multiplicité de spin 2S+1 = 2 x 0 + 1 = 1 état singulet
Cas 2: Spin = ½ +½ = 1
Multiplicité de spin 2S+1 = 2 x 1 + 1 = 3 état triplet
Exemple de l'atome d'hydrogène (H) : L'hydrogène possède un seul électron. Dans
son état fondamental, l'électron est dans l'orbitale 1s et a un spin s=1/2. Le spin total S
est donc 1/2, et la multiplicité de spin est 2×1/2+1=2. L'hydrogène a donc une
multiplicité doublet.
Les atomes sont définis par leur symbole chimique ou leur
numéro atomique. La géométrie peut être donnée en coordonnées
cartésiennes, ou, comme c’est le cas ici, en coordonnées internes
(appelée aussi matrice Z). Chaque atome est défini par rapport à
3 atomes précédents par une distance r, un angle a et un dièdre d.
Présentation des résultats
Fichier de résultat : (Output) .log
analyse et signification des grandeurs calculées
Exemple Dans le fichier de résultats, la géométrie
optimisée apparaît sous la forme:
Présentation des résultats
Gauss View et Chemoffice Ultra
GaussView est une interface graphique complète pour rendre
l'utilisation de Gaussian et visualiser les résultats.
Avec GaussView on peut:
- Construction de molécules par atomes, cycle, groupe et acide
aminé.
- Importation de molécules d'autres sources, en les ouvrants tout
simplement.
- Vous pouvez également ajouter automatiquement des
hydrogènes aux structures provenant de fichiers PDB, avec une
excellente fiabilité.
- Rotation en 3 dimensions même pour de très grosses molécules