30/09/2025

Mastère de recherche
Introduction à la spectrométrie de masse

OUESLATI Fethi
Maître assistant FST

I- PRINCIPE ET DÉFINITION DE LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE

La spectrométrie de masse est une technique spectroscopique qui mesure avec
précision la masse individuelle des composés organiques et des atomes est ceci en les
transforment en ions chargés en phase gazeuse (ionisation).

En fonction du mode d’ionisation et de l’énergie transférée au cours de ses

processus en phase gazeuse, les composés étudiés génèrent des entités chargées
qui constituent le spectre de masse.

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Ainsi, Spectre de masse :

L’enregistrement de l’intensité du courant ionique générée par les espèces

chargées formées, en fonction du rapport masse/ charge est appelé un spectre
de masse.

 Unités de masse :

L’unité de masse atomique (uma) est égale à 1/12 de la masse de l’isotope 12 du

carbone, soit :

1 uma = 10-3 [Link] -1 = 1,66055665.10 -27Kg

N
Le dalton est la masse de l’hydrogène :

1 dalton = 1,007 uma

Les ions produits à partir de l’échantillon à analyser sont enregistrés sous forme
d’une série de pics :
 Abscisse : m/z de l’ion

 Ordonnée : abondance de l’ion par rapport à l’ensemble des ions produits.

Mécanisme
d’ionisation
Intensité relative

120
43 138 M+.
Aspirine (M+H)+
92 180
(M-H)-
(M+Cat)+
Rapportes masse-sur-charge (m/z)
Un spectre de masse est un enregistrement unique de tous les événements ou réactions
(ionisation, réactions de fragmentation unimoléculaire et/ou biomoléculaires)
susceptibles de se produire en phase gazeuse dans la chambre ou source d’ionisation.

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II- BUT DE LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE

Cette technique permet

 Détermination de la masse molaire

 Corréler le spectre d’un composé avec sa structure: Analyses structurales

 Identifier les impuretés et produits de dégradation et métabolites

 Identification et déterminer des structures de molécules complexes telles que
les protéines, notamment par la spectrométrie de masse en tandem.
 Analyses quantitatives :
Le Couplage aux techniques séparatives augmente les performances de cette
dernière
Limites de détection < nanogramme (parfois < picogramme)

III- CONSTITUANTS D’UN SPECTROMÈTRE DE MASSE

collecteur d’ions ou détecteur :

 détecte ions sortants et les
exprime en fonction de leur
 abondance relative

source : lieu
d'ionisation des
molécules et
fragmentation
des ions analyseur : sépare
les ions en fonction
 de m/z


Un vide poussé est entreprit au niveau des éléments 2, 4 et 4.

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Chapitre I
Sources et modes d’ionisations

L’ionisation de l’échantillon est une étape fondamentale, a tel point que la désignation
des techniques de spectrométrie de masse est associée au mode d’ionisation utilisé

I- Rôle de la source d’ions

Il existe de nombreux types de sources d’ions et chacun de ces types de sources
repose sur un principe physique différent.
Le principe physique qui permet de volatiliser et d’ioniser un type de composé est
choisi par l’opérateur en fonction des caractéristiques de la molécule à analyser.
Les étapes de volatilisation et d’ionisation se font successivement ou
simultanément selon le type de Source.
II- Principaux critères de choix d’une source d’ionisation
• la volatilité et la stabilité thermique du composé à analyser

• les fonctions chimiques présentes et leur aptitude à induire une ionisation

• PM des molécules

• les quantités de produit disponibles

• le type d’introduction souhaitée (directe ou en couplage chromatographique)

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III- Mécanismes de l’ionisation

 Capture /éjection d’un électron (NCI, EI)

 Protonation /déprotonation, (CI, ESI, FI, FD)

 Addition électrophile/nucléophile (Formation d’adduits), (Ionisation douce ESI,

APCI)

 Transfert de chargée (LD, FAB, MALDI).

IV- Sources d’ionisation

Différentes sources existent pour s’adapter aux états physiques de prélèvements et
aux modes d’ionisation appropriés
 Ionisation EI (Electronical Ionization) dure
gazeuse
Phase

 Ionisation CI (Chemical Ionisation)

 FI et FD assez douce
 Ionisation FAB (Fast Atom Bombardment)
condensée

 Ionisation LD (Laser Desorption)

Phase

 Ionisation ESI (electrospray)

 Ionisation APPI, APCI douce

Ionisation MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation)
Ionisations dures: Les « ionisations dures » génèrent des ions moléculaires, à nombre impair
d’électrons, qui se fragmentent beaucoup et parfois même totalement avant d’avoir eu le temps
de sortir de la source.
Ionisations douces ou indirectes Les « ionisations douces » génèrent des ions moléculaires à

nombre pair d’électrons, qui sont relativement stables et qui ont des durées de vie

suffisantes pour traverser l’analyseur, arriver jusqu’au détecteur, et donc être mesurés.

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IV-1- Ionisation en phase gazeuse

1-1-Ionisation électronique IE

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IV-1-1-a- Principe de l’ionisation électronique (EI)

L’ionisation électronique consiste à introduire les molécules d’analyte M dans une
chambre, ou règne un vide poussé de 10-6 torr, au niveau de la quelle des électrons
sont produits par chauffage d’un filament métallique, accélérés par une ddp de 70eV.
A l’encontre du flux électrons, une distorsion du nuage électronique au sein des
molécules de solutés se produise
1 Torr ou mmHg 133,32 Pa

 Si l’énergie transférée est supérieure au potentiel d’ionisation de la molécule,

l’interaction avec le faisceau d’électron conduit à l’arrachement d’un électron de
valence pour donner un ion moléculaire positif.
M + 1e-  M+• + 2e- 12

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D’un autre côté, une molécule neutre à nombre appariés d’électron après ionisation
conduit à un radical. M + 1e-  M+• + 2e-

M + 1e- M+. + 2e-

La notation M+. signifie qu’il s'agit de l'ion moléculaire ou de radical cation et que la
notation + • adjacente à la structure d’une molécule indique que la molécule est
déficiente en électron sans désigner le site de la charge. On peut également observer,
mais en plus faible proportion, des ions porteurs de deux charges positives.

IV-1-1-b-Types d’ion en EI
a) Ion moléculaire M+•
♦ Ion produit par perte d’un électron de la molécule introduite dans le spectromètre
de masse.
♦ Ion à nombre IMPAIR d’e-, de masse égale à celle de la substance neutre
 La masse moléculaire est
déduite de la valeur m/z du
pic moléculaire sur le
spectre.
M + 1e- M+ + 2e- - Celui-ci correspond à un
.
ion qui contient tous les
Intensité relative

atomes de la molécule
étudiée, sans qu’il y ait
rupture d’une liaison.
- La masse moléculaire
correspond donc à la
composition élémentaire
(formule brute) de l’ion
Rapportes masse-sur-charge (m/z) moléculaire.

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Indépendamment de l'endroit où l'électron a formellement été éjecté, l’interaction

avec le faisceau d’électron génère des ions moléculaires avec une énergie supérieur
au potentiel d’ionisation.

( )⃰
Ea
15 eV

- Pour la simple raison que les molécules

organiques ont des 7 < EI< 12eV, on conclue que
l'ionisation électronique conduit à la formation
d'ions (M+•)* avec des quantités d'énergie
d'excitation électronique et de vibration plus
importantes que celle de l'état fondamental de
l'ion moléculaire M+•
Cet excèdent d’énergie est emmagasiné sous forme d’énergie interne qui se
repartissent sur l’ensemble des niveaux d’excitation électronique et de vibration.

Plus l'énergie du faisceau d'électrons incident augmente, plus l’énergie interne devient
plus importante. Lorsque cette dernière dépasse l’énergie de la liaison, une fragmentation
se produise

Spectres de masse de l’acide benzoïque (masse molaire de 122) obtenus

par IE enregistrés aux énergies de 70, 30, 20, 15, 12 et 10 eV.
b) Ions fragments, Ion produit par la perte d’un ou plusieurs substituant de l’ion
moléculaire.

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Dans un premier temps, l’accroissement de de l'énergie du faisceau d'électrons

incident induit une augmentation de l’abondance des ions moléculaire M+•

I (M+•) représente le courant d’ions, I0(e–) le

courant d’électrons,  la section efficace
d’ionisation, n le nombre de molécules par
unité de volume et l la longueur du trajet
d’interaction entre les électrons et les
molécules M.

Généralement, les fragments observés sur un spectre de masse résultent

 Ruptures simples (RS) : le radical cation se dissocie en un neutre radical et
un ion à nombre pair d’électron.

M+• m1+ + n•

 Réarrangements (R) : le cation radical se dissocie en un neutre et un ion à

nombre impair d’électron

M+• m1 +• + n
Les ions fragments ainsi formés peuvent a leur tour renfermés une énergie interne
suffisante pour se fragmenter davantage et/ou un réarrangement de la structure
moléculaire peut se produire à tout moment.
Il en résulte que, les réactions conduisant à la formation d'un spectre de masse sont
donc une série de réactions de dissociation unimoléculaire compétitives et consécutives
provenant de l'ion moléculaire ou/et ions fragments.
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analysé à basse résolution, un pic peut correspondre à plusieurs ions isobares

Attention : (ions ayant la même masse nominale mais des formules brutes différentes).

Leur différenciation requiert une haute résolution.

c) Pic de base (le pic plus haut – 100% intensité)
Pic le plus intense du spectre. Les intensités des autres pics sont exprimées par
rapport à lui.

120 138
Intensité relative

43
Aspirine
92 180

Rapportes masse-sur-charge (m/z)

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d) Le pic d’ion métastable

 Conditions normales :
Ion moléculaire (ou fragment) formé dans la source est suffisamment stable
pour atteindre le détecteur.

pic sur la spectre

 Si durée de vie < qq μs ion métastable

Ion métastable : se décompose

en partie sur le trajet

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 Si la décomposition de AB+. (de masse m1) a lieu entre source et analyseur

 Ion A+ (masse m2) donne une trace sur le spectre à une masse apparente m* :
m* = m22/m1
m* ≠ masse réélle
 Une transition métastable  3 pics
- 2 pics (normaux) à m1 et m2

- 1 pic métastable à m* :
Faible, de forme diffuse, dont la position non nécessairement une valeur entière

La masse exacte d’un ion est calculée d’après la formule brute du composé prenant
comme valeur pour chaque élément, la masse exacte de l’isotope le plus abondant.
e) Pic isotopique; Notion d’isotope et de distribution ou massif isotopique
Les isotopes d’un élément diffèrent par leur nombre de neutrons dans le noyau.
Un ion contenant différents isotopes d’un même élément présente plusieurs valeurs
m/z.

Pour une molécule ne contenant que

C,H,N et O, le pic qui apparaît à la
masse M+1 résulte de la présence de
13C, 15N ou 17O.

La présence d’isotopes se traduit par la présence de plusieurs pics moléculaires ce

qui complique donc la définition et la mesure du pic moléculaire

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1) Cas des molécules et des fragments moléculaires organiques de

formule CkHlOmNn

Int (Pic P): 100%

Int (Pic P+1): 1,11 k+ 0,015 l+ 0,037 m+ 0,37n
Int (Pic P+2): 0;005[1,28k(k-1)+0,0004 l(l-1)+ 0,14n(n-1)]+0,20m
Rq: Certains terme dans Int Pic P+2 peuvent etre négligés devant d’autre
Il existe des tables pour une combinaison donnée l’Int des pic isotopiques

Application
Soit un composé de masse molaire M= 132 et de formule brute inconnue. Le spectre
de masse expérimental conduit aux valeurs suivantes des intensités des pics
isotopiques M+1 et M+2 relativement à celle du pic M:
132 (M) : 100
133 (M+1) : 9,7
134 (M+2) : 0,4
Déterminer la formule brute du composé sachant qu’elle appartient à la liste des
combinaisons suivantes: C10H12, C9H8O, C8H8N2.
Int (Pic P): 100%
Int (Pic P+1): 1,11 k+ 0,015 l+ 0,037 m+ 0,37n
Int (Pic P+2): 0;005[1,28k(k-1)+0,0004 l(l-1)+ 0,14n(n-1)]+0,20m
Formule M+1 M+2
C10H12 11,0 0,60
C9H8O 9,9 0,69
C8H8N2 9,5 0,39

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 2) Cas des molécules contenant des atomes du second groupe

 Caractéristique de la
composition de la molécule
analysée

 Le nombre et l’intensité
relative des pics permettent
l’identification de certains
éléments constituants la
molécule

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Masse nominale :
Masse calculée en utilisant la masse de l’isotope le plus abondant de chaque
élément. CH3Br  (12+3+79) uma 94 uma

Zone moléculaire dans les hautes masses

Plus la masse moléculaire est importante:

- - Plus la masse nominale diffère de la masse exacte.

- - Plus il y a multiplicité des pics isotopiques : « amas ».

Masse exacte ou masse monoisotopique :

Masse calculée en utilisant la masse exacte de l’isotope le plus léger :
CH3Br  (12,000 + 3x1,007825 + 78,918336) uma
93,941011 uma

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INTENSITÉS RELATIVES DES IONS MOLÉCULAIRES DE COMPOSÉS CHLORÉS ET

BROMÉS.

 Une molécule contenant 1Cl présentera 2 ions moléculaires, séparés de 2 uma avec des IntR très
caractéristiques 3 et 1 correspondant aux abondances relatives de 35Cl et 37 Cl.

RCln: n = 2 (a+b)2 = a2 + 2ab + b2 Présence de 3 pics

Intensité relative des pics
Rapport (3)2 2(3)(1) (1)2
des abondances
9 6 1

(a+b)n

27

Pour une molécule contenant n atomes de Br, on remplacera a et b par a’ et b’ égal 1

et 1, intensités relatives des 79Br et 81Br.

Si une molécule contient à la fois n

atomes de Cl et m atomes de Br,
les IntR des différents ions
moléculaires sont déterminés en
faisant le produit de deux
binômes : (a+b)n x (a’+b’)m.

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Pic de l’ion à la masse M+2 M+2

192
100 Présence d’isotope lourd d’un élément de type A+2 M
Cl
111

50
75 M+4
50
Br
38 55 61 85 96
12 24 44 104 128 141 155
0
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200
(mainlib) Benzene, 1-bromo-4-chloro-
massif moléculaire

Impact électronique : conclusions:

“ Auto-Ionisation chimique”

 En IE, l’ion [M + H]+ pourrait se former si l’échantillon est introduit

dans la source avec une pression élevée (quantité importante)
M+· + M  [M + H]+ + [M –H]·

Ce processus est fréquemment observée lorsque

1) L’abondance de l’ion moléculaire de M+·, sur le spectre EI est
faible.
2) La molécule d’intérêt renferme un site doté d’une AP élevée
(tels que les acides aminés).
3) auto-IC pourrait être diminuer ou éliminer en diminuant la
quantité d ’échantillon introduite dans la source

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IV-1-2-Ionisation Chimique
Le but de CI est de former des ions moléculaires moins énergétique donc plus stable
tout en diminuant celle des ions fragments au moyen des réactions de type ion-
molécule. A cet effet, des pressions relativement élevées (0,5-1,5 torr) d’ un gaz réactif
(G) sont utilisées. Ce gaz G est tout d’abord pré-ionisé par le faisceau d'électrons
ensuite lorsque les molécules de M seront introduites dans le spectromètre de masse
une série de chocs entre les ions du plasma gazeux avec les molécules M va permettre
de les ioniser au moyen des réactions de transfert de protons ou de charge conduisant
ainsi à des ions moléculaires chargés positivement ou négativement.
Adapter pour les molécules volatiles de faible

EI: 10-6 Torr poids moléculaire

CI: 0.1-2.0 Torr CI conduits a des ions à nombre paire
1 Torr ou mmHg 133,32 Pa
d’électrons : plus stable
Spectre Simple et utilisé en chromatographie
en phase gazeuse (GC-MS)

Principales réactions ion-molécules: Les collisions ion- molécule qui se produisent

avec des ions de ce plasma, en fonction des conditions et de la nature du gaz,
pourraient donner lieu à des réactions
M + GH+ MH+ + G Transfert de proton

M + GH+ (G•+) MGH+ (MG+•) Adition électrophile

M + G+• M +• + G Echange de charge
M + G•+ [M-C]+ + CG• Abstraction ou élimination d’anion
1) Ionisation chimique positive par transfert de proton (gaz hydrogénés)
Etape 1 Produire, dans la source, des
ions primaires (radical cation G+●) G (G+• )*

par collision d’un gaz réactif

renfermant des protons (le méthane,
(G+• )* G G+• G*
l’ammoniac , l’isobutane, Hydrogène,
H2O…) avec des électrons généré par
impact électronique (200-500 eV),

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Etape 2 Collision avec d’autre

G+• G [G+H]+ [G-H]•
molécules du même gaz, formant
ainsi une série de réactions donc un
plasma d’ionisation
Etape 3 transfert du proton par collision entre les espèces ionisantes (ions réactifs)
et la molécule G

[G+H] +

[G+2H]

Ion Pseudo moléculaire Ion obtenu à partir de la molécule par addition d’un proton
(M+H)+, ou d’un cation (M+GH)+, ou par abstraction d’un proton (M-H)+.

[M+H]+

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1. Le gaz réactif: Methane

Etape 1 Produire, dans la source, des ions primaires par collision des molécules de méthane
avec des électrons généré par impact électronique (200-500 eV),
Ionisation

Fragmentation

Etape 2 Collision avec d’autre molécules du même gaz, formant ainsi une série de réactions
donc un plasma d’ionisation

Etape 3 transfert du proton par Collision entre les espèces ionisantes et la molécule
à analyser

 Réactions prédominante: transfert de Proton

 Gaz Réactif génère des acides de Brønsted, CH5+, C2H5+, CH3+

 Réactions acides-bases en phase Gazeuse:

M + C2H5+ → MH+ + C2H4

Comparison of the methane spectrum upon electron ionization at different

ion source pressures: (a) approx. 10–4 Pa, (b) approx. 102 Pa.
 Autres mécanismes:
 Formation d’Adduit: M + C2H5+ → [M+C2H5]+

 Abstraction d’Anion ou hydrure: M + C2H5+ → [M-H]+ + C2H6

 M + CH3+ → [M-H]+ + CH4

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2. Le gaz réactif: Isobutane

1. Formation des espèces ionisantes par EI

2. Collision entre les espèces ionisantes et la molécule à analyser

L’entité réactive est l’ion tertiobutyl C4H9+
C4H9+ + M MH+ + C4 H8 ( pic à M+1)
Mais on observe aussi:
C4H9+ + M MC4H9+ (pic à M+57)

Méthane et l’iso-butane sont utilisés pour les composés organiques non-

polaire de faible affinité protonique (tel que les hydrocarbures), conduisant
souvent aux ions pseudo- moléculaires soit de type MH+ ou (M-H)+.

3. Le gaz réactif: L’ammoniac

1. Formation des espèces ionisantes par EI

2. Collision entre les espèces ionisantes et la molécule à analyser

 Les molécules basiques, notamment les amines, s’ionise a travers un transfert
de proton. M MH+
 Les molécules polaires (donneur de liaison hydrogène ou peu basic ) conduiront à
la formation d’adduit (Addition électrophile).
Ions pseudo- moléculaires (M+1)+ et (M+18)+ sont observés
 Une faible ionisation pour les hydrocarbure saturés (Alcanes, aromatiques, éthers).
 La comparaison des spectres avec différents gaz réactant est très instructive.

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Affinité protonique et fragmentation

 Ion Parent, MH+, peut se fragmenter

 Taux de fragmentation est proportionnel à la quantité d’ énergie transférée durant

l’interaction ion- molécule

 L’énergie transférée dépend du caractère exothermique de la réaction

 Le caractère exothermique est fonction de affinité protonique (PA) du gaz réactant

(A) et l’analyte (M)

G + H+ → [G+H]+ PA(G) = -∆H (réaction)

M + H+ → [M+H]+ PA(M) = - ∆H (réaction)

M + [G+H]+ → [M+H]+ + G

∆H0 = – [PA(M) – PA(G)]

 R Exothermique (∆H0<0) si PA(M)>PA(G)

137
81 CH4 137

95 PA=423 kJ/mole HO +
109
123 197 MH+
O

137 Iso-butane
PA=819 kJ/mole
Lavanduyl acetate (MW 196)
197 MH+
PA = 840 kJ/mole
95
81 123
109
La connaissance des affinités protoniques
des gaz réactifs et des molécules permet de
NH3 prévoir la possibilité d’une réaction de
214 M+NH4+
PA=854 kJ/mole197 transfert de proton (donc d’orienter le
choix du gaz réactif) et de connaître
137 l’ordre de grandeur de l’énergie interne
des ions formés (donc d’envisager des
100 200
possibilités de fragmentation).

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Affinités Protoniques des gaz réactifs (kJ/mole)

Généralement, on choisit le gaz réactif

en fonction de la molécule étudiée et
du type d’information désiré (poids
moléculaire ou éléments de structure).

2) Ionisation chimique par échange de charge électrique IC-EC

 Ionisation chimique par transfert de charge électronique : avec les gaz réactifs non
hydrogénés tels que le TOLUÈNE, BENZÈNE, NO, CS2, COS, Xe, CO2, CO, N2,
Ar.
En IC –EC, le gaz réactif est typiquement introduit à une pression de 15–80 Pa plus
faible que celle utilisée au cours du de transfert de proton
 Les ions du gaz réactif sont obtenus selon X + e-  X+· + 2 e- ses ions réactifs
vont réagir avec M selon X+· + M  X + (M+·)* (création de radical cation)
 Au cours du processus d’échange de charge le transfert d‘énergie est total à M
et l‘excès d’énergie après ionisation est emmagasiné sous forme d’énergie interne
 M possède des niveaux de vibrations donc susceptible de se fragmenter
 (Lorsque les ions de gaz réactifs sont formés a partir d’espèces monoatomiques
donc X n’a pas de degré de liberté vibrationnel)

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 la Recombinaison d’ion atomique ou moléculaire avec un électron libre est

l’inverse de son ionisation. L’énergie de recombinaison ER (X+•) d’un ion
réactif X+• est définie comme l’inverse de l’enthalpie de la réaction de
neutralisation. X +• + e- → X

 L’intensité de M+• dépend de son énergie interne Eint et de l’énergie

d’ionisation EI. on a la relation suivante

Eint =E(M+•)= ER(X +•)- EI (M)

Vu que 7 < EI< 11eV des molécules organiques donc Eint est positive. La tendance
± importante à la fragmentation de M+● est fonction de Eint

12– 13,4 eV
EI= 8,8

15,4eV 10,5eV

9,2eV 7,7eV

Bien que certains gaz réactifs ne soient pas hydrogénés, on rencontre souvent
[M+H]+, il résulte de la présence des traces d’eau ou de la réaction
M+• + M MH+ + [M-H]• , Ceci suppose que M possède un proton
transférable. MH+ est souvent intense

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Les gaz ayant des valeurs ER élevées, tels que N2 et Ar, provoquent une fragmentation
importante, de sorte qu'ils ne sont utilisés que sous forme de mélange de gaz réactifs
tels que l'argon-eau et l'azote-oxyde d'azote.

L’IE d'Ar contenant un faible pourcentage de l'eau fournit des ions réactifs
abondants aux abscisses m/z 40 (Ar+.) et m/z 19 (H3O+).
Ar+. provoque un échange de charges suivi d’une fragmentation, alors que H3O+ agit
comme un ion réactif de transfert de proton donnant lieu aux ions quasi-
moléculaires (M+H)+ abondants et peu fragmentés.

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Avec des mélanges constitués de 10 % X /90 % H2 (X =

N2, CO2, N2O, CO), l'ion XH+ est prédominant à des
pressions de 0,3 à 1,0 torr. Les ions XH+ sont formés assez
rapidement selon les réactions suivantes

Avec un mélange N2O/H2, un ion NO•+ est susceptible

d’être observé (10 à 15 %) suite à l’ionisation électronique
de N2O (pas de réaction avec H+).

Lorsqu’un mélange gazeux CO₂/H₂ est utilisé comme gaz réactif en ionisation chimique positive (CI⁺)
dans un spectromètre de masse, plusieurs ions réactifs peuvent être générés par des processus d'ionisation
(souvent par impact électronique). Ces ions servent ensuite à transférer un proton ou à réagir avec les
molécules neutres de l’analyte. Ions réactifs susceptibles d’être formés à partir du mélange CO₂/H₂
⚛ À partir du H₂ : H₃⁺ (ion trihydrogène) Formé par : H₂⁺ + H₂ → H₃⁺ + H
Très puissant donneur de proton AP (affinité protonique) ≈ 422 kJ/mol
H₂•⁺ Radical cation, très réactif mais moins stable
⚛ À partir du CO₂ :
CO₂⁺• (radical cation de CO₂) Formé par ionisation directe de CO₂ Très réactif, souvent impliqué dans
des réactions de fragmentation
CO₂H⁺ (ion protoné de CO₂)
Formé par : H₃⁺ + CO₂ → CO₂H⁺ + H₂ Donneur de proton modéré AP ≈ 568 kJ/mol (estimation)
CO⁺ : Formé par dissociation de CO₂⁺• Peut réagir avec d'autres gaz ou analytes
HCO⁺ (ion formyle) : Peut être généré à partir de CO₂ et H⁺
Très réactif en CI
OCOH⁺ ou HOCO⁺ (protonated formic acid-like species)Espèce intermédiaire hypothétique dans les
mélanges CO₂/H₂

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Sélectivité de l’ionisation chimique par échange de charge CI- EC vis-à-vis des

régio- ou stéréo-isomères

Etant donné que l’IE est processus hautement énergétique, les M+• formés a partir des
régio- ou stéréo-isomères accumulent une énergie interne trop important ce qui
conduit à leur fragmentation intensive. Sachant que l’énergie d’activation EA des
régio- ou stéréo-isomères étant trop proche, leur différenciation par spectrométrie de
masse avec IE n’est pas possible.
Cependant, la faible énergie interne communiquée aux molécules organiques lors du
processus d’ionisation chimique par échange de charge, permet de différencier ses
isomères et ceci en contrôlant l'énergie interne de M+• en se basant sur un choix
judicieux du gaz réactif.

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A titre d'exemple, les spectres IC- EC obtenus pour les épimères du 4-méthylcyclo-
hexanols en utilisant C6F6 +• comme ion réactif montrent une différence significative
entre les spectres de masse obtenus notamment le départ d’une molécule d'eau
(rapports M+•/[M–H2O]+• : 0,09 pour trans, 2,0 pour cis )

En effet, l’élimination du 1,4 de H2O se déroule assez facilement dans l’isomère

trans, étant donné que l’énergie interne fournie par le CI- EC n’est pas suffisamment
élevée pour favoriser l’élimination plus exigeante en énergie de l’isomère cis.

IV-2 Ionisation en phases condensées

1- Ionisation par Désorption
Les méthodes d’ionisation par désorption sont des techniques dans lesquelles les
molécules d'échantillon sont émises directement d'une phase condensée dans la phase
vapeur sous forme d'ions sous l’action soit d’un.

ddp

Molécules ou atomes dissous dans un

substrat ou matrice liquide ou solide

La désorption est le phénomène inverse de l'adsorption :

les liaisons ioniques entre ions, molécules et substrat se brisent et les ions ou molécules
précédemment adsorbées à la surface de la matrice solide se détachent du substrat sous
l’action d’une perturbation et quittent la surface

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a- Spectrométrie de Masse des Ions Secondaires(SIMS)

 Utiliser pour l’analyse des surfaces

 Faisceau d’ions d’ Ar+ (ou Xe+) avec une énergie de 5-15 keV bombarde la
surface d’un solide (analyte)

 Pulvérisation de surface de l’échantillon avec profils en profondeur jusqu’à 10

µm et en balayage latéral de 50 nm

 Des ions Secondaires sont éjectés de la surface

 Utiliser pour:

 Analyse des Masses

 composition Chimique du matériau

 Désavantages: dégâts rapide de la surface: diminution rapide du signal

Variante de la SIMS: Ionisation par bombardement des atomes (FAB)/ions

(LSIMS) rapide

Le bombardement par des atomes /ions rapide (FA/IB) est bien approprié aux
composés organique qui possèdent une certaine polarité et qui renferment des
groupements fonctionnels acide et /ou basique.

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b. Principe du FAB
La production des particules (atomes) neutre et rapide ait lieu souvent dans une unité
fermée (‘gun’ ou ‘ion gun’) située à proximité de la chambre d’ionisation.

Le processus nécessite
[Link]  Xe+•(lent)
10-3-10-4 torr

Xe + e- Xe+• +2e- [Link]élération des ions Xe+•

(LSIMS Cs+ at 25-40 keV)
focalisé comme un faisceau d’intensité élevée

Xe +• Xe+• [Link] par collision

et échange de charge avec des atomes lent
Xe+•(rapide)+ Xe (lent)→ Xe(rapide)+ Xe +•(lent)

faisceau rapide de particule neutre

d’énergie de 3-10keV.

Lent Xe0

Atom gun 10-3 à 10-4 Torr, ou de 0.1 à 1 Pa

Préparation: Echantillon (1mg/mL)
dissous dans une matrice ‘non volatile‘, de
faibles pressions de vapeur, glycérol ou
alcool Nitrobenzylique en présence d’un Rapide Xeo
acide organique ou d’un cation
Faisceau primaire
favorisant la formation d’ions
20°
Déposé 1 à 10µL de la [M+H]+
solution sur la pointe Faisceau d’ion
de la sonde FAB
Sonde Echantillon
Extraction et focalisation

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 30/09/2025

A l'endroit où les atomes frappent tout est détruit, mais une onde de choc se propage et expulse la
molécule chargée avec un proton.
Dans cette région de l’espace, un plasma gazeux se crée similaire a celui en IC. Les espèces
réactives présentent vont subir des collisions en cascade donc une série de réaction
biomoléculaire dont les plus intéressant sont ceux conduisant au [M+H] +. Les propriétés du
plasma pourraient expliquer l’apparition sur le spectre FAB des radicaux cation et anion M +• et
M-• pour les molécules apolaires. Ma+· + Ma  [Ma + H]+ + [Ma –H]·
Ma+· + A  A+· + Ma
[Ma + H]+ + A  AH+ + Ma

 Le glycérol a un double emploi, il permet la propagation de l'onde de choc et contribue au

transfert de proton.
 Cette méthode est bien adaptée aux échantillons biologiques.

Les ions Cs+ utilisés en spectrométrie de masse des ions secondaires (LSIMS) sont
produits par évaporation à partir d’une surface recouverte de silicate d’alumine de
césium ou d’autres sels de césium. Des températures d'environ 1000 °C sont
nécessaires pour générer un flux suffisant d'ions primaires, accélérés et focalisés
sur la cible. L'un des avantages des canons à ions Cs+ est que l'émission d'ions
secondaires peut être ajuster et optimisée dans la plage de 5 à 25 keV.

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Le spectre de la matrice FAB est généralement caractérisé par une

série d’agrégats de la matrice dans la région de faibles masses de type
[nMa+H]+ en mode positif et [nMa-H]- en ionisation négative.

Types de matrice

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Spectre FAB (+) et FAB (-) (Xe, 8kev) du composé

bio-organique le 5’- désoxyguanosine monophosphate
de masse molaire 347.

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Le xénon est préféré à l'argon et au néon comme gaz car il transfère une impulsion
plus élevée lors de son impact sur la surface avec une énergie cinétique identique.

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c- Ionisation par Désorption Laser Assistée par la Matrice: MALDI

(Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation)

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OH
Principe de la désorption de l’échantillon H3CO
O

HO
OCH3
Sinapinic Acid
OH (SA) O OH

1) Co-cristallisation de l’échantillon et de O
OH

la matrice photosensible (Composé CN

HO
organique qui absorbe à 337 nanomètres) HO

Sources lasers; N2 (337 nm), ArF excimer (193), a-Cyano-4-HydroxyCinnamic Acid 2,5-DiHydroBenzoic acid
Nd-YAG frequency tripled (355 nm) and (HCCA) (DHB)
quadrupled (266 nm) Trois matrices permettent de réaliser une grande partie
Laser de analyses surtout dans le domaine de la protéomique.
Laser

Absorbance
Matrice

2) Excitation des molécules de matrices

par l’impulsion laser ce qui provoque Analyte
un échauffement du dépôt et de micro-
explosions 200 Longueur d’onde λ(nm) 500

[M+H]+
+ [M+2H]2+
MALDI-MS of bovine
[M+3H]
3+ serum albumin protein
(BSA).
[2M+3H]3+
3) Le désorption entraîne des
collisions et le transfert de [3M+2H]2+ [2M+H]+
charges de la matrice à
l’échantillon:

La formation d’ions moléculaires monochargés est alors favorisée avec formation

d’agrégats d’analytes (di et trimères).
Propriétés de la matrice
 Absorbe un photon d’énergie et le transfert à l’analyte
 minimises la formation d’agrégat entre les molécules d’analytes

 Matrice doit
 Absorber fortement le rayonnement Laser

 Avoir une temperature de sublimation faible

 Compatibilité des solvants avec l’analyte

 Avoir l’alibilité de participer à la réaction photochimique

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 Mécanismes de l’activation des ions : Interaction

directe photon/molécule, énergie d’ionisation, chaleur,
collisions entre molécules avec de nombreuses
molécules neutres éjectées (nuage de désorption,
fonction de l’intensité du champ électrique
d’extraction)

 Production de paquets d’ions de haut PM, successifs en un temps très court  emploi d’un
détecteur adéquat: TOF ++, ion trap, détecteur par TF.
 Contenu en énergie interne suffisant pour avoir des fragmentations,
- Fragmentations possibles dans la source (ISD : in Source Decay) avant ou après la
désorption,
- Fragmentation des ions métastables possible entre la source et le détecteur= Post Source
Decay (PSD) mais perte de résolution.

2- Ionisation à pression atmosphérique

Electrospray (ESI) Yamashita and Fenn, 1984

DESI
APCI
APPI
Thermospray TSP

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a-Electrospray (ESI)
Yamashita and Fenn, 1984
 Lorsqu’un liquide s’échappe d’un tube capillaire porté à un potentiel très
élevé (3 à 6 KeV), le liquide est pulvérisé en très fines gouttelettes (<10 mm)
électriquement chargées qui s’évaporent rapidement et le nombre de charges
augmente très vite à sa surface  déformation de la gouttelette  éclatement
en libérant les ions du soluté  création d’un courant % au nbre d’ions.
 Desolvatation dans l’interface de couplage LC – MS (capillaire chauffé ou
gaz rideau).

69

Le processus d’ionisation électrospray

+ +
+ - +
+ ++ Limite de
+
- --- +
+
Gouttelette chargée + - + Rayleigh
Evaporation - -+
+
-
+
- +
+ +
+ +

Explosions Coulombiennes
Ion en phase gazeuse
+ +
+ +
Ions d’analytes, Agrégat de solvant + + ++-- +
+ ++-- +
+
Sels (paires d’ions) Ion solvaté

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Mécanisme d’Ionisation

Protonation
+ S+S +S +

 M + SH+  MH+ + S, S = CH3OH, H2O…
 Cationisation +S M S M S +
 M + Na+  MNa+ + S M SM S+
 M + NH4+  MNH4+ + S S++
+ +
 Autres Réactions
 Dismutation : M+M  MH+ + (M-H)-
 Dimérisation : 2M + H3O+  [M2H3O]+
 Solvatation : MH+ + S  [MH,S]+
 Oxydation: M  M+ + e-
 Echange de charge: S  S+ + e-
S+ + M  M+ + S

Les spectres obtenus en ESI sont simples à interpréter :

méthode d’ionisation douce

MS Apiginine [M+H] + • Pas ou très peu de décompositions

271.3 en source
100
OH
90
HO O

80
Relative Abundance

70 OH O

60
Apiginine MW 270
50

40

30

20
272.3
+
10 [M+Na]
0
150 200 250 300 350 400 450 500

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Formation d’ions multichargés dans le cas de l’étude de protéines

• Algorithme de déconvolution intégré au logiciel de traitement des données

1060.5
100
(M2-1.008) /M1-M2 = Z1
90
M1
1131.1 1211.9
998.2
(Z1 * M1)-(Z*1.008) = Mwt
80 942.9 M2
1305.0

70
893.3
60 848.6 1413.5

50

40
808.2
1541.9
30
771.5
20 1696.0
616.2 738.1
10 707.3 1310.9 1884.2
1428.7 1563.0 1820.8 1888.9
0
600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000
m/z

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ESI-MS of proteins. Chicken egg white lysozyme in the absence (top) and presence
(middle) of dithiothreitol. (From Gross, J. H., Mass Spectrometry: A Textbook, Spinger, Berlin, 2004.
Reprinted with permission.)

John R. Chapman - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry-Humana

Press (1996)

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 30/09/2025

Positive-ion ESI mass spectra of cytochrome c at different pH of the sprayed solution: (a) at pH
2.6, (b) at pH 5.2. Adapted from Ref. [89] by permission. © American Chemical Society, 1990.

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b- Desorption Electrospray Ionization (DESI)

Dans la source d'ionisation d’électronebulisation par désorption (DESI) le flux de
gouttelettes liquide chargées, généré au niveau du capillaire, est dirigé directement
vers l’échantillon analysé qui est déposé à la surface d’un support solide. Ainsi, la
source d'ions DESI permet l'analyse d'échantillons solides, tels que des comprimés,
des coupes de tissus ..etc.

Le rôle de la surface sur laquelle l'échantillon est déposé

Pour l’ionisation DESI, l'échantillon doit être placé sur une surface appropriée, car sa
nature peut affecter la qualité de l'analyse. Les surfaces les plus couramment utilisées
lors de l'analyse DESI sont le verre soda, le téflon, le verre acrylique et le papier.

- la sonde ES génère des gouttelettes primaires chargées ou pas de taille appropriée.

- la formation de gouttelettes secondaires (mécanisme de collecte des gouttelettes): Le faisceau de
gouttelettes frappe la surface analysée à une vitesse de plusieurs centaines de mètres par seconde et se
répand sur une zone 3 à 10 fois plus grande que le diamètre initial.
 Il en résulte la formation d'un film liquide dans lequel les substances présentes a la surface
se dissout dans le liquide.
 Au même moment, une autre série de gouttelettes primaires frappe la surface et produit
des gouttelettes secondaires contenant l’analyte. Au début, de petites gouttelettes se
forment et se déplacent rapidement dans une direction presque parallèle à la surface de
l’échantillon.
- des gouttelettes plus grosses mais plus lentes apparaissent et rebondissant sur la surface selon un
angle plus élevé. Grâce au flux de gaz de nébuliseur réfléchi sur la surface, des microgouttelettes
chargées commencent a être éjectées de la surface.
- La formation ultérieure des ions en phase gazeuse se produit comme
dans le cas de l’électrospray par évaporation ultérieure du solvant avec
le gaz de dissolvation ainsi que le processus d’explosion
coulombienne.

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Application de la DESI en imagerie médicale

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c-Ionisation chimique à pression atmosphérique APCI

Nébuliseur HPLC Arrivée

L’éluât est introduit dans le nébuliseur

pneumatique ensuite transformé en un
Vaporisateur
fin brouillard à l’aide d’un jet de gaz, (heater)

Gaz de
généralement l’azote. Les gouttelettes Désolvatation

formées sont transportées par le flux du

+ + + + + +
gaz le long d’un tube métallique. Sous +

l’effet de la chaleur, on observe une

Aiguille Corona Capillaire

vaporisation du solvant et de l’analyte

dans le courant gazeux.

Au moyen d’une aiguille, un faisceau d’électron est éjecté permettant d’ioniser en premier lieu
le solvant et par la suite le soluté par l’intermédiaire des collisions ion-molécule.

Mécanisme d’ionisation
Les ions primaires obtenus sous l’influence des électrons ionisants produits par décharge
corona génèrent en sortie de ce tube des réactions d’ionisation chimique

En présence d’eau, les ions moléculaires azotés entrent dans une série de
réactions ion-moléculaire

Si la phase mobile contient des constituants avec affinité protonique plus forte que
l’eau, des réactions de transferts protoniques prennent place et protonent fortement le
solvant : CH3OH2+. (H2O)n. (CH3OH)m avec n + m ≤ 4.
Dans le cas contraire, on assiste à la protonation des molécules d’analytes M.

La désolvatation prend place quand les ions sont transférés de la source à pression
atmosphérique vers le vide du spectromètre de masse. Le mécanisme d’ionisation
peut s’effectuer dans les deux modes.

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d- Photoionisation à pression atmosphérique APPI

 Idem APCI mais la décharge corona
est remplacée par un faisceau de
photons émis par une lampe UV à
décharge.
 Les photons émis doivent avoir une
énergie supérieure à l’énergie
d’ionisation des composés mais
inférieure à celle de l’air et des
solvants  lampe au Krypton : W des
photons entre 10,0 et 10,6 eV.
 Plus grande sensibilité aux conditions
expérimentales : nature du solvant , du  Employée pour des composés qui
dopant, tampons s’ionisent difficilement, non polaires

85

Processus de photoionisation et de désexcitation

En APPI, le photon cède la totalité de son énergie à M*, qui peut se désexciter par
différent processus :
• M* → M + hυ fluorescence
• M*+ Gaz → M + Gaz* collision inélastique avec les vapeurs environnantes, air,
solvant LC,…
• M* → N1 + N2 photodissociation
• M* → M+• + e- photoionisation (équation I) par éjection d’un électron de faible
énergie cinétique
La photoionisation n’est possible que si l’énergie du photon est supérieure à l’énergie
d’ionisation de M, hυ>IE(M). Le radical cation formé peut se fragmenter et conduire
à un spectre de masse suffisamment proche de celui obtenu par ionisation
électronique classique.

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 30/09/2025

En principe, le choix d’un gaz approprié permet d’établir une barrière énergétique au-
dessus de laquelle des molécules ne donnent pas de réponse, et cet aspect a été
recherché pour éliminer les signaux que pourraient produire les solvants LC
habituels.

Bien que l’énergie des photons émis par la lampe

au krypton soit inférieure à EI de la plupart des
solvants LC usuels, des signaux faibles peuvent
néanmoins être produits avec certains d’entre eux.
L’acétonitrile s’isomérise en partie sous
bombardement photonique et forme des produits
d’énergie d’ionisation inférieurs à 10 eV qui
induit ensuite des échanges de protons, conduisant
à MH+ plutôt qu’à des ions M+•.

- Un dopant, D, à été initialement défini comme étant toute molécule dont

l’énergie d’ionisation se situe entre celle des photons émis par la lampe UV, et
celles des molécules organiques à analyser (L’acétone et le benzène, le toluène ou
l’anisole).
- de dopant est ajouté en quantités importantes (10 à 30 % du débit LC), ce qui
forme des quantités notables d’ions D+• par photoionisation directe, suivi de
réactions d’échange de charge avec les analytes étudiés. Des dopants tels le
benzène et le toluène s’oxydent sous l’action des photons pour former du phénol
ou du crésol, susceptibles de réagir par échange de protons avec les analytes,
conduisant à MH+, plutôt que par échange de charge à M+•.

88

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 30/09/2025

Effet du dopant

Effet du dopant et du solvant

Les espèces réactives ioniques qui prédominent dans la source APPI, SnH+ ou DH+,
dépendent des natures chimiques de S et D, et de leurs affinités protoniques
respectives. Il s’en suit des réactions de transfert de protons vers les analytes si les
conditions thermodynamiques sont satisfaites.

Les dopants susceptibles de privilégier l’échange de charge, plutôt que l’échange de

proton, tout en restant photoionisables sous l’action d’une lampe au krypton, doivent
à la fois présenter une faible énergie d’ionisation et une faible affinité protonique,
conditions que remplissent par exemple l’anisole ou le chlorobenzène.

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ESI ou APCI ou APPI

100 picomoles de
benzo[a]pyrene en mode +, en
infusion, electrospray, APCI,
and APPI.

APPI donne des ions 5 fois plus

abondants qu’en APCI, 20 fois
plus abondants qu’en ESI.
Tous les composés ne montrent
pas de telles différences.

La technique APPI peut être une

bonne alternative pour certains
composés qui s’ioniseraient
difficilement en ESI ou en APCI

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e - Thermospray
L’éluât traverse en jet supersonique un capillaire chauffé sous vide, un brouillard de
gouttelettes se forme. Lorsqu’un sel volatil comme l’acétate d’ammonium est présent
dans la phase liquide, les ions de soluté se forment directement dans le brouillard
à la sortie du capillaire. Sinon Les molécules formant ces gouttelettes sont ionisées
par l’intermédiaire d’une décharge électrique. Grâce à l’application d’une différence
de potentiel, les ions présents dans la solution sont accélérés et extraits des
gouttelettes pour être ensuite envoyés vers le spectromètre

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 30/09/2025

ionisation abrév. source réaction principal douce/dure

électronique EI électrons M+ e- M+● + 2e- dure

thermique

chimique CI gaz réactif A M+ AH+ MH+ + A Assez douce

par bombardement FAB X=Ar, Xe, Cs+ M+ X [nM+H]+ Assez douce

d’atomes rapides M+ X+ [nM+H]+ + X

électronébulisation ESI potentiel M [M+nH]n+ douce

électrique élevé

Chimique à pression APCI Charge corona M+ AH+ MH+ + A douce

atmosphérique
Photoionisation APPI Lampe UV M+ hMH+ ou M+● douce

Ionisation par MALDI laserphoton M [M+nH]n+ et [nM+H]+ Assez douce

désorption laser
assistée par matrice

Ionisation par LDI laserphoton MMH+ ou M+● Assez douce

Desorption Laser
95

48