[Link].

es 2
Les protocoles d'identification

Le type d'échantillon et la demande qui l'accompagne déterminent le

procédure d'identification à appliquer. Nous distinguons :
Coloration de Gram : permet de différencier les gram-positifs de
gramnegativos y observar su morfología (cocos, bacilos, etc.).
Culture : selon le résultat de la coloration, différents sont utilisés
médias.
Observation des colonies : l'observation macroscopique offre beaucoup
information.
Tests biochimiques : les nécessaires sont réalisés pour arriver à la
identification.

[Link] 3
Cocos grampositifs et gramnegatifs

[Link] 4
Coccos grampositifs et gram-négatifs
Cocci grampositifs
Staphylococcus spp.

Ils se présentent en grappes lors de la coloration de Gram et sont catalase-

positifs.
Ils sont virulents et responsables de nombreuses maladies, bien que
certaines espèces font partie de la microbiote.
S. aureus :
C'est l'espèce la plus virulente.
Coagulase positive.
Croître dans des milieux jusqu'à 10 % de NaCl.

SARM : S. aureus résistant à la méthicilline qui cause d'importants

infections nosocomiales.

[Link] 5
Cocos grampositifs et gram-négatifs
Cocos grampositifs
Streptococcus spp.

Forme des chaînes lors de la coloration de Gram et sont catalase-négatifs.

Requiert des milieux enrichis en sang ou en sérum.

Alfa-hémolytique : S. Pneumoniae :
Soluble dans la bile.
Sensible à l'optoquine.
Bêta-hémolytique : identification par test de CAMP :
Groupe A : S. pyogenes (sensible à la bacitracine).
Groupe B : [Link].
Non hémolytiques : S. mutans, S. sanguis (pathogènes opportunistes).

[Link] 6
Coccius grampositifs et gramnegatifs
Cocos grampositifs
Entérocoques spp.

Se presentan en cadena en la tinción de Gram, soncatalasa-negativos,

oxydase-négatifs et gamma-hémolytiques.
Causent des infections urinaires, des bactériémies, de l'endocardite, de la diverticulite et
méningite.
Ils présentent un niveau élevé de résistance aux antibiotiques.
Espèces les plus importantes :
E. faecium.
E. faecalis.

[Link] 7
Coccs grampositifs et gramnegatifs
Cocos gramnégatifs

Genre Neisseria : forme diplocoques, oxydase et catalase

positives.
N. meningitidis : provoque méningite, pneumonie et
péricardite. Échantillon : LCR.
N. gonorrhoeae : provoque la gonorrhée et l'ophthalmie
néonatal. Échantillon : exsudats vaginaux/urétraux.
Utilisation différente des glucides.
Siembra en agar sangriento ou chocolat (non pathogènes)
o Thyer-Martin (pathogènes).
GéneroKingella:
K. Kingae, présent dans le tractus respiratoire.
Puede causar enfermedades graves en niños.
[Link] 8
Bacilles grampositifs
Bacilles gram-positifs sporulés
Bacillus spp.

La plupart ont des flagelles.

Former des endospores.

On les trouve dans la nature et ils peuvent être

partie de la flore.
Généralement, ce sont des polluants.

Espèces pathogènes :
B. anthracis : anthrax respiratoire et intestinal.
Immobilisé, pénicilline S.
B. cereus : intoxications alimentaires.
Mobile, pénicilline R.
[Link] 9
Bacilles Gram positifs
Bacilles gram-positifs non sporulés
Listeriaspp.

Cocobacilles et catalase-positifs.
Ils fermentent des sucres et sont des anaérobies facultatifs.

De 1 à 5 flagelles périctriques qui s'inactivent au-dessus de 37 °C.

L. monocytogenes : pathogène humain.
Agar sélectif médian pour Listeria.

[Link] 10
Bacilles grampositifs
Bacilles gram positifs non sporulés
Nocardiaspp.

Forme filamenteuse.
Immobiles.
Aérobies stricts.
Amplitude de température de croissance.
Catalasa-positifs.
Ils se développent dans des milieux communs, mais leur croissance est lente.

Pathogènes opportunistes chez les patients immunodéprimés.

[Link] 11
Bacilles grampositifs
Bacilles gram positifs non sporulés
Corynebacterium spp.

Dans la coloration de Gram, on les observe comme des lettres

chines.
Inmobiles et non sporulés.
La espèce la plus importante est C. diphteriae :
Cause par la diphtérie, à cause de la toxine diphtérique.

La toxine (gentox) est introduite par un

bactériophage (virus des bactéries).
La toxine affecte les voies respiratoires, le myocarde,
système nerveux et les reins.

[Link] 12
Bacilles gram-négatifs
Entérobactéries

Ce sont des anaérobies facultatifs capables de fermenter des glucides.

Ils font partie du microbiote intestinal.
Ils peuvent provoquer des infections alimentaires en raison du manque d'hygiène des
manipulateurs d'aliments (par exemple : salmonellose).
Certains bourgeons sont provoqués par la toxine produite par la
entérobactéries, qui est plus difficile à éliminer que les propres
bactéries.

[Link] 13
Bacilles gram-négatifs
Entérobactéries
Identification

Gram-négatifs, oxydase négatifs, catalase positive.

Se différencient selon la source de carbone utilisée :
Medio Kligler ou TSI.
Tests IMVIC (indole, rouge de méthyle, Voges-Proskauer et citrate).
Systèmes d'identification commerciale (bandes de test
biochimiques).
Tests rapides d'identification de micro-organismes spécifiques.
Tests sérologiques (Salmonellaspp.).
Identification par MALDI-TOF.

[Link] 14
Bacilles gramnégatifs
Entérobactéries

[Link] 15
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs non fermentants (BGNNF)

Inclut des espèces de différentes familles.

Pseudomonasspp., Acinetobacterspp., Flavobacteriumspp. et
Alcaligenes spp.
Bacilles ou cocobacilles, mobiles ou immobiles, non sporulés.
Aérobies stricts.
Ils ne fermentent pas ou n'utilisent pas de glucides.

Ils provoquent des infections opportunistes.

[Link] 16
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs non fermentants (BGNNF)
Identification

Les BGNNF sont :

[Link] :
La culture sur agar Cetrimide présente un éclat nacré, une odeur de raisins
et pigmentation jaune-verdâtre.
Oxydase et catalase positives.
A. baumanniiyA. lwoffii:
Cocobacilles gram-négatifs immobiles.
Oxydase-négatifs et catalase-positifs.
Identification par MALDI-TOF.
[Link] 17
Bacilles Gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants

Ils grandissent avec difficulté dans les milieux communs. Ils ont besoin de suppléments.
nutritionnelles et atmosphères et temps d'incubation spécifiques.
Haemophilus spp.
Bordetellaspp.
Brucella spp.
Legionellaspp.
Helicobacterspp.
Campylobacter spp.
Identification : par des tests biochimiques et morphologiques, MALDI-TOF, ou
systèmes commercialisés d'identification rapide.

[Link] 18
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Haemophilusspp.

Bacilles immobiles, anaérobies facultatifs et oxydase-positifs.

Ils nécessitent des facteurs X ou V pour leur croissance.

H. influenzae:Encapsulado(meningitis, bacteriemia, artritis séptica,

etc.) ono encapsulé(otite moyenne, sinusite, etc.)
H. parainfluenzae : bactériémie, endocardite, infections opportunistes.
H. ducreyi : chancroïde (maladie sexuellement transmissible).

[Link] 19
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Bordetella spp.

Son cocobacilos encapsulados e

immobiles. Ils se présentent en paire ou
solos. Ce sont des aérobies stricts et non
forme des spores.
Patogènes humains :
B. pertussis : cause de la coqueluche.
B. parapertussis : variante plus légère
de la coqueluche.
B. bronchiseptica : maladie
respiratoire chez les animaux et
bronchopneumonie chez les humains.

[Link] 20
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Brucella spp.

Ce sont de petits bacilles, aérobies, immobiles, non sporulés et peuvent

être encapsulés.
Ce sont des parasites intracellulaires.

Seulement 3 espèces infectent les humains, par contact avec des animaux
maladies (zoonoses):
B. abortus.
B. mellitensis.
B. suis.
Identification : par morphologie microscopique et macroscopique, par étant
oxydase et uréase positives et par des tests immunologiques.

[Link] 21
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Campylobacter spp.

Ils ont une forme spirale ou courbe. Ils ont un flagelle polaire et non
forman esporas ni capsules.
Son positives pour l'oxydase et la catalase, négatives pour l'urée, réduisent les nitrates et sont
sensibles à l'oxygène.
Causant des maladies diarrhéiques d'origine alimentaire et
gastro-entérite.
Les espèces les plus fréquentes sont C. jejuni (sous-espèce jejuni) et C. coli.
Détection dans des échantillons de matières fécales ensemencés sur des milieux sélectifs :

Incubation en microaérophilie et à 42 °C.

Test de l'hypurate : permet de différencier les espèces.
[Link] 22
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Helicobacter spp.

Ils ont une mobilité grâce à des flagelles. Leur nombre et leur disposition sont
identifiants d'espèce.
Ils sont microaérophiles, à croissance lente, positifs pour la catalase et l'uréase.

H. pylori
En mucosa gastrique.
Provoque des gastrites et des ulcères digestifs.

La sample est la biopsie gastrique.

On sème dans des milieux généralistes et quelques-uns de manière sélective.

L'identification par détection d'antigène peut être confirmée.

[Link] 23
Bacilles gram-négatifs
Bacilles gram-négatifs exigeants
Légionella spp.

Ce sont des bactéries aérobies obligées et nutritionnellement exigeantes.

On utilise des milieux de culture complétés avec L-cystéine et
fer
Biochimiquement, ils sont relativement inertes.
Pas de fermenteurs, catalase-positifs et oxydase variables.
L. pneumophila :
Cause la légionellose.
Il a 16 sérogroupes.
S'isoler du tractus respiratoire.
Présente une croissance lente dans des milieux sélectifs (BCYEα et BMPA).

[Link] 24
Bacilles gram-négatifs
Autres bacilles Gram-négatifs

Vibrio spp., Aeromonas spp. et Pleisomonas spp.:

Ils ne font pas partie de la microbiote intestinale.
Indiquent une situation pathologique.

Características:
Ce sont des anaérobies facultatifs, mobiles et ne forment pas de spores.

Ils peuvent se développer dans une large plage de températures

(20-30 °C) et de pH (5,5-9).
Les espèces pathogènes sont halophiles.

[Link] 25
Bacilles gram-négatifs
D'autres bacilles gram-négatifs

Vibriospp.: [Link] (choléra), [Link] (bactériémie, infection de

blessures et cellulite), [Link] (gastro-entérite, bactériémie et
infection des plaies).
Aeromonasspp.:A. caviae,A. hydrophila,A. veronii(gastroenteritis e
infection des blessures).
Plesiomonas shigelloides (gastro-entérite et sepsie chez les immunodéprimés).
Il est difficile de les identifier, car elles partagent de nombreuses caractéristiques.

[Link] 26
Rickettsies, chlamydiae et mycoplasmes
Rickettsies

Causent des maladies par zoonose et se transmettent à

humains par morsures, piqûres ou aliments
contaminés.
Parasite intracellulaire obligatoire : ne se cultive pas.

Diagnostic : par observation de bactéries compatibles

conRickettsiaspp.
Tinciones:
Coloration de Machiavel.
Coloration de Castañeda.
Coloration de Giemsa.
Confirmation par techniques immunologiques ou
moléculaires.
[Link] 27
Rickettsies, chlamydies et mycoplasmes
Chlamydia

Ils présentent deux morphologies, selon l'étape de leur cycle de vie :

Corps élémental forme infectante.

Corps réticulé en forme réplicative.
Espèces pathogènes : C. trachomatis (chlamydia, lymphogranulome)
venéreo, etc.), C. pneumoniae (cuadros respiratoires).
Chlamydiose :
Maladie sexuellement transmissible très répandue
(hommes et femmes).
Causée par les sérotypes de D à K.
Culture d'exsudats.
Confirmation par ELISA, hybridation d'ADN ou PCR.

[Link] 28
Rickettsies, chlamydies et mycoplasmes
Mycoplasmes

Ils manquent de paroi cellulaire (résistants aux antibiotiques qui interfèrent

dans la synthèse de la paroi).
Certaines espèces font partie de la microbiote humaine.
Contaminants habituels des cultures cellulaires.
Espèces pathogènes :
M. pneumoniae : cause de pneumonie atypique.

[Link] 29
Micobactéries

Ils présentent une paroi cellulaire très épaisse, hydrophobe, cireuse et riche en
acides mycoliques. Ce sont des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) :
Coloration Ziehl-Neelsen.
Tache auramine-rhodamine.
Inmobiles, ne forment pas d spores et n'ont pas de capsule.

Elles sont strictement aérobies.

Les laboratoires nécessitent des mesures de sécurité supplémentaires pour

gérer ces bactéries.

[Link] 30
Mycobactéries
Classification

Complexe tuberculeux :
M. tuberculosis.
M. africanum.
M. bovis.
Diagnostic :
Symptomatologie.
Isolement de la bactérie et identification biochimique.
Test de la tuberculine.

[Link] 31
Micobactéries
Classification

Lèpre ou maladie de Hansen :

M. leprae : parasite intracellulaire obligatoire.

Lépre tuberculoïde (LT) : lésions localisées.

Lépre lépromateuse (LL) : lésions généralisées.
Diagnostic : tableau clinique et détection de BAAR dans un échantillon clinique.

Autres mycobactériose :
Mycobactéries atypiques.
Pas de tuberculeuses (MNT).

Environnementales.
Opportunistes.
[Link] 32
Mycobactéries
Traitement des échantillons

Échantillons compliqués en raison de la faible concentration de bactéries.

Concentraciónde muestras:
Améliore la détection microscopique et la culture.
Cela se fait par centrifugation.
Décontamination de l'échantillon :

Se realiza siempre que haya sospecha de contaminación.

On essaie d'éliminer les polluants en minimisant l'impact sur
les mycobactéries.
Si l'échantillon est muqueux, il faut homogénéiser avant de
décontaminer.

[Link] 33
Micobactéries
Identification

Il est basé sur les teintures et l'étude microscopique pour détecter les BAAR.

L'interprétation des résultats dépend des BAAR

observés :

Il est essentiel d'isoler la mycobactérie pour pouvoir procéder au

antibiogramme
Temps d'incubation longs (5-8 semaines).
Systèmes automatisés.
[Link] 34
Bactéries anaérobies
Principales bactéries anaérobies

[Link] 35
Bactéries anaérobies
Principales bactéries anaérobies

Veillonellaspp.: Fait partie de la microbiote buccale et intestinale. Ils peuvent

causer une ostéomyélite ou une endocardite.

Bacteroidesspp. : Fait partie de la microbiote gastro-intestinale, vaginale

et buccal. Ils causent des infections opportunistes.

Fusobacteriumspp. : Fait partie de la microbiote du tube digestif.

Causan enfermedades periodontales u orofaringitis.
Peptostreptococcus spp. : Ils font partie de la microbiote buccale, de la peau,
et les appareils digestif et excréteur. Ce sont des pathogènes opportunistes.

Actinomyces spp. : Pathogènes opportunistes. Ils forment des abcès dans la bouche.
les poumons, etc.
Clostridiumspp.:C. tetani(tétanos),C. botulinum(botulisme),C.
perfingens (de la diarrhée à la gangrène gazeuse), etc.

[Link] 36
Bactéries anaérobies
Traitement des échantillons
Identification

Il faut vérifier que les conditions de transport sont adéquates.

Transport en anaérobiose.
Milieux de culture :
Agares sélectifs et non sélectifs pour différents anaérobies.
Incubation en anaérobiose (jarres, chambres, etc.).
Coloration de Gram :
B. fragilis : bacilles pléomorphiques faiblement teintés.
Fusobacteriumspp. : bacilles gram-négatifs fins et fusiformes.
C. perfingens : bacilles gram-positifs épais, rectangulaires et sans spores.
Actinomycesspp.: bacilles gram-positifs ramifiés.
[Link] 37
Bactéries anaérobies
Identification

L'identification finale est basée sur des tests biochimiques :

[Link] 38
Bactéries anaérobies
Identification

[Link] 39