Méthode de référence pour mesurer in vitro

l’activité d’un antibiotique sur une souche

bactérienne : La CMI
Lecture interprétative de
l’antibiogramme
1er workshop Franco-Tunisien
Tunis 11 et 12 novembre 2016
Dr Y. Péan ONERBA

Tunis 2016

Les valeurs critiques sont définies au niveau

européen (EUCAST), en fonction de : Méthode de routine : l’antibiogramme
• Formule disponible (oral, IV, IM, …)
• Dose standard et maximale
• Indications cliniques et espèces bactériennes ciblées
• Distribution des CMI de chaque espèce (et en fonction des
mécanismes de résistance à cette famille)
• Pharmacocinétique chez l’homme
• Données pharmacodynamiques
• Informations données par la modélisation (ex :Monte Carlo)
• Données cliniques : relation évolution clinique et CMI
• Connaissance des mécanismes de résistance et des CMI des souches
hébergeant ces mécanismes
Tunis 2016 Tunis 2016
Pourquoi une lecture interprétative ? (1) Pourquoi une lecture interprétative ? (2)
• Quand la résistance acquise est très marquée, l’utilisation des valeurs Si l’expression phénotypique est peu marquée
critiques et la catégorisation des souches en S, I ou R permet de ou si la sensibilité naturelle de l’espèce à l’antibiotique en question est
détecter la résistance acquise grande
Alors les souches de sensibilité diminuée ne sont pas classées dans la
catégorie I ou R
• Exemples :
• Entérobactéries du groupe 1 ([Link], P. mirabilis, Salmonelle, Shigelle) et
Exemples
aminopenicillines, carboxypénicillines, quinolones, chloramphénicol,
• Entérobactéries du groupe 1 de sensibilité diminuée aux C1G et à amoxy –clav liée à
sulfamides, triméthoprim la production de pénicillinase
• [Link] et ticarcilline, ceftazidime, imipénème, Fquinolones • [Link] de sensibilité diminuée aux C3G mais non producteur de BLSE (souches
• [Link] et macrolides, gentamicine, tobramycine hyperproductrices de céphalosporinase)
• Entérobactéries de sensibilité diminuée aux fluoroquinolones

Tunis 2016 Tunis 2016

[Link] : Distribution des diamètres d’inhibition de la

Pourquoi une lecture interprétative ? (3) ciprofloxacine pour des souches Nal S et Nal R
25% 35 %
Le caractère anormale de ces souches peut être détecté en utilisant des
Souches sensibles (S)
antibiotiques marqueurs (de la même famille). 20%
Souches non sensibles (I+R)

% de souches
15%
Exemples :
• [Link] et C3G grâce à la résistance aux C1G qui permet de détecter les souches 10%
hyperproductrices de céphalosporinases
• Entérobactéries et Fquinolones, grâce à la résistance aux quinolones 5%
classiques (NAL) qui permet de détecter les souches ayant un bas niveau de
résistance aux Fquinolones 0%
6 7 8 9 10 11
12 13 14 15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27
28 29 30 31 32 33
34 35 36
Diamètre (millimètre)

Tunis 2016
 Méthodes de détection des mécanismes de
Pourquoi une lecture interprétative ? (4)
résistance
Le caractère anormale de ces souches peut être détecté par des tests
qualitatifs signalant un mécanisme de résistance

Exemples :
• [Link] et bêtalactamines par la détection de microcolonies dans la zone
d’inhibition de l’oxacilline en milieu hypersalé ou incubé à 30°, de la PLP2a par
méthode immunoenzymatiques ou génétique
• Entérobactéries et C3G par la détection de BLSE à l’aide du test de synergie
entre les C3G et l’acide clavulanique et le sulbactam

Tunis 2016 Tunis 2016

La lecture interprétative commence par les La lecture interprétative est une démarche
choix des antibiotiques à tester L’identification précise de la souche est un prérequis

Tunis 2016 Tunis 2016

 Liste des antibiotiques à tester sur les entérobactéries
pour dépister les résistances
Atelier Antibiogramme
Entérobactéries

[Link] Phénotype sauvage [Link] pénicillinase +

Entérobactéries et céphalosporines de 3ème La détection des BLSE reste indispensable pour des objectifs
autres que thérapeutiques (épidémiologie, mesure d’hygiène
génération et d’isolement, par exemple).
• Les concentrations critiques des céphalosporines de 3ème génération ont Les méthodes quantitatives peuvent consister en :
été définies en sorte que la très grande majorité des isolats cliniques -- la mesure d’une augmentation de 5 mm du diamètre de la
producteurs de mécanismes de résistance importants sur le plan clinique zone d’inhibition d’un disque de céfotaxime, ceftazidime et céfépime
tels que les BLSE et les céphaloporinases hyperproduites chez les combiné(s) à l’acide clavulanique comparativement à la zone
Enterobacteriaceae seront catégorisées «intermédiaires» ou «résistantes» d’inhibition autour de ce(s) même(s) disque(s) utilisé(s) sans acide
à ces molécules ce qui dispense de tout recours à l’interprétation des clavulanique.
résultats pour des raisons thérapeutiques. -- la diminution d’au moins 3 dilutions de la CMI de ces
céphalosporines mesurée en présence d’acide clavulanique. Toute
• Certains isolats bactériens qui produisent des BLSE sont catégorisés synergie significative témoigne de la présence d’une BLSE et permet de
«sensibles» aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération et doivent distinguer ces enzymes de certaines β-lactamases plasmidiques non
être rapportés comme tels. BLSE hyperproduites (OXA-1/30, SHV-1)

La détection des BLSE reste indispensable pour des objectifs [Link] BLSE +
autres que thérapeutiques (épidémiologie, mesure d’hygiène
et d’isolement, par exemple).

Synergie en « bouchon de champagne » : placer un disque de

céfotaxime, ceftazidime et céfépime à 30mm d’un disque d’acide
clavulanique

Toutefois, si les isolats cliniques producteurs de BLSE ont aussi d’autres

mécanismes de résistance aux β-lactamines comme l’hyperproduction
de céphalosporinase, la détection de l’image de synergie peut être
facilitée par le rapprochement des disques de céphalosporine de celui
du disque contenant de l’acide clavulanique ou en pratiquant un
antibiogramme standard sur gélose Mueller-Hinton additionnée de
250mg/L de cloxacilline (inhibiteur de céphalosporinase)
Bouchon de champagne C3G + clavulanate versus C3G

[Link] BLSE + La détection de BLSE : pièges

• Chez K. oxytoca , P. vulgaris et P. penneri , la présence d’une synergie
significative entre une céphalosporine de 3ème génération et un
disque contenant de l’acide clavulanique peut résulter de
l’hyperproduction de la β-lactamase naturelle chromosomique et
beaucoup plus rarement d’une BLSE, surtout en l’absence de
résistance acquise aux autres familles d’antibiotiques.
La détection de BLSE : pièges La détection de BLSE : pièges
Chez certaines espèces intrinsèquement très sensibles aux β- Une souche catégorisée «intermédiaire» ou «résistante» au céfotaxime et/ou
ceftriaxone et/ou ceftazidime et/ou aztréonam en l’absence de synergie entre ces
lactamines (P. mirabilis, P. vulgaris, P. penneri, P. stuartii et P. rettgeri), molécules et l’acide clavulanique est évocatrice d’une souche hyperproductrice de
les BLSE s’expriment à bas niveau. céphalosporinase chromosomique (Enterobacteriaceae du groupe III et E. coli ) ou
d’une céphalosporinase plasmidique (toutes espèces d’Enterobacteriaceae ).
Leur détection est facilitée par la recherche d’une synergie significative
entre un disque d’une céphalosporine de 3ème génération et un La réalisation d’un antibiogramme standard sur gélose Mueller-Hinton additionnée
de 250 mg/L de cloxacilline permet de vérifier :
disque contenant de l’acide clavulanique placés à une distance de 40-
que la résistance observée est bien liée à ce type de mécanisme
45 mm ou par la mesure des CMI des céphalosporines en absence et en (restauration de la sensibilité aux molécules précitées lorsqu’il n’y a
présence d’acide clavulanique. pas d’autre mécanisme de résistanceaux β-lactamines) et
de détecter une éventuelle β-lactamase à spectre étendu (BLSE) associée
qui serait masquée par l’hyperproduction d’une céphalosporinase.

Question du clinicien :« êtes-vous sûr qu’un traitement par la C3G Question du clinicien :« êtes-vous sûr qu’un traitement par la C3G
en question va être efficace chez le patient infecté par en question va être efficace chez le patient infecté par
la souche catégorisée S à la C3G hydrolysée par la la souche catégorisée S à la C3G hydrolysée par la
BLSE ? ». BLSE ? ».

Réponse :
déterminer la CMI exacte de la C3G en question et
confronter cette valeur à la valeur résiduelle normalement attendue
à la posologie utilisée,
puis suivre l’efficacité du traitement par cette C3G si elle est retenue
pour le traitement.
« êtes-vous sûr qu’un traitement par la C3G en question va être efficace chez le
patient infecté par la souche catégorisée S à la C3G hydrolysée par la BLSE ? ». Entérobactéries et carbapénèmes
Les concentrations critiques des carbapénèmes ont été définies de
sorte que les isolats cliniques producteurs de mécanismes de résistance
importants sur le plan clinique incluant la majorité des
carbapénèmases chez les Enterobacteriaceae sont catégorisés
«intermédiaires» ou «résistants» à ces molécules.
Toutefois, certains isolats d’entérobactéries producteurs de
carbapénèmases (EPC) sont catégorisés «sensibles» aux carbapénèmes
et doivent être rapportés comme tels ; la présence d’une
carbapénèmase n’interfère pas sur la catégorisation de ces EPC

La détection des carbapénèmases est cependant

La sensibilité aux carbapénèmes des recommandée sur le plan épidémiologique pour surveiller
entérobactéries et contrôler leur diffusion.

• Toutes les espèces sont naturellement sensibles Il faut donc considérer comme SUSPECTE d’EPC toute souche de
SENSIBILITE DIMINUEE (I/R) à au moins l’une des carbapénèmes
• Hormis les Protae (P. mirabilis; M. morganii) qui sont de sensibilité
diminuée en raison de PLP peu affines La détection des EPC par de simples tests phénotypiques n’est pas
aisée car le niveau de résistance aux carbapénèmes est variable et peut
• Deux types de mécanisme de résistance acquise ont été identifiés : parfois être à la limite du seuil de sensibilité.
• Défaut d’accumulation de l’antibiotique (expression modifié des porines et/ou L’ertapénème est le carbapénème qui possède la meilleure sensibilité
pompes d’efflux) associé à la production de céphalosporinase et/ ou de BLSE pour la détection des EPC. Ainsi, toute souche possédant une
• Production de carbapénèmase diminution de sensibilité à l’ertapénème [CMI > 0,5 mg/L ou un
classe A : KPC diamètre d’inhibition (disque 10 μg/ml) < 25 mm par le test de
classe B : métallo-enzymes (VIM, IMP, NDM) diffusion en gélose peut être soumise à l’algorithme de screening des
classe D : OXA-48 et ses variants souches productrices de carbapénémase.
Algorithme de screening des souches productrices de carbapénèmases [Link]

Témocilline 08

Escherichia coli producteur de 2 enzymes

Qualité du dépistage
(NDM1 et BLSE) menant à la multirésistance
• Sensibilité 100%
• Spécificité variable de 79 à 69% selon l’utilisation ou non en
complément de la gélose MH + cloxacilline pour les entérobactéries
du groupe 3

IMPASSE THERAPEUTIQUE
Test phénotypiques pour la détection des Carbapénémase?
carbapénèmases Sans cloxa Avec cloxa 250 mg/L : inhibition des céphalosporinases
• Antibiogramme standard
• Le test Rosco diagnostica Néo Sensitabs KPV et MLB confirm test CEP
(Eurobio) MOX IPM
MOX
• Et le kit métallo-bêtalactamase test strips (bioMérieux) IPM

• Et pour les entérobactéries du groupe 3, antibiogramme sur gélose ATM

Mueller Hinton contenant 250 mg/L de cloxacilline (inhibiteur des AMC
ERT
ATM
AMC
céphalosporinases) pour déterminer les diamètres d’inhibition vis-à- ERT
vis des souches d’entérobactéries du groupe 3 productrices d’une CEP
FOX
céphalosporinase d’origine chromosomique. FOX CEP

Imperméabilité et Céphalosporinase
hyperproduite Autres recommandations d’experts pour la
détection des carbapénèmases de classe A et B
Sans cloxa Avec cloxa 250 mg/L : inhibition de la
céphalosporinase

CEP
MOX IPM
MOX
IPM
ATM
ERT
AMC ATM
ERT AMC

CEP
FOX
FOX CEP

Miriagou et al, CMI2010, 16:112-122

Métallo bêtalactamase Carbapénémase ?

IPM IPM IPM IPM

Une réduction de 3
5 10 5
dilutions de la CMI
d’imipénème en présence IPM+ IPM+E IPM+E
EDTA DTA DTA
d’EDTA est interprétée 5mcg 10mcg 15mcg
comme positive

Carbapénémase classe B : MBL Carbapénémase ?

Hydrolyse de l’imipénéme inhibé par
IPM 128mg/L
l’EDTA
IPM + EDTA 16 mg/L

IPM IPM IPM AMC TCC AMC AMC AMC

IPM AMX TIC

5 10 5 IPM
CF CTX CAZ TZP
IPM+ IPM+E IPM+E
EDTA DTA DTA
5mcg 10mcg 15mcg
FOX CRO CXM
ETP

IPM IPM+ ETP ETP+E AMC AMC AMC

EDTA DTA
 Nombre d’épisodes impliquant des entérobactéries productrices de
Carbapénémase de classe A carbapénémases en France (01/2004 – 4/03/2015) selon les bactéries

AMX AMC TCC TIC AMC AMC AMC

IPM 78% OXA-48 et

CF CTX CAZ TZP
variants

FOX CRO CXM

ETP

IPM IPM+ ETP ETP+E AMC AMC AMC

EDTA DTA

Taux d’incidence (/100 admis) des entérobactéries productrices de Atelier Antibiogramme Entérobactéries
carbapénémases les fluoro-quinolones
La résistance aux fluoroquinolones est croisée entre les différentes
molécules mais son niveau d’expression peut varier pour chaque molécule.
Type d’établissement BLSE NS aux Carba Carbase+
Les isolats d’Enterobacteriaceae catégorisés «sensibles» à la norfloxacine
CHU 0,76 0,10 0,003 sont catégorisés «sensibles» aux autres fluoroquinolones.
Pour les isolats cliniques catégorisés «intermédiaires» ou «résistants» à la
CH 0,52 0,06 0,002 norfloxacine, des différences d’activité intrinsèque des autres
fluoroquinolones impliquent un test et une réponse indépendante pour les
Tous 0,73 0,08 0,003 autres fluoroquinolones
Si une souche d’entérobactéries est catégorisée résistante à la ciprofloxacine,
il doit l’être vis-à-vis de toutes les fluoroquinolones (2 mutations dans les
gènes gyrA ou gyrA + parC)
250 fois moins que les E-BLSE
[Link] et quinolones Colistine
CA SFM :
Concentrations critiques : S < 2mg/L R > 2mg/L
Interprétation valable pour la polymyxine B.

« Les diamètres d’inhibition ne permettent pas de détecter toutes les

Quelle est la réponse ? résistances acquises ce qui impose de déterminer la CMI en cas d’utilisation
thérapeutique.
Déterminer la CMI par dilution en milieu liquide (la micro-dilution est la
méthode de référence). Les autres méthodes ne sont pas performantes pour
cet antibiotique. »

Emergence de la résistance à la colistine Recommandations actuelles en France

Liu YY, Wang Y, Walsh TR, Yi LX, Zhang R, Spencer J, Doi Y, Tian G, Dong
B, Huang X, Yu LF, Gu D, Ren H, Chen X, Lv L, He D, Zhou H, Liang Z, Liu
JH, Shen J. 2016. Emergence of plasmid-mediated colistinresistance
mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a
microbiological and molecular biological study. Lancet Infect Dis 16:
161–168. [Link]

Schwarz S, Johnson AP. 2016. Transferable resistance to colistin: a new

but old threat. J Antimicrob Chemother 71:2066–2070.
[Link]
Recommandations actuelles en France Remerciements à mes Collègues
• De l’ONERBA : Jérôme Robert, Jean Didier Cavallo, Vincent Jarlier
• Et à Luc Dubreuil

Mettre en œuvre des études épidémiologiques nationales de prévalence de la

résistance à la colistine et de la présence du gène de résistance mcr-1 chez
les entérobactéries (quel que soient leurs profils de sensibilité aux
antibiotiques) à partir des données de laboratoire de biologie médicale de
ville et hospitaliers.