MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR REPUBLIQUE DE COTE D’IVOIRE

ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE Union- Discipline- Travail

CYCLE DES TECHNICIENS SUPERIEURS AGRICOLES

OPTION ELEVAGE

SUPPORT DE COURS

DE

MICROBIOLOGIE
Agriculture Tropicale Option Productions Animales
1ère Année

Enseignant :
M. YEO Bakari
Direction Régionale de Bouaké

Année académique 2024-2025

SOMMAIRE
GENERALITES

CHAPITRE 1 : LES BACTERIES

INTRODUCTION

I. CLASSIFICATION DES BACTERIES

II. MORPHOLOGIE ET ANATOMIE DES BACTERIES

II.1. FORMES ET TAILLES DES BACTERIES

II. 2. STRUCTURE DES BACTERIES

A. LES ELEMENTS CONSTANTS DE LA BACTERIE

B. ELEMENTS INCONSTANTS DE LA BACTERIE

C. LES BACTERIES SANS PAROI

III. NUTRITION ET CROISSANCE BACTERINNE

III.1. LA NUTRITION BACTERIENNE

III.2. LA CROISSANCE BACTERIENNE

CHAPITRE 2 : LES VIRUS

GENERALITES ET DEFINITION

I. CARACTERISTIQUES DES VIRUS

II. TECHNIQUES D'ETUDE DES VIRUS

III. CLASSIFICATION DES VIRUS

IV. ANATOMIE GÉNÉRALE DES PARTICULES VIRALES

V. STRUCTURE DES VIRUS

VI. MULTIPLICATION VIRALE

CHAPITRE 3 : LES PARASITES

GENERALITES ET DEFINITION

I. LES DIFFERENTS GROUPES DE PARASITES

II. PARASITE ET PARASITISME

III. DIFFERENTES FORMES DE PARASITISME

IV. LOCALISTATION DU PARASITE PAR RAPPORT À SON HOTE

V. DUREE DU PARASITISME

VI. LES VOIES DE PENETRATION ET DE SORTIE DU PARASITE

VII. LES CYCLES EVOLUTIFS DES PARASITES

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GENERALITES

Étude des microbes, êtres constitués d’une seule cellule et invisibles à l’œil nu. Elle regroupe
la bactériologie, la virologie, la parasitologie et la mycologie.
Avant le milieu du 19ème siècle, les biologistes divisaient les êtres vivants en 2 groupes ou
règnes :
- le règne Animal ;
- le règne végétal.
Avec le développement de la microscopie, il était devenu de plus en plus évident que de
nombreux organismes ne pouvaient être classés aisément dans l’un ou l’autre de ces règnes.
Par exemple : les Euglènes ont été classés végétale puis animale parce que capables de
photosynthèse à la lumière mais à l’obscurité utilisant leur flagelle pour se déplacer et
capturer leurs proies.
En 1866 le biologiste Ernst Heackel allemand propose un 3 ème règne celui des protistes qui
regrouperait les bactéries et autres micro-organismes qui n’entraient pas dans les deux 1 er
règnes.
Aujourd’hui plusieurs biologistes classent dans ce règne les bactéries, les algues, les
protozoaires, les moisissures et ce règne est aussi souvent appelé le règne des Protoctistes.
En 1937, Edouard Chatton suggère les termes de Procariotique (avant le noyau) pour décrire
les bactéries et le terme d’Eucaryotique (vrai noyau) pour décrire les autres types de cellules
avec des noyaux. Ces termes vont générer aujourd’hui les termes annexes de Procaryote et
Eucaryote pour confirmer cette divergence.
Dès les années 1960, les avancées de la microscopie électronique et les techniques
biochimiques ont relevées d’autres différences cellulaires qui ont été à la base de nouvelles
propositions de classification des organismes.
En 1969, Robert Whittaker a proposé la classification en 5 règnes :
--- Les Champignons sont des décomposeurs. Certains sont parasites des animaux et
végétaux. Certains sont consommés comme aliments. Les levures servent à faire du pain, des
alcools et aussi à fabriquer des antibiotiques.
--- Les plantes sont des eucaryotes pluricellulaires photosynthétiques. Elles ont des
membranes cellulaires de cellulose. La vie sur terre dépend des plantes qui sont des
producteurs primaires d’O2.
---Les protistes sont des eucaryotes et la plupart sont unicellulaires. On en distingue 3
groupes :
++ Les protozoaires : qui sont souvent microscopique hétérotrophes, plusieurs se
déplacent à l’aide de cils, de pseudopodes et de flagelles. Certains sont parasites ou
pathogènes des plantes et des animaux.

++ Les algues : qui sont photo- synthétisantes avec des pigments brun ou rouge en
plus de la chlorophylle. Elles produisent de l’O2 dans les écosystèmes marins et aquatiques.

++ Les moisissures : qui à la différence des algues sont hétérotrophes et se

reproduisent par spores.

--- Les animaux sont des eucaryotes hétérotrophes. Ils sont à la différence des protistes
multicellulaires. Plusieurs présenteront une différenciation tissulaire et posséderont des
organes complexes
--- Les procaryotes encore appelés monères. Ce règne a été établi pour prendre en compte la
spécificité des bactéries qui diffère des autres organismes par l’absence de noyau vrai et par
l’absence des autres organites intracellulaires.

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En 1970, Carl Woese et ses collègues à l’aide de technique génétique de séquençage ont
recherché les relations de proches parentés entre tous les procaryotes. Ils ont alors proposé
deux groupes fondamentaux de bactéries :
++ Les archaebactéries : Les archées sont des micro-
organismes unicellulaires procaryotes (il n'y a pas de noyau dans la cellule). Leur taille
varie entre 0,1 et 15 microns et elles vivent dans à peu près tous les milieux. On trouve des
archées dans des milieux extrêmes (anaérobies, à forte salinité, très chauds ou à grande
profondeur).
++ Les eubactéries : Une eubactérie est une "vraie" bactérie par opposition à une
archéobactérie.

Ils ont même suggéré que ces 2 groupes constituent 2 règnes différents.

Ainsi de nombreux systématiciens utilisent aujourd’hui un autre niveau de classification au-

dessus du règne qui est appelé le Domaine.

Les organismes sont classés en 3 domaines qui sont :

--- Domaine des ARCHAE ;
--- Domaine des EUBACTERIES ;
--- Domaine des EUCARYOTES.

Il est évident que l’évolution de la systématique est compromitante à celle de la science. Il est
aujourd’hui commun d’utiliser la classification des êtres en 5 ou 6 règnes biologiques. Mais
en Microbiologie l’approche des domaines est la plus utilisée.

Les virus quant à eux sont considérés comme des micro-organismes non vivants, acellulaires
qui dépendent entièrement des cellules hôtes infectées.
Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il utilise le
métabolisme et ses constituants pour se répliquer. On le considère de plus en plus comme
faisant partie des acaryotes.

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CHAPITRE 1 : LES BACTERIES
GENERALITES ET DEFINITION
Une bactérie est un micro-organisme unicellulaire procaryote qui vit dans tous les types
d'habitats connus. Les bactéries sont les organismes les plus abondants de notre planète en
nombre d'individus. La quantité de bactéries dans l'intestin d'une personne est plus grande que
le nombre total de cellules dans le corps humain. Leurs dimensions sont très faibles,
typiquement de l'ordre du micromètre (µm).
Les bactéries constituent le sous-groupe le plus vaste, le plus divers et le plus nombreux dans
les protistes inférieurs.

I- Classification des bactéries

 Principe de la classification
Il fait appel à un ensemble de caractères morphologiques, physiologiques et génétiques.
-Morphologiques :
Forme arrondie : coques ou coccus
Forme droite (rectiligne, cylindrique ou en bâtonnets) : bacilles
Frome intermédiaire : coccobacilles
Autres : forme incurvée, spiralée, en amas
-Affinité tinctoriale : la coloration de GRAM (bactéries à gram +ou-), la coloration de Ziehl
réservée aux bacilles alcoolo-acido-résistants(AAR).
-Culture : les caractères culturaux des germes permettent de les identifier, donc de les classer
(culture sur milieux ordinaires, enrichis ou sélectifs)
-Type respiratoire : bactéries aérobies, anaérobies, aéro-anaérobies, micro aérophiles (besoin
de CO2)
-Croissance : Certaines bactéries poussent rapidement, d’autres lentement (ex E. coli)
-Caractères biochimiques : transformation des sucres, des protides, des lipides.
-Pouvoir pathogène : il s’agit d’inoculer les germes qu’on étudie à un animal sensible qui
peut succomber suite à une multiplication (virulence) ou à une sécrétion d’une toxine (pouvoir
toxique).
-Caractères antigéniques : Toute bactérie possède à sa surface un ensemble d’antigène
(potentiel génétique) qui lui est propre.
-Sensibilité aux agents physiques, chimiques, aux antibiotiques, aux bactériophages
(lysotypie), aux sérums spécifiques (sérotypie).

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II- Morphologie et Anatomie des bactéries
II-1 Formes et tailles des Bactéries
Les morphologies bactériennes sont variées. Les cellules peuvent être courtes, pratiquement
sphériques (cocci ou coques) ou allongées (bacilles). Il existe aussi des formes
intermédiaires : les coccobacilles.

Quelques bactéries en forme de bâtonnets sont légèrement incurvées comme les Vibrio.
D’autres bactéries sont hélicoïdales. Ce sont des spirilles si la forme est invariable et rigide,
des spirochètes si l’organisme est flexible et peut changer de forme.
Les différentes formes de bactéries peuvent influencer leur capacité d’acquérir des nutriments,
de s’attacher aux surfaces, de nager dans un liquide et d’échapper à la prédation.
Beaucoup d’espèces bactériennes peuvent être observées sous forme unicellulaire isolée alors
que d’autres espèces sont associées en paires comme les Neisseria ou en chaînette,
caractéristique des Streptocoques. Dans ces cas, les coques se divisent selon un axe unique et
les cellules restent liées après la division. Certains coques se divisent selon un axe
perpendiculaire et s’agencent de façon régulière pour former des feuillets. D’autres se divisent
de façon désordonnée et forment des amas comme les membres du genre Staphylococcus qui
présentent un regroupement caractéristique en grappe de raisins.
Les cellules bactériennes typiques ont une taille comprise entre 0,5 et 5 µm de longueur,
cependant, quelques espèces comme Thiomargarita namibiensis et Epulopiscium
fishelsoni peuvent mesurer jusqu’à 500 µm (0,5 mm) de long et être visibles à l’œil nu. Parmi
les plus petites bactéries, les mycoplasmes mesurent 0,3 µm, soit une taille comparable à
certains gros virus

Source : [Link]

II-2 Structure des Bactéries

L’étude morphologique et cytologique des bactéries est réalisée suivant trois modalités
principales :

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-Examen à l’état frais : Observation au microscope photonique. On observe ainsi les
bactéries vivantes. Cette technique renseigne sur leur forme, leur taille et leur mobilité.
-Examen après coloration : multiple colorations
+Coloration simple : le bleu de méthylène est le seul colorant utilisé en général. Cela nous
donne la morphologie des bactéries sur lame. Toutes les bactéries sont colorées en bleu.
+Coloration double : utilisation de 2colorants différents ; les plus classiques sont :
Coloration de Gram : Les gram (+) colorées en violet
Les grams (–) colorées en rouge.
Coloration de ZIEHL : Les acido-alcoolos résistants, colorés en rouge
Les non acido-alcoolo résistants colorés en bleu
-Microscopie électronique :
C’est le moyen le plus perfectionné et le plus sûr ; il permet de connaître l’anatomie générale
des bactéries.
Chez les bactéries, on distingue des structures obligatoires, présentes chez toutes les
bactéries et des structures dont la présence est facultative et caractérisent certains
groupes bactériens

Concernant les structures obligatoires, on trouve le cytoplasme, généralement constitué d'un

hyaloplasme où baignent essentiellement des ribosomes et parfois des éléments
supplémentaires comme les substances de réserve. Dans le cytoplasme, on trouve l’appareil
nucléaire diffus non entouré par une membrane. La membrane cytoplasmique qui entoure
le cytoplasme possède deux feuillets phospholipidiques contenant des protéines. Au-dessus de
la membrane cytoplasmique, on trouve la paroi (sauf chez les mycoplasmes) qui forme une
enveloppe rigide. Les structures facultatives, quant à elles, peuvent être des polymères de
surface comme la capsule, des appendices comme les flagelles et les pili ou des structures
génétiques comme les plasmides (molécules d'ADN extra chromosomiques). Les endospores
caractérisent quelques genres bactériens (Bacillus et Clostridium); elles ne sont élaborées que
lorsque les conditions de vie deviennent défavorables.

Structure bactérienne
Obligatoire Facultative
Paroi capsule
Membrane cytoplasmique inclusions intracytoplasmiques
Cytoplasme (ribosomes) plasmides
Appareil nucléaire flagelles
pili et fimbriae

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 A- LES ELEMENTS CONSTANTS DE LA BACTERIE

Représentation schématique montrant les différentes structures bactériennes

(constantes)

1- Le cytoplasme

C’est le milieu intérieur des bactéries. Il contient en plus du noyau, des organites
intracellulaires.
=>au plan physique : c’est un système colloïdal coagulable et floculable c’est une phase
intermédiaire entre le liquide (fluidité, viscosité de 80%) et le solide (élasticité et résistance).
=>Au plan chimique : il est constitué de 80% d’eau, de substances dissoutes [ ARN (ARNt,
ARNm, ribosomes) ; protéine, glucose ; lipides, vitamines, ions, pigments)], et d’inclusions
(facultative) vacuolaire, granulaire.
Les inclusions représentent des réserves énergétiques.

2- Le noyau
Le noyau bactérien est dépourvu de membrane, réduit à un seul chromosome. Il est porteur
d’informations génétique indispensables à la vie de la bactérie.

 Morphologie et structure du noyau

Le noyau présente une forme très variable selon l’espèce et l’état physiologique de la bactérie.
Ainsi le noyau peut prendre l’aspect de réseau, de grands ronds, de bâtonnet, d’un V ou d’un
U ou d‘haltère.

Le microscope électronique(ME) montre :

 Absence de membrane nucléaire
 Structure fibrillaire et moins dense que celle du cytoplasme, absence de nucléole
 Limite nette entre le noyau et le cytoplasme (différence de composition chimique)

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  L’ADN sous forme de filaments, ou de faisceau ou de séries d’anneaux stratifiés.
 L’appareil nucléaire ne contient qu’une chaine d’ADN représentant un seul
chromosome

 Importance du rôle du noyau

- Rôle biologique dans la régulation des synthèses protéiques
- Agent taxonomique (GC%)
- Rôle moléculaire important car on peut avoir des mutations ayant une influence sur
l’action des enzymes.
- Génétique bactérienne : transfert génétique, combinaison chromosome-plasmide
- Sites d’action des antibiotiques.
 Antibiotique inhibant l’écartement des brins
 ATB inhibant l’ADN polymérase
 ATB inhibant l’ARN polynérase

3- La membrane cytoplasmique
3.1. Structure
C’est une structure interne à l'interface entre le cytoplasme et les structures externes.
C'est une membrane trilamellaire formée d’une double couche de phospholipides dont les
pôles hydrophobes sont face à face, associée à des protéines (perméases, enzymes
respiratoires, PLP = Protéines de Liaison aux Pénicillines).

Les perméases, ont un rôle important dans les échanges. D’autres ont un rôle dans la synthèse
du peptidoglycane et sont des protéines de liaison aux pénicillines (PLP ou PBP).
D'autres protéines sont des enzymes respiratoires ou impliquées dans la production d'énergie
(ATPase).

La membrane cytoplasmique ne possède pas de stérols (différent des eucaryotes).

3.2. Fonctions principales

La membrane a un rôle métabolique majeur: on y trouve la plupart des activités associées aux
mitochondries dans la cellule supérieure :
● Perméabilité sélective et transport des substances solubles vers l’intérieur de la bactérie ;
rôle de barrière osmotique et de transport grâce aux perméases.
● Fonction respiratoire par transport d’électrons et de phosphorylation oxydative pour les
bactéries aérobies.
● Excrétion d’enzymes hydrolytiques

Les flagelles bactériens y sont fixés. C’est là que se génère leur mouvement tournant. Elle est
détruite par certains antibiotiques (polypeptides, antiseptiques).

4- La paroi bactérienne (membrane externe)

C’est une structure extrêmement importante : en effet, c’est un élément essentiel de

l’architecture bactérienne et elle singularise le monde bactérien.
 Définition
Structure qui confère aux bactéries leur forme caractéristique et des propriétés tinctoriales
variables envers certains colorants, elle est à l’origine de certains aspects culturaux
particuliers, elle porte la plupart des antigènes et participe aussi au pouvoir pathogène de

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certaines bactéries. En résumé, c’est un squelette externe qui protège la bactérie et lui confère
la plupart de ses propriétés.

 Structure
Le Microscope électronique (ME) permet d’observer selon le groupe bactérien (Gram+ et
Gram-) deux types de paroi bactérienne

BACTERIE GRAM + BACTERIE GRAM -

La paroi des bactéries Gram positives est épaisse et homogène. Elle est constituée
principalement de peptidoglycane. Des polyosides, les acides teichoïques et lipoteichoïques
(associés à la membrane plasmique par liaison avec les glycolipides) traversent cette couche
de peptidoglycane.
Pour Les Gram + on a une énorme couche de peptidoglycane qu’on appelle Muco complexe
de PARK.
Ce complexe est composé de 200 à 500 couches de peptidoglycane. Ces couches constituent
une barrière importante qui empêche la pénétration des colorants.

Paroi des bactéries à Gram positif

On a : 50 % peptidoglycane
49 à 50 % Acide teichoïque
2 % lipides faibles

La paroi des bactéries Gram négatives est plus complexe : une fine couche de peptidoglycane
est recouverte par une membrane externe. La lipoprotéine de Braun est liée au peptidoglycane
par liaison covalente d’un côté, elle est « enfouie » dans la membrane externe par son
extrémité hydrophobe de l’autre côté. La membrane externe est constituée d’une double
couche de phospholipides, de lipopolysaccharides (LPS) et de protéines (OMP : « outer
membrane protein ») permettant le passage de petites molécules, les porines. Le LPS
correspond à l’endotoxine des bactéries Gram négatives.

Pour les Gram -, il y a1 à 2 couches de peptidoglycane. La présence de lipopolysaccharide

dans la membrane externe confère aux bactéries Gram – leur pourvoir antigénique : antigène
O.
Paroi des bactéries à Gram négatif
Elle est beaucoup plus complexe.
On a : 10% peptidoglycane

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 Lipoprotéine
Lipopolyosides (lipopolysacarrides, polyoses)
Matériel protéique

Il y a analogie entre les appellations « endotoxine », « lipide A »,« Antigène O » et «

membrane externe ».

Coloration de Gram

Elle permet de distinguer la paroi des bactéries ayant + du peptidoglycane. Coloration en 4

étapes :
1. coloration par le violet de gentiane ;
2. mordançage avec du lugol (solution d’iode iodo-iodurée) ;
3. décoloration par l’alcool
4. coloration par la safranine
Etapes 1 et 2 = coloration en violet du contenu de la bactérie et fixation par le lugol des
structures internes.
Etape 3 = décoloration du cytoplasme des bactéries ayant une paroi pauvre en peptidoglycane
qui laisse passer l’alcool pour éliminer le violet de gentiane = bactérie à Gram négatif
Etape 4 = contre-coloration par la safranine teintant en rose les bactéries précédemment
décolorées.
Les bactéries à Gram positif restent colorées en violet (pas de passage à travers la
couche de Peptidoglycane)

 Caractères morphologiques des B.A.A.R

Les mycobactéries sont des bacilles droits ou légèrement incurvés, de 0,2 à 0,6 μm de
diamètre sur 1,0 à 10,0 μm de longueur, présentant parfois des renflements ou des
ramifications, formant occasionnellement des filaments qui se fragmentent très facilement en
éléments bacillaires. Elles sont immobiles et non sporulées.
Ces bactéries sont difficilement colorées par la coloration de Gram mais sont considérées
comme à Gram positif. En fait, la paroi des mycobactéries possède une structure plus
complexe que la paroi des bactéries à Gram positif et, sur un frottis coloré par la technique de
Gram, les mycobactéries apparaissent souvent comme non colorées.
Leur mise en évidence repose sur leur propriété particulière d’acido-alcoolo-résistance, ce
pourquoi on les appelle des B.A.A.R. (Bacilles Acido-Alcoolo Résistants).

 Propriétés de la paroi des Mycobactéries

La propriété d'acido-alcoolo-résistance est liée à la structure même de leur paroi cellulaire qui
forme une véritable enveloppe cireuse et protectrice du fait de sa richesse exceptionnelle en
acides gras et lipides (23 % pour 1-2 % chez les autres germes).
Le squelette de la paroi est composé de peptidoglycane (appelé aussi muréine) relié de
façon covalente à un hétéroside : l'arabinogalactane, lui-même estérifié par des acides
mycoliques, acides gras particuliers à très longue chaîne. Ils forment alors des cires.
La présence de ces cires de mycolates d'arabinogalactane dans la paroi fixées sur le
peptidoglycane est cause de l'AAR par :

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 L'hydrophobie importante qui rend difficile la pénétration des agents colorants et
décolorants.
 La fixation de la fuchsine sur les acides mycoliques, fixation qui retiendrait de plus la
fuchsine qui a pénétré dans le bacille.

PAROI D’UNE MYCOBACTERIE

 COLORATION DE ZIELH

Méthode de référence pour l’identification tinctoriale spécifique des mycobactéries, cette

coloration s’effectue en trois temps sur un prélèvement préalablement étalé, séché et fixé par
l’alcool (frottis) sur une lame :

1. coloration par la fuchsine phéniquée pure à chaud (à émission de vapeurs) trois

fois pendant 10 min suivi d’un rinçage à l’eau,
2. double décoloration : par l’acide nitrique au 1/3 ou l’acide sulfurique au 1/4 (2
min) puis par l’alcool à 90° (2 min) suivi d’un rinçage à l’eau,
3. contre-coloration par le bleu de méthylène phéniqué (2 min) suivi d’un rinçage à
l’eau.

Observées, au microscope optique avec un objectif à immersion :

----- les mycobactéries apparaissent comme des bacilles, droits ou

parfois incurvés, rouges vif

----- les cellules et autres bactéries sont colorées en bleu.

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  Rôle de la paroi.
 Rôle mécanique
Par sa rigidité et son élasticité, la paroi bactérienne assure une protection contre les agents
externes (chocs osmotiques), contre les agents internes (pression interne jusqu'à 25 atm); elle
permet le maintien de la forme bactérienne lors de dessiccation, fixation et coloration.
 Rôles dans les propriétés tinctoriales des bactéries : coloration de gram, coloration
de ziehl
Rôle physiologiques
-elle intervient dans la croissance (lors de la division bactérienne) ;
-elle permet la fixation de phages
Rôle immunologique
La plupart des constituants antigéniques d’une bactérie sont localisés dans la paroi.
Gram (+) : polysaccharides et acides teichoiques.
Gram (-) : lipopolysaccharides : complexe antigénique.
 Pouvoir pathogène
Il s’explique en partie par la nature de la paroi
Gram (+) : certains constituants, comme la protéine M de Streptocoque, jouent un rôle dans le
pouvoir pathogène.
Gram (-) : le pouvoir pathogène s’explique par l’existence d’une lipopolysaccharides :
l’endotoxine.
 Applications liées à la paroi
- Applications thérapeutiques :
 anti-infectieuse (repose sur la nature de la paroi des germes infectieux à traiter.
Les Gram+ sont des candidats idéaux pour une thérapeutique à base de β
lactamines.
 Stimulation de l’immunité non spécifique : le LPS des Gram- utilisé à faible
dose peut stimuler l’immunité non spécifique.
- Applications prophylactiques
Les propriétés antigéniques et adjuvantes de la paroi sont mises à profit dans la préparation
des vaccins. Certains vaccins sont uniquement constitués d’antigènes pariétaux.

5- Ribosomes
Ils sont constitués d'ARN et de protéines. Les ribosomes bactériens comprennent deux sous-
unités (30S, 50S).

Ils sont particulièrement présents à proximité de la membrane cytoplasmique, site de synthèse

de la paroi et des protéines exportées. Ils n'ont pas la structure des ribosomes des eucaryotes
expliquant la spécificité propre au monde bactérien. Des antibiotiques perturbent la synthèse
des protéines à leur niveau
(tétracyclines).

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 B- ELEMENTS INCONSTANTS DE LA BACTERIE

Représentation schématique montrant les différentes structures bactériennes

1- La capsule

De nombreuses bactéries élaborent des substances organiques visqueuses qui s’accumulent à

l’extérieur de la paroi en couches plus ou moins compactes. Elle est incolore au MO et
invisible au ME. On la met en évidence par la coloration de BARMS. C’est une enveloppe
externe facultative. Elle participe au pouvoir pathogène en inhibant la phagocytose.

 Morphologie et structure et composition

Au MO, elle se présente sous forme d’un halo clair entourant la bactérie. Au ME, la capsule
est moins dense que le cytoplasme et n’a pas de structure interne.
La forme est celle de la bactérie. La capsule peut entourer chaque bactérie isolement ou une
file de cellules.
La capsule est composée de 98 % d’eau. En plus de l’eau, la nature biochimique du matériel
capsulaire est parfois polypeptidique (chez Bacillus anthracis) le plus souvent
polysaccharique (Chez Pneumocoque et klebsiella).

 Rôles de la capsule
 La capsule n’est pas indispensable à la vie de la bactérie car les bactéries privées de
capsule peuvent croître et se multiplier. Il n’y a pas d’altération de la fonction cellulaire
mais la bactérie est plus vulnérable et la capsule apparaît comme un :
 Important facteur de survie de la bactérie :
- la protection contre la phagocytose constitue un important facteur de virulence

13
 - Protection de la bactérie dans l’environnement (agent physico-chimiques, les
protozoaires, les bactériophages)
- Réserves de nutriments (sucre)
- Rôle dans le diagnostic : recherche des antigènes solubles par immunodiffusion
(méningocoques) ou précipitation en milieu liquide (test d’Ascoli pour Bacillus
anthracis).
- Rôle dans la prophylaxie : les antigènes capsulaires sont immunogènes, d’où leur
utilisation dans les vaccins (Bordelleta pertussis, pneumocoque).

Les capsules sont antigéniques (Antigène K).

2- Le glycocalyx
C’est une sorte de feutrage de fibres polysaccharidiques qui entoure la bactérie et lui permet
d’adhérer soit sur une surface inerte, soit sur des cellules vivantes.
Exemple : Certains Streptocoques : Streptococcus mutans (plaque dentaire), Streptococcus
salivarius (gengivite).
Il crée également un microenvironnement qui protège et concentre les toxines élaborées par la
bactérie empêchant leur destruction.

3- Les flagelles ou cils

Ce sont des organites facultatifs qui assurent la mobilité des bactéries. Toutes les bactéries qui
en possèdent sont mobiles.

 Morphologie, structure, composition

Certaines bactéries sont mobiles et peuvent se déplacer grâce à un ou plusieurs flagelles,

d’autres bactéries peuvent se déplacer par glissement.

Les flagelles des bactéries sont de longs appendices protéiques flexibles. Leur nombre et leur
position peuvent différer selon les espèces de bactéries :

- Bactéries monotriches : un seul flagelle à un pôle de la bactérie (exemple des Vibrio).

- Bactéries lophotriches : plusieurs flagelles au pôle de la bactérie (Pseudomonas par
exemple).
- Bactéries amphitriche : flagelles situés aux extrémités de la bactérie.
- Bactéries péritriches : les cils sont situés aux alentours de la bactérie.
Exp : Escherichia coli

Les bactéries mobiles peuvent réagir à des stimuli, être attirées par des substances nutritives
comme les sucres, les acides aminés, l’oxygène, ou être repoussées par des substances
nuisibles. Ce comportement est appelé le chimiotactisme. Des chimiorécepteurs de nature
protéique sont présents au niveau de la membrane plasmique et du périplasme des bactéries et
peuvent détecter différentes substances attractives ou nocives.

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Les flagelles sont constitués d’une protéine appelée flagelline.

Les flagellines sont antigéniques. Elles correspondent à l’antigène H (HAUCH = mobile).

 Rôles
-Mobilité, source d’énergie locomotrice (ATP)
-Taxonomie : bactéries flagellées et bactéries non flagellées (immobiles)
-antigénique : l’antigène H qui permet de distinguer les espèces de Salmonelles et donc de
réaliser des sérotypages. La réaction de Vidal basée sur la présence de flagelle de Salmonelle :
cas de la fièvre typhoïde.
-récepteur pour certains phages. Ce sont les bactéries qui transportent le génome des virus.

4- Pili ou fimbriale

Ce sont des appendices filamenteux courts et rigides présents à la surface des bactéries Gram
(-).
On distingue deux types :
 Pilis communs : nombreux, 100 à 200 par bactérie. 0,2-2µ de long, rôle dans
l’adhésion des bactéries aux cellules animales.
 Fonctions : fixation sur Globules rouges à l’origine de l’hémagglutination
Fixation à la surface des phagocytes à l’origine de la colonisation du tube digestif
Adhésion des bactéries à la surface des muqueuses = facteur de pathogénicité
Exemple : Bactérie enthéropathogène : possède des pilis (facteur d’attachement) et secrète
une toxine.
 Pilis sexuels : 3 à [Link] sont très longs (20 microns) et terminés par une ventouse. Ils
n’existent que chez les mâles. Rôle dans la conjugaison qui va se faire par le transfert
de l’ADN de la bactérie mâle vers la bactérie femelle.

5- La spore bacterienne

La spore est un organite facultatif. On la rencontre chez certains bactéries (généralement

Gram+ : Bacillus, Clostridium et plus rarement chez les bactéries Gram-négatif : Yersinia.
Elle représente chez ces bactéries, une forme de résistance aux conditions défavorables de la
vie.

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  Conséquences et applications
- Rôle taxonomique : La position de la spore à l’intérieur de la bactérie représente un critère
important pour l’identification et la classification des bactéries sporulées
- Résistance aux conditions défavorables de vie : elle assure la conservation de l’espèce
bactérienne
- Epidémiologie de certaines maladies infectieuses dites tellurique : En effet, les animaux
peuvent se contaminer au niveau du sol (charbon, botulisme gangrène, tétanos) et ceci est
à l’origine de conséquence spécifique :
 La spore est un facteur de pérennisation de ces maladies.
 Explique leur mode de transmission : ce sont des anazooties (le sol est la source
commune de contamination)
 Les maladies telluriques sont des maladies localisées (champs maudit) et on un aspect
saisonnier.
 L’impossibilité de faire de la prophylaxie sanitaire de ces maladies car il est impossible
de détruire les germes dans le sol (on fait de la prophylaxie médicale).
- Prophylaxie :
 Prophylaxie sanitaire : la résistance aux rayons UV, et à certaines substances chimiques
rend la désinfection difficile
 Prophylaxie médicale : le phénomène de sporulation est utilisé dans la préparation de
certains vaccins.

C- LES BACTERIES SANS PAROI

Ce sont les bactéries qui ont perdu tout ou une partie de leur paroi par suite d’une déficience
des processus de synthèse de leur murène soit spontanément, soit artificiellement et ont de ce
fait une morphologie transformée.
La dénomination forme L est réservée aux organismes apparus spontanément, pour les
variants apparaissant sous l’effet d’artifice de laboratoire, on utilise le terme de protoplastes et
de sphéroplastes.
Les mycoplasmes sont des bactéries sans paroi et incapable de produire les percuseurs du
peptidoglycane contrairement aux forme L et aux protoplastes. Ces sont les plus petits
microorganismes, vivant à l’état libre, doués de pouvoir de synthèse et capables de cultiver
sur milieu inertes. Ce sont des procaryotes de taille comparable à celle des gros virus,
dépourvus de paroi. Ils forment un groupe très hétérogène d’espèces commensales ou
pathogènes.

Exemple de mycoplasmes d’importance vétérinaire :

- Mycoplasma mycoïdes subsp mycoides : PPCB
- Mycoplasma mycoïdes subsp capri : PPCC
- Mycoplasma agalactiae : Mammites
- Mycoplasma gallisepticum : Maladie respiratoire chronique chez les volailles
- Mycoplasma hyopneumonie : Pneumonie enzootique du porc

III- NUTRITION ET CROISSANCE BACTERINNE

III – 1 La nutrition bactérienne

Il y a trois types d’éléments qui composent les besoins nutritifs des bactéries :
- les besoins constitutifs ou élémentaires
- les besoins énergétiques

16
- les besoins spécifiques.

A- Les besoins élémentaires

Ce sont les aliments destinés à apporter des matières premières nécessaires à l’élaboration des
nouvelles bactéries. On cite : l’hydrogène, l’O2 , l’azote, le phosphore, le soufre, le carbone.
Au niveau des sources de carbone, on parle de bactéries autotrophes et hétérotrophes.

. Les bactéries autotrophes

Le carbone est un des éléments les plus abondants des bactéries, il doit être fourni en quantité
suffisante. Les bactéries qui peuvent se développer en milieu inorganique, contenant le CO 2
comme seule source de carbone sont dites autotrophes.
Elles sont capables d’utiliser des substances d’ammonium comme source d’azote et elles sont
capables de croître dans un milieu minéral.

. Les bactéries hétérotrophes

Elles exigent des composés organiques pour se reproduire.
Elles sont capables d’utiliser des substances d’ammonium comme source d’azote et elles sont
capables de croître dans un milieu minéral.

B- les besoins énergétiques

En fonction de la source d’énergie on distingue 2 classes de bactéries.

. Les bactéries phototrophes

Les bactéries phototrophes puisent leur énergie de la lumière. Si la source d'électrons est
minérale, les bactéries sont dites photolithotrophes, si la source d'électrons est organique, les
bactéries sont dites photoorganotrophes. Aucunes de ces bactéries n’est pathogène.

. Les bactéries chimiotrophes

Les bactéries chimiotrophes puisent leurs énergies des réactions chimiques
d’oxydoréduction. Si les composés (donneurs d’électrons) sont inorganiques comme H2S, H2,
Fe2+ ou NH3 ..., les bactéries sont dites chimiolithotrophes. Si le donneur d’électron est
organique, elles sont dites chimioorganotrophes. La réaction type peut se résumer comme
suit : D = donneur électrons ; A= accepteur d’électron
DH2 + A D = AH2 + énergie
Les bactéries chimiotrophes ou chimiosynthétiques vont utiliser soit les composés minéraux,
soit les composés organiques. Toutes ces bactéries sont pathogènes ou saprophytes et elles
vont tirer leur énergie de l’oxydation de substrat organique par l’intermédiaire de réactions
d’oxydo-réduction.
Les substrat organiques oxydables sont soit un sucre, soit un métabolite simple (acide aminé
ou protéine simple).

C- Les besoins spécifiques : facteur de croissance.

Beaucoup de bactéries isolées dans la nature (souche sauvage) peuvent croître avec des
éléments simples : ce sont des bactéries prototrophes (BACTERIE NON EXIGENTE).

17
Certaines bactéries quant à elles, nécessitent pour leur croissance l’addition d’un ou plusieurs
composés complexes c’est-à-dire l’addition de composés dont la bactérie est incapable
d’assumer la synthèse à partir d’éléments simples.
Exp : Proteus vulgaris
Cette bactérie pour pousser à besoin d’un milieu contenant de la nicotinamide. Le proteus est
auxotrophe (BACTERIE EXIGENTE) pour la nicotinamide. La nicotinamide représente un
facteur de croissance pour le proteus.

III-2 La croissance bactérienne

1- Éléments nutritifs
Les différents aliments pour couvrir les besoins de croissance des bactéries sont les besoins
élémentaires ou constitutifs, besoins énergétiques et les besoins spécifiques.

2- Humidité
Une humidité abondante est nécessaire à la croissance bactérienne. Cependant certaines
formes de spores résistent à la dessiccation. C’est le cas de la diphtérie, de la tuberculose.
D’autres sont sensibles des gonocoques, de la syphillis.

3- Température
Selon la température optimale des bactéries, on distingue :
- les bactéries mésophiles dont l’optimum est compris entre 20 et 40°C.
- les bactéries psychrophiles avec une température optimale de 0°C.
- les bactéries thermophiles qui se multiplient préférentiellement entre 45 et 65°C.

4- Le pH
Les bactéries se développent à pH neutre ou légèrement alcalin (pH 7 à 7,5). Certaines
bactéries poussent à pH acides : elles sont acidophiles comme les Lactobacillus. D’autres à
pH alcalin par exemple les Vibrions : elles sont basophiles.

18
 5- L’oxygène
L’exigence des bactéries vis-à-vis de l’oxygène moléculaire (O 2) permet de distinguer
plusieurs groupes :
- les bactéries aérobies strictes qui nécessite de l’oxygène pour leur développement ;
- les bactéries anaérobies strictes qui ne peuvent croître en absence d’oxygène ;
- les bactéries anaérobies facultatives capables de croître avec ou sans oxygène ;
- les bactéries microaérophiles qui ne necessite qu’une faible quantité d’O2 .

19
CHAPITRE 2 : LES VIRUS
GENERALITES ET DEFINITION

Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il utilise
le métabolisme et ses constituants pour se répliquer.

La notion de maladie virale remonte à la fin du 19 eme siècle, période à laquelle pasteur et
d’autre chercheurs ont démontré que les maladies atteignant les hommes (rage), les animaux
(fièvre aphteuse) et les végétaux (mosaïque du tabac) dépendaient d’un agent pathogène ultra
filtrable c’est-à-dire capable de passer à travers des pores de filtres en porcelaine connues
pour retenir les bactéries.

De plus, ces agents sont invisibles au microscope optique. Ces agents pathogènes ont été
désignés par le terme de Virus.

Il faut attendre les progrès de la biologie cellulaire au début du 20 ème siècle pour qu’il soit
possible d’identifier les virus à partir de plusieurs caractères.

Chez les hommes, les virus sont responsables de pathologie parfois bénignes : cas de la
rhinite, ou de pathologie grave : cas de la poliomyélite.

Ils peuvent être redoutables comme la rubéole. Les virus peuvent être aussi responsables de
maladie tumorales.

Critères pour différencier les virus des bactéries

Bactéries Virus

Dimension > 250 nm < 250 nm

(Microscope Optique.) (Microscope Electronique)

Croissance sur milieu acellulaire + -

Multiplication par scission binaire + -

Acide nucléique ADN et ARN ADN ou ARN

Ribosomes + -

Enzymes du métabolisme + -
énergétique

Sensibilité aux antibiotiques + -

Sensibilité à l’interféron - +

I- CARACTERISTIQUES DES VIRUS

20
 1- Unité structurales des virus

L’unité structurale des virus est le virion. Le virion représente la forme de dissémination des
virus. Il assure le transfert de l’infection d’une cellule à l’autre et d’un organisme à un autre.

Le virion présente une structure particulaire qui l'oppose aux êtres vivants à structure
cellulaire procaryote (les bactéries) ou eucaryote. L'agencement des principaux constituants
de la particule permet de reconnaître aux virions un type de symétrie caractéristique (par
exemple, symétrie hélicoïdale ou symétrie cubique).

2- Type d’Acide nucléique

Le virion possède un seul type d'acide nucléique qui peut être soit du ADN soit du ARN.
Les deux molécules ne coexistent donc pas dans la particule virale, ce qui oppose les virus
aux autres formes vivantes connues jusqu'à ce jour.

3- Reproduction par réplication

le virion se reproduit uniquement à partir de son matériel génétique par réplication de

son génome. Il n'existe pas de scissiparité comme chez les bactéries et il n'y a pas de mitose
comme dans les cellules eucaryotes.

4- Parasitisme intracellulaire absolu

Les virus sont doués d'un parasitisme intracellulaire obligatoire. Ils ne peuvent se
reproduire qu'au sein d'une cellule hôte vivante. Du fait d'un parasitisme intracellulaire absolu
le virus ne possède aucun système enzymatique ou énergétique lui permettant d'assurer sa
propre auto-réplication. Il est donc amené à détourner et à utiliser pour sa propre biosynthèse
l'ensemble des macromolécules de la cellule qu'il parasite (ribosome, ARN-t, activité
enzymatique, système de régulation). Au cours de l'interaction entre la particule virale et sa
cellule hôte, deux éventualités principales sont possibles :

a. La multiplication virale peut aboutir à la mort de la cellule : c'est ce que

l'on appelle la lyse cellulaire.
b. Il peut contacter avec elle des relations qui résultent en des lésions non
léthales cellulaires : persistance virale.

Les conséquences du parasitisme intracellulaire sont :

- Difficulté de diagnostic de l’infection virale.
Cette difficulté réside dans le fait que le support de ce diagnostic se doit être un support vivant
mais en même temps que ce support respecte la spécificité de la relation hôte-virus.

- Difficultés de la chimiothérapie antivirale

En effet pour qu’une substance antivirale atteigne un virus, il faut qu’elle passe par les
différentes barrières et se fixe sur l’une des cibles d’action. Or très souvent, cette cible est
partagée entre le virus et la cellule.
En résumé, les 4 caractères de définition du virion sont les suivants :

21
  un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le
génome
 reproduction par réplication du génome
 il s'agit d'un parasitisme intracellulaire absolu
 il s'agit d'une structure particulaire.

II- TECHNIQUES D'ETUDE DES VIRUS

Il existe différentes techniques d'étude des virus :

1- La microscopie électronique permet soit la visualisation du virion, soit la
visualisation des acides nucléiques. La visualisation du virion par microscopie
électronique peut se faire soit par la technique d'ombrage, soit par la technique de
coloration négative. La visualisation des acides nucléiques par microscopie
électronique fait appel à une technique de flottage des ARN ou des ADN sur une
surface liquide recouverte d'un film de protéine et à l'ombrage métallique de la
préparation ainsi obtenue. Les méthodes de microscopie électronique permettent
d'obtenir de nombreux renseignements sur la taille des virus et sur la topologie de leur
acide nucléique.
2- la diffraction des rayons X
3- l'ultra centrifugation
4- l'électrophorèse
5- les techniques biochimiques
6- les techniques immunologiques

L'ensemble de ces techniques ne sera pas détaillé ici.

Ces techniques ont montré :

- que le virus est constitué d’un filament d’acide nucléique (sous forme d’une seule molécule)
enfermé à l’intérieur d’une coque rigide ou flexueuse, la capside (du grec « capsa » : la boîte).
L’ensemble capside et acide nucléique constitue la nucléocapside.

- que chez certains virus, cette capside est nue ; chez d’autres elle est enclose dans une
enveloppe ou « peplos ».

III – ANATOMIE GÉNÉRALE DES PARTICULES VIRALES

Les éléments importants constituant les virus :

- Acide nucléique : génome ADN ou ARN.
- Capside : protéines entourant ADN ou l’ARN. Il y a deux symétries pour la capside :
icosaédrique et hélicoïdale.
- Enveloppe : structure lipidique inconstante, on parle de virus nus ou enveloppés.

Le génome est toujours présent mais est très variable : ADN/ ARN, double brin/simple brin,
circulaire/linéaire, en un seul segment/avec plusieurs segments (jusqu'à 15 segments).
Dans la classification des virus on distingue en premier lieu virus à ADN et virus à ARN.
La principale différence entre les virus à ARN et à ADN est que les virus à ARN ont une
réplication peu fidèle (nombreuses erreurs) par rapport aux virus à ADN. (les ARN
polymérases n’ayant pas les mécanismes de détection et correction d’erreurs qu’ont les ADN
polymérases des virus à ADN). Ainsi les virus à ARN sont plus sensibles aux variations
génétiques (VIH, virus hépatite C, par exemple)

22
La capside est la chose la plus spécifique du virus. Ce sont des protéines réunies de façon
stable autour d'un acide nucléique. L'assemblage est très stable grâce à des propriétés
éléctrodynamiques. Elle peut être hélicoïdale ou polyédrique (icosaèdre à 20 faces)

NB : Le nucléocapside est l'ensemble composé du génome et de la capside.

L’enveloppe n'est pas obligatoire, elle est beaucoup plus souple et souvent dérivée des
membranes cellulaires (cytoplasmique, golgienne, ou nucléaire) selon les virus. Elle contient
des lipides de la cellule et des protéines virales qui seront reconnues par le système
immunitaire de l'organisme. On distingue les virus nus et les virus enveloppés.

IV-CLASSIFICATION DES VIRUS

La classification des virus a d’abord été faite selon l’hôte chez lequel ils se multiplient (virus
des vertébrés, virus des végétaux, virus des bactéries etc.). Ensuite selon les troubles qu’ils
provoquent (virus respiratoires, virus entériques etc.) ou leur modes de transmission (par les
arthropodes : arbovirus.

Depuis 1976 (Comité internationale de la nomenclature des virus), les virus sont catalogués
d’après leur structure :
- le type de leur acide nucléïque (ADN ou ARN),
- la symétrie de leur capside (cubique ou hélicoïdale),
- le lieu où leurs éléments sont assemblés (dans le noyau ou le cytoplasme de la cellule
infecté,
- la présence ou l’absence de l’enveloppe (virus nus ou virus enveloppés),
- le nombre de capsomères.

V- STRUCTURE DES VIRUS

A. L’acide nucléique
Le filament de l’acide nucléique peut être de l’ADN ou de l’ARN. Il représente le génome
viral. Il peut être circulaire ou linéaire, bicatenaire (double brin) ou monocatenaire (brin
simple).
A. 1 Virus à ADN
Ce sont des virus dont le matériel génétique est formé d’ADN. Les ADN des virus animaux,
le plus souvent bicaténaires et linéaires, présentent pour la plupart une structure
tridimensionnelle classique appelée en double hélice (double chaîne
désoxyribonucléotidique, complémentaire et anti-parallèle).

Des exceptions doivent cependant être notées :

- le génome des parvoviridae est monocaténaire,
- Le génome bicaténaire du virus de l'hépatite B est circulaire
- Le génome des papovaviridae , bicaténaire circulaire se présente sous deux
formes :
 une forme 1, super hélicoïdale torsadée
 Une forme 2, circulaire simple

La masse moléculaire des ADN viraux s'étale sur une large échelle allant de 1 à 180 x106
dalton:
 3.106 dalton (1.5 u de longueur) pour les petits (virus du polyome, S.V.40)

23
  à 160.106 dalton (80 u de longueur pour le virus de la vaccine).

Nom de famille et Diamètre en Nombre Symétrie Enveloppe Exemples

type d’acide nm capsomères ou
nucléique
Poxviridae (B) 230 x 300 complexe oui Vaccine
Varioles
Herpesviridae (B) 100-200 162 cubique oui Rhinopneumonie éq
Rhinopneumonie bov
Marek, Aujeszky
Asfarviridae (B) 130 1500 cubique oui Peste porcine africaine
Adenoviridae (B) 70-90 252 cubique non Hépatite inf canine
(Mie de Rubarth)
Papovaviridae (B) 45-55 72 cubique non Verrue des bovins
Papillome CN, CV,
Bov
Parvoviridae (M) 18-26 32 cubique non Panleucopénie féline
Parvovirose CN, Porc,
Bov

A. 2 Virus à ARN
Ce sont des virus dont le matériel génétique est formé d’ADN. La variabilité des ARN
viraux est sensiblement moins grande que celle des ADN. Les ARN viraux, généralement
monocaténaires et linéaires, ont une masse moléculaire comprise entre 2 X 106 dalton (virus
de la mosaïque du tabac) ou 2,7 X106 dalton pour les entérovirus et 15 X106 dalton pour les
reovirus.
Habituellement monocaténaire et linéaire; le poids moléculaire (P.M) de ces ARN est plus
faible :
seule exception : l’ARN des Réovirus, de structure bicaténaire (l’adénine s’unit alors à
l’uracile et non à la thymine comme dans l’ADN).

Nom de famille et type Diamètre Nombre Symétrie Enveloppe Exemples

d’acide nucléique en nm capsomères
Paramyxoviridae(M) 150-300 12-18 hélicoïdale oui Maladie de Carré (CN)
PB, PPR, Newcastle
Orthomyxoviridae (M) 80-120 6-9 hélicoïdale oui Influenza aviaire (PA)
Influenza des chevaux
Rhabdoviridae (M) 60 x 180 18 hélicoïdale oui Rage, Stomatite
vésiculeuse
Coronaviridae (M) 80-130 ? hélicoïdale oui Bronchite infectieuse

Retroviridae (M) 150 ? hélicoïdale oui Leucoses (aviaire,

féline, Bovine)
SIDA.
Bunyaviridae (M) 100 ? hélicoïdale oui Fièvre vallée du Rift
Maladie de Naïrobie
Nom de famille et type Diamètre Nombre Symétrie Enveloppe Exemples
d’acide nucléique en nm capsomères

24
Filoviridae (M) 89 ? hélicoïdale oui Fièvre Ebola, Fièvre
hémorragique de
Marburg
Togaviridae (M) 40-70 32 ou 42 ? cubique oui Encéphalique équine
Flaviviridae (M) - - cubique oui Peste porcine classique

Reoviridae (B) 60-80 32-92 cubique non Fièvre catarrhale ovine

(Blue tongue)
Peste équine
Picornaviridae (M) 20-30 32 cubique non Fièvre aphteuse
Poliomyélite
Caliciviridae (M) 35-40 32 cubique non Exanthème vésiculaire
du porc, Coryza du chat

Birnaviridae (M) 60-65 92 cubique non Bursite infectieuse

(Maladie de Gumboro)

B. La capside

La capside est une coque de nature protéique qui entoure et protège l’acide nucléique viral.
Elle est constituée de sous unités protéiques appelées capsomères. L’ensemble de la capside et
du génome est nommé nucléocapside. La capside a pour fonction la protection du génome
La structure de la capside peut présenter plusieurs formes :
- Les virus à symétrie cubique (ou à capside icosaédrique)
- les virus à capside hélicoïdale.

C. L’enveloppe

L’enveloppe virale est de nature lipido-protéique. C’est un élément propre à certain virus. Les
virus possédant une enveloppe sont les virus enveloppés. Les virus ne possédant pas
d'enveloppe sont les virus nus.

L’enveloppe virale peut avoir trois origines :

- La membrane nucléaire de la cellule hôte : cas des Herpès virus ;
- La membrane cytoplasmique de la cellule hôte : cas de Togaviridae
- L’enveloppe peut tirer son origine dans le milieu cytoplasmique : cas des
Orthomyxovirus (oreillons).

L’enveloppe virale possède les spécificités antigéniques du virus.

25
Virions icosaédriques au Virus icosaédriques
microscope électronique
La capside icosaédrique entraîne une apparence
sphérique du virus. Les protomères sont organisés en
capsomères, disposés de manière régulière et
géométrique. Un capsomère est composé de cinq ou
six protomères, appelés pentons aux sommets et
hexons au niveau des faces et des arêtes. Parmi les
virus icosaédriques, les parvovirus ont une capside
formée de 12 capsomères, les poliovirus 32
capsomères, les papillomavirus 72 capsomères, tandis
que la capside des adénovirus est constituée de 252
capsomères.

Schéma d’une capside hélicoïdale

Virus hélicoïdaux
Ces virus sont de longs cylindres (300 à 400 nm),
creux, composés d’un type de protomère enroulé en
spirale hélicoïdale formant des anneaux appelés
capsomères. Ils peuvent être rigides ou flexibles. Le
matériel génétique est logé à l’intérieur du tube. Le
virus de la mosaïque du tabac est un exemple de
virus hélicoïdal très étudié.

26
 Virus enveloppés
Schéma d’un virus enveloppé En plus de la capside, certains virus sont capables
de s’entourer d’une structure membranaire
empruntée à la cellule hôte. Cette enveloppe
membranaire est composée d’une bicouche
lipidique qui peut posséder des protéines codées
par le génome viral ou le génome de l’hôte. Cette
enveloppe donne quelques avantages aux virions
par rapport à ceux composés d’une capside seule,
comme la protection vis-à-vis d’enzymes ou de
composés chimiques. Les virus enveloppés sont
par contre plus fragiles dans l'environnement
extérieur, sensibles aux détergents et à la
dessiccation. Les glycoprotéines, formant des
spicules, fonctionnent comme des récepteurs
permettant de se fixer sur des cellules hôtes
spécifiques. Le virus de la grippe (famille des
Orthomyxoviridae), le VIH, virus du SIDA (famille
des Retroviridae), sont des exemples de virus
enveloppés.

Schéma d’un bactériophage Virus complexes

Ces virus possèdent une capside symétrique qui
n’est ni hélicoïdale, ni vraiment icosaédrique. Les
bactériophages comme le phage T4 d’Escherichia
coli sont des virus complexes possédant une tête
icosaédrique liée à une queue hélicoïdale à
laquelle sont attachés des poils et des fibres
caudales. Le poxvirus (variole, vaccine) est aussi
un exemple de virus complexe. C'est le virus
animal parmi les plus grands (250 à 350 nm de
long sur 200 à 250 nm de large). Certains virus se
présentent sous formes bacillaires. C'est le cas du
virus de la rage (famille des Rhabdoviridae) et du
virus Ébola.

VI - MULTIPLICATION VIRALE

Les virus ne peuvent se répliquer qu’au sein de cellules vivantes. C’est l’interaction du
génome viral et de la cellule hôte qui aboutit à la production de nouvelles particules virales.
L’infection d’une cellule par un virus, puis la multiplication du virus, peuvent se résumer en
différentes étapes. Toutefois, après pénétration du virus dans la cellule, ces étapes peuvent

27
différer selon la nature du virus en question et notamment selon qu’il s’agit d’un virus à ADN
ou d’un virus à ARN.

A- ETAPES DE LA MULTIPLICATION

A.1. Infection de la cellule

Elle comprend trois étapes qui amènent l’ARN au niveau du site de réplication

 Absorption (attachement)
C’est la fixation du virus sur la membrane cytoplasme cellulaire. Il s’agit d’un phénomène
électrostatique qui n’est possible que lorsque le virion trouve des récepteurs spécifiques sur la
membrane cellulaire. L’absence de récepteur est la première cause de résistance d’une cellule
à l’infection virale (cellule sensible est protégée).

 Pénétration
Elle se fait généralement par phagocytose, pinocytose ou viropexie. Dans le cas des
Herpesvirus, on a observé un phénomène de fusion entre l’enveloppe virale et la membrane
cytoplasmique précédant la pénétration de la nucléocapside.

 Décapsidation
C’est la libération de l’ARN de sa capside protectrice. Elle prend place soit à la membrane
cytoplasmique, soit dans le cytoplasme et prend fin au niveau du site de réplication de l’ARN.
Exemple : dans le noyau pour les Herpes, Adeno, papova et Picornavirus…, dans le
cytoplasme pour les Poxvirus.
La décapsidation se fait le plus souvent par les enzymes cellulaires. Chez les Poxvirus par des
enzymes cellulaires et enzymes virales appelées décapsidases. Parfois, la décapsidation
commence avant la pénétration.

A.2. Réplication et synthèse des constituants viraux

L’ADN viral se comporte dans la cellule de la même façon que l’ADN cellulaire.
-il contient le code génétique transcrit en ARNm qui apporte aux ribosomes cellulaires
l’information pour la synthèse des protéines spécifiques virales.
Il sert de modèle pour sa réplication. La biosynthèse des virions est variable selon qu’il
s’agisse d’un virus à ADN ou à ARNm.

 Cas des virus à ADN

Les virus à ADN double brin suivent des mécanismes de multiplication qui se rapprochent
de ceux observés pour les gènes cellulaires. Le cycle viral peut être divisé en 2 phases sauf
pour les Herpesviridae chez lesquels on distingue 3 phases :

 une phase précoce où une petite partie du génome est transcrite grâce à une ARN
polymérase-ADN dépendante cellulaire. Les ARN messagers précoces migrent dans le
cytoplasme cellulaire pour être traduits par les ribosomes de la cellule en protéines
régulatrices non structurales ou en enzymes impliquées dans la synthèse de l’ADN.
Il y a ensuite réplication de l’ADN viral par l’ADN polymérase cellulaire ou virale
aboutissant en un grand nombre de copies d’ADN viral.

28
  une phase tardive où les ADN néoformés vont servir de matrices pour une deuxième
transcription aboutissant à la formation d’ARN messagers tardifs qui après traduction
vont former des protéines de structure (capside, enveloppe).

Par contre, les Poxviridae se multiplient exclusivement dans le cytoplasme. Ils possèdent donc
la plupart des facteurs nécessaires à leur réplication et sont indépendants de la machinerie
cellulaire.

 Cas des virus à ARN

Le génome des virus à ARN peut prendre différentes configurations : segmenté ou non,
bicaténaire ou monocaténaire, de polarité positive ou négative.
Suivant les virus, l'élaboration des ARN messagers viraux ou transcription est une opération
plus ou moins complexe. Pour les virus à ARN de polarité positive tels que les poliovirus,
tout est simple : le génome est un ARN qui sert tel quel de messager; il est immédiatement
traduit par les ribosomes cellulaires en protéines de capside (et enzymes viro-induites). Pour
les poliovirus, il n'y a pas de transcription.

Par contre pour les virus à ARN de polarité négative tels que les orthomyxovirus ou les
rhabdovirus, il faut passer par un ARN messager de polarité positive. Cette étape de
transcription sera réalisée par une enzyme virale.
De même, la réplication du génome des virus à ARN nécessite l’apport d’enzymes
spécifiques : ARN polymérase-ARN dépendante virale qui n’existe pas dans la machinerie
cellulaire.

En effet dans la cellule normale, une telle opération et une telle enzyme n'ont pas de raison
d'être et n'existent pas : les ARN cellulaires, qu'il s'agisse des ARN messagers, ribosomiques
ou de transfert, sont synthétisés par des RNA polymérases ADN-dépendantes, travaillant sur
une matrice de ADN, le génome cellulaire. Donc, pour se multiplier dans une cellule, un
poliovirus et d’une façon générale tous les virus à ARN doit faire fabriquer à la cellule
infectée une ARN réplicase, enzyme nouvelle, viro-induite, absente de la cellule normale,
inutile au fonctionnement normal de la cellule, mais nécessaire à la multiplication virale.

Les ARN messagers sont traduits en protéines. Lorsque la concentration de nucléoprotéines

(protéine N) atteint un certain seuil, celles-ci se fixent sur l’ARN(+) nouvellement synthétisé :
les nouveaux virions sont ainsi formés.

A.3. Assemblage-Maturation-Libération
Ces nouveaux virus sortent de la cellule par éclatement pour les virus nus, par
bourgeonnement pour les virus enveloppés. C'est lors du bourgeonnement que les virus à
enveloppe constituent leur enveloppe qui est une bicouche lipidique cellulaire hérissée de
spicules glycoprotéiques. Certains virus comme les Herpesvirus s’entourent d’une enveloppe
provenant de la membrane nucléaire de la cellule infectée, d’autres comme les rétrovirus
s’entourent d’une enveloppe provenant de la membrane cytoplasmique de la cellule. Une
cellule produit de l’ordre de 100 à 1000 virus.

29
Remarque :
-Une partie importante du matériel viral ne s’assemble pas en virions matures. Il constitue
l’antigène soluble extrait ou libéré par les cellules.

-La libération des virions est le plus souvent consécutive à la lyse des cellules.

Exemple du cycle de multiplication des Herpesviridae (Virus à ADN)

Exemple du cycle de multiplication du poliovirus (Virus à ARN)

30
 Incidence économique de quelques maladies virales

 Pathologies Aviaires

1- Peste Aviaire ou grippe aviaire ou influenza aviaire

Virus de la famille des Orthomyxoviridés du genre Influenzavirus A, B.
Si la souche est très contagieuse ou que les conditions se prêtent à la contagion, jusqu’à
100% de mortalité en 24 à 72 heures.

2- Maladie de Newcastle ou speudo-peste aviaire

Agent responsable Paramyxovirus.
80 à 100% de mortalité en 24 à 48 heures.

3- Maladie de Gomboro
Agent responsable Avibirnavirus de la famille de Birnaviridae.
Chez les jeunes poussins 20 à 25 % de mortalité.

 Pathologies des ruminants

1- Fièvre aphteuse
Le micro-organisme responsable de la fièvre aphteuse est un aphtovirus de la famille des
Picornaviridés. Dans une population sensible, la morbidité est proche de 100 %.

2- Peste des petits ruminants

La maladie est causée par un virus du genre morbillivirus (famille des paramyxovirus).
Maladie virale des caprins et des ovins qui se caractérise par de la fièvre, des lésions buccales,
de la diarrhée, une pneumonie et parfois la mort.

3- Peste bovine
Elle est due à un virus de la famille des Paramyxoviridae, du genre Morbillivirus. Dans un
troupeau de bovins ou de buffles hautement sensibles, le taux de mortalité peut atteindre 100
%.

CHAPITRE 3 : LES PARASITES

GENERALITES ET DEFINITION

Le parasitisme est une association permanente ou temporaire entre deux êtres radicalement
différents. L’un d’eux, le parasite, ne peut survivre qu’aux dépens de l’autre, son hôte, qui lui
assure toujours le ‘’couvert’’ et parfois le ‘’gîte’’. Le bilan du parasitisme se solde par un
bénéfice pour le parasite et une perte pour l’hôte.

En règle générale, la présence du parasite ne met pas trop en danger la vie de l’hôte, car de la
survie de l’hôte dépend celle du parasite.

Le parasite, c’est l’être vivant animal ou végétale passant une partie ou la totalité de son
existence à la surface ou à l’intérieur d’un être vivant aux dépens duquel il vit sans le détruire.

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L’hôte c’est l’individu parasité. Parfois le parasite provoque une véritable maladie chez ce
dernier dite maladie parasitaire ou parasitose.

L’infestation, c’est l’état d’un organisme envahi par les parasites.

L’infection, c’est l’état d’un organisme envahi par les microbes.

I- LES DIFFERENTS GROUPES DE PARASITES

Biologiquement et morphologiquement : on classe les parasites en 4 grands groupes :
1. Protozoaire (être unicellulaire doué de mouvement) : selon les cas il se déplace grâce à des
plasmopodes (rhizopodes), des flagelles, membrane ondulante ou des cils. Ils se
présentent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou enkysté, intra ou
extracellulaire. Ils vivent exclusivement dans l'eau ou dans les sols humides ou à l'intérieur
d'un organisme (dans le mucus pulmonaire, l'intestin, la panse de certains animaux...).
Ils sont connus pour être responsables de nombreuses maladies telles que la malaria et
certaines dysenteries, telle l'amibiase.
Il y a des formes libres et d'autres parasites. Parmi les formes libres on compte l'amibe
(Amoeba proteus) et la paramécie (Paramecium caudatum). Le trypanosome (Trypanosoma
gambiense) est une forme parasite.

2. Helminthe ou ver (être pluricellulaire possédant des tissus différenciés.). On distingue :

- les Nématozoaires ou Némathelminthes (vers ronds). Ils ont souvent un cycle direct mais
peuvent aussi utiliser au moins un hôte intermédiaire (obligatoire ou facultatif, selon l'espèce)
(ex. : ascaris). Les Acanthocéphales sont des Némathelminthes qui ont au moins un hôte
intermédiaire obligatoire.

- les vers plats (ou Plathelminthes). Cette catégorie est subdivisée en :

1. vers plats segmentés (ou cestodes), généralement en forme de ruban et

nécessitant un hôte intermédiaire (exemple : ténia) ;
2. vers plats non segmentés (ou trématodes, dont schistosomes et douves). Les
trématodes sont aplatis en forme de feuille et se développent en un cycle
complexe, faisant appel à au moins deux hôtes intermédiaires distincts, dont un
mollusque aquatique le plus souvent (ex : Douve du foie).

3. Fungi ou micromycètes, ces derniers constituent un règne à part entière, ce sont des
champignons microscopiques identifiés sous forme de spores isolées ou regroupées ou de
filaments libres ou tissulaires.

4. Arthropodes, mollusques, pararthropodes (porocéphales), ou annélides sont des

métazoaires, pluricellulaires et possédant des tissus différenciés : Insectes, arachnides
mollusques et crustacés, pouvant se présenter sous formes adultes (imago) mâles et femelles,
œufs et larves (nymphes).

II- PARASITE ET PARASITISME

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Le parasitisme est un contact particulier entre deux êtres vivants : le parasite et son hôte. De la
forme libre indépendante au parasitisme, forme de contact nécessaire et dépendante, divers
intermédiaires sont à distinguer :
 La vie libre : l’organisme peut subvenir par lui-même à ses besoins métaboliques.
 Le saprophytisme : l’organisme se nourrit de matières organiques ou végétales en
décomposition dans le milieu extérieur.
 Le commensalisme : l’organisme se nourrit de matières organiques sur un être vivant
(milieu buccal, intestin) sans entraîner de troubles ou de spoliations chez son hôte.
 La symbiose : les êtres vivent en étroite collaboration dans une association bénéfique
aux deux parties (équilibres des flores intestinales ou vaginales).
Le parasitisme : l’organisme parasite vit aux dépens d’un hôte qui lui fournit un biotope
et/ou des éléments nutritifs nécessaires à sa survie, cet hôte subit des dégâts de façon plus ou
moins grave.

III- LES DIFFERENTES FORMES DE PARASITISME

1-Le parasitisme accidentel

Ces parasites, menant une vie libre, se trouvent de façon accidentelle introduits sur ou dans
l’organisme de l’animal et peuvent provoquer des troubles.
Exemple : acariens détriticoles pouvant devenir parasites cutanés.

2-Le parasitisme facultatif

Ce sont des agents vivants libres dans le milieu extérieur mais qui, en s’établissant
accidentellement sur ou dans un hôte favorable, se changent immédiatement en parasite s’ils
trouvent le milieu favorable pour se développer.
Exemple : - larves de mouches coprophiles qui se développent dans les plaies ;
- les sangsues, animaux prédateurs libres s’attaquant à de petits invertébrés
peuvent se fixer sur des vertébrés supérieurs et sucer le sang devenant donc
parasites.

3- Le parasitisme obligatoire

Espèces qui ne peuvent vivre et se développer qu’en présence de leur hôte.

Exemple ; les Sarcoptes de la gale, les poux etc.

IV- LOCALISATION DU PARASITE PAR RAPPORT A SON HOTE

Suivant l’habitat, les parasites peuvent être repartis en :

a- Ectoparasites ou parasites externes

Ces parasites vivent à la surface de leur hôte.
Exemple : Tiques, puces, poux.

b- Endoparasites ou parasites internes

Ces parasites vivent à l’intérieur de leur hôte, c’est-à-dire dans les cavités (estomac,
intestin…), les organes (cœur, foie,…), les tissus, le sang (hémoparasites)….

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La connaissance de la localisation des parasites chez leur hôte est d’un grand intérêt surtout
lors d’une autopsie. Ainsi on note :
- une localisation définitive
C’est surtout le cas des helminthes (vers) adultes. Par exemple, les Strongles de chevaux ont
pour localisation définitive le gros intestin.

- une localisation temporaire

C’est le cas de la plupart des larves d’helminthes qui font des migrations avant de rejoindre
leur localisation définitive.

V- DUREE DU PARASITISME
Si l’on considère le temps pendant lequel l’être est devenu un parasite, nous pouvons
distinguer :
- des parasites permanents
- des parasites temporaires

a- Les parasites permanents

Ces parasites passent toute leur vie chez un hôte sans aucune phase libre en dehors de l’hôte.
Cependant il faut dinguer des nuances, il peut y avoir :
° Parasitisme permanent chez un même hôte : c’est le cas des poux et des acariens. Sans son
hôte, le parasite meurt. La transmission se fait par contact direct dans la plupart des cas.

° Parasitisme permanent avec l’alternance d’hôte obligatoire : ici les parasites changent
régulièrement d’hôtes en rapport avec les alternances de générations de parasites. C’est le cas
des trypanosomes avec les glossines.

b- Les parasites temporaires

Ils ne le sont que pendant une partie de leur vie seulement. On distingue :
° Les parasites intermittents : qui ne sont associés à l’hôte que pendant un temps très
court, tout juste pour satisfaire leur appétit. Ce sont pour la plupart des ectoparasites
hématophages de la classe des insectes : moustiques, punaises, glossines…

° Les parasites périodiques : ils vivent en rapport avec leur hôte pendant une période
prolongée, couvrant quelquefois sa vie entière, ne se trouvant libre par exemple dans le milieu
extérieur qu’à l’état d’œufs. C’est le cas de Tunga penetrans l’adulte est parasite mais la larve
et la nymphe sont libre.

VI- LES VOIES DE PENETRATION ET DE SORTIE DU PARASITE

1- Les voies de pénétration

Les voies de pénétration du parasite sont principalement : la voie buccale et la voies cutanée,
mais également les voies transovariennes et sexuelles.

- la voie buccale : l’hôte absorbe la forme infestante du parasite avec sa nourriture. Il peut
s’agir :
° d’une forme de résistance du parasite libérée dans le milieu extérieur (kyste d’amibe
dans l’eau, métacercaire de grande douve sur les végétaux aquatiques, etc.)
° de larves hébergées par un premier hôte qui sera la proie d’un carnivore chez lequel
les larves deviendront adultes.

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- la voie transcutanée : les modalités de cette voie sont innombrables.
°la forme infestante traverse la peau par ses propres moyens (furocercaire des
schistosomes, larves d’ankylostomes)
°la forme infestante est transportée par un vecteur. Il s’agit généralement d’un animal
hématophage qui, à l’occasion de ses repas sanguins, transporte le parasite d’un individu
malade à un individu sain. C’est le cas des Trypanosomes et du Plasmodium.

- la voie transovarienne : un certain nombre de protozoaire sont capable de passer la barrière

placentaire ou même de se développer directement dans les ovaires pouvant, par conséquent,
être transmis à la descendance.

- la voie sexuelle : cette voie est bien connue dans la transmission de certaines maladies chez
l’homme. Chez les animaux, on peut évoquer le cas de la dourine du cheval due à
Trypanosoma equiperdum transmis par le coït.

2- Les voies de sortie

Les voies de sortie du parasite conditionnent en grande partie les moyens de diagnostic des
maladies parasitaires car elles permettent de trouver la preuve manifeste de l’infestation grâce,
le plus souvent, à un simple examen au microscope photonique.
Les parasites peuvent être rejetés dans le milieu extérieur par les matières fécales (œufs et
larves d’helminthes) par les urines (œufs de schistosomes), par des sécrétions (œufs de douves
pulmonaires dans le crachat) ou encore par des cutanées (larves de filaires de Médine).
Certains parasites quittent leur hôte définitif par l’intermédiaire de vecteur (Plasmodium,
Trypanosome etc.), le vecteur puise alors le parasite dans les sécrétions, le derme ou le sang
de l’hôte.
Enfin, la mort de l’hôte définitif qui devient une proie pour un carnivore constitue une autre
voie de sortie. Par exemple, dans le cas du Ténia échinocoque, les larves vivent normalement
dans le foie du mouton et ne deviennent adultes que si les viscères du mouton sont dévorés
par un chien.

VII- LES CYCLES EVOLUTIFS DES PARASITES

Le cycle évolutif peut se définir comme étant la suite inéluctable des transformations se
déroulant dans un ordre précis, avec ou sans passage dans le milieu extérieur, que doit subir
un parasite pour qu’à partir de l’adulte géniteur, soit atteint le stade adulte de la génération
suivante.
La connaissance du cycle évolutif est d’un grand intérêt car elle permet de comprendre la
chronologie des symptômes et indique quand et où il faut détruire les parasites.

Quand le parasite effectue la totalité de son cycle évolutif sur un seul hôte, on parle d’un
parasite monoxène. Exemple : Ascaris chez l’enfant donne des œufs qui, éliminés dans le
milieu extérieur, seront ingérés avec les légumes, sous forme infestante.

Un parasite est hétéroxène s’il effectue son cycle évolutif sur au moins deux hôtes différents.
Exemple : chez l’homme, Taenia saginata donne des œufs, ces œufs, avalés par un bovin

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avec les herbes, vont éclore et les larves appelées Cysticercus bovis vont s’installer dans les
muscles du bœuf. Il faut encore un homme pour la suite du cycle.

Lorsque plusieurs forme larvaires sont hébergées par des hôtes différents, on désigne par hôte
intermédiaire celui chez lequel le parasite accomplit son développement larvaire ; par hôte
paraténique ou hôte d’attente celui chez lequel la larve parvient mais ne se développe pas ;
enfin par hôte définitif celui chez le lequel la larve devient adulte.

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