Thème 1 : transmission, variation, expression du patrimoine génétique
1C - La diversité humaine lue dans les génomes
Les 8 milliards d’êtres humains vivant aujourd’hui appartiennent tous à la même espèce, Homo sapiens. Si la
structure de l’ADN a été découverte en 1953, il a fallu attendre 2004 pour disposer de la première séquence complète
du génome humain, c’est-à- dire de l’intégralité des 23 paires de chromosomes de notre caryotype. L’analyse de
l’ADN humain actuel et ancien permet de retracer l’histoire génétique des humains.
On va chercher à comprendre comment l’étude du génome humain permet de retracer son histoire.
1. L’apport de l’étude des mutations et l’horloge moléculaire
a. Les mutations mesurent l’avancement de l’horloge moléculaire
La molécule d’ADN subit des mutations aléatoires qui s’accumulent au cours de la vie dans les cellules de
l’organisme. Ainsi, le nombre de différences entre deux cellules augmente au cours du temps.
Rappel : les mutations ne sont transmises que d’une cellule mère à ses cellules filles. Même si toutes les cellules ont le
même caryotype à l’origine, seules les mutations présentes dans la lignée qui formera les gamètes peuvent être transmises à la
descendance. Une mutation apparue dans une cellule du corps après la formation de la lignée germinale restera uniquement dans
cette cellule et ses descendantes : elle n’est donc pas héréditaire.
On estime que dans l’espèce humaine, entre chaque génération une cinquantaine de mutations sont transmises.
Le principe de l’horloge moléculaire est d’utiliser les différences entre deux séquences pour dater la séparation des
lignées auxquelles elles se rattachent.
b. Le partage de mutations est utilisé pour reconstituer des parentés
Si deux individus possèdent une série de mutations en commun, l’explication la plus probable est que ces mutations
sont héritées d’un même ancêtre qui en était porteur. Ainsi, on peut mesurer une distance génétique entre deux
individus en établissant le nombre de mutations qui les séparent du génome ancestral commun le plus récent. En
appliquant le principe de l’horloge moléculaire, ce nombre de mutations peut être converti en une estimation de
durée.
2. Connaître le génome humain
Le génome des humains modernes a été complètement séquencé en 2004 après 15 années de collaboration
internationale. Chaque cellule humaine comporte un génome de 3 milliards de paires de bases réparties sur 46
chromosomes (23 paires). Environ 20 000 gènes ont été identifiés mais n’occupent que 1,5 % de la totalité du
génome.
➢ La fonction de la plus grande partie du génome humain est aujourd’hui inconnue.
L’amélioration des techniques de séquençage permet d’obtenir aujourd’hui un génome humain en quelques
heures. Le séquençage d’un grand nombre de génomes de personnes différentes permet d’identifier ce qui
différencie génétiquement les humains entre eux. Comparés à leurs proches parents, les grands singes, les humains
sont très peu diversifiés génétiquement. Deux humains pris au hasard ont une différence génétique de 0,1%. Pour
l’essentiel, ces différences génétiques sont des différences ponctuelles de bases appelées SNP (Single Nucleotid
Polymorphism). Il y en a environ 2,7 millions entre 2 génomes humains pris au hasard.
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Le séquençage complet de génomes
fournit l’identité génétique d’un
individu en détectant l’ensemble des
mutations qu’il possède.
La comparaison entre les génomes
humains a révélé que l’humanité a une
diversité génétique relativement faible
(0,1 % de différences). Certaines
mutations du chromosome Y et du
chromosome mitochondrial définissent
des groupes de parenté
appelés haplogroupes*. Ils témoignent
de l’origine récente de l’humanité, il y
a 200 000 ans en Afrique.
3. La diversité humaine lue dans les génomes
Certaines combinaisons de SNP sont des marqueurs géographiques des populations et permettent d’avoir une
idée des origines d’une personne par l’analyse de son génome. Les SNP sont également à l’origine des différents
allèles d’un gène.
Certains de ces allèles sont plus fréquents dans certaines populations à qui ils ont apporté un avantage
sélectif à un moment de leur histoire. C’est le cas par exemple d’un allèle du gène de la lactase qui confère à celui
qui le porte la capacité à digérer le lait frais à l’âge adulte. Cet allèle est plus fréquent dans les régions dans lesquelles
la consommation de lait est courante, il est rare sinon. C’est la même chose pour le gène EPAS1 dont l’allèle A1 est
très fréquent chez les tibétains et absent dans les autres populations humaines. Cet allèle leur confère la capacité à
« résister » au mal des montagnes et leur permet de vivre à haute altitude. De la même façon, la capacité à résister à
la peste a été sélectionnée génétiquement dans les populations européennes (lesquelles ont subi plusieurs
épidémies de peste au Moyen-Age) comparées aux populations des autres régions du monde.
4. L’histoire de l’humanité lue dans les génomes
Les progrès des méthodes de séquençage
permettent de séquencer et d’analyser les
génomes d’êtres humains de groupes disparus
depuis des millénaires tels que l’Homme de
Néandertal ou l’Homme de Denisova.
La comparaison avec les génomes actuels permet
d’identifier des événements de reproduction entre
les humains modernes et ces humains disparus.
Certaines caractéristiques des humains
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modernes leur ont d’ailleurs été transmises par Néandertal et denisova. C’est le cas par exemple de l’adaptation à
l’altitude dans les populations modernes de l’Himalaya (allèle A1 des tibétains transmis par les denisoviens). On
parle d’introgression (=transfert de gène d’une espèce vers une autre, ici lors d’événements d’hybridation).
Enfin, plus largement, la comparaison des génomes de l’humanité permet de reconstituer les principales migrations
humaines aboutissant au peuplement de tous les continents à partir du berceau africain. Et l’on constate que plus
les populations se sont installées loin de l’Afrique au cours de ces migrations, moins elles sont diversifiées
génétiquement. C’est ce que l’on appelle l’effet fondateur (une sous-population qui quitte une population n’amène
avec elle qu’une petite partie de la diversité génétique de la population).
Conclusion : Les avancées technologiques permettent de séquencer et de comparer les génomes des individus.
Ainsi, les grandes lignes de l’histoire récente de l’Homme moderne ont pu être précisées.
*Haplogroupes : groupes de parenté entre les Hommes du monde entier définis par les mutations portées par l’ADN
du chromosome Y (origine paternelle) ou des mitochondries (ADNmt, origine maternelle).
ADNmt ou ADN mitochondrial : L'ADN mitochondrial est une molécule d'ADN circulaire que l'on retrouve dans la
mitochondrie. Un œuf hérite de l'ADN du noyau de l'ovule et de l'ADN du noyau du spermatozoïde. De plus il hérite
de l'ADNmt du cytoplasme de l'ovule alors qu'il ne reçoit pas d'ADNmt du spermatozoïde. Les mitochondries sont
donc d'origine maternelle ce qui explique pourquoi les maladies génétiques mitochondriales sont transmises par les
mères.