U.E.

Biochimie 2021/2022
Licence Sciences de la Vie L2S3

Partie : structure des Protéines

 4 | The Three-
Dimensional Structure
of Proteins
© 2017 W. H. Freeman and Company
 Structure des protéines

• Comme d’autres polymères organiques, les protéines

adoptent une conformation tridimensionnelle spécifique.
• Cette structure est capable de remplir une fonction
biologique spécifique.
• Cette structure est appelée le repliement natif.
• Le repliement natif possède un grand nombre
d’interactions favorables dans la protéine.
• Il y a un coût entropique pour replier la protéine dans une
conformation native spécifique.
Une protéine, une structure

• Chaque protéine a une

fonction spécifique
associée à une structure 3D
unique.

• Quelle est sa stabilité ?

• Comment est-elle
formée et maintenue ?
 Objectifs du chapitre

• Structure et propriétés de la liaison peptidique

• Hiérarchie structurale dans les protéines
• Structure et fonction des protéines fibreuses
• Analyse structurale des protéines globulaires
• Repliement des protéines et dénaturation
 Structure des protéines

• La structure 3D d’une protéine est dictée par sa séquence

en acides aminés.
• La fonction d’une protéine dépend de sa structure.
• La plupart des protéines existent sous une ou quelques
conformations stables.
• Les forces prédominantes pour stabiliser la structure sont
les liaisons non covalentes.
• Il existe des motifs structuraux communs qui nous aident
à comprendre l’architecture des protéines.
• La structure d’une protéine n’est pas statique.
Aperçu de la structure
des protéines
 La conformation

• L’arrangement spatial des atomes dans une protéine (ou

une partie de la protéine) est appelé la conformation.
• Les conformations possibles d’une protéine sont
l’ensemble des états structuraux que l’on peut obtenir sans
rompre de liaison covalente.

• Soit une protéine de la bactérie Escherichia coli d’une

taille de 100 acides aminés dont chaque résidu peut adopter
10 conformations en moyenne : le nombre de
conformations théoriques possibles est alors de 10100.
 La structure native

• Une protéine adopte une ou quelques conformations

prédominantes in vivo.
• Plusieurs conformations stables sont nécessaires pour
fixer d’autres molécules ou catalyser une réaction.
• Les conformations les plus stables sont celles ayant
l’énergie libre de Gibbs (G) la plus faible.
• Une protéine dans une de ses conformations 3D
fonctionnelles est appelée une protéine native.
Les quatre niveaux de structure
 Stabilité d’une protéine

• La stabilité est la tendance à maintenir une conformation

native.
• Le DG qui sépare l’état structuré et déplié d’une protéine
est de seulement 20 à 65 kJ/mol.
• L’état déplié est maintenu par une forte entropie et des
liaisons hydrogènes avec le solvant.
• Ces effets sont contrés par les ponts disulfures et les
liaisons non covalentes (dites faibles) qui stabilisent la
conformation native.
 Stabilité : les ponts disulfures

• Beaucoup de protéines n’ont pas de ponts disulfures.

• Dans les cellules l’environnement est réducteur dû à la
présence de fortes concentrations de réducteurs comme le
glutathion.
• A l’extérieur des cellules l’environnement est plus
oxydant. Chez les eucaryotes on trouve des ponts disulfures
dans les protéines extracellulaires sécrétées (comme
l’hormone insuline).
• Les ponts disulfures sont aussi rares chez les bactéries.
 Stabilité : les liaisons faibles

• 0,4 à 30 kJ/mol pour rompre une liaison faible contre 200

à 460 kJ/mol pour casser une liaison covalente.
• Les liaisons covalentes telles que les ponts disulfures sont
fortes mais peu nombreuses.
• Le très grand nombre de liaisons faibles en fait la
principale force stabilisatrice de la structure.
• En général, la conformation d’une protéine avec la plus
petite énergie libre est celle qui renferme le plus grand
nombre de liaisons faibles.
Les liaisons non covalentes
 Stabilité : les liaisons hydrogène

• Pour chaque liaison hydrogène formée lors du repliement

d’une protéine, une liaison hydrogène entre le même
groupement et une molécule d’eau a dû être rompue.

• La différence d’énergie libre entre les états libre et replié

est souvent proche de zéro pour les liaisons hydrogène.
Stabilité : les interactions hydrophobes

• Les portions non polaires d’une molécule amphipathique

(possédant une partie hydrophobe et une partie hydrophile)
s’agrègent afin de réduire le nombre de molécules d’eau
ordonnées et accroitre l’entropie.
• Tous les groupements non polaires (hydrophobes) sont
séparés de l’eau et les molécules d’eau libérées augmentent
l’entropie.
• Seuls les groupements polaires (hydrophiles) sont exposés.
Stabilité : les interactions hydrophobes

• Les chaines latérales des acides aminés hydrophobes ont donc

tendance à se regrouper à l’intérieur de la protéine, loin des molécules
d’eau.

• La séquence en acides aminés de la plupart des protéines contient

donc une forte proportion d’acides aminés hydrophobes (Leu, Ile, Val,
Phe…)

• Ces acides aminés sont positionnés de manière à pouvoir se

regrouper et former un cœur hydrophobe dans la protéine.
Stabilité : les interactions électrostatiques

• L’interaction entre groupements de charges opposées forme un pont

salin qui peut avoir un effet stabilisateur ou déstabilisant sur la
structure.

• La force d’un pont salin augmente quand la constante diélectrique (e)

locale baisse (solvant e ~ 80 vs cœur hydrophobe e ~ 4).

• Les ponts salins enfouis participent donc significativement à la

stabilisation d’une protéine.
Stabilité : les interactions de van de Waals

• Les interactions de van der Waals sont des interactions dipôle-dipôle.

• Quand des atomes se rapprochent, ces interactions créent une force

d’attraction qui opère à faible distance (de 0,3 à 0,6 mm).

• Les interactions de van der Waals sont faibles, mais peuvent être très
nombreuses dans la structure compacte d’une protéine native.
 Stabilité : deux règles simples

• Les résidus hydrophobes sont enfouis dans la structure,

éloignés des molécules d’eau.

• Le nombre de liaisons hydrogènes et d’interactions

électrostatiques sont maximalisés dans la structure native
d’une protéine afin de réduire le nombre de groupements
non appariés.
 Foldit puzzles

Education

•Hide the hydrophobic

•Hydrogen bonds
La liaison peptidique
Résonance dans la liaison peptidique

• L’oxygène du carbonyle et l’azote de l’amide sont

partiellement chargés créant un petit dipôle électrique.
• La liaison peptidique a donc un caractère de double
liaison.
La liaison peptidique est plane et rigide

• Les 6 atomes sont co-planaires.

• Le squelette d’une chaîne peut être vu comme une
succession de plans rigides avec un point de rotation
possible au niveau du Cα.
 La liaison peptidique

• La structure d’une protéine est partiellement dictée par

les propriétés de la liaison peptidique.

• La liaison peptique est une résonance entre deux

groupements fonctionnels.

• La résonance fait que la liaison peptidique est :

– moins réactive, comparée aux esters par exemple,

– assez rigide et presque plane,

– possède un moment dipolaire fort en faveur d’une

conformation trans.
La liaison peptidique est plane et rigide

• Rotation autour des liaisons reliées au Cα :

f (phi) : angle entre la liaison Cα - azote de l’amide

y (psi) : angle entre la liaison Cα - carbone du carbonyl
La mesure de l’angle y
 Distribution des angles f et y

• Certaines combinaisons d’angles f et y sont très défavorables à cause de

l’encombrement stérique des atomes du squelette avec d’autres atomes du
squelette ou des chaines latérales.

• Certaines combinaisons d’angles f et y sont plus favorables car elles

augmentent les chances de former des liaisons hydrogène stabilisatrices le
long du squelette.

• Un diagramme de Ramachandran montre la distribution des angles f and y

sur l’ensemble des résidus d’une protéine.
Le diagramme de Ramachandran
 Résumé
• Une protéine a typiquement une ou quelques structures 3D stables, ou
conformations, qui reflètent sa fonction.

• La structure est stabilisée principalement par les interactions non

covalentes (hydrophobes, van der Waals, électrostatiques, hydrogène) et les
ponts disulfures.

• La nature des liaisons covalentes de la liaison peptidique la rend rigide et

plane. Les liaisons N—Cα et Cα —C peuvent tourner selon les angles f et y
respectivement.

• Le diagramme de Ramachandran est une description visuelle de l’ensemble

des combinaisons de f et y possibles dans le squelette peptidique suite aux
contraintes stériques.
La structure secondaire
des protéines
 Les structures secondaires

La structure secondaire désigne l’arrangement spatial local du squelette

de la chaine polypeptidique. Une structure secondaire régulière conserve
des angles f et y constants sur l’ensemble d’un segment.

Les deux structures secondaires les plus communes :

• L’hélice α , stabilisée par des liaisons hydrogènes entre résidus

voisins

• Le feuillet β , stabilisé par des liaisons hydrogènes entre brins

adjacents, mais pas obligatoirement voisins
 L’hélice α
• L’hélice est maintenue par des
liaisons hydrogène entre le
carbonyle du résidu n et l’amide du
résidu n + 4 du squelette.

• C’est une hélice droite avec 3,6

résidus (5,4 Å) par tour.

• Les liaisons peptidiques sont a n

peu près parallèles à l’axe.

• Les chaines latérales pointent n+4

vers l’extérieur et sont a peu près
perpendiculaires à l’axe.
Le pas de l’hélice α
 Hélice droite et hélice gauche

31 hélices gauches L’hélice droite est

identifiées pour très fréquemment
7284 protéines. retrouvée dans les
protéines
courte : moins de
6 résidus En moyenne ¼ des
résidus
 L’hélice α : vue du dessus

• Le diamètre interne de
l’hélice (sans chaines
latérales) est d’environ 4–5
Å : trop petit pour mettre
quelque chose à l’intérieur.

• Le diamètre extérieur de
l’hélice (avec chaines
latérales) est de 10–12 Å :
s’adapte bien au grand
sillon de l’ADN.
 L’hélice α : vue du dessus

• Les résidus #1 et #8
se retrouvent presque
superposés

• Les résidus polaires

ou hydrophobes se
retrouvent souvent
placés du même côté
de l’hélice.
La séquence affecte la stabilité de l’hélice

• Toutes les séquences ne peuvent pas adopter une conformation en

hélice α.

• Les petits résidus hydrophobes comme Ala et Leu forment

facilement des hélices α .

• Pro casse la structure de l’hélice car la rotation de la liaison N-Cα

(angle f) est impossible.

• Gly casse la structure de l’hélice car l’absence chaine latérale lui

permet d’adopter d’autres conformations.

• Les interactions d’attraction et de répulsion entre chaines latérales

de résidus espacés de 3 ou 4 vont affecter la formation de l’hélice.
 Foldit puzzles

Education
•Alpha Helix
 Glycine et Proline
• Diagramme de Ramachandran pour la glycine et la proline
TABLEAU Propension des acides amines à adopter une
4-2 conformation en hélice α
ΔΔG°
Acide aminé ΔΔG° (kJ/mol)a Acide aminé
(kJ/mol)a

Ala 0 Leu 0,79

Arg 0,3 Lys 0,63
Asn 3 Met 0,88
Cys 3 Pro >4
Gln 1,3 Ser 2,2
Glu 1,4 Thr 2,4
Gly 4,6 Tyr 2,0
His 2,6 Trp 2,0
Ile 1,4 Val 2,1
Sources: Données (hors proline) de J. W. Bryson et al., Science 270:935, 1995.
Données pour la proline de J. K. Myers et al., Biochemistry 36:10,923, 1997.
aDDG°est la différence d’énergie libre nécessaire, compare à l’alanine, nécessaire

pour que l’acide amine adopte une conformation en hélice a. Une valeur élevée
reflète une plus grande difficulté à adopter cette conformation. Les données sont
issues de plusieurs expériences avec différents protocoles expérimentaux.
 Feuillets β

• La planéité de la liaison peptidique et la géométrie tétraédrique du

carbone  créent une structure plissée en feuillet.

• L’arrangement en feuillet du squelette est maintenu par des liaisons

hydrogène les différents brins.

• Les chaines latérales dépassent du feuillet, alternativement dessus

et dessous.
Feuillets β parallèles et antiparallèles

• Les interactions entre plusieurs brins β forment un feuillet.

• Le feuillet est maintenu en place grâce aux liaisons hydrogène entre

les groupements amide et carbonyle des liaisons peptidiques de brins
opposés.
Dans un feuillet β parallèle les brins sont orientés dans la même
direction.
•Les liaisons hydrogènes entre brins sont pliées (plus faibles).
Dans un feuillet β antiparallèle, les brins adjacents sont orientés
dans des directions opposées.
• Les liaisons hydrogens entre brins sont droites (plus fortes).
 Foldit puzzles

Education
•Sheets together
•Band together
•Sheets and Ladders
Les tournants β
 Les tournants β

• Les tournants β apparaissent fréquemment quand les brins de feuillets

β changent de direction.
• Le tournant à 180°s’effectue sur 4 acides aminés.
• Le tournant est stabilisé par une liaison hydrogène entre l’oxygène d’un
carbonyle et le proton d’un amide situé trois résidus en aval dans la
séquence.
• Une proline en position 2 (type I) ou une glycine en position 3 (type II)
sont souvent retrouvées dans les tournants β.
• Les tournants β sont souvent présents près de la surface de la protéine,
où les 2 résidus centraux peuvent former des liaisons hydrogène avec des
molécules d’eau.
 Les isomères de la proline

• La plupart des liaisons peptidiques n’impliquant pas une proline sont

dans une configuration trans (>99,95%).

• Pour les liaisons peptidiques impliquant une proline, environ 6% sont

dans une configuration cis. La plupart de ces 6% concerne des tournants β.

• L’isomérisation de la proline est catalysée par des proline isomérases.

Liaisons peptidiques cis et trans
 Angles f et y idéaux des structures secondaires
TABLEAU 4.1
principals des protéines

Structure f y
Hélice  –57˚ –47˚
Feuillet b
antiparallèle –139˚ +135˚
parallèle –119˚ +113˚
Triple hélice de collagène –51˚ +153˚
Tournant b de type I

i+1 –60˚ –30˚

i+2 –90˚ 0˚

Tournant b de type II
i+1 –60˚ +120˚
i+2 +80˚ 0˚
Le diagramme de Ramachandran
Le diagramme de Ramachandran
Détermination de la structure secondaire :
analyse par dichroïsme circulaire (CD)
• Le CD mesure la différence d’absorption molaire De entre la lumière
polarisée circulaire gauche et droite : De = eL – eR.

• Pour les protéines, un spectre d’absorption est mesuré aux UV entre

190 et 250 nm.

• Les conformations en hélices α et feuillets β génèrent des spectres de

CD caractéristiques.

• Les spectres CD permettent de déterminer si une protéine est repliée,

d’estimer la proportion des différentes structures secondaires et de
surveiller des changements de structure.
 En résumé

• La structure secondaire est l’arrangement spatial local des atomes de

la chaine principale dans un segment de la chaine polypeptidique.

• Les structures secondaires les plus communes sont les hélices α, les
feuillets β et les tournants β.

• Une structure secondaire peut être définie par la valeur des angles f et
y des acides aminés du segment.

• Le dichroïsme circulaire est une méthode pour évaluer les structures

secondaires communes et surveiller le repliement des protéines.
Les structures tertiaire
et quaternaire des
protéines
 La structure tertiaire des protéines
• La structure tertiaire désigne l’arrangement spatial global des atomes
dans une protéine.

• Elle est stabilisée par de nombreuses interactions faibles entre les

chaines latérales des acides aminés :
• principalement par des interactions hydrophobes et polaires
• accessoirement par la présence de ponts disulfure

• Les acides aminés en interaction ne sont pas nécessairement proches

dans la séquence d’acides aminés.
• On peut séparer les protéines en deux grands groupes :
• les protéines fibreuses
• les protéines globulaires
 Les protéines fibreuses

TABLEAU Structures secondaires et propriétés de quelques

4-3 proteins fibreuses

Structure Caractéristiques Exemples

Hélices α, Structures protectrices Keratine α des cheveux,

pontées par des rigides et insoluble de plumes, ongles
ponts disulfure dureté et flexibilité
variables
Triple hélice de Grande résistance à la Collagène des tendons,
collagène traction, sans étirement matrice osseuse

Conformation β Filaments souples et Fibroïne de soie

flexibles
Structure de la kératine α de cheveu

• Les deux hélices α droites parallèles s’enroulent en une superhélice

gauche qui renforce la structure.
• Les résidus de contact entre les deux hélices α sont majoritairement
hydrophobes.

• Les superhélices sont souvent présentes dans les protéines fibreuses et

dans la protéine du muscle, la myosine.
• La résistance des protéines fibreuses est renforcée par des pontages
entre (super)hélices adjacentes. Pour les kératines α, le pontage est
réalisé par des ponts disulfures.
 Rigidité de la kératine

• Dans la corne du
rhinocéros, 18% des
résidus de la kératine
sont des cystéines
impliquées dans des
ponts disulfure.
Structure de la kératine α de cheveu
La chimie de la permanente
 ① agent réducteur :
thioglycolate d’ammonium

② agent oxydant :
peroxyde
d’hydrogène
La structure du collagène
 La structure du collagène

• Le collagène est un constituant important des tissus conjonctifs :

tendons, cartilage, os, cornée de l’œil.

• Chaque chaine de collagène est une longue hélice gauche riche en

glycine (35%) et proline (21%).

• Trois chaines de collagène s’entremèlent pour former une superhélice

droite.

• Cette triple hélice une résistance à la traction supérieure à celle d’un fil
d’acier de section égale.

• De nombreuses superhélices s’assemblent en fibrilles de collagène.

Les fibrilles de collagène
Les superstructures de
collagène sont formées par
pontage entre les
superhélices pour former
des fibrilles.

Le pontage est compose de

liaisons covalentes entre
des résidus lysine,
hydroxyline et histidine.
 La 4-Hydroxyproline du collagène

• Elle force le cycle de la proline à adopter un pli favorable.

• Elle offre plus de liaisons hydrogène entre les trois hélices du collagène.

• Cette modification post-traductionnelle est catalysée par la prolyl 4-

hydroxylase et requiert de l’ α-cétoglutarate, une molécule d’oxygène et
de l’ascorbate (vitamine C).
 Carence en vitamine C : le scorbut

• Le scorbut se caractérise par une dégénération générale du tissu

conjonctif (hémorragies, déchaussement des dents, …).

• 80% de l’équipage de Magellan a succombé au scorbut lors de sa

circumnavigation autour du globe (1519-1522).

• Le chirurgien naval écossais James Lind démontre en 1753 que le

scorbut peut être soigné en consommant oranges et citrons.

• En 1932 trois chercheurs de l’université de Pittsburg isolent et

synthétisent la vitamine C.

• En 1998, sur 230 étudiants de l’université d’Arizona, 10% avaient de

sérieuses déficiences en vitamine C.
Carence en vitamine C : le scorbut
La vitamine C restaure l’état Fe2+
actif de la Prolyl 4-Hydroxylase
 La fibroïne : la protéine de la soie
• La fibroïne est la
protéine principale de
la soie des papillons et
de araignées.

• Elle adopte une

structure en feuillet β
antiparallèle.
 La fibroïne : la protéine de la soie
• La présence de petites
chaines latérales (alanine
et glycine) permet un
empilement compact des
feuillets.

• La structure est
stabilisée par :
– Les liaisons hydrogène
entre feuillets
– Les interactions de van
der Waals
Les protéines globulaires
 Exemple : la myoglobine
• Etudiée par diffraction des rayons X dans les années 1950.

• Petite protéine (16700 Da, 153 aa + hème) qui fixe et

diffuse l’oxygène dans les cellules musculaires.

• Très abondante chez les mammifères marins (muscles de

couleur brune), permet de longues plongées.
 Exemple : la myoglobine
• La plupart des chaines latérales hydrophobes sont tournées
vers l’intérieur de la protéine.

• La structure est si dense que seule 4 molécules d’eau sont

présentes à l’intérieur.

• Les interactions de van der Waals contribuent à la stabilité.

Protein crystallography video by SPring-8

[Link]
Méthodes de détermination de la structure :
la crystallographie aux rayons X

Etapes nécessaires :
• purifier la protéine
• cristalliser la protéine
• collecter des données de diffraction
• calculer une carte de densité électronique
• construire un modèle atomique dans la densité

Avantages :
• aucune limite de taille
• méthode bien établie

Inconvénients :
• difficulté à cristalliser la protéine
• on ne peut résoudre (voir) les hydrogènes
Méthodes de détermination de la structure :
la Résonance Magnétique Nucléaire
Etapes nécessaires :
• purifier la protéine
• mettre la protéine en solution
• collecter des données RMN
• assigner les signaux de RMN
• calculer les structures

Avantages :
• pas besoin de cristalliser la protéine
• les hydrogènes sont visibles

Inconvénients :
• peut nécessiter un marquage isotopique
• fonctionne mieux pour les petites protéines
[Link]
Méthodes de détermination de la structure :
la cryo-microscopie électronique
Etapes nécessaires :
• purifier la/les protéine(s)
• mettre la/les protéine(s) en solution
• préparer des grilles vitrifiées
• collecter de vidéos dans un microscope électronique à transmission
• traiter les données et reconstruire une structure 3D

Avantages :
• pas besoin de cristalliser la protéine
• idéal pour des gros complexes (ribosomes…)

Inconvénients :
• difficile pour les petites protéines
• technique en plein développement
 La Protein Data Bank (PDB)
• Plus de 160 000 structures de macromolécules
connues.
• La PDB archive les données expérimentales et les
modèles structuraux, et les mets à la disposition de
l’ensemble de la communauté.
• Le fichier PDB contient les coordonnées spatiales de
tous les atomes du modèle.
• Ce fichier peut être converti en images de la structure
en utilisant des logiciels de visualisation.
La Protein Data Bank (PDB)
La Protein Data Bank (PDB)
 Variété de structure tertiaires
TABLEAU Proportion d’hélices α et de feuillets β dans
4-4 quelques protéines composes d’une seule chaine

Residus (%)a
Protéine (nombre de résidus) Hélice α Feuillet β
Chymotrypsine (247) 14 45
Ribonucléase (124) 26 35
Carboxypeptidase (307) 38 17
Cytochrome c (104) 39 0
Lysozyme (129) 40 12
Myoglobine (153) 78 0
SOURCE: Données de C. R. Cantor et P. R. Schimmel, Biophysical Chemistry, Part I: The
Conformation of Biological Macromolecules, p. 100, W. H. Freeman and Company, 1980.
 Les motifs (repliements)

• Un motif est arrangement reconnaissable de plusieurs

éléments de structures secondaires.
 Quelques règles de repliement
• Deux couches de structures secondaires sont
nécessaires pour enfouir les chaines latérales
hydrophobes.
• Hélices α et feuillets β sont généralement placés sur
des couches structurales différentes.
• Des segments adjacents dans la séquence sont
souvent empilés ensemble dans la structure.
• Les feuillets β sont plus stables quand les
brins sont légèrement vrillés à droite.
• Le vrillage des brins s’amplifie dans
les feuillets β.
 Foldit puzzles

Education
•Lock and Lower
 L’assemblage de motifs

• Des motifs complexes

peuvent être construits à
partir de motifs simples.
• Une série de plusieurs
boucles β-α-β constitue
le tonneau α/β.
 Les domaines
• Un domaine est une portion de protéine,
indépendamment stable ou peut bouger comme une seule
entité par rapport au reste de la protéine.
• Différents domaines ont souvent différentes fonctions
dans une protéine.
Classification structurale des protéines
• Structural Classification of Protein database (SCOP2)
• 4 catégories :
– relations entre protéines (structure, évolution, …),
– classes structurales (tout α, tout β, α/β , et α + β ),
– types de protéines (fibreuses, globulaires, membranaires),
– évènements évolutifs.

• Le nombre de motifs et repliements semble défini : 1

200 connus pour plus de 100 000 structures de
protéines.
• Permet de définir des familles de protéines (4 000) et
des superfamilles.
Classification structurale des protéines
Classification structurale des protéines
 La structure quaternaire

• Une structure quaternaire est formée par l’assemblage de plusieurs

polypeptides dans une structure plus grande.

• Cette association permet de réguler l’activité, cumuler les fonctions,

catalyser plusieurs étapes réactionnelles ou former des structures plus
larges.

• Une protéine constituée de plusieurs sous-unités est appelée un

multimère. Si le nombre est faible on parle d’oligomère.

• L’unité structurale élémentaire répétée est le protomère.

• Des lettres grecques sont souvent utilisées pour nommer les

différentes sous-unités du protomère.
 La structure quaternaire
Première structure quaternaire décrite : l’hémoglobine. Elle
contient 4 chaines polypeptidiques, 2 chaines α et 2 chaines β.
Les protéines intrinsèquement désordonnées

• Certaines protéines ou certains segments de protéines n’adoptent

aucune structure définie.

• Elles sont composées de fortes densités d’acides aminés défavorables

à la structuration (Lys, Arg, Glu, et Pro).

• Cet état peut faciliter la fonction d’espaceur au sein de structures plus

larges, ou jouer le rôle de réservoir en séquestrant ions ou petites
molécules.

• Les régions désordonnées peuvent s’adapter à beaucoup de protéines

différentes, ce qui facilite l’interaction avec de nombreux partenaires
protéiques différents.
Les protéines intrinsèquement désordonnées
 En résumé

• La structure tertiaire est la structure 3D complète d’une chaine

polypeptidique.
• Les protéines fibreuses jouent un rôle structural et sont composés de
structures secondaires simples répétées.
• Les protéines globulaires sont plus complexes et mélangent différents
éléments de structures secondaires.
• Leur structure peut souvent être décomposée en motifs plus simples
dont le nombre ne dépasse pas le millier.
• La structure quaternaire résulte de l’interaction entre les différentes
sous-unités d’une protéine.
• Certaines protéines ou fragments sont intrinsèquement désordonnés,
leur conférant une plus grande versatilité.
La dénaturation et le
repliement des
protéines
La protéostase : synthèse, assemblage et et
dégradation des protéines in vivo

Le maintien de l’activité
cellulaire des protéines est
réalisé par la coordination
de plusieurs processus
différents.
La stabilité et le repliement des protéines

• La fonction d’une protéine dépend de sa structure 3D.

• La perte d’intégrité structurale accompagnée de la perte d’activité est

appelée la dénaturation.

• Les protéines peuvent être dénaturées par :

– la chaleur ou le froid
– les pH extrêmes
– les solvants organiques
– les agents chaotropes : urée et chlorure de guanidinium

• L’action se fait principalement sur les liaisons hydrogène et les

interactions hydrophobes.

• La dénaturation est souvent irréversible.

 La dénaturation des protéines
• La transition entre état structuré et déplié est rapide.
• La dénaturation semble donc être un processus
coopératif.
 Renaturation de la ribonucléase
• La ribonucléase est une petite protéine qui contient 8 cystéines
formant 4 ponts disulfure.

• En présence d’urée et de 2-mercaptoéthanol, la ribonucléase est

complètement dénaturée et inactive.

• Quand l’urée et le 2-mercaptoéthanol sont retirés, la protéine se

renature/replie spontanément et les bons ponts disulfures se reforment.
• La séquence à elle seule détermine la conformation native.

• Cette expérience est assez « simple », mais son résultat et ses

conséquences sont si importantes qu’elle a valu le prix Nobel de chimie à
Christian B. Anfinsen en 1972.
Repliement très rapide des protéines

• Une bactérie produit une protéine active de 100 résidus en 5

secondes. Comment la protéine se replie-t-elle si vite?

• Si chaque acide aminé peut adopter 10 conformations, soit 10100

repliements, a raison de 10-13 s par repliement, il faudrait 1077 ans pour
tous les échantillonner (paradoxe de Levinthal).

• La recherche du repliement natif n’est pas aléatoire parce que le

chemin vers celle-ci est thermodynamiquement plus favorable.
Les étapes du repliement
 Les étapes du repliement

• Des structures secondaires apparaissent rapidement.

• Des interactions électrostatiques de groupements proches.

• Des interactions longues distances pour rapprocher différents

éléments de structure secondaire.

• Des interactions hydrophobes entre groupements non-polaires

fournissent une stabilisation de l’entropie.

• Les protéines avec des interactions à courte distance se replient les

plus vites.
Le modèle de repliement en entonnoir d’énergie
libre depend de la stabilité des motifs

Plusieurs
chemins Plusieurs Pas
Intermédiaire très
menants à une intermédiaires d’intermédiare
stables
seule structure stables stable
stable
Le modèle de repliement en entonnoir d’énergie
libre depend de la stabilité des motifs
Les chaperones empèchent le mauvais repliement et
l’aggregation des peptides non structurés
Les chaperonines facilitent le repliement
La prediction des repliements
 La prediction des repliements

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Le mauvais repliement est à la base de
nombreuses pathologies humaines

• Les diabètes de type 2, la maladie d’Alzheimer,

ou de Parkinson sont associées à un processus de
mauvais repliement.

• Une protéine, soluble à l’état normal, est

sécrété sous une forme mal repliée et forme des
fibres amyloïdes insolubles.

• Ces pathologies sont appelées amyloïdoses.

• Ces fibres sont composées de feuillets 

orientés perpendiculairement à l’axe de la fibre.
Le mauvais repliement est à la base de
nombreuses pathologies humaines
• Le clivage protéolitique d’une protéine
libère le peptide β -amyloïde.

• Ce peptide est replié en hélice α dans sa

forme native, mais est instable après clivage.

• Le peptide se replie en brins β qui forment

des feuillets stabilisés par des résidus
aromatiques.

• L’accumulation de ces brins entraine la

formation de fibrilles amyloïdes ou plaques
amyloïdes.
 En résumé

• Le maintien d’une population de protéines actives nécessite la

coordination de processus de repliement, remodelage, dégradation…
• La structure 3D et la fonction d’une protéine peuvent être détruites
par dénaturation. Certaines protéines peuvent reformer une structure
native spontanément.
• Le repliement des protéines est hiérarchisé : structures secondaires,
motifs, domaines…
• Pour ne nombreuses protéines le repliement est facilité par des
chaperonnes ou chaperonines.
• Le mauvais repliement des protéines est à la base de nombreuses
pathologies (ex: amyloïdoses)
 Résumé
Dans ce chapitre nous avons vu :
• Les deux structures secondaires les importantes :
– Hélices α
– feuillets β

• Comment les propriétés et les fonctions des protéines fibreuses sont

liées

• Comment déterminer la structure 3D des protéines

• Un des plus grands problèmes non résolus de la biochimie moderne :

comment les protéines se replient-elles ?
 Liens

Fold it : [Link]

Protein Data Bank : [Link]

CryoEM 101 : [Link]