caractérisaient par des multiples franchissements de barrière d’espèce et par l’accumulation
de mutations observées dès le début des épidémies humaines.
A ce jour, aucun réservoir n’a donc pu être identifié sur les marchés de Wuhan et aucun
foyer infectieux animal n’a été identifié ailleurs. Des études sérologiques sur des groupes
d’espèces sauvages qui seraient porteurs de virus n’ont pu être menées en totalité. Des
recherches de virus chez des chauves-souris et des mammifères en Chine par des équipes
internationales sont encore bloquées par les autorités chinoises. D’autres études sur des
milliers d’échantillons n’ont pas plus apporté de preuve à ce scénario. Le blocage de l’accès à
de nombreux fichiers informatiques et à des prélèvements congelés de chauves-souris et
l’absence réelle de données de surveillance épidémiologique confirment le manque de
transparence des autorités chinoises et posent la question de leur crédibilité, malgré les
accords internationaux concernant la déclaration d’épidémie. Ce point sur la gestion de la crise
justifie la recherche d’arguments solides, à défaut de preuves formelles (Annexe 2).
Malgré l’absence de démonstration de l’origine zoonotique, ce type de risque est
toujours présent car les chauves- souris sont de véritables réservoirs naturels de nombreuses
espèces de virus (11, 12). Leur système immunitaire particulier induit une tolérance de ces
infections, sans effet pathogène avéré pour ces animaux. De plus, différentes espèces
porteuses de divers virus peuvent échanger, partager la même alimentation en cohabitant
dans les mêmes grottes, ce qui peut conduire à des coinfections et à la production de virus
recombinants. Les recombinaisons génétiques entre diverses souches sont très fréquentes
dans ce groupe de virus. Un groupe de chercheurs des Instituts Pasteur de Paris et du Laos
ont ainsi collecté des excréments de chauves-souris dans plusieurs zones et grottes du Laos
(13) ; les analyses de ces échantillons ont permis d’identifier des séquences virales de
sarbécovirus dont certaines étaient déjà connues, mais beaucoup se sont révélées de
véritables mosaïques par partage de séquences communes. Trois des virus identifiés ont une
proximité avec le SARS-CoV-2 initial, mais aucun ne peut être considéré comme son ancêtre
probable.
Les risques de zoonoses persistent, voire progressent, dans différentes régions du
monde et peuvent atteindre rapidement la France, comme cela s’est passé avec le SARS-
CoV-2. Les risques d’extension de réservoirs animaux évoluent actuellement de façon
importante en raison les changements climatiques et les interventions humaines tels que la
déforestation et l’urbanisation, induisant des modifications des comportements animaux, (ex :
aux Etats-Unis et au Canada, les cerfs ont été infectés par le SARS-CoV-2). Les risques
actuels concernent des circulations intenses de virus tels que celui de la grippe aviaire H5N1,
des arboviroses (la dengue, de West-Nile, le Zika de Chikungunya), le MPox, le virus de
Marbourg, voire le virus Oropouche.
2 – Les propositions d’actions :
- La coordination de la surveillance des émergences est une priorité : Face à ces risques
persistant dans diverses parties du monde, la surveillance des émergences est une priorité,
notamment en France et la collecte des informations à cet effet est essentielle. Il importe donc
de définir une architecture impliquant la coordination sous l’autorité de Santé Publique France,
en associant les principaux acteurs en santé humaine et en santé animale : INSERM, CNRS,
INRAe, Hôpitaux, Universités, Institut Pasteur, IRD, Santé Publique France avec les Centres
Nationaux de Référence, les Agences telles que ANR, ANRS-MIE, ANSES et les ARS. Un tel
dispositif aura pour objectif de prévenir la survenue des zoonoses à risque épidémique en
assurant leur détection et leur surveillance. Pour atteindre ces objectifs :
- Il faut renforcer les différents réseaux de surveillance existants : Ceux centrés sur différentes
espèces animales (animaux d’élevage et animaux de la faune sauvage : mammifères, oiseaux
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