du nouvel an chinois (4).
Il est vite apparu que le principal mode de transmission de ce virus
respiratoire se faisait par microgouttelettes et aérosols émis par les personnes infectées. Les
premiers cas observés en Europe, sans doute importés par des voyageurs en provenance de
Chine, ont conduit progressivement à la mise en place des mesures prophylactiques
coercitives comprenant le confinement des populations, associé à des mesures d‘hygiène
incluant le port du masque. L’extension de la pandémie a surpris le monde entier par la rapidité
de sa propagation. Plusieurs vagues épidémiques se sont succédé y compris en été, sans
saisonnalité nette. La circulation virale s’est atténuée dans les régions ayant eu accès aux
vaccins et du fait de l’immunité collective post-infectieuse.
Le SARS-CoV-2 est le deuxième Coronavirus donnant lieu à un Syndrome Respiratoire
Aigü. Le virus s’est montré rapidement très contagieux avec un pourcentage élevé de patients
asymptomatiques (de l’ordre de 60%) mais contaminants et qui, de fait, ont joué un rôle majeur
dans la dissémination de la pandémie. Des formes cliniques de Covid-19 avec pneumonies
sévères ont rapidement débordé les services hospitaliers ; le taux de mortalité était élevé
estimé de 5 à 10% des personnes hospitalisées selon les tranches d’âge, avec un taux plus
élevé chez les personnes âgées et/ou présentant des comorbidités. La construction rapide
« d’hôpitaux de campagne », pour accueillir les nombreux patients et les longues files d’attente
devant des crématoriums attestaient du nombre élevé de décès dans les différentes provinces
chinoises (Annexe 2).
2 - Le SARS-CoV-2 :
La séquence du génome du SARS-CoV-2, disponible début janvier 2020, a permis de
classer le virus parmi les sarbécovirus proches de ceux détectés chez des chauves-souris (5).
La capacité d’évolution rapide des souches virales conduisant à des vagues successives a
surpris. Elle résulte de variations génétiques, avec l’émergence des virus alpha, puis beta,
gamma, delta, puis Omicron, dont de nombreux variants circulent encore actuellement.
SARS-CoV-2 est un virus à ARN, dont l’enveloppe porte une protéine externe (sous
forme d’épines disposées en couronne) dénommée « spike » dont le rôle est l’attachement du
virus aux cellules humaines ou animales (6). La compréhension des différences d’affinité pour
les sites d’attachement aux cellules de diverses espèces est essentielle, car elles déterminent
son pouvoir contagieux (induisant des risques variables de transmission) et son pouvoir
infectieux (induisant des formes cliniques plus ou moins graves, voire mortelles). Comme pour
beaucoup de virus à ARN, des modifications des séquences génomiques sont observées suite
à des erreurs de réplication par l’ARN-polymérase. Les mutations au sein de gènes de
structure peuvent n’avoir aucun impact, alors que d’autres peuvent induire des changements
fonctionnels ou structuraux des protéines, notamment sur la spike, en modifiant en particulier
son affinité pour des sites d’attachement ou pour des anticorps neutralisants. Ces
modifications surviennent naturellement et jouent un rôle clé pour l’adaptation virale lors de la
transmission et lors de passages inter-espèces. Le virus est soumis à des pressions
immunitaires variables : les mutations peuvent aussi être produites in vitro et induire une
augmentation de la transmission voire celle du pouvoir pathogène.
Avec les progrès technologiques et l’extension de l’épidémie de SARS-CoV-2, les
connaissances se sont accélérées et le nombre de publications sur le sujet a explosé. Dans
ce rapport, nous ne discuterons pas en détail les publications. Certaines constituent des
opinions (plus que des articles scientifiques solides) biaisées par des enjeux politiques, car
liées à des programmes de recherche en cours entre américains et chinois. Ces faits sont à
prendre en compte tant ils ont, encore actuellement, un impact au sein des débats scientifiques
sur l’origine du virus.
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