Ministère de la Santé et de la Protection Sociale

ISPITS de Fès

Module : Bactériologie médicale et virologie

Elément de module : Virologie
Filière techniques de santé, option : Laboratoire
PR : Hibaoui Lahbib

Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt médicale

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 Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑Physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt
médicale
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Introduction

Propriétés générales du Virus

■ De très petite taille : entre 10 et 400 nanomètres

■ Incapable de se reproduire seul : nécessite une cellule hôte pour se

répliquer

■ Dépende de la cellule hôte qu’il doit l’infecter, la détourner et utiliser son

métabolisme

■ S’attaquent à tous les organismes (animaux, végétaux, bactéries…) et

se distingue par le spectre d’hôtes cellulaires qu’il peut infecter (à cause
du tropisme cellulaire)
Introduction

Qu’est ce qu’un virus

C'est un agent infectieux très simple, défini par une structure se

résumant à deux ou trois éléments, selon les virus.
Les virus sont donc totalement différents des bactéries ou des
parasites, qui sont des cellules,

Comparaison entre les virus et la cellule bactérienne

Caractéristiques permettant de distinguer les bactéries des virus

ARN plus ADN Paroi formée

Croissance sur Division par
dans la Présence de de Sensible aux
des milieux fission
particule ribosomes peptidoglycan antibiotiques
artificiels ? binaire
infectieuse e

Bactérie Oui Oui Oui Oui Oui Oui

Virus Non Non Non Non Non Non

 Taille des virus

■ La taille d’un petit virus comme le poliovirus est d’environ 20 nm (≈ taille

d’un ribosome).

■ Le plus gros virus comme celui de la vaccine est long de 400 nm et

large de 200nm (≈ taille d’une rickettsie : petite bactérie parasite

intracellulaire).

Structure des virus

Les virus sont composés de deux éléments constants :

■ Un acide nucléique appelé

génome
■ L'association du génome et de
■ Une structure protéique la capside constitue la
entourant et protégeant le nucléocapside.
génome, appelée capside.

Une troisième structure présente chez certains virus :

■ Entourant la capside, appelée enveloppe ou péplos.

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Génome virale

Il contient la totalité de l'information génétique de la particule virale.

■ Taille : réduite avec une capacité de codage faible, allant de quelques gènes
pour les virus les plus petits (Entérovirus, Parvovirus) à quelques centaines
pour les virus les plus gros (Poxvirus, Herpèsvirus)

■ Nature : ☞ Virus à ADN ou ☞ Virus à ARN.

■ Structure : ☞ monocaténaire (simple brin) ☞ bicaténaire (double

brin).

■ Topologie : ☞ linéaire ☞ circulaire

Génome virale à ADN

■ Le plus souvent bicaténaires et linéaires (avec des exceptions, Virus de

l'hépatite B : bicaténaire et circulaire)

■ La masse moléculaire des ADN viraux s'étale sur une large échelle allant

de 1 à 180 x106 dalton.

■ La composition en base et en particulier le %GC varie de 32 à 75%.

Génome virale à ARN

■ Généralement monocaténaires et linéaires.

■ Masse moléculaire comprise entre 2 X 106 dalton (virus de la mosaïque

du tabac) ou 2,7 X106 dalton pour les entérovirus et 15 X106 dalton

pour les réovirus .

■ Certains génomes sont bicaténaires (réovirus ).

La capside virale

■ Définition : d'un mot grec, capsa, signifiant boîte, c’est une coque qui entoure
et protège le génome viral.

■ Composition : sous-unités protéiques appelées capsomères.

■ Rôle :protège le génome et porte les structures antigéniques et le site

d’attachement au récepteur cellulaire pour les virus nu.

■ Conformation géométrique :

● Nucléocapside tubulaire ou hélicoidale : C'est un tube enroulé en peloton.

● Nucléocapside icosaedrique : les protéines virales s’arrangent dans un plan

hexagonal. Les icosaèdres sont des volumes ayant 12 sommets, 20 faces qui sont
des triangles équilatéraux, et 12 sommets.

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Les virus à symétrie …?

Selon la structure de la capside on distingue en général deux groupes

principaux de virus :

Virus à symétrie cubique Virus à symétrie tubulaire

(ou à capside icosaédrique) hélicoïdale

Enveloppe virale

■ Définition : d'un mot grec (péplos) signifiant

manteau, c'est l'élément le plus externe des
virus enveloppés.

■ On distingue deux groupe de virus selon la

présence ou l’absence d’une enveloppe :

● Virus enveloppés
Virus enveloppés
● Virus nus (non enveloppé

■ Composition : composé des protéines, des

glucides et des lipides. C’est une drivée des
membranes cellulaires, cytoplasmique ou
nucléaire selon les virus.

Virus nus
Comparaison entre virus enveloppé et virus nu

■ La composition membranaire rend l’’enveloppe virale par très sensible

aux actions chimiques des solvants, des détergents, des sels biliaires,
des variations de pH, …, et physiques comme la chaleur.

☞ l’enveloppe confère aux virus une fragilité dans le milieu

extérieur où ils survivent peu de temps et dans les milieux
hostiles de l'organisme (le suc digestif)

⇒ Transmission directe

⇒ Diagnostic : transport rapide, au froid et dans des milieux de transport et

de conservation en vue de l'isolement du virus.

Comparaison entre virus enveloppé et virus nu

Dans le milieu extérieur : les virus à péplos ne peuvent pas survivre

longtemps car ils vont être inactivés par deux facteurs

● la température et la dessiccation ≠ la bactérie protégée par la paroi

Dans le tube digestif : le péplos est rapidement digéré par les enzymes
digestives.

● Les virus à péplos, comme les virus de la grippe, les virus de la famille des
Herpesviridae, ne résistent pas dans les selles.

● A l'inverse, les poliovirus sont trouvés dans les selles qui sont le moyen
essentiel de dissémination de la maladie (contamination fécale-orale).

Le péplos n'est pas une cuirasse pour les virus enveloppé, mais leur tendon
d'Achille
 A noter : l’enveloppe ≠ système d’enveloppe

■ A côté des enveloppes virales directement issues des membranes

cellulaires (peplos), il existent chez certains virus des systèmes

d'enveloppes, qui ne peut pas être assimilé à un peplos commun,

● Exemple : le virus de l'hépatite B possèden une nucléocapside à ADN

entourée d'un système d'enveloppe qui représente un élément de

résistance du virion dans le milieu extérieur.

Les bactériophage

■ Structure : une capside symétrique qui n’est ni

hélicoïdale, ni vraiment icosaédrique.

■ Ils possèdent une tête icosaédrique liée à une

queue hélicoïdale à laquelle sont attachés des
poils et des fibres caudales.

■ Types :

● Phage virulent : se multiplient aux dépends de

la bactérie, ce qui conduit à la lyse bactérienne
on parle d'infection lytique.

● Phage tempéré: intègrent leurs acide

nucléique au chromosome bactérien :
phénomène de lysogénie.
Structure d’un bactériophage
Taxonomie des virus

La classification dressée depuis 1975 par le comité international de

taxonomie :

☞ ordre (suffixe virales)

☞ Famille (…viridae ) Herpesviridae

☞ Sous-famille(…virinae) Herpesvirinae

☞ Genre (…virus) Herpesvirus

☞ Espèce(…virus) Herpesvirus simplex

Classifications des virus

Le système de classification dit LHT (Lwoff, Horne et Tournier, depuis

1960) repose sur la structure des virus (non plus sur leur pouvoir
pathogène ou leur taille) :

☞ la nature de l'acide nucléique du génome (DNA ou RNA),

☞ la conformation de la capside (tubulaire ou icosaédrique),

☞ la présence ou l'absence de péplos (enveloppé ou nu)

 La classification des virus

Caractères primaires utilisés dans la classification des virus

ADN / ARN
Simple / double brin
Segmenté / non-segmenté
Linéaire / Circulaire
Acide Nucléique Dans le cas d'un génome en ARN simple brin,
s'agit-il d'un brin (+) qui peut fonctionner en tant
qu'ARN messager, ou d'un brin (-) qui ne code pas
directement pour des protéines virales.
Génome diploïde (par exemple, chez les
Retroviridae) ou haploïde dans la particule virale

Capside Icosaédrique / Hélicoïdale / Complexe

Virion structure Enveloppé / Nu
Nombre de 21
capsomères

Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt médicale

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Multiplication des virus : introduction

La multiplication virale, également appelée cycle de réplication virale,

est le processus par lequel un virus se reproduit et génère de nouvelles
particules virales (virions) à l'intérieur d'une cellule hôte.

Les conditions qui manquent au virus :

■ La matière première : le virus n'a pas de réserves de petites molécules,

de vacuoles, pas de système digestif.

■ Des sources d'énergie: le virus n'a pas de réserve d'ATP ni de moyens

pour la constituer ; il n’a aucune source d’énergie propre.

■ Les enzymes d’assemblage des petites molécules en macromolécules

Multiplication des virus : principe…

■ la multiplication d'un virus consiste en l'introduction du génome viral

dans une cellule et c'est elle qui va fabriquer de nouveaux virus, selon
un procédé de biosynthèse que l'on appelle réplication.

■ Le virus apporte seulement l’information génétique nécessaire à la

fabrication de nouveaux virus et détourne les voies métaboliques de la
cellule à son profit.

☞ Pour qu’il se multiplie le virus doit infecter une cellule hôte

dont le spectre d’hôte est défini par l’espèce et le tissu cellulaire
infecté (Résistantes, Non permissive ou permissives)

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Multiplication des virus : trois phases

Le cycle d’infection d’une cellule par un virus peut être décomposé en

trois grandes étapes:
Les évènements précoces (l'attachement aux cellules cibles, la
pénétration et la décapsidation) qui conduisent à l’internalisation du
génome viral dans la cellule cible.
Les évènements de biosynthèse (la réplication du génome viral, la
transcription et la traduction) qui vont, respectivement, assurer la
synthèse des protéines codées par le génome viral et permettre la
multiplication de ce génome.
L'assemblage de la particule virale et la sortie qui vont mener à la
production et la libération de particules virales infectieuses, capables de
propager l’infection à d’autres cellules.

Le cycle de vie virale : six étapes

■ Attachement : du virus sur des récepteurs de la membrane cellulaire

■ Pénétration : endocytose, fusion

■ Décapsidation : et libération du génome viral

■ Réplication : transcription et traduction des protéines précoces de régulation;

synthèse des acides nucléiques viraux; production des protéines virales tardives
structurales

■ Assemblage et maturation des nouveaux virus

■ Libération: des virions néoformés

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 Le cycle de vie virale : six étapes

Décapsidation

Assemblage

Attachement Maturation

Pénétration Réplication
Transcription
Libération
Traduction

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Le cycle de vie virale : l’attachement

Interaction et
complémentarité
un récepteur
un ligand
spécifique
viral
cellulaire

■ Passif (énergie non nécessaire), et ne dépend pas de la température

■ Réversible au début puis devient irréversible

☞ La résistance à l’infection consisté en l’absence de récepteur sur la cellule

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Pénétration : plusieurs mécanismes…

Virus nu Virus enveloppé

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Mécanismes de pénétration virale

• Endocytose : internalisation du virus dans un endosome. Ex.: Poliovirus.

• Translocation directe à travers la membrane plasmique. Ex. Certains picornavirus.
Virus nu

• Fusion de l’enveloppe et de la membrane cellulaire. [Link]

• Fusion-lyse (Endocytose suivie de fusion membranaire ) :
Virus l'invagination de la membrane et l'englobement du virus dans une
vésicule endocytique. Ex. virus de l'hépatite C, virus de la rougeole.
enveloppé

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Pénétration chez les bactériophages : un mécanisme spécial !!!

Pénétration par injection du génome viral :

■ Le phage se fixe à la surface de la bactérie via des structures de

reconnaissance spécifiques.

■ Le phage perce ensuite la paroi cellulaire bactérienne et la membrane

plasmique à l'aide de structures spécialisées (comme une queue
contractile et des fibres caudales).

■ Le phage injecte uniquement le génome viral (ADN ou ARN) à l'intérieur

de la bactérie, tandis que la capside virale reste à l'extérieur.
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La décapsidation :

Généralement cytoplasmique

■ Désagrégation de la capside virale (totale ou partielle) grâce

à des enzymes cellulaires ou virales

⇒ Libération de l’acide nucléique dans le cytoplasme.

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La réplication : principes généraux

La réplication virale des virus à ADN passe généralement par 3 étapes:

■ Transcrire (fabriquer un ARNm à partir de son génome).

■ Traduire son information génétique (fabriquer des protéines virales par

la machinerie cellulaire.

■ Répliquer (fabriquer des copies de son génome par la cellule).

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La réplication chez les virus à ADN : Ex. Herpes virus

L’ADN viral migre vers le noyau et la réplication se déroule en 3 phases

■ Phase précoce : une petite partie du génome est transcrite grâce à une
ARN polymérase-ADN dépendante cellulaire en ARNm précoce qui
migre dans le cytoplasme pour être traduits en protéines précoces non
structurales (régulatrices ou en enzymes impliquées dans la synthèse de
l’ADN)

■ Réplication : l’ADN viral est dupliqué grâce a une ADN polymérase en

un grand nombre de copies selon un mode semi-conservatif.

■ Phase tardive : Les ADN néoformés servent de matrice pour une 2ème
transcription synthèse d’ARNm tardifs traduits en protéines de structure.

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La réplication chez les virus à ARN

La réplication chez les virus à ARN passe dans le cytoplasme, et on

distingue 3 groupes :

■ Virus à ARN de polarité (+) (5’- 3’): C-à-d même sens que l’ARNm,

■ Virus à ARN de polarité (-) :

■ Virus à ARN : doit être préalablement transcrit en une copie d’ADN

proviral

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La réplication chez le groupe I : virus à ARN de polarité (+)

■ Traduction par lecture direct de l’ARN de polarité (+) par les ribosomes

⇒ une grande poly-protéine clivée pour donner naissance à trois

protéines P1, P2 et P3 :

● La protéine P1 (donne les protéines de capside).

● Les régions P2 et P3 (donne les protéines non structurales dont l’ARN polymérase-
ARN dépendante ou réplicase).

■ Synthèse d’un brin (-) par la réplicase,

■ synthèse de nouveaux brins (+) à partir du brin (-) toujours grâce à la réplicase.

■ Encapsidation de nouveaux brins (+) afin de former de nouveaux virions.

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La réplication chez le groupe II : virus à ARN de polarité (-)

Ce type de virus possède une transcriptase virale qui permet la

synthèse d’un ARN (+) seul capable d’être lu par la cellule.

ARN (-) transcriptase ⇒ ARN (+) ⇒ Traduction.

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La réplication chez le groupe III : virus à ARN

doit être préalablement transcrit en une copie d’ADN proviral grâce a une transcriptase
inverse, pour se répliquer.
ARN (TI) ⇒ ADN Proviral
ARN(+) ⇒ Traduction
■ L'ARN viral est rétrotranscrit dans le cytoplasme en ADN par la transcriptase inverse
virale (TI).

■ La TI dégrade l'ARN viral puis copie l'ADN viral monocaténaire en ADN double brin qui
s’intègre dans le noyau cellulaire, grâce à l'intégrase virale, (ADN proviral)

■ S’il y a activation de la cellule, l'ADN proviral est transcrit en ARN messagers et en ARN
génomique par l'appareillage de transcription de la cellule.

■ La traduction d'ARNm donne naissance à des polyprotéines virales.

■ Assemblage des protéines virales et de molécules d'ARN viral en nouveau virion

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La réplication :

Note

▶ La réplication du génome des virus à ARN est beaucoup moins fidèle

que celle du génome des virus à ADN (les ARN polymérases n'ayant
pas les mécanismes de détection et correction d'erreurs qu'ont les ADN
polymérases des virus à ADN).

▶ Les virus à ARN sont donc sujets à des variations génétiques (HIV,
virus de l'hépatite C).

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Assemblage :

Correspond à l’assemblage des protéines de structure, l’incorporation du

génome dans la pro capside, la maturation des protéines par clivage
protéolytique ou modification de conformation,
exemples :
■ clivage de l’hémagglutinine du virus grippal par protéases cellulaires
■ clivage de la poly protéine du poliovirus par des protéases virales ou
cellulaires
■ clivage des protéines gag et pol du VIH par protéases virales
Auto assemblage des composés fabriqués :
Protéines de capside + A. nucléique = nucléocapside ⇒ Maturation
Libération :

■ Virus nu: libération par éclatement de la cellule.

■ Virus enveloppé: libération par bourgeonnement à travers la membrane

cellulaire en s’entourant d’une enveloppe provenant de :

☞ la membrane nucléaire de la cellule infectée (Herpesvirus),

☞ la membrane cytoplasmique de la cellule (HIV, virus de la grippe)

☞ la membrane de l’appareil de Golgi (coronavirus,..)

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Libération des virus

Les virus à l’état virions

■ Virus complets: Une fois a l’extérieur de la cellule, peuvent à

leur tours infecter d’autres cellules.

■ Une cellule produit 100 à 1000 virus.

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Les cycles des bactériophages

■ Mécanisme d’action des phages : le cycle lysogénique peut apporter des avantages à la bactérie, et le cycle
lytique peut aboutir à l’éradication de la population bactérienne.

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 Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑Physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt médicale
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Généralités

■ situation de conflit Le virus est un parasite intracellulaire obligatoire, il

a besoin de la cellule pour se multiplier, alors que l’organisme fait tout les
moyens de défense pour l’éliminer. Cette situation de conflit fait
intervenir des facteurs liés les uns au virus lui-même et les autres liés à
l’organisme hôte

■ L’infection virale a régulièrement comme conséquence le

dysfonctionnement cellulaire, voire mort de la cellule qui est à
l’origine de la maladie.

■ L’analyse physiopathologiques des dysfonctionnement et des lésions

cellulaires permet de caractériser deux élément en conflit qui sont : la
particule virale et la cellule infectée

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Généralités

■ L’initiation de l’infection nécessite l’entrée du virus chez un hôte

sensible.

■ Ceci entraine des lésions et des dysfonctionnements cellulaires

responsables de la maladie.

☞ Infection locale : multiplication virale exclusivement au niveau du

site d’entrée.

☞ Infection systémique: l’infection se poursuit dans des tissus

distants de la porte d’entrée.

Un virus pathogène est un virus capable d’induire des signes clinique

chez un hôte sensible donc une maladie avec ou sans symptômes

Généralités

Pathogenèse : processus par lequel le virus induit une

maladie

Tropisme : aptitude d’un virus à infecter une cellule, un tissu

ou un organe,

Virulence : degré du pouvoir pathogène

Epidémiologie : circonstance de survenue de l’infection virale

■ L‘homme est un hôte principale (et il est un réservoir aussi) : majorité

des cas.

■ L’homme est un hôte intermédiaire dans un cycle.

■ L’homme est un hôte accidentel (contaminé accidentellement) : le

réservoir est animal et l’homme peut être contaminé par : morsure (rage,
Ebola) ou par aérosol (hantavirus, arenavirus)

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Réservoirs des virus pathogènes pour l’homme

L’Homme est le principal réservoir et hôte

Le virus se propage par le biais des gouttelettes de
salive et des petites particules en suspension dans
l’air projetées par la toux ou les éternuements
■ Secrétions respiratoires : VRS, V. grippe, V.
rougeole.

■ Salive : CMV, EBV, HSV1….

■ Peau:VZV,HPV

■ Tractus génital: HBV, HIV, HPV, HSV2.

Réservoirs des virus pathogènes pour l’homme

L’ômme est Hôte

intermédiaire
■ Les arthropodes =
anthropozoonose
(moustiques et tiques)
■ Exp: arbovirus.

■ Le virus se transmet lors de

piqûre

Réservoirs des virus pathogènes pour l’homme

l’Homme est un hôte accidentel

Le réservoir est animal

■ virus de la rage (salive),

transmis par morsure.

■ Hanta virus, Arénavirus:

(déjections des rongeurs)
transmis par aérosols.
Etapes de la pathogénèse

Les trois étapes de la pathogénèse sont :

■ La transmission : on parle de porte d’entrée, qui peut être la peau

(assez rare), les muqueuses (respiratoires, digestives, urogénitales,
oculaires)

■ La diffusion : locale (incubation courte) ou systémique (incubation

longue)

■ Le tropisme : variable, il donne une symptomatologie variable en

fonction des cellules atteintes.

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Types de transmission

■ Transmission horizontale: «hômme-hômme», par contact direct, à

travers une porte d’entrée (respiratoire, digestive…) ou indirect par
l’intermédiaire de vecteurs (arthropodes).

■ Transmission verticale

● Transplacenta congénitale (rubéole, CMV, VIH, HBV )

● Périnatal (HIV, HBV, HSV)

● Allaitement (HIV, HTLVI)

Modes de contamination

■ Contamination aérienne ; indirecte s/f d’aérosols (éternuements, toux)

,directe : salive (EBV)

■ Contamination digestive : contamination féco-orale, élimination du virus

dans les selles : virus nu = virus résistant : entérovirus, HAV, peuvent
contaminés l’eau et les aliments.

■ Contamination sexuelle : excrétion du virus dans le tractus génital (IST)

■ Contamination mère-enfant : transplacentaire, péri-natale, post-natal

■ Contamination iatrogène : transfusion ( rares), greffes d’organes , dentistes,

exploration invasives….

■ Autres : toxicomanie IV ou IN sniffer, scarification ou hidjama, tatouage

piercing….

Porte d’entrée

Trois grandes surface épithéliales sont en contact avec l‘environnement et

constituent les portes d’entrée principales des virus :
L’arbre respiratoire :

● Virus inhalé sous forme d’aérosol nécessitant un contact rapproché avec la

personne contaminée (rhinovirus, virus de la grippe…)
Muqueuse buccale et tractus digestif (virus nu) :

● par ingestion d’eau ou d’aliment contaminés (Rotavirus chez l’enfant, HAV,

Entérovirus)
La peau :

● papilloma virus

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Transmission respiratoire ou salivaire :

Un virus peut se transmettre par des

aérosols ou par la salive (bisous, bords de
verre, couverts…). C’est le cas de beaucoup
de virus qui sont alors très contagieux car
très faciles à transmettre.
❖ La varicelle se transmet par aérosols.
❖ Le virus Epstein Barr, c’est la mononucléose
infectieuse, c’est ce qu’on appelle la maladie du
baiser.

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Transmission féco-orale :

■ Ce sont des virus principalement éliminés

dans les selles.
■ Les mains sont les principales parties du
corps contaminées, ainsi que l’eau et les
aliments rincés par cette eau. C’est ce qu’on
appelle péril oro-fécal.
❖ L’enterovirus et l’adenovirus sont des
virus responsables de diarrhées.
❖ L’hepatite A et E sont typiquement
transmis par l’eau souillée dans certaines
régions.

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 Transmission sexuelle :

Pour les transmissions sexuelles, on parle des

sécrétions génitales ou de certaines cellules
contaminées, dans le sperme par exemple, et de
la salive pour tout ce qui est rapports oro-
génitaux.
❖ Le papillomavirus est responsable de
condylomes mais aussi de cancers très
importants de l’utérus, cancer de l’anus,
cancer de la gorge.
❖ HSV = Herpes Simplex Virus 1 et 2.
❖ HBV = Hepatite B Virus.

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Porte d’entrée cutanée :

Il y a plusieurs possibilités :
■ la brèche,
❖ par morsure ( rage)
❖ papillomavirus
❖ Poxvirus
■ l’injection :
❖ hépatite B, C
❖ VIH
■ la piqûre de moustique :
❖ arbovirus : fièvre
jaune, dengue
Transmission mère-enfant :

La transmission mère enfant peut se faire de

manière transplacentaire, ou au moment de
l’accouchement (il y a une exposition
importante du bébé à certaines sécrétions
maternelles) et le bébé peut les ingurgiter
également (ca ne passe pas que par le sang).
■ Le VIH se transmet de la mère à l’enfant.
■ L’hépatite B est très bien transmis de la mère
à l’enfant.

Transmission iatrogène

On parle des seringues, des explorations

invasives, les médicaments dérivés du sang,
les greffes…
On réduit considérablement les transmissions
quand on fait le screening des greffes et des
dons.
❖ C’est le cas pour les trois virus du dessus (HIV,
HBV, HCV).
❖ Aujourd’hui, on ne peut normalement plus attraper
ces virus de façon nosocomiale chez nous.
❖ Le CMV est en revanche très bien transmis
❖ par greffons, car on est pratiquement tous
❖ infecté et on va pas refuser de greffer
❖ quelqu’un car il est CMV+ ou CMV-.

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Période d’incubation

■ La période d’incubation: C’est la période du contage à l’apparition des

premiers signes cliniques .

■ La variabilité de cette période est fonction de la porte d’entrée et de

l’organe cible :

❖ période courte (infection locale) : si le site de multiplication se

confond avec la porte d’entrée:, ex. la grippe

❖ incubation longue de quelques semaines à quelque mois

infection systémique : si le site de multiplication est distinct de
la porte d’entrée, car il y a une phase de virémie + un organe cible à
atteindre ex. la rage, les hépatites, la poliomyélite

La diffusion virale

Locale :
Ex. virus respiratoire
(rhinovirus, influenzae virus);
Systémique :
Sanguine : permet au virus
d’être véhiculé jusqu’aux
organes cibles soit libre dans le
plasma (HBV, HCV, HIV,
Parvovirus B19) ou associés
aux cellules (CMV,EBV, HIV,
HTLV…) c’est la virémie
primaire.
Nerveuse (virus neurotropes) :
propagation le long des nerfs
périphériques
Organes cibles

Rappel : le tropisme du virus se définit par la nature du tissu ou de l’organe

cible qui est lié à :
■ La sensibilité des cellules: par la présence de récepteurs spécifiques
pour l’attachement et la pénétration du virus.

● Une cellule sensible est une cellule qui a la capacité d’être infectée (pénétration).

■ La permissivité : présence de facteurs intracellulaires permettant la

réplication et la maturation du virus.

● une cellule permissive est une cellule qui a la capacité de servir le virus dans sa
multiplication (réplication)

☞ Une cellule sensible n’est pas obligatoirement permissive.

Manifestations cliniques

Au niveau de la peau:

■ Effet direct du virus avec excrétion virale => lésions (varicelle)

■ Réaction immuno pathologique du virus au niveau du derme (rubéole, rougeole)

Au niveau du SNC :
Méningo-encéphalites herpétiques, PESS (rougeole), LEMP (JC virus), Poliomyélite.
Autres organes :
• Articulations : virus rubéole, Parvovirus B19
• Foie : HBV, HCV, HAV, HEV, HDV
• Poumons: CMV, virus de la rougeole, grippe
• Rein: CMV, BK virus
• Cellules sanguines : EBV (lymphocytes B), HIV (lymphocytes T)
• …..
Voies d’excrétion

Plusieurs voies d’excrétion des virus :

■ Respiratoire: grippe, oreillon, rougeole, rubéole
■ Salivaire: CMV, EBV, rage
■ Cutanée: VZV,HPV
■ Digestive (selles): Entérovirus, Rotavirus, HAV,HEV,..
■ Urinaire: rubéole, rougeole, virus ourlien, CMV
■ Génitale: HIV, HBV,CMV
■ Lait maternel: HIV, CMV
■ Sanguine : HIV, HBV, HCV…

Evolution des infections virales

En fonction du virus en cause, de la tolérance de l’hôte;

■ Infection aiguë: souvent asymptomatique, la multiplication du virus
est limitée dans le temps. Elle est intense et rapide, mais le virus est
rapidement excrété grâce à une réponse immunitaire avec des
anticorps spécifiques qui protègent contre une réinfection.

■ Infection persistante: fait suite à certaines infections aiguës

(symptomatiques ou asymptomatiques), le virus persiste dans
l’organisme plusieurs mois ou années . L’infection persistante est
caractérisée par une phase d’incubation longue. Elle peut être
chronique, latente , ou lente
Evolution des infections virales

Infections persistantes

■ Infection chronique : caractérisée par la présence continuelle du virus

dans l’organisme ( circulation sanguine, tissus, organes). Ex. HBV, HCV.

■ Infection latente ou récurrente : caractérisée par des épisodes aigus

séparés par des phases de dormance du virus. Ex. HSV1/2 (herpès
labial ou génital) VZV (varicelle/zona)

■ Infection lente : caractérisée par des périodes d’incubations très longue.

La multiplication virale est très lente avec parasitisme progressif.
L’évolution est insidieuse est fatale. Ex. VIH sida

69

Facteurs influençant la pathogenèse

Facteurs liés au virus

■ Quantité de virus: plus la quantité de virus est importante , plus

la probabilité de développer l’infection sera élevée.

■ Voie d’inoculation: ex. virus de la rage par léchage d’une peau lésée au
niveau du membre inferieur est moins grave que par morsure au niveau
de la face. Une souche virale vaccinale est non pathogène par voie
périphérique mais peut être pathogène par voie intra cérébrale.

■ Cyto-pathogénéicité : par destruction rapide de la cellule infectée qui

est un élément important de la virulence. Ex. polio = paralysie , Herpes :
encéphalite.
Facteurs influençant la pathogenèse

Facteurs liés au virus

■ Echappement du virus à la réponse immunitaire

● Latence (virus caché) : la cellule infectée ne présente pas les antigènes viraux.

● Variabilité génétique : les variants ne sont pas reconnus par les Acs neutralisants,
exp: VHC, VIH, virus de la grippe

● Inhibition de l’expression des molécules du CMH : Les molécules de la classe I

et II : jouent un rôle majeur dans la réponse antivirale . L’absence d’expression de
ces molécules inhibe la réponse immunitaire (HIV, CMV, HSV)

■ Résistance aux anti-rétroviraux : apparition des souches résistantes aux

antiviraux au cours du TRT.

Facteurs influençant la pathogenèse

Facteurs liés à l’hôte

■ Les défenses immunitaires: lutter contre l’infection

● Immunité acquise : spécifique ( production d’ACs et cellules cytotoxiques)

● L’immunité innée : non spécifique (barrière cutanéomuqueuse, cellules

phagocytaires, NK, interférons+++) s’associe à la 1ère pour l’élimination du
virus.

▶ Parfois la défense immunitaires n’aboutit pas et les mécanismes

immuno-pathologiques sont responsables de l’action pathogène du virus
Rôle de la réponse immunitaire dans la pathogenèse des
I. virales

Exemple :
Réponse cytotoxique : cas des hépatites virales
■ l’activation des LT CD8+ par les antigènes viraux et leurs stimulation par
l’IL2 vont proliférer sous l’action des différentes cytokines (IL4, IL6,
interféron γ ) et se différencient en cellules capables d’entrainer une
cytotoxicité pour les cellules infectées.

■ La réponse cytotoxique induite par l’infection virale peut avoir des

conséquences néfastes pour l’organisme (le foie).

Les IV et le déficit immunitaire

Immunodépression:
■ Primitive : anomalies génétiques
■ Secondaire : TRT immunosuppresseur, chimiothérapie et VIH qui dégrade
l’immunité à médiation cellulaire favorisant les infections virales les plus
sévères .

● Ex. Herpesviridae persistent à l’état latent et en cas de déficit immunitaire il

y a réactivation qui peut être cliniquement sévère.
 Les IV et le déficit immunitaire

Déficits immunitaire d’origine virale

■ Déficits immunitaires modérés et transitoires : CMV, virus de la rougeole,
■ Un déficit immunitaire majeur : le VIH entraine une destruction progressive
du système immunitaire entrainant un déficit immunitaire majeur. Le
VIH infecte les LT CD4+, les monocytes/macrophages et les cellules
dendritiques dans les organes lymphoïdes; ce qui aboutit en quelques
années à la destruction du système immunitaire.
l’induction d’une réponse auto-immune par les virus.
■ l’apparition d’auto-AC peut se voir au décours des infections virales : MNI,
rougeole, varicelle, infections à CMV, HCV, HIV….

Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑Physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt médicale

76
Pourquoi faire du diagnostic en virologie ?

 Dons de sang, d’organes et de tissus (dépistage obligatoire)

 Suivi biologique des infections (VIH, VHB, VHC)
 Mesures prophylactiques et contrôle des épidémies rota et VRS
en pédiatrie - grippe
 Etudes épidémiologiques (prévalence, réservoir, mode de transmission)
 Preuve de l’origine virale d’une infection
+++ chez immunodéprimés
 Décision thérapeutique
développement des antiviraux

Plusieurs approches

❑ Recherche des anticorps = Sérologie

❑ Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic Direct

⇒ approches complémentaires (fonction du virus recherché et de la clinique)

L’analyse comprend trois phases :

☞ Prélèvement = phase pré-analytique

☞ Choix de techniques et réalisation = phase analytique

☞ Validation et interprétation
Phase pré-analytique : le prélèvement

[Link] des prélèvements à effectuer

☞ Selon la clinique (toute lésion accessible doit être prélevée)
☞ Porte d’entrée, sites de multiplication et/ou d’excrétion des virus recherchés

2.Réalisation des prélèvements

☞ Importance +++ de la qualité du prélèvement
☞ Doit être réalisé le plus tôt possible après le début des signes cliniques
(multiplication +++ pendant phase d’incubation)

[Link] des prélèvements au laboratoire

☞ Milieux de transport pour virologie (+++ pour culture de virus)
☞ Transport rapide
☞ Sécurité
Importance des renseignements cliniques transmis au virologue avec le prélèvement

La Sérologie ???

■ La sérologie est l'étude des sérums sanguins, en particulier de leurs

propriétés immunitaires.

■ En virologie, le diagnostic sérologique ou sérodiagnostic repose sur la

mise en évidence chez l'hôte d'une réaction immunitaire spécifique de
l'agent infectieux consistant en la production d'anticorps généralement
détectables au bout de 8 à 10 jours

⇒ +++ Pour diagnostic des primo-infections = apparition des Ac entre deux

sérums d’un patient
● sérum précoce (neg)
● sérum tardif (pos)

⇒ Pour définir le statut immunitaire vis-à-vis d’un virus (1 seul sérum) 〓

savoir si un patient a déjà rencontré un virus précis (Ac pos) ou non (Ac
neg) (exemple rubéole)
Les techniques sérologiques

les techniques sérologiques sont utilisées pour détecter et quantifier les

anticorps produits par l'organisme en réponse à une infection virale.
Et on distingue :

● Tests d'agglutination

● Réaction de fixation du complément

● ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay)

● Western Blot (Immunoblot)

● Immunofluorescence indirecte (IF)

81

1. Agglutination

■ Principe : Elle met en jeu des particules (latex, gélatine, hématies)

sensibilisées par un antigène dont l'interaction avec l'Ac (IgG et IgM) du
sérum à tester conduit à une agglutination macroscopique. NB : si on
utilise des hématies on parle d’hémagglutination.

■ Simple rapide (qlq minutes à 2h)

■ Applications : sérodiagnostic de Widal et Félix; sérodiagnostic de Wright;

TPHA (bonne spécificité).
3. Réaction de fixation du complément:

■ Principe : Compétition du Complément (Cp) pour 2 systèmes : (Ag-Ac et

GR de mouton/antiGR, l’Ag étant connu)

⇒Pas d'hémolyse : le Cp est fixé sur Ag-Ac => présence d’Acs spécifiques

⇒Hémolyse : le Cp est fixé sur GR de mouton/anti-GR => absence d’Acs

spécifiques

■ Application : diagnostic des infections récentes, surtout viroses

respiratoires (grippe A, B, virus respiratoire syncitial, adénovirus,
paramyxovirus)

83

4. ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) :

■ Principe :

● L’antigène de référence est fixé sur un support solide (puit d’une microplaque, bille,
membrane).

● Les anticorps du liquide biologique testé se fixent sur cet antigène au cours d’une
phase d’incubation, les anticorps non spécifiques étant éliminés ensuite par des
lavages itératifs.

● Le complexe antigène-anticorps est ensuite révélé grâce à un conjugué couplé à

une enzyme (E) qui transforme in substrat incolore en un produit coloré.

■ Sensibilité, spécificité et automatisation (+++).

■ Application: dépistage du VIH, de l'hépatite virale, de la rubéole, de la

toxoplasmose, etc.
5. Western Blot (Immunoblot) :

■ Principe :

● Les protéines virales natives sont séparées par électrophorèse puis

transférées sur membrane de nitrocellulose

● Les Ac spécifiques éventuellement présents dans le sérum se fixent sur ces

protéines

● La liaison Ag-Ac est révélée par une anti-Ig marquée à l'aide d'une enzyme.
On ajoute le substrat => réaction colorée..

■ Applications : Confirmation de résultats positifs obtenus par ELISA (par

exemple, pour le VIH, HTLV).

85

6. Immunofluorescence (IF) :

■ Principe :

● l’Ag viral est adsorbé sur un support solide sensibilisé pour fixer l’Ac
spécifique;

● Anti-Ig humaines ou Ag viral couplés à une enzyme forment le conjugué;

● Le substrat de l'enzyme peut être fluorogénique, chimioluminescent ou

Chromogénique. .

■ Applications :

● Diagnostic rapide de certaines infections virales (rougeole, rubéole

oreillons, varicelle, hépatites A, C, D, HIV,…)
86
La réponse immunitaire

Caractéristiques de la réponse immunitaire

■ Discrimination SOI/NON-SOI
■ Mémoire
■ Spécificité
Phases de la réponse immunitaire :
■ Phase d’induction aussi appelée phase de latence ou retard
■ Phase log ou exponentielle
■ Phase de plateau ou d’équilibre ou stationnaire
■ Phase de déclin ou de décroissance (encore appelée contraction)

Cinétiques d’apparition des anticorps

IgG IgG

IgM
Incubation IgM

contamination réinfection
Diagnostic direct

Recherche du virus ou un élément des ses constituants :

☞ Détection d’antigènes ⇒ techniques immunologiques

☞ Détection de génome (ADN ou ARN) ⇒ biologie moléculaire
☞ Détection du virus entier ⇒ culture virale
☞ Observation des particules virales (microscopie électronique)

Diagnostic direct : détection d’antigènes

■ Techniques immunologiques
■ Techniques simples et rapides à mettre en œuvre mais manque de sensibilité
■ Mise au point des anticorps monoclonaux en 1975-1980
■ Détection :
• Ag dans des cellules (immunofluorescence)
☞centrifugation du prélèvement => culot cellulaire => déposé sur lame
• Ag libre ou libéré (ELISA ; agglutination ; immunochromatographie)

☞étape d’extraction des Ag (pvt + détergent)

contrôle de la spécificité de la réaction +++ : ex. du HSV
 Détection des antigènes du virus
Ag dans Ag extrait
cellules

IF ELISA IC Agglut
rotavirus
- +++ ++ +
Selles
adénovirus
- +++ ++ +
VRS
+++ - + -
Respiratoires
Grippe
+ +++ + -
parainfluenza
+ +++ - -
HSV
+++ +++ - -
Cutané
VZV
+++ - - -

Immunofluorescence

IF directe

IF indirecte

RSV-infected cells
 ELISA
DO
substrat

Immunochromatographie - Agglutination
Immunochromatographie rota-adv

Latex coloré - Ac

Migration par capillarité

 Diagnostic direct : détection du génome

Extraction des acides nucléiques

■ lyse cellulaire (ARN)

■ Extraction sur colonne (ADN)

Diagnostic direct : détection du génome

PCR 1989
= polymerase chain reaction
30 x
DNA polymerase

Très nombreuses
copies de l’ADN

… PCR (ADN) / RT-PCR (ARN)

 Diagnostic direct : détection du génome

Visualisation sur gel d’électrophorèse M 1 2 3 4 5 6 7 8 9

++ + ++ +++ +

30 min / courant électrique Gel en bromure d’éthidium

M 10 11 12 13 14 15

++- - - -
UV

et/ou hybridation en plaque

sonde

Produit PCR

= PCR qualitative (+/-)

Diagnostic direct : détection du génome

PCR quantitative : charge virale (nb de copies de génome viral par

ml de plasma)

signal
Pol Standard Curve
40
35
30
Threshold Cycle

25
20
15
10
5
0
1 2 3 4 5 6

6 5 4 3 2

1
6 5 4 3 2 1

N1 Standard Curve Nb cycles

40
35
PCR
30
Threshold Cycle

25
20

PCR en temps réel – système Taqman

15
10
5
0
1 2 3 4 5 6

6 5 4 3 2 1
Diagnostic direct : détection du génome

Principales applications

▶ HSV dans LCR pour méningo-encéphalite (urgence)

▶ CMV : PCR quantitative (greffés de rein)

▶ VIH : PCR qualitative (dépistage chez nouveau-né) et PCR

quantitative (charge virale pour suivie thérapeutique)

▶ VHC : sérologie + PCR

Diagnostic direct : culture de virus

■ Technique de référence
■ Principe : le virus = parasites intracellulaires obligatoires ⇒Ne peuvent
se multiplier que dans des cellules vivantes

● animal (Coxsackievirus A types1 à 6)

● œuf de poule embryonné (virus de la grippe, poxvirus)

● cellules en culture in vitro

⊖ Importance d’un transport rapide jusqu’au laboratoire pour conserver le

pouvoir infectieux du virus

⊖ Le milieu de transport = MEM + protéines (SVF) + tampon + ATB

 Diagnostic direct : culture de virus

Equipement +++
• hotte à flux laminaire car
manipulations
en environnement stérile
• Microscope
• Incubateur à CO2 …
Lignées cellulaires d’origine :
humaine ou animale (singe, chien…)
…
Approche de d2tection ???

Diagnostic direct : culture de virus

Traitement des prélèvements

• Prélèvements périphériques (respiratoire, cutané) :

Contact 30 min avec des antibiotiques (mélange pénicilline-
streptomycine) avant inoculation sur cellules
• Sang :
Inoculation du sang total (recherche d’AdV) ou séparation des cellules
(recherche du CMV) sur gradient de Ficoll
 Diagnostic du CMV par culture cellulaire

1 plaque : détection à 48h (IP)

CMV : inoculation en double
1 plaque : culture longue (ECP)

CMV : détection rapide

réaction d’immunoperoxydase à 48h de culture
Coloration du noyau
de la cellule
substrat

peroxydase
Ac spécifique de
l’antigène marqué
par la peroxydase
Ag viral présent dans
les cellules infectées

Les virus :
❑Structure
❑Multiplication
Plan
❑Physiopathologie
❑Diagnostic
Etude des virus à intérêt médicale

104
 Classification des virus
Virus à ADN

Double brin Simple brin

Non Non
Enveloppé
enveloppé enveloppé

Papillomavirus… Parvovirus…
Herpesvirus…

Classification des virus

Virus à ARN

(+) Arn (+) Arn

(-) Arn (+/-) Arn

Non Double Non

Enveloppés Enveloppés
enveloppé capside enveloppé

Paramyxovirus Rétrovirus
Reovirus… (HIV)…
Picomavirus… Coronavirus … Orthomixoviruss…
 Les Herpesviridae
CMV, EBV, VZV, HSV, HHV6 et HHV8

Structure

•Structure : Virus enveloppés à ADN

double brin de grande taille (125-235
kb)

•Persistance virale : Capacité à rester

indéfiniment dans l'organisme après
infection primaire

•Latence : Mécanisme permettant au

virus de rester dormant dans
certaines cellules sans production de
virions
 Cycle de vie

La latence :
HSV-1 et HSV-2 : Neurones des
ganglions sensoriels.
VZV : Neurones des ganglions de la
racine dorsale.
EBV : Lymphocytes B.
CMV : Monocytes et progéniteurs
hématopoïétiques.
Réactivation :
Sous l'effet de divers stimuli (stress,
fièvre, immunosuppression, dommages
neuronaux, etc.),
le virus latent peut se réactiver et
entrer à nouveau dans le cycle lytique.

Virus d’herpes simplex (HSV)

En résumé : caractéristiques des Herpesviridaes

Virus Transmission Org. Cible Pathologies

Infections congénitales,
CMV Sanguin, vertical Multisystémique
immunodéprimés

EBV Salive Lymphocytes B Mononucléose, lymphomes

Peau, système
VZV Respiratoire Varicelle, zona
nerveux

HSV-1/2 Contact direct Muqueuses, peau Herpès labial/génital

Diagnostic biologiques

Echantillons biologiques :
Diagnostic biologique non systématique.
Sang (sérum ou sang total) : recherche d'anticorps, virémie (ADNémie)
Ecouvillonnage des lésions cutanéo-muqueuses (oro-pharynx, génitales,
.…): recherche de l'ADN viral ou du virus
LCR
Orifices chez le nouveau-né (OEil, nez, gorge, oreilles, vulve),
Diagnostic biologiques

Diagnostic direct:
Recherche du génome viral: PCR qualitative ou quantitative en temps
réel, permettant la discrimination HSV-1 et 2.
Recherche d’antigènes viraux : par ELISA (moins sensible que la PCR)
ou par IF (discrimination HSV-1 et 2),
Recherche du virus par culture: culture facile en 24 à 48h avec ECP
caractéristique (grappe de raisin). Confirmation et typage par IF ou PCR.
Diagnostic indirect
Recherche d'anticorps spécifiques : IgG (HSV-1+2) pour contrôle
d'immunité post-infectieuse.
Les IgM ont peu d'intérêt du fait de la facilité du diagnostic direct.

Les virus des hépatites

Hépatite B et Hépatite D
Hépatite C
Hépatite A
Hépatite E
 Virus de l’Hépatite B

Caractéristiques
distinctives
Virus à ADN
partiellement double brin
Réplication via un
intermédiaire ARN
(transcriptase inverse)

l’hépatite D : virus satellite de de l’Hépatite B

Pouvoir pathogène

Incubation de 1 à 3 mois. La symptomatologie est en partie due à la

réponse immunitaire antivirale qui va éliminer les hépatocytes infectés.
Hépatite virale aiguë: Associant classiquement un ictère cutanéo-
muqueux (hyperbiquérison spontanée sans séquelle avec post-
infectieuse,
Hépatite fulminantes : Immunité protectrice
Hépatite chronique: définie par la persistance de l'AgHBs plus de 6 mois

Diagnostic biologique

Echantillons biologiques :
Sang (sérum ou plasma) : recherche d'anticorps et d'antigènes, de l'ADN
viral
Diagnostic indirect : Recherche d'anticorps spécifiques
Ac anti-HBs signant une immunité protectrice post-infectieuse (guérison)
ou post-vaccinale (absence d'Ac anti-HBc associés) si > 10 mUl/mL.
Ac anti-HBc signant une immunité post-infectieuse non protectrice.
Ac anti-HBe signant la présence d'une réplication.
Recherche d'une cytolyse hépatique avec élévation très importante des
transaminases (ALAT > ASAT) parfois Hyperbilirubinémie
Diagnostic biologique

Diagnostic direct:
Recherche du génome viral: PCR quantitative où hybridation moléculaire
sur sérum ou plasma (détection en temps réel)
Séquençage du génome viral: rechcrche de mutant préC associé à la
résistance

Evolution de l’hépatite B
Diagnostic de l’hépatite B

Virus de l’Hépatite C

Virus à ARN simple brin de

polarité positive
Absence de phase ADN, pas
d'intégration génomique
Pouvoir pathogène

Incubation d'environ 30 jours et la symptomatologie est

essentiellement due à la réponse immunitaire antivirale qui va éliminer
les hépatocytes infectés.
Hépatite virale aiguë: Associant classiquement un ictère cutanéo-
muaqueux modéré, parfois un prurit généralisé et une asthénie avec
anorexie. Dans 20 % des cas, l'évolution est la guérison spontanée sans
séquelle avec une asthénie résiduelle.
Pas d'immunité protectrice post-infectieuse.
Hépatite fulminantes: très rares,
Hépatite chronique: elle est définie par la persistance de l'ARN viral
plus de 6 mois. Le risque est l'évolution vers la cirrhose en 15-20 ans (20
%) et l'hépatocarcinome (3 à 5 % par /an sur cirrhose).

Diagnostic

Echantillons biologiques
Diagnostic biologique systématique en cas d’hépatite virale et en cas
d’accident d'exposition au sang.
Sang (sérum ou plasma) : recherche d'anticorps, de l'ARN viral.
Diagnostic indirect
Recherche d'anticorps spécifiques : Dépistage des anticorps anti-HCV
par ELISA.
Un test non négaïf doit être confirmé sur un second échantillon avec une
technique ELISA différente ou un immunoblot.
Diagnostic

Diagnostic direct:
Recherche du génome viral: PCR quantitative (détection en temps réel)
permettant de détecter et quantifier la réplication virale(Les ARNémies
élevées sont souvent > 1 000 000 copies /mL
Recherche d’antigènes spécifiques : possible recherche d'antigène HCV
par ELISA.
Génotypage : par séquençage du génome viral ou hybridation.
Génotypes de 1 à 6 nécessaires pour déterminer la durée et le pronostic
du traitement (tests spécialisés).

Evolution de l’Hépatite C
 Diagnostic de l’hépatite C

Virus de l’Hépatite A

Points distinctifs par rapport aux

autres hépatites virales
Absence de chronicité : Ne provoque
jamais d'infection chronique
Absence de carcinogenèse : Non
associé au carcinome
hépatocellulaire
Résistance environnementale :
Supérieure aux virus enveloppés
(VHB, VHC)
Transmission strictement oro-fécale :
Contrairement aux hépatites B et C
Pouvoir pathogène

Incubation d'environ 30 jours. La symptomatologie est essentiellement

due à la réponse immunitaire antivirale qui va éliminer les hépatocytes
infectés.
Hépatite virale aiguë: Associant classiquement un ictère cutanéo-
muqueux (hyperbilrubunémie), une décoloration des selles, une
coloration foncée des urines, une asthénie avec anorexie, L'évolution est
la guérison spontanée sans séquelle avec une asthénie résiduelle et
Immunité protectrice post-infectieuse.
Hépatite fulminantes: rares (< 0,5%, insuffisance hépato-cellulaire
rapide avec taux de prothrombine < 45 %, (ou facteur V) et signes
neurologiques).
+ Jamais d’hépatite chronique.

Diagnostic

Echantillons biologiques :
Diagnostic biologique systématique en cas d’hépatite virale.
Sang (sérum) : recherche d'anticorps (habituellement), de l'ARN viral
Selles : recherche de l'ARN viral
Diagnostic

Diagnostic direct:
Recherche du génome viral: RT-PCR sur sérum et selles (non fait en
pratique).
Diagnostic indirect
Recherche d'anticorps spécifiques : IgM en cas de suspicion d'hépatite À
aiguë.
Recherche d'une cytolyse hépatique avec élévation des transaminases
(ALAT > ASAT) parfois très importante, Hyperbilirubinémie,
hyperlymphocytose modérée,

Diagnostic du virus de l’Hépatite A

Famille/Vi Structure Transmissio Physiopath Cycle de Complications
Classification Diagnostic
rus Génome n ologie Réplication Principales
VHA Non enveloppé Hépatocyt Sérologie Hépatite aiguë,
(Hépatite Picornaviridae Fécal-oral Cytoplasme
ARN simple brin es IgM, rare chronicité
A)
Enveloppé
VHB Sanguin, Ag HBs, Ac Hépatite
ADN Hépatocyt Noyau et
(Hépatite Hepadnaviridae sexuel, anti-HBs, chronique,
partiellement vertical es cytoplasme
B) PCR cirrhose, cancer
double brin
VHC Enveloppé Hépatite
Sanguin, Hépatocyt RT-PCR,
(Hépatite Flaviviridae Cytoplasme chronique, fibrose,
ARN simple brin sexuel es sérologie
C) cancer
VHD Enveloppé Co-
Sanguin, Nécessite Ag delta,
(Hépatite Deltaviridae Complexe infection/surinfecti
ARN circulaire sexuel VHB PCR
D) on hépatique
VHE Non enveloppé Hépatite aiguë,
Hépatocyt RT-PCR,
(Hépatite Hepeviridae Fécal-oral Cytoplasme grave chez femmes
ARN simple brin es sérologie
E) enceintes

Les rétrovirus
HIV
 Structure du virus de l’HIV

Caractéristiques distinctives

Virus à ARN simple brin de

polarité positive
Présence de la
transcriptase inverse
(enzyme convertissant
l'ARN viral en ADN)
Intégration dans le
génome: caractéristique
fondamentale via le
provirus

Cycle de réplication de l’HIV

Pouvoir pathogène

Primo-infection:
Souvent asymptomatique ou d'aspect anodin, Elle correspond à une réplication
intense du HIV avant la mise en place d'une réponse immune non spécifique,
Les signes cliniques variables et régressent spontanément : pharyngite, angine,
fièvre, polyadénopathie, mêningites,
Phase asymptomatique:
Le sujet ne présente aucun signe clinique d'immunodépression La réponse
immune contrôle partiellement la réplication du HIV,
SIDA (syndrome d’immunodéficience acquise):
le sujet présente une immunodépression à médiation cellulaire, souvent un taux
de lymphocytes T CD4+ < 200/mm° ou < 15 %)
cliniquement des pathologies opportunistes infectieuses (pneumocystose,
tuberculose, toxoplasmose cérébrale, candidose profonde, ...) ou tumorales
(cancer du col)

Diagnostic

Diagnostic biologique systématique après une exposition ou en sécurité

virale.
Sang (sérum) : recherche d'anticorps (dépistage, immunoblot, recherche
d'Ag p24
Sang (plasma): mesure de la charge virale HIV-T (ou HIV-2),
Sang (cellules mononuclées): recherche du virus par culture ou du
génome par PCR ou RT-PCR.
 Diagnostic biologique de l’HIV

En résumé

Cycle de Complications
Virus Classification Structure Transmission Physiopathologie Diagnostic
Réplication Principales

Enveloppé,
ARN Transcriptase SIDA,
simple Sexuel, Lymphocytes T PCR, charge
VIH Retroviridae inverse, immunodépressi
brin sanguin CD4 virale, CD4
intégration on
 Les virus respiratoires
grippe, rougeole et rubéole

Cycle de
Famille/Vi Classificati Transmissi Physiopat Complications
Structure Génome Réplicatio Diagnostic
rus on on hologie Principales
n
Cellules RT-PCR, Pneumonie,
Orthomyx ARN Noyau
Grippe Enveloppé Aérien respiratoir culture, complications
oviridae segmenté cellulaire
es test rapide respiratoires
Complications
ARN Cellules
Paramyxov Cytoplasm RT-PCR, neurologiques,
Rougeole Enveloppé simple Aérien épithéliale
iridae e sérologie immunosuppressi
brin s
on
ARN Cellules Syndrome
Togavirida Aérien, Cytoplasm RT-PCR,
Rubéole Enveloppé simple lymphatiq congénital,
e contact e sérologie
brin ues arthrite
 Structure du virus de la grippe

Virus grippaux

Virus fragile, contamination par

voie aérienne (toux,
éternuements) ou plus rarement
indirecte par contact (mains).
Transmissions interhumaines le
plus souvent.
Transmissions zoonotiques
possibles. Epidémies hivernales
annuelles ou pandémies.
Virus adaptés à l'Homme ou à
l'animal (chevaux, chiens, porcs,
oiseaux, .….).
Réservoir naturel : oiseaux
aquatiques.
Variabilité des virus grippaux

Virus très variables avec 2 types d'évènements génétiques

générateurs :
glissement antigénique (dérive génétique sur les gènes de la N et H par
mutations ponctuelles, responsable des épidémies hivernales)
cassure antigénique (réassortiment par échanges de segments
génomiques dont H et N, responsable de pandémie)

Diagnostic

Echantillons biologiques
Diagnostic biologique non systématique en cas d’épidémie.
Aspiration nasopharyngée ou écouvillonnage nasal,
éventuellement LBA. Sérum, CCR
Diagnostic direct:
Recherche du génome viral: RT-PCR sur aspiration naso-pharyngée
Recherche d’antigènes viraux: par ELISA rapide ou lF sur aspiration
naso-pharyngée
 Autres virus à intérêt
médical
Poliovirus
Rotavirus
Papillomavirus (adénoviru
Le virus de la rage

Famille/Viru Classificati Transmissi Physiopath Cycle de Complications

Structure Génome Diagnostic
s on on ologie Réplication Principales

Paralysie,
Picornaviri Non ARN Cellules Isolement
Poliovirus Fécal-oral Cytoplasme atteinte
dae enveloppé simple brin nerveuses viral, RT-PCR
neurologique

Déshydratation
Non ARN RT-PCR,
Rotavirus Reoviridae Fécal-oral Entérocytes Cytoplasme , gastro-
enveloppé segmenté ELISA
entérite
 Cycle de Complications
Virus Classification Structure Transmission Tropisme Diagnostic
Réplication Principales

Non
Papillomavi enveloppé
Contact Cellules PCR, Verrues, cancers
Papillomaviridae Noyau
rus ADN double sexuel épithéliales cytologie (col utérin)
brin
Enveloppé Système RT-PCR,
Morsure Encéphalite, fatal
Rage Rhabdoviridae ARN simple nerveux Cytoplasme immunofluor
animale si non traité
brin central escence

HPV

Echantillons biologiques

Diagnostic biologique non systématique.

Diagnostic anatomopathologique sur les biopsies. Frottis cervico-vaginal ou anal,
biopsie : recherche de l'ADN viral

Diagnostic direct:

Recherche du génome viral: PCR, hybridation, hybridation in situ.

Typage haut risque oncogene (ou bas risque) par hybridation ou séquençage.
En développement: quantification du génome viral, des ARNm codant les protéines oncogènes E6 et E7,
des ADN HPV intégrés, :
Cytologique : recherche de Koillocytes (cellules caractéristiques) au frottis cervico-vaginal ou anal,

Diagnostic indirect

Non fait en pratique (recherche uniquement).