UE 17 – Bases fondamentales de la génétique – P.
EDERY
Introduction à la génétique médicale
Ouvrages de référence :
- Génétique médicale, CNEPGM, édition Masson, 2004
- Polycopié National de Génétique
I) Introduction – Vocabulaire
La génétique médicale est une discipline particulière du fait de la grande rareté des maladies génétiques et de son
émergence assez récente (on commence à parler de l’empreinte génétique pas avant les années 80).
La génétique médicale comporte 3 volets :
• La génétique clinique : La génétique médicale repose essentiellement sur la consultation clinique qui permet
le phénotypage du patient (génétique clinique). La consultation permet de comprendre la demande des
patients, de prescrire les examens de génétique et de rendre les résultats. Le médecin est là pour appliquer
ses connaissances à la demande du patient.
• La génétique chromosomique (ou cytogénétique) : qui étudie les chromosomes au
microscope afin d’identifier des remaniements de grande taille (de la structure ou du nombre Génotypage
de chromosome). Résolution assez faible de 5 à 10 mégabases. (Génétique
• La génétique moléculaire : repose sur des techniques biochimiques d’analyse des séquences biologique)
d’ADN afin d’identifier des mutations de petite taille. Résolution de 1 nucléotide.
La génétique médicale est donc une spécialité mixte : on peut y travailler en tant que clinicien avec l’étude
du phénotype, ou en tant que biologiste avec l’étude du génotype.
On distingue phénotype et génotype :
• Le phénotype regroupe l’ensemble des caractères observables (qui peuvent être morphologiques et donc
visibles en clinique lors de la consultation, physiologiques, biochimiques, radiologiques…). Le phénotype
dépend des moyens dont on se dote pour observer, plus les moyens sont fins, plus on est capable d’observer
un phénotype précis. Le clinicien qui voit les patients s’occupe donc de la partie clinique initiale : le
phénotypage.
• Le génotype est la caractérisation de la constitution génétique. Il s’applique à un zygote (embryon fécondé,
individu en devenir), à un gamète (haploïde), à un clone cellulaire, un individu… Il y a deux façons de décrire
ce génotype :
o Une vision de loin qui permet d’avoir une idée de l’organisation des chromosomes (nombre,
structure).
o Une vision de près qui représente le séquençage de l’ADN. Aujourd’hui on arrive bien à séquencer
l’ADN mais moins bien à l’interpréter surtout quand on en vient aux séquences introniques...
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II) Prise en charge en génétique médicale
1) Organisation de la prise en charge
a. 1ère étape : diagnostic clinique (phénotypage) en consultation (binôme généticien-
psychologue)
La consultation en génétique sert à poser des diagnostics, car il existe un très grand nombre de maladies,
à l’expression variable et l’incidence rare. Le diagnostic est à la fois clinique et génétique.
La première étape de la prise en charge en génétique médicale est la consultation clinique. Elle est
généralement menée par un binôme généticien-psychologue. La présence d’un psychologue est nécessaire car
les pathologies génétiques sont rares et parfois taboues, donc difficiles à accepter pour le patient ou sa famille,
mais aussi pour régler les incompréhensions des patients. De plus la psychologue permet de faire un retour de la
consultation au médecin. D’autre part, la génétique a la particularité de s’intéresser à des pathologies familiales,
ce qui peut poser un problème dans certaines situations. Les problèmes psychologiques rencontrés sont
spécifiques : ils diffèrent si l’on est dans le cadre d’un diagnostic prénatal, pré-symptomatique par exemple. Lors
d’une consultation de génétique, il faut :
• Préciser le motif de consultation : il s’agit du point le plus important car le but est de répondre à une demande
et non de délivrer des connaissances sur une pathologie. Les motifs peuvent être très variés (variété de
symptômes/de pathologies, mais aussi variété de situations).
Selon le professeur, le rôle du généticien est de répondre à la demande du patient et non de transmettre toutes
les informations dont on dispose, sans savoir s’ils les patients ont été renseignés au préalable. Il faut pouvoir
réaliser une prise en charge, avec un réseau de soin préalablement parfaitement organisé pour apporter les
informations nécessaires au patient et diminuer son anxiété.
S’il n’y a pas de prise en charge pour le patient, s’il n’y a pas d’intérêt on ne leur propose pas de rendre le résultat.
Il convient également de procéder de manière progressive
Il faut savoir prendre son temps pour poser le diagnostic et l’annoncer.
Répondre à une demande asséner un diagnostic !!
• Obtenir les informations administratives (liste des médecins référents qui suivent déjà le patient pour par la
suite transmettre des informations aux médecins qui le souhaitent mais aussi pour comprendre le milieu
socio-professionnel de la famille).
• Réaliser une enquête familiale : c’est le second point essentiel et indispensable à toute consultation
génétique, qui passe par la réalisation d’un arbre généalogique systématique.
• Recueillir l’histoire personnelle : On s’intéresse ici à l’histoire prénatale : les intoxications maternelles pendant
la grossesse (alcool, tabac, médicaments) ou l’hypertension de grossesse, qui peuvent causer des
malformations non-génétiques. On recueille aussi l’histoire postnatale avec la façon dont les signes ont
débuté.
• Réaliser un examen clinique classique : On insiste particulièrement sur l’inspection morphologique (pour
rechercher des dysmorphies qui sont des aspects morphologiques du visage ou des organes externes ou
internes). Pour la déficience intellectuelle, on la mesure difficilement chez un tout petit mais on lui demandera
de revenir consulter, en attendant on recherche des malformations…
L'examen clinique peut être parfois un petit peu intrusif. De plus l’examen clinique permet notamment
d’établir une relation de confiance avec le patient.
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• Réaliser des photographies. Attention, cela peut être perçu comme intrusif (plus en service qu’en consultation
car le patient sait qu’il vient pour être observé). Il faut donc bien prévenir les patients et leur famille, bien
expliquer que les photos resteront dans le dossier et ne serviront qu’au partage d’informations avec le
laboratoire ou les confrères (discussion des dossiers) et aident à poser un diagnostic. De plus expliquer que
les particularités ne sont pas pathologiques en elles-mêmes mais que c’est leur association qui vont orienter
vers un diagnostic.
• Réaliser des recherches bibliographiques. La génétique est une discipline qui est très en lien avec la recherche
fondamentale, il existe autour de 6 000 syndromes. Il est donc impossible de toutes les connaître et l’étape
de recherche bibliographique est indispensable.
• Faire pratiquer les examens complémentaires nécessaires : 2 ordres d’examen
o Bilan d’extension malformatif : pour préciser le phénotype : échographie cardiaque pour vérifier
l’architecture cardiaque, échographie rénale, échographie abdomino-pelvienne, radiographie osseuse
si petite taille, malformations des extrémités ou dysplasie osseuse, imagerie cérébrale (IRM) si
microcéphalie (périmètre en dessous de 2DS). On vérifie aussi l’absence de maladie sensorielle : on
vérifie la vision, l’audition.
o Examens génétiques à visée étiologique et diagnostic, réalisés au laboratoire de génétique. On
commence par l’analyse chromosomique, et si les résultats ne montrent pas d’anomalies on passe à
l’analyse moléculaire.
Avant on faisait un caryotype standard sur cellule ou une hybridation in situ fluorescente, ou un séquençage d’un
gène. Aujourd’hui, on va de plus en plus vers le séquençage du génome en trio, même si on a du mal à analyser
de manière informatique. On compare avec le génome des parents pour savoir s’il y a une ou plusieurs mutations
de novo. Cela nous aide pour le diagnostic. On peut aussi réaliser un caryotype moléculaire : cela permet de savoir
s’il existe des duplications ou des délétions, de quantifier le nombre de copies du génome. Dans certains cas, on
peut prescrire un séquençage d’exome plutôt qu’un séquençage de génome, par exemple quand il y a une urgence
ou pour un diagnostic prénatal car le séquençage d’exome est plus rapide.
b. 2ème étape : Diagnostic génétique (génotypage) en laboratoire
La seconde partie de la prise en charge se réalise au laboratoire de génétique, il s’agit du diagnostic
génétique. On réalise alors :
• Diagnostic moléculaire : recherche de mutation sur l’ADN.
• Diagnostic chromosomique : recherche d’anomalies de nombre ou de structures chromosomique
c. 3ème étape : la prise en charge (technique, éthique et psychologique) en
consultation (binôme généticien-psychologue)
Il y a enfin un retour à la clinique, lors d’une nouvelle consultation, pour établir la prise en charge. C’est le
prescripteur de l’examen qui donne l’information au patient. Il faut alors :
• Informer le patient sur la pathologie diagnostiquée. On informe le patient même si le diagnostic n’est pas
établi. Il faut faire attention à la pertinence de l’annonce diagnostique (l’annonce d’une ‘’microdélétion
22q11.2’’ n’est pas vraiment parlante pour le patient, pour qui ‘’Syndrome de Di Georges’’ sera plus
compréhensif, ou même un de ses symptômes comme l’autisme, auquel il peut donner du sens).
Alors les stratégies thérapeutiques, c'est quand on a identifié les premiers gènes dans les années 80. Le
premier gène, c'est le gène de l'hémophilie A, qui a été identifié en 1984. Et puis dans les années 90, on a
identifié toute une série de gènes. La France était vraiment le leader dans l'identification des gènes. Il y avait
deux centres, , un centre qui faisait la cartographie génétique. Et en recouplant la cartographie génétique et
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la cartographie physique, on a été capable, dans les années 90, d'identifier le premier gène responsable de
handicap.
• Communiquer des informations sur les thérapeutiques éventuelles et sur les recherches cliniques (formation
de cohorte de patients homogènes pour étudier l’évolution naturelle des maladies génétiques). La thérapie
tend à se développer. Il y a la thérapie pharmacologique classique mais aussi des recherches en thérapie
génique.
• Suivi médical : tous les ans ou tous les 2 ans à défaut.
2) Situations de prise en charge en génétique ❤
En clinique il y a un ensemble extrêmement hétérogène de situations. Il existe 4 situations principales de
prise en charge en génétique :
Le diagnostic postnatal : L'enfant vient et a un handicap auquel on doit poser un diagnostic.
Le diagnostic prénatal : Ce diagnostic est celui préféré. Dans les CPDPN (Centre Pluridisciplinaire de
Diagnostic Prénatal, entité collégiale regroupant obstétriciens, radiologues, généticiens, psychologues,
foetopathologistes et conseillers en génétique), avec deux situations principales :
• Présence de cas index (connaissance d’un premier enfant handicapé dans la fratrie). Risque de récurrence.
o Ex : Précédemment nous avons vu l’amyotrophie spinale (SMA). On retrouve plusieurs types de SMA
et notamment le type 1, dans lequel le nourrisson peut décéder dans les 2 premières années de vie s’il
n’est pas traité, donc dans le cas où il existe un cas-index, on peut donc réaliser un diagnostic in utero
pour le prendre en charge.
• Découverte de SAE (signes d’appels échographiques) ou d’anomalies de marqueurs sériques.
o Ex : Trisomie 21 : calcul d’un risque reposant sur l’épaisseur de la clarté nucale à l’échographie, le
dosage de marqueurs sériques et la prise en compte de l’âge maternel pour proposer une
amniocentèse et donc un diagnostic prénatal.
Suite à ce diagnostic on peut se diriger vers une interruption de grossesse ou une poursuite de la grossesse
avec prise en charge spécifique.
Le diagnostic préimplantatoire : il est préféré en cas d’infertilité. Il est pratiqué à titre exceptionnel pour
les couples ayant un risque de transmettre une maladie génétique grave et incurable à leur descendance =
association d’une indication de DPN avec une infertilité.
Cela se fait dans les centres de DPI (il en existe 5 en France, à Paris-Clamart, Strasbourg, Nantes, Grenoble,
Montpellier). Ça ne se fait pas à Lyon.
Le diagnostic pré symptomatique ou diagnostic « prédictif » : Il est utilisé uniquement s’il y a un intérêt
pour le patient et/ou un traitement préventif possible (non systématique). Il consiste à poser un diagnostic avant
que les signes cliniques n’apparaissent. Cela s’applique classiquement chez un patient ayant un apparenté atteint
et qui veut savoir s’il est lui-même atteint et/ou s’il a un risque de transmission à sa descendance. Ces diagnostics
sont très encadrés, car se pose la question du bénéfice (possible traitement, règles de vie, prévention) pour la
personne chez qui on les fait (il faut que le bénéfice soit réel en termes de prise en charge pour faire ce diagnostic).
Cela se fait dans les centres agréés (aujourd’hui il n’y a plus besoin d’agrément). La présence d’un psychologue est
obligatoire lors de la réalisation de ce diagnostic car le résultat peut être mal vécu par les patients. Par exemple,
la chorée de Huntington qui constitue une maladie neurodégénérative souvent assez sévère.
Chez l’enfant on ne le fait jamais à part en cas de bénéfice direct.
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3) Bases de données d’aide au diagnostic
Comme dit précédemment, la recherche bibliographique dans des bases de données est essentielle à
cause du grand nombre de pathologies génétiques existantes. Les bases de données principales d’aide au
diagnostic sont :
• OMD : Oxford MedicalDatabase (payant) qui aide au diagnostic, qui regroupe la LDDB (London
DysmorphologyDataBase), la LNDB (London NeurogeneticsDataBase) et Geneeye (sur les pathologies qui
touchent les yeux). Il s’agit d’une base de données payante.
o Le généticien entre les symptômes (ex : retard statural, asymétrie des membres inférieurs) qu’il a
noté sur son patient et la base de données trouve les
syndromes pouvant correspondre classés par ordre de
probabilité (si on sélectionne uniquement le
symptôme « petite taille », on a 1612 résultats de
syndrome qui s’affichent ; en croisant les signes on
diminue le nombre de syndromes : une bonne
recherche conduite à environ 27 diagnostics
possibles). Cela sert plus à se conforter dans un
diagnostic. Il faut que les syndromes soient bien
décrits pour que ce soit utile. Avec le séquençage on
se rend compte que le spectre phénotypique est
beaucoup plus large qu’on ne le pensait : à un gène, il
correspond bien plus que ce qu’on pendait
initialement. Cette base n’existe plus.
• On utilise de plus en plus Face2gene : utilise l’IA, on met la
photo du patient. Face2gene va sortir la probabilité de
syndromes. Il y a un « masque » physique pour les différents
syndromes, c’est-à-dire qu’il y a des caractéristiques
communes au niveau du visage pour différents syndromes.
Cela ne permet pas de faire le diagnostic : c’est une aide
diagnostique. Ethiquement problématique car la base de données récupère la photo du patient.
• OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), qui regroupe de nombreuses pathologies génétiques (maladies
à mode de transmission mendélien ou non mendélien) mais avec des descriptions cliniques moins précises.
• Orphanet, base de données spécifiquement génétique, européenne, qui regroupe les syndromes génétiques,
les maladies génétiques, les associations de soutien, les laboratoires en France qui font le diagnostic… Tout
est écrit en français sur cette base de données.
• Pubmed, qui donne des références bibliographiques.
4) Arbre généalogique ❤
Liaison entre apparentés : La double barre n’indique pas le degré de parenté liant les individus. On met 2
barres quel que soit leur lien. Cependant on calcule et on indique un coefficient de consanguinité F. Individus
‘’apparentés’’ = possédant un ancêtre commun.
Ces éléments sont des conventions à respecter lors de la réalisation d’arbres généalogiques en génétique.
Précisons sur les symboles de l’arbre généalogique : Losange : sexe inconnu, carré = homme, rond =
femme, rond avec un point = femme conductrice, jumeau homozygote = carré relié par barre
III) Diagnostic en génétique médicale
1) Génétique moléculaire
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a. Types de mutations
On recherche des variants pathogènes de l’ADN, qui peuvent être :
• Des mutations ponctuelles (95%) : qui concernent une ou quelques bases. ❤ (La plupart du temps elle ne
touche qu’une seule base). Non détaillées mais présent dans la diapo : Il peut s’agir de substitutions : substitution
d’une base entrainant un faux sens (missense) (changement d’un nucléotide en un autre) ou un stop
(nonsense). Il peut aussi s’agir de mutations décalant le cadre de lecture (non multiple de 3 bases) : délétions
ou insertions (d’un nombre de nucléotides non multiple de 3) ou encore mutations d’épissage (mutations de
bases qui créent/modifient des sites d’épissage ou leur site de reconnaissance et aboutissent généralement à
des protéines tronquées). Il y a des variants silencieux qui ne change pas d’AA mais peuvent être des silenceurs
ou enhanceurs d’épissage (dans les exons ou les introns). Les variations de l’épissage peuvent donner des
maladies : c’est le cas de la progéria (maladie du vieillissement) : l’anomalie d’une protéine est causée par un
variant silencieux.
• Des mutations de grande taille (5%) : Il peut s’agir de délétions, d’insertions ou d’inversion qui concernent
de grandes portions de gènes, elles concernent directement la structure. Par exemple, dans la dystrophie
musculaire de Duchenne, on retrouve une délétion de plus d’1 exon dans 2/3 des cas (gène de la dystrophine).
Dans l’hémophilie A, on retrouve une inversion d’une partie du gène du facteur VIII chez 50% des patients.
Nb : Aujourd’hui on ne parle plus de mutations mais de variants. Avant on faisait du séquençage Sanger donc du
séquençage ciblé (petit fragment séquencé une seule fois) donc la probabilité de trouver une variation du génome
qui a toutes les caractéristiques d’une mutation pathogène mais qui n’en n’est pas une alors que le phénotype
correspond parfaitement ça n’existait pas ; donc à l’époque s’il avait une variation c’était une mutation.
Aujourd’hui avec le séquençage il y a des variations de partout on parle de variants et il faut ensuite savoir s’ils
sont pathogènes ou pas. On les classes du coup dans 5 classes (non détaillées) :
• Classe 1 : Variant bénin
• Classe 2 : Variant probablement bénin
• Classe 3 : Variant de signification incertaine
• Classe 4 : Variant probablement pathogène
• Classe 5 : Variant pathogène
On distingue aussi les mutations par leur caractère : de novo ou héritées.
• Une mutation de novo existe chez un individu mais n’est pas retrouvée chez ses parents. La récurrence d’une
mutation de novo est proche de 0 mais probable. C’est une mutation germinale qui provient de la méiose.
Donc pour identifier les variants de novo, nous sommes obligés de réaliser un trio (nous devons séquencer le
patient et ces ascendants directs) afin de montrer que le variant ne provient pas d’eux.
Il y a environ 100 (100 – 150) évènements mutationnels de novo par individu (dans l’exome ça représente de
0 à 2 variants de novo). Note : certains patients en ont un nombre beaucoup plus élevé mais nous n’en
connaissons pas la cause.
• Une mutation héritée peut être retrouvée chez les ascendants du cas index (une probabilité de ½).
Enfin, il faut bien garder en tête que chaque gène présente un profil de mutation particulier. Pour n’importe quel
variant du génome (pas forcément pathogène), on a une probabilité de transmission à la descendance de 1/2.
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b. Méthodes en génétique moléculaire
On s’intéresse à l’ADN (mutations de petites tailles), on va donc réaliser un séquençage.
• Le séquençage classique est réalisé par la technique de Sanger au cours de laquelle les exons (régions
codantes) et les introns flanquant (recherche de mutations d’épissage) d’un gène d’intérêt sont séquencés.
On ne fait plus cette technique.
• Plus récemment (2005) s’est développé le séquençage haut débit au cours duquel l’exome (l’ensemble des
régions codantes du génome, soit 1% du génome) ou le génome entier peuvent être séquencés. Dans l’exome
le séquençage des premiers exons des gènes est difficile car ce sont des régions complexes à capturer. De plus
toutes les séquences régulatrices qui ne sont pas dans les exons ne sont pas séquencées dans l’exome. C’est
pourquoi le professeur préfère le séquençage de génome. La principale difficulté est alors l’interprétation qui
nécessite une très bonne maîtrise de la bio-informatique car un séquençage donne une très grande quantité
d’informations. En effet plus on séquence, plus on trouve des variations interindividuelles, d’où la difficulté
d’interprétation. Cette technique est actuellement utilisée en recherche, et devrait être de plus en plus utilisée
pour le diagnostic dans le futur. En 2008 : début du séquençage haut débit dans un contexte de recherche.
En 2011 : identification d’une mutation située dans un gène non codant, transcrit en petit ARN qui intervient
dans la constitution du spliceosome, cela engendre une anomalie du découpage, finalement responsable de
malformations.
• Actuellement se pose également la question de la place des laboratoires de génétique biologique dans le futur,
notamment à propos du type de demandes qu’ils pourront prendre en charge (beaucoup de médecins
spécialistes attendent beaucoup de ces méthodes, pour obtenir des réponses à des problèmes restés sans
réponse pour les autres champs de la médecine).
• De nouveaux interlocuteurs sont nécessaires ce qui permet l’introduction de nouveaux métiers tel que celui
de conseiller en génétique.
• On ne sait pas repérer les situations multifactorielles : lorsqu’il y a plusieurs variants qui peuvent
potentiellement être pathogènes et associés les uns aux autres conduisent au phénotype particulier, on n’est
pas capable de poser le diagnostic. C’est une limite de l’utilisation de l’analyse du séquençage haut débit.
Dans les années 2000 : 5-10% de diagnostic alors qu’aujourd’hui on fait un diagnostic dans 50/60% des cas de
handicapes génétique.
2) Génétique chromosomique
a. Types d’anomalies
La cytogénétique s’intéresse aux anomalies des
chromosomes. Il peut s’agir d’anomalies de la structure des
chromosomes, par exemple :
• Délétions
• Duplications
• Inversions (péricentrique ou paracentrique) : une région du
chromosome se détache et s’inverse avant de se recoller.
• Translocations (réciproques ou robertsoniennes). Sans
perte ou gain de matériel.
Question posée : Comment les délétions et duplications arrivent ?
Cela se fait par des brassages intrachromosomiques (crossing over) non homologues (NAHR : Non-allelic
homologous recombination).
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Ici, il s'agit d'une microdélétion. Les spots verts que l'on voit permettent de voir le chromosome 22. On voit qu'il
n'y a qu'un seul spot rouge, ce qui montre une délétion sur le chromosome.
Ex : Microdélétion 22q11.2 ou Syndrome de DiGeorge : devant une suspicion clinique de ce syndrome, la
réalisation d’une FISH est demandée. Après étalement et dénaturation des chromosomes du patient, les sondes
fluorescentes sont hybridées (2 sondes sont utilisées : une verte pour les télomères du chromosome 22 et une rouge
pour la région particulière d’intérêt). Sur l’image l’absence de fluorescence rouge sur l’un des 2
chromosomes montre qu’il y a une délétion de cette partie. Cela confirme le diagnostic clinique.
La délétion 7q1.2 est responsable du syndrome de Williams.
Il peut aussi s’agir d’anomalies du nombre des chromosomes, qui sont viables pour certaines par exemple :
• Trisomie 21, 13 ou 18
• Monosomie X (Syndrome de Turner)
• Les marqueurs surnuméraires (fragments chromosomiques surnuméraires de
petite taille)
• Syndrome de Klinefelter XXY
La transmission de ces pathologies dépend de la mécanique
chromosomique et ne répond pas aux lois de l’hérédité mendélienne.
c. Méthodes en génétique chromosomique
Traditionnellement, la réalisation d’un caryotype nécessite une culture cellulaire. Les chromosomes sont
visualisés à l’aide d’un microscope. La limite de résolution est de 5 à 10 Mb.
/!\ Le caryotype moléculaire ne repère pas les translocations équilibrées.
Pour certaines pathologies, nécessitant un diagnostic plus fin, on peut réaliser une FISH (Hybridation In
Situ Fluorescence) : cette technique repose sur l’utilisation de sondes (petits fragments d’ADN) marquées par
fluorochrome qui reconnaissent une région d’intérêt dans le génome du patient. Il s’agit d’une étude ciblée en un
point du génome ; ce point est choisi selon la clinique du patient et le syndrome soupçonné. Avec la mise en place
des centres de biologie, cette technique va tendre à disparaitre. On préférera d’ici quelques année le séquençage
complet. A la place on fait le CGH array.
Ex : Microdélétion 22q11.2 ou Syndrome de DiGeorge : devant une suspicion clinique de ce syndrome, la
réalisation d’une FISH est demandée. Après étalement et dénaturation des chromosomes du patient, les sondes
fluorescentes sont hybridées (2 sondes sont utilisées : une verte pour les télomères du chromosome 22 et une rouge
pour la région particulière d’intérêt). Sur l’image l’absence de fluorescence rouge sur l’un des 2
chromosomes montre qu’il y a une délétion de cette partie. Cela confirme le diagnostic clinique.
Nb : tout ce qui se voit sur caryotype est une « délétion », ce qui se voit avec d’autre technique est une
« microdélétion ».
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Pour les anomalies toutes petites on fait de la Q-PCR et on regarde le nombre de fois que la petite sonde est
copiée ; si l’anomalie est de grande taille → on fait une FISH.
Depuis 2007, la technique de CGH array (Hybridation Génomique Comparative sur puce à ADN ou ACPA
analyse chromosomique sur puce à ADN) ou caryotype moléculaire est utilisée. On obtient une résolution de 30 à
50kb (délétion intra-génique). Elle permet une étude globale du génome avec une résolution à peu près 100 fois
supérieure à celle du caryotype standard. C’est la technique de référence aujourd’hui utilisée dans le bilan des
déficiences intellectuelles et syndrome malformatifs. Elle permet d’augmenter de 15% le rendement diagnostic.
On ne peut pas visualiser les translocations équilibrées avec cette technique comme le nombre de copie est
correcte dans ce cas précis. Elle est utilisée en 1ère intention dans le cas d’un syndrome génétique dont la cause
n’est pas identifiée.
(Non-dit) Méthode :
• On réalise un mélange contenant en quantité égale l’ADN du patient marqué en rouge et l’ADN d’un témoin
contrôle marqué en vert.
• On hybride ce mélange contre une puce constituée de spots (ou dépôts) qui correspondent chacun à un
fragment d’ADN (oligonucléotides) représentatif du génome.
• S’il y a autant de copies chez le patient que chez le contrôle, la fluorescence sera intermédiaire. Si la
fluorescence tend vers le rouge (plus de copies chez le patient que chez le contrôle), on suspecte un gain, si elle
tend vers le vert on suspecte une perte de matériel.
• A cause des erreurs possibles, on ne conclut que lorsqu’on a le même signal (rouge ou vert) sur au moins 3
spots successifs.
3) Les prélèvements biologiques
Le choix du tube dépend de l’analyse que l’on souhaite effectuer : ❤
• Pour une étude de l’ADN, il faut un tube EDTA (vacutainer bouchon violet). En effet, l’EDTA est un chélateur
(=capteur) du Calcium et autres métaux, ce qui empêche l’action des DNAse (qui sont calcium-dépendantes).
On utilise quasiment toujours ces tubes. On utilise ces tubes pour le séquençage de génome, d’exome, un
panel, la CGH Array.
• Pour une étude de l’ARN, il faut un tube PaxGen (pour rechercher des sauts d’exon par exemple).
• Pour une étude des chromosomes (caryotype), il faut un tube hépariné (vacutainer bouchon vert). En effet,
pour étudier les chromosomes il faut des cellules, et les cellules sont très bien conservées par l’héparine. Ils
ne sont cependant quasiment plus utilisés. Ils sont utilisés pour les caryotypes et les FISH.
Nb (Non-dit mais ça me semble important) : Les prélèvements sanguins sont à l’heure actuelle préférés car leur
qualité et leur stabilité sont bien plus importantes et constantes que celles des prélèvements salivaires (grande
variabilité). L’ADN est extrait du noyau des globules blanc présents dans le prélèvement.
Il faut ensuite trouver l’adresse du destinataire (laboratoire) qui pourra réaliser l’étude que l’on demande.
On trouve cette adresse sur Orphanet.
Pour obtenir nos résultats biologiques, il faut absolument joindre avec le prélèvement les consentements. Cela
est obligatoire (+++). Ces consentements doivent être expliqués et contenir :
• Un texte écrit, demandant l’autorisation de déterminer les caractéristiques génétiques d’une personne
à des fins diagnostiques et de recherche, signé par le patient (et/ou ses représentants légaux), en 3
exemplaires (1 pour le patient, 1 pour le laboratoire, 1 pour le dossier médical). Le consentement
demande si les patients sont d’accord pour savoir si nous trouvons des données incidentes (données
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qu’on ne cherchait pas à la base mais qu’on a trouvé tout de même). Le texte demande également
l’autorisation de conserver les données cliniques et les échantillons pour le cas éventuel d’une
recherche (à noter que lors de la recherche, la demande d’utilisation des données doit être faite).
• Une attestation de consultation génétique signée par le praticien prescripteur compétent en
génétique.
Enfin, il faut la prescription des actes demandés (lettre de demande d’examen remplie et signée par le
prescripteur (l’ordonnance)).
IV) Conclusion
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